3VFBA

Crystal structure of hiv-1 protease mutant n88d with novel p1'-ligands grl-02031
Total Genus 17
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
17
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWKRPLVTIKIGGQLKEALLDTGADDTVIEEMSLPGRWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQIIIEIAGHKAIGTVLVGPTPVNIIGRDLLTQIGATLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Potent antiviral HIV-1 protease inhibitor GRL-02031 adapts to the structures of drug resistant mutants with its P1'-pyrrolidinone ring.
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
source organism Human immunodeficiency virus type 1 (bru isolate)
molecule keywords protease
total genus 17
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2012-01-09

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 3vfbA00
4H3GA 5T4SA 3INDA 3LIYA 4MC1A 3OUCA 2AOFA 3IA9A 1DIFA 3KFSA 3S8IA 5P4OA 3MSLA 3NWXA 3TOGA 1B6MA 2AODA 3O9EA 4Y6MA 5I3XA 2QI3A 1FQXA 4Y54A 5P2JA 1AIDA 2BJUA 2Z4OA 3PRSA 5P6NA 1E81E 3KYRA 3IAWA 6FIVA 4FAFA 1D4LA 5P5WA 5P81A 5P4EA 2IEOA 3SA8A 1FGCC 2WL0A 1YX9A 2V16C 3SLZA 4TVHA 1MERA 3RTNA 5P0HA 2O4LA 2I4VA 5P5GA 5DQCA 1AVFA 3WB4A 3U7SA 3AUPA 5P4QA 3EL4A 4GJAA 5P05A 3SA5A 4FL8A 5P5UA 1FQ8A 4DQEA 3K5CA 3RU1A 2APRA 5ENKA 5P1RA 5P7DA 4Y3DA 5OYSA 4Z22A 1KJHA 4LXKA 3RSXA 2FMBA 4Y37A 1EBYA 4HDBA 4COEA 3LIXA 2AVMA 3ZKQA 4APRE 3EKXA 3ZKNA 1ODYA 1FQ6A 4B78A 5HDXA 5P3WA 4EWOA 2MIPA 1IZHA 3GI4A 3PWWA 2BPZA 2HM1A 3OADB 1UH7A 4ACXA 5OZ9A 5OZHA 3BGBA 3OUBA 7HVPA 5DGWA 3UPJA 1NSOA 5J25A 1HBVA 1MRXA 5P3AA 3H5BA 4J0TA 5P5EA 5P3FA 5P57A 5P2CA 5P3YA 4RROA 3WZ8A 3SA4A 4Y36A 5P1QA 5AH7A 3M9FA 4Y45A 1SIVA 5P44A 4ZPGA 4CMSA 2WF1A 5P4AA 2AOIA 4Y4GA 3DOXA 5HTZA 2J9KA 2G1YA 5AH9A 2G26A 2P8HA 3R4BA 3FSMA 5P03A 5KR0A 3PEPA 2WF4A 2Z54A 2RMPA 4X7IA 3VG1A 3IVHA 5KR2A 4FAEA 2G20A 1HPSA 1YM2A 5P7AA 4OBJA 1K6CA 3SABA 1FKNA 4NPTA 2J9JA 4Z50A 2PYMA 5P5QA 3R1GB 2OHTA 4NJVA 3EKVA 1HSHA 5KR8A 4Z2ZA 5P6VA 5OZIA 3HVGA 5IVQA 5P5JA 1AJXA 4AA9A 2O4NA 3I2LA 4FM8A 2B7FA 2I1AA 1J71A 1MT9A 2ZHRA 3IXOA 3L38A 5UPJA 3EKYA 1EC0A 4OD9B 4RGHA 4A6BA 5P85A 5P4HA 1IBQA 3OU4B 1AAQA 5P0MA 5P87A 4Y3EA 2VKMA 5P3DA 1HVLA 2WKZA 3CMSA 4Y3ZA 3IN3A 1DW6C 4YD7A 4U7VA 1FFFC 5OZNA 5PEPA 3OHFA 3KA2A 2ZJIA 5P39A 2QI1A 5P75A 5P1ZA 4M8XA 5P50A 5APRE 5P66A 3D3TA 2VA6A 2AVVA 4YOBA 3UDPA 4FGXA 5P0SA 3KDBA 4J1HA 3ST5A 2WF3A 2Q5KA 3OOTA 5SXNA 4CP7A 1BAIA 4I8WA 3VV7A 5P64A 3OAGB 4Y51A 1HVCA 2QI7A 2VJ9A 3NXNA 5P61A 5P01A 1HRNA 3BUGA 1MPPA 1UH8A 3NDXA 1WBMA 3NYGA 5OZ4A 1EPPE 2Q63A 2QAKA 3T7QA 3UDRA 3CIDA 2FGVA 5P3RA 2I0DA 1SBGA 3ZKSA 4DQFA 5B18A 3NUOA 3CICA 1IZIA 5P67A 5P6KA 1BXOA 4U8WA 2Q11A 2HS1A 2O4PA 5IE1A 4FSLA 5P0LA 5P73A 1B11A 4J1CA 4D8CA 4Y57A 1FF0C 2EWYA 4Y5GA 4N00A 3LPIA 3LZSA 5OZEA 4LAPA 4RVIA 2I4UA 1JLDA 4IVTA 5P10A 1ZBGA 3K4VC 1BILA 2QCIA 3SPKA 3O9HA 4CPWA 5P7IA 5KR1A 3QVIA 1A8KA 2NMYA 5P6YA 2ER9E 3S53A 2QMPA 2QHCA 4MC9A 2ZJKA 4CPRA 5P2BA 3S7MA 2PK6A 1A8GA 5P3JA 2AOJA 4GJ8A 3SO9A 4RVJA 4OBZA 2OHLA 3UF3A 2I4QA 1SGUA 5ENMA 2R3TA 5P6BA 4I0EA 5P8AA 5P5LA 5P2AA 1PSNA 2HS2A 1W6IA 4J54A 5EZXA 1FFIC 5P2TA 2PSGA 2WEDA 4I8ZA 1EPOE 1K6PA 5P4ZA 2NPHA 1T6EX 4EXGA 1RL8A 3SM1A 3EM6A 4DQCA 4Y5MA 3NU9A 5P5KA 5JFPA 3PWMA 5P60A 1OEXA 4CPUA 4Y43A 5P3GA 1APUE 2ZJMA 3PI5A 4RCDA 1A30A 2QU2A 4J1KA 1W5XA 3LITA 5P2QA 4DFGA 5P1GA 3INHA 2QK5A 3HZCA 2Q64A 4Y3AA 5P8CA 2BKTA 4R92A 2OAHA 3SA3A 5HE7A 5P4IA 2AQUA 5AHBA 5P7TA 4AMTA 4XKXA 3OWNA 5P4JA 3BRAA 1FMUA 5P1FA 4Y3HA 5OZ3A 4TRZA 1B6LA 3HBOA 4FM7A 2FDDA 3UQRA 2ZYEA 5P4VA 3UDYA 1TW7A 3DK1A 4GJ7A 5P71A 1NPVA 4LC7A 2H6SA 3GGVA 1VIJA 4H1EA 5P4UA 2XYFA 3A2OA 5P3OA 2HC0A 5P6UA 3HAWA 4R8YA 4RYGA 2PH8A 5P3NA 1Z8CA 2NXMA 5TOLA 2I0AA 1MTBA 5P1MA 4I1CA 1DP5A 5P7OA 5P78A 1B6PA 2QI5A 3IXJA 1BXQA 3NDUA 4JP9A 1FG8C 3GI5A 4HE9A 2HB3A 3MXDA 3KN0A 3UFLA 4OBFA 1LYBB 1QBSA 5P7ZA 3ZLQA 1ZPKA 3U71A 3PM4A 2AOHA 4OBDA 5OYRA 3NU4A 4ZE6A 4F73A 4HLAA 4GYEA 5P8LA 2ZGAA 4K8SA 2V0ZC 3NU5A 3EM3A 3FKTA 5HCOA 4JPCA 4D85A 5OZ2A 1PSAA 4Y5AA 3OGPA 3OTYA 1KJFA 2G94A 5OZ6A 5AHAA 1APVE 1A94A 3OADA 4EJKA 3HD8A 3DUYA 3S56A 4DJWA 1LZQA 4Y5KA 2OHMA 2AOGA 4WTUA 1BDLA 1OEWA 3IXKA 2FXEA 3OQAA 4B1CA 5DR0A 3URIA 3VYFA 4DJVA 3QRVA 5P0IA 5OZSA 5P5PA 4I0IA 4DQGA 1F7AA 4U7QA 1EPME 2JJJA 5P7JA 3UDMA 5P5YA 3S54A 1D4SA 3DCRA 3PCZA 1T7KA 5COOA 5P7YA 2ZJJA 2BPYA 3CYWA 1CZIE 1TCWA 5OZXA 1MSMA 3R0YA 1TCXA 5C9BA 3HDKA 4FIVA 3UTLA 5P79A 3L58A 4K4PA 3UFNA 4FRSA 5P14A 1IDAA 3OXWA 3OUDA 5P7GA 2F8GA 4OC6B 5P3VA 2IDWA 1APTE 3FNTA 5P0AA 5OZVA 3RTMA 4LXAA 3HAUA 1YT9A 3TNEA 1EPRE 3KFPA 5P40A 3PMUA 1C70A 5OYZA 5DR4A 3NU3A 1SDTA 1FMXA 2I4XA 5P72A 1FQ7A 3NSHA 4HA5A 3KFNA 1BBSA 5P5TA 5P5BA 5BRYA 1NPWA 4OD9A 2B8VA 4FRKA 5P0YA 4J0YA 3SACA 4KB9A 3OU4A 5P8VA 3VFAA 5P5HA 3D20A 3LPKA 6UPJA 3BUFA 3SKFA 2P83A 3NXEA 3INEA 4GMIA 5ISJA 5P88A 5P76A 1HVRA 3FIVA 1C6YA 1N49A 4AZYA 2QD8A 5HD0A 5P1VA 3F9QA 4Y4UA 2VNNA 1W5YA 2NNKA 1TSQA 5P0NA 4H3FA 3LIVA 5P0XA 1RNEA 5P0DA 3TOFA 4RVXA 3TPRA 4AUCA 1YTGA 3JW2A 5P30A 1RQ9A 2NNPA 3UQXA 2AVQA 3EL0A 5P2XA 5P0VA 1HTGA 3ZPTA 3TL9A 3SA6A 3EKQA 3PCWA 2QZLA 3KFRA 4RRSA 5ER2E 4EP2A 4GJDA 1GKTA 1T6GA 1A9MA 5P2DA 4RYCA 2ASIA 5P1IA 5IVRA 5SY2A 4K9HA 3KMXA 5P0UA 4Y4AA 4ER4E 4Y3MA 5P80A 5KQFA 5P34A 4Z4XA 2ZHUA 3TOHA 2Q55A 3VV6A 5P45A 5CLMA 3AIDA 4B0QA 3G6ZA 5P3SA 5P8UA 3FNUA 3OQDA 5P8JA 3ZKGA 2ZDZA 3K5DA 5P4TA 4Y3FA 1EC3A 5P33A 5HDUA 2QD7A 3QRMA 5P4GA 5P2HA 5P0GA 5P53A 5OZ7A 5P5XA 5P63A 5I3VA 4FRJA 5P5SA 1EBKC 2G1RA 4L6BA 1EEDP 2QI4A 2PK5A 4ER1E 5P2GA 3G72A 2OHKA 1BDRA 2O40A 1E80E 4GJCA 5P19A 4JECA 3UCBA 4KUPA 1SDUA 3TKGA 1NPAA 3GGAA 1T7IA 3LPJA 5P0RA 4ACUA 5KQXA 3BVAA 4YD6A 5P69A 3O9GA 5P4KA 5P2UA 4R5NA 2OHPA 4Y5EA 2P3AA 1K6TA 5P35A 1HVHA 3DCKA 3OOZA 5P5NA 5P3LA 4B77A 5P8PA 5P8SA 4LXMA 3EMYA 5P8IA 5P0OA 5P02A 1D4JA 1AM5A 3PI0A 1GNMA 5SZ9A 2PWRA 3QIHA 3H0BA 1META 2G1NA 4RCEA 4OBHA 5P6IA 4TRWA 2WEBA 4DJQA 2QI6A 1GVUA 3SQFA 5P4LA 1SGZA 5IVTA 1ENTE 2QD6A 2FNTA 1GNOA 3TLHA 5P4YA 5P59A 4RCFA 3T3CA 4GZFA 5P5VA 2G27A 5P5CA 3KT2A 3ZPSA 1D4KA 2NTRA 2P4JA 2I4DA 5HCTA 2ZHSA 2OHQA 1M4HA 2QMFA 2QU3A 3WB5A 3Q6YA 5P5FA 5OZBA 4B72A 5OZOA 5AGZA 5P2NA 5P6QA 1ZSRA 2FIVA 3O9FA 3WZ7A 4YD4A 3DV5A 5P3QA 5P0KA 1PPLE 4ZPFA 1HPXA 3TPPA 3JVWA 3NWQA 1QBUA 3WSJA 4Y9WA 3BXRA 3OTSA 3HLOA 2R38A 5P1BA 5OZAA 2HB2A 1K2CA 3N4LA 2FGUA 5ER1E 1LS5A 2Q3KA 1ZAPA 5OYUA 3OU1B 3UDNA 5P4WA 2ANLA 1BWBA 5DQ5A 5P8OA 4Y4JA 5P55A 2JE4A 1ER8E 3CKTA 5P3MA 3BUHA 4QJ8A 5P6RA 5CONA 5P1WA 1SP5A 5I70A 3O9LA 4J17A 1IDBA 1WBKA 4ZSRA 5P7QA 1ZTZA 4IVSA 3O9CA 3EBZA 4Y3YA 4BEKA 4CPTA 2G1OA 1XN3A 3C9XA 3OQ7A 5P09A 2O4SA 3OU3A 3QP0A 1MRWA 1K1UA 2QZWA 2B8LA 2WEAA 1T7JA 4ER2E 4PEPA 4Y39A 4FCOA 5P27A 4MC2A 5P3XA 2HB4A 3LHGA 3NDWA 5P6LA 2B7ZA 5P8DA 4WY6A 4NPUA 1MSNA 1IZDA 4Q1XA 1KJ4A 1D4YA 5P04A 4GJ5A 5P29A 1WKRA 2ZHVA 3ZKIA 4DPFA 3NDTA 3FX5A 5P08A 1ZJ7A 4LHHA 4Y5PA 1MT8A 3QROA 5OYQA 2UPJA 5P4SA 2QP8A 1FIVA 4Y5CA 1DAZC 4H3JA 5OZKA 3UDQA 2AZ9A 1MTRA 5OYTA 2HPEA 5P3PA 5P2ZA 2IENA 5P8TA 3T11A 3TPLA 1SIPA 2PH6A 3L5FA 3VYEA 1HVSA 2R43A 5P7XA 4H3IA 1Z1HA 4I0JA 2G21A 4Q1YA 4QJ7A 5OZCA 1LYWA 1APWE 3OGQA 2IQGA 1HVKA 4Y38A 1ODXA 1OD1A 5P1AA 5P86A 1ODWA 2R8NA 4KE0A 1K6VA 4FSEA 2VS2A 5P8NA 3QPJA 4DH6A 2FXDA 3VCMA 3L59A 4NJTA 4J1IA 2VIZA 4Y4EA 5P3BA 3APRE 5P4PA 4OC6A 2VJ6A 3BXSA 2IS0A 3K5FA 1PROA 1XDHA 3T7PA 5HU0A 2QHZA 1HIVA 3EC0A 5P28A 2RSPA 5P77A 4FLGA 4OBGA 3S45A 2F3FA 4PZXA 5P6MA 4J1EA 5P84A 1HVJA 4I12A 5P0EA 4GIDA 3NLSA 4GJBA 2P3CA 5P4CA 5P6AA 5P4XA 4DJPA 5OZLA 1FG6C 3GGUA 1YTHA 2G22A 5P7MA 3ZKXA 3ZL7A 3JVYA 4YOAA 1CPIA 1PPKE 4Y3NA 3VF7A 4ZPEA 5HDZA 1W6HA 5P32A 2QMGA 4BFBA 5P0CA 2JYSA 5SY3A 2IGXA 3O9BA 4KE1A 2Q15A 5KQYA 4YD3A 2B42A 1D4HA 5P20A 3LZYA 4BELA 4L1AB 1TSUA 2XFKA 2AOEA 4Y44A 2G24A 2VA5A 3VEUA 4WY1A 2QI0A 2F81A 5DQ2A 5P1TA 3ZKMA 3S43B 3D1YA 4Y56A 5P1SA 4YA8A 3EL9A 4EPJA 3QVCA 5P74A 3UQWA 2AVOA 4ZSMA 4DQHA 3I8WA 5P58A 1LF4A 4DPIA 3R0WA 4EJDA 4GB2A 1BIMA 5C9DA 5P3CA 4Y47A 2VNMA 4XX3A 3PBZA 3KDCA 5P36A 4M8YA 2AVSA 1FEJC 2FDEA 3LZUA 3EL1A 2ZJHA 5P1CA 3S7LA 3CKRA 5P7PA 3T6IA 4Y3GA 5P0BA 3OQFA 1PFZA 2F3KA 3PB5A 3PLDA 2P3DA 5OZQA 4Y3TA 2PMAA 5DQ4A 1RPIA 2R3WA 1XE6A 1YTIA 4F76A 4QJ6A 2WECA 4XX4A 1HSGA 2F3EA 1ZSFA 5P6XA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 4H3G A;  5T4S A;  3IND A;  3LIY A;  4MC1 A;  3OUC A;  2AOF A;  3IA9 A;  1DIF A;  3KFS A;  3S8I A;  5P4O A;  3MSL A;  3NWX A;  3TOG A;  1B6M A;  2AOD A;  3O9E A;  4Y6M A;  5I3X A;  2QI3 A;  1FQX A;  4Y54 A;  5P2J A;  1AID A;  2BJU A;  2Z4O A;  3PRS A;  5P6N A;  1E81 E;  3KYR A;  3IAW A;  6FIV A;  4FAF A;  1D4L A;  5P5W A;  5P81 A;  5P4E A;  2IEO A;  3SA8 A;  1FGC C;  2WL0 A;  1YX9 A;  2V16 C;  3SLZ A;  4TVH A;  1MER A;  3RTN A;  5P0H A;  2O4L A;  2I4V A;  5P5G A;  5DQC A;  1AVF A;  3WB4 A;  3U7S A;  3AUP A;  5P4Q A;  3EL4 A;  4GJA A;  5P05 A;  3SA5 A;  4FL8 A;  5P5U A;  1FQ8 A;  4DQE A;  3K5C A;  3RU1 A;  2APR A;  5ENK A;  5P1R A;  5P7D A;  4Y3D A;  5OYS A;  4Z22 A;  1KJH A;  4LXK A;  3RSX A;  2FMB A;  4Y37 A;  1EBY A;  4HDB A;  4COE A;  3LIX A;  2AVM A;  3ZKQ A;  4APR E;  3EKX A;  3ZKN A;  1ODY A;  1FQ6 A;  4B78 A;  5HDX A;  5P3W A;  4EWO A;  2MIP A;  1IZH A;  3GI4 A;  3PWW A;  2BPZ A;  2HM1 A;  3OAD B;  1UH7 A;  4ACX A;  5OZ9 A;  5OZH A;  3BGB A;  3OUB A;  7HVP A;  5DGW A;  3UPJ A;  1NSO A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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