3UDRA

Crystal structure of bace with compound 14
Total Genus 102
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
102
sequence length
400
structure length
394
Chain Sequence
FVEMVDNLRGKSGQGYYVEMTVGSPPQTLNILVDTGSSNFAVGAAPHPFLHRYYQRQLSSTYRDLRKGVYVPYTQGKWEGELGTDLVSIPHGPNVTVRANIAAITESDKFFINGSNWEGILGLAYAEIARPDDSLEPFFDSLVKQTHVPNLFSLQLCGASEVLASVGGSMIIGGIDHSLYTGSLWYTPIRREWYYEVIIVRVEINGQDLKMDCKEYNYDKSIVDSGTTNLRLPKKVFEAAVKSIKAASSTEKFPDGFWLGEQLVCWQAGTTPWNIFPVISLYLMGEVTNQSFRITILPQQYLRPVEDVATSQDDCYKFAISQSSTGTVMGAVIMEGFYVVFDRARKRIGFAVSACHVHDEFRTAAVEGPFVTLDMEDCGYNIPQTDESRSHHHH
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

publication title Discovery and optimization of a novel spiropyrrolidine inhibitor of {beta}-secretase (BACE1) through fragment-based drug design.
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
source organism Homo sapiens
molecule keywords Beta-secretase 1
total genus 102
structure length 394
sequence length 400
ec nomenclature ec 3.4.23.46: Memapsin 2.
pdb deposition date 2011-10-28

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 3udrA01
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 3udrA02
4PHVA 5P0OA 3GI4A 3SKGA 1MT9A 5P1YA 3FNTA 5P6NA 4FAFA 2ER7E 2ZJMA 5EZZA 1XE5A 5P4FA 5DQ5A 1IVPA 2F3FA 5OZYA 5P1NA 1K6VA 4EP3A 3EMYA 1BV7A 1B6JA 4TVHA 1HVIA 2XYEA 1SIPA 2QHYA 5P6SA 3NYGA 4DPIA 4A6CA 2QNPA 3T6IA 3ZKXA 4YBIA 1JLDA 5P6DA 5P58A 4Q5MA 4I0EA 5IVQA 3O9LA 3TOFA 2Q15A 5DR1A 1EPQE 2AQUA 5P6VA 4Y56A 4ZSRA 4J54A 2P83A 1AAQA 3OXWA 3LIVA 2AOHA 2QNQA 3UQWA 4GZFA 3K5GA 1DIFA 2R43A 5P4PA 5P7PA 1FQXA 1NPAA 5DQCA 2QD8A 5P3XA 1SGZA 4H3IA 5P1LA 5P51A 5P00A 3UFLA 2NR6A 5OZNA 2Q63A 5KR2A 5P48A 2VA6A 3H5BA 1B11A 2AIDA 1HHPA 5P0DA 1FMXA 3NSHA 5P69A 3G6ZA 4ACUA 5P7SA 5P2SA 2AVSA 1MIQA 5DR8A 1HBVA 1NH0A 3KT2A 1EBYA 3NLSA 4DJUA 1ODXA 2O4SA 3PBZA 2I4VA 2P3CA 3HAWA 5P11A 4GJDA 3QN8A 4Y3ZA 1TQFA 4Y5CA 5DR7A 5AHAA 1ZSRA 3R1GB 3TPPA 5OYSA 5P6FA 4Y5EA 1GVVA 2I1AA 1BVEA 3TPRA 4NKKA 3CMSA 5P32A 5ENMA 2JYSA 3SA8A 3TH9A 5HU0A 5P2VA 1IVQA 2WF0A 5P36A 4RVJA 3VF3A 1E5OE 5P60A 2OF0A 5P1UA 5OZEA 2G1RA 3S43B 3NU9A 5P0KA 3SA4A 1K1UA 5DR4A 1SH9A 2HPEA 1T7IA 5HU1A 1RQ9A 5CONA 4J0PA 4KB9A 3NDWA 5P3LA 5BWYA 5P8TA 3IVIA 5IE1A 3VUCA 5P42A 3O9IA 2UPJA 2FNTA 1AM5A 3QPJA 4I0FA 1ZSFA 2G94A 3L5CA 1BAIA 5DGWA 5P2TA 4Y5MA 2AOGA 5E5JA 5P71A 1D4KA 4KE0A 5P6BA 2XFIA 5KQFA 5P19A 3ZKQA 2PYNA 1MPPA 1WBMA 3O9CA 2R5PA 4Y51A 5P5QA 2AODA 4Y3YA 5P4WA 5P8MA 2QCIA 1XS7D 4ZLSA 4QJ9A 3SLZA 3PJ6A 3EKTA 1W5WA 4OD9B 5P05A 2J9JB 5P7VA 2QK5A 5ISKA 3BVBA 5P5FA 3QBHA 5P3JA 4D85A 5P1ZA 1CZIE 5OZ2A 1ZAPA 1BDRA 5P7UA 3U7SA 4DJWA 5P23A 3OU1B 3L5DA 2FNSA 4RYCA 4WY6A 3SA3A 5P5CA 5OYQA 4EJDA 5C9FA 2OAHA 4I0HA 4OBHA 5P0FA 5P2EA 2QAKA 2ZHVA 5P7MA 5C9DA 4J0TA 2ZYEA 5P44A 1IZHA 4Y4JA 5P1RA 4QJ6A 4RGHA 1QDMA 5P2WA 5P3RA 2G27A 1AJVA 2HPFA 5KR1A 5P37A 4Y3NA 1T6EX 4HVPA 4I1CA 4I0JA 3F9QA 4DUSA 5IVRA 5P5IA 4FRSA 1GVUA 4M8XA 1TZSA 5P8HA 3T7XA 1WBKA 5P0BA 4L7HA 2PH6A 4YCYA 1DAZC 5P81A 5T4SA 1FKNA 4I0ZA 2F3EA 4GJ6A 1YTGA 2I4DA 2VJ7A 4Y50A 2F81A 4YHQA 4B05A 3OQDA 3VF7A 4I0DA 4YCKA 4ZPGA 1MESA 5P2JA 2FDDA 5P28A 3O9FA 4HEGA 3N3IA 4Y5BA 1RPIA 5P3MA 5P4XA 1LS5A 1FGCC 1HOSA 1SMRA 3JW2A 3Q70A 5AH6A 3HZCA 3U6AA 1LYAB 3S8IA 5P24A 5P4NA 4Y3DA 1W5XA 3KN0A 4RZ1A 1EPOE 4MC1A 3AIDA 4KUPA 1HSIA 5P2UA 1APWE 1HIVA 2VIYA 5P0MA 2V16C 4GJ8A 5P1GA 4AA8A 2I4QA 3PRSA 5P4GA 3O9LB 2IDWA 5KQZA 3EM6A 5DR0A 2VNMA 5P5LA 1EEDP 3PBDA 1A8KA 4ZSMA 4R8YA 3EL0A 3GI6A 4B78A 3EKXA 2H6TA 1LYBB 5P8NA 2QU3A 4YDGA 5OZ1A 4GMIA 3K1WA 4Y9WA 2R5QA 2BBBA 5P4DA 2Q11A 4OC6B 5P6IA 3PM4A 3DJKA 1TW7A 5P1FA 5P56A 3I7EA 5IS4A 4Y3QA 2QI4A 5KQYA 2QI6A 4DJYA 1ZTZA 4Q1WA 3BGCA 1D4SA 4YD6A 3QBFA 1A8GA 3SACA 1A94A 2B7FA 5P5HA 2QI1A 5P61A 2RMPA 5P06A 3NUJA 3BVAA 1IZIA 3BUHA 3O9BA 2QZLA 1EPPE 3VV6A 5OZZA 5OZDA 2ASIA 5AHBA 5P76A 5P3UA 1T7JA 5P2XA 4JECA 4EWOA 5SY3A 3KDDA 5OZCA 4KE1A 5JODA 7UPJA 5P7DA 1QBSA 2V0ZC 5P0ZA 3VYEA 3EKQA 3KDCA 1EAGA 5P31A 1T6GA 5P5NA 3SQFA 1LF3A 2WF1A 2OHRA 5OZIA 3LPIA 4LBTA 3K5CA 2ZDZA 4Y4AA 1EC3A 4Y37A 5P88A 5P6CA 3UDHA 4JOOA 1F34A 4XKXA 2OHKA 1HTGA 3OQFA 3PEPA 3QVIA 4DJOA 1CMSA 5P73A 3C9XA 4H1EA 3MXDA 4YOBA 2P3BB 2AVMA 4J5JA 4TRWA 1QBTA 2IENA 4RRSA 4Y4TA 4I10A 2OHQA 2OHLA 5HE4A 2QZKA 1MSMA 2PYMA 4FE6A 2J9KA 4IVTA 4GB2A 1PPME 5P16A 5P67A 3KMXA 3IAWA 3CKTA 2ZJNA 1YT9A 5P7AA 4ZIPA 3PSGA 5IVTA 5P6AA 2G1YA 2ZHSA 4N00A 2A4FA 5J25A 3SM1A 5P3NA 4Y6MA 3S7MA 5KOSA 3CYWA 5P6WA 1YM2A 3WSJA 4B70A 5P47A 5OYUA 4EQJA 2WHHA 1XN3A 3LIXA 2QI7A 5P49A 5P8CA 4GJBA 3NWQA 1HTRB 3VYFA 5P0JA 5P83A 5P1HA 1G35A 3BXSA 2IEOA 4Y57A 2I4WA 1YG9A 3A2OA 4LHHA 5P5UA 4OBZB 3ZKMA 3VSWA 1B5FA 1G6LA 5P1DA 4FSEA 3NUOA 5OZ6A 1RV7A 3ZPTA 3TOGA 2F8GA 5P4EA 1KJ7A 4LL3A 1W50A 4YD7A 5P0RA 5OZLA 4LXMA 4EJLA 3WZ7A 4DPFA 5AH7A 5P25A 3S45A 1FFFC 4Q1YA 3KMYA 3PWWA 1QBRA 3PVKA 4GJ7A 5P7LA 3UTLA 2NNPA 3DCRA 3K4VA 4GJCA 1A30A 2MIPA 5P5SA 3TPLA 3PMUA 3UQPA 2IS0A 1FG8C 2O40A 4RYGA 3ZPSA 5P4ZA 3EL1A 5P0SA 3VLBA 3KT5A 5P6LA 3L3AA 2QNNA 3RTMA 5DQ4A 3PLDA 1OD1A 4L1AB 5P4KA 2WJOA 5HCOA 4WTUA 4YBFA 1PROA 2AVVA 2ZHRA 2BPYA 3ER5E 2JXRA 1U8GA 4CPXA 6APRE 4K4RA 2FDEA 2WL0A 4Y3AA 2PH8A 1FIVA 3ZKIA 5P14A 4HA5A 1Z1RA 3QS1A 4OBJA 5P3DA 1UH7A 3UQRA 2Q55A 4J1FA 2PSGA 2WKZA 5BRYA 1LV1A 3TL9A 2ER9E 4Y45A 5FIVA 5P4LA 5P52A 5P4UA 2JE4A 4Y3TA 3Q4BA 4I8ZA 5P5GA 5I70A 3NU4A 5OZ5A 5P15A 3OQ7A 5AGZA 5P3BA 5P2OA 2HM1A 2PK5A 2VA5A 5P2BA 5P0WA 1W5YA 5P5XA 4JPCA 5P1KA 4R93A 1FB7A 5P33A 2V10C 1HXBA 1UH9A 2FGUA 5P6ZA 4QLHA 5P4HA 3IN3A 4Y48A 1SDVA 5P3VA 3BGBA 5P1VA 2HB2A 4U7QA 5P13A 5OZHA 2PSUA 3IVHA 4OBFA 3TPJA 3QRMA 5P6RA 5P4BA 1NPVA 4Y53A 5P38A 3APPA 3BHEA 3GGUA 4Y3EA 4EPJA 4Y4BA 1HEGE 2FLEA 3RSVA 1K2CA 2BPXA 2QI3A 4Y3WA 4ZEAA 5OZAA 1KJHA 4JPEA 5P4YA 1HIIA 5P3ZA 3VEUA 4J1CA 4B72A 1M4HA 5P0CA 5ER1E 1AJXA 5P5KA 5P3AA 3EL5A 5OZMA 3NWXA 3QAAA 3DCKA 1ER8E 4Y4DA 1TCXA 2Q5KA 4Y4XA 2QD6A 3OAGB 3O9DA 1ZBGA 3VV8A 3R2FA 2OHUA 1KJFA 4LXAA 3T7PA 5P0IA 5P7BA 3R0WA 2XFJA 4AUCA 1FQ5A 2I4UA 3OUDA 2WF2A 5P7CA 2AOIA 3UDRA 2H6SA 5I3WA 5P39A 4RCEA 5P2QA 1SBGA 1LF4A 4WY1A 3URLA 3OU4B 5P8BA 3VFBA 4L7JA 5HVPA 1ZLFA 4GYEA 4Y4GA 5P1WA 1XL5A 3LPJA 1HEFE 3ZKNA 3NDUA 4I8WA 4NJVA 3OQAA 5P7OA 3VYDA 3ER3E 2UXZA 3SA9A 2HB3A 3EXOA 2HS1A 5F01A 4FM7A 2OHPA 5OZ9A 5TOLA 4A4QA 5P8VA 1K1TA 5P5PA 1LYWA 4QGIA 2G1OA 1BV9A 4DQEA 2ZJLA 2PC0A 5P75A 1ODYA 3SAAA 1IBQA 2ZJKA 5P8LA 4ZSPA 3L58A 5KOQA 2EWYA 3TOHA 3I2LA 3NU5A 4F75A 2QMFA 4DQGA 3OHHA 5P85A 1DP5A 5P62A 3SFCA 5P04A 4Y58A 4QJ8A 1BIMA 2B42A 4RCDA 1Z8CA 1B6MA 1META 3FKTA 1G2KA 1FMUA 2HIZA 3MXEA 3PCZA 5OZRA 5OZWA 3UFNA 2OHTA 1LZQA 2RSPA 3OTSA 2QZXA 1T7KA 4GIDA 4B1EA 1YTJA 2RKGA 3S53A 4TRYA 5OZPA 3U71A 3HW1A 3ECGA 2VNNA 4U7VA 2AOEA 3SA5A 5P2AA 1MT8A 2WEAA 4BFDA 4FRKA 1XL2A 3H0BA 5P4RA 1EC0A 2QMGA 3KFRA 2PWRA 4FGXA 2AZBA 5OYVA 3OADA 5P6EA 3VV7A 3OXXA 5P66A 4Y3RA 3O99A 5P1JA 1MUIA 1ODWA 3RSXA 1ME6A 5OYWA 5P86A 2QMPA 5HDUA 4Y44A 5P40A 1IZEA 1BXQA 5P3HA 4Y38A 5OZJA 5P0QA 3ZOVA 3PHVA 4BFBA 1EBKC 4GJ5A 1SMEA 5P2MA 5OYZA 4XXSA 5P6UA 4Y4WA 3KFNA 4R95A 4F74A 1TSUA 5IVSA 5KAOA 2XYFA 5P0EA 4RLDA 4J1KA 5P4IA 3URJA 1FQ4A 4DQCA 5P4CA 1PFZA 1HVSA 5OZXA 1C6ZA 5P1PA 3HBOA 4B77A 2B60A 4Y3FA 2BQVA 2I0DA 4I12A 5OZVA 3QI1A 2BPZA 3O9GA 6FIVA 5ISJA 2APRA 3BUFA 2V12C 4L7GA 3K4VC 2NMYA 3BXRA 4A6BA 2NPHA 3MWSA 3GI0A 3M9FA 4K4PA 1OHRA 5P4OA 5HCTA 3S54A 3ZMGA 2QHCA 4YOAA 3PGIA 3FV3A 4LP9A 2G20A 2WF3A 4COEA 6UPJA 3KFPA 3UDQA 1NPWA 3URIA 1SDTA 5HE5A 3UDPA 4PZXA 5P4AA 4EQ0A 5KR8A 3QRVA 5P0TA 8HVPA 5P8AA 3UDNA 3UF3A 1MRWA 4TVGA 3I8WA 2V13A 9HVPA 3WZ8A 4AMTA 2P8HA 5HDVA 5P1QA 1B6PA 3UDMA 4EHCA 1HRNA 2PWCA 4Y5GA 4MC6A 5P5DA 3CKPA 3Q5HA 3OHFA 2R9BA 1HTEA 3FSMA 5JG1A 5P1BA 1K6TA 3AUPA 3KA2A 3SKFA 4APEA 3EKVA 2VJ9A 2Z4OA 5P1OA 5P3IA 3VSXA 3JVYA 4DV9A 4ACXA 5P82A 1RL8A 3O9HA 4F73A 4F76A 5P6YA 3INEA 4FSLA 5P79A 3S43A 2PSVA 2RKFA 3LZVA 1T3RA 2NXDA 2O4LA 1HSGA 2CEMA 1FG6C 3UHLA 3FNUA 3INFA 4Z50A 2R3TA 3RU1A 4GJ9A 5P78A 3DM6A 4J17A 4DH6A 1PPLE 3CIDA 4EXHA 1PSAA 3CKRA 5P20A 5P26A 1BWBA 5P43A 1HVKA 5P55A 3ZKGA 3FNSA 3S2OA 5AHCA 4Y4EA 2JJJA 5P72A 1WKRA 5P8DA 3D20A 2IQGA 1Q9PA 2IGYA 5ER2E 1IDBA 3UDJA 4J0VA 5P2LA 5P2IA 2AOJA 3HDKA 1GKTA 2WEDA 3GW5A 5BS4A 5P0YA 3NXEA 2BKSA 1HPSA 5P29A 3D1YA 1DMPA 1B6LA 2OHNA 2ZHUA 5P1TA 1SGUA 1Z1HA 4XX3A 5P6MA 3IXKA 4HZTA 1N49A 4ER2E 2FXDA 4H3FA 5P5BA 5P53A 3FX5A 4OD9A 2J9JA 1TCWA 5OZ7A 2IRZA 5P2DA 2G1SA 3CIBA 5P6TA 1HPOA 3MSKA 3OQKA 5P3TA 2AVOA 3OU1A 3MSLA 4J55A 4OBGA 1GVWA 2QHZA 4Y3MA 1HXWA 4I0GA 1ZPKA 3NDTA 2ER0E 3UDKA 5P35A 1NSOA 4LC7A 5AH9A 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 4PHV A;  5P0O A;  3GI4 A;  3SKG A;  1MT9 A;  5P1Y A;  3FNT A;  5P6N A;  4FAF A;  2ER7 E;  2ZJM A;  5EZZ A;  1XE5 A;  5P4F A;  5DQ5 A;  1IVP A;  2F3F A;  5OZY A;  5P1N A;  1K6V A;  4EP3 A;  3EMY A;  1BV7 A;  1B6J A;  4TVH A;  1HVI A;  2XYE A;  1SIP A;  2QHY A;  5P6S A;  3NYG A;  4DPI A;  4A6C A;  2QNP A;  3T6I A;  3ZKX A;  4YBI A;  1JLD A;  5P6D A;  5P58 A;  4Q5M A;  4I0E A;  5IVQ A;  3O9L A;  3TOF A;  2Q15 A;  5DR1 A;  1EPQ E;  2AQU A;  5P6V A;  4Y56 A;  4ZSR A;  4J54 A;  2P83 A;  1AAQ A;  3OXW A;  3LIV A;  2AOH A;  2QNQ A;  3UQW A;  4GZF A;  3K5G A;  1DIF A;  2R43 A;  5P4P A;  5P7P A;  1FQX A;  1NPA A;  5DQC A;  2QD8 A;  5P3X A;  1SGZ A;  4H3I A;  5P1L A;  5P51 A;  5P00 A;  3UFL A;  2NR6 A;  5OZN A;  2Q63 A;  5KR2 A;  5P48 A;  2VA6 A;  3H5B A;  1B11 A;  2AID A;  1HHP A;  5P0D A;  1FMX A;  3NSH A;  5P69 A;  3G6Z A;  4ACU A;  5P7S A;  5P2S A;  2AVS A;  1MIQ A;  5DR8 A;  1HBV A;  1NH0 A;  3KT2 A;  1EBY A;  3NLS A;  4DJU A;  1ODX A;  2O4S A;  3PBZ A;  2I4V A;  2P3C A;  3HAW A;  5P11 A;  4GJD A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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