3UQXA

Crystal structure of bace1 with its inhibitor
Total Genus 96
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
96
sequence length
391
structure length
375
Chain Sequence
RGSFVEMVDNLRGKSGQGYYVEMTVGSPPQTLNILVDTGSSNFAVGAAPHPFLHRYYQRQLSSTYRDLRKGVYVPYTQGAWAGELGTDLVSIPHGPNVTVRANIAAITESDKFFINGSNWEGILGLAYAEIARPDDSLEPFFDSLVKQTHVPNLFSLQLCGAVGGSMIIGGIDHSLYTGSLWYTPIRREWYYEVIIVRVEINGQDLKMDCKEYNYDKSIVDSGTTNLRLPKKVFEAAVKSIKAASSTEKFPDGFWLGEQLVCWQAGTTPWNIFPVISLYLMGEVTNQSFRITILPQQYLRPVESQDDCYKFAISQSSTGTVMGAVIMEGFYVVFDRARKRIGFAVSACHVHDEFRTAAVEGPFVTLDMEDCGYNI
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Flexibility of the Flap in the Active Site of BACE1 as Revealed by Crystal Structures and MD simulations
rcsb
molecule keywords Beta-secretase 1
molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
source organism Homo sapiens
total genus 96
structure length 375
sequence length 391
ec nomenclature ec 3.4.23.46: Memapsin 2.
pdb deposition date 2011-11-21

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 3uqxA01
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 3uqxA02
4RYGA 2SAMA 4A6BA 7UPJA 3U7SA 4FL8A 2V16C 3UDHA 1T7KA 5OZLA 5P63A 5P2RA 5P5JA 2G1RA 2P3BB 4YD3A 2UPJA 5P5IA 2AVSA 5P5QA 2QK5A 4Y53A 4LXKA 1FQ7A 5BRYA 5P6PA 1YM4A 5P4FA 2O4KA 2OHQA 2G1SA 5P5WA 5OZBA 4J1IA 4Y5EA 4EJKA 5DR4A 3UQRA 3QIHA 1FKNA 3TOGA 3HVGA 5P6JA 1D4LA 3D1ZA 5P06A 3UDJA 3HVPA 2O4LA 3RSXA 5P3WA 4OC6A 3PGIA 4BELA 3OAGA 4ER1E 3DOXA 4XKXA 1OHRA 4I0EA 5P3HA 1QS8A 4YHQA 5P2UA 1PPLE 3PLLA 4PZXA 5P6RA 3FIVA 1YTGA 5P16A 5P6FA 3INEA 3PWWA 4Y5NA 4Q5MA 2VIJA 3MSLA 4J0YA 5P02A 4Y57A 6FIVA 2Q11A 3LIYA 1EPNE 3HW1A 5E5KA 4H3GA 3SM2A 4KB9A 1HXWA 5P4NA 1SGUA 5P55A 4YD7A 2VIZA 4F74A 3B80A 2ZJIA 2AVOA 1W51A 2G1OA 4LC7A 1ER8E 5IVRA 4RRNA 1FQXA 3INFA 1B6KA 2FDEA 5P7QA 5P13A 3B7VA 5OYWA 4DQBA 2MIPA 2Q15A 3O9EA 3BVAA 5P37A 4EP3A 1XN2A 2JJJA 1APUE 5P7SA 1TSQA 2V0ZC 1Q9PA 3UDMA 1W5WA 4Y4WA 4CPSA 3EKYA 2AVMA 5P7WA 5OYQA 4L7GA 1QDMA 1K6VA 3L59A 1HVSA 2OHNA 5P0IA 3O9AA 4EWOA 5SY2A 1SIVA 5P6ZA 5P6LA 4FRJA 4Y3MA 1M0BA 1LF4A 5P25A 5IE1A 4R8YA 4ACXA 5P2QA 3URIA 1QBTA 3LPKA 5TOLA 5P53A 2NMYA 5P0AA 2ZDZA 4Y37A 2JE4A 5P4GA 5P5RA 3VYFA 5P59A 5HDXA 5P7GA 5OYZA 5P3VA 5P3XA 1CMSA 2NPHA 4Y4DA 5PEPA 1D4HA 1XE6A 4Y3GA 5AHCA 5P3BA 1D4SA 1LEEA 3C9XA 3SKFA 4H3JA 2QAKA 1HPXA 5P89A 3D20A 2I4DA 1FB7A 1QRPE 3G6ZA 5OZ8A 1JLDA 4QJ9A 2WF2A 5P6OA 1MIQA 3EM4A 2P83A 1W50A 3KFNA 4ZSQA 3CYXA 4JOOA 3VF7A 3IXOA 2AQUA 2QI4A 1BVGA 2PWRA 2APRA 5P1DA 5P6CA 2O4SA 3IXKA 3ZKQA 5DGWA 3DJKA 4DVFA 4HEGA 4OBKA 4Y44A 4K4PA 1K2BA 2QMDA 5IVQA 2G26A 5P2MA 2NNPA 5P7HA 4AZYA 4PYVA 4B72A 1IZDA 1LYAB 5P8BA 5OZOA 1D4YA 5P4PA 4KE0A 5P1XA 4GJ8A 2NNKA 4NJUA 4R92A 3OTSA 3KFSA 1MPPA 4E43A 5OZUA 3PSYA 2QMFA 4Y36A 2AVVA 2IRZA 4RZ1A 5DGUA 2FS4A 1ZJ7A 5OYVA 4OBJA 3MWSA 3FSMA 4OBDA 2HB4A 3SLZA 3CKRA 4FIVA 5P1HA 3PRSA 3LPIA 5P42A 1K1TA 3ST5A 2RSPA 2NXMA 2AZBA 5P8UA 1GVTA 3MSKA 4F73A 1HVLA 5P62A 1ZSRA 3PWRA 3R1GB 3NU6A 1FMUA 5P84A 3VSWA 4Y3YA 3ZKMA 4FSEA 4DI2A 2ZJJA 5OZPA 4FLGA 4PHVA 3OOZA 5P8CA 4S1GA 4LBTA 2QU2A 5P4KA 2R5QA 2V13A 3TKGA 3I7EA 5P0PA 4D88A 2AOIA 5P3KA 2G21A 3GGVA 2R5PA 3LIXA 4Y5KA 4B00A 4D83A 1HVIA 4I0HA 5P01A 5P0GA 5P3MA 3FNTA 3EBZA 4D89A 3OXCA 3M9FA 5P70A 3RSVA 5P0UA 5P0JA 3MXDA 4DJUA 4GJ9A 3DK1A 4ZEAA 1A8KA 2RKGA 4DQFA 1PROA 3OXXA 5P67A 3H0BA 3K5CA 3I8WA 3OXWA 1FG8C 3I25A 4GZFA 3BUHA 3TNEA 7HVPA 4Y4JA 4YE3A 2B8LA 2O4NA 3KDDA 2Q5KA 2OHTA 5P7YA 5P6HA 4K9HA 3S43B 3CMSA 1LF3A 2ZHUA 3UFLA 5P56A 4I0ZA 2V00A 5P1VA 5P22A 1FLHA 1PFZA 1LYBA 5P71A 4B1CA 5OZ9A 1K1UA 5P0YA 1KZKA 4Y5PA 1B5FA 1XL5A 3NR6A 3EKTA 3AUPA 5P65A 2WF1A 4Y35A 3EKPA 5P6AA 4DQCA 4HDFA 2OHRA 4DJRA 2VS2A 1KJ4A 1BDQA 3UDYA 5P5EA 2H6SA 1W5YA 4HDBA 1IDAA 3UQUA 5P0VA 5P52A 4QLHA 1HVCA 4YCYA 5P3YA 4CPRA 1A94A 3VLBA 4AUCA 5P04A 2OAHA 5P1ZA 5AH9A 1XL2A 2OHMA 1OEXA 1IZEA 4NJTA 1BAIA 2WEBA 3BXSA 5P0HA 5OZ1A 6UPJA 5P6VA 4OC6B 5P2FA 1SDVA 1E80E 1UH9A 2JYSA 2B60A 2BPZA 3S54A 3UTLA 5P2XA 2A4FA 3D91A 3FX5A 5OZVA 3DCRA 5HCTA 5OZKA 3PMYA 4H3FA 2PSUA 2WF3A 5P0CA 5ENMA 2I1AA 5P5DA 4JPEA 4BFBA 5P5AA 5COPA 1ZP8A 2XYEA 5P83A 2OHLA 1IBQA 4Y5BA 5P6MA 5P87A 3BC4A 4QJ7A 5P44A 3TPRA 4B0QA 1EBZA 2VNMA 4YD6A 5KR1A 1VIKA 3T6IA 2V10C 2WF4A 4FCOA 5P19A 5P3DA 5OZGA 3ER5E 2QMPA 5P4AA 3LIQA 5OZRA 2IEOA 2QU3A 1U8GA 4DQGA 5P74A 2QD6A 5P61A 5HU0A 3VYEA 2VJ9A 3PBDA 3KN0A 1EC2A 3L38A 4Y4XA 3SA4A 3OADB 1FQ5A 5OZFA 1SMEA 5P7KA 2IKUA 3O9BA 4OD9A 3L5EA 4EQJA 3PEPA 3L5FA 3VSXA 4GB2A 1BXQA 4CMSA 3SABA 1IDBA 3IA9A 3MXEA 1A30A 5P0QA 1BDLA 2J9JA 4YDGA 2BBBA 2QNNA 4X2LA 3QP0A 1HVKA 1YX9A 1G2KA 5P7AA 5P23A 5P4SA 2NR6A 1IZHA 2ZHTA 5P6WA 2FIVA 2HB3A 4J0ZA 5AHBA 2QI0A 5P2WA 3TPJA 5P58A 2R43A 4BFDA 5P6BA 5P0BA 4DJVA 3EXOA 4FAFA 4RCFA 5KQZA 4RVIA 3WZ6A 3HAUA 4OBZA 3PJ6A 5P4ZA 5P39A 3RTHA 1WBMA 2RENA 2ZJLA 5P5GA 5P7EA 2QZKA 5JODA 5P0DA 1FQ6A 4YOAA 1SIPA 3EL1A 4K8SA 2BJUA 2PYMA 2HM1A 4Q1YA 4KUPA 1BWAA 2ER9E 5P2TA 4Z4XA 1LV1A 1AXAA 4I0DA 4J1KA 2G1YA 3OU3A 3TOHA 1TW7A 3QS1A 3OQKA 3APRE 2V11C 3QROA 1HPSA 1YTIA 4Y3WA 4J17A 3R2FA 3U71A 5P2HA 3HAWA 2Q55A 5P43A 2ZJHA 2QNPA 3VUCA 2P4JA 4Y5AA 3LIZA 4FRSA 4N00A 5P75A 1W6HA 1NSOA 3OU1A 5OZQA 3KA2A 3OU4B 1E5OE 2VNNA 3UQPA 1HWRA 4HE9A 5OZTA 2ZJKA 1PSAA 4GJBA 3QRSA 5OYYA 2I4QA 2Q63A 4FSLA 4YBIA 5C9FA 1ME6A 5P4MA 5P51A 5HE7A 3K5FA 4LXAA 5DR3A 3N4LA 3TOFA 2G1NA 3GGUA 1KJGA 4NPUA 1K6CA 2VA5A 1A8GA 2UY0A 1G35A 1TCXA 5OYTA 1SDTA 5P0WA 4UPJA 1UH7A 1T7IA 3T3CA 5P8MA 4I8ZA 5P11A 3NU4A 3GI5A 1MEUA 3UDQA 5P34A 1XE5A 5DR7A 1GNOA 4J5JA 1FG6C 5P1RA 1HSGA 5P6UA 4Z50A 3QRMA 5P3TA 3HDKA 3IN3A 3CKTA 3Q4BA 1META 1RPIA 1LYWA 3VLAA 1DMPA 3T11A 5P29A 3D1YA 1D4KA 5P6YA 4YD5A 5P7BA 4EPJA 3GGAA 1C6ZA 3Q3TA 3KDBA 1C6XA 2R8NA 4NKKA 5P6IA 1TZSA 1FMBA 5P45A 4LXMA 3CIDA 5P73A 4HVPA 2CEJA 4J0TA 1MVPA 4DQEA 5P69A 2NXDA 3EKVA 2IS0A 5P4TA 4FRIA 2HPEA 5P77A 4Y5CA 5P0MA 3D3TA 3QI1A 4Y3SA 3EL9A 2NMZA 2Z54A 2FNSA 5P3NA 3OK9A 2P3DA 4QJAA 2EWYA 4FE6A 4Y45A 4QJ6A 3BUGA 3SAAA 4J0PA 1HXBA 4EJDA 5P1WA 3QBFA 2OHPA 1AAQA 2ZGAA 3I2LA 4NPTA 3ZPUA 5P6TA 5HTZA 5P8QA 3CIBA 1LYBB 1IVQA 5P68A 2G22A 5P14A 4GIDA 4CPUA 1ZLFA 5SZ9A 2FGUA 5P1YA 4FAEA 2WEDA 3IXJA 1ZPKA 5P24A 3S45A 5P3JA 4B70A 3OUAA 1DAZC 3NDUA 1FEJC 5P1CA 2WF0A 4OBFA 5P7LA 1F34A 5KAOA 3IN4A 2I4VA 3CICA 1MRXA 4R5NA 5DQ2A 5P2IA 4DFGA 2PC0A 3O9HA 5P5VA 5P5SA 3RU1A 2F3EA 2ZJNA 5OZAA 4YD4A 3O9LB 4I11A 5P0TA 3OQDA 5P8VA 1IVPA 5P8HA 1YT9A 5SXNA 4JP9A 5P03A 3INHA 1EC0A 4OBHA 4EYRA 5P8KA 5P7RA 3OUDA 5F00A 4CP7A 2F3KA 4D85A 4DQHA 3CYWA 3HZCA 2FGVA 3WB4A 1XDHA 2WHHA 1NPWA 2I4WA 1APWE 3NU3A 3SA7A 5HDZA 4YA8A 3GW5A 3L5BA 5P4LA 3OGPA 4Y58A 5P5CA 4B77A 4RLDA 2AOEA 2Q64A 1EPRE 1FFIC 5P3LA 3VV6A 4Y54A 4Y4EA 1MT9A 1G0VA 4YOBA 1SH9A 3LNKA 4Q1WA 4M8XA 4RVXA 5AH8A 4GJDA 4ZSMA 2ZYEA 5P08A 3QN8A 1HHPA 2HS2A 1ZSFA 1HBVA 3NU9A 5P2AA 2BB9A 3EM6A 3PB5A 3SA3A 3VEUA 5P2DA 2B7FA 1HTRB 4TRZA 3OOTA 5P2EA 4RGHA 2RKFA 4RROA 3I6OA 5P5MA 1AJVA 1EPPE 1LF2A 4Q1NA 5OZ6A 5P2GA 4DH6A 2J9JB 1YTHA 4WY6A 2FLEA 5P7JA 2PQZA 5BWYA 3SA9A 2JJIA 1Z1RA 3QBHA 5T4SA 5P7UA 2AOGA 2AOHA 2BPYA 3APPA 1FMXA 2G94A 3PMUA 4ZSRA 3HD8A 3ZPSA 5P30A 4DPIA 4L1AA 4R91A 4Y6MA 3IVIA 5OZYA 3ZKNA 2IKOA 5P1PA 4Y50A 5P3AA 1BBSA 5KQXA 2VIEA 5HDVA 5P4EA 5OZ7A 4IVTA 1KJ7A 5OZHA 1HEGE 5P3QA 1HPVA 5P0NA 3FV3A 2BQVA 5P3GA 1XS7D 3PHVA 4OBZB 2QI7A 5P5NA 1GVWA 4Y43A 5AH7A 4GJCA 4MC1A 4L7JA 2QNQA 5P17A 4A6CA 2FXDA 5P6NA 2HAHA 4DJWA 4I1CA 5P1UA 5HCOA 1FF0C 3O9IA 2G20A 3OUCA 3QVCA 3PLDA 5P4IA 4TRYA 3JW2A 1M4HA 4Y3FA 5P3PA 4Y3PA 5HDUA 3U6AA 4I0GA 3OQFA 5P54A 5P1TA 3G72A 5P4DA 1D4JA 4Y4AA 5OZ4A 1GVVA 5P5XA 3TTPA 4DJPA 3VFAA 2B7ZA 1D4IA 2BPXA 3OTYA 2OHUA 5IVSA 2PYNA 5I3XA 5P81A 5P5OA 4MC9A 5P2CA 5OZJA 2I4UA 4Z2ZA 5ER1E 3QVIA 4L6BA 5P8PA 2AIDA 4PPHA 5OZZA 5P5UA 4LL3A 2PSVA 3SKGA 5P4CA 3SPKA 1HIHA 2IGXA 1BXOA 1WKRA 4RCEA 4TVHA 2XFKA 5P32A 4B78A 2WEAA 2P3AA 1B11A 5P5LA 3T7PA 5P8FA 3OAGB 5OZMA 5P8NA 2I0AA 3H5BA 1ODXA 5P46A 5HU1A 5E5JA 4YCTA 3NDTA 4X7IA 2B8VA 3NDWA 5P00A 1TSUA 1SBGA 5P4UA 4DJOA 2G24A 2QZXA 3FKTA 4J1CA 5P0SA 1BIMA 4CKUA 3VFBA 3LHGA 1SMRA 1T7JA 4ER2E 5P18A 4QJ2A 3UCBA 3ECGA 4Y4ZA 1EPLE 1HTFA 3A2OA 2PMAA 3EKWA 1FGCC 2AZCA 3S7MA 2AVQA 3PCWA 4Y4GA 5P2ZA 5OZDA 4H1EA 1HTEA 5OZWA 3KFPA 1DIFA 3PM4A 1CZIE 4U7VA 3BRAA 1LYWB 4LP9A 5P2BA 1IZIA 2FDDA 5P36A 3SA6A 5P2KA 2B42A 1K6PA 4CPXA 5KR2A 3SACA 1GVUA 5AH6A 5P07A 2AOFA 1GVXA 1GKTA 5P2YA 2G69A 5P3UA 4APEA 2ZHSA 3UHLA 1MESA 5P1MA 2WECA 3L3AA 1SP5A 3S8IA 1FFFC 4H3IA 5P8OA 1HIIA 3BGCA 3TPLA 1AVFA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 4RYG A;  2SAM A;  4A6B A;  7UPJ A;  3U7S A;  4FL8 A;  2V16 C;  3UDH A;  1T7K A;  5OZL A;  5P63 A;  5P2R A;  5P5J A;  2G1R A;  2P3B B;  4YD3 A;  2UPJ A;  5P5I A;  2AVS A;  5P5Q A;  2QK5 A;  4Y53 A;  4LXK A;  1FQ7 A;  5BRY A;  5P6P A;  1YM4 A;  5P4F A;  2O4K A;  2OHQ A;  2G1S A;  5P5W A;  5OZB A;  4J1I A;  4Y5E A;  4EJK A;  5DR4 A;  3UQR A;  3QIH A;  1FKN A;  3TOG A;  3HVG A;  5P6J A;  1D4L A;  3D1Z A;  5P06 A;  3UDJ A;  3HVP A;  2O4L A;  3RSX A;  5P3W A;  4OC6 A;  3PGI A;  4BEL A;  3OAG A;  4ER1 E;  3DOX A;  4XKX A;  1OHR A;  4I0E A;  5P3H A;  1QS8 A;  4YHQ A;  5P2U A;  1PPL E;  3PLL A;  4PZX A;  5P6R A;  3FIV A;  1YTG A;  5P16 A;  5P6F A;  3INE A;  3PWW A;  4Y5N A;  4Q5M A;  2VIJ A;  3MSL A;  4J0Y A;  5P02 A;  4Y57 A;  6FIV A;  2Q11 A;  3LIY A;  1EPN E;  3HW1 A;  5E5K A;  4H3G A;  3SM2 A;  4KB9 A;  1HXW A;  5P4N A;  1SGU A;  5P55 A;  4YD7 A;  2VIZ A;  4F74 A;  3B80 A;  2ZJI A;  2AVO A;  1W51 A;  2G1O A;  4LC7 A;  1ER8 E;  5IVR A;  4RRN A;  1FQX A;  3INF A;  1B6K A;  2FDE A;  5P7Q A;  5P13 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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