3UQXA

Crystal structure of bace1 with its inhibitor
Total Genus 96
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
96
sequence length
391
structure length
375
Chain Sequence
RGSFVEMVDNLRGKSGQGYYVEMTVGSPPQTLNILVDTGSSNFAVGAAPHPFLHRYYQRQLSSTYRDLRKGVYVPYTQGAWAGELGTDLVSIPHGPNVTVRANIAAITESDKFFINGSNWEGILGLAYAEIARPDDSLEPFFDSLVKQTHVPNLFSLQLCGAVGGSMIIGGIDHSLYTGSLWYTPIRREWYYEVIIVRVEINGQDLKMDCKEYNYDKSIVDSGTTNLRLPKKVFEAAVKSIKAASSTEKFPDGFWLGEQLVCWQAGTTPWNIFPVISLYLMGEVTNQSFRITILPQQYLRPVESQDDCYKFAISQSSTGTVMGAVIMEGFYVVFDRARKRIGFAVSACHVHDEFRTAAVEGPFVTLDMEDCGYNI
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Flexibility of the Flap in the Active Site of BACE1 as Revealed by Crystal Structures and MD simulations
rcsb
molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
source organism Homo sapiens
molecule keywords Beta-secretase 1
total genus 96
structure length 375
sequence length 391
ec nomenclature ec 3.4.23.46: Memapsin 2.
pdb deposition date 2011-11-21

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 3uqxA01
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 3uqxA02
3APPA 3OU3A 1TCXA 1SIPA 1EEDP 3KA2A 5P3SA 5P0RA 5P1JA 2I4DA 3NWQA 2G1SA 1FF0C 4Y5AA 1PSNA 4J0TA 2FDEA 3BUHA 3VFAA 4F76A 1VIKA 2ZJMA 2WEZA 3HAWA 4FLGA 5P3FA 2Z54A 5P57A 2QI5A 2ZDZA 3LZYA 5P1NA 5P0BA 4DJWA 1IZDA 4LC7A 5P52A 5HTZA 3UPJA 4DJOA 2FGUA 1XL5A 5P3ZA 4ACXA 5P1VA 3OTYA 4FRKA 2WEAA 2BPXA 4DQCA 5P7KA 4RGHA 1JLDA 5P8AA 5P0TA 4Y3GA 1B6PA 2IQGA 4NJSA 5P6RA 5P7UA 5P1EA 3FKTA 1VIJA 2VA5A 2AOEA 3FNSA 2G1YA 2WF4A 1BVGA 3HVGA 5SY2A 4DJXA 3OY4A 1EAGA 4MC2A 5HDVA 3VCMA 5P4BA 6UPJA 1F7AA 3NWXA 2P3AA 5C9DA 1BXQA 5P38A 9HVPA 3OK9A 5OZFA 5P60A 1FEJC 4Y3RA 2QP8A 4Y3YA 2CEMA 1K2BA 4RYCA 4LXKA 5P6EA 3KMXA 3UDQA 5P6YA 2ZJNA 3L5BA 4ZSQA 1FIVA 2BKSA 1GNOA 2ER7E 2QMFA 5IVRA 5P0PA 5P55A 5P6SA 3O9AA 4DJQA 3LZUA 3R0YA 2VJ7A 2VIYA 3UQUA 3RU1A 3INDA 2FMBA 4Y3ZA 3VUCA 1B6LA 5COKA 3S8IA 1XN2A 3OOZA 1D4JA 2H6TA 1EPPE 4Y3QA 5P56A 1MERA 1W6HA 2OHPA 3BUGA 3PWRA 4AUCA 1C70A 2WJOA 5P26A 3Q4BA 2B42A 2AZCA 1D4LA 2XFIA 3KYRA 4HLAA 4RVIA 5P3BA 3INHA 5P5JA 2R3WA 5OZYA 1EC0A 1EPOE 1W51A 4GJAA 2FDDA 2G20A 1UH9A 5ENKA 5DPZA 1HBVA 3ZKXA 1BXOA 4X7IA 3R0WA 2IGXA 5P00A 5AHAA 1KZKA 3JVYA 4HDFA 1XE6A 3IVIA 1SMEA 3EC0A 1RPIA 4XKXA 4ZPEA 1ZSRA 5P6QA 4R95A 5BWYA 4Y5NA 2V13A 3SACA 4J1FA 5P58A 1EPME 3K4VC 5P6NA 4R92A 3URIA 2QD6A 4ER4E 1C6YA 4GJDA 1CMSA 2ER6E 5P1TA 5P8VA 1HPOA 5JFUA 5APRE 4LHHA 5IS4A 1HPXA 3HBOA 5P80A 4EYRA 4DQHA 1W5WA 1HEFE 2QK5A 5P7PA 3HDKA 4Y47A 2QMGA 5P0FA 3B80A 5P2CA 2J9JB 2OHLA 5OZ4A 1UPJA 5P86A 4DJUA 1C6XA 1FMUA 2J9JA 3QI1A 4EHCA 2F80A 4Y3HA 3CIDA 5OYRA 5P4JA 3T11A 1XS7D 5UPJA 5P2NA 2AOIA 1GNMA 2QCIA 2IKUA 1IZIA 5P7NA 2ZHSA 1W5VA 4GJ6A 4LAPA 4D88A 1SMRA 4Y45A 5OYWA 1MT8A 1G6LA 2VIJA 5I70A 1G0VA 3MSKA 3CKTA 3I8WA 5SZ9A 2ZHRA 2BQVA 3VLAA 3APRE 5OZUA 5P18A 2B60A 2I0AA 1FQ6A 4D89A 1J71A 4GYEA 2J9KA 2V12C 4LL3A 2AOJA 4FE6A 3ZKNA 2QHCA 3OQ7A 5P1GA 5P27A 2APRA 2PYNA 5P2EA 3L58A 6FIVA 3MSLA 5OZAA 2BPWA 2VKMA 3UDJA 4YCYA 2FXDA 1A94A 3PCWA 3EM3A 5P70A 3GI4A 2WF0A 2HB2A 5OZVA 1IDBA 4OD9B 3EM4A 3PMUA 1EC1A 3OQDA 4DQEA 4CPUA 5P0LA 5P1CA 1BWBA 5P34A 3WZ8A 3QIHA 3ZL7A 2RKGA 3LIXA 5IE1A 1HPSA 1BDQA 5P6GA 4N00A 2B7FA 3S7LA 4K4QA 2ZHTA 5P8CA 4TRZA 3LPJA 4Y5KA 3D1ZA 5OZDA 3HW1A 2Q54A 3BGCA 2B8VA 4RRNA 4Y44A 3QRSA 1HIIA 3UTLA 1EPNE 5P4HA 1WBKA 8HVPA 3SKFA 5P5BA 4RYGA 2JJJA 2P83A 2ZJHA 1QS8A 3BGBA 3PSYA 3TPPA 5ISJA 5P6IA 4GJ8A 5P6BA 4DI2A 1FQ8A 4Y37A 4KE1A 1ZPKA 4Y3XA 5P7XA 4GIDA 3I25A 5OZLA 1MTRA 3EL5A 1PSOE 1IVQA 1OEXA 1AZ5A 3ER5E 1HVRA 3KFPA 5P2HA 4I0ZA 5CLMA 5OZSA 3B7VA 5P2AA 1HVHA 5P5GA 4I0EA 5P5FA 3GW5A 2G21A 3TH9A 3VSXA 1E5OE 5P32A 1FLHA 3IXJA 5P7EA 5DGWA 3QBHA 4Y5GA 4RRSA 5AHCA 4BELA 2Q15A 3SM2A 3PB5A 5HDXA 4YBIA 5P4MA 3NXNA 1W5XA 3JW2A 5HU0A 5KAOA 3QS1A 5IVTA 5KQZA 1BV9A 3CKRA 2QZXA 2PWCA 1GVWA 5SY3A 3OHFA 2OHNA 3PWMA 3S43A 4GJ7A 2Q64A 4J1IA 5P5CA 1HVLA 5P4TA 3I6OA 3ZLQA 4RLDA 3LIYA 1MESA 1KJ4A 5P3YA 4JPEA 4L7HA 2FLEA 2Q55A 1D4KA 3GGAA 4MC9A 1EBYA 5P3NA 5P06A 3UQPA 3O9HA 4YD6A 2VA6A 5P4LA 4K8SA 3QAAA 5FIVA 5P0IA 1U8GA 2ZGAA 5OZRA 3A2OA 4Y3PA 1K1TA 3EL4A 2G24A 5P1UA 1HXWA 1LYAB 4FRJA 3OU1B 2JE4A 4HEGA 3KT2A 5P16A 2QI1A 4CKUA 3L5EA 3IXOA 2BPYA 3ST5A 4JP9A 5OYUA 3L59A 5J25A 1LYAA 2NNKA 3R1GB 4B1EA 1UH8A 1D4SA 4OBDA 5P6OA 5P2WA 3NLSA 5P8EA 3HAUA 2IENA 4R93A 3KM4A 4RCEA 5P6WA 2HB3A 5P8FA 2V00A 3CKPA 5P69A 5P2RA 4J55A 4ACUA 1FKNA 4AA9A 2ZJLA 2QI3A 4DPIA 5P41A 2I0DA 2OHUA 5P53A 3TPRA 2AOCA 3TOGA 4YD3A 4YA8A 5P1MA 5P4CA 5P3UA 5BS4A 1IZHA 3DOXA 2VJ9A 3EKXA 4ZPGA 3IGBA 3ECGA 5P63A 2QI4A 2BBBA 3PLLA 2SAMA 3TPLA 1A9MA 5P8DA 1GKTA 4Q1YA 4FM6A 5P1ZA 5HDUA 2JYSA 5P6AA 4WTUA 5P54A 5P5EA 5P20A 4Y3EA 4CP7A 3CMSA 4Q1NA 2PQZA 5P77A 4HA5A 2AIDA 5P0NA 3MXEA 3OGPA 4Y4DA 4H3GA 3KF0A 4GJ9A 3KFSA 4DPFA 1AIDA 1T6EX 5P85A 2HIZA 4Y54A 4BFDA 4RVJA 3OOTA 4L6BA 3GGVA 2G1OA 3UQWA 5I3VA 4IVTA 5P75A 5DQ5A 4DJVA 2NXDA 4FAEA 3MWSA 1LYBB 4Y43A 2IEOA 4H3JA 4TRWA 1DMPA 1BWAA 1EBZA 5P7TA 3RTMA 5P6DA 1LYBA 1K2CA 5P64A 5PEPA 5P7FA 3GGXA 4Y3LA 2QMPA 2WHHA 3OTSA 3Q70A 5P5DA 4EXHA 3SM1A 5P6TA 5P0QA 4HDBA 2FNTA 2G26A 4COEA 3K5DA 2AVOA 1IIQA 3PVKA 3LINA 1MPPA 5P1DA 2R5QA 1DW6C 1APWE 4YOAA 4DQBA 1HVSA 5HE4A 3EL9A 3PHVA 4Y5CA 2XYEA 5HU1A 3KFNA 5P8MA 2BJUA 5KR1A 5DQ2A 2H6SA 4BFBA 3SLZA 1PFZA 2O40A 3INEA 5P7VA 5P3QA 1ZP8A 3EKVA 3PI5A 2V16C 3NSHA 1FFIC 5P4GA 5JG1A 1HWRA 3EKWA 3OADB 4B72A 4QJ9A 2CEJA 1HIHA 3PBZA 3OADA 3U71A 1CZIE 4RCDA 4Y53A 4NKKA 4B1CA 4Y3DA 2IGYA 3UQXA 3ZKSA 1ODYA 1ZAPA 4Y4ZA 3UFNA 1LF4A 5F00A 5P2IA 2IKOA 1OD1A 2AOHA 2QAKA 2B7ZA 2OHRA 4R8YA 3NDXA 5P73A 3FIVA 5P6KA 4ZSPA 5P17A 3PI0A 2HS1A 2AOFA 3OUDA 1BDRA 1B6MA 4RVXA 4NPTA 5P0HA 2R43A 4ER1E 4OBKA 5P0OA 1APUE 1EPRE 5P44A 3FSMA 5P1BA 5P2SA 3OUCA 2FDPA 4Y51A 5P3VA 5P51A 5P1IA 2NNPA 4R91A 5P14A 4I1CA 4LP9A 4TRYA 3K1WA 5EZXA 5P5LA 3VSWA 5HE7A 4ZSRA 5P7MA 5TOLA 4AA8A 3T3CA 2FIVA 1HHPA 3S7MA 4Y3SA 4DUSA 2ZJKA 4WY6A 5KOSA 5P6MA 3UFLA 5P8LA 3O9DA 4JECA 1LS5A 1ZPAA 4GJCA 4Y3JA 3TOFA 3UQRA 5P7RA 3UF3A 1SDUA 3UDMA 3OQAA 1MT7A 5P7CA 1APVE 3HVPA 5P5AA 5P89A 1T7IA 5P1XA 5P4ZA 4YE3A 5P87A 3S45A 3TPJA 1PPME 1AAQA 2QMDA 4Y41A 3K5FA 3D20A 2G1RA 3NU4A 4KE0A 4Y38A 2RENA 1YG9A 3NXEA 1RNEA 3BRAA 2AZ9A 5COPA 3WZ7A 1TCWA 2NMYA 5P67A 4I10A 3BXSA 2PSUA 2I4UA 5P36A 1YT9A 4Y4BA 4I0HA 2RMPA 3S56A 1XE5A 2OAHA 4YD7A 3BVAA 4J1CA 1RQ9A 5HVPA 5P48A 3UHLA 5P1RA 4L1AA 5CONA 5P0YA 3H5BA 4DQFA 5P6FA 1EPLE 2B8LA 2ZJJA 5ER2E 3IA9A 1AM5A 1Z8CA 2QZLA 3S53A 5P7YA 3SABA 1GVXA 4I0DA 2F3EA 5DQCA 5P2LA 4KB9A 5P7GA 1ZSFA 5P5NA 1ZLFA 1QRPE 5P7LA 1UH7A 3BHEA 1DAZC 1OHRA 5COOA 4PZWA 1IBQA 5P6ZA 4B00A 5P2GA 4GZFA 2P4JA 1YM2A 3DJKA 3HLOA 5P8PA 2VS2A 4CPRA 2I1AA 5ISKA 5P4AA 3UDNA 1BDLA 4CPSA 3PCZA 2ZHUA 2QI7A 2WL0A 5P0JA 5P3JA 4GJBA 5OZBA 2I4XA 3LPIA 4DH6A 5P5TA 1E80E 2OHQA 5P81A 3S85A 1PROA 2O4NA 2P3DA 5P2MA 3K4VA 5DR1A 3VYDA 1RL8A 3VF5A 4B70A 3PSGA 2JXRA 5P2DA 1Q9PA 5P71A 5P5HA 4EPJA 1HIVA 3OQFA 1TSUA 5P8QA 2O4KA 2HPFA 2R38A 5P59A 3IXKA 5E5JA 1MTBA 2WKZA 5P25A 3QBFA 5P0CA 1BIMA 1A8GA 1META 2HAHA 1YX9A 5OZ9A 5P4EA 1AJVA 5P5QA 4HZTA 5P4FA 2F3KA 5SXNA 5P1YA 1DPJA 1NPVA 4TVGA 4Z50A 5P0VA 2NMZA 3NU5A 3HD8A 4Z22A 5P02A 4FRIA 2MIPA 3OHHA 2IL2A 4Y3MA 4Y39A 5P24A 4EQJA 5OZIA 3NDWA 3OU4B 5P1OA 3IN3A 3NUOA 3PGIA 1D4HA 4OBFA 4EQ0A 4EXGA 4APRE 5P50A 1GVUA 1LF2A 3OU4A 3ZPTA 5OZ2A 2P8HA 4Z2ZA 1QBTA 3QP0A 3QPJA 5P1HA 2AZ8A 1BAIA 1DIFA 4TVHA 3RSXA 1T7JA 2AVQA 3OXWA 4B1DA 3FV3A 3SQFA 1TQFA 3INFA 5P3MA 4K9HA 3URJA 2O4SA 2IRZA 3T7PA 5P0KA 5HCOA 1F34A 5P6LA 5P6PA 4H3FA 3UDRA 5P2QA 3N3IA 3PRSA 1MT9A 5P42A 5P7JA 3GI5A 3O9FA 5P2ZA 1BVEA 5P04A 4NPUA 2FNSA 2QNPA 1NSOA 4A6CA 3S43B 5P11A 5B18A 2Q11A 4YCTA 2FXEA 2WF2A 1SDTA 4YDGA 2WF1A 5P4RA 4CPQA 4L7JA 1E81E 2BKTA 4AMTA 1PSAA 3T7XA 5P1SA 1APTE 3VV7A 1A8KA 2OHSA 3OAGA 4D85A 4B05A 5P3OA 3RTHA 5P4OA 3M9FA 4Y5PA 5DQ1A 1ME6A 5KR8A 5OZ3A 5AGZA 3BC4A 5AH8A 5I3XA 4UPJA 2QNQA 3KDBA 5P49A 1IDAA 3FNTA 5P0MA 1YTHA 1ENTE 4U7QA 2JJIA 2WEDA 4I11A 4Y4EA 1CPIA 2ZHVA 5P3AA 4QJAA 5P0EA 4J0ZA 4DV9A 5P0GA 2PH6A 2HM1A 3LIQA 5P28A 4Y3FA 5P4UA 4Y5MA 5JFPA 3RVIA 3NR6A 3VYFA 3ZMGA 3C9XA 4JOOA 5DR0A 4DVFA 4IVSA 3IN4A 3GGUA 5HD0A 5P1FA 5IVQA 1BV7A 1K6TA 4RCFA 5P8KA 5P83A 4J54A 7UPJA 5P6JA 5P66A 4YBFA 1FB7A 1E82E 2NPHA 5T4SA 3NDTA 5I3WA 5P8SA 1KJFA 1SH9A 1T7KA 5P4QA 6APRE 1QBUA 3TL9A 3VEUA 3QVCA 5P1AA 5P3WA 4B78A 3ZPUA 5P4SA 1GNNA 1PPKE 5DR8A 2O4LA 1HVJA 4Y5LA 3TOHA 2QI6A 3CYWA 4K4RA 4H3IA 1MSNA 5P8JA 3KMYA 5P5XA 4XX4A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3APP A;  3OU3 A;  1TCX A;  1SIP A;  1EED P;  3KA2 A;  5P3S A;  5P0R A;  5P1J A;  2I4D A;  3NWQ A;  2G1S A;  1FF0 C;  4Y5A A;  1PSN A;  4J0T A;  2FDE A;  3BUH A;  3VFA A;  4F76 A;  1VIK A;  2ZJM A;  2WEZ A;  3HAW A;  4FLG A;  5P3F A;  2Z54 A;  5P57 A;  2QI5 A;  2ZDZ A;  3LZY A;  5P1N A;  5P0B A;  4DJW A;  1IZD A;  4LC7 A;  5P52 A;  5HTZ A;  3UPJ A;  4DJO A;  2FGU A;  1XL5 A;  5P3Z A;  4ACX A;  5P1V A;  3OTY A;  4FRK A;  2WEA A;  2BPX A;  4DQC A;  5P7K A;  4RGH A;  1JLD A;  5P8A A;  5P0T A;  4Y3G A;  1B6P A;  2IQG A;  4NJS A;  5P6R A;  5P7U A;  5P1E A;  3FKT A;  1VIJ A;  2VA5 A;  2AOE A;  3FNS A;  2G1Y A;  2WF4 A;  1BVG A;  3HVG A;  5SY2 A;  4DJX A;  3OY4 A;  1EAG A;  4MC2 A;  5HDV A;  3VCM A;  5P4B A;  6UPJ A;  1F7A A;  3NWX A;  2P3A A;  5C9D A;  1BXQ A;  5P38 A;  9HVP A;  3OK9 A;  5OZF A;  5P60 A;  1FEJ C;  4Y3R A;  2QP8 A;  4Y3Y A;  2CEM A;  1K2B A;  4RYC A;  4LXK A;  5P6E A;  3KMX A;  3UDQ A;  5P6Y A;  2ZJN A;  3L5B A;  4ZSQ A;  1FIV A;  2BKS A;  1GNO A;  2ER7 E;  2QMF A;  5IVR A;  5P0P A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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