3VF5A

Crystal structure of hiv-1 protease mutant i47v with novel p1'-ligands grl-02031
Total Genus 18
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
18
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWKRPLVTIKIGGQLKEALLDTGADDTVIEEMSLPGRWKPKMVGGIGGFIKVRQYDQIIIEIAGHKAIGTVLVGPTPVNIIGRNLLTQIGATLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Potent antiviral HIV-1 protease inhibitor GRL-02031 adapts to the structures of drug resistant mutants with its P1'-pyrrolidinone ring.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Protease
molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
source organism Human immunodeficiency virus type 1 (bru isolate)
total genus 18
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2012-01-09

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 3vf5A00
3KF0A 2P3BA 5P6QA 1RL8A 3PMUA 3TNEA 3OU3A 4U7QA 4N00A 5P0XA 4FRSA 3PVKA 5P2SA 2OHQA 1HOSA 5P6SA 3K5DA 2AVOA 3KM4A 1FGCC 3NSHA 5P1BA 6APRE 4I8ZA 5IVTA 5P0JA 2QZXA 2APRA 5OZ7A 3AUPA 4NJVA 3S8IA 9HVPA 3NU9A 4FM6A 1K1TA 1A9MA 3K4VA 4OC6A 4ZE6A 3SO9A 5P5NA 4K4QA 1E81E 1F34A 2QU2A 3EKQA 4Q1WA 5P23A 1HXBA 5OZ3A 4J1FA 1LYBB 3SA9A 5P2KA 2IGYA 4Y3PA 5BRYA 3LZYA 1DIFA 3LPKA 4F73A 5OZRA 3OK9A 5P1HA 4NKKA 3PCWA 5P0RA 1FG8C 5P08A 1D4HA 1NPVA 5P5SA 4Y4XA 1C6XA 4HEGA 5P38A 5P52A 4Y57A 5P1MA 5P09A 4I0EA 3G6ZA 3EL5A 5P1NA 5P2QA 1LS5A 5P8AA 3OOZA 3SKFA 2AIDA 3VG1A 1FQ8A 3BHEA 1FMXA 4MC9A 5P0LA 5P33A 5P39A 3DV5A 4JOOA 5P3OA 2P3CA 2OHSA 4Y51A 1FQ5A 5P5CA 2WHHA 4Y38A 4ZPEA 1EPME 1QBTA 1ZSRA 5P4FA 3OOTA 5P2VA 4B00A 5P3FA 2CEMA 2HM1A 5IVSA 5OZUA 5P15A 3UF3A 5F01A 5P4AA 2ER6E 3OQFA 2ZDZA 5P60A 4CPTA 3TLHA 3VYEA 5P1GA 3LPIA 3QRSA 4PPHA 5P2XA 4APRE 3VEUA 3NR6A 5P4GA 5P1FA 4TVHA 4B70A 2AQUA 5P0UA 2G1YA 5P17A 5P5JA 3EM6A 3O9IA 2VJ7A 4HA5A 4RVXA 2RSPA 2ZHVA 5P7OA 2J9JA 2OHTA 2IGXA 1QDMA 3S85A 2NXMA 1YM2A 1SDVA 2ANLA 2G26A 4YOAA 5P4JA 3G70A 3OHHA 4EP3A 3Q5HA 5P8TA 2Q15A 5P8RA 5P65A 1IVPA 3FNTA 4LBTA 5KAOA 3CKPA 2QI5A 2J9KA 1YTJA 4Y3TA 4YD5A 4L7GA 3VFBA 3BUFA 4LXAA 4QJ8A 4OBFA 1HPVA 3Q6YA 5P43A 2V00A 3NU6A 1DW6C 3GGUA 4RYGA 5COPA 1XL5A 3QVCA 5OZWA 4J5JA 3BUGA 4LXKA 2H6SA 4ZSQA 4EJDA 5AHBA 2PH6A 1HVJA 1MT7A 3OUAA 3VSWA 4NJUA 4GJCA 4Y44A 3O9AA 4D8CA 1MEUA 5OZXA 5P5BA 5P2AA 3KMYA 5P2YA 3SA6A 1MSNA 3KN0A 3WSJA 4K8SA 5P62A 5P3EA 3O9GA 5SZ9A 5P6UA 1ZJ7A 3KFNA 4Y4GA 3CIBA 3UQUA 1ENTE 1EC3A 4YCTA 1G35A 2V16C 1MUIA 3N4LA 5DR3A 1EPOE 3UDJA 1EPPE 1EPQE 1FQ4A 4QJ2A 5P3XA 3DCKA 3SACA 4BELA 5E5KA 4PHVA 2XFKA 4H3FA 5P3ZA 5P2JA 4ZPFA 5P6BA 5P8GA 4YD6A 2WJOA 5P86A 3OAGB 5P2EA 2BQVA 3KYRA 3RTNA 1RV7A 5P6KA 5P2HA 2ZYEA 4Y53A 1GVWA 5P6MA 1AAQA 2WL0A 5OZGA 3KT2A 1T7IA 5P0KA 5P8PA 4Y54A 1LZQA 5P3GA 2VKMA 3L59A 2O4LA 4I0HA 1LV1A 1APWE 5OYUA 5P5DA 5DR1A 3T6IA 1TW7A 1D4IA 3OXVA 5P40A 4RRSA 1A8KA 2QD6A 5P7HA 2H6TA 2PQZA 3R2FA 2R3WA 4JPEA 4U7VA 1HVKA 1A30A 5OZFA 2BPWA 4CPXA 5P2MA 4MC1A 4NPTA 2G1OA 4R92A 4K4RA 3Q4BA 5P3SA 1N49A 2FGUA 4S1GA 4YE3A 2HAHA 3B80A 3RU1A 5HE5A 2QMPA 1SMEA 2AOHA 1YM4A 2QI1A 2JJJA 4Y47A 4D85A 1NPAA 4Y6MA 5P3LA 5OZAA 5KQFA 1FF0C 4DVFA 3PMYA 3S53A 2G22A 2UXZA 4I1CA 5OZ1A 4Y3SA 4ACXA 2I4WA 1META 5ISJA 4FE6A 1BIMA 4ER4E 3S45A 5P6NA 1G2KA 2AVVA 2VNNA 2F3KA 4Y35A 5OZHA 5P6JA 1AVFA 4CP7A 4FRJA 3KA2A 4I0DA 4X2LA 4HVPA 4DFGA 2O4SA 3K4VC 4Y56A 3VV7A 2R43A 1B6LA 4XX3A 3DUYA 5P3DA 1VIJA 5P8EA 3NDXA 5P4IA 1MTRA 4DI2A 3BVAA 4JPCA 1OEWA 3O9EA 4HDPA 5P8NA 2BPXA 1GVTA 4HZTA 3UPJA 1TQFA 1APTE 2G94A 2EWYA 2P83A 5OZNA 3EL0A 5AH6A 5P3MA 6UPJA 5P58A 1DAZC 2FDPA 2NNKA 5P02A 5P6IA 5P0SA 3PGIA 2WEBA 3PCZA 3U71A 2QP8A 3S2OA 4A6CA 5P5AA 4GZFA 4OBDA 4L1AA 4RGHA 5P71A 4DPIA 5P2NA 3EBZA 3MXEA 1EPRE 3NU5A 4GJBA 1F7AA 3KDBA 4XKXA 3K5GA 4Q1NA 3SA3A 5KR1A 2P4JA 2RKFA 3GGXA 3EKXA 5P0HA 1UH7A 5OZOA 2FXDA 4B1EA 1FB7A 3PRSA 2PK5A 4B05A 5P1TA 2BKSA 4DJVA 5IE1A 4YCKA 2P3BB 5KR8A 2QI6A 5OZ9A 2AODA 5P2OA 3PSGA 1TCXA 4FIVA 1TSUA 5P8VA 5P56A 1FQXA 2PWRA 2PSUA 1K6CA 4ZPGA 1HSGA 4D88A 3EM4A 5P1WA 5P8IA 5P3YA 3D3TA 1BBSA 4AMTA 5P0GA 3VV6A 5ENMA 3QI1A 3SPKA 5P69A 3NUJA 1EBKC 3O99A 5P0EA 5OZYA 1B6KA 5FIVA 4YD4A 3UDKA 2G27A 5P2WA 1BXQA 1PPLE 4I0GA 4OC6B 1HEGE 2FNTA 5P50A 2VA7A 3TH9A 4EXHA 4FL8A 1BDLA 5JG1A 4Y4WA 1SIVA 5P7QA 3TOFA 5OYTA 1PROA 3CMSA 5F00A 3EL4A 4UPJA 1BDQA 1WBMA 3M9FA 3CKRA 3OXCA 5CONA 5P11A 4ER2E 5P7IA 5OZ0A 4FSEA 2WF3A 2PYMA 3LZSA 5I3VA 1HVRA 4NJTA 3PM4A 4FAFA 1ODYA 2XFIA 3H5BA 3I7EA 4DJYA 5AHCA 4FCOA 2R8NA 1FQ7A 1UH8A 2WECA 1VIKA 3INHA 3EKYA 1T3RA 3OQDA 5P1PA 4DJWA 4ZEAA 5P85A 1CMSA 5P1QA 3SQFA 4LP9A 1J71A 1HVLA 5P80A 5P2TA 4HDFA 3LZVA 5P64A 1A8GA 4DQCA 2OHRA 3PB5A 4Y3ZA 2JYSA 5P0FA 5UPJA 1KJHA 2OF0A 4GB2A 1MIQA 2I4UA 3NU3A 5P46A 3O9LA 3KT5A 1M43A 2I0DA 5P7ZA 3D1XA 1T7JA 1MT9A 3QS1A 2O4KA 3SFCA 3INDA 4DJRA 4I0ZA 1PFZA 5P8LA 5P2UA 1SIPA 1BXOA 3ZOVA 5P3CA 5P55A 4OD9B 5IVQA 4DUSA 5P7RA 3UQRA 2ZE1A 2OHLA 5P7VA 3S43A 4MC6A 2B7ZA 5P45A 1AM5A 3VFAA 3VF7A 2J9JB 2MIPA 3NXEA 4CPUA 4LAPA 3URLA 3EKPA 4Y3AA 3ZKNA 4HDBA 5I3WA 2AVQA 3FNSA 4IVSA 4YBFA 2O4PA 4Y41A 5DQ1A 5P5HA 4MC2A 3MSKA 1ZAPA 5DPZA 4EYRA 4YHQA 5P4KA 2WEAA 1DMPA 5P19A 2QNPA 1B6MA 4KE0A 2G21A 2AOFA 2Z4OA 4Q5MA 3ECGA 5OZJA 3SM1A 5KQXA 3IXKA 4AZYA 3QRMA 2SAMA 1MPPA 1ER8E 5P0AA 3LIXA 4Y39A 5P5UA 4LXMA 4ZLSA 2B8LA 3EL9A 4Y3EA 4Z2ZA 3IN3A 3QP0A 2QNNA 2P3DA 3QRVA 5P0QA 3K5CA 3LITA 5OYYA 2NR6A 3UTLA 4YOBA 3WZ8A 3UDMA 4JP9A 3VUCA 3QAAA 1HIIA 3UDHA 1PSAA 4Y4ZA 1K1UA 3NXNA 4Y5BA 4GJDA 1G6LA 3O9HA 3SM2A 1XL2A 5P3AA 1HBVA 1MESA 2OAHA 2HB2A 5P20A 5P82A 2V10C 5JFUA 3ZKXA 3O9BA 2F81A 5P13A 5P1AA 3ZKSA 5HDZA 1YTGA 3I25A 3IVIA 5P3BA 1W6HA 1HEFE 5OZ2A 2HB3A 2RMPA 5JODA 5P63A 3UDNA 2PMAA 2QCIA 1AJVA 4ZSPA 1HSHA 2QI0A 4Y45A 4FRIA 5P7EA 4CMSA 2WKZA 1HHPA 4H1EA 7UPJA 2WF2A 4R95A 5P2CA 3VYFA 1D4SA 1Q9PA 5DQ2A 4U8WA 2ZJNA 3TPLA 5P87A 5P2BA 8HVPA 5P30A 5P5FA 3VLBA 3GI6A 5OZIA 5PEPA 1TZSA 2ER9E 4FGXA 4OBGA 4HE9A 5P01A 5P6HA 4Y4AA 2A1EA 5EZZA 3APRE 5P27A 5P34A 3QBFA 3U7SA 1W51A 1BVGA 2VIJA 3BGBA 5HVPA 1QBSA 4TVGA 4GJ9A 4CPRA 3CIDA 3QIHA 2R5QA 1MT8A 5JFPA 5HU1A 5P5OA 3T7XA 3I6OA 4PZWA 5P0IA 3UFLA 4DJOA 1ZSFA 5P0NA 5P8MA 3UFNA 2G69A 5P0TA 3EXOA 5P47A 5P4TA 1GKTA 2I1AA 2ZJIA 3LHGA 5P83A 5P03A 3VSXA 4GJ8A 3RTHA 4DJXA 5P7FA 1IDAA 1HTRB 2FXEA 3OQ7A 5HCOA 5P6CA 5AH9A 1E5OE 2ZHSA 3ER3E 1K6TA 4OBJA 5P0OA 2PWCA 3T3CA 4WTUA 3URIA 4EQJA 1GVVA 2XYEA 5P0DA 3KMXA 3S7LA 4RROA 4Y37A 1G0VA 4F76A 4F75A 1NPWA 5P7KA 5P2LA 3OU4A 1QRPE 3L5EA 5COOA 5P6VA 5P6ZA 1EEDP 1XS7D 2AZBA 3F9QA 5P10A 2I0AA 5P4OA 3RTMA 3IXJA 5C9FA 3NDWA 3AIDA 2FDEA 5P41A 3IXOA 3UDPA 1BDRA 1GVXA 1XE6A 4I0FA 2Z54A 1BWBA 4L1AB 4WY1A 5P89A 5P81A 3S56A 3IN4A 2QHCA 5CLMA 5P4UA 5P6LA 5P53A 2VIZA 3PI0A 3DM6A 4Y5GA 3OXWA 3H0BA 1HIVA 1B5FA 5P4WA 5OZCA 5P8BA 5COKA 1QS8A 2AZ9A 4DJUA 5OZ6A 2HS1A 3PSYA 3RVIA 5KOSA 1QBUA 4R8YA 2OHNA 4B1DA 2VJ6A 5P26A 5P1SA 5OZPA 1FG6C 2QMFA 2CEJA 3LZUA 2AOGA 4Z50A 2AVSA 5P3VA 1C6ZA 5P04A 4EJLA 3QBHA 5P68A 5BWYA 1BWAA 1IZDA 1KJGA 1W5WA 2I4QA 3HBOA 2RENA 4H3IA 4YDFA 5P7UA 2FMBA 2HIZA 3CICA 5P73A 4QLHA 1W5XA 3OGPA 3S7MA 1T6GA 5P7PA 4A4QA 4RYCA 3G72A 3UQWA 3VF5A 1SH9A 1HVHA 2UY0A 1GNMA 4PEPA 2OHMA 4Y4BA 5P6OA 5P66A 4X7IA 4J0TA 2VJ9A 2QI7A 1FEJC 1EC0A 5OZLA 1AIDA 5P3PA 1YTHA 5OYZA 1QBRA 5P70A 2WF0A 4QJAA 1ZLFA 5P67A 4L7JA 5P6GA 4Y58A 4I10A 3DJKA 2PC0A 3IGBA 5P4EA 4J1IA 4BFBA 5IVRA 3L58A 1E82E 5DQ5A 5KR0A 5P74A 2QI3A 3BVBA 3DK1A 3FIVA 4CPQA 5P07A 3TPJA 4B77A 5P6FA 4DJPA 3FV3A 4FRKA 5OZMA 4J0YA 3VF3A 3GGAA 1ZBGA 1LYWB 4EP2A 3PWWA 1APUE 4RCFA 4Y3QA 1Z1RA 3TPRA 5P8JA 3I8WA 4H3GA 4DPFA 4OBZA 5SY2A 5P1LA 1RQ9A 3OU1A 3FKTA 1YT9A 2OHPA 3T11A 3OTYA 4Y4UA 4J0PA 1KJ7A 2VS2A 4I0JA 4PYVA 4J1CA 3SKGA 1HPOA 5KR2A 1C6YA 4Y3NA 1FLHA 3K1WA 3LIQA 3O9LB 5HCTA 1EBZA 1NH0A 1W5VA 1K6PA 3UHLA 1HTFA 3OTSA 5TOLA 3NLSA 3OHFA 1XN3A 3BRAA 2R38A 4B0QA 2AZCA 1CZIE 5P4LA 1KZKA 3O9CA 3QN8A 1DP5A 3ZL7A 3CYWA 1EC1A 3LINA 4Z22A 3S43B 4COEA 5P4MA 5P1XA 5P12A 5P0YA 4NJSA 3SABA 4J17A 5OZ8A 5P2FA 1TCWA 1PSNA 2VNMA 4BEKA 3HZCA 1SDUA 4D89A 3IAWA 5P3NA 4RLDA 4DH6A 4Y50A 1IDBA 5P5RA 5ER1E 5P4NA 4YBIA 1B6JA 4APEA 5OYRA 3NUOA 4J1KA 3ZKQA 5OYWA 2B7FA 4TRYA 1OHRA 2ASIA 2IKUA 2WF1A 3QPJA 4R5NA 4QJ6A 1ODWA 5P35A 3DV1A 4Y9WA 4EJ8A 2G24A 1UH9A 3NU4A 3R4BA 5P72A 1CPIA 2FIVA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3KF0 A;  2P3B A;  5P6Q A;  1RL8 A;  3PMU A;  3TNE A;  3OU3 A;  4U7Q A;  4N00 A;  5P0X A;  4FRS A;  3PVK A;  5P2S A;  2OHQ A;  1HOS A;  5P6S A;  3K5D A;  2AVO A;  3KM4 A;  1FGC C;  3NSH A;  5P1B A;  6APR E;  4I8Z A;  5IVT A;  5P0J A;  2QZX A;  2APR A;  5OZ7 A;  3AUP A;  4NJV A;  3S8I A;  9HVP A;  3NU9 A;  4FM6 A;  1K1T A;  1A9M A;  3K4V A;  4OC6 A;  4ZE6 A;  3SO9 A;  5P5N A;  4K4Q A;  1E81 E;  1F34 A;  2QU2 A;  3EKQ A;  4Q1W A;  5P23 A;  1HXB A;  5OZ3 A;  4J1F A;  1LYB B;  3SA9 A;  5P2K A;  2IGY A;  4Y3P A;  5BRY A;  3LZY A;  1DIF A;  3LPK A;  4F73 A;  5OZR A;  3OK9 A;  5P1H A;  4NKK A;  3PCW A;  5P0R A;  1FG8 C;  5P08 A;  1D4H A;  1NPV A;  5P5S A;  4Y4X A;  1C6X A;  4HEG A;  5P38 A;  5P52 A;  4Y57 A;  5P1M A;  5P09 A;  4I0E A;  3G6Z A;  3EL5 A;  5P1N A;  5P2Q A;  1LS5 A;  5P8A A;  3OOZ A;  3SKF A;  2AID A;  3VG1 A;  1FQ8 A;  3BHE A;  1FMX A;  4MC9 A;  5P0L A;  5P33 A;  5P39 A;  3DV5 A;  4JOO A;  5P3O A;  2P3C A;  2OHS A;  4Y51 A;  1FQ5 A;  5P5C A;  2WHH A;  4Y38 A;  4ZPE A;  1EPM E;  1QBT A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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