3UFNA

Crystal structure of multidrug resistant hiv-1 protease clinical isolate pr20 in complex with saquinavir
Total Genus 19
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
19
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWKRPFVTVKVGGQLKEALLDTGADNTIFEDINLPGRWKPKMVGGIGGFLKVREYDQVPIEIAGHKVIGTVLVGPTPVNVIGRDTMTQIGATLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title HIV-1 protease with 20 mutations exhibits extreme resistance to clinical inhibitors through coordinated structural rearrangements.
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
source organism Homo sapiens
molecule keywords HIV-1 protease
total genus 19
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2011-11-01

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 3ufnA00
5P49A 4XX4A 3PMYA 5P3JA 1EPNE 2BKSA 5P5RA 3GGAA 3O9LB 1B11A 2OHQA 3QROA 3KA2A 4J1HA 3VYFA 2OF0A 5P3FA 5P8GA 1U8GA 2IQGA 2V10C 5HU0A 5P5YA 3L5EA 3BXSA 1WBKA 5OZZA 2V00A 2PH8A 4DJRA 1SIPA 3UQWA 2J9JB 5P5JA 4HZTA 3PRSA 1HXWA 4RZ1A 5JG1A 4DPIA 3LHGA 4DJVA 2MIPA 2AVQA 3PB5A 3FKTA 5KQFA 4XKXA 1QDMA 3N4LA 5P80A 4Y39A 1ZSFA 2ZDZA 3QRVA 5P6ZA 6APRE 3BUHA 4DVFA 1PROA 5P82A 2QAKA 1E82E 3DCRA 2B8LA 4FRIA 1HTGA 5F00A 4F74A 5ENMA 2R9BA 2QI5A 3EKYA 2G94A 4FCOA 4I10A 5P62A 2APRA 3O99A 5P5SA 2WEBA 1CZIE 3ER5E 5P3TA 1NPAA 3OHFA 5P7VA 5OYUA 3SKGA 4I1CA 4RVIA 4QJ6A 4J1EA 5P5NA 2QCIA 3CMSA 3VF7A 4Y3XA 5C9BA 4Y4XA 2QZKA 3LZSA 4U7QA 1NPWA 2Z4OA 1XE6A 1FMUA 5P0EA 3OXWA 5P02A 3EL5A 1E80E 1T7JA 2NXDA 4LL3A 5P1GA 3GI0A 4Y3QA 4OC6A 5OZ8A 5P2ZA 3GI4A 4OBJA 3S54A 1HSIA 3D3TA 4QJAA 3IVIA 1E81E 5P0XA 2Q5KA 5P6LA 2VA5A 5P56A 1PSAA 3SA3A 4Y3TA 4HDPA 4ZSMA 2NPHA 3UFNA 5P8SA 3ZPUA 3OU1A 4Z22A 4YD5A 2VIJA 1META 4EWOA 5P50A 2FS4A 5P3OA 4LP9A 5P1CA 1BVGA 3TTPA 4GJBA 2VJ6A 3RTHA 3U71A 2HM1A 5P6KA 3PMUA 1ZSRA 3GGXA 5P6CA 4CPQA 2F80A 5P22A 3H5BA 1HVIA 2ER9E 4DPFA 1SMEA 5P08A 1C6ZA 5P5HA 5P0BA 1BDLA 1T6GA 2B42A 1LYWB 1PFZA 5P7AA 3UDNA 2V16C 3DCKA 1G6LA 4M8XA 5P7UA 2RKFA 3PEPA 5P1HA 5P6XA 4DJXA 2G69A 4FSEA 5OZWA 5P5OA 5DR4A 5P7FA 1FGCC 4HE9A 3OXVA 3PI5A 5OZCA 5P3IA 4OC6B 4RCFA 3FNSA 5P7NA 2HB2A 3KFPA 5OZMA 3KT5A 1ODXA 5IS4A 5P6BA 2B60A 3B7VA 5DR8A 4CP7A 3PHVA 4H3GA 1NSOA 1ZTZA 4HLAA 2VNMA 5P0JA 3T3CA 1HIVA 5P2XA 2NR6A 2O4NA 5P6SA 5KR1A 1MUIA 2QI6A 4U8WA 4FRJA 1HTRB 3WZ6A 4Y3WA 2QD6A 2NNPA 4OBGA 3SA8A 2ANLA 3EKPA 4RRSA 3KYRA 4PYVA 4Y4EA 3MXDA 2IGYA 4CPRA 3S56A 3OU3A 4EPJA 1BWAA 3EKTA 5KR0A 4AZYA 3FNTA 4JPEA 2WEDA 3APRE 4KUPA 3KF0A 5P0VA 2FXDA 3O9AA 3SA6A 3BUFA 5TOLA 1TZSA 3ZL7A 4YDGA 2G1YA 1UH9A 2QHZA 4RCEA 3PWRA 5P5FA 4CMSA 5P43A 4YOBA 2NMZA 3S53A 2B8VA 5KR8A 1M43A 1FB7A 2P3BB 3QI1A 2PYMA 3LPJA 5P20A 5P61A 4Z4XA 4MC6A 2R5PA 4LBTA 5P4PA 4APRE 5P4LA 1YM2A 2G21A 5OZDA 4R95A 1BV7A 2G1SA 1KZKA 5P5WA 1EEDP 1OHRA 3ZPTA 3ZKMA 3CKRA 3RVIA 1T3RA 4FRKA 2BJUA 4I12A 2R38A 3ZMGA 4D85A 5DQ5A 3ZLQA 1W5WA 2PH6A 2QZWA 5P17A 5P5BA 2BKTA 5P1DA 3VSXA 3R2FA 3S45A 2HAHA 4N00A 1C6YA 3R4BA 4EXGA 4Y5AA 2ZJIA 5P0MA 5I3XA 5P3PA 3OAGB 4Y3NA 4Y4WA 5OZ7A 4Y5MA 3D20A 5HU1A 1EPOE 1FQXA 3HAWA 3WSJA 2FIVA 5KQXA 3QBFA 2QK5A 4L1AA 4ZPEA 1IDAA 1TCXA 4Y43A 3DV5A 5P3AA 1XS7D 1Z8CA 2ZHVA 3PJ6A 3WZ7A 5P03A 3SABA 3VV6A 2V0ZC 1IVPA 3LINA 3KFRA 1MT7A 3LNKA 3L5FA 5P8IA 2BPXA 3URIA 2VA7A 5OZTA 5P87A 3DV1A 3LIQA 5HE4A 3BRAA 4CKUA 1KJFA 3OHHA 3VV7A 4DJWA 5P6JA 4YD6A 1MTBA 4R91A 1T6EX 1HPVA 3VEUA 2BQVA 3O9GA 3URLA 5E5JA 1XN3A 4DH6A 3OGPA 4ZPFA 3S8IA 2B7ZA 4EP2A 4F73A 2AQUA 5OZ0A 4QJ2A 4RCDA 3RTNA 1GVXA 4Y4ZA 5P5CA 2HS2A 1DIFA 1ZJ7A 5OZYA 5P8KA 1ZPAA 5P0NA 2BPVA 5ISKA 1LF4A 2O40A 2PC0A 5OZPA 3S43B 2ZJJA 3ZOVA 5P5ZA 5P1QA 4Y57A 1EC3A 1YTJA 1FLHA 2CEJA 2IKUA 4DJUA 1KJGA 5P10A 5P0YA 4YBFA 2P3DA 3PVKA 2HS1A 5P86A 3VF5A 4QJ9A 3NU9A 1HRNA 5HCTA 3RSVA 4GYEA 5P48A 2JE4A 5P39A 1EPPE 5P7IA 3CKTA 3QRMA 3IXKA 5P77A 1ODYA 2QMGA 1K1UA 2V11C 4X7IA 4YOAA 5C9DA 5P1SA 2FNTA 5P76A 5DR0A 3NUJA 3TPLA 5EZZA 3UQXA 5P0IA 5P2GA 1SIVA 1FQ4A 2VKMA 3UDPA 5CONA 3UDQA 3GI6A 5P25A 3ER3E 5P59A 1FMXA 1LF2A 5P54A 4Z2ZA 3DOXA 4Q1YA 5P2EA 2ASIA 3QP0A 5P0UA 3Q4BA 4YA8A 2FDPA 1W5XA 2QU2A 5P88A 3SM2A 2IENA 5P4FA 2AOGA 3GW5A 4FM6A 5OZBA 1D4YA 2NXLA 4H3IA 3UDKA 5DQCA 2R43A 1ZP8A 2I0DA 2BBBA 3EL9A 5P7JA 2R3WA 5HDUA 3OUDB 5P4QA 4YHQA 4FAFA 1JLDA 1XL5A 3NYGA 5P0TA 5P0AA 2Q55A 1GNNA 5OYTA 2AOHA 5I70A 1D4HA 5P1BA 2BB9A 4J1IA 5P7LA 2WECA 2QMDA 1EPLE 4Y51A 5P3YA 5P2HA 2IEOA 2RENA 3TNEA 4TRWA 4PPHA 1F7AA 4HDFA 2Q15A 5B18A 3H0BA 3VFAA 5P4MA 3G72A 3NWQA 5P0CA 5JFUA 3IAWA 5P6HA 3PBZA 4OD9B 5P00A 4WY1A 3I25A 5P3VA 5P6AA 2WEAA 5P2OA 4LXAA 4Y4JA 4L7GA 1J71A 4J0TA 3IN4A 5DR1A 2NNKA 3N3IA 1EPME 1ME6A 1C6XA 2AVMA 5P7HA 3DJKA 5P2WA 5AH6A 2XFJA 4J1FA 3SO9A 3ZPSA 4I0DA 1TW7A 5P15A 3UTLA 2CEMA 5HVPA 1HVSA 2WF3A 3I6OA 3NSHA 4DJYA 4Q1NA 3KDBA 5P60A 3UDHA 4PEPA 3AUPA 5P4XA 5OZAA 3D1XA 2ER7E 5P3RA 2G1NA 5P8EA 2FGVA 3KMXA 5P4ZA 3VLAA 4FSLA 2XYFA 5P2IA 2QI7A 1FG6C 2O4PA 5OYRA 3L58A 3HDKA 2F3FA 1AXAA 3BGCA 5P55A 1KJHA 2ZYEA 5P6TA 1IZHA 5P6OA 1ZAPA 3OGQA 3NUOA 5P7SA 5P5KA 4BFDA 3EMYA 2ZJKA 1A30A 3TH9A 5P34A 4QJ7A 5P1FA 2WKZA 5P4UA 5P7PA 1HEFE 2PSGA 5OZ3A 4FM7A 1RPIA 1HTFA 1BDRA 3EM4A 5P1NA 3RU1A 5P5DA 4IVTA 2BPWA 5P2CA 5P07A 5I3YA 4B70A 1MERA 3KDCA 2AOFA 5P73A 5P3KA 5P3MA 5P6PA 4NKKA 5OZ6A 1VIJA 1ER8E 2BPZA 1DPJA 5AH9A 4H1EA 1YG9A 3IXOA 2VIZA 3IA9A 5P6GA 4QJ8A 1GVUA 5P3QA 5P1KA 3OU4A 2F3KA 1MIQA 5COOA 5P2MA 3D1ZA 1DP5A 3S7MA 4Y36A 5P7YA 4CPXA 3MSJA 2OHRA 4KE1A 4DQCA 3CKPA 5P3GA 2WJOA 3EBZA 2QI4A 5P27A 3T11A 1HPXA 4B72A 2QZLA 3PCZA 1HVLA 2AIDA 3QAAA 5P7RA 5P6VA 3G6ZA 5P70A 4J5JA 4PZWA 3HBOA 2OHKA 5P0SA 4D88A 2OHSA 5P29A 3QN8A 3FX5A 5P45A 5COKA 5P6FA 5P33A 4IVSA 1HVRA 5HCOA 3LPKA 5P3LA 3UQUA 4NPUA 1W6HA 1LYAA 3KN0A 3WB4A 4L7JA 4AUCA 2XYEA 4Y3DA 1AZ5A 5P7ZA 3LPIA 4Y4GA 1D4KA 5F01A 5P1TA 5P0HA 1EC0A 1ZLFA 2A4FA 2P83A 4DUSA 4L7HA 4Y3PA 1K6TA 2AVOA 1QRPE 5P68A 3OWNA 3UPJA 1GVWA 5P8AA 3QIHA 4J1CA 3VYEA 1PPKE 1EPQE 1SMRA 1KJ7A 3NU4A 3S2OA 5PEPA 4Y58A 5OYQA 3KT2A 3UCBA 5P0GA 5P2TA 5KOSA 1AJVA 4EJKA 4J17A 1LS5A 2P8HA 4JPCA 5P01A 1UH8A 4WTUA 4NJUA 4UPJA 5P74A 1B6KA 1EBYA 3OU1B 5HTZA 3OUCA 3NDXA 5P2KA 5P58A 2V13A 3ST5A 5OZUA 4DQEA 2FMBA 2R3TA 2VIYA 3EL0A 2VJ9A 3AIDA 1HPOA 5DQ2A 3PWWA 3Q3TA 4M8YA 3APPA 4Y38A 5P18A 2PMAA 5COPA 4RGHA 1B6LA 3SQFA 5P8DA 3K5FA 3VUCA 3OQAA 4JOOA 5P2DA 4GJ9A 2CENA 5OZFA 3URJA 3VG1A 3VCMA 4R93A 1TQFA 1K2CA 1SP5A 1MRXA 1SDUA 2I4UA 3PI0A 1N49A 4LC7A 4BFBA 5SXNA 3GI5A 3TOGA 1Z1RA 4Y4BA 4APEA 1LYBA 1W51A 5P89A 1A9MA 1B6JA 4Y5BA 1G0VA 2QD7A 3NU6A 5P5LA 5OYSA 2AZ8A 2RSPA 4ACUA 5P6UA 4LHHA 5P69A 3QPJA 3LZUA 5P5AA 4OBKA 3OXXA 2HPFA 1BDQA 5P2QA 3OQFA 3OUBA 1MVPA 5P1OA 3NU3A 3D91A 2Q54A 5P4EA 3UFLA 1B5FA 3Q6YA 4YD3A 2OHLA 4Q5MA 2O4KA 1TCWA 3I2LA 9HVPA 4Y3FA 1AVFA 4L6BA 4OBFA 5P66A 5P04A 5OZIA 1HTEA 4K9HA 2V12C 5KQZA 1QBTA 4GJ8A 5OZLA 3SA5A 4Y48A 2BPYA 5HDXA 4I0EA 1EPRE 4YCTA 3L5CA 5P72A 3U7SA 5T4SA 3LZYA 1CPIA 1APTE 4GJDA 4Y5NA 2ZHRA 4DQFA 3A2OA 1T7IA 5OZNA 1HHPA 4B78A 3IGBA 3K4VC 4EQ0A 1D4SA 4LXKA 2P3AA 2O4SA 4I11A 1HVHA 4I0HA 2I4VA 3BVAA 5OYVA 3CYWA 3HLOA 1HIHA 2PYNA 1W50A 5P4KA 1MT8A 2G26A 3IXJA 5P7EA 4KB9A 1LYBB 1NH0A 3OADA 1SGZA 3EM6A 5P1YA 3NU5A 4YD4A 3FNUA 1K6PA 3GGUA 3VSWA 1LF3A 4AA9A 2OHTA 2QHYA 5P4DA 3TOHA 3O9CA 1SGUA 4B1DA 3TL9A 2IGXA 2PQZA 5P1XA 3M9FA 4H3JA 3OQDA 5P0ZA 1HSGA 2QD8A 4YDFA 4Y3HA 1F34A 5P2AA 5P36A 1W5VA 5P8PA 2I4QA 4Y3EA 4GJCA 4B0QA 4YCKA 1HWRA 1PSOE 1HSHA 3UDMA 5P0QA 5P6EA 4DJQA 8HVPA 5P7QA 4EJLA 5OZ1A 4L1AB 5KOQA 1SDTA 2F3EA 4J0PA 5P2VA 1LZQA 4ZSRA 5KR2A 4YE3A 1FMBA 1YTGA 5DGUA 1EC1A 3PWMA 3EKXA 3INHA 1WBMA 3WB5A 3UDRA 1XN2A 5OZEA 5P4BA 3EKVA 4WY6A 5P13A 4RROA 1G2KA 5P8TA 5P4SA 3ZKSA 2WL0A 5P4NA 4RLDA 1YTHA 5P1JA 1D4IA 4K4PA 2JXRA 5P8CA 1M4HA 4B1CA 4GJ6A 4QLHA 5P2FA 5AHAA 2JJJA 1AJXA 1NPVA 1IDBA 3C9XA 1BBSA 2WF1A 3L38A 2Q11A 5P7MA 5P8JA 5P52A 1EAGA 4Y4UA 2HIZA 5P7OA 4B00A 2JYSA 3VLBA 3T7QA 5E5KA 3SAAA 2ER6E 5P75A 3S85A 4J55A 3ECGA 1HVJA 3R0WA 1MRWA 1ZPKA 3OUAA 2R5QA 5P3ZA 1A94A 1FQ6A 5OZ2A 3JVYA 4ZSQA 4DJOA 5DGWA 5P1VA 4EHCA 5P5PA 3UDJA 1APWE 3JW2A 4A6CA 4PHVA 5OZJA 3QS1A 5P05A 2FNSA 4LAPA 5P06A 5P83A 3T7PA 4OBZA 5P85A 3OY4A 5ENKA 3FSMA 3NDUA 4Y4DA 4Y5LA 5P8QA 3ZKGA 2I1AA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 5P49 A;  4XX4 A;  3PMY A;  5P3J A;  1EPN E;  2BKS A;  5P5R A;  3GGA A;  3O9L B;  1B11 A;  2OHQ A;  3QRO A;  3KA2 A;  4J1H A;  3VYF A;  2OF0 A;  5P3F A;  5P8G A;  1U8G A;  2IQG A;  2V10 C;  5HU0 A;  5P5Y A;  3L5E A;  3BXS A;  1WBK A;  5OZZ A;  2V00 A;  2PH8 A;  4DJR A;  1SIP A;  3UQW A;  2J9J B;  5P5J A;  4HZT A;  3PRS A;  1HXW A;  4RZ1 A;  5JG1 A;  4DPI A;  3LHG A;  4DJV A;  2MIP A;  2AVQ A;  3PB5 A;  3FKT A;  5KQF A;  4XKX A;  1QDM A;  3N4L A;  5P80 A;  4Y39 A;  1ZSF A;  2ZDZ A;  3QRV A;  5P6Z A;  6APR E;  3BUH A;  4DVF A;  1PRO A;  5P82 A;  2QAK A;  1E82 E;  3DCR A;  2B8L A;  4FRI A;  1HTG A;  5F00 A;  4F74 A;  5ENM A;  2R9B A;  2QI5 A;  3EKY A;  2G94 A;  4FCO A;  4I10 A;  5P62 A;  2APR A;  3O99 A;  5P5S A;  2WEB A;  1CZI E;  3ER5 E;  5P3T A;  1NPA A;  3OHF A;  5P7V A;  5OYU A;  3SKG A;  4I1C A;  4RVI A;  4QJ6 A;  4J1E A;  5P5N A;  2QCI A;  3CMS A;  3VF7 A;  4Y3X A;  5C9B A;  4Y4X A;  2QZK A;  3LZS A;  4U7Q A;  1NPW A;  2Z4O A;  1XE6 A;  1FMU A;  5P0E A;  3OXW A;  5P02 A;  3EL5 A;  1E80 E;  1T7J A;  2NXD A;  4LL3 A;  5P1G A;  3GI0 A;  4Y3Q A;  4OC6 A;  5OZ8 A;  5P2Z A;  3GI4 A;  4OBJ A;  3S54 A;  1HSI A;  3D3T A;  4QJA A;  3IVI A;  1E81 E;  5P0X A;  2Q5K A;  5P6L A;  2VA5 A;  5P56 A;  1PSA A;  3SA3 A;  4Y3T A;  4HDP A;  4ZSM A;  2NPH A;  3UFN A;  5P8S A;  3ZPU A;  3OU1 A;  4Z22 A;  4YD5 A;  2VIJ A;  1MET A;  4EWO A;  5P50 A;  2FS4 A;  5P3O A;  4LP9 A;  5P1C A;  1BVG A;  3TTP A;  4GJB A;  2VJ6 A;  3RTH A;  3U71 A;  2HM1 A;  5P6K A;  3PMU A;  1ZSR A;  3GGX A;  5P6C A;  4CPQ A;  2F80 A;  5P22 A;  3H5B A;  1HVI A;  2ER9 E;  4DPF A;  1SME A;  5P08 A;  1C6Z A;  5P5H A;  5P0B A;  1BDL A;  1T6G A;  2B42 A;  1LYW B;  1PFZ A;  5P7A A;  3UDN A;  2V16 C;  3DCK A;  1G6L A;  4M8X A;  5P7U A;  2RKF A;  3PEP A;  5P1H A;  5P6X A;  4DJX A;  2G69 A;  4FSE A;  5OZW A;  5P5O A;  5DR4 A;  5P7F A;  1FGC C;  4HE9 A;  3OXV A;  3PI5 A;  5OZC A;  5P3I A;  4OC6 B;  4RCF A;  3FNS A;  5P7N A;  2HB2 A;  3KFP A;  5OZM A;  3KT5 A;  1ODX A;  5IS4 A;  5P6B A;  2B60 A;  3B7V A;  5DR8 A;  4CP7 A;  3PHV A;  4H3G A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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