3UPJA

Human immunodeficiency virus type 2 protease mutant with lys 57 replaced by leu (k57l) complex with u096333 [4-hydroxy-3-[1-(phenyl)propyl]-7-methoxycoumarin]
Total Genus 15
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
15
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQFSLWKRPVVTAYIEGQPVEVLLDTGADDSIVAGIELGNNYSPKIVGGIGGFINTLEYKNVEIEVLNKKVRATIMTGDTPINIFGRNILTALGMSLNL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Structure-based design of novel HIV protease inhibitors: carboxamide-containing 4-hydroxycoumarins and 4-hydroxy-2-pyrones as potent nonpeptidic inhibitors.
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase (acid protease)
source organism Human immunodeficiency virus 2
molecule keywords HIV-2 PROTEASE
total genus 15
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 1996-03-04

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 3upjA00
4GB2A 4YD4A 5P6RA 1B6LA 5P0GA 3INHA 1LYWA 4Y45A 2IKUA 3PI5A 3LIQA 2OHLA 3GGAA 4B0QA 5P38A 1SGZA 3U71A 1PPME 2HPFA 4WY1A 4AA8A 4GZFA 3WZ7A 2Q55A 1MESA 5P6KA 4R5NA 1XE5A 1MT8A 4DJXA 3O9EA 4Y57A 5SXNA 1PSAA 3NU9A 5P39A 3O9GA 4IVSA 5AH6A 1FMUA 4HVPA 2HB2A 1HVKA 1D4LA 4IVTA 4JPCA 5OZLA 4EP3A 3HDKA 5P0YA 2P8HA 5OZXA 1F7AA 3NDUA 2BPXA 1N49A 5P4SA 4Y5LA 3DCKA 1SH9A 1GNNA 4Y6MA 2G94A 1W5VA 4PZWA 5DGUA 5P47A 4HDPA 3FV3A 2G69A 3JW2A 5P41A 5DQ4A 1G0VA 3EMYA 2PSGA 3LIVA 4KE0A 5OZ7A 3BXRA 3UDMA 1FQ5A 2UPJA 2AQUA 2G21A 3VV7A 3ZPUA 5P23A 5P3OA 5P5EA 5P4XA 1MRWA 3VYEA 4YBFA 4FE6A 1LYWB 5P7TA 3RTNA 5P0ZA 4Y4DA 1F34A 3HBOA 4FM8A 2WEBA 3D1XA 4D83A 5P0PA 3LZYA 3T7XA 1EPLE 5P29A 1IVPA 4OBHA 2UY0A 4Y51A 5P1WA 5P6ZA 1EC1A 1META 3NXNA 5P8NA 4HDBA 1MPPA 5P46A 1KJ7A 1XDHA 5P09A 4EWOA 3Q70A 3INDA 3K4VC 2Q5KA 1ODYA 4Y5GA 4Q5MA 4RYCA 1Q9PA 1A8GA 5OZ4A 4OBFA 3OUBA 4B1EA 3SM1A 3ZKGA 3UDYA 3U7SA 1ENTE 4K4QA 2AZCA 5P2YA 1BDQA 5P00A 3KMXA 2AOIA 5DQ2A 2V0ZC 4EP2A 2ZHUA 5P3SA 3LITA 3PWRA 5OZAA 5DQ1A 3OQFA 5OZCA 5P8BA 5P0OA 2R8NA 1KJGA 3L58A 3VG1A 4LHHA 2PYMA 4YOAA 5OYXA 2WHHA 5P5MA 3VEUA 1OD1A 1HSGA 5P44A 5P7OA 3SKFA 5CONA 5P7AA 2NXDA 2NXMA 5F01A 1DPJA 5HD0A 4B1CA 3SACA 5P3BA 1DW6C 3F9QA 5P89A 3T7QA 5P08A 2ZYEA 3OXWA 2NTRA 3SA3A 2ER6E 3R1GB 4QJ2A 5P6QA 5B18A 3DV1A 5P4AA 5P42A 5P2OA 4ZE6A 4OBKA 4NJUA 5P40A 3EKYA 4Y4WA 1BVEA 5OZQA 3HD8A 4H3FA 4I0IA 2CEJA 2NPHA 5IS4A 5J25A 2IL2A 3BVAA 2BPYA 5HVPA 5P28A 1C6YA 4PYVA 5P6JA 1MERA 4EHCA 4Y3YA 4GMIA 1FLHA 1EPRE 5P16A 5AHAA 5P0HA 4DPIA 3IXOA 5P3QA 5P1TA 3SA7A 2R5QA 2XYFA 1ZBGA 1XL5A 4HA5A 2ZJJA 1MTBA 1ZSRA 4Y5NA 4EJLA 2HB4A 4FRSA 3IXJA 1T7IA 2J9KA 1HPXA 5P0DA 3O9IA 4JP9A 1FFFC 3PSYA 4Y5KA 4LXKA 3T7PA 4Y3MA 3SA9A 1T7JA 5P4YA 1HOSA 5P5ZA 1LF3A 3KMYA 2I4DA 4WTUA 4DQBA 4RCDA 5P4EA 1LF2A 5P6GA 5P6MA 5P8TA 5KAOA 5JG1A 5P8SA 5P1KA 2ZHSA 2O4LA 2WECA 5P66A 5P2XA 3GGUA 3PLLA 5P3MA 5P3XA 5P50A 1CMSA 5P83A 4WY6A 3PWMA 4YE3A 1FB7A 4Y53A 3CYWA 1AJXA 2FDEA 4LBTA 3S54A 4DJYA 2BJUA 1CPIA 1BAIA 2HM1A 1YTGA 5P1EA 1FMXA 4XX4A 5P2AA 3OTSA 3SLZA 3D91A 1AJVA 5OZJA 4APRE 3JVWA 5P6NA 3FNTA 3C9XA 5P8DA 2ZJMA 1IVQA 4LC7A 4QGIA 1MT7A 3S45A 3T3CA 1MVPA 2RENA 1HIVA 1AIDA 1HBVA 3HLOA 1T3RA 5P0QA 4GJ9A 1SMEA 1NSOA 1PSNA 3APPA 4Y3LA 4MC2A 3PI0A 5P4KA 1LYBA 3NU5A 2IDWA 4J1HA 4Y35A 4AMTA 5KOSA 4R92A 5P25A 3NXEA 4Y3RA 5P8QA 4RLDA 3RTMA 3KDCA 4NKKA 4TVHA 4I0HA 5P6UA 3RSVA 3OY4A 5P74A 2BPZA 5P7YA 5P33A 5P1QA 3TPJA 5TOLA 4K8SA 3OK9A 4S1GA 4EJDA 5SZ9A 2WF0A 4ZPFA 5P67A 1XL2A 2Z4OA 1W50A 1IIQA 4ZPGA 1E80E 1ZPAA 4DQCA 3ZPTA 3O9DA 5P8CA 4FAEA 5P62A 5P2HA 1T6GA 2RSPA 3TKWA 4I11A 1EPME 2B42A 3URIA 3CIDA 5P1YA 3JVYA 5HE7A 4YA8A 3LIYA 4YDFA 3ZKXA 3OOTA 4RCEA 3QRSA 3D1ZA 5P73A 2V10C 3QROA 3SA4A 3OWNA 5HE4A 4DJQA 4F73A 1HVIA 5P1FA 5P4IA 1SMRA 3OU4A 2PYNA 4Z4XA 3WSJA 1SGUA 5DR1A 2WF3A 2R38A 3KDDA 3LNKA 1FQ8A 5P5PA 1BDLA 5P0UA 3QPJA 3OQDA 3NU6A 1APUE 3LPKA 3CIBA 2B7ZA 3ZOVA 1ZJ7A 5P26A 1MEUA 2MIPA 3PB5A 4ZSRA 1RPIA 2AIDA 2QHZA 1LS5A 1SDUA 4EYRA 5P7KA 2PH6A 3TPLA 4CPTA 2VNNA 4B70A 4L7GA 4GJ8A 4GJ7A 3TOFA 3EBZA 5KR8A 5UPJA 5P8HA 1BIMA 1M43A 3L3AA 5OZKA 5P36A 2XFKA 5P0AA 2PMAA 2G1YA 5OZ6A 2F3KA 2I4QA 5P1CA 5P84A 4ACXA 3VF7A 4Z2ZA 1FQ4A 5OZFA 4I1CA 1IZDA 3IVIA 3SO9A 2FXDA 1W51A 5ER1E 5OZDA 2JJIA 3UQPA 3I2LA 1W5WA 2HC0A 3EKTA 1FIVA 4Y36A 2F3FA 3OU4B 5HCOA 5P0KA 3AUPA 4LP9A 1KZKA 5P7BA 3UDRA 3ZMGA 5I3WA 2ASIA 4Y3PA 1YG9A 2VIYA 4GJCA 1SDTA 3PJ6A 3SPKA 3IXKA 3O9CA 1MSMA 4RVJA 5P8KA 3D1YA 3DCRA 3EL9A 5P55A 3S85A 3CMSA 1YX9A 4R8YA 5P06A 1SIPA 2QU3A 4HEGA 3EM3A 3OADA 4DJPA 3S2OA 3O99A 5KQZA 1WBKA 1AXAA 1FF0C 1BWAA 5P1VA 2AZBA 3SABA 1DAZC 4YBIA 5P6WA 1RV7A 4Y44A 1QBTA 5P19A 2F80A 4ER4E 3VF5A 4DQEA 4DUSA 3B7VA 4ZPEA 5P5SA 3RSXA 1OHRA 3QI1A 5OYUA 5KR0A 2B60A 4B00A 5P88A 1FKNA 4TRYA 4Y3DA 5KQXA 3OXXA 4JPEA 5OZ5A 5P2EA 3UPJA 2P3DA 3IVHA 5OZEA 5OZ9A 4APEA 3G6ZA 2WEZA 2V00A 2QMPA 4J1EA 1EPNE 4NJTA 5P3DA 5P5OA 2OHUA 4Y3ZA 4Q1NA 5ER2E 4FIVA 4LAPA 1AVFA 5P3GA 3OQKA 3NSHA 4BELA 3OXVA 1HPOA 5P30A 2NR6A 5P3UA 4J0PA 2G24A 1HVRA 3S7LA 2VA5A 4LXAA 3OUDA 1TW7A 3BC4A 4X7IA 3ECGA 4A6CA 4YCKA 1FMBA 2ER9E 3OADB 5P70A 5P6HA 5P12A 5P0CA 2P83A 4PPHA 4TVGA 5P6FA 4I0DA 4YHQA 4B72A 3OTYA 1J71A 4I8WA 1AZ5A 5P2UA 1UH7A 3ZL7A 2PK6A 5P14A 5P49A 1FEJC 2I1AA 4U8WA 5P1AA 1CZIE 4EXGA 1B6KA 4Y58A 2HS2A 4Y3SA 2V16C 4I0JA 1QS8A 5P6LA 5AHBA 5P22A 1C6XA 4XX3A 4Y3WA 2I4VA 3S53A 3Q5HA 5P3LA 5I70A 2G22A 5OZUA 3O9BA 4L7JA 5AH7A 2WEAA 1HVLA 3PEPA 3I7EA 3UDJA 4B77A 2AOEA 4N00A 4Y3HA 5P72A 3SQFA 3VUCA 1LF4A 2OHKA 4RGHA 5P2JA 3CKPA 3GI4A 5OZGA 2AZ8A 1HVJA 1LEEA 3L5BA 4Y4BA 5DR4A 5P10A 5P4GA 2IEOA 1BV7A 4X2LA 1QDMA 5KOQA 1MRXA 1SIVA 3NU4A 1GVXA 1B6MA 4YD5A 5P7RA 1FQ7A 4L1AB 9HVPA 5OZTA 4M8YA 4I0EA 4Y3GA 1M0BA 3MSLA 3VV8A 3OUDB 3HAUA 3UDHA 1LZQA 1PROA 1ZPKA 1APVE 3FIVA 4PZXA 3APRE 1HEGE 4DJVA 4GJ6A 3OU1A 1HRNA 3G72A 5P81A 2OF0A 4J0TA 4Y3XA 3QN8A 3CKRA 5I3XA 3PLDA 5P5WA 5IVQA 1D4KA 2QI7A 3NDXA 4JECA 3MSKA 1HSIA 2ZDZA 5P2ZA 5P2VA 5HDZA 1VIJA 3OAGB 5P7HA 3BUGA 2QI6A 2SAMA 4QJ7A 2PQZA 1EC2A 5DPZA 3WZ6A 5EZZA 2FNSA 2AOGA 4RRNA 3SKGA 1IZEA 2RKFA 1YTIA 4J54A 3UQUA 1GKTA 3G70A 1ME6A 1A30A 2PSVA 5JFPA 2QD8A 4Y3EA 4U7VA 3UFLA 3EKXA 4GIDA 3QBFA 3IN4A 4J0ZA 3IGBA 3TPRA 4F74A 4Y5AA 2ZHRA 2I0DA 3LZUA 1IZHA 3M9FA 5P5JA 4NJVA 1BILA 3HW1A 1IDAA 4FSLA 2CEMA 3ZKMA 5OZ0A 1XN3A 5P32A 1G2KA 1K2CA 2ZE1A 3BRAA 1K6CA 4KUPA 1GVWA 4Y4JA 5P5AA 4OBZA 3BUFA 4F76A 4J1KA 2O4PA 5HE5A 5P0TA 5C9BA 1ZP8A 4R95A 2IQGA 3OU1B 4L6BA 5P5HA 1WBMA 1YM2A 1QBUA 3L38A 5P0BA 5OZIA 4Y4ZA 3U6AA 6UPJA 5AH8A 5HDVA 2ZHVA 2QNNA 5COOA 3S43A 3LZVA 3A2OA 3SA6A 4Y4XA 5P8MA 2OHMA 3O9FA 4Y3TA 2AVSA 3NWQA 3UDNA 3PRSA 5IVSA 3VYDA 4MC6A 2G27A 3H5BA 5P4FA 2QHYA 4MC9A 5P4LA 3L5DA 3LHGA 3EL4A 4GJBA 2HAHA 2Q54A 1C6ZA 5P0VA 1JLDA 5P4MA 2QMFA 2XYEA 5P7DA 1NPAA 4D88A 5P52A 5P4PA 1Z1HA 5P54A 2WEDA 4A4QA 5OZ1A 4QJ8A 2WF2A 5BWYA 5IVTA 1HEFE 2QCIA 2QMGA 4I0GA 1A94A 3LZSA 5P8EA 3UFNA 3LPIA 5P24A 2H6TA 4DFGA 3BGBA 5OZNA 4F75A 3BHEA 3L5FA 5P3EA 5P2KA 1G35A 5P1XA 3O9AA 2BPVA 3VFBA 1BDRA 5AHCA 1EBYA 2QD6A 5OZHA 1XN2A 1E82E 3VLBA 4GJDA 3Q6YA 3BXSA 3WZ8A 4OBZB 1MIQA 3TOHA 4YD7A 5P3TA 4YD3A 1AAQA 4CP7A 5P8LA 2QP8A 3URJA 3NLSA 5ENMA 2O40A 4XKXA 5JODA 1TQFA 2PWRA 1RQ9A 3S43B 5P8AA 1K1UA 4Y39A 2QI4A 4DPFA 5BRYA 4YD6A 4RCFA 3QP0A 3ZPSA 3PHVA 2XFJA 4ER2E 5C9FA 3UHLA 2P4JA 5APRE 4DV9A 4U7QA 1D4IA 5FIVA 5OYQA 2QI0A 1DIFA 3KT2A 3CYXA 4DQHA 5E5KA 5HDUA 3K5CA 5P82A 3DM6A 3ZKSA 5ISJA 3S8IA 1A9MA 5P1HA 5P5UA 4J55A 5P0IA 3QIHA 5P7PA 1MSNA 5KQFA 4EJ8A 5P5VA 3NDWA 5I3VA 2AVMA 4DJOA 3PCWA 2NNPA 2FS4A 2VIZA 5AH9A 4EPJA 1W6IA 1WKRA 2P3CA 2Q64A 3MXEA 4BFBA 5P51A 2QI1A 3GI0A 5P2WA 4EQ0A 4CKUA 1B5FA 4AUCA 5P1PA 4B05A 3QRMA 4Y47A 5HCTA 3MXDA 4CPRA 2A1EA 4Y48A 3UF3A 3QRVA 7HVPA 5P5GA 1QBRA 2G26A 3NDTA 1GNMA 3ZKNA 5C9DA 3EL5A 5P7MA 4TRZA 1HIHA 2NMZA 3FKTA 2I0AA 2FDPA 5P1JA 3KT5A 5OZ2A 2Q3KA 4RVIA 5P0WA 1ZAPA 4I0FA 1MUIA 2R43A 5IVRA 4YDGA 2VIEA 1E81E 3TTPA 1B6PA 2O4KA 1TZSA 2OHTA 2BQVA 2RMPA 3KFSA 5SY3A 5COPA 3UQXA 5P3CA 2AOJA 3EL1A 5OYYA 1K6PA 5P1DA 1EAGA 3VSWA 4A6BA 3TL9A 2VJ7A 4K9HA 1HVSA 5P6AA 2HS1A 1PSOE 1HPSA 2VA6A 3B80A 2WKZA 3KA2A 2QD7A 2ER7E 5P6PA 1APWE 5KQYA 5P03A 3S56A 4MC1A 5ENKA 5P1IA 1B5FB 5P6DA 1OEXA 3HVPA 4FSEA 3EC0A 4H3JA 1QBSA 3VCMA 4BFDA 2APRA 5P4NA 3R0YA 4D89A 4Z50A 5P2QA 3SAAA 4J1IA 3TLHA 3I6OA 1BBSA 2ZGAA 4EQJA 1EC0A 5P5QA 4DI2A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 4GB2 A;  4YD4 A;  5P6R A;  1B6L A;  5P0G A;  3INH A;  1LYW A;  4Y45 A;  2IKU A;  3PI5 A;  3LIQ A;  2OHL A;  3GGA A;  4B0Q A;  5P38 A;  1SGZ A;  3U71 A;  1PPM E;  2HPF A;  4WY1 A;  4AA8 A;  4GZF A;  3WZ7 A;  2Q55 A;  1MES A;  5P6K A;  4R5N A;  1XE5 A;  1MT8 A;  4DJX A;  3O9E A;  4Y57 A;  5SXN A;  1PSA A;  3NU9 A;  5P39 A;  3O9G A;  4IVS A;  5AH6 A;  1FMU A;  4HVP A;  2HB2 A;  1HVK A;  1D4L A;  4IVT A;  4JPC A;  5OZL A;  4EP3 A;  3HDK A;  5P0Y A;  2P8H A;  5OZX A;  1F7A A;  3NDU A;  2BPX A;  1N49 A;  5P4S A;  4Y5L A;  3DCK A;  1SH9 A;  1GNN A;  4Y6M A;  2G94 A;  1W5V A;  4PZW A;  5DGU A;  5P47 A;  4HDP A;  3FV3 A;  2G69 A;  3JW2 A;  5P41 A;  5DQ4 A;  1G0V A;  3EMY A;  2PSG A;  3LIV A;  4KE0 A;  5OZ7 A;  3BXR A;  3UDM A;  1FQ5 A;  2UPJ A;  2AQU A;  2G21 A;  3VV7 A;  3ZPU A;  5P23 A;  5P3O A;  5P5E A;  5P4X A;  1MRW A;  3VYE A;  4YBF A;  4FE6 A;  1LYW B;  5P7T A;  3RTN A;  5P0Z A;  4Y4D A;  1F34 A;  3HBO A;  4FM8 A;  2WEB A;  3D1X A;  4D83 A;  5P0P A;  3LZY A;  3T7X A;  1EPL E;  5P29 A;  1IVP A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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