3UDQA

Crystal structure of bace with compound 13
Total Genus 100
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
100
sequence length
400
structure length
394
Chain Sequence
FVEMVDNLRGKSGQGYYVEMTVGSPPQTLNILVDTGSSNFAVGAAPHPFLHRYYQRQLSSTYRDLRKGVYVPYTQGKWEGELGTDLVSIPHGPNVTVRANIAAITESDKFFINGSNWEGILGLAYAEIARPDDSLEPFFDSLVKQTHVPNLFSLQLCGASEVLASVGGSMIIGGIDHSLYTGSLWYTPIRREWYYEVIIVRVEINGQDLKMDCKEYNYDKSIVDSGTTNLRLPKKVFEAAVKSIKAASSTEKFPDGFWLGEQLVCWQAGTTPWNIFPVISLYLMGEVTNQSFRITILPQQYLRPVEDVATSQDDCYKFAISQSSTGTVMGAVIMEGFYVVFDRARKRIGFAVSACHVHDEFRTAAVEGPFVTLDMEDCGYNIPQTDESRSHHHH
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Discovery and optimization of a novel spiropyrrolidine inhibitor of {beta}-secretase (BACE1) through fragment-based drug design.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Beta-secretase 1
molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
source organism Homo sapiens
total genus 100
structure length 394
sequence length 400
ec nomenclature ec 3.4.23.46: Memapsin 2.
pdb deposition date 2011-10-28

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 3udqA01
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 3udqA02
2Q64A 5ISJA 2G20A 3PCZA 3L5BA 1A30A 2ZJHA 5P51A 3VUCA 5P1GA 4DJYA 4R5NA 1FGCC 5P23A 1EBWA 4EPJA 5P6FA 2HB3A 4OBFA 2XFIA 5COKA 5P6VA 3NU5A 4GMIA 3OQKA 4FS4A 3AUPA 2BPXA 3S54A 4JECA 2VS2A 3KM4A 5P0ZA 4I0EA 5P0BA 2O4SA 5P6EA 5P32A 5P0AA 5P12A 5P4OA 5P67A 3ZKGA 4I11A 2AVMA 4E43A 4RRNA 3FSMA 9HVPA 5BRYA 1VIKA 1IZEA 5I70A 5P1KA 4RVIA 5P78A 3LIVA 2VIJA 1T7IA 2ZHVA 3K5GA 4CPSA 4DJXA 5ENKA 5P3VA 5P0KA 5P05A 3IXOA 3T7QA 1FG8C 3LIXA 4ZEAA 2R9BA 1HTFA 5P6RA 1FQ6A 3I7EA 2ANLA 5P2FA 5SY3A 5P3IA 5OZKA 1MUIA 4Y57A 5P6QA 2HS2A 3NXEA 3OHFA 5P2KA 3OXCA 5P5RA 1E80E 3VEUA 1HEFE 4D85A 5P44A 4GZFA 1YX9A 3R1GB 5P8RA 3NUJA 5P8GA 2XFJA 3GI4A 5P3YA 5P7NA 5OZNA 2OAHA 1EPPE 5P5EA 2I4DA 5KR8A 3HBOA 5OZ5A 3DK1A 1MERA 3QBHA 2ZJJA 1OHRA 3LIQA 1EPNE 1MT7A 4BEKA 5DGUA 3K4VA 5P7HA 5OZEA 1XN2A 5P81A 4EJKA 2JYSA 1HPVA 3MSLA 1C6YA 5P85A 4HZTA 5ER2E 5P52A 1FQ8A 2JXRA 4R8YA 1HVHA 1PPKE 3UDJA 4D8CA 1A8KA 2PH8A 2QZWA 1IVQA 3LNKA 4R91A 3S53A 5P80A 1AM5A 1QRPE 3FV3A 1LS5A 1KJFA 4X7IA 2ZDZA 1QBSA 2A4FA 5P4BA 3S43B 5P02A 1XE6A 2V00A 1NPAA 5P1AA 1E82E 5P5GA 1NSOA 3EKVA 4Y5EA 2ZHSA 2ASIA 1YM4A 1IZHA 1RV7A 3UDPA 3FNUA 5OYXA 4NJVA 5P4QA 4LC7A 4RYGA 4NJTA 3RVIA 4OBZA 2HPFA 1SGZA 2QMDA 4H3GA 4R95A 5P6JA 4GB2A 3TLHA 2IGXA 1SIVA 3OQAA 1PROA 2NNPA 3DV1A 5OZWA 5OZDA 1F34A 4A6BA 4J0ZA 5P3ZA 4FAFA 4EHCA 4Y48A 4TVHA 4Y5AA 5OZ6A 4ZLSA 4J0VA 4HDBA 4Y4JA 2IDWA 2RKGA 4RRSA 2HIZA 3PSGA 4Y3MA 4H3FA 3SA5A 4RZ1A 1D4IA 2VA7A 3EBZA 5HDXA 1TSUA 4QLHA 2IKUA 3VSXA 4FRJA 3HW1A 5P0GA 4OD9A 5HD0A 2G69A 4Y51A 3OTSA 4YA8A 1LEEA 4RVXA 1ZSFA 1WBKA 2HS1A 3OUCA 4Y4GA 1SDTA 4Q5MA 1FIVA 5P36A 5P4GA 5P49A 3NDTA 1IZIA 5P82A 3SA4A 3TOFA 1BWAA 3S8IA 3EKQA 3RTNA 3EKYA 5P64A 4Y4UA 3VF3A 2QU2A 1T3RA 1K6TA 3BHEA 4X2LA 3OADA 1LYWA 1BIMA 5P5KA 5P08A 3QS1A 3Q6YA 2G24A 2IEOA 5OYZA 4EP2A 2I1AA 2RSPA 4FM7A 5P2RA 4AA8A 5P74A 4DJVA 2IKOA 3K5FA 3LZSA 4EXGA 3R4BA 4I0IA 5OZ9A 3HAUA 1IBQA 4RCDA 1LYAB 5P6PA 2HC0A 3U7SA 3EKWA 5P18A 4Y43A 4XX3A 5OZZA 4I0FA 5P6KA 5P8QA 1MESA 6APRE 3NDUA 2FNTA 3NDWA 5P0CA 2ZJKA 5P8KA 1BAIA 4FSEA 5OZIA 2PH6A 5P8BA 5P6XA 1U8GA 5P6HA 4GJAA 1AZ5A 3GW5A 1BDRA 1HVCA 4GJ8A 2G1OA 2OF0A 3PCWA 3O9CA 3VYDA 5IVSA 3EXOA 4DJRA 2F3FA 2V10C 4K8SA 1FEJC 1N49A 4GJ6A 2P3BB 5P4SA 5SZ9A 4OBGA 5HVPA 1SMEA 4Y3JA 4Y4WA 2I0AA 3M9FA 1LZQA 3KT5A 5FIVA 3SO9A 2OHKA 8HVPA 1A94A 2P8HA 3O9LB 4J0YA 5P38A 5APRE 2G1RA 5HCOA 1TZSA 3S56A 3UCBA 4ZPFA 1G6LA 5P1TA 5P3AA 5P2WA 5P0SA 4DH6A 3SA8A 3UDHA 3PWMA 5J25A 1G2KA 1HXBA 1HIHA 1AXAA 1ZP8A 3ER5E 5HE4A 2AVSA 5OZ8A 2RMPA 5I3YA 3UDYA 5P1ZA 1MIQA 2VIYA 4YE3A 5OYSA 5P2LA 3H0BA 5P6BA 2F3EA 3HLOA 4M8YA 4TVGA 3BUHA 3SM1A 1HIIA 3VF5A 1J71A 4EQ0A 3HZCA 1LYBB 2R3TA 4JOOA 3OK9A 5P8DA 4DPFA 5P3PA 5P5UA 3INHA 1FLHA 5I3WA 5P56A 1BVEA 2IQGA 3O9HA 2AQUA 4FRIA 3UQWA 3S45A 1HVRA 2UXZA 4DQBA 3T3CA 5DPZA 2ZHRA 3OQ7A 1YG9A 5I3VA 4GJ5A 5P48A 3C9XA 4Y5PA 2WJOA 5P2HA 5P09A 4EP3A 2FDPA 5P7QA 1AJVA 4J1HA 7HVPA 2PMAA 3QVCA 2FIVA 4B00A 2Q63A 2QMFA 1SDVA 1EPME 4U7QA 4CKUA 5P3QA 4OBKA 1LF2A 3O9GA 4HA5A 5P8HA 5P8AA 1ENTE 1GVTA 3T11A 1EBYA 1NH0A 5EZZA 5P0FA 3KMYA 4PHVA 3VLBA 1CZIE 3DV5A 1EC2A 4U7VA 5P4XA 3KDBA 2Z54A 4Y36A 4U8WA 4CP7A 2WF3A 5OZPA 2PK6A 4Y50A 5P8CA 4XX4A 3OOZA 5OZQA 1BXQA 3D1XA 3IA9A 5P5ZA 1MEUA 4LXAA 5P75A 1JLDA 5P6SA 4L7HA 5P17A 1B5FA 1HTGA 4EQJA 5P19A 5P2GA 2Q5KA 2VJ7A 1W6HA 2F3KA 4OBJA 3IVHA 5P8MA 5P84A 4COEA 2J9JB 5P4ZA 3U6AA 1OEXA 5KOSA 3OXXA 4DQFA 4Z22A 4Y5NA 2QU3A 3EM4A 3PSYA 5OZUA 2AVOA 5OZ2A 4YD4A 3LINA 3LZUA 3OXVA 4YOBA 3NYGA 1MVPA 3OXWA 1HSHA 4HE9A 2QNPA 2V16C 4RVJA 1W6IA 3OU4A 5ENMA 4DJOA 4Y4DA 5OZ7A 5P4LA 3PI0A 5P8UA 4CPRA 5P3LA 3RSVA 3TPRA 5P6YA 1GVXA 5P1FA 3IN3A 1E5OE 3F9QA 1YTHA 4L1AB 4MC6A 5P16A 2MIPA 5P69A 4JP9A 1EBKC 1Z1HA 3U71A 5P6GA 4HEGA 5P4MA 5P4TA 4DFGA 3SFCA 1APUE 5P63A 1FMXA 5P70A 1PPME 4Y5MA 1YT9A 3BXRA 3KMXA 4WTUA 3GI5A 1ZTZA 5P2SA 3LIZA 5HE5A 5P54A 4F75A 4Y4AA 5P7LA 1TW7A 5JFPA 2Q11A 5P11A 4K9HA 4GJDA 5P62A 1K2CA 4B0QA 1XE5A 5P2NA 4GYEA 3EKPA 3K5CA 3TPLA 2R5PA 4ZSQA 5JODA 2QMPA 1QBTA 1YTGA 2Z4OA 5P4YA 3OUAA 5P7SA 3QPJA 3UDNA 1ODXA 5P4EA 3OU1B 3APRE 3LZVA 5P4DA 1F7AA 4Y3HA 2OHQA 3OU3A 5P1EA 4PYVA 3UQPA 5P7EA 1FFFC 3NUOA 3KDDA 5P2AA 5TOLA 1MRWA 3D20A 1WBMA 4ZSMA 1MT9A 5P0OA 2FNSA 4Y3QA 1ZPKA 4FIVA 5P2UA 1FB7A 1D4JA 4OC6A 5P6DA 4HDFA 5P4UA 4J1EA 1FMBA 3KDCA 3IXJA 3QAAA 5P6LA 3CKTA 4KB9A 3DCRA 1B6JA 5P72A 4M8XA 5P2IA 5KR0A 2NR6A 3O9FA 1K6CA 5P2EA 4I0GA 5P1WA 5P43A 2FGUA 4LXMA 1FQ4A 2G22A 4QGIA 5P6ZA 2HB4A 3SKFA 3SABA 5P0UA 4RCEA 1HHPA 2NNKA 3HAWA 5P7IA 4Z50A 1SGUA 4I0DA 3FIVA 4YBFA 3ZMGA 5KAOA 2QP8A 1D4HA 1KJHA 2ER7E 5P3CA 5P2MA 1BILA 3VV6A 5DQ1A 3ZKXA 2V0ZC 4RLDA 5P47A 2Q55A 1QBUA 4FSLA 5P31A 5JG1A 1SIPA 3TKWA 3CMSA 3MXEA 3VFBA 2B7ZA 2NPHA 3HD8A 4H3IA 5T4SA 5P5MA 4ER4E 3NWXA 1TCWA 1HVKA 5P3HA 5P73A 4DQEA 4AZYA 4J1CA 2OHPA 1MSMA 1TSQA 3PI5A 5KOQA 5P4JA 4QJ8A 3QRSA 3BRAA 4S1GA 3QROA 4K4PA 2J9KA 3UDRA 2CEJA 4IVTA 5P4HA 4FRSA 1DAZC 3DJKA 5P0JA 4CPWA 2WEDA 1D4YA 3APPA 1E81E 4I0ZA 4ZSRA 5P5VA 1T6GA 2ZJNA 5E5KA 2WF2A 4EJDA 5P5NA 4Y3SA 3SA9A 5P8NA 1MT8A 3GGVA 4J1IA 2QHYA 3ST5A 2VIEA 4YBIA 3DOXA 4TRWA 1APWE 3SM2A 5P40A 4HLAA 3DUYA 1OD1A 2AOHA 5DQCA 1HXWA 4GJBA 5P7GA 3LHGA 4YCKA 3OWNA 4N00A 5P5IA 5P5YA 2V11C 3HDKA 4YCYA 2H6SA 2B60A 3BVAA 5P8TA 2JJJA 2R43A 3OUDA 2IENA 5OZTA 5BS4A 5COPA 5P55A 1IDBA 5P7YA 4IVSA 1HPSA 2AZCA 1C6ZA 3L59A 3L3AA 3UQXA 2QD6A 2ZHUA 3GI0A 1DP5A 1META 1RL8A 5P39A 5P1HA 1UPJA 4NJUA 3PGIA 2IL2A 1FMUA 4LBTA 3OAGA 1HWRA 5P00A 5AGZA 5SXNA 1W5WA 2Q15A 5P28A 5P7KA 2AZBA 2PK5A 3ZLQA 3QP0A 4KE1A 2QD7A 4Y3ZA 2NXDA 5P6AA 4Y3EA 4EJ8A 4Q1XA 3IGBA 2AODA 2BKSA 1EC1A 5P0TA 1HSGA 2NXLA 3RTMA 3IAWA 1QBRA 3PB5A 5P6OA 5P57A 2QZLA 5P6TA 3L38A 5IVQA 3T7XA 1B6MA 4J5JA 4LAPA 5OYYA 5P1XA 4A4QA 5OYRA 5P2CA 5DR0A 5P4VA 4Y3GA 1FQ5A 3INEA 3PJ6A 3KFNA 1DIFA 2FMBA 2P3AA 2G1NA 4R93A 4RGHA 5DQ2A 3CYXA 5OYWA 5P35A 3WB4A 3D3TA 5P7VA 1HVIA 3PHVA 3TKGA 4Y3WA 4K4RA 3ECGA 1LV1A 5P1OA 2O4NA 5P87A 1ER8E 3PWRA 5P77A 2ZJIA 1GNNA 1BWBA 4DJPA 1NPWA 5OZ4A 4DJQA 1W5YA 4Y5GA 2O40A 5P65A 1EPQE 4DV9A 4B77A 4ACUA 2A1EA 3SLZA 5F00A 2WEBA 2O4PA 5P4KA 2AZ9A 5P1RA 5OYVA 1M4HA 5CONA 5IE1A 3GGAA 2QNQA 3MWSA 4GJ7A 5P07A 4J0TA 3VLAA 1EPLE 1MSNA 1G0VA 5P1PA 4EXHA 4CMSA 4FL8A 4Y5KA 2VNMA 3NXNA 4Y9WA 5OZCA 1RPIA 3EKTA 5P6WA 4GJ9A 3BC4A 3O99A 1APVE 4ZE6A 2G1SA 2ZHTA 3KA2A 2AOCA 5P4FA 5OZYA 3CKRA 5P8JA 4NJSA 3TTPA 3SAAA 1GVVA 1EC0A 4Y3RA 3MSKA 5P01A 1HPOA 1C70A 4K4QA 3PWWA 2AOIA 4H1EA 4F76A 4RYCA 2VA5A 5P4CA 5P7TA 5P4WA 5P10A 5DQ5A 4J1FA 5P8FA 2BKTA 3G6ZA 5P3RA 4CPUA 4L6BA 1EPRE 2RKFA 5E5JA 2XFKA 5P5HA 3WSJA 5P27A 2APRA 2AOJA 5P8IA 1DMPA 3PBZA 4YDGA 2UPJA 5P3JA 3WZ7A 4Y5LA 5P30A 3VCMA 1PSAA 2HM1A 5P2ZA 5P7PA 5HE7A 1FQ7A 1D4KA 3B80A 1PSOE 3K5DA 2B8LA 3KYRA 5P3KA 5P22A 1SBGA 3SA6A 4HVPA 4MC2A 5B18A 5P66A 1MRXA 5OYTA 3N4LA 4OBZB 5DGWA 2I4XA 4ZPEA 5KQYA 4Y3PA 3ZOVA 1ODWA 4J55A 3VF7A 5P7AA 5P7OA 1PSNA 3LITA 2Q3KA 1ZSRA 4Y3NA 3R2FA 5AH8A 1MTRA 4Y39A 4B78A 4QJ9A 2B7FA 5P37A 5P14A 3GGXA 3PLDA 1T7JA 3K1WA 5P5BA 4JPCA 5DR8A 5P8LA 3BUFA 6UPJA 5P1CA 5P2OA 1KZKA 4B72A 4Y35A 4I12A 4WY6A 5KQXA 4YCTA 1BDQA 2QCIA 2SAMA 4FAEA 4Y6MA 3NU3A 3UFLA 3S43A 4ER2E 5OZBA 3LPIA 5P3UA 4OD9B 5I3XA 1DPJA 3VSWA 3PM4A 5F01A 3SKGA 3UFNA 6FIVA 3PMUA 2WEAA 5P3TA 4B1DA 4RROA 4YD7A 2PSGA 4J1KA 4LXKA 3SQFA 4KE0A 3OGPA 3FX5A 5AHAA 3T6IA 1EBZA 5P7XA 1GKTA 5P1LA 1KJ4A 3KFRA 2UY0A 5OZ1A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 2Q64 A;  5ISJ A;  2G20 A;  3PCZ A;  3L5B A;  1A30 A;  2ZJH A;  5P51 A;  3VUC A;  5P1G A;  4DJY A;  4R5N A;  1FGC C;  5P23 A;  1EBW A;  4EPJ A;  5P6F A;  2HB3 A;  4OBF A;  2XFI A;  5COK A;  5P6V A;  3NU5 A;  4GMI A;  3OQK A;  4FS4 A;  3AUP A;  2BPX A;  3S54 A;  4JEC A;  2VS2 A;  3KM4 A;  5P0Z A;  4I0E A;  5P0B A;  2O4S A;  5P6E A;  5P32 A;  5P0A A;  5P12 A;  5P4O A;  5P67 A;  3ZKG A;  4I11 A;  2AVM A;  4E43 A;  4RRN A;  3FSM A;  9HVP A;  5BRY A;  1VIK A;  1IZE A;  5I70 A;  5P1K A;  4RVI A;  5P78 A;  3LIV A;  2VIJ A;  1T7I A;  2ZHV A;  3K5G A;  4CPS A;  4DJX A;  5ENK A;  5P3V A;  5P0K A;  5P05 A;  3IXO A;  3T7Q A;  1FG8 C;  3LIX A;  4ZEA A;  2R9B A;  1HTF A;  5P6R A;  1FQ6 A;  3I7E A;  2ANL A;  5P2F A;  5SY3 A;  5P3I A;  5OZK A;  1MUI A;  4Y57 A;  5P6Q A;  2HS2 A;  3NXE A;  3OHF A;  5P2K A;  3OXC A;  5P5R A;  1E80 E;  3VEU A;  1HEF E;  4D85 A;  5P44 A;  4GZF A;  1YX9 A;  3R1G B;  5P8R A;  3NUJ A;  5P8G A;  2XFJ A;  3GI4 A;  5P3Y A;  5P7N A;  5OZN A;  2OAH A;  1EPP E;  5P5E A;  2I4D A;  5KR8 A;  3HBO A;  5OZ5 A;  3DK1 A;  1MER A;  3QBH A;  2ZJJ A;  1OHR A;  3LIQ A;  1EPN E;  1MT7 A;  4BEK A;  5DGU A;  3K4V A;  5P7H A;  5OZE A;  1XN2 A;  5P81 A;  4EJK A;  2JYS A;  1HPV A;  3MSL A;  1C6Y A;  5P85 A;  4HZT A;  5ER2 E;  5P52 A;  1FQ8 A;  2JXR A;  4R8Y A;  1HVH A;  1PPK E;  3UDJ A;  4D8C A;  1A8K A;  2PH8 A;  2QZW A;  1IVQ A;  3LNK A;  4R91 A;  3S53 A;  5P80 A;  1AM5 A;  1QRP E;  3FV3 A;  1LS5 A;  1KJF A;  4X7I A;  2ZDZ A;  1QBS A;  2A4F A;  5P4B A;  3S43 B;  5P02 A;  1XE6 A;  2V00 A;  1NPA A;  5P1A A;  1E82 E;  5P5G A;  1NSO A;  3EKV A;  4Y5E A;  2ZHS A;  2ASI A;  1YM4 A;  1IZH A;  1RV7 A;  3UDP A;  3FNU A;  5OYX A;  4NJV A;  5P4Q A;  4LC7 A;  4RYG A;  4NJT A;  3RVI A;  4OBZ A;  2HPF A;  1SGZ A;  2QMD A;  4H3G A;  4R95 A;  5P6J A;  4GB2 A;  3TLH A;  2IGX A;  1SIV A;  3OQA A;  1PRO A;  2NNP A;  3DV1 A;  5OZW A;  5OZD A;  1F34 A;  4A6B A;  4J0Z A;  5P3Z A;  4FAF A;  4EHC A;  4Y48 A;  4TVH A;  4Y5A A;  5OZ6 A;  4ZLS A;  4J0V A;  4HDB A;  4Y4J A;  2IDW A;  2RKG A;  4RRS A;  2HIZ A;  3PSG A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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