3UQUA

Crystal structure of bace1 with its inhibitor
Total Genus 95
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
95
sequence length
390
structure length
374
Chain Sequence
RGSFVEMVDNLRGKSGQGYYVEMTVGSPPQTLNILVDTGSSNFAVGAAPHPFLHRYYQRQLSSTYRDLRKGVYVPYTQGAWAGELGTDLVSIPHGPNVTVRANIAAITESDKFFINGSNWEGILGLAYAEIARPDDSLEPFFDSLVKQTHVPNLFSLQLCGAVGGSMIIGGIDHSLYTGSLWYTPIRREWYYEVIIVRVEINGQDLKMDCKEYNYDKSIVDSGTTNLRLPKKVFEAAVKSIKAASSTEKFPDGFWLGEQLVCWQAGTTPWNIFPVISLYLMGEVTNQSFRITILPQQYLRPVESQDDCYKFAISQSSTGTVMGAVIMEGFYVVFDRARKRIGFAVSACHVHDEFRTAAVEGPFVTLDMEDCGYN
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Flexibility of the Flap in the Active Site of BACE1 as Revealed by Crystal Structures and MD simulations
rcsb
molecule keywords Beta-secretase 1
molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
source organism Homo sapiens
total genus 95
structure length 374
sequence length 390
ec nomenclature ec 3.4.23.46: Memapsin 2.
pdb deposition date 2011-11-21

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 3uquA01
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 3uquA02
5P5VA 3KDDA 3KM4A 4RCDA 2F80A 4RVJA 4FAEA 2HM1A 5P34A 1HVHA 3SA6A 4GJ6A 5P8LA 1YG9A 2I4WA 5P11A 4EYRA 5DQCA 4HDFA 2QZWA 4PZWA 5P1ZA 4Y3FA 5P5QA 5P6TA 5P5IA 5P82A 1XN2A 3O9LB 5P83A 5SY3A 1HTEA 2QMDA 4NJTA 5P3PA 5P3CA 3S53A 4EJKA 3EXOA 4CPWA 2ZHUA 2ZJLA 2PSVA 1TW7A 1FEJC 5P2OA 3ZKGA 5OYZA 3BUGA 5OZ1A 5IVQA 3LIVA 1MERA 5P0LA 4ER1E 2NMYA 5P7CA 5PEPA 2P4JA 3GI6A 1QRPE 1DAZC 5EZZA 4B1EA 3CKTA 2IGXA 1FQ5A 3SKFA 5P3MA 2QNPA 3T11A 5P1NA 2WHHA 3UQRA 5P5LA 2OHRA 1MRWA 5P7OA 2ZJKA 3VEUA 4CPSA 4I8ZA 1PPKE 5P31A 2G69A 4DQGA 5P5SA 3Q70A 1W50A 4FL8A 5HE5A 5P4FA 3URLA 2NNKA 5P8BA 4EJDA 4ZSRA 5KAOA 1YM4A 2V11C 5JG1A 4ZEAA 5P8QA 2CEJA 5DR1A 3NDWA 5P8HA 4DQCA 5P4EA 3PB5A 2WEZA 1SMRA 3OUDA 1TQFA 3VLBA 2O4KA 2QNQA 1EBWA 4B78A 5P47A 4NJUA 4ZPEA 4FS4A 2WF2A 3PMUA 2J9JA 2QI7A 4FGXA 5I3XA 2V12C 4B0QA 1IZDA 4Y5AA 5P78A 2R5PA 5P27A 4YOBA 1ZBGA 3LPIA 5AHBA 3SAAA 5HCOA 2AVQA 2XFIA 2P8HA 5I70A 3N4LA 4KE1A 5OZRA 5P6VA 2VJ9A 4H1EA 5P25A 3U7SA 1CMSA 2Q63A 3VUCA 5P4MA 3S8IA 3LIYA 5DR3A 1SGZA 5P02A 4F73A 1BV7A 5P28A 1AZ5A 5P4ZA 4U7VA 2APRA 5OYYA 3BC4A 4FM7A 3RSXA 3Q5HA 5P85A 3EL0A 5P50A 5P7DA 4RRSA 1GVUA 3OGPA 5P4OA 4QLHA 2A1EA 3KDBA 2UY0A 4DJVA 4EPJA 2PSGA 3KMYA 4Y37A 5OZ5A 7HVPA 3DV1A 4RCEA 5P8PA 4PHVA 4AA8A 3TOHA 5P39A 5P2KA 1LYWA 5P2LA 1B5FB 3G70A 5P7MA 5OYVA 3BVBA 4ACXA 4JP9A 2Z54A 1A9MA 5ENMA 4J17A 2BQVA 1ODWA 1K2BA 3Q4BA 5P2FA 1ZLFA 1D4SA 1HPSA 2XYEA 1GNMA 1EBZA 4Y4GA 5P88A 4Y4BA 5OZBA 1YM2A 5P1FA 1MRXA 1PSAA 5P23A 3ZL7A 4LP9A 5OYTA 4FM6A 3IN3A 5P66A 5P80A 5UPJA 3FNUA 5OZYA 5P3RA 3H5BA 5P76A 1TSQA 3D20A 2B42A 5P1TA 4Y4UA 5P6OA 5P6LA 5P0FA 4DVFA 5P0RA 1ZPKA 5OZ6A 5P6WA 3S7MA 5P64A 4NPUA 5OYXA 1W5WA 1HVIA 4Y4XA 3L5CA 3D1XA 4EXGA 1TCWA 1APVE 3INFA 4Y3GA 2QD8A 2ASIA 1ZSRA 5P3QA 2OF0A 1FQ6A 5P6FA 5P7GA 2QZXA 5P1LA 5OZWA 4R93A 3CMSA 3UQUA 3LIZA 1EPOE 5P7BA 4Y3XA 2P3BA 3ZKXA 1PROA 3PRSA 3TLHA 2O4NA 4DJXA 3SM2A 2P3DA 1BV9A 3ZMGA 5P8MA 3PSUA 1F34A 4DH6A 2FXDA 5P5BA 1DW6C 5P8FA 4HEGA 4LXKA 3RTMA 2V16C 3L38A 3OUDB 5HU0A 4HVPA 5P89A 3NUOA 3HW1A 5P22A 2CEMA 3HAWA 5OZ2A 5EZXA 3DV5A 5CONA 5P1WA 1NH0A 5P3LA 3OUCA 5DQ5A 4DJWA 4LXAA 3OXXA 3EC0A 4F75A 1LYBA 5P2UA 3URIA 3PI5A 2PSUA 3BHEA 4QJ7A 2G1RA 5P8RA 1OEXA 5P5JA 1C6XA 5P6KA 1QBRA 2IS0A 2A4FA 1VIKA 4APEA 1ODXA 4K4QA 4TRYA 4Y5BA 5P7JA 5P55A 4HLAA 1C6YA 2R3TA 5P0WA 3UDKA 3OHHA 3O9GA 5P4JA 4CMSA 4Y3DA 3JVWA 5F00A 3EM6A 4YDGA 2F3EA 1G0VA 5P5MA 5OYQA 4Y4TA 4I0IA 4I0GA 4KB9A 5P0TA 2AZ8A 5P4PA 2Q15A 5P6YA 3SA8A 3OTSA 2ZJMA 1BVGA 1Z1HA 4XX4A 1FQXA 3ZKMA 2QHZA 5AH6A 2I4DA 4DJQA 3PSYA 1HVCA 5P0OA 3TPRA 3APPA 2RMPA 1FFIC 3QRVA 1TZSA 4X2LA 1MTBA 5OZZA 2HPEA 4TVGA 1D4IA 1MT7A 4MC9A 4Y3ZA 1BVEA 1EPRE 4FM8A 1APWE 3NU3A 4GJ5A 4LHHA 1ER8E 5P74A 2ER0E 1DP5A 4Y54A 5P5UA 1FMBA 3NSHA 3NU6A 4J0YA 5P8IA 5P7TA 3EM4A 2ZDZA 3PHVA 1FB7A 3TTPA 2R8NA 5P2ZA 2ZJJA 4NJSA 4QJ8A 2IKUA 2G24A 4Y4DA 5P4QA 1SIVA 5P5NA 5P00A 4I0EA 4Z50A 3SA7A 1AVFA 4I0JA 5P62A 4ZSPA 8HVPA 4N00A 5P3TA 4M8YA 4KE0A 5P04A 2I0DA 3INEA 2FGUA 5AHCA 5P14A 3S43A 3EL9A 5P7IA 3VF5A 5ENKA 1GKTA 5OZTA 2FDPA 1HVSA 3B7VA 4F76A 1IZIA 5P15A 5P8SA 2ER9E 4I12A 5P6XA 4Y4ZA 3IGBA 3KN0A 5JFPA 2BPWA 4J1EA 5P19A 3PWMA 4D88A 5P3UA 3IXKA 4K4PA 5AGZA 4CPXA 5P8VA 4L1AA 3A2OA 3VV8A 4XXSA 5P1IA 4PZXA 4COEA 1UPJA 5P81A 2ZGAA 5P16A 5P8AA 2AOHA 4YBFA 1E80E 5P6NA 2BPYA 4H3FA 4X7IA 1RPIA 5F01A 2AZCA 3ZOVA 4HA5A 5P1RA 3QBFA 3NDUA 5P0MA 2QHCA 3UFNA 2G1NA 4AMTA 5P63A 4Y5LA 2G27A 3PGIA 3URJA 2G1YA 3TKGA 3FX5A 3OTYA 1GVVA 2WJOA 4GJ8A 2B8VA 4IVTA 4EP2A 1W5XA 3L5BA 4Y57A 3WSJA 2VA7A 2FMBA 5P3KA 2JE4A 4R95A 4OBHA 4DJYA 1BXQA 5P32A 4Y4EA 4H3GA 4D85A 1T3RA 3VYDA 3SACA 5DR7A 3INHA 1HBVA 4RVXA 5P0YA 5P3BA 1LS5A 3K1WA 5P3EA 4J0VA 5P4SA 5P1QA 5P7PA 1KJHA 1ZAPA 1MTRA 5P6JA 1K1TA 5P0ZA 2F3FA 5P3FA 1IVQA 2AOGA 2G20A 3UF3A 4FIVA 5KQYA 1GNNA 5HE7A 3EMYA 3SPKA 5BS4A 4B00A 3DM6A 5P4YA 3UQWA 4R5NA 5OZAA 2WL0A 3TPJA 1EC2A 5P03A 5IE1A 1MEUA 3RU1A 3PVKA 1HSGA 4DJPA 1PPLE 5P58A 1IDAA 5HD0A 4Y3LA 3EBZA 4Y3QA 1HIIA 2ZHSA 5P2RA 4A4QA 3KFRA 2ZYEA 2ZHRA 3BXSA 1HPXA 4YA8A 1HVJA 1D4YA 3LITA 5P2TA 3S56A 2R38A 5P0PA 5E5KA 2BJUA 2G1OA 4QJAA 1HXBA 2IEOA 4ER2E 4J1HA 1ZSFA 3WB4A 3VLAA 2B7FA 3PJ6A 2VNNA 4Y58A 1GVWA 3VYEA 4K4RA 3OU4A 1AIDA 2HPFA 2VKMA 5P42A 5P41A 3MWSA 3IVIA 1FQ7A 3JW2A 5KQZA 3QS1A 3I6OA 1J71A 4FSEA 2I4QA 5P8UA 3HDKA 4GJ9A 2BKSA 5P59A 4LXMA 5P4RA 2OHSA 1YTJA 3DCKA 5HE4A 2HB4A 3LINA 2JJIA 1W5VA 4EWOA 1PSNA 4XKXA 3L5EA 3OQAA 3O9IA 4HDPA 3T7QA 1BDQA 1HHPA 5P1MA 3OQDA 2OHNA 1Z8CA 4YCYA 4PYVA 4IVSA 4RLDA 3D3TA 5OYUA 3LNKA 2WEDA 2MIPA 4TRWA 3VV7A 5OZ9A 3T3CA 3IXOA 5KR0A 2AVVA 5OZCA 5P6HA 5P0IA 1G35A 2PWCA 3D91A 4ER4E 2I4XA 2AVOA 4I0FA 2RENA 4Y3AA 5P0VA 5SZ9A 4ZIPA 5OZQA 5P69A 4B05A 2JJJA 2RKFA 4FSLA 3SFCA 4DQBA 3T6IA 5OZSA 3MSLA 1XS7D 2AVSA 3HVPA 4Y5GA 5P7VA 3NWXA 5P73A 3VFBA 5P6QA 2I1AA 3NWQA 3OU3A 1AAQA 2QNNA 1BWBA 2QU2A 4AZYA 1XDHA 2AOJA 3QAAA 5P7HA 4YCTA 3TPPA 1UH7A 5P0CA 5P3HA 3TNEA 5C9BA 1N49A 3L3AA 5P33A 3OXWA 4I11A 4RZ1A 4K9HA 3R0WA 3UFLA 4CP7A 2QZKA 5KQFA 1META 2ZJNA 4L7JA 3EKPA 3OADB 1W5YA 5P48A 2FDDA 3N3IA 5KOQA 4CPUA 3O9EA 4YDFA 3UDYA 5P1JA 1FMUA 5HDXA 1BDLA 3VSXA 3S45A 1IVPA 4BFBA 1EPQE 5AH7A 5P43A 4APRE 1XL2A 4I0DA 2QP8A 5P6GA 3OAGB 4YHQA 1DMPA 1HPOA 2VIEA 5DR4A 3DCRA 5P12A 5P20A 1KJGA 5P71A 4OC6A 4YD4A 1M4HA 1ZJ7A 2V10C 3DOXA 1KJ4A 2OHLA 1WBMA 1MESA 2VJ7A 5HDUA 5P5RA 4S1GA 1MSMA 5P6ZA 2PK6A 5OZUA 5P77A 4ACUA 1EBYA 1W6HA 4Y9WA 1HSIA 2P3CA 2ZJHA 5P18A 5P6AA 1ZP8A 5BRYA 4FRIA 2AOCA 1E81E 4RYCA 5P7LA 3UDRA 5P67A 3PM4A 1TSUA 3UCBA 2NTRA 4QJ2A 4Z4XA 5P6PA 5C9FA 3OU4B 3QROA 1SDUA 4TRZA 1CZIE 3O9AA 3K5GA 4Y48A 2QI3A 2VIZA 3C9XA 5P17A 3ZPUA 3H0BA 3VYFA 4FAFA 1WKRA 1LEEA 3GI0A 5P3SA 3I25A 2NXLA 2R9BA 1K6PA 4MC6A 1F7AA 4HZTA 3CIBA 2B7ZA 5P4LA 3NDXA 2BPXA 2WEAA 5P75A 2WKZA 2VNMA 2O40A 5OZHA 5P4VA 1FMXA 2VS2A 4BEKA 3OY4A 4D83A 4Y3WA 5P38A 5C9DA 3DJKA 2R3WA 3BUHA 2FDEA 3APRE 3PWWA 5P6CA 2QI1A 5P0GA 1G2KA 3NU4A 3INDA 1LYAA 3HD8A 3FNSA 5DR8A 5OZ0A 6APRE 4J54A 2QZLA 2FNSA 5P5EA 5P7XA 5P52A 1D4KA 5P4IA 5P1KA 3UHLA 2F8GA 5P68A 2F81A 2UPJA 2J9JB 3CICA 5P45A 2QI4A 2QU3A 1OD1A 2I4UA 5P4CA 3R1GB 3PSGA 3LIQA 2QK5A 5P05A 2PWRA 5P1DA 4NJVA 4NKKA 3BRAA 2V0ZC 2NNPA 2B60A 5APRE 4J1CA 3L5FA 4ZPGA 3BGCA 5OYRA 1IZHA 1LZQA 2P3AA 5P01A 1OHRA 4ZSMA 4L7HA 5P40A 3HBOA 5P5OA 1FG6C 3ER3E 5ER1E 3BXRA 5P0EA 5P29A 2PQZA 4Y51A 5P4GA 4Y56A 5SY2A 5P53A 3UTLA 4Y3YA 1T7KA 4R8YA 2QI0A 3KFPA 1IBQA 1T7IA 3EKQA 4YD7A 4EQ0A 4LAPA 2FNTA 4OBGA 1QBSA 4Z2ZA 3OQFA 2ZJIA 4Q1WA 5P5HA 3UQXA 1BAIA 5P0XA 5HDVA 1LYWB 2NXDA 5P0NA 5P70A 4EJLA 1B6MA 3BUFA 5P07A 5P2EA 4GMIA 4OBZA 1SGUA 2O4PA 4YOAA 1FIVA 1A8KA 4EJ8A 5P3XA 5P2BA 1MT8A 1IDBA 1GVTA 1SP5A 3UQPA 1FF0C 5KR8A 3R2FA 1EPPE 3SM1A 5OZ4A 4Y3RA 4DQHA 7UPJA 4A6BA 1LV1A 2PH8A 1MPPA 5P4DA 2BKTA 4I1CA 1IZEA 5P4XA 1D4HA 4J0PA 5P08A 5P61A 5P7RA 4DPIA 4JPEA 2RKGA 3O9LA 5ISJA 4Y3JA 4DJUA 3QRSA 4Y4AA 1U8GA 4U7QA 4EHCA 1T6GA 2QD6A 2PK5A 4OD9A 5DGUA 4Y50A 3O9BA 3LZUA 4Y44A 4Y3SA 1EAGA 5P0AA 5P7SA 3L58A 1KZKA 3BVAA 5E5JA 3CIDA 2HS2A 3WB5A 3LPKA 2NXMA 2QMGA 3O99A 3SKGA 1A30A 2F3KA 5HTZA 2HC0A 3CYWA 4Y4JA 5P3AA 4Y6MA 1HVKA 2P3BB 2XFKA 3HVGA 5P1AA 5P5DA 2IKOA 4DJOA 4Y35A 1LYAB 5P7KA 5P6MA 3CYXA 1ODYA 2WF4A 5P0SA 1B6KA 2QMFA 1OEWA 5P84A 2ANLA 2BPZA 5DQ1A 2Q54A 1YTGA 5P0HA 1EPME 5OZDA 3CKPA 5P5XA 3EKTA 5P3YA 4CPTA 4CPQA 4EQJA 1SBGA 2O4LA 4Q1XA 2AIDA 5P4BA 5P13A 4YD3A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 5P5V A;  3KDD A;  3KM4 A;  4RCD A;  2F80 A;  4RVJ A;  4FAE A;  2HM1 A;  5P34 A;  1HVH A;  3SA6 A;  4GJ6 A;  5P8L A;  1YG9 A;  2I4W A;  5P11 A;  4EYR A;  5DQC A;  4HDF A;  2QZW A;  4PZW A;  5P1Z A;  4Y3F A;  5P5Q A;  5P6T A;  5P5I A;  5P82 A;  1XN2 A;  3O9L B;  5P83 A;  5SY3 A;  1HTE A;  2QMD A;  4NJT A;  5P3P A;  5P3C A;  3S53 A;  4EJK A;  3EXO A;  4CPW A;  2ZHU A;  2ZJL A;  2PSV A;  1TW7 A;  1FEJ C;  5P2O A;  3ZKG A;  5OYZ A;  3BUG A;  5OZ1 A;  5IVQ A;  3LIV A;  1MER A;  5P0L A;  4ER1 E;  2NMY A;  5P7C A;  5PEP A;  2P4J A;  3GI6 A;  1QRP E;  1DAZ C;  5EZZ A;  4B1E A;  3CKT A;  2IGX A;  1FQ5 A;  3SKF A;  5P3M A;  2QNP A;  3T11 A;  5P1N A;  2WHH A;  3UQR A;  5P5L A;  2OHR A;  1MRW A;  5P7O A;  2ZJK A;  3VEU A;  4CPS A;  4I8Z A;  1PPK E;  5P31 A;  2G69 A;  4DQG A;  5P5S A;  3Q70 A;  1W50 A;  4FL8 A;  5HE5 A;  5P4F A;  3URL A;  2NNK A;  5P8B A;  4EJD A;  4ZSR A;  5KAO A;  1YM4 A;  2V11 C;  5JG1 A;  4ZEA A;  5P8Q A;  2CEJ A;  5DR1 A;  3NDW A;  5P8H A;  4DQC A;  5P4E A;  3PB5 A;  2WEZ A;  1SMR A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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