3URJA

Type iv native endothiapepsin
Total Genus 90
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
90
sequence length
329
structure length
328
Chain Sequence
STGSATTTPIDSLDDAYITPVQIGTPAQTLNLDFDTGSSDLWVFSSETTASEVQTIYTPSKSTTAKLLSGATWSISYGDGSSSSGDVYTDTVSVGGLTVTGQAVESAKKVSSSFTEDSTIDGLLGLAFSTLNTVSPTQQKTFFDNAKASLDSPVFTADLGYHAPGTYNFGFIDTTAYTGSITYTAVSTKQGFWEWTSTGYAVGSGTFKSTSIDGIADTGTTLLYLPATVVSAYWAQVSGAKSSSSVGGYVFPCSATLPSFTFGVGSARIVIPGDYIDFGPISTGSSSCFGGIQSSAGIGINIFGDVALKAAFVVFNGATTPTLGFASK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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publication title An analysis of subdomain orientation, conformational change and disorder in relation to crystal packing of aspartic proteinases.
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase
molecule keywords Endothiapepsin
total genus 90
structure length 328
sequence length 329
ec nomenclature ec 3.4.23.22: Endothiapepsin.
pdb deposition date 2011-11-22

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 3urjA02
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 3urjA01
1VIKA 3QBHA 2Q15A 5P8HA 4RLDA 3PRSA 3QIHA 1EC3A 3CKTA 5OZ3A 3OU4A 5P8NA 2QU2A 5OZSA 5PEPA 2H6SA 4FGXA 4TVHA 2PSGA 5HD0A 5KQZA 5P7UA 4WTUA 5P3NA 4GJ5A 3UHLA 5P6YA 2ZJMA 5DQCA 5P5IA 4Y4XA 1K6CA 1D4JA 3OTSA 4K4PA 3D1XA 5P4HA 4FSLA 4I0HA 3B7VA 2PH6A 2QI3A 4OBJA 3UDPA 3T6IA 5P0PA 5P7QA 1W51A 5P5OA 3KFNA 4D88A 5J25A 5P2SA 3ZLQA 2HB3A 5P1RA 1WKRA 2VIEA 5HTZA 4CPXA 2I4VA 5P76A 2NXLA 1FQ5A 2NMYA 4I0FA 2I1AA 4Y3XA 2G1YA 5OZCA 3SM1A 4TRZA 4M8XA 3SPKA 5P26A 3S8IA 5BRYA 3KMYA 1F7AA 2HM1A 3Q4BA 4U8WA 1MTRA 2Q63A 5P0UA 1ZPAA 3ZOVA 2ZHVA 5OZNA 5P67A 1T6GA 2VS2A 1XN2A 1TSQA 3K4VA 3WB5A 5P2EA 5P3WA 3UCBA 4Y3RA 4Y48A 4Y45A 5P3XA 5P5LA 2XFKA 1N49A 1KJFA 1RL8A 1SDUA 3RTMA 1FMUA 2VA6A 3VYDA 1HEGE 4YD3A 5DQ1A 4I0DA 5P8EA 5OZMA 3VSWA 2V0ZC 3O9IA 5OZJA 2BPXA 3MSLA 5OYSA 3GI5A 4HA5A 2R43A 5P3IA 4CP7A 1RV7A 5P7DA 5HDXA 1EPME 5P4WA 1HOSA 4F75A 2ZHTA 3EXOA 1VIJA 1ZLFA 2QNPA 3KDCA 1DW6C 3OK9A 1B6KA 3L5DA 4ZSRA 5P18A 3SABA 3NDUA 5DGUA 4KUPA 1HRNA 2WL0A 2O4NA 4JECA 5HE4A 2JJIA 2NXDA 1G0VA 5P1JA 4CMSA 1B6PA 4Y51A 5KQYA 3VYFA 3CIDA 2HPFA 3AIDA 1W5XA 3FIVA 5OYTA 5P6WA 1GNNA 1CPIA 3K5CA 2WEAA 4JPEA 5AH7A 4JOOA 1EPRE 4DPFA 2WEZA 4Y5BA 4U7VA 4DFGA 2B42A 5OZKA 3KFSA 4DQFA 3BGBA 4Y3JA 4ZE6A 6APRE 4Y6MA 1BDLA 4EQJA 4DJPA 1AVFA 5P7RA 3QRSA 5P3TA 4AA9A 4FAFA 3OUDA 3L5EA 3OQFA 1QDMA 4R5NA 3FNTA 1HIVA 5OZGA 5P3EA 4DJRA 4HEGA 4YBIA 5P3DA 1MESA 1XE6A 4GJBA 1TW7A 1XN3A 2VNNA 2HB2A 3OWNA 5P5UA 2OHKA 3SA8A 2ZJIA 1UH9A 4H3GA 2IGXA 3S2OA 4GJ7A 2QI4A 4Y41A 4RYGA 3EM4A 5P6HA 3VLBA 3SM2A 1T7JA 5P2QA 2WEDA 5P73A 4CPRA 4ZLSA 3INEA 2QI6A 5P11A 5OZBA 5P52A 5P5WA 1RQ9A 5P8IA 1YX9A 4Y3GA 5P1GA 5P2CA 4Y39A 4RVIA 5SZ9A 5IVSA 1MRWA 3DK1A 3SA3A 4H3JA 1HSIA 4Y35A 4Y9WA 5P61A 4R95A 3NUJA 3PCWA 3OAGB 4J0TA 2FDEA 5P5MA 2AVQA 4MC2A 4A6BA 4NJSA 4ZEAA 3SLZA 5P0HA 3PI5A 2QI5A 4Y4WA 2AZ8A 4I12A 5P4IA 2I4DA 3SA4A 4J1EA 1KZKA 2QAKA 2VIYA 4FM8A 4I8ZA 1GVWA 2G20A 4KE1A 4L7JA 4Y4TA 5P8PA 5SY3A 1K2CA 5P41A 4LXKA 4H3FA 2CEMA 1XS7D 2I0AA 1SIVA 3JVYA 4RGHA 5P56A 5P2VA 4Q1WA 2FNSA 5P1XA 2BQVA 2G1OA 3I2LA 4COEA 3SKFA 4ACUA 3KFRA 5UPJA 5I70A 5P0NA 4RYCA 5P7VA 3EL9A 3I6OA 3S7LA 3WZ6A 5P4PA 5AH8A 4K4QA 4FRJA 3TPRA 4TVGA 3CKRA 3U71A 5P4JA 5COKA 1OD1A 4ER2E 3Q5HA 2FDDA 4U7QA 3L3AA 2B7ZA 2ZYEA 5P0FA 5OZYA 5P5PA 1GVTA 5P7OA 4OC6B 1FQXA 5P2BA 3CYWA 1CMSA 3SA7A 3LPKA 3DJKA 4LHHA 5P8MA 1FQ7A 1QRPE 3EKPA 4I11A 3WZ8A 2OHTA 2QI0A 3NU6A 1EBZA 5P1DA 2HS1A 3PCZA 3L5CA 3OUAA 3LIQA 5P38A 5P7TA 5P8QA 5HVPA 3VCMA 5OZ4A 4GJ6A 3EKYA 5ENMA 3ZPTA 1LYBA 3BUFA 5P0QA 4FIVA 1MERA 2QI1A 4N00A 5P2RA 1EPLE 1HHPA 2FS4A 3OHFA 5DR8A 3HAWA 4NKKA 2P4JA 3OADA 3NU5A 4Y3LA 4Y3FA 1APUE 3URJA 5E5KA 3NDXA 3F9QA 4FRSA 5P0CA 5B18A 5P1SA 2AIDA 1SMEA 4YD5A 3S43A 2O4PA 4QJ9A 4L1AA 1SIPA 3OXWA 3TOGA 4LXAA 5P3RA 3PSUA 5P20A 5P0GA 3BVBA 1FMBA 1C6ZA 4PEPA 1MPPA 3HW1A 2OHSA 2AVOA 4YHQA 5P63A 1YM2A 5P3JA 4L7HA 4GJAA 1APVE 2BPZA 2AQUA 1GVXA 1IBQA 1ZSRA 3TPJA 3G6ZA 1SBGA 3EKWA 1QBTA 1XL2A 4YCTA 4Y5EA 1K6TA 3O9AA 5P15A 5P8SA 4EJ8A 4XX4A 1MIQA 4X7IA 3BC4A 5P8CA 3VV7A 3IN3A 4Y5NA 3VFAA 2QZLA 5P8VA 2A1EA 1IZHA 5P8RA 1FQ8A 3NXNA 5P04A 5IE1A 5OZAA 4R8YA 1QBSA 1Z8CA 5P0IA 3VSXA 5P1ZA 1BWBA 5KOSA 1ZPKA 1FEJC 1EBYA 2QNQA 2XYFA 3JW2A 3WZ7A 4OD9B 2JYSA 3DUYA 5P14A 4CPWA 4DJVA 2RENA 1EPOE 5P47A 1EC1A 2RMPA 4QGIA 3NU3A 3FNSA 1PPLE 1HPOA 3VG1A 2Q5KA 5P5HA 1YM4A 3CKPA 5F00A 1DIFA 2FIVA 5P79A 3HVGA 3EKQA 1GNMA 5KR1A 4I0IA 5P68A 5ER1E 3LIYA 1OHRA 1PSNA 5OZ2A 5P5JA 4J0VA 3KDDA 2AZBA 5P3LA 3QRMA 3D1ZA 2F8GA 3GI6A 4CPUA 4J1FA 2V13A 3S85A 5P36A 3WSJA 1ZAPA 5P88A 2ZGAA 5EZZA 4Y4BA 5P7BA 4Y58A 1B5FA 3OQKA 5DPZA 4Y5CA 2G21A 3HVPA 2P8HA 2R38A 3KT5A 1SDVA 4DV9A 3HBOA 4QJ6A 3LZYA 2J9JB 3LZUA 2BKSA 2OHLA 2ZJNA 3FX5A 2OHRA 1FQ4A 1TZSA 1HVKA 5P0ZA 1LYWA 3LIZA 3EM3A 1FF0C 1MUIA 3GI0A 5T4SA 1HVLA 1RNEA 4UPJA 4DQEA 3DV1A 2QHZA 5P4ZA 4YOAA 4Y36A 5OYUA 2O4KA 5I3YA 3UDNA 1JLDA 5P16A 1AXAA 5P4YA 1TSUA 4EYRA 4APRE 3RTNA 4B00A 2F3EA 4EXHA 2R5QA 5P6BA 2FMBA 3VV8A 2ZJJA 4MC1A 3VEUA 4B70A 2G26A 2BBBA 4CPSA 4FM6A 3MXDA 5OZVA 4YCYA 1LYAB 5P22A 5OZLA 4F74A 5P7HA 3PVKA 1AJXA 5P1BA 5P13A 1T6EX 2VA5A 1MSMA 4ZPFA 1LF2A 5P6JA 3UDYA 3RU1A 5P33A 2PSUA 3UDJA 3ST5A 1B6JA 4I10A 3ZKXA 5P2KA 5OYQA 3T7XA 2QP8A 5OZTA 2IGYA 3U7SA 1NPVA 5P30A 2FGVA 3LIXA 2BPWA 3M9FA 5AHBA 5DGWA 5P01A 3EM6A 2FLEA 5P7AA 1FFFC 1NSOA 3RTHA 3BUGA 5P7WA 5P2IA 2ZHSA 5P6TA 1IZIA 1MEUA 3OU4B 5P00A 5OZ0A 2JXRA 5P4AA 2RSPA 2Q11A 1A8KA 1YTHA 2BJUA 3A2OA 4M8YA 5ER2E 5JFUA 2G1SA 3H5BA 3S53A 5OZEA 4L6BA 5P27A 2OHMA 2XFIA 2Z4OA 2P3AA 1AJVA 5P3AA 1D4KA 3UQRA 4RRNA 2WF4A 1E82E 3HZCA 4MC9A 2V11C 2I4WA 1G2KA 4Y5MA 5P2JA 3NU9A 4PZWA 2O4LA 1HBVA 4AZYA 4NJVA 3SACA 3GGVA 1AZ5A 1QBUA 4I1CA 2MIPA 5P4GA 2FXDA 2PYMA 4GYEA 5P8AA 3KFPA 5P82A 5OYWA 3INHA 3EL5A 4HDFA 5P77A 5OZ8A 5P1LA 2ZHRA 5P37A 2QCIA 3ZKMA 3VUCA 4EJKA 4HZTA 5OYVA 5P3CA 2HIZA 3GI4A 2AOHA 1A30A 3IXJA 4GB2A 5KR0A 3OGPA 5OYRA 3FSMA 1HPXA 4GJ8A 2QU3A 2QZWA 5P35A 3EC0A 5P4MA 5I3VA 3UPJA 5P5QA 5P0JA 3L38A 4EJDA 5P3ZA 5P6PA 5OYZA 2IKOA 3HLOA 5P6IA 3OOTA 4QLHA 1MVPA 4FS4A 4J17A 2PQZA 5P6NA 2WHHA 5P1EA 5P1YA 5P1KA 1HTGA 4I8WA 1D4YA 5KR8A 5F01A 1IDBA 4FE6A 5P0LA 5P7IA 3NLSA 5P24A 1LF4A 3ER3E 3SAAA 4EHCA 1IVPA 3O9HA 4ZIPA 5P6MA 1FMXA 3NDWA 5P72A 3D3TA 5P0WA 5P3BA 3N4LA 4DJWA 2B60A 4Y3TA 3TLHA 3NU4A 4ZPEA 2BB9A 1G6LA 3PLLA 2O40A 4Y3YA 5P2FA 4Y5GA 3IA9A 3PSYA 3TNEA 5P7NA 3EL1A 2QHYA 5P87A 3O9DA 3PMYA 1FQ6A 5AH6A 5P7EA 2QD6A 2ANLA 1FG8C 4OBFA 4CPTA 3ZKNA 5P39A 1FGCC 2AOGA 2IRZA 2HS2A 3KM4A 2WF0A 5HCOA 2XFJA 4FRIA 2QI7A 3O9BA 3OAGA 5P3OA 1MT8A 3T7PA 5P5RA 2NNKA 2VIJA 4AA8A 4A6CA 3PMUA 2ER6E 3OUDB 3UQXA 5OYXA 5P89A 4OBGA 1HPVA 3EKTA 4Q5MA 3BUHA 5OZ5A 3APPA 4RCFA 5P6GA 5P4BA 4YD7A 1KJ4A 1HVIA 4R91A 5P81A 3RSXA 2OAHA 3UF3A 1ODWA 4PPHA 2NR6A 3LINA 5OZRA 5OZIA 3KA2A 5P4SA 4Y3HA 1W6HA 3CYXA 3TKWA 5HDVA 3NUOA 3IN4A 5P2NA 1J71A 4YBFA 1LV1A 1D4IA 2NXMA 1GNOA 2J9KA 3EKXA 5P1PA 2IEOA 2R8NA 5P02A 2WJOA 1HWRA 3EL0A 5P5CA 2G1RA 5OZ7A 3APRE 5P6DA 5P7JA 1HIIA 1C6YA 5DR0A 3OU3A 5P3SA 5P1QA 2OHPA 1BVGA 5HDZA 5P6KA 4Y4GA 2CENA 4Y4ZA 4GIDA 1D4HA 5P0XA 3KYRA 3QAAA 5IVQA 5P44A 2IENA 5P4LA 5P4DA 4WY6A 3EBZA 3K5DA 5P23A 5P2WA 3S7MA 2I4QA 4JPCA 1EPQE 4J0ZA 1BXOA 5AGZA 2QHCA 1APWE 1XDHA 3PLDA 5P5KA 3FNUA 3HAUA 2P3BA 4RVJA 2FGUA 4YE3A 2G22A 1FB7A 2F3FA 4RROA 5CLMA 5P1VA 1MT7A 3OY4A 1YTGA 5P4VA 5OZ1A 1DMPA 4EXGA 5P1MA 1M0BA 3DOXA 5SXNA 4OBHA 4Y4DA 3QN8A 5DQ4A 2P3CA 2ZJKA 3Q70A 3PEPA 2WF1A 4RVXA 1QBRA 3NSHA 3ZKSA 3I7EA 4NPTA 5P8UA 5P0EA 1DPJA 1E80E 3L59A 1KJHA 5P86A 1EC0A 3GGUA 2G24A 2V10C 3PGIA 3R4BA 4F76A 5P60A 3OUCA 5P8LA 5P2XA 5OZDA 4YOBA 2AVSA 3GGXA 2FXEA 3INFA 1UH8A 3DM6A 1BDQA 5OZXA 5P6SA 1IZDA 2NMZA 2R3TA 2BPVA 3UDRA 4AMTA 4Z4XA 2QD7A 3IXOA 4PZXA 1APTE 3SFCA 5P6AA 4B72A 3L5BA 3OOZA 3QVIA 3U6AA 5P75A 5HU0A 5P0KA 1MSNA 3QS1A 5KQXA 3NDTA 5P6EA 3OHHA 2ZE1A 5KQFA 1T3RA 4ER1E 1A8GA 4LL3A 4HDBA 4BFBA 1UH7A 1IZEA 4B1DA 4DQHA 2Q64A 2G69A 5BWYA 5KR2A 3OU1A 3ZMGA 3BXSA 2AZCA 2QZXA 5P3KA 3BVAA 3G72A 2PH8A 5P83A 4ACXA 1LZQA 1HVCA 3PHVA 1K1UA 3G70A 3KN0A 4LBTA 4Y4AA 5P7XA 4OBDA 5DR3A 5P2HA 5P7LA 3S45A 2FDPA 1A94A 3IVIA 5P5FA 5P7ZA 1TQFA 1LYBB 4DJQA 4H1EA 5P43A 3BHEA 3OADB 3R1GB 3LZVA 2NTRA 3O9LA 5P2AA 9HVPA 5P2OA 5P31A 5P28A 5P4RA 1EAGA 2V00A 4PHVA 3D1YA 1META 3SQFA 2AOIA 2ZJLA 2PYNA 3ZL7A 4L1AB 2BPYA 3WB4A 5P08A 2ASIA 2V12C 5P5AA 5P7PA 5P8KA 1HVSA 4EPJA 1BV9A 4Y3PA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1VIK A;  3QBH A;  2Q15 A;  5P8H A;  4RLD A;  3PRS A;  3QIH A;  1EC3 A;  3CKT A;  5OZ3 A;  3OU4 A;  5P8N A;  2QU2 A;  5OZS A;  5PEP A;  2H6S A;  4FGX A;  4TVH A;  2PSG A;  5HD0 A;  5KQZ A;  5P7U A;  4WTU A;  5P3N A;  4GJ5 A;  3UHL A;  5P6Y A;  2ZJM A;  5DQC A;  5P5I A;  4Y4X A;  1K6C A;  1D4J A;  3OTS A;  4K4P A;  3D1X A;  5P4H A;  4FSL A;  4I0H A;  3B7V A;  2PH6 A;  2QI3 A;  4OBJ A;  3UDP A;  3T6I A;  5P0P A;  5P7Q A;  1W51 A;  5P5O A;  3KFN A;  4D88 A;  5J25 A;  5P2S A;  3ZLQ A;  2HB3 A;  5P1R A;  1WKR A;  2VIE A;  5HTZ A;  4CPX A;  2I4V A;  5P76 A;  2NXL A;  1FQ5 A;  2NMY A;  4I0F A;  2I1A A;  4Y3X A;  2G1Y A;  5OZC A;  3SM1 A;  4TRZ A;  4M8X A;  3SPK A;  5P26 A;  3S8I A;  5BRY A;  3KMY A;  1F7A A;  2HM1 A;  3Q4B A;  4U8W A;  1MTR A;  2Q63 A;  5P0U A;  1ZPA A;  3ZOV A;  2ZHV A;  5OZN A;  5P67 A;  1T6G A;  2VS2 A;  1XN2 A;  1TSQ A;  3K4V A;  3WB5 A;  5P2E A;  5P3W A;  3UCB A;  4Y3R A;  4Y48 A;  4Y45 A;  5P3X A;  5P5L A;  2XFK A;  1N49 A;  1KJF A;  1RL8 A;  1SDU A;  3RTM A;  1FMU A;  2VA6 A; 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 2AVO A;  4YHQ A;  5P63 A;  1YM2 A;  5P3J A;  4L7H A;  4GJA A;  1APV E;  2BPZ A;  2AQU A;  1GVX A;  1IBQ A;  1ZSR A;  3TPJ A;  3G6Z A;  1SBG A;  3EKW A;  1QBT A;  1XL2 A;  4YCT A;  4Y5E A;  1K6T A;  3O9A A;  5P15 A;  5P8S A;  4EJ8 A;  4XX4 A;  1MIQ A;  4X7I A;  3BC4 A;  5P8C A;  3VV7 A;  3IN3 A;  4Y5N A;  3VFA A;  2QZL A;  5P8V A;  2A1E A;  1IZH A;  5P8R A;  1FQ8 A;  3NXN A;  5P04 A;  5IE1 A;  5OZA A;  4R8Y A;  1QBS A;  1Z8C A;  5P0I A;  3VSX A;  5P1Z A;  1BWB A;  5KOS A;  1ZPK A;  1FEJ C;  1EBY A;  2QNQ A;  2XYF A;  3JW2 A;  3WZ7 A;  4OD9 B;  2JYS A;  3DUY A;  5P14 A;  4CPW A;  4DJV A;  2REN A;  1EPO E;  5P47 A;  1EC1 A;  2RMP A;  4QGI A;  3NU3 A;  3FNS A;  1PPL E;  1HPO A;  3VG1 A;  2Q5K A;  5P5H A;  1YM4 A;  3CKP A;  5F00 A;  1DIF A;  2FIV A;  5P79 A;  3HVG A;  3EKQ A;  1GNM A;  5KR1 A;  4I0I A;  5P68 A;  5ER1 E;  3LIY A;  1OHR A;  1PSN A;  5OZ2 A;  5P5J A;  4J0V A;  3KDD A;  2AZB A;  5P3L A;  3QRM A;  3D1Z A;  2F8G A;  3GI6 A;  4CPU A;  4J1F A;  2V13 A;  3S85 A;  5P36 A;  3WSJ A;  1ZAP A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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