3UTLA

Human pepsin 3b
Total Genus 82
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
82
sequence length
326
structure length
326
Chain Sequence
VDEQPLENYLDMEYFGTIGIGTPAQDFTVVFDTGSSNLWVPSVYCSSLACTNHNRFNPEDSSTYQSTSETVSITYGTGSMTGILGYDTVQVGGISDTNQIFGLSETEPGSFLYYAPFDGILGLAYPSISSSGATPVFDNIWNQGLVSQDLFSVYLSADDQSGSVVIFGGIDSSYYTGSLNWVPVTVEGYWQITVDSITMNGEAIACAEGCQAIVDTGTSLLTGPTSPIANIQSDIGASENSDGDMVVSCSAISSLPDIVFTINGVQYPVPPSAYILQSEGSCISGFQGMNLPTESGELWILGDVFIRQYFTVFDRANNQVGLAPVA
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title An analysis of subdomain orientation, conformational change and disorder in relation to crystal packing of aspartic proteinases.
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase
molecule keywords Pepsin A
total genus 82
structure length 326
sequence length 326
ec nomenclature ec 3.4.23.1: Pepsin A.
pdb deposition date 2011-11-25

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 3utlA02
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 3utlA01
2QHCA 3DV5A 2WF4A 1FEJC 4J55A 5OZGA 1HIIA 5P4SA 5P3BA 2ZJNA 3OU3A 5P19A 5P5TA 4K4QA 4Y3WA 3BUGA 1HRNA 2ZJIA 2R3TA 5DQ1A 3UDYA 3OXVA 5P6WA 1AZ5A 1PPKE 3PSYA 3BUHA 3PLDA 1HPOA 2V12C 3QRVA 5P5EA 2ZHVA 3ZPUA 3NR6A 2OHKA 2QMFA 3HDKA 5P5JA 3U7SA 1F7AA 4Q1YA 5P1PA 1TSQA 3VG1A 2P3CA 3C9XA 4PZWA 2Z54A 5AGZA 3ZPTA 5P7ZA 5P6RA 2HPEA 3N3IA 4Y9WA 2I4DA 5P27A 3LIQA 4I0GA 2BKSA 5OZLA 4L1AA 1AIDA 1ME6A 4Y4GA 2JJJA 5HU1A 1LF2A 1EPME 3GW5A 3KFPA 3BGBA 1BV9A 1BAIA 5P0MA 5OZBA 5HDVA 4Y3SA 3VCMA 5OZXA 4CPTA 3U6AA 3QS1A 3DM6A 4R8YA 4DJYA 2HS2A 3VFAA 4Y3GA 5SY3A 4OBZA 3TPJA 1GVUA 2AVSA 4ZPGA 4HE9A 5P38A 3LHGA 3CKTA 3ZKNA 5P3RA 3L59A 1W5VA 3URIA 3WZ8A 1XS7D 4OC6A 1B6JA 4I11A 1DP5A 3NDWA 5P0FA 4DJWA 4FCOA 3IXJA 4ZEAA 5T4SA 3PM4A 1RNEA 1TCXA 3HD8A 5P2XA 5P8RA 1SDUA 5HE5A 4D85A 3UQWA 5P5HA 3OUDA 3HZCA 1KJ7A 4OBHA 5P5RA 3ZPSA 5OZ9A 3R2FA 5OYTA 2Q15A 4L7GA 4RZ1A 4RGHA 4Y3YA 1HXWA 3SQFA 2ZHTA 3OQ7A 3UDQA 1HWRA 1FG6C 3UDJA 4K4PA 3O9AA 3SA5A 5OYVA 3O9GA 4EXHA 4Y5GA 5COKA 5P2MA 4EP2A 1AAQA 1MERA 3I8WA 8HVPA 4DV9A 4TVGA 5ISJA 2ZHSA 4HDFA 4Y5NA 4J0ZA 3KDBA 5P4EA 5P6IA 1F34A 1MVPA 2Q64A 2ER9E 4YD5A 3HLOA 4DJRA 4I0IA 5P88A 5P7JA 1BWBA 2Q63A 2UY0A 5P22A 5ER1E 3NXEA 4A6BA 4Y57A 5P4UA 3OGPA 5E5KA 1AM5A 5P71A 2IKUA 2ZYEA 4ACXA 1KJ4A 3FNSA 4IVTA 1GVWA 3PBDA 1SDVA 5P75A 2QMDA 3EC0A 5OZKA 5P1WA 4MC2A 1M0BA 3LIVA 5P0AA 3IVIA 5P3OA 3UFNA 2H6SA 2QZKA 5P89A 2OAHA 2G1RA 3EM6A 4E43A 4FS4A 4RYCA 5P1YA 5P6GA 4F76A 5P18A 4ZLSA 1K6CA 2PSUA 3OHFA 2ZDZA 1QRPE 1EBZA 5P3FA 3I7EA 3HW1A 2ZJMA 3LIZA 4J1IA 5P2TA 5OZZA 5HDUA 4NJSA 5P7DA 2QI3A 3VF5A 5OZVA 1XL2A 1MTBA 3FX5A 3FNTA 4Y3MA 3S45A 3MSLA 5OZNA 3UDRA 1UH7A 3BC4A 1BILA 4YBFA 1MPPA 3CIBA 2OHQA 4X2LA 4GJAA 4ZSMA 2HPFA 5P7UA 2RKGA 1M43A 3Q70A 5P6JA 3OGQA 1META 2R38A 5P59A 4GJ8A 4EJKA 5P4CA 2FLEA 2O4NA 2QAKA 3UCBA 3APRE 3SLZA 3T3CA 4RRSA 5P4WA 4I0EA 3HVPA 4YCTA 5OYRA 5C9DA 1ZBGA 3EXOA 2NMZA 4B05A 4GJ9A 1ZSRA 3MXEA 1EC1A 2QI6A 2APRA 1SDTA 4JPCA 4HVPA 3R0WA 5FIVA 5HD0A 4ZSPA 4J17A 1W6IA 5IE1A 4WTUA 4Q1XA 5P62A 2VJ9A 4Y5LA 2AOEA 5P1UA 4I0JA 5P5AA 5P5LA 4FE6A 5F00A 2BPVA 3K5FA 3QN8A 5I3WA 3UDPA 3O9IA 5OZEA 3HVGA 4GJ7A 2F3KA 4DQCA 3FIVA 2Q54A 4A4QA 2G27A 3I25A 1EC0A 2XFIA 5P2RA 1LYWB 1YT9A 1EAGA 1T7JA 2QMGA 5P4VA 5P08A 3INFA 5P6NA 4PPHA 3UHLA 5KR0A 2ZHUA 1TZSA 3FNUA 1HVIA 5OZMA 3O9FA 1ZLFA 1FGCC 5P6EA 4QJ7A 2J9KA 5HE4A 2G24A 3KF0A 5ENKA 1PFZA 2UXZA 2V13A 3PI0A 2XYFA 2HIZA 3UQUA 4J0TA 5P0HA 5P5NA 4HLAA 1SMEA 4F73A 4Y3FA 3JW2A 3SFCA 5AH8A 4Y4AA 3H5BA 1FFIC 2IL2A 1FFFC 4Y51A 3QAAA 3Q5HA 1GVTA 1D4KA 5P2UA 5P1SA 5P3HA 2O4PA 1C6XA 3TPPA 5OZCA 1MEUA 2CEJA 3SABA 3OUAA 1HPSA 5IVTA 2BBBA 5P8UA 2IRZA 1YTIA 5EZZA 5P2EA 2J9JA 3SM1A 1LZQA 3S43B 3SKFA 1FKNA 2H6TA 5P12A 5DR3A 4DI2A 4ER4E 5HCOA 2FNSA 5P2LA 1HSHA 5P0BA 3EL9A 3K5CA 4J1CA 3K4VA 3EL4A 2PWCA 4OBKA 5DR0A 2V00A 3PWRA 2P83A 1W5WA 4S1GA 5AH7A 4AZYA 2ASIA 1YTJA 3EM3A 3I2LA 3NDXA 3QI1A 1DMPA 3U71A 4I1CA 1T6GA 5HE7A 2BPXA 1E5OE 2O4SA 2R5QA 3WB4A 4FIVA 3OWNA 1LYBA 5P48A 5TOLA 1E82E 1EC3A 4DJUA 5P7IA 1UH9A 1IIQA 2RKFA 5P68A 2WEBA 2ER7E 4MC1A 2G26A 4RYGA 4J0YA 3GGAA 5P7NA 2PWRA 3Q6YA 1PSNA 1XL5A 3NUJA 4NJTA 4APRE 1D4JA 3KT5A 2BPZA 3LITA 4DJVA 5P0QA 5P8NA 4Y53A 5P7KA 5P57A 3HAUA 2PQZA 1SGUA 1Z1HA 3SO9A 1J71A 5OYXA 1XE5A 3OXXA 1ZJ7A 3O9EA 4LC7A 5P0LA 4ZIPA 1KZKA 4PHVA 3EKVA 1FB7A 5P1KA 3I6OA 4Y3RA 5P0KA 3ZKGA 5P87A 4Y3XA 1E81E 5C9FA 3EKXA 2AVQA 3D1XA 3BRAA 5P1OA 4Y4ZA 2OHLA 4EYRA 1FF0C 2I4VA 4OD9A 1PPLE 1HVHA 4WY6A 4NJVA 5P4DA 2O4KA 4L1AB 2B7FA 1CZIE 5P7HA 2R43A 1SBGA 1ODXA 4PZXA 5OZQA 3BGCA 1AVFA 3TKGA 5P1EA 5P07A 1TW7A 4Z4XA 5OZSA 5P53A 4OBZB 3PMUA 5P11A 5P3ZA 5ER2E 5P0UA 2AVVA 4B1EA 2IQGA 5P4QA 4J1EA 1MUIA 4PEPA 4OC6B 3OOTA 7UPJA 3PLLA 3UDKA 2VKMA 3KA2A 5P2DA 2VJ7A 4DJQA 3O99A 2WF1A 3VSXA 3TKWA 2IKOA 2OHSA 1MIQA 3JVWA 5COOA 2QU2A 4Y38A 5P3DA 5P7RA 3OU4A 1WBKA 4AUCA 2Q55A 2HM1A 5P13A 5SY2A 1B6KA 4Y5MA 3OUDB 3QVCA 1A8KA 5JODA 1BVEA 2BKTA 5P6KA 1A94A 4RROA 3S56A 1T6EX 4D88A 5P2SA 1BVGA 2AVOA 1HHPA 2JJIA 1APVE 3S53A 3INEA 5P25A 2JXRA 1Z8CA 3LZUA 1EBKC 3PRSA 3KFNA 1D4IA 1FQ6A 5P1GA 5P5BA 5P7SA 5P4YA 4CMSA 5P6XA 1KJGA 4TRZA 4YE3A 4L7HA 3VYDA 4EXGA 3PJ6A 1FMXA 5P8FA 3IAWA 4OBFA 4Z2ZA 1HEFE 1BIMA 3CKRA 2O4LA 5P1IA 4ER2E 4Y56A 3T7QA 3TPLA 1A9MA 2QZLA 4XKXA 3SACA 4Y41A 4CPWA 1BXOA 3L3AA 2Q3KA 5P8IA 5P4IA 1GVXA 3VLBA 4H1EA 3APPA 1K6PA 2RMPA 3DUYA 5P0EA 5P61A 2CENA 4Y3JA 3QP0A 3NU6A 3UQRA 3KT2A 5P3MA 4FAEA 5P5FA 3NWXA 1FIVA 3NYGA 4EQJA 5OZAA 2ZJJA 5P64A 3QPJA 5AHAA 1MRXA 4Y44A 2G20A 1RQ9A 2G21A 1HVCA 4F75A 1HTFA 4EJDA 5P82A 1C6YA 1GNOA 5P0DA 5P73A 4LHHA 1QDMA 2FS4A 3EKWA 5P7QA 1CPIA 1PPME 5P2ZA 5OZOA 4DJPA 1ODWA 4D89A 5P5CA 5P5WA 1DAZC 2MIPA 4Y4JA 3EKQA 4AA9A 4Y45A 2OHRA 5P0VA 5P81A 4Y5KA 5P00A 5P5KA 6FIVA 1KJHA 3KN0A 5P52A 2G1SA 5P5IA 2QI0A 3EBZA 4R5NA 1RL8A 2ANLA 4LP9A 1XN2A 1QBSA 1APUE 3FSMA 5P4LA 1W50A 1EBYA 2QU3A 5P0ZA 5P8MA 2HAHA 4GIDA 2Z4OA 4Y3ZA 5P40A 5P6VA 3A2OA 3OU1A 3VUCA 4MC6A 5P5UA 1BBSA 4PYVA 4COEA 5P6AA 3GI4A 2ZJHA 1TQFA 4Q5MA 1HIVA 3NU9A 5P45A 3OAGA 5P5VA 4B0QA 1IZEA 1XDHA 5P6MA 1DW6C 5P3SA 3RTMA 2NNPA 5P6PA 5P5ZA 3LIYA 2F3FA 1FQXA 2QP8A 2WJOA 5OZ3A 5IVQA 2G22A 5P01A 1SIVA 2G94A 4NPTA 3RSVA 1MTRA 5P4AA 4EJ8A 1LEEA 5CLMA 2ZJLA 3KM4A 2IDWA 4I8ZA 4Y5AA 5SZ9A 5OZ1A 4Y5EA 5OZ2A 1C6ZA 5P8QA 3ZKMA 5P46A 5P3GA 3SAAA 1W6HA 1IZIA 1MT7A 1EPLE 2BPWA 1HVSA 5KQZA 5P1XA 3QRSA 2ZGAA 4Y3AA 3K5DA 4Y5PA 3LIXA 3PEPA 4D83A 1T3RA 5P4TA 2A4FA 2HC0A 2XFKA 3TOFA 4HDBA 3L5BA 1MT9A 4FGXA 1ZPKA 4LL3A 1QBRA 2AOFA 5P6YA 4B1CA 3OQDA 4TRYA 2UPJA 2P3AA 3JVYA 1ENTE 4FM8A 2WF0A 5P7OA 2B8VA 4K9HA 3G72A 5P66A 1NSOA 3OTYA 2P3BA 2AQUA 2OHPA 4U7VA 5P8VA 4H3IA 4Y43A 1EC2A 3TNEA 1LF3A 2J9JB 4J54A 5P2FA 2WECA 3S2OA 1BDQA 3TOHA 4FAFA 2FXEA 1SGZA 5P1LA 5P4PA 3BHEA 5P16A 4J1KA 5P5GA 4YOBA 3UF3A 5P33A 1GKTA 3NU5A 5P09A 3PWMA 5P1HA 5EZXA 3O9HA 2VJ6A 3LNKA 4K8SA 3UTLA 3R0YA 5COPA 4KUPA 2R9BA 5P06A 4DFGA 4KB9A 5P7XA 5P37A 3EKTA 1IDBA 2FXDA 3T7PA 3TH9A 4DQHA 3K1WA 4DJOA 1LYBB 1U8GA 2BJUA 5P3UA 2G1OA 4Y3LA 2PK6A 5P8BA 5OZTA 3PI5A 4FRIA 4YDGA 5P2VA 5F01A 1IZHA 4XX3A 2I1AA 3L5CA 4R92A 2PH8A 5P29A 5P3TA 1SMRA 3ZLQA 3OK9A 5P6BA 2IEOA 2QMPA 4Y4DA 5P7GA 5DQCA 3OQFA 2AZ8A 4K4RA 5JFUA 3EL1A 3OQAA 4R91A 5P4MA 5OZRA 4B77A 3LPJA 5P76A 5P8LA 3K4VC 3MSKA 2V0ZC 3VYFA 4YD6A 5P8TA 4GJBA 4Y47A 3EM4A 6UPJA 3ZL7A 2HB2A 3F9QA 3NLSA 1EPPE 3GI5A 5P8CA 3ZKSA 2WHHA 5P7EA 3QIHA 4CPUA 2I4UA 1EPOE 3DV1A 2CEMA 5P8EA 5P7FA 2P8HA 4QLHA 1FQ8A 5OYWA 4OD9B 2RENA 4JP9A 1FQ4A 2IS0A 1VIJA 3VLAA 2NR6A 5SXNA 2WEDA 4I8WA 5P85A 3O9DA 4Y6MA 2OHUA 4DQBA 3GGXA 5OZYA 1D4YA 5P4HA 5P56A 5OZWA 4DPIA 3TLHA 4Y4XA 4L7JA 4FRSA 4ACUA 2VA5A 5P63A 1HEGE 1T7IA 4A6CA 5P2WA 2XFJA 4QJ2A 5P8PA 3RTNA 5P0SA 4Q1NA 4Y50A 1AJVA 1ZP8A 2VIYA 5P72A 3IN4A 4RLDA 5APRE 5OZ7A 4M8XA 4CPQA 3LZVA 2QNPA 1HPXA 4EPJA 3CIDA 5P6TA 2PK5A 3NXNA 4YA8A 1NH0A 5P47A 4J0PA 4ZSRA 5P7TA 1G2KA 3IN3A 5P0IA 1OEXA 1PSAA 3OU4B 5P8SA 5P4JA 1ODYA 3INDA 1NPWA 4DPFA 3VV7A 7HVPA 4CPXA 5P49A 1HVJA 2B8LA 5P8KA 3BXSA 3ZKQA 2VIJA 5P23A 2VS2A 3PBZA 2Q5KA 5OYYA 5P83A 1RPIA 3BVAA 5OZFA 5P79A 3CMSA 4DQFA 4AMTA 5P3VA 1B6MA 1DIFA 4NJUA 3TL9A 2F8GA 2A1EA 1LYAA 5ISKA 5P6OA 3SA7A 5IVSA 5P6CA 2QD7A 4CP7A 5P2CA 3PHVA 5P8GA 5P2OA 5P80A 1MSMA 2I4QA 1APWE 1K6TA 1IZDA 3QBHA 4FSEA 4NKKA 4YHQA 3DCKA 4NPUA 4Y48A 5HDXA 2FDPA 3QRMA 2PH6A 4YBIA 3Q4BA 4APEA 1WBMA 5P2QA 3BXRA 5AH9A 4Y3DA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 2QHC A;  3DV5 A;  2WF4 A;  1FEJ C;  4J55 A;  5OZG A;  1HII A;  5P4S A;  5P3B A;  2ZJN A;  3OU3 A;  5P19 A;  5P5T A;  4K4Q A;  4Y3W A;  3BUG A;  1HRN A;  2ZJI A;  2R3T A;  5DQ1 A;  3UDY A;  3OXV A;  5P6W A;  1AZ5 A;  1PPK E;  3PSY A;  3BUH A;  3PLD A;  1HPO A;  2V12 C;  3QRV A;  5P5E A;  2ZHV A;  3ZPU A;  3NR6 A;  2OHK A;  2QMF A;  3HDK A;  5P5J A;  3U7S A;  1F7A A;  4Q1Y A;  5P1P A;  1TSQ A;  3VG1 A;  2P3C A;  3C9X A;  4PZW A;  2Z54 A;  5AGZ A;  3ZPT A;  5P7Z A;  5P6R A;  2HPE A;  3N3I A;  4Y9W A;  2I4D A;  5P27 A;  3LIQ A;  4I0G A;  2BKS A;  5OZL A;  4L1A A;  1AID A;  1ME6 A;  4Y4G A;  2JJJ A;  5HU1 A;  1LF2 A;  1EPM E;  3GW5 A;  3KFP A;  3BGB A;  1BV9 A;  1BAI A;  5P0M A;  5OZB A;  5HDV A;  4Y3S A;  3VCM A;  5OZX A;  4CPT A;  3U6A A;  3QS1 A;  3DM6 A;  4R8Y A;  4DJY A;  2HS2 A;  3VFA A;  4Y3G A;  5SY3 A;  4OBZ A;  3TPJ A;  1GVU A;  2AVS A;  4ZPG A;  4HE9 A;  5P38 A;  3LHG A;  3CKT A;  3ZKN A;  5P3R A;  3L59 A;  1W5V A;  3URI A;  3WZ8 A;  1XS7 D;  4OC6 A;  1B6J A;  4I11 A;  1DP5 A;  3NDW A;  5P0F A;  4DJW A;  4FCO A;  3IXJ A;  4ZEA A;  5T4S A;  3PM4 A;  1RNE A;  1TCX A;  3HD8 A;  5P2X A;  5P8R A;  1SDU A;  5HE5 A;  4D85 A;  3UQW A;  5P5H A;  3OUD A;  3HZC A;  1KJ7 A;  4OBH A;  5P5R A;  3ZPS A;  5OZ9 A;  3R2F A;  5OYT A;  2Q15 A;  4L7G A;  4RZ1 A;  4RGH A;  4Y3Y A;  1HXW A;  3SQF A;  2ZHT A;  3OQ7 A;  3UDQ A;  1HWR A;  1FG6 C;  3UDJ A;  4K4P A;  3O9A A;  3SA5 A;  5OYV A;  3O9G A;  4EXH A;  4Y5G A;  5COK A;  5P2M A;  4EP2 A;  1AAQ A;  1MER A;  3I8W A;  8HVP A;  4DV9 A;  4TVG A;  5ISJ A;  2ZHS A;  4HDF A;  4Y5N A;  4J0Z A;  3KDB A;  5P4E A;  5P6I A;  1F34 A;  1MVP A;  2Q64 A;  2ER9 E;  4YD5 A;  3HLO A;  4DJR A;  4I0I A;  5P88 A;  5P7J A;  1BWB A;  2Q63 A;  2UY0 A;  5P22 A;  5ER1 E;  3NXE A;  4A6B A;  4Y57 A;  5P4U A;  3OGP A;  5E5K A;  1AM5 A;  5P71 A;  2IKU A;  2ZYE A;  4ACX A;  1KJ4 A;  3FNS A;  4IVT A;  1GVW A;  3PBD A;  1SDV A;  5P75 A;  2QMD A;  3EC0 A;  5OZK A;  5P1W A;  4MC2 A;  1M0B A;  3LIV A;  5P0A A;  3IVI A;  5P3O A;  3UFN A;  2H6S A;  2QZK A;  5P89 A;  2OAH A;  2G1R A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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