3VLAA

Crystal structure of edgp
Total Genus 131
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
131
sequence length
413
structure length
413
Chain Sequence
EPSFRPSALVVPVKKDASTLQYVTTINQRTPLVSENLVVDLGGRFLWVDCDQNYVSSTYRPVRCRTSQCSLSGSIACGDCFNGPRPGCNNNTCGVFPENPVINTATGGEVAEDVVSVESTDGSSSGRVVTVPRFIFSCAPTSLLQNLASGVVGMAGLGRTRIALPSQFASAFSFKRKFAMCLSGSTSSNSVIIFGNDPYTFLPNIIVSDKTLTYTPLLTNPVSTSATSTQGEPSVEYFIGVKSIKINSKIVALNTSLLSISSAGLGGTKISTINPYTVLETSIYKAVTEAFIKESAARNITRVASVAPFGACFSTDNILSTRLGPSVPSIDLVLQSESVVWTITGSNSMVYINDNVVCLGVVDGGSNLRTSIVIGGHQLEDNLVQFDLATSRVGFSGTLLGSRTTCANFNFTS
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title Structural basis for inhibition of xyloglucan-specific endo-beta-1,4-glucanase (XEG) by XEG-protein inhibitor
pubmed doi rcsb
molecule keywords EDGP
molecule tags Plant protein
source organism Daucus carota
total genus 131
structure length 413
sequence length 413
ec nomenclature
pdb deposition date 2011-11-30

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF14541 TAXi_C Xylanase inhibitor C-terminal
A PF14543 TAXi_N Xylanase inhibitor N-terminal
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 3vlaA01
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 3vlaA02
5OZLA 5P5PA 3UHLA 3F9QA 2Z4OA 3OQAA 1EAGA 2HAHA 4DJUA 1FLHA 3NU5A 3BC4A 5OZWA 5P74A 4GJ6A 3VFBA 1XN2A 6FIVA 3LITA 5P4SA 1HSIA 5ENMA 3O9GA 5P0KA 5P34A 3DCRA 1HIIA 2I4QA 4YOBA 4ER1E 2BPXA 5P1NA 3T7XA 5KR1A 5P7QA 5OZ8A 4EP2A 1K1UA 3NWQA 5P53A 5DR7A 3WSJA 1ZPKA 3S2OA 1YTIA 4GZFA 2P3DA 3LPKA 2QZXA 4F76A 2ZHSA 2UPJA 4Y3FA 3TL9A 4Y5GA 4GMIA 3URLA 1NSOA 4Q1NA 4ACXA 3OGPA 3WB4A 3L5FA 1BDLA 5P8FA 5JFUA 5P44A 4CPSA 3ZKMA 3IN4A 3TOGA 1PROA 3OU1B 5P5QA 5P2JA 5ER2E 5P26A 4FM8A 5P0BA 3S43B 3SA3A 4OBJA 3OXCA 1Z1RA 3IVIA 5DPZA 5P8LA 5P7MA 5P72A 1UH7A 3DJKA 2OF0A 1ZSFA 3LPJA 1EPQE 5IVSA 4RRSA 1G35A 3VV6A 1MIQA 3TKGA 5BWYA 5P7OA 1AAQA 4A6BA 5DQ4A 4FRIA 1APTE 2QD7A 5OYVA 1FG8C 5P3OA 2ER6E 5P4ZA 4DPFA 5P65A 4E43A 1F34A 4ZSPA 3G6ZA 4NJUA 2Z54A 1ODWA 1GNNA 5OZQA 2G1YA 5E5KA 2O4SA 2VNMA 5P38A 3S53A 4Y36A 4AMTA 3UQPA 1OEXA 2NPHA 4Y4TA 2WF2A 1META 5P55A 5P6OA 5P1MA 5P63A 1C70A 3SPKA 3ER3E 4L7JA 5OYRA 5DGWA 4Y56A 2G24A 1BXOA 2PWRA 5P6XA 1HIVA 5P36A 3R1GB 3N3IA 5P5WA 2ZHVA 3PMUA 3WZ7A 4Y35A 4Y5KA 3G72A 4B05A 5P5JA 5P1FA 2AZ8A 4FRKA 5P13A 1T7KA 2ZJNA 2WF4A 2VA6A 5P6RA 2ZJIA 3NYGA 5OZHA 3K5GA 3NDUA 2HS1A 5P3GA 3ZL7A 1HHPA 1HOSA 3PLLA 5P8DA 1HPOA 4YBIA 4QGIA 5IVQA 1FQ6A 4Y57A 5OZVA 2QI7A 3K5DA 2WKZA 2QHZA 3SO9A 2WL0A 4Y38A 5AGZA 4BELA 4DJXA 3NDWA 4H3FA 3GGXA 1E80E 1CMSA 2CEMA 2WEAA 5AHBA 4DI2A 1MTRA 5P1AA 5P17A 3K5FA 3BVBA 4CKUA 2PQZA 5P04A 5P23A 1YTHA 3CKTA 3HVGA 1B6PA 4DQBA 1PSAA 3PCZA 3UTLA 5P4NA 5P6CA 4GJ9A 3EL0A 4FRJA 5KOSA 2J9JB 2F81A 4OD9B 4IVTA 5HCOA 4YD4A 3VCMA 1EBWA 2AVQA 5TOLA 3PJ6A 5KAOA 5P1DA 1F7AA 5P7JA 3S7MA 3LIZA 5OZZA 5P0RA 4ZSRA 9HVPA 3SA4A 4HDFA 1YG9A 3RSVA 4ZPFA 5P1SA 5P2MA 4Y3ZA 3DOXA 3CIBA 2ZJKA 5ER1E 1XDHA 5P1RA 1BDRA 3DV5A 2IENA 1TZSA 1EPOE 4I0HA 4MC1A 2FS4A 1FMXA 3PLDA 4Y5LA 5P2SA 1GVWA 4Y3NA 1TCWA 5DR3A 2WEZA 3NU3A 3O9HA 3D1ZA 4K4RA 1C6ZA 5P15A 1KJHA 5ISJA 4I8ZA 5P39A 4TRWA 2G21A 4NKKA 4I8WA 5P6IA 4TRYA 5P5RA 4KE1A 2PC0A 3OU1A 3VF5A 1T7IA 4H3GA 1RV7A 4Y3WA 4D85A 5P7AA 1DIFA 5P6JA 1KJFA 4YD5A 5OZ5A 3CICA 4NPUA 5P81A 4M8XA 4DQCA 3ZKSA 4LXKA 1PSOE 4L7HA 3C9XA 4GJ7A 5AH8A 2R3TA 3R0YA 5OZ4A 2IL2A 4K8SA 2AOFA 1D4HA 2ZHTA 3KMYA 2QI5A 4FL8A 3PBZA 2BPWA 1FKNA 3KT2A 4Y4AA 5P54A 3UDHA 4I0EA 4XX4A 2AZCA 2XFJA 5P2LA 5P8HA 3EM6A 4FLGA 2AOCA 3TPPA 8HVPA 3CIDA 1XL2A 5P4RA 5P2ZA 5P06A 1HVRA 2R43A 5BRYA 4RLDA 4IVSA 3O9AA 3L58A 5P35A 3LIXA 4Y44A 3BUFA 3SQFA 4CP7A 3PSYA 1A8GA 1IVPA 3EL4A 1W5YA 2OHKA 5P4PA 4HA5A 3OXXA 2PSGA 3UCBA 1ZAPA 4KUPA 5P1UA 5P7BA 4Y5AA 4PYVA 5CONA 1T6EX 5P7ZA 2G69A 2AOEA 5P3XA 1SBGA 5P6GA 5DQ1A 3Q4BA 5P4XA 1HSHA 5P6AA 5F00A 5P7KA 4FCOA 3U71A 4H3IA 2QI4A 2WF1A 4U8WA 5P0VA 3PGIA 4MC6A 5P7CA 1GVUA 1SDUA 1HXBA 1K6CA 1APVE 5P8QA 1W6HA 1ZLFA 4HDPA 4EJ8A 3QRMA 5P2KA 3SFCA 4F75A 5P3SA 4ACUA 1APUE 2P3BB 3VYDA 1FFFC 1EEDP 5P7WA 5P7PA 4RRNA 3UQUA 3CYXA 3OU4B 3MSKA 1MT7A 4Y3QA 3FX5A 1T3RA 5P40A 4JPEA 4PHVA 1SDVA 2HPEA 3APPA 4J0YA 5P3IA 5P4QA 1Z1HA 4XXSA 5OZEA 1JLDA 2NXMA 5P2QA 2G20A 3RVIA 3OUCA 3ZKXA 4I1CA 3D3TA 4Y58A 1SMEA 2QI0A 3CKPA 4WY6A 3FNSA 5P8PA 3JVWA 5P45A 4TVHA 1YTGA 4OBDA 2AIDA 3EKYA 4Y5NA 3VYFA 5SZ9A 3LIQA 4GJAA 5P0AA 4X7IA 4BFDA 1OHRA 1LYWA 5P0WA 3L5CA 3EL5A 4CPXA 2AVMA 2CENA 5P2DA 4DFGA 5P5VA 5OYWA 4J1KA 1A30A 1WKRA 3ZPTA 3OXVA 3PM4A 3R4BA 5P1EA 3EKXA 4QJ2A 1LYBA 4BEKA 4B0QA 1ER8E 4YCKA 3O9FA 5P0PA 3ZKQA 4I0IA 3IXKA 1KJ7A 4Y5CA 3BXRA 5B18A 1B6JA 1SP5A 5P24A 4DJRA 2ER0E 1MESA 3L5DA 3FNTA 5P43A 2QD8A 4J5JA 5OZ3A 4YCTA 5P3AA 3A2OA 3ST5A 3BGCA 4K9HA 2VJ7A 3R2FA 2PYNA 5P89A 1BVGA 5P7IA 5P7TA 5P7NA 3JVYA 1IVQA 5P27A 5OZ9A 3OXWA 5P1ZA 4OBZA 4Q1XA 3VYEA 3INDA 2QZWA 3OQDA 2IKOA 5OZ7A 3S56A 5P78A 3N4LA 5P5CA 3QROA 5P8BA 4OBGA 3BUHA 2O4KA 4ZPGA 4OBFA 1TSQA 2ZE1A 5P2CA 4NJSA 5P4FA 3DUYA 4EXGA 3D20A 3WZ6A 5P4EA 4D8CA 4ZEAA 5P8TA 2BPYA 4DJPA 3QS1A 1C6YA 1EC0A 5P82A 4B77A 3SA9A 3T3CA 4I0GA 4S1GA 5P5TA 4AUCA 1EPNE 5P8CA 5P7GA 1U8GA 1HRNA 3OU3A 3VEUA 1FQXA 5P7YA 2QP8A 2NMZA 1XL5A 5PEPA 2JXRA 3URJA 3VF7A 4X2LA 5I3WA 2QK5A 2RMPA 4EXHA 5J25A 3RTHA 4Y5MA 5P22A 5P8SA 4B70A 5P71A 4LBTA 3O9CA 2WEBA 2I4XA 2EWYA 5P4BA 5ISKA 4FAFA 5P1LA 4RZ1A 3LZSA 3CKRA 5P2XA 5P4OA 4Y37A 2F80A 4ER2E 1QS8A 2IGXA 2ZDZA 4Y5BA 5P3QA 4ZIPA 3LIVA 3PB5A 5P28A 5P0EA 3DK1A 5AH6A 2AZBA 2FDDA 1TCXA 1FFIC 5P0YA 4OC6B 1OD1A 3O9BA 1MSMA 3QRVA 1B5FB 3I8WA 4YBFA 1FB7A 1HPXA 1HVCA 5OYXA 5OZGA 4Y45A 2VIEA 4YDFA 5P5IA 5P51A 3SA8A 5I3VA 3BHEA 5APRE 5P0IA 5KQXA 5P31A 1MERA 1YT9A 2PSVA 1FEJC 3HDKA 5P5GA 1FQ7A 3KF0A 3EKTA 5P2UA 3OHHA 4Y4UA 5OZUA 5P16A 5P1KA 4DJYA 2CEJA 4J17A 3TPLA 3EXOA 2PK5A 1IZHA 3VV8A 4JECA 5P88A 3EKWA 3PI5A 3OTSA 2OHQA 4LXAA 2V13A 5P5AA 4LAPA 1XE6A 4TRZA 2B8VA 3QIHA 1FIVA 4DUSA 1MSNA 5P7DA 3SABA 3WZ8A 5OYQA 4NJTA 2HB3A 3FKTA 3O9IA 2V10C 4Y3EA 4CPRA 5OZJA 5OZRA 4YOAA 1LS5A 4UPJA 5P09A 5P0TA 1YTJA 3ZLQA 1FQ8A 2I4VA 2NMYA 2HB4A 2ZYEA 4YD3A 1PPKE 2NTRA 3NXEA 1CPIA 4J1FA 2I4DA 1APWE 1LYAB 5P85A 2QMPA 1EBYA 2VJ9A 5EZXA 2ZJJA 5P0FA 4EPJA 1W50A 4Y4GA 1W5XA 4Z4XA 5P3RA 2VA7A 1MT8A 3NU9A 1HVJA 4NPTA 3KN0A 5P3LA 4J1IA 5P3TA 2FLEA 4L1AA 5P8JA 3B80A 5KR2A 2WECA 5F01A 4Y43A 1SIPA 3KA2A 1LV1A 5P6DA 2P4JA 5HTZA 4B72A 5OZPA 2OHTA 4Y5EA 5P3BA 2QMDA 1M4HA 1WBMA 2OHSA 1A94A 1FQ4A 5P8NA 5P0GA 4EQ0A 1W5VA 3CMSA 2Q15A 5P32A 5P8AA 4Y39A 4KE0A 4R92A 5P1WA 2HC0A 5P3MA 1ODXA 1IIQA 1SGUA 5OZ0A 1B6LA 5P0LA 1BIMA 1BV7A 2QI3A 5P0DA 1E81E 3LZYA 5HU0A 5P4WA 4Y50A 1BXQA 3PSUA 3I7EA 1HVSA 2FGUA 2RSPA 5P5ZA 3ECGA 2B7ZA 4FIVA 5COKA 4YCYA 4PPHA 3KMXA 5P1XA 1G2KA 1ENTE 2SAMA 2OHRA 4Y3LA 5P4LA 5P2GA 2PWCA 3NU6A 5OZTA 1SIVA 5P5UA 2QNPA 3PWRA 3L5EA 1LF2A 5P6UA 4Y3XA 4Y3TA 5P1TA 5P7LA 1HVHA 2QHYA 5P3ZA 4Y3JA 3EL9A 1VIJA 2R9BA 3LNKA 3PEPA 4OC6A 5P3PA 3VSWA 3UDRA 5P2EA 5P03A 3SA7A 2IDWA 5KQZA 4XX3A 4RYCA 4K4QA 1FQ5A 1FMUA 1LF3A 2FXDA 3IGBA 3S43A 4Z50A 1HTFA 3VLAA 1DW6C 5P7HA 5KR0A 2G27A 5P6MA 3LZUA 3HZCA 2BPVA 4CPQA 5OZ2A 4RVJA 4DVFA 1OEWA 3T6IA 4JPCA 3S85A 4EHCA 4FSLA 3TH9A 1PFZA 3Q70A 5I70A 2R5QA 1GNMA 4R91A 3BVAA 5P75A 5OYYA 4CPWA 1BBSA 1ZJ7A 1N49A 3OUAA 1MEUA 5P8MA 3KDDA 5P67A 2QD6A 3OOZA 2BJUA 3HLOA 3MXEA 3OK9A 5DQ2A 5P70A 4Y3MA 5P8OA 5P5OA 2UXZA 5OZBA 5P4JA 3ER5E 3EC0A 2XFKA 2B60A 5P50A 4DJOA 3HD8A 2NXDA 4GB2A 5P6NA 2BKSA 3SLZA 3ZOVA 5P6TA 3EKQA 4LP9A 4I10A 2I4WA 5P3UA 3LIYA 3K4VC 3SM2A 5SY3A 3UDKA 4RROA 3FV3A 1RL8A 1W5WA 3ZPSA 5P42A 5I3YA 1Z8CA 5JFPA 1SDTA 3IXJA 5P2RA 2G1RA 4QJAA 1QBSA 4I0JA 2FMBA 4Y48A 1UH8A 4FM6A 5COOA 5P4VA 3ZPUA 1LYAA 4J0ZA 2XYFA 4GJDA 2VIYA 5KQFA 5P5HA 3OTYA 5IVRA 2P3CA 3APRE 4APEA 5P05A 5DR0A 5OZ6A 5P5LA 2BKTA 3UPJA 3OY4A 5HDVA 5OZCA 1EC1A 1AJXA 3NSHA 1XN3A 5P4UA 1UH9A 3QPJA 3RU1A 1LEEA 4TVGA 1E82E 4RYGA 2FGVA 1NH0A 5P00A 1BWAA 1XE5A 5P7SA 1WBKA 4YA8A 5C9FA 5P10A 3KT5A 4DQEA 5P48A 5HCTA 1HTRB 3GW5A 3NDTA 5P2TA 1TSUA 4FM7A 3TOHA 2R38A 5P18A 1HWRA 2PYMA 5P6BA 5P5NA 2J9JA 3Q3TA 5OZYA 5P41A 4OD9A 2XYEA 4R5NA 5OZOA 2Q55A 5P5KA 5P0XA 1EPLE 4PEPA 5P2BA 3EL1A 4PZXA 1GKTA 3EM3A 2JYSA 4MC9A 2WEDA 4QJ6A 3GI6A 3OQKA 5AHAA 5P3NA 1YM4A 4YD7A 1GNOA 2HM1A 5OZMA 3OQFA 3UQWA 1RPIA 3RTNA 5P5YA 3EBZA 4F74A 4A4QA 4J55A 1MPPA 5HDXA 1QBTA 3IVHA 2WHHA 3NR6A 3RSXA 3QRSA 3R0WA 4DH6A 5P6VA 2AVSA 5P52A 4I0DA 7UPJA 2VIJA 4Y4JA 4EJDA 3VUCA 2O4LA 3UDQA 2UY0A 3Q5HA 1BWBA 4M8YA 4GJBA 1RQ9A 5HE7A 5P47A 5OZFA 2I4UA 5P59A 5P6PA 4RVIA 3S7LA 3S45A 4DJQA 4GIDA 4Y4ZA 3S8IA 3BGBA 3PWMA 1EBZA 5P1VA 4CPUA 3QBHA 4QJ8A 4D89A 5P2YA 5OYTA 2OHUA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 5OZL A;  5P5P A;  3UHL A;  3F9Q A;  2Z4O A;  3OQA A;  1EAG A;  2HAH A;  4DJU A;  1FLH A;  3NU5 A;  3BC4 A;  5OZW A;  5P74 A;  4GJ6 A;  3VFB A;  1XN2 A;  6FIV A;  3LIT A;  5P4S A;  1HSI A;  5ENM A;  3O9G A;  5P0K A;  5P34 A;  3DCR A;  1HII A;  2I4Q A;  4YOB A;  4ER1 E;  2BPX A;  5P1N A;  3T7X A;  5KR1 A;  5P7Q A;  5OZ8 A;  4EP2 A;  1K1U A;  3NWQ A;  5P53 A;  5DR7 A;  3WSJ A;  1ZPK A;  3S2O A;  1YTI A;  4GZF A;  2P3D A;  3LPK A;  2QZX A;  4F76 A;  2ZHS A;  2UPJ A;  4Y3F A;  3TL9 A;  4Y5G A;  4GMI A;  3URL A;  1NSO A;  4Q1N A;  4ACX A;  3OGP A;  3WB4 A;  3L5F A;  1BDL A;  5P8F A;  5JFU A;  5P44 A;  4CPS A;  3ZKM A;  3IN4 A;  3TOG A;  1PRO A;  3OU1 B;  5P5Q A;  5P2J A;  5ER2 E;  5P26 A;  4FM8 A;  5P0B A;  3S43 B;  3SA3 A;  4OBJ A;  3OXC A;  1Z1R A;  3IVI A;  5DPZ A;  5P8L A;  5P7M A;  5P72 A;  1UH7 A;  3DJK A;  2OF0 A;  1ZSF A;  3LPJ A;  1EPQ E;  5IVS A;  4RRS A;  1G35 A;  3VV6 A;  1MIQ A;  3TKG A;  5BWY A;  5P7O A;  1AAQ A;  4A6B A;  5DQ4 A;  4FRI A;  1APT E;  2QD7 A;  5OYV A;  1FG8 C;  5P3O A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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