3UQPA

Crystal structure of bace1 with its inhibitor
Total Genus 96
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
96
sequence length
389
structure length
374
Chain Sequence
GSFVEMVDNLRGKSGQGYYVEMTVGSPPQTLNILVDTGSSNFAVGAAPHPFLHRYYQRQLSSTYRDLRKGVYVPYTQGAWAGELGTDLVSIPHGPNVTVRANIAAITESDKFFINGSNWEGILGLAYAEIARPDDSLEPFFDSLVKQTHVPNLFSLQLCGAVGGSMIIGGIDHSLYTGSLWYTPIRREWYYEVIIVRVEINGQDLKMDCKEYNYDKSIVDSGTTNLRLPKKVFEAAVKSIKAASSTEKFPDGFWLGEQLVCWQAGTTPWNIFPVISLYLMGEVTNQSFRITILPQQYLRPVEDSQDDCYKFAISQSSTGTVMGAVIMEGFYVVFDRARKRIGFAVSACHVHDEFRTAAVEGPFVTLDMEDCGYN
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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publication title Cyanobacterial Peptides as a Prototype for the Design of Potent beta-Secretase Inhibitors and the Development of Selective Chemical Probes for Other Aspartic Proteases
pubmed doi rcsb
molecule keywords Beta-secretase 1
molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
source organism Homo sapiens
total genus 96
structure length 374
sequence length 389
ec nomenclature ec 3.4.23.46: Memapsin 2.
pdb deposition date 2011-11-21

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 3uqpA01
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 3uqpA02
5CONA 5IVSA 4KE1A 3K5FA 4FGXA 5P3EA 1FQ7A 1G2KA 2VA7A 3FNTA 2AQUA 3IN3A 1M43A 5P44A 5DR7A 3KFNA 4H3FA 2P4JA 1K2CA 1MESA 3ZOVA 2J9JA 2A4FA 4GB2A 5OZMA 4EP3A 2PK5A 1AVFA 1KJ7A 5KQFA 5P1UA 3VLBA 2P3AA 3WZ7A 5P7PA 3OXWA 3U71A 3D1XA 3QVCA 2QK5A 3GGAA 1NPWA 2P3DA 2WKZA 1XE5A 4Y4EA 5P31A 3SA4A 2FIVA 3BXSA 1EPNE 6FIVA 4I12A 4TVGA 2F3KA 1XDHA 5P1PA 5OYTA 4B00A 2OHTA 4YBIA 3OU4B 1HVKA 5DQ2A 5P20A 1LZQA 3RTHA 2VIYA 5P8JA 4AUCA 5P7ZA 3TKWA 2I4DA 2BKSA 4I0HA 2NNPA 3IXJA 2JYSA 4FRSA 5P08A 4TRZA 4HDFA 4BEKA 5P2AA 3O9GA 1QBSA 3U7SA 3SA7A 4OBZB 5P6SA 3JVWA 4JPEA 4DJQA 2R38A 4FRIA 5P0UA 3ZMGA 3NWQA 4FM6A 5P4IA 2CEMA 4MC2A 4OBFA 5OZNA 4D85A 3QS1A 1FFIC 2PH8A 4HVPA 4Z50A 5EZXA 3SQFA 2I1AA 1EPQE 1QRPE 3DV5A 5P6NA 4Q1YA 1GVUA 1OEXA 2ER7E 4YCYA 4ZSMA 5P80A 3F9QA 4ER4E 3TPPA 2WEDA 1META 3U6AA 4J5JA 1HVSA 1MRXA 5P3GA 5P1VA 2EWYA 3M9FA 1A30A 5P5NA 5P7JA 5OZQA 3VYDA 1BAIA 5P6QA 2AIDA 1RPIA 3PWRA 4Y4ZA 3IAWA 4GJ9A 3VLAA 3OADB 3PGIA 2HB4A 3TNEA 3C9XA 4Y3PA 2NMYA 4ZSPA 1UH7A 3JW2A 4HE9A 4DJPA 2FS4A 1YTJA 4UPJA 5P2XA 5P24A 3SLZA 5DQCA 4FS4A 3NDXA 3IXOA 3UF3A 2Q3KA 4EXGA 5DQ1A 2QZKA 2AVMA 5P3QA 5P6RA 4FIVA 3KFSA 5P1SA 1WBMA 5KQYA 5P02A 4MC1A 2NNKA 1EBWA 3OUDA 4FSEA 4RROA 5HTZA 2FLEA 2WF4A 1ZSRA 1IIQA 3G6ZA 4NJTA 1E82E 4RVJA 5P6ZA 3OAGA 4GMIA 5P3UA 5HE5A 2ZJJA 3T6IA 4PZWA 3KDBA 2PSGA 2ER9E 5OZWA 5P7LA 2BQVA 5ER1E 2QD6A 2OHPA 2BPYA 1N49A 5DGWA 5P0SA 3DV1A 3RVIA 2ZHUA 3EM3A 5IVRA 3K5DA 2ZJLA 3CKPA 3GI6A 5AGZA 1LYBB 5P70A 3INHA 5P86A 3EL1A 5AHAA 4Y3YA 3UFLA 5HDVA 4OBDA 4KB9A 5P1BA 1HSGA 1ODWA 4RCFA 3EC0A 4Y50A 1W6IA 4M8YA 5P7XA 5P2CA 5SXNA 4F76A 1C6XA 2A1EA 5DR8A 3OU1A 1E80E 5P2DA 5KR0A 3PLDA 1LF3A 1YTGA 2V0ZC 3O9AA 5P2RA 3OADA 1IZDA 3LZVA 1SH9A 5JODA 5KOSA 4EJ8A 2NXDA 2IENA 3PVKA 4J1KA 5P77A 4FCOA 4DH6A 3GGXA 5P3MA 1ZPKA 5P6XA 5P0CA 3EM6A 5P6HA 1YX9A 3VSWA 3I6OA 1QBRA 3OXXA 5OZ2A 5P27A 5P65A 5P6AA 2V16C 3LIQA 2RKFA 4Y3SA 2JJIA 5P43A 4GJ7A 2QI6A 1HSHA 3FKTA 4Q1NA 1SDTA 2QI1A 2HB3A 2QMGA 1ZSFA 2AVVA 1KJ4A 2QZXA 4Y4XA 3HBOA 2OHSA 1LS5A 3UFNA 4CP7A 3O99A 1G35A 5P3OA 5P22A 4Y4TA 3SABA 2G1YA 3LZYA 2P3CA 5BS4A 5P8FA 5AHCA 4J1FA 5P89A 3A2OA 5P7NA 3MXEA 4Y48A 5P3CA 1B11A 3FNSA 1AXAA 3D91A 3IXKA 1XE6A 1LYBA 3ZKMA 1W5VA 4F74A 5ISJA 2HC0A 3GI0A 5IVTA 4LL3A 5P4WA 4HA5A 3I25A 5P1TA 5PEPA 3URIA 5P3HA 3UDQA 1QBUA 3OUBA 1UPJA 4OBHA 2Z54A 2APRA 3CKTA 3INEA 1GVWA 5P69A 5I3VA 1LYAA 5P71A 5P5DA 3GGVA 3I7EA 3PJ6A 5OZYA 2UXZA 5P0HA 5P01A 3S43B 4YOBA 4RCDA 5P2TA 4DJYA 5P6IA 5P6LA 5P48A 1HTEA 2G1RA 3DM6A 5P5CA 4I0GA 4Y38A 1MUIA 3UCBA 4JECA 5F01A 1HOSA 2FDDA 3KDCA 2H6SA 2O40A 5P17A 4Y9WA 2AOFA 2SAMA 4JOOA 1TW7A 5P3BA 1SBGA 1IZHA 5P6VA 2G94A 3BXRA 3SA8A 3EKTA 2QHYA 4J1HA 1BILA 4J55A 5P07A 4DPFA 5I3YA 2ER6E 3OOTA 4OC6B 4ACXA 2G24A 2ZJNA 4K4RA 5P4KA 1Z8CA 4BELA 1EPOE 4NJVA 5P7SA 1VIJA 1DP5A 4BFBA 5HDUA 4EPJA 3UHLA 1QDMA 2HS1A 1BXQA 3D1YA 2ZYEA 4Y5EA 6APRE 1Q9PA 5OZCA 5APRE 4Y4DA 4L7HA 4L7JA 5P58A 3LPKA 5P5ZA 2RKGA 4X2LA 4Y57A 3L58A 3TLHA 4YD7A 5T4SA 3NDUA 1AZ5A 5OZZA 2OHUA 2B42A 4M8XA 5P7OA 3SFCA 1DW6C 1EPPE 5P57A 1OD1A 4OD9A 2P3BB 1EPME 3TPLA 5ISKA 2BPVA 3L38A 1FQXA 1HVLA 1HEFE 2HPEA 5P2HA 4R92A 4I0EA 1HVJA 3S43A 4IVSA 5P0OA 3QROA 3QAAA 1UH8A 4YBFA 2VJ6A 5P35A 3NDTA 5P0MA 1JLDA 5P54A 1W5WA 4NJUA 5KR8A 4CPTA 1OHRA 4ACUA 5P5OA 2CEJA 3NDWA 3Q4BA 3VG1A 2UPJA 2QI7A 3OHFA 5P1IA 4COEA 3SM2A 3ZKQA 3LNKA 2VNNA 5P79A 3NLSA 5P8EA 5OZ7A 1ENTE 3SAAA 2HS2A 1IVPA 4Y3RA 5AH8A 4J0ZA 4QJAA 5P4BA 2NMZA 3L5EA 3K5CA 3N4LA 3ZKGA 5P6BA 4N00A 5P7IA 1B6JA 3SM1A 5P3XA 4A6CA 3IN4A 1G6LA 2XFKA 2ZJHA 4YOAA 3EXOA 8HVPA 5OZSA 2I4WA 5P45A 5P30A 5AH7A 1HTGA 1NPVA 3BRAA 2VNMA 5P6TA 2V00A 1W5YA 5UPJA 3EKYA 1AAQA 1T7KA 4GJBA 5P2YA 4AZYA 1CZIE 1B6PA 2O4LA 3EKWA 3MWSA 5P14A 5P6PA 2ZDZA 1PSNA 5P32A 3NYGA 5P0AA 4Y5GA 4KE0A 4RYGA 5OZ6A 3ZPSA 3S54A 5P3FA 2AZ9A 4Y4BA 3VV6A 3VFBA 1WBKA 3QRMA 1BV9A 2RENA 4J0YA 2VJ7A 3ZPTA 5P0BA 5P4PA 5P5JA 4FM7A 3UDPA 3PB5A 5P2SA 4GJAA 4Y51A 2BPXA 1GNMA 4Y45A 3VYFA 3HDKA 3VF3A 1CMSA 2XYFA 4U8WA 1BIMA 5P59A 4Q1WA 3CIBA 5OZBA 3GI5A 4I0IA 3RSXA 1K6CA 5ENKA 5P1LA 3PCZA 5P1OA 1W50A 5P4MA 4APEA 4RVIA 4Y3ZA 3R0YA 4FLGA 3L3AA 1EBYA 3OTSA 5P2UA 4Z22A 4FRJA 1HVRA 5P83A 1M0BA 3UDYA 2WEAA 3SKGA 1IVQA 5OYQA 5OZHA 4CMSA 2OHKA 5HCOA 1MVPA 4D83A 1EBKC 3APPA 3TL9A 4B70A 4CPWA 5CLMA 5P66A 5P34A 1E81E 4U7QA 5P84A 5P8HA 2WF2A 2QAKA 2ZJIA 1F34A 3ZPUA 1AJXA 5P2JA 4EYRA 1BDQA 5HDXA 2B7ZA 3OK9A 2OHQA 5P06A 5P0WA 2PWCA 5P4UA 5P5KA 5P6CA 1NH0A 1FMBA 1FEJC 4EJDA 4H3JA 5P4NA 4BFDA 2AOJA 1K1TA 4YHQA 5P2FA 1C70A 5DPZA 3G72A 1ZTZA 1HBVA 3KA2A 5P6FA 3OGQA 3NU6A 2QU3A 4GYEA 1EEDP 3QRVA 1QBTA 3K1WA 1SMRA 4DJVA 4Y41A 5DR3A 5P1RA 3HAWA 1E5OE 5P5XA 5P1XA 4HEGA 4RGHA 3LINA 5HDZA 1SIPA 3KFPA 1MT8A 1HPVA 3IGBA 3EL5A 3L59A 2PWRA 1HSIA 4GJCA 1A8GA 5OYRA 4PEPA 4K8SA 1MIQA 2Q15A 1FF0C 4I10A 5P0FA 5P4JA 3LHGA 5SY3A 3VV7A 2G27A 1K1UA 4AMTA 2G1NA 5OZ1A 3PWMA 3VCMA 3FSMA 5DR1A 3TKGA 4Z2ZA 2NR6A 4HDPA 3NSHA 5P3WA 3DOXA 2WJOA 5OZ3A 4R5NA 2FDPA 1DMPA 4Y37A 3OU4A 1ZAPA 3DK1A 5P4DA 3TPRA 4Y43A 3FV3A 5P12A 5P0IA 5P3AA 5OZUA 5KQXA 4Y35A 1TSQA 4EQ0A 2FNSA 4Y5CA 1D4SA 5E5JA 3OUAA 1KJGA 3EL4A 2V12C 5P8PA 5OZKA 5P09A 4YCKA 5P1JA 2ZHTA 5P3LA 3PEPA 3T7QA 3KMXA 3EL0A 1RNEA 4OBZA 4YD4A 1T3RA 5P3KA 1AJVA 5P8UA 5J25A 3CYWA 4RYCA 2VJ9A 4I1CA 5P7VA 2ASIA 3O9LB 1VIKA 5P63A 5P18A 2AVSA 2ANLA 2IQGA 1BDLA 3KMYA 4B77A 1LF2A 2QZLA 3SACA 1MSNA 3R0WA 4R93A 5DR0A 5P67A 3H5BA 1BXOA 5P6KA 1HPSA 2ZJKA 5P15A 5P0GA 5P5VA 3UDMA 1D4LA 3PSGA 1APUE 5P4QA 5P8AA 4XKXA 5P5GA 2OAHA 4LBTA 4EWOA 3BUFA 5DQ4A 4Y6MA 3AIDA 2V11C 5P2ZA 4NKKA 1IBQA 2HPFA 1PPLE 4DJUA 1ZP8A 4LAPA 3CYXA 5P1MA 2AOHA 3KT2A 2QMDA 1GVVA 1TCXA 5E5KA 2QP8A 2UY0A 3VSXA 4IVTA 5F00A 3D3TA 2P83A 1F7AA 1XS7D 1LF4A 2I4QA 4TRWA 3OUCA 5TOLA 5P1WA 1ZLFA 2XYEA 5P8OA 3PLLA 5P8VA 3LIYA 2IKUA 5P2GA 5P51A 1B5FB 2AOCA 1M4HA 5P1FA 1MT9A 5P61A 5P5AA 5P3ZA 5OZDA 4L6BA 5P8KA 4Y44A 4Y58A 5P4ZA 5P64A 5P49A 1UH9A 5P72A 3BUHA 4I0FA 5P4RA 3NXNA 4Y4WA 5P1QA 3BUGA 5P8SA 3QRSA 4U7VA 3UQPA 2NXMA 3UDRA 4Y3DA 3O9HA 1D4HA 3O9LA 1SDVA 3L5BA 4I8WA 5P3RA 1IZIA 5P8MA 4HDBA 1FB7A 1MRWA 2I0AA 2R5PA 4D8CA 4ER1E 4LC7A 3UDHA 2PSUA 4NJSA 2G20A 4B72A 1YTHA 5P46A 2ZGAA 3KYRA 4QGIA 2QCIA 3IVHA 3HLOA 3D20A 1PSOE 3LPJA 1KJHA 5JFUA 1EC1A 3BVAA 5COOA 4L1AB 5P3SA 3NU5A 3QIHA 5P81A 1DPJA 5P2MA 1C6YA 3LIZA 5P5YA 2IGXA 5P10A 5P7TA 1ZBGA 3WB5A 2QI5A 5P7UA 5P4TA 2ZE1A 5OZ0A 2R3TA 5P2OA 1FLHA 3VUCA 4Y39A 1HPOA 4QJ2A 5P3TA 1SMEA 2QHCA 3SA5A 1HIIA 3K4VA 3NWXA 5P3VA 4EJLA 3S7LA 1LEEA 3HZCA 5OZGA 2H6TA 5KQZA 4B1DA 1FG6C 3S8IA 3EM4A 5P4CA 2R3WA 3ECGA 3BGCA 2Q11A 5P74A 3O9IA 5P16A 1XL2A 4FAEA 1BBSA 4YDFA 1XL5A 1KJFA 5OZFA 1SGZA 4OBGA 5P1DA 5P7RA 4QJ8A 1GNNA 1APTE 3ZLQA 5HVPA 1A9MA 4H3IA 3BHEA 4DQCA 2G26A 2QMFA 3FIVA 2G69A 5P29A 2P8HA 1HXBA 5P0ZA 3MXDA 2BBBA 1EPLE 4MC6A 3EL9A 5P1EA 1HRNA 4Y3GA 3URLA 2OHLA 1APWE 3OQFA 3PI5A 3ST5A 4Y54A 2FXEA 5P6JA 5P7GA 1BWBA 3B80A 5P0JA 3OXVA 1EC3A 2ZHVA 5DR4A 3I8WA 2J9KA 3WSJA 5P5EA 3PCWA 3L5DA 2O4SA 4GJ5A 4Y3HA 4Y5PA 5P2EA 3WZ8A 2IL2A 5P1NA 4AA8A 3INDA 3OU3A 1EAGA 3PRSA 5HCTA 3HAUA 5P7BA 1MTBA 4R91A 1BWAA 5P5SA 2PMAA 1BVEA 4TRYA 3EKXA 3RU1A 3VV8A 2F8GA 2OHNA 2AVQA 4ZSRA 5P23A 1HTRB 3O9BA 5P11A 5P78A 3T7XA 3NUOA 4Y36A 4ZLSA 3SA6A 2IS0A 1TCWA 4A4QA 3LZUA 2QU2A 1YG9A 2VKMA 4B0QA 5P4VA 1DIFA 4Y5NA 4Y5MA 5P1KA 4DQBA 3OTYA 5P03A 5P53A 9HVPA 2OHMA 4DJWA 4OC6A 4CPSA 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chains in the Genus database with same CATH topology
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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 5CON A;  5IVS A;  4KE1 A;  3K5F A;  4FGX A;  5P3E A;  1FQ7 A;  1G2K A;  2VA7 A;  3FNT A;  2AQU A;  3IN3 A;  1M43 A;  5P44 A;  5DR7 A;  3KFN A;  4H3F A;  2P4J A;  1K2C A;  1MES A;  3ZOV A;  2J9J A;  2A4F A;  4GB2 A;  5OZM A;  4EP3 A;  2PK5 A;  1AVF A;  1KJ7 A;  5KQF A;  5P1U A;  3VLB A;  2P3A A;  3WZ7 A;  5P7P A;  3OXW A;  3U71 A;  3D1X A;  3QVC A;  2QK5 A;  3GGA A;  1NPW A;  2P3D A;  2WKZ A;  1XE5 A;  4Y4E A;  5P31 A;  3SA4 A;  2FIV A;  3BXS A;  1EPN E;  6FIV A;  4I12 A;  4TVG A;  2F3K A;  1XDH A;  5P1P A;  5OYT A;  4B00 A;  2OHT A;  4YBI A;  3OU4 B;  1HVK A;  5DQ2 A;  5P20 A;  1LZQ A;  3RTH A;  2VIY A;  5P8J A;  4AUC A;  5P7Z A;  3TKW A;  2I4D A;  2BKS A;  4I0H A;  2NNP A;  3IXJ A;  2JYS A;  4FRS A;  5P08 A;  4TRZ A;  4HDF A;  4BEK A;  5P2A A;  3O9G A;  1QBS A;  3U7S A;  3SA7 A;  4OBZ B;  5P6S A;  3JVW A;  4JPE A;  4DJQ A;  2R38 A;  4FRI A;  5P0U A;  3ZMG A;  3NWQ A;  4FM6 A;  5P4I A;  2CEM A;  4MC2 A;  4OBF A;  5OZN A;  4D85 A;  3QS1 A;  1FFI C;  2PH8 A;  4HVP A;  4Z50 A;  5EZX A;  3SQF A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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