3VFAA

Crystal structure of hiv-1 protease mutant v82a with novel p1'-ligands grl-02031
Total Genus 18
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
18
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWKRPLVTIKIGGQLKEALLDTGADDTVIEEMSLPGRWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQIIIEIAGHKAIGTVLVGPTPANIIGRNLLTQIGATLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Potent antiviral HIV-1 protease inhibitor GRL-02031 adapts to the structures of drug resistant mutants with its P1'-pyrrolidinone ring.
pubmed doi rcsb
molecule keywords protease
molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
source organism Human immunodeficiency virus type 1 lw12.3 isolate
total genus 18
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2012-01-09

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 3vfaA00
4I12A 5P68A 3UDQA 5P1RA 5P6MA 2UY0A 3LINA 3G72A 5P87A 5P2GA 5OZ5A 5P0LA 2PC0A 3K5CA 5P7HA 4TRZA 4RRNA 1HPVA 2HPEA 2I4QA 2FS4A 5T4SA 3OOZA 3S7LA 3FKTA 2EWYA 5KQYA 5P6FA 5P8SA 5P7TA 4OBHA 5P6GA 5C9FA 5HU0A 1NSOA 5P7EA 5ENMA 4DQEA 1F7AA 1EPNE 3SA8A 2ER0E 2PQZA 1EBZA 5P3AA 4Y3EA 3G70A 3MSJA 4YOBA 2FNTA 3VSXA 2HIZA 1BIMA 5OZYA 2FXDA 5P1OA 1TCWA 4F74A 4CPXA 1RPIA 5P53A 3A2OA 5KOSA 5P3UA 3LHGA 2R5PA 4XXSA 3CIDA 3RSXA 1LF3A 3UTLA 3QBHA 2R5QA 3SKFA 1EC0A 4Y3JA 1ENTE 5P6KA 5I3XA 3QN8A 5B18A 3K5FA 1LS5A 4DJUA 5OZ9A 4LAPA 3VYDA 5P29A 4FLGA 3VCMA 3UDKA 3BUFA 5SXNA 5C9DA 2ZE1A 4B77A 4J0VA 2NNKA 1LEEA 4JPCA 4Y3SA 5P3IA 2V00A 4Y5BA 1PPME 3O9LA 3Q3TA 5P6AA 2BPXA 5P8AA 4J1IA 5P0QA 5P8MA 1OEXA 3WZ7A 1SDTA 4Y4GA 5P7OA 1GNOA 4YCYA 3VFAA 3VUCA 5P64A 5P2HA 3ZKMA 5I3VA 5F00A 2BKSA 4B1CA 5APRE 5P5DA 1D4JA 2WF1A 5P31A 3KF0A 1ZSFA 4K9HA 3OWNA 1M0BA 4I8WA 5P3DA 3OU4A 3PRSA 4FAFA 2AIDA 5I3YA 5P4XA 3TOGA 5P3JA 4MC9A 5P4NA 3ZKSA 2PSUA 5P3EA 3UDHA 4H3FA 4TRWA 5P3YA 1HTFA 1K1UA 5P25A 3ER5E 5P0SA 4Y5PA 4CKUA 3WB5A 4Y3YA 5SY2A 5HCTA 5P6NA 1M43A 4L6BA 5OYUA 5OZMA 3LZVA 2ZHVA 3L5DA 3O9DA 2Q3KA 3OUCA 5OZIA 4Y4AA 4PZXA 2RKGA 3QIHA 5P8RA 4PEPA 2ZHUA 5P7ZA 5C9BA 2I4WA 3GI5A 5COPA 3GI6A 1E81E 3OU3A 9HVPA 5PEPA 5P24A 3DCKA 3BVAA 3EM6A 2FIVA 3D1ZA 3ZPUA 4H3GA 4TVGA 5P5IA 4R93A 1ODYA 4OBJA 4ZSRA 1BWBA 3BXSA 2F3KA 3SLZA 4QJ9A 1KJFA 1UH9A 5P7MA 5P0AA 1MRWA 2QD8A 5P89A 5P5UA 2PH8A 2B8VA 4Y3DA 5P4KA 3HDKA 3PLLA 3EKWA 4FS4A 1HBVA 3SA4A 1EC2A 1MT8A 5P0ZA 4Y38A 3U7SA 2B8LA 5P4YA 3L59A 4JECA 1IZIA 3OXWA 3KA2A 5P1EA 5P4UA 5OZJA 2ZYEA 3QI1A 3FV3A 4Y41A 5P1NA 5P4GA 2BPWA 1KZKA 4Y47A 5P5HA 4YD6A 1B6JA 2B60A 3LZYA 3FNTA 5P3FA 5P1FA 2Z4OA 3IN4A 3OQAA 4FRKA 5P46A 3QRSA 4L7HA 2XFIA 1FMBA 1ODWA 2IDWA 5P0GA 3UDRA 2P3BA 3LPKA 1NH0A 5P7IA 4S1GA 4YDFA 2QI6A 1MTRA 1OD1A 5P6PA 4GJCA 2QCIA 2AZ8A 2JJJA 5P8CA 5P23A 4B05A 5P2IA 3IVIA 1GKTA 5P7QA 3UQPA 1APTE 5KR8A 6UPJA 4Y4BA 2AOJA 2RMPA 4DI2A 1QRPE 4J54A 4Z50A 4J1CA 3F9QA 1FQ8A 3INEA 3NU6A 4Y5LA 5ENKA 3ZLQA 5P8TA 3OOTA 5P34A 3I6OA 3NUOA 4Y3GA 1QDMA 5P50A 4I0GA 2Q11A 2WECA 3O9LB 4RVXA 4Y48A 3NU5A 3UF3A 4DQCA 5AHAA 4RVIA 2UPJA 5P6SA 2P3AA 5P4FA 4KE1A 4Y4EA 1A8GA 5DQ1A 1XS7D 4NPUA 1HXBA 3LIZA 5P41A 1IDBA 5P0FA 4ZE6A 1FFIC 5KAOA 3VF7A 1C6XA 3IVHA 5P0JA 3D1XA 1AM5A 1BWAA 5P7PA 4ZEAA 5P80A 4B0QA 2QI7A 4Y4JA 5P03A 4UPJA 3IAWA 3OQFA 2V13A 1T6EX 1OEWA 3BGCA 5OZDA 1HTRB 3GI0A 1ZBGA 1CPIA 5P8LA 3GGVA 4NJVA 5DGUA 3OQ7A 5P1XA 2QI5A 4CPRA 1IZHA 5DR8A 1G6LA 1MRXA 2VA6A 3OY4A 3FIVA 3RU1A 3INFA 2AOHA 1KJ4A 2O4PA 2PMAA 1BAIA 4D83A 3DV5A 3OADA 4OBKA 2Q5KA 4U7VA 2A4FA 1W5VA 3KDBA 5HCOA 3T7XA 2G1NA 4QLHA 4QJ2A 4X2LA 5P14A 5P4CA 4F76A 3DM6A 5KQXA 4Y51A 3NSHA 5P0XA 4HZTA 5P40A 6APRE 5P3ZA 5P4JA 4ZPGA 3DCRA 3KT2A 2QHCA 1XE6A 5OZGA 2QZXA 4J0TA 3QP0A 5P3HA 3OU1A 1FG8C 5P0NA 1ZJ7A 5P6TA 4ER1E 1HRNA 3HAWA 4FE6A 2OHNA 4Y3MA 3JVYA 3S54A 4F75A 5P7JA 1MT7A 5P8OA 1LYAA 3SFCA 5P77A 2ZGAA 5P6WA 4Y43A 1SMEA 2G26A 5P5KA 4U8WA 3ZKGA 4FRSA 5P43A 4D88A 4LP9A 4HE9A 3OTSA 5P1CA 5P5WA 2QU2A 3VFBA 1B11A 3WB4A 3PHVA 3CKRA 1K1TA 4Y39A 1IDAA 2QMFA 1QS8A 5P35A 1IVPA 3OXCA 3IN3A 5HDXA 1QBSA 1K2CA 1Q9PA 2F3FA 5DQ4A 5HDZA 2P3BB 5P7WA 4ZSPA 2WEBA 3L5FA 2IKOA 5P1JA 2ZJJA 2AOEA 5KR2A 5P65A 4EHCA 3RTNA 1PPLE 3FSMA 3EKPA 5P52A 5P10A 3T11A 4GJ7A 5P8BA 1CMSA 5AH7A 4LBTA 5P59A 2I4VA 5OZ2A 5P6LA 2QU3A 4BFBA 3K4VC 3QVIA 2BB9A 1PPKE 3OQKA 1PSNA 1SBGA 3SQFA 3OK9A 2P3CA 1W5WA 3O9BA 1MPPA 5P2WA 5KR1A 2OHLA 1WBKA 1YM2A 4DJWA 4Y4UA 3NR6A 5P3GA 5P8DA 4B78A 4Y53A 3QROA 4Y50A 3KFNA 5P0BA 1SIVA 7HVPA 3AUPA 4RYGA 1M4HA 1EBYA 3I8WA 3URIA 4Y3WA 2WHHA 1FGCC 1FQ6A 5P8NA 3PWRA 3DJKA 4LL3A 4DQBA 2HAHA 1LF2A 3OGQA 2VA7A 4ER2E 3S7MA 1NPWA 4RRSA 3MWSA 4BFDA 5P6QA 1EPLE 3GGUA 3PCZA 5HE7A 2P83A 4YCTA 1LYWA 2AZCA 3OQDA 3JVWA 3SAAA 1IBQA 4Y37A 4Y56A 5P2XA 1B6MA 5OZNA 4DUSA 1SMRA 2QD6A 5P1AA 5P2CA 2WJOA 1W50A 5ISKA 2FDDA 2IGXA 5E5JA 4FRJA 1ME6A 5OZAA 4OBDA 2Z54A 3OADB 5P6EA 5P17A 5P56A 5P1IA 4R5NA 3TPLA 4KE0A 1HIIA 5OZXA 3LNKA 4OD9A 4I1CA 4OC6A 3O9FA 2PK6A 3FX5A 5P6OA 1BDLA 2H6SA 4U7QA 5P8PA 5COKA 3IXJA 4Y5GA 1B6PA 3NLSA 4FM6A 3OU1B 4DPFA 1D4SA 1JLDA 2IRZA 2NMYA 5OZFA 5P7VA 5P0WA 4I0ZA 3OHHA 5P8KA 3PSGA 5P6HA 1WBMA 5EZZA 5P3XA 5P1GA 5P4IA 4ZSMA 4Y5EA 5P0KA 2O4KA 1FF0C 4X7IA 1K2BA 5P12A 1Z1HA 2G20A 4L1AA 5P5XA 3SA5A 2VNNA 3ZOVA 2NXMA 1QBUA 5HD0A 4DQGA 1AAQA 2FMBA 5P00A 3UDPA 2PSVA 5P5OA 2BPYA 4QJAA 4YBFA 5OZBA 4PHVA 2MIPA 5P5JA 5P16A 2BKTA 1PROA 5P5YA 3I7EA 5P0RA 3UQWA 4J0PA 3EM4A 3IGBA 4D85A 2SAMA 1T7KA 3KFSA 3GI4A 3D91A 2IEOA 5P1BA 4AA8A 3BVBA 3O9IA 5HE4A 4H3IA 3NDWA 5P60A 5OZ1A 5P3OA 4K4QA 1AVFA 3TNEA 5OZVA 2QZKA 3ST5A 2OHQA 1F34A 1FQ7A 4Y58A 1E82E 4HDFA 2QNQA 1C6ZA 3QS1A 2F81A 1YX9A 1GVVA 2I0DA 1AZ5A 2VJ7A 4APRE 2PK5A 4EXHA 1K6CA 1YT9A 5KOQA 2NR6A 5P2YA 1DPJA 2OHUA 3EL0A 4FRIA 5HE5A 3K4VA 3WSJA 2VKMA 4JPEA 5P6BA 3BHEA 3EC0A 1MT9A 5P2ZA 1FLHA 5P2KA 2FDPA 5P5RA 3VF3A 5AH8A 3RTMA 4NKKA 3NWQA 4Y3PA 1D4IA 1T7JA 1W5YA 1GNMA 4J1EA 5P8VA 5BWYA 1XN2A 4I0DA 5AH9A 5KQFA 3EL5A 5P4OA 5P5VA 6FIVA 1EBKC 4KUPA 1EPPE 2VA5A 1DIFA 2FGUA 2HS2A 4MC2A 4NJTA 1MSMA 3RTHA 5OYVA 5P5FA 4D89A 5P3SA 1LYWB 5OYTA 3URJA 3O9GA 1E5OE 4H1EA 2ANLA 5IE1A 5P5ZA 5P3PA 3T3CA 5P4AA 4YBIA 4GJBA 1KJ7A 3PI5A 2O4NA 2P4JA 5P82A 5P6JA 3NDUA 2QNPA 1QBTA 1UPJA 3VF5A 4ZPFA 3OXVA 1AJVA 3BUHA 2QAKA 2VIEA 5P2MA 3CMSA 1DW6C 2PSGA 4R91A 2O40A 5AHBA 4OD9B 3VYFA 3OUDA 2WEDA 4OC6B 5JFUA 3DV1A 2O4SA 4XKXA 3G6ZA 1HXWA 5P1DA 4LC7A 3D3TA 7UPJA 4EJ8A 5P4BA 1XL5A 1IZEA 3L38A 5OYYA 1YTGA 5P69A 1ZAPA 5P48A 2ZJMA 4GYEA 2G24A 3PVKA 2ZJKA 3TL9A 3Q6YA 5P67A 1FIVA 5P70A 3R0WA 1META 4JP9A 5DQ2A 4Q1NA 3HVGA 2Q54A 5P0VA 2VJ6A 1RNEA 3R4BA 4Q1XA 1VIJA 5P8GA 5P5PA 3TLHA 5P2QA 1LV1A 4L1AB 1EPOE 1MVPA 2A1EA 4GJ6A 5DGWA 3LZSA 5DR7A 1QBRA 5OZQA 4FAEA 4HA5A 4WY1A 1HVJA 3DOXA 4QJ6A 1BV7A 5P2TA 3H0BA 5P3LA 3FNSA 1EAGA 5SZ9A 4J0YA 1HTGA 1EC1A 2AVVA 3CKTA 2FGVA 1YTJA 5P5NA 3ZKIA 1TZSA 5P4ZA 4Y45A 2QHZA 3QRMA 3R1GB 5P39A 1HTEA 1BV9A 4DVFA 1XL2A 5JG1A 5P01A 2JYSA 4HEGA 5P83A 2JXRA 3SO9A 3HD8A 3RSVA 5P32A 3BXRA 4J1FA 3UDJA 2OHPA 2AVMA 4BEKA 1DAZC 4Y4ZA 5P6ZA 4YD7A 3TPPA 2ZJNA 3KM4A 1ZLFA 3CYWA 1C70A 1SIPA 2IQGA 1J71A 3OU4B 3JW2A 1YTIA 4FM8A 3L58A 5P7AA 1HHPA 3IXOA 4RYCA 1APUE 3H5BA 4OBZA 5OZCA 2IKUA 5OYRA 4Z2ZA 5IVSA 5P1ZA 4GMIA 1FG6C 2NPHA 3OXXA 3SPKA 5P0TA 1HPXA 4OBGA 4Z22A 4COEA 4DPIA 3NXNA 5P0HA 2HM1A 5P3CA 4AA9A 1GVUA 5P4HA 4PYVA 2RENA 2JJIA 5OYZA 4DFGA 4R92A 2PWRA 5P2DA 1HPSA 4K4PA 5P0YA 5P0CA 3CYXA 4APEA 3ZKQA 3WZ8A 2F3EA 4RVJA 5P1TA 5P5TA 2V0ZC 1TQFA 5P84A 2BPZA 3SA7A 2CENA 4ZSQA 1UH7A 5P22A 4DJVA 5I3WA 3C9XA 3EM3A 3HLOA 4Y5MA 2QI3A 5P5BA 4DQHA 5DR3A 4GJ8A 2AOIA 1HEFE 2G21A 4YA8A 2R3WA 5P1VA 3SA3A 2OHKA 4Y5KA 1BVGA 3EXOA 3L3AA 2QZWA 5P6IA 3ZMGA 1FEJC 2QNNA 2NTRA 2Q15A 2QMGA 1B6LA 1XDHA 5OZPA 3PBDA 5SY3A 5P86A 2ASIA 4QJ8A 4Y54A 3MSKA 5P2UA 1WKRA 4Y3FA 1MEUA 3TOHA 4J1HA 3UHLA 3LIYA 1OHRA 1RL8A 2QP8A 5P76A 3GGAA 1CZIE 2WF0A 4GJ5A 5OYXA 3EKYA 4JOOA 5P5LA 4B1DA 3MSLA 3U6AA 4RROA 5ER2E 3OUDB 4RCEA 2WL0A 3EBZA 3LIVA 2F8GA 5P5CA 5P6XA 5JODA 2RKFA 3GGXA 4YHQA 4I0JA 1BXQA 2JE4A 3NU9A 4DH6A 5OZ4A 2WKZA 1W51A 2AOCA 2OAHA 1TSQA 4L7GA 2OF0A 5P0OA 4J0ZA 2HB4A 1GVWA 3BRAA 3LITA 4Y3NA 5P8QA 3BUGA 4CMSA 3NUJA 5P2AA 4GJAA 4ZIPA 5DQ5A 1HWRA 3PCWA 1EPRE 4QJ7A 5P1QA 2BJUA 5P7YA 5P7BA 5P5GA 3DK1A 1G2KA 4A6BA 3I25A 4CPQA 3VV7A 5J25A 5P1HA 5P7KA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 4I12 A;  5P68 A;  3UDQ A;  5P1R A;  5P6M A;  2UY0 A;  3LIN A;  3G72 A;  5P87 A;  5P2G A;  5OZ5 A;  5P0L A;  2PC0 A;  3K5C A;  5P7H A;  4TRZ A;  4RRN A;  1HPV A;  2HPE A;  2I4Q A;  2FS4 A;  5T4S A;  3OOZ A;  3S7L A;  3FKT A;  2EWY A;  5KQY A;  5P6F A;  5P8S A;  5P7T A;  4OBH A;  5P6G A;  5C9F A;  5HU0 A;  1NSO A;  5P7E A;  5ENM A;  4DQE A;  1F7A A;  1EPN E;  3SA8 A;  2ER0 E;  2PQZ A;  1EBZ A;  5P3A A;  4Y3E A;  3G70 A;  3MSJ A;  4YOB A;  2FNT A;  3VSX A;  2HIZ A;  1BIM A;  5OZY A;  2FXD A;  5P1O A;  1TCW A;  4F74 A;  4CPX A;  1RPI A;  5P53 A;  3A2O A;  5KOS A;  5P3U A;  3LHG A;  2R5P A;  4XXS A;  3CID A;  3RSX A;  1LF3 A;  3UTL A;  3QBH A;  2R5Q A;  3SKF A;  1EC0 A;  4Y3J A;  1ENT E;  5P6K A;  5I3X A;  3QN8 A;  5B18 A;  3K5F A;  1LS5 A;  4DJU A;  5OZ9 A;  4LAP A;  3VYD A;  5P29 A;  4FLG A;  3VCM A;  3UDK A;  3BUF A;  5SXN A;  5C9D A;  2ZE1 A;  4B77 A;  4J0V A;  2NNK A;  1LEE A;  4JPC A;  4Y3S A;  5P3I A;  2V00 A;  4Y5B A;  1PPM E;  3O9L A;  3Q3T A;  5P6A A;  2BPX A;  5P8A A;  4J1I A;  5P0Q A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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