3UQUA

Crystal structure of bace1 with its inhibitor
Total Genus 95
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
95
sequence length
390
structure length
374
Chain Sequence
RGSFVEMVDNLRGKSGQGYYVEMTVGSPPQTLNILVDTGSSNFAVGAAPHPFLHRYYQRQLSSTYRDLRKGVYVPYTQGAWAGELGTDLVSIPHGPNVTVRANIAAITESDKFFINGSNWEGILGLAYAEIARPDDSLEPFFDSLVKQTHVPNLFSLQLCGAVGGSMIIGGIDHSLYTGSLWYTPIRREWYYEVIIVRVEINGQDLKMDCKEYNYDKSIVDSGTTNLRLPKKVFEAAVKSIKAASSTEKFPDGFWLGEQLVCWQAGTTPWNIFPVISLYLMGEVTNQSFRITILPQQYLRPVESQDDCYKFAISQSSTGTVMGAVIMEGFYVVFDRARKRIGFAVSACHVHDEFRTAAVEGPFVTLDMEDCGYN
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Flexibility of the Flap in the Active Site of BACE1 as Revealed by Crystal Structures and MD simulations
rcsb
molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
source organism Homo sapiens
molecule keywords Beta-secretase 1
total genus 95
structure length 374
sequence length 390
ec nomenclature ec 3.4.23.46: Memapsin 2.
pdb deposition date 2011-11-21

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 3uquA01
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 3uquA02
3FX5A 2VJ7A 1E80E 5JG1A 1ZLFA 5P5DA 4DVFA 3UPJA 1ME6A 3CYWA 4GJAA 1ZSRA 2RKGA 3QN8A 4I0ZA 6APRE 2HS1A 5P4ZA 2IL2A 4B72A 2P4JA 5OZZA 1HVRA 5P0IA 5P3MA 3APPA 4U8WA 1XN2A 3SA5A 5P7KA 5P3OA 4Q1YA 2QHYA 1T7IA 5ENMA 4D83A 5P4EA 5P68A 3RTNA 3LINA 4HDFA 1BV7A 4FCOA 1FMUA 3QS1A 5KAOA 3OGQA 5E5KA 5P0MA 3OXVA 1E81E 5P5HA 4B00A 5P7JA 4Y4TA 2ZJMA 2ZJIA 1OD1A 5P73A 3R4BA 5P3PA 3LIVA 5P70A 3K5FA 5P7AA 1ZAPA 3DV1A 3URLA 2ZHTA 3R0YA 5P5VA 4B0QA 2NNKA 3SFCA 1C70A 2HAHA 1NSOA 2QD7A 2RMPA 3URJA 1HPOA 5P2JA 1T3RA 4Y5LA 5P3VA 1ZTZA 4S1GA 4LXMA 5P2CA 4PHVA 3SPKA 5P51A 3T3CA 1QRPE 3CYXA 3TPRA 3Q70A 3KFPA 5IVSA 4NKKA 4Y9WA 3S53A 4N00A 3KFSA 4EWOA 1EEDP 5AHAA 1OEWA 1AXAA 4OD9B 2PH6A 2ZE1A 3BXSA 1A8KA 5P60A 1FQ8A 2V11C 5P1TA 3OWNA 1FIVA 1W5YA 4RZ1A 1HPXA 2OHMA 3OY4A 5P8OA 5P7FA 3OK9A 3SACA 1KZKA 1Q9PA 1IVPA 5DR3A 1MSMA 4D85A 5JFUA 5P7XA 1T6EX 5P2TA 4KUPA 2Q54A 3B80A 4DJOA 4B70A 1PSOE 3PMUA 3O9FA 5P1FA 2NR6A 3HVPA 1WBMA 5P00A 5I3XA 3ZKSA 2UY0A 2VJ9A 5P8IA 2G1YA 5P05A 5P0QA 3WSJA 5HU1A 5ISKA 4Z2ZA 2WF2A 2I4WA 4I0IA 4YD3A 4Y43A 3PLDA 4OD9A 2PYNA 5P4NA 1XL5A 5P6PA 1PPLE 4JP9A 4I0EA 5BRYA 3L5BA 1EBKC 4RLDA 1C6ZA 1SH9A 5P6SA 3OOZA 3VSWA 2OHSA 3IN4A 5P8JA 1EPLE 2FNTA 4FM6A 4Y3FA 3VFAA 3IXJA 1YX9A 5P6GA 4F74A 4K8SA 3FV3A 1EPQE 5OZJA 2ZDZA 4Y53A 1SDUA 9HVPA 2OHUA 4FSLA 3VSXA 3MSLA 2P3BB 4Y5PA 2QU2A 2FMBA 4RYCA 1KJGA 2ER6E 5P42A 4B77A 1HVCA 2OHLA 4QLHA 2G22A 6UPJA 5P65A 2BB9A 4Y36A 1SDTA 4ER1E 3HAUA 1ZSFA 3SAAA 4Y56A 5P6NA 2QAKA 4HDBA 4Y57A 1HIVA 1BBSA 4PZWA 4LP9A 5P4VA 5APRE 4ZIPA 2QI7A 5P38A 4A4QA 3NDXA 1MRXA 2G21A 3O9EA 1W50A 3L38A 1D4KA 2O4SA 3L59A 1B11A 3Q3TA 5P4OA 1RQ9A 3OQDA 1TQFA 1EPME 1G6LA 2QZKA 5P15A 2PWCA 2B7FA 5P58A 3SM1A 3PI0A 2NMYA 3SA3A 5P54A 1HVKA 2AZ8A 2P3BA 1UH7A 2AODA 4DJYA 1G2KA 5IVQA 1IZHA 5P6EA 5P3QA 1VIKA 5P80A 3ZKIA 2XFIA 5DQ1A 2HPEA 1MESA 5P14A 1SBGA 4FRSA 2AVOA 3FIVA 5DQCA 1QDMA 3UDMA 5DQ5A 5HCOA 5P63A 4OC6B 4OBFA 5P5JA 1MVPA 4YD7A 5HDZA 5P5FA 1FMXA 5P76A 4RRNA 5P11A 5P3AA 4CMSA 3T7QA 1HPVA 3S45A 3Q5HA 5OZYA 5P87A 2G26A 4Y4XA 5P0OA 3S2OA 4KE1A 4CKUA 3LPKA 3PWRA 5HE5A 4Y4UA 5P0XA 5BS4A 2I4VA 2XYEA 4KE0A 2P3AA 3WZ6A 5C9DA 2R3TA 2QI4A 4CPXA 2QD8A 5OYQA 3ECGA 1A8GA 3U7SA 3EL0A 2QZLA 3EM6A 8HVPA 3GGXA 3SLZA 1WKRA 5P1VA 5P6IA 5P89A 5ER1E 2JYSA 5P4GA 1D4HA 3INEA 4I0HA 1PFZA 4TRZA 5KR1A 5OZXA 1EC2A 5P56A 5P35A 4FGXA 1K6TA 3SA4A 4YDFA 2F80A 3N3IA 3LZVA 5P1XA 3EXOA 5P7RA 5P1EA 1XDHA 5P2WA 5P6QA 4Y5MA 1A94A 3URIA 3KMXA 2CEJA 3OXCA 1G0VA 1AIDA 5P0AA 4QGIA 4QJ7A 3PSGA 4OBGA 2I0AA 1BVGA 4DI2A 5I70A 5P0YA 1FFFC 5P3DA 1HBVA 4YCKA 2G69A 3ZPTA 2AOIA 2F8GA 5P75A 2ZHVA 3I2LA 5P31A 5P08A 2HB2A 5AHCA 3S8IA 5DQ4A 4COEA 1HEFE 3IN3A 2WEDA 5P6DA 3VF7A 3ZKQA 4Y5NA 2OHQA 3KDBA 2G1NA 2QMGA 1B6JA 3GGVA 5P09A 4R95A 5COKA 2JJJA 2R43A 5P72A 4J0TA 1APWE 1LF4A 5P0SA 4Y3PA 1ODWA 4ACXA 2QI5A 1PPME 1Z1RA 2QU3A 3IXOA 5OZVA 1YM2A 4L7GA 5DR4A 5P2YA 1BVEA 5P57A 2F3FA 3H5BA 4B1DA 5OZMA 1FEJC 3WB5A 4RCEA 5P7WA 2PWRA 4TRYA 1GKTA 3U71A 3KFNA 1HVLA 3O9BA 5AH7A 4EJKA 5I3WA 4MC2A 2WEBA 5P3GA 3UDPA 1E5OE 2WL0A 1RPIA 5P6FA 3O9HA 2WEZA 5P6UA 4CP7A 3OHFA 4I10A 2P83A 4Q1XA 5P6ZA 3PCZA 2G20A 4LAPA 4CPTA 3DV5A 5P6JA 3PCWA 4XKXA 2VKMA 3HZCA 1EPPE 5P7OA 4L7HA 2IKOA 2WF1A 4I1CA 4YE3A 4H1EA 2Q63A 4YBIA 5P7MA 3O9GA 2ZJNA 5P45A 2R38A 1AZ5A 5P47A 4DV9A 3AUPA 1FG8C 3OADA 3EL5A 3A2OA 5OZUA 4Y4DA 5P2FA 5P8VA 3T7PA 2OHRA 1OHRA 3BUHA 1NPWA 4B05A 5P4MA 3OGPA 1XE6A 1RL8A 1YTJA 4EXHA 5P7HA 1MTRA 1KJHA 3PBDA 4GJ8A 4DFGA 1KJFA 3TKGA 3GGAA 1AM5A 5P27A 5P1QA 5P2MA 3TKWA 2QI1A 1LS5A 2QNPA 1BDRA 1YM4A 4EP3A 2HM1A 3CIBA 1CMSA 3O9AA 2AQUA 5OZIA 2VIJA 4Q1WA 3QP0A 4TVGA 5IE1A 5P2RA 4FM8A 2J9JB 1SGUA 3NWQA 2AOEA 3M9FA 5P5AA 3MXDA 2R5QA 5P3NA 2WEAA 4PPHA 4EXGA 5P8LA 5P0FA 1LF3A 1KJ7A 1FQ4A 5P2HA 5P1JA 4GB2A 5P18A 4DJUA 3RU1A 1M0BA 5P5CA 1HRNA 1ODYA 1NPAA 1T6GA 5P81A 1FQ5A 5OYVA 3OXWA 1T7JA 4ZPEA 3KYRA 5HDXA 5P8PA 1HEGE 5P79A 2NPHA 4RYGA 3O9LB 1K6VA 3NLSA 5F00A 3UDJA 5P7NA 5P3FA 2QHCA 2XFKA 3HW1A 2AZCA 4I8ZA 3UDKA 2BPVA 5ER2E 3UTLA 2ZHUA 1SP5A 2B60A 4EP2A 4EQJA 5P1GA 3OU1A 5P0LA 3UQXA 4Y3EA 3NUOA 5P8BA 4CPRA 3KT5A 4F73A 4GJ7A 2J9JA 1HXBA 2F3KA 5P7SA 5P1BA 5P7UA 2IEOA 3KA2A 2I4DA 1OEXA 2PQZA 5P2IA 3L5DA 3CKRA 1ZJ7A 4L6BA 5P8HA 2QMDA 2BKTA 3D1YA 2B8VA 1ZPKA 3PEPA 5KQXA 2VS2A 4CPWA 5P49A 1EPOE 5KOSA 4GJ9A 5I3YA 1TCXA 5OYYA 1M4HA 4J1IA 5COOA 5P7QA 5P5YA 2V00A 3O9LA 1MT7A 5HE4A 4Q5MA 1HTEA 1TSUA 3OQAA 3BRAA 5P6KA 4F75A 5J25A 2FXEA 2FGUA 3KDDA 5P71A 4UPJA 3UQWA 2Q3KA 4MC6A 1FG6C 4BELA 5OZCA 3PM4A 5P4RA 5P53A 3UQPA 5P1IA 5P28A 5P6XA 5P20A 4FS4A 2I0DA 3LHGA 5AHBA 3NDUA 4RVXA 5P6TA 4Y44A 5KR2A 5P5QA 4YOAA 5OZEA 2FNSA 3SO9A 3OUBA 4DH6A 5P23A 5P30A 1YTGA 3K5GA 5OZKA 4QJ2A 2Z4OA 4OBZB 3L5EA 4D89A 3EMYA 5P2BA 2JJIA 5P5KA 4Y45A 4Y4GA 3ZKXA 1LYWB 4FRIA 4Y3LA 5HCTA 4EHCA 2VNNA 4Y4BA 3I6OA 3LPIA 4Y3RA 4ACUA 4FL8A 3LITA 5P83A 2IGYA 4FLGA 5P2DA 1D4YA 3ZMGA 3MSJA 5P4UA 5P1HA 2HB4A 5PEPA 3B7VA 5P3BA 5P0ZA 3D91A 4RGHA 4DUSA 2ER9E 4ZSQA 3BUFA 2ASIA 1ZPAA 3G72A 3VF3A 4BFBA 5OZGA 5P6WA 5P0PA 3KT2A 4Y35A 3UDQA 5P4WA 4J1KA 2I4QA 2PC0A 5AH8A 5P1OA 5P5UA 4GYEA 5P4LA 2XFJA 1PROA 3DUYA 1FMBA 3BVAA 3BC4A 2BPYA 3UFLA 4R93A 3QBHA 3O9IA 3PLLA 2Q55A 4YD6A 1IIQA 1XE5A 3TOHA 5ENKA 5P5EA 4I0DA 1MEUA 3ST5A 5P7TA 5OZAA 5OYRA 3K1WA 1TW7A 1IBQA 3DM6A 3PHVA 3ZKNA 3N4LA 1A9MA 3QVIA 2QMPA 2G94A 3S85A 4Q1NA 2ANLA 5OZ0A 5P5WA 4H3JA 4X2LA 2O4LA 5P4SA 4Y3JA 3HD8A 5P0RA 2H6SA 5UPJA 5P8QA 4DQFA 4LHHA 3UQRA 5AGZA 3T6IA 4RVJA 5P8UA 3GW5A 5P2ZA 2ZYEA 5P24A 2G27A 1AJVA 4B1EA 5P2EA 5P2OA 3VG1A 5P7YA 4Y48A 5P1AA 5P66A 1BDLA 1F34A 4GJ5A 1NPVA 4IVTA 3LZUA 3QROA 3AIDA 3R0WA 3PI5A 3PVKA 5P44A 3VFBA 1MT8A 5P1RA 1HTFA 3BUGA 4WY6A 5HD0A 4Y3QA 4ZSMA 4ZLSA 1LEEA 4AMTA 4GJDA 5P02A 4FE6A 7UPJA 5P4IA 3EKXA 4Y4EA 4Y50A 5P3KA 1J71A 1LV1A 5P4FA 1FKNA 4HZTA 5FIVA 3RSXA 2VIYA 4A6CA 4LC7A 3ZPSA 4Y3YA 1DPJA 4LXAA 1BWBA 4JOOA 1LYAB 4Y3GA 1W6HA 3R2FA 5DGWA 1FQ7A 5P0JA 5P5RA 3QVCA 4JPCA 3PMYA 1B6PA 3MWSA 3BGCA 3DCRA 3OU3A 4EJ8A 5P46A 4OC6A 4J0ZA 5P5LA 2VJ6A 5AH9A 2QHZA 5P0CA 3KFRA 3QAAA 3EL9A 5P7DA 2OHPA 5P5MA 5OZ1A 3S7LA 1PPKE 3IGBA 1UH9A 3PWWA 5P32A 4DQEA 5P0WA 2BJUA 5P0BA 5P3ZA 2JE4A 5P4JA 5P8GA 1QBUA 5P0VA 2AOGA 4QJ6A 1SDVA 3NU5A 2CEMA 5P4AA 4Y4ZA 4Y4JA 5BWYA 2HPFA 3NYGA 2IS0A 4WTUA 1YTIA 2G1SA 1TSQA 5P3LA 3QRSA 4FIVA 3UF3A 4DJVA 2OHTA 5P3JA 3OU4B 2ZJHA 5P0HA 1W51A 3Q6YA 2QMFA 1C6XA 3UDNA 5P5IA 4DJPA 2NMZA 5DR0A 2B7ZA 5P6BA 2PK5A 3IAWA 5P4HA 3PGIA 2Q5KA 3SA9A 4LBTA 1FFIC 5OZFA 3RVIA 5P1SA 2V12C 3D3TA 3GI4A 1HSGA 3ZKGA 5DGUA 2APRA 4EJDA 2VA6A 5CLMA 4MC9A 5EZXA 3TNEA 3NXEA 3WZ7A 5P1YA 3DOXA 3EKQA 5P8DA 5OZSA 5OZRA 4R5NA 3VV8A 3O9DA 3VYFA 3K5CA 1HPSA 4I0FA 4ZE6A 1EC0A 1LYBB 1M43A 2IQGA 2SAMA 5P22A 3GI0A 5P01A 1META 3U6AA 5P04A 1LZQA 5P8FA 5OZPA 2Z54A 4FAFA 3EKTA 5P86A 1QBRA 3EM3A 3SM2A 3GGUA 5P36A 3F9QA 3KDCA 3NWXA 4Y37A 3QBFA 3KM4A 1QS8A 4K4QA 5P5ZA 2R3WA 1BXQA 3CMSA 5P67A 5OZ3A 5P1WA 4FM7A 4J0YA 1IDBA 5P2UA 3IA9A 2G1RA 4HE9A 2CENA 5P62A 2OAHA 4YDGA 5KQZA 4TVHA 1W6IA 4AUCA 1YT9A 3INHA 3OQFA 1FF0C 5OYUA 1HHPA 4EQ0A 1FLHA 1D4JA 1EPRE 1UPJA 1EBYA 1EAGA 5KOQA 5B18A 4XXSA 4XX3A 4RCFA 1HVSA 1ZP8A 3NU9A 4Y3DA 4Y58A 3OQ7A 3WZ8A 2AOHA 5F01A 5P8CA 4M8XA 1KJ4A 4OBJA 3T11A 3LPJA 4YD4A 4CPUA 2AVSA 4RCDA 2AOCA 2O4PA 5E5JA 5OYSA 5P3WA 1U8GA 2A1EA 3S43B 4K9HA 5P1KA 1SMRA 4QJ8A 1PSNA 5P3EA 3UQUA 5P7VA 3KN0A 4LXKA 3TOGA 3LZSA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3FX5 A;  2VJ7 A;  1E80 E;  5JG1 A;  1ZLF A;  5P5D A;  4DVF A;  3UPJ A;  1ME6 A;  3CYW A;  4GJA A;  1ZSR A;  2RKG A;  3QN8 A;  4I0Z A;  6APR E;  2HS1 A;  5P4Z A;  2IL2 A;  4B72 A;  2P4J A;  5OZZ A;  1HVR A;  5P0I A;  5P3M A;  3APP A;  4U8W A;  1XN2 A;  3SA5 A;  5P7K A;  5P3O A;  4Q1Y A;  2QHY A;  1T7I A;  5ENM A;  4D83 A;  5P4E A;  5P68 A;  3RTN A;  3LIN A;  4HDF A;  1BV7 A;  4FCO A;  1FMU A;  3QS1 A;  5KAO A;  3OGQ A;  5E5K A;  5P0M A;  3OXV A;  1E81 E;  5P5H A;  4B00 A;  5P7J A;  4Y4T A;  2ZJM A;  2ZJI A;  1OD1 A;  5P73 A;  3R4B A;  5P3P A;  3LIV A;  5P70 A;  3K5F A;  5P7A A;  1ZAP A;  3DV1 A;  3URL A;  2ZHT A;  3R0Y A;  5P5V A;  4B0Q A;  2NNK A;  3SFC A;  1C70 A;  2HAH A;  1NSO A;  2QD7 A;  2RMP A;  3URJ A;  1HPO A;  5P2J A;  1T3R A;  4Y5L A;  5P3V A;  1ZTZ A;  4S1G A;  4LXM A;  5P2C A;  4PHV A;  3SPK A;  5P51 A;  3T3C A;  1QRP E;  3CYX A;  3TPR A;  3Q70 A;  3KFP A;  5IVS A;  4NKK A;  4Y9W A;  3S53 A;  4N00 A;  3KFS A;  4EWO A;  1EED P;  5AHA A;  1OEW A;  1AXA A;  4OD9 B;  2PH6 A;  2ZE1 A; 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 2QNP A;  1BDR A;  1YM4 A;  4EP3 A;  2HM1 A;  3CIB A;  1CMS A;  3O9A A;  2AQU A;  5OZI A;  2VIJ A;  4Q1W A;  3QP0 A;  4TVG A;  5IE1 A;  5P2R A;  4FM8 A;  2J9J B;  1SGU A;  3NWQ A;  2AOE A;  3M9F A;  5P5A A;  3MXD A;  2R5Q A;  5P3N A;  2WEA A;  4PPH A;  4EXG A;  5P8L A;  5P0F A;  1LF3 A;  1KJ7 A;  1FQ4 A;  5P2H A;  5P1J A;  4GB2 A;  5P18 A;  4DJU A;  3RU1 A;  1M0B A;  5P5C A;  1HRN A;  1ODY A;  1NPA A;  1T6G A;  5P81 A;  1FQ5 A;  5OYV A;  3OXW A;  1T7J A;  4ZPE A;  3KYR A;  5HDX A;  5P8P A;  1HEG E;  5P79 A;  2NPH A;  4RYG A;  3O9L B;  1K6V A;  3NLS A;  5F00 A;  3UDJ A;  5P7N A;  5P3F A;  2QHC A;  2XFK A;  3HW1 A;  2AZC A;  4I8Z A;  3UDK A;  2BPV A;  5ER2 E;  3UTL A;  2ZHU A;  1SP5 A;  2B60 A;  4EP2 A;  4EQJ A;  5P1G A;  3OU1 A;  5P0L A;  3UQX A;  4Y3E A;  3NUO A;  5P8B A;  4CPR A;  3KT5 A;  4F73 A;  4GJ7 A;  2J9J A;  1HXB A;  2F3K A;  5P7S A;  5P1B A;  5P7U A;  2IEO A;  3KA2 A;  2I4D A;  1OEX A;  2PQZ A;  5P2I A;  3L5D A;  3CKR A;  1ZJ7 A;  4L6B A;  5P8H A;  2QMD A;  2BKT A;  3D1Y A;  2B8V A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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