3UF3A

Crystal structure of multidrug resistant hiv-1 protease clinical isolate pr20
Total Genus 16
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
16
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWKRPFVTVKVGGQLKEALLDTGADNTIFEDINLPGRWKPKMVGGIGGFLKVREYDQVPIEIAGHKVIGTVLVGPTPVNVIGRDTMTQIGATLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title HIV-1 protease with 20 mutations exhibits extreme resistance to clinical inhibitors through coordinated structural rearrangements.
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase
source organism Human immunodeficiency virus 1
molecule keywords HIV-1 protease
total genus 16
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2011-10-31

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 3uf3A00
3SA9A 1AJXA 5P4VA 3PEPA 4FM7A 2ZJKA 4OBZA 1EEDP 3RTMA 3PBDA 5CONA 4YD6A 4ZPFA 4QJ2A 2I1AA 3IAWA 3OUDB 5OZ1A 1G6LA 4Y4GA 3TPLA 2HB2A 5P42A 1YTHA 5HD0A 2WKZA 3HVGA 1D4LA 2Q55A 3OU4B 5P1ZA 5SZ9A 5P4ZA 4Z2ZA 5P59A 3O9LA 3MSKA 4A6BA 5DR8A 1HHPA 3KFNA 4Y3LA 5P8QA 2JYSA 2QMFA 1LEEA 5P18A 3OOZA 3OHFA 4L7HA 4Y3XA 3OXWA 4JPEA 4OBFA 3SKFA 5OZXA 5C9FA 2ANLA 3F9QA 5OZKA 1EC3A 3UQWA 5F01A 4H3JA 5OZZA 2RSPA 5P02A 3TOHA 2NMZA 5P2RA 5P4LA 4OBJA 4APEA 4GZFA 5P09A 5P6WA 4FCOA 1RPIA 2G94A 2QAKA 3EM6A 3OWNA 1PPLE 2IENA 3G72A 4Y41A 5P47A 2ZJIA 2I0AA 1YM2A 4TRZA 3OQDA 5P4RA 3GGUA 1DP5A 2IGYA 5P8SA 2FDPA 4R8YA 5P3MA 3RSXA 3OAGB 5P1XA 5P66A 5B18A 3SA4A 1LYAA 3JW2A 3NYGA 3BHEA 3S7MA 1CZIE 3C9XA 5P5SA 4WY1A 5P6NA 1EPME 3IN3A 1BWAA 1HTFA 4GJ7A 5IVSA 3LNKA 1HVSA 3GGVA 3SA5A 4DJWA 2AVVA 2AVMA 4Y45A 3ZKXA 4EJDA 3BUGA 5P1NA 1XE5A 1T3RA 5P3OA 5DR0A 5KAOA 1HIHA 1ZSRA 2R5PA 3CKTA 5P4CA 4R91A 1HEGE 2NNKA 4Y48A 4YCTA 2HIZA 5P33A 4GJAA 5DGUA 2QI7A 3IVIA 1W6IA 4IVSA 1XN3A 3UF3A 5P5FA 5OZBA 3EBZA 2FXDA 4BEKA 4ZPEA 2G20A 5P22A 3UCBA 5P3EA 5P6XA 2HS1A 3OTYA 4KB9A 4PHVA 1GVXA 3PSGA 3ZL7A 3R2FA 2VNNA 4EYRA 3UDPA 5P7AA 5P5MA 1EC0A 3WB4A 2FGUA 5P0TA 1ZPAA 4EP2A 1WBMA 4Y5PA 4N00A 4K8SA 5P81A 3HVPA 4GJ9A 4J1FA 2OF0A 5P53A 1AAQA 4FS4A 1M43A 3TKWA 4DQFA 1UPJA 4EQ0A 5P52A 4OBZB 5P3PA 1IZIA 2VJ7A 3NLSA 3O9FA 2R8NA 5P5XA 2BKSA 1ZP8A 1Z1RA 5EZXA 1OEWA 5P7HA 2VS2A 3WZ7A 4DV9A 3NU4A 4Y3TA 4DJRA 4B78A 3R0WA 4CKUA 1SGZA 3MXEA 5P5PA 5E5JA 1OHRA 3QIHA 3O9LB 4J54A 5P5BA 2AQUA 3DJKA 5P0OA 2AOFA 5P1AA 5P3IA 5HTZA 3D1ZA 3LIXA 3O9GA 3FIVA 5P0IA 1DW6C 5P79A 2P3AA 1MT7A 5OZDA 5P40A 4Y54A 4B72A 5KR1A 2QZKA 2AOIA 1DPJA 4GB2A 4WY6A 5P3FA 5HE5A 5OYXA 3QRSA 2AVQA 1B11A 5P61A 2WEZA 3EKWA 5P36A 4Y56A 5P63A 2UPJA 3OUBA 5COKA 5P5HA 3UQXA 5KR8A 5P5EA 5AGZA 4Y3HA 3NDWA 2J9JA 2R3WA 4RCEA 5P1HA 2HAHA 1B6JA 4FE6A 4COEA 2Q15A 5BS4A 3O9AA 2PYMA 3ER3E 1AJVA 5P68A 1BILA 2R43A 5P4KA 3ZOVA 3K1WA 1D4SA 5E5KA 3HD8A 1LYAB 4Q5MA 3CIBA 2BPVA 3DCRA 3EXOA 4XX3A 1PSOE 4AMTA 2B8LA 4I0IA 5P4XA 3H0BA 4MC1A 1ENTE 3ZKGA 3VG1A 1HBVA 4YDGA 1GVVA 4Y44A 1YTJA 3KDBA 5P00A 3IVHA 1SMEA 1GNMA 1C6ZA 5P0FA 5OZWA 2I4WA 5AHAA 1XL2A 3PLLA 1DMPA 5P8FA 5P1MA 4RROA 4J0ZA 1U8GA 3L3AA 4TVGA 5P2MA 3EL0A 5I3XA 3PMYA 4JP9A 5P8RA 3K5DA 4EJLA 4D83A 5P7NA 4RYCA 4E43A 3U6AA 2NMYA 5SXNA 4HEGA 3GI0A 4YD7A 2QU2A 5P5AA 1FLHA 2PSGA 3KMYA 2ZHVA 3BVAA 4MC2A 3EKQA 4Y3GA 4EHCA 1YT9A 2VA7A 4FRIA 4GIDA 5HVPA 5COPA 2G24A 2ZHTA 4D85A 5P4JA 5HE7A 4BELA 5IS4A 2WHHA 3OUDA 3IN4A 5OZNA 4RCFA 5DGWA 1GKTA 5P19A 1BXOA 2OHRA 1BDRA 3OADA 1T7JA 3PBZA 2ZJLA 3GGXA 1BV9A 5P3XA 5P2LA 3VF7A 3SA3A 5C9DA 4Y35A 1FF0C 1FG6C 5P32A 4NPTA 3N4LA 5P4GA 4OBHA 4LXKA 2G1NA 5P5NA 5P0BA 1EPPE 4EWOA 1GNNA 3SM2A 2OHQA 4RGHA 5P0EA 5P7EA 3INDA 1FQ7A 3NDTA 4UPJA 3ZKIA 4A4QA 2QNQA 1HWRA 3KN0A 3UTLA 7UPJA 5DQ4A 4I11A 3L5FA 5P2HA 5P7WA 5JFPA 4L6BA 3L5CA 1BV7A 5P4QA 3EKYA 2AVSA 4I0EA 5P57A 1ODYA 4YBIA 3TNEA 3VLAA 4CPQA 5OZ3A 5P7VA 5AH7A 4RYGA 5P56A 3NU3A 5P7MA 5P4OA 5SY3A 1KJGA 3T7QA 3L59A 3NUJA 2F8GA 5OZIA 3APRE 2G1OA 5P6HA 3OUCA 2XFIA 2HM1A 5APRE 2MIPA 1EPOE 3OY4A 1FMUA 2BPYA 3JVYA 3QI1A 3S54A 5P2EA 5IVRA 1MTBA 5KQFA 1QDMA 2O4LA 3OQAA 3PCZA 1SGUA 5P2VA 1FFIC 1Z8CA 3JVWA 2XYFA 4Y3YA 5P3GA 3QBHA 1AXAA 3BRAA 2J9JB 5HDUA 1G0VA 3LITA 5DQCA 3LZVA 5P88A 2BPXA 3QPJA 4NKKA 1HSIA 4Y3QA 5DQ5A 4Y5EA 5P3JA 2WJOA 5P65A 4YHQA 4TRYA 2P3DA 4K4RA 1HVHA 5P70A 4R92A 5P5ZA 5SY2A 1EPQE 2F3EA 4Y3MA 4WTUA 4LAPA 2I4QA 5P20A 3LIYA 3M9FA 1F34A 4I0FA 3URLA 5P1VA 1BIMA 1BVGA 3K5GA 3VSWA 5P2FA 5P8CA 4Y58A 4PEPA 3FNTA 3KT5A 5OZ7A 5P4IA 4Y4UA 2QD7A 1ZJ7A 5P1JA 5OZVA 5J25A 1IDBA 2HPEA 1BDLA 4J55A 2G1RA 5P05A 5P77A 2A1EA 2NPHA 1BDQA 2XYEA 5P4TA 5P85A 4HDBA 4RRSA 5P46A 2A4FA 3CKPA 2OHPA 2IRZA 4EXHA 4PYVA 5P6UA 1HVRA 4HA5A 5P1KA 1HTRB 5P7RA 2R9BA 5UPJA 3NR6A 1D4KA 2R5QA 3EL4A 2HPFA 2I4UA 3D91A 4Y3FA 5P1FA 4Y37A 1A30A 5ISJA 3A2OA 4DJXA 5OZ6A 1PPKE 2QI1A 5JODA 4Y57A 3D20A 2QHYA 3SQFA 5P3VA 1BVEA 5HU0A 2AZBA 1E5OE 2PH6A 4DUSA 1XL5A 3DV5A 3OADB 5P38A 3CYXA 4LBTA 2QP8A 4R5NA 4Y4JA 5P28A 1PSAA 3KFRA 4H3FA 5P6TA 3WZ8A 5OZGA 3LPJA 1IVQA 5KR0A 3DOXA 2PQZA 3PVKA 2JJJA 5P4AA 2QCIA 1QRPE 3BVBA 3ZKNA 3HBOA 3Q70A 5P7PA 4LL3A 3KYRA 4Y4XA 2HB3A 5P25A 3LHGA 4B05A 5P44A 1MT8A 4J1IA 5P48A 5P71A 4DJVA 2AVOA 4HLAA 4I12A 4X2LA 1EBKC 5P6AA 5P34A 2ZJHA 1BWBA 3TPJA 5P5VA 2G69A 3K5FA 2V00A 3VCMA 3NUOA 1FQXA 3OQFA 3EL5A 1XDHA 3DV1A 1Q9PA 1C70A 1NH0A 3LZYA 7HVPA 3SA6A 3R0YA 3S56A 1KZKA 4I8ZA 1AVFA 3BXRA 3T7XA 4CP7A 2ZDZA 3Q5HA 5P8EA 4AZYA 2WEDA 3PWRA 5P5GA 3SPKA 3KFPA 2B42A 2IL2A 5P4SA 2WF2A 2FDDA 2P4JA 3HLOA 3B7VA 4I8WA 4Y47A 3QN8A 2EWYA 4Y36A 4Y51A 3PMUA 4DJYA 2OHKA 3L58A 1GVTA 5P5RA 3RU1A 4Q1XA 5OZJA 5P0LA 2FGVA 3KFSA 2NR6A 5ISKA 1FB7A 2F3FA 5P1DA 1LYBA 2QI0A 1RNEA 4YE3A 1ME6A 1W6HA 2ER0E 3HZCA 4APRE 1APVE 4DQGA 4DJQA 4GJ5A 5P51A 4D8CA 1NPWA 2ZJNA 1QBUA 1EBYA 5P5OA 5P0QA 5P3CA 3LPIA 3KDCA 5DR1A 2VNMA 3HAWA 1W50A 2ZJMA 2QMGA 1HVCA 5P3YA 4JECA 5P6QA 3EMYA 5P8NA 1D4JA 3D1XA 4EPJA 4Y3WA 3Q4BA 3KA2A 5P7TA 3OK9A 3U71A 3VF3A 5OZAA 2V16C 3UQPA 1CMSA 5P7UA 4RCDA 5EZZA 2I4XA 2BPZA 3VYEA 5P27A 4Y5LA 3SKGA 4L7JA 2Z4OA 1D4IA 4RVXA 2BKTA 2H6SA 5P01A 2WEAA 4DJOA 5P7DA 4Y4DA 5OZ4A 2QZWA 1EBZA 4FRKA 3PLDA 1A8KA 1RL8A 4AA9A 4M8XA 1BXQA 2VIYA 3LIQA 2QHCA 4B1EA 3R1GB 3PSYA 4FSLA 5P08A 3VLBA 2G27A 4U7QA 1LF4A 2V12C 5P3HA 1K6CA 5P3DA 5C9BA 3NDXA 5P2OA 2BBBA 3NSHA 2BJUA 4RZ1A 5P5DA 5P8OA 4CPXA 2AZ8A 5P6MA 5P2DA 3TOFA 3ZPTA 3NXNA 1TCXA 2P3CA 1MRXA 1W51A 1M4HA 2IKUA 5P7IA 5I3VA 3BGBA 2ZHUA 2ZGAA 3DK1A 3I2LA 4NJSA 3H5BA 3I6OA 1T6GA 1IZEA 2G22A 1TW7A 5OYRA 1FQ4A 3RVIA 1FQ5A 1EC1A 5P10A 5OZHA 4Y4BA 3NU5A 5PEPA 1FIVA 1SH9A 1FMBA 3CKRA 3ZKQA 4J5JA 3EC0A 4ER2E 1HVKA 3K4VC 5P16A 3EM4A 3S85A 1MT9A 2QI5A 1K2CA 2B8VA 5P14A 1TQFA 4Y3PA 5P7GA 3UQRA 5P24A 1HPXA 5OYYA 3S45A 2PK5A 5P7YA 3NU9A 5P6GA 4X7IA 5P6FA 5P89A 3UDHA 3D3TA 3FKTA 5P1IA 2UXZA 4PZWA 5P6YA 5P7ZA 1K6VA 1LYWA 3ZMGA 5P6KA 3PI5A 3VFBA 4GMIA 5P1SA 4OBDA 1PFZA 4DFGA 4CPWA 4YA8A 3ZKSA 3WSJA 1K6PA 5IVQA 5AH8A 1QS8A 5P49A 5OZTA 3L5BA 5P6EA 4J0PA 3KMXA 1LYBB 1K2BA 5P64A 3OOTA 5P0KA 3OXVA 3TPRA 3ST5A 4FAFA 4TVHA 4FIVA 1SBGA 5P2UA 1D4YA 4Y38A 3R4BA 5HDZA 3MXDA 1N49A 3BUFA 1MSMA 5P7JA 4JPCA 4DQEA 5P3RA 1C6YA 2O40A 2QZLA 1E80E 4HE9A 2RENA 2ZYEA 5OZ5A 5P1QA 1A94A 2PWCA 2IDWA 1QBRA 5P13A 4ZIPA 1UH7A 3KT2A 3PGIA 5P6IA 5P3NA 5P80A 1G35A 4GJBA 5ENMA 2NNPA 4I0ZA 1EPLE 3KM4A 2HS2A 4FL8A 4YBFA 4Y43A 3EM3A 3O9CA 1HRNA 2QI6A 2PYNA 4NJUA 1E81E 4RVIA 2BB9A 4KE0A 3TH9A 2WF1A 3GI6A 1JLDA 3QBFA 2F3KA 1MIQA 4Q1NA 5AH6A 2HC0A 4I0HA 1LZQA 4EP3A 3MSLA 1ZAPA 2IS0A 5P4NA 5P82A 1HTEA 1HTGA 1EC2A 3L38A 1HVLA 3INEA 3UPJA 2XFKA 4R93A 5P67A 5P8AA 3SABA 1TSQA 5DR7A 1HIIA 1B6LA 1QBSA 2Q11A 4J1HA 1HSHA 5P3UA 5P7LA 4M8YA 4PZXA 4DH6A 2ZHSA 3VSXA 1MESA 3S7LA 5P3KA 5HE4A 2CEMA 5P2TA 4FM6A 3PWWA 3UQUA 4Y5MA 5P1CA 5P1PA 3T6IA 1GNOA 3PWMA 3EKVA 2WF3A 1XN2A 5P0MA 1IIQA 5P0ZA 4GYEA 2ER6E 5KQZA 5OZQA 5OZ9A 1Z1HA 5OZ8A 2CENA 5P2GA 5P62A 4BFDA 2VIZA 4OBKA 2NTRA 3AUPA 5P30A 3S43A 4Z4XA 2QZXA 4GJCA 4HZTA 2VA5A 1K6TA 5P4MA 5P07A 4QJ8A 3BGCA 5P8DA 1VIJA 2WL0A 3I8WA 4XXSA 1ER8E 3RTHA 4Y9WA 4IVTA 4Y39A 1PROA 5P35A 5P0GA 2APRA 5P8MA 3PCWA 4Y5BA 5P5YA 5OZ0A 4D88A 3VV8A 2V11C 3S2OA 4YOBA 4Y3NA 4DQBA 3PHVA 2QMPA 3UDJA 3PM4A 1RV7A 3L5DA 4GJ8A 4F74A 1HSGA 1LYWB 2FXEA 1J71A 2IEOA 2PSUA 5AHCA 5HDVA 5P1LA 3IXJA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3SA9 A;  1AJX A;  5P4V A;  3PEP A;  4FM7 A;  2ZJK A;  4OBZ A;  1EED P;  3RTM A;  3PBD A;  5CON A;  4YD6 A;  4ZPF A;  4QJ2 A;  2I1A A;  3IAW A;  3OUD B;  5OZ1 A;  1G6L A;  4Y4G A;  3TPL A;  2HB2 A;  5P42 A;  1YTH A;  5HD0 A;  2WKZ A;  3HVG A;  1D4L A;  2Q55 A;  3OU4 B;  5P1Z A;  5SZ9 A;  5P4Z A;  4Z2Z A;  5P59 A;  3O9L A;  3MSK A;  4A6B A;  5DR8 A;  1HHP A;  3KFN A;  4Y3L A;  5P8Q A;  2JYS A;  2QMF A;  1LEE A;  5P18 A;  3OOZ A;  3OHF A;  4L7H A;  4Y3X A;  3OXW A;  4JPE A;  4OBF A;  3SKF A;  5OZX A;  5C9F A;  2ANL A;  3F9Q A;  5OZK A;  1EC3 A;  3UQW A;  5F01 A;  4H3J A;  5OZZ A;  2RSP A;  5P02 A;  3TOH A;  2NMZ A;  5P2R A;  5P4L A;  4OBJ A;  4APE A;  4GZF A;  5P09 A;  5P6W A;  4FCO A;  1RPI A;  2G94 A;  2QAK A;  3EM6 A;  3OWN A;  1PPL E;  2IEN A;  3G72 A;  4Y41 A;  5P47 A;  2ZJI A;  2I0A A;  1YM2 A;  4TRZ A;  3OQD A;  5P4R A;  3GGU A;  1DP5 A;  2IGY A;  5P8S A;  2FDP A;  4R8Y A;  5P3M A;  3RSX A;  3OAG B;  5P1X A;  5P66 A;  5B18 A;  3SA4 A;  1LYA A;  3JW2 A;  3NYG A;  3BHE A;  3S7M A;  1CZI E; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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