3UDNA

Crystal structure of bace with compound 9
Total Genus 100
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
100
sequence length
400
structure length
394
Chain Sequence
FVEMVDNLRGKSGQGYYVEMTVGSPPQTLNILVDTGSSNFAVGAAPHPFLHRYYQRQLSSTYRDLRKGVYVPYTQGKWEGELGTDLVSIPHGPNVTVRANIAAITESDKFFINGSNWEGILGLAYAEIARPDDSLEPFFDSLVKQTHVPNLFSLQLCGASEVLASVGGSMIIGGIDHSLYTGSLWYTPIRREWYYEVIIVRVEINGQDLKMDCKEYNYDKSIVDSGTTNLRLPKKVFEAAVKSIKAASSTEKFPDGFWLGEQLVCWQAGTTPWNIFPVISLYLMGEVTNQSFRITILPQQYLRPVEDVATSQDDCYKFAISQSSTGTVMGAVIMEGFYVVFDRARKRIGFAVSACHVHDEFRTAAVEGPFVTLDMEDCGYNIPQTDESRSHHHH
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title Discovery and optimization of a novel spiropyrrolidine inhibitor of {beta}-secretase (BACE1) through fragment-based drug design.
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
source organism Homo sapiens
molecule keywords Beta-secretase 1
total genus 100
structure length 394
sequence length 400
ec nomenclature ec 3.4.23.46: Memapsin 2.
pdb deposition date 2011-10-28

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 3udnA01
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 3udnA02
5P6LA 2P8HA 2ZJKA 3O9DA 3O9AA 4YD5A 4J1KA 5P7BA 4Y3NA 5P0ZA 3NXEA 1BILA 5P4SA 3IVHA 1IZDA 2PH6A 4QJ8A 2V00A 4Y5GA 5P2HA 3QPJA 5EZZA 3CIDA 2AOGA 2QMGA 5P3MA 3NWQA 3D1YA 4J1EA 5P09A 4DJYA 3ECGA 1MPPA 1JLDA 4Y5PA 2PYNA 2QHYA 4QGIA 1XDHA 4B77A 5P04A 4FSLA 5P3TA 4B05A 2R8NA 4B1DA 5P4CA 3WSJA 3R0WA 4DQFA 4ZPFA 1HVHA 3UQPA 5HDVA 5P01A 3HW1A 3CKRA 3NU5A 1E80E 5P3FA 5P70A 4YCKA 3IXOA 4Y3RA 2CENA 2PSUA 2J9JA 1HVJA 5IE1A 1APVE 2OHLA 5OZKA 2R3TA 5P8MA 2QNNA 4AA9A 3L5DA 4I0FA 5P7OA 4Y5BA 4EJKA 3EXOA 2O4SA 5P07A 4DQBA 1EC1A 4L6BA 5P8JA 5P6UA 4EYRA 2Z4OA 1HIHA 3K5DA 1EAGA 5JFUA 5P31A 5KOQA 4YD6A 5OZVA 2QHCA 2ZHSA 2ER0E 4OBFA 4Y3MA 4MC1A 3EKYA 1PROA 4Y4UA 1KZKA 3L58A 1ZSRA 3QROA 5P6DA 5P5RA 5IVTA 1DMPA 3INEA 3QP0A 1HPSA 2OHRA 1UH9A 1G2KA 2B42A 5P2IA 4DQGA 1SDTA 5BRYA 5P3CA 5P03A 1XE6A 5P4PA 3EL1A 1LYAB 2R38A 5P5OA 2HS2A 1FF0C 1ME6A 1YTIA 5P6IA 5BS4A 4R95A 2V0ZC 1SMRA 4R5NA 5P7IA 3FIVA 2QP8A 1G35A 2PWRA 2Q15A 2G1SA 3TPLA 1Q9PA 2QHZA 3DCRA 2IDWA 2WF0A 3FNTA 3INDA 3OUAA 5P3SA 5P5LA 5P62A 3EM4A 4RVJA 1HSIA 2ZYEA 3BUHA 3IVIA 1LZQA 5P0FA 4Y3FA 5P6PA 1UH8A 2VA7A 3KDCA 1HEGE 3ER5E 4IVSA 2CEMA 4AUCA 3RTMA 5AHAA 1LF4A 4HDFA 5DGWA 3DCKA 4OBZA 3OUDB 5P1TA 5P2NA 2PSVA 3D20A 2AQUA 4K9HA 3U6AA 5P8SA 3UQRA 5P68A 1CPIA 3AIDA 3FSMA 5C9FA 3B80A 2HB3A 3QIHA 3VLAA 1GNMA 5TOLA 1HRNA 5P2XA 3R0YA 2WF3A 5P80A 3EL4A 4RVIA 5P34A 4Y3HA 3LNKA 2AVMA 4Y3AA 4R8YA 4LBTA 3ZLQA 1SP5A 4COEA 4M8XA 3RTHA 1RV7A 5OYTA 3KN0A 5P2UA 3FNSA 3DK1A 4H1EA 3B7VA 5P1CA 3BVBA 2QI7A 4JECA 2XYEA 3SA7A 5P73A 5HE7A 3APPA 4U8WA 3FNUA 5DQ5A 3UTLA 4Z50A 3BXRA 4BELA 4EXHA 3UDQA 2FXEA 1HTFA 2IEOA 5P4YA 5P5SA 5P2GA 4J0PA 5P2ZA 3ST5A 4GJ9A 1OEWA 5DPZA 5P7EA 5P1UA 1FG6C 5HD0A 1NPVA 2QCIA 1A94A 4EPJA 3S8IA 4LAPA 5P1XA 5P4MA 3PWMA 4FE6A 1YTGA 2VA6A 5P1MA 1SIVA 3PMUA 5P4ZA 1FQ8A 3MSJA 3S43B 3IXJA 5P3XA 2JJJA 3OADB 4QJAA 5P3PA 5T4SA 2I4WA 5P1AA 2JYSA 1FMXA 2AVVA 1IDBA 3ZKMA 3QVIA 2QZWA 3KYRA 3VV8A 2ZHUA 3LINA 5P38A 1D4KA 5HDZA 3QRVA 4FGXA 3KFRA 5P5BA 3IAWA 1EBYA 1ZTZA 2A4FA 2NTRA 3SAAA 3I25A 3LIYA 3TKWA 5OZBA 5P7MA 2ER7E 3Q70A 3OOZA 1DAZC 3EMYA 1K6VA 3ZKGA 1PSAA 5OZXA 2VIEA 4Y38A 2O4KA 3UDRA 4APEA 5P7HA 1MSMA 4J0YA 1AAQA 3UHLA 3SM2A 4F76A 1D4HA 3LIQA 3SPKA 3KMYA 3ZPSA 5P6XA 5P28A 5JODA 3PCZA 5OZHA 5DR8A 5P66A 5CLMA 5C9BA 3Q5HA 3ZL7A 2WEAA 1APWE 3OU1A 5P7TA 4YCTA 5OZIA 4XKXA 5OZWA 4K8SA 1AVFA 5P0KA 2R5QA 5OYRA 5P4LA 5P0RA 5P8FA 2ZJNA 4K4RA 1IZEA 1HBVA 5P52A 3QVCA 1ODWA 2QI1A 5DR1A 1PPKE 4LP9A 4RVXA 4L1AA 4TRWA 4YDFA 3SA3A 3TPPA 3T7PA 2AVOA 3LPJA 4ZPGA 2O4LA 3K5CA 5P39A 2P3DA 2HS1A 2SAMA 4CPUA 5P2FA 5HU1A 5P1SA 2QI5A 3KMXA 5P0WA 4ER2E 1AIDA 5P51A 5IS4A 2Q3KA 3EKVA 1Z8CA 4RCEA 1Z1HA 4OBKA 2WL0A 2AOFA 5P81A 3TNEA 1TW7A 4OD9B 2B7FA 5P00A 3LPIA 2RKFA 3N3IA 5P5XA 3LITA 5P6YA 4R91A 1BWBA 5P1ZA 5P3LA 5P67A 4MC2A 4YBFA 1BIMA 1ZAPA 5P5TA 5P6JA 4TRZA 1ZBGA 1EPRE 1KJGA 4TRYA 5P49A 2ZJLA 3F9QA 2F80A 3PMYA 1DW6C 5P0YA 4GYEA 1CMSA 3TOFA 3KFSA 2JJIA 2PK5A 5OZUA 3LZVA 2VJ9A 1OD1A 5P8NA 4EQJA 3PBZA 1YTJA 4I0EA 1D4LA 4L7JA 5P8HA 5P08A 3O9IA 4A4QA 5P0EA 3RU1A 5P61A 2QAKA 5J25A 1HPVA 5SY2A 5P8IA 4CPSA 5P6WA 3TLHA 2H6SA 4FLGA 1XN2A 2ZJJA 5P8BA 2G21A 5P19A 1APTE 5P7KA 1APUE 5P47A 1HTGA 5P4NA 4ER4E 3ZKSA 4OC6B 1SGUA 5I3XA 2FS4A 5P06A 5P0UA 3NR6A 5P4OA 4AA8A 2ZHTA 5BWYA 2R9BA 3TH9A 4Q1WA 5P4WA 2AZBA 5P7CA 5AGZA 1GKTA 4I8WA 3VF7A 4D8CA 5P58A 1W6HA 2PQZA 3NXNA 5P2SA 2WEZA 1B5FB 3D3TA 6UPJA 2I4XA 3L5BA 1MVPA 4A6CA 2IRZA 5HDUA 5P2WA 2JXRA 3K5GA 5OZZA 3DOXA 5P3BA 5AH6A 2FGVA 3C9XA 4Z4XA 4J5JA 2NXLA 2P3BB 5IVRA 5P88A 3BVAA 1N49A 4Y5KA 5OZ6A 5OZ3A 3GW5A 3HVPA 4D89A 1LYBB 2QI6A 5P10A 3MWSA 4HLAA 1LV1A 4LC7A 4Y9WA 1K1TA 2VIZA 4D83A 3HAWA 4LXAA 3MXEA 5FIVA 5DR0A 5OZDA 5OZNA 5P11A 1NPAA 1GVTA 2XFKA 1FMUA 4XX4A 5OZ7A 4HE9A 5P42A 5I70A 3KT5A 4J1IA 4KUPA 5P7SA 1W5VA 4Y4BA 5HE4A 1MTRA 2MIPA 5OZYA 2UPJA 4Y5EA 5OZOA 1FKNA 1YM4A 3R1GB 3IN3A 5P8RA 3QRMA 3OHFA 5OZ1A 3GGVA 3OAGA 4J17A 1HXWA 3O9EA 4GZFA 4Y3JA 5P84A 5P5VA 1KJ4A 1UH7A 5OYSA 1K1UA 3UDHA 1FQ7A 2CEJA 3O9LA 1AM5A 2R5PA 5P5WA 4NKKA 3HAUA 4Y3DA 4RCFA 5P5JA 1FFFC 2QK5A 5P3AA 3Q4BA 1WBKA 4FSEA 5OYVA 2BPYA 4Y57A 3FV3A 2BPVA 3BXSA 3VG1A 5P5NA 5P46A 5I3YA 5P3YA 5COPA 3TPJA 4FIVA 1HPXA 3OGPA 5P2LA 4DFGA 3UCBA 3VV6A 4DJXA 3SQFA 5P7YA 1C70A 2J9JB 1W51A 5P2YA 5P37A 4J55A 3U7SA 5HCOA 3NDTA 3NU3A 5P1YA 3UPJA 5P20A 1MUIA 2BB9A 3TTPA 1ZSFA 5P02A 4FM7A 1SGZA 1DIFA 4NPTA 4J54A 1QRPE 4APRE 5P8OA 5P0TA 1K6PA 4Z2ZA 4DJVA 5P6HA 1Z1RA 3FKTA 3T3CA 3S54A 1TSUA 4FRIA 3DV1A 5P33A 4Y4XA 5UPJA 4Y4EA 5P14A 1J71A 5P16A 3WZ7A 2IKOA 5P7UA 2AZCA 1BV7A 5P6GA 5HVPA 5P4EA 3OQ7A 3WZ6A 3QN8A 1D4YA 5P86A 5P05A 2QMDA 2VKMA 4EJLA 3RVIA 3LZUA 3MSLA 3R2FA 4B1EA 1U8GA 1W5XA 5P7JA 3EKWA 3OOTA 3T11A 5DQ2A 4A6BA 4RYGA 3GI4A 1FIVA 4JP9A 3NLSA 4B00A 3VF3A 3ZKXA 3O99A 2BKSA 1FGCC 5P4IA 3VSWA 5KQXA 3NU9A 5P48A 5P43A 1HTEA 5P40A 1BDRA 1C6YA 4Y41A 2ZHVA 5P0HA 4OBJA 3O9CA 4AZYA 4Y5CA 4X7IA 3PLDA 1LYWB 2UXZA 5P2KA 5P55A 5P8TA 3SO9A 3OWNA 4WY6A 4B1CA 3IXKA 4Y5AA 1XE5A 2XFJA 1EBWA 5P5MA 4JOOA 3QI1A 1ER8E 1LYAA 3KA2A 1K2BA 5P2AA 1WKRA 3BRAA 1HVRA 1YT9A 3LIXA 1B6KA 2NXDA 5DQ4A 2ZE1A 1K6CA 5HU0A 2OF0A 5OZLA 2OHSA 3OU4B 4DJPA 4OBGA 2VNNA 4BEKA 4EXGA 1FG8C 4HA5A 3MSKA 3QS1A 3OXCA 4DJWA 3I8WA 4Q1NA 3TOHA 4ZSQA 4Y45A 5P8DA 3VYFA 3BGCA 3OTYA 4EQ0A 2I4DA 2G22A 4NJUA 5P3WA 2B8VA 9HVPA 5OZ0A 1D4IA 1SBGA 3LHGA 4FS4A 4LXKA 1IZHA 3O9BA 5P1GA 1FLHA 5P6VA 3LIVA 3PBDA 5DR4A 4DQEA 4Q5MA 3QBFA 4B78A 2QZLA 5P0IA 5P2OA 1FQXA 1GVVA 3H0BA 3S45A 3O9FA 3OUDA 1ZJ7A 2O4NA 3UDMA 4YHQA 1SIPA 3VYEA 4RROA 3OXWA 3N4LA 4FM6A 5DR7A 5P5GA 1QDMA 4Z22A 5P69A 4I0HA 2FNTA 3UDJA 1KJFA 1TQFA 1B6JA 2AODA 5P1HA 2IGXA 2V13A 4Y4GA 3SA5A 2OHPA 4Y5MA 2G20A 5P0DA 5P5PA 5P7FA 2APRA 3ZKNA 5AHCA 5P0XA 4BFDA 4Y3YA 1GNNA 2F81A 1MRXA 4F73A 4MC6A 4DQHA 4WTUA 3I7EA 5P4FA 5P5UA 5P7VA 3VLBA 3PEPA 1K2CA 2R43A 4JPCA 5P13A 4GJ8A 1EC2A 2VIJA 3RTNA 2VJ7A 2HAHA 1F34A 1LEEA 4RZ1A 2BPWA 2AVQA 1E5OE 4CP7A 2V10C 5P83A 3SFCA 5EZXA 4LXMA 2BQVA 5P6FA 3BUGA 5P3OA 5PEPA 3OGQA 1C6ZA 4YD3A 5AH9A 3VF5A 3EKQA 2PMAA 4L7GA 1GVWA 3WB5A 4Y3EA 3OADA 5P72A 5KQZA 3PWWA 3K5FA 4PYVA 1GVUA 4E43A 5P4QA 5P45A 4EWOA 3K1WA 1SH9A 4DPIA 3D1XA 1BDLA 1T7KA 4RRNA 2FDDA 1ZPKA 5OZTA 3SA8A 8HVPA 5P5FA 3PHVA 1B11A 1F7AA 2AIDA 5P1JA 4FRKA 5P65A 4Q1XA 5P1OA 4Y58A 4I1CA 1BDQA 2NMZA 3I2LA 3OQFA 3EKPA 2G1NA 2OAHA 5P59A 5P54A 4DJQA 5P4DA 3GGXA 5P7RA 5P17A 3Q3TA 4EJDA 1MTBA 5P5DA 2NPHA 4I11A 3DJKA 5P2JA 3G6ZA 2XYFA 4Y48A 3URLA 3UDNA 2VS2A 2F3KA 4L1AB 1BXOA 5P57A 3CYXA 3LPKA 4ZSPA 2I1AA 2PWCA 3NU6A 5P7PA 3LZYA 3BGBA 2QD6A 5P0SA 1FQ4A 3TOGA 1MT7A 4Q1YA 3IGBA 1HVSA 1RL8A 3SM1A 5P3RA 5P63A 2IKUA 2V11C 1LF3A 1HHPA 3A2OA 2I4UA 5P5HA 1MT8A 1IZIA 3NUOA 2HPEA 3PSGA 1ZPAA 4FAFA 4GJ5A 2HPFA 4UPJA 5P3JA 4Y37A 2BBBA 3APRE 2BPZA 1NH0A 4QJ2A 3OXVA 1WBMA 1T7JA 4Y4DA 3M9FA 1SDVA 5P6TA 3GI5A 1XL5A 5OZGA 2B60A 2OHKA 5P4UA 4Y3SA 4J0VA 5OZSA 2AZ9A 4Y43A 3SLZA 2F3FA 5OZ4A 4H3GA 5P6AA 2QZXA 5P8QA 1ZLFA 5P29A 3JVYA 3OY4A 3LIZA 4GJ7A 5P32A 2Q54A 1E81E 5P41A 3HD8A 3VSXA 4OD9A 4YCYA 2NMYA 5SZ9A 2ASIA 1QBUA 5P3HA 3UQXA 3NDXA 4Y3PA 5P3UA 4Y51A 3S56A 2QU3A 1XS7D 2I4VA 5KR8A 5P5CA 4HVPA 2G27A 4GJAA 5P5AA 5P56A 2WHHA 2WEBA 4Y44A 3ZPTA 1B6LA 5E5JA 5OZEA 5AH7A 5P8GA 5P0VA 5P3EA 4F74A 5P30A 5ER1E 4Y3QA 5ENMA 5P18A 3D91A 4Y47A 1PFZA 5AHBA 4YA8A 2WF2A 1RQ9A 1ENTE 3G72A 4DQCA 4WY1A 6APRE 3CMSA 4QJ9A 3UQWA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 5P6L A;  2P8H A;  2ZJK A;  3O9D A;  3O9A A;  4YD5 A;  4J1K A;  5P7B A;  4Y3N A;  5P0Z A;  3NXE A;  1BIL A;  5P4S A;  3IVH A;  1IZD A;  2PH6 A;  4QJ8 A;  2V00 A;  4Y5G A;  5P2H A;  3QPJ A;  5EZZ A;  3CID A;  2AOG A;  2QMG A;  5P3M A;  3NWQ A;  3D1Y A;  4J1E A;  5P09 A;  4DJY A;  3ECG A;  1MPP A;  1JLD A;  4Y5P A;  2PYN A;  2QHY A;  4QGI A;  1XDH A;  4B77 A;  5P04 A;  4FSL A;  5P3T A;  4B05 A;  2R8N A;  4B1D A;  5P4C A;  3WSJ A;  3R0W A;  4DQF A;  4ZPF A;  1HVH A;  3UQP A;  5HDV A;  5P01 A;  3HW1 A;  3CKR A;  3NU5 A;  1E80 E;  5P3F A;  5P70 A;  4YCK A;  3IXO A;  4Y3R A;  2CEN A;  2PSU A;  2J9J A;  1HVJ A;  5IE1 A;  1APV E;  2OHL A;  5OZK A;  2R3T A;  5P8M A;  2QNN A;  4AA9 A;  3L5D A;  4I0F A;  5P7O A;  4Y5B A;  4EJK A;  3EXO A;  2O4S A;  5P07 A;  4DQB A;  1EC1 A;  4L6B A;  5P8J A;  5P6U A;  4EYR A;  2Z4O A;  1HIH A;  3K5D A;  1EAG A;  5JFU A;  5P31 A;  5KOQ A;  4YD6 A;  5OZV A;  2QHC A;  2ZHS A;  2ER0 E;  4OBF A;  4Y3M A;  4MC1 A;  3EKY A;  1PRO A;  4Y4U A;  1KZK A;  3L58 A;  1ZSR A;  3QRO A;  5P6D A;  5P5R A;  5IVT A;  1DMP A;  3INE A;  3QP0 A;  1HPS A;  2OHR A;  1UH9 A;  1G2K A;  2B42 A;  5P2I A;  4DQG A;  1SDT A;  5BRY A;  5P3C A;  5P03 A;  1XE6 A;  5P4P A;  3EL1 A;  1LYA B;  2R38 A;  5P5O A;  2HS2 A;  1FF0 C;  1ME6 A;  1YTI A;  5P6I A;  5BS4 A;  4R95 A;  2V0Z C;  1SMR A;  4R5N A;  5P7I A;  3FIV A;  2QP8 A;  1G35 A;  2PWR A;  2Q15 A;  2G1S A;  3TPL A;  1Q9P A;  2QHZ A;  3DCR A;  2IDW A;  2WF0 A;  3FNT A;  3IND A;  3OUA A;  5P3S A;  5P5L A;  5P62 A;  3EM4 A;  4RVJ A;  1HSI A;  2ZYE A;  3BUH A;  3IVI A;  1LZQ A;  5P0F A;  4Y3F A;  5P6P A;  1UH8 A;  2VA7 A;  3KDC A;  1HEG E;  3ER5 E;  4IVS A;  2CEM A;  4AUC A;  3RTM A;  5AHA A;  1LF4 A;  4HDF A;  5DGW A;  3DCK A;  4OBZ A;  3OUD B;  5P1T A;  5P2N A;  2PSV A;  3D20 A;  2AQU A;  4K9H A;  3U6A A;  5P8S A;  3UQR A;  5P68 A;  1CPI A;  3AID A;  3FSM A;  5C9F A;  3B80 A;  2HB3 A;  3QIH A;  3VLA A;  1GNM A;  5TOL A;  1HRN A;  5P2X A;  3R0Y A;  2WF3 A;  5P80 A;  3EL4 A;  4RVI A;  5P34 A;  4Y3H A;  3LNK A;  2AVM A;  4Y3A A;  4R8Y A;  4LBT A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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