3VLAA

Crystal structure of edgp
Total Genus 131
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
131
sequence length
413
structure length
413
Chain Sequence
EPSFRPSALVVPVKKDASTLQYVTTINQRTPLVSENLVVDLGGRFLWVDCDQNYVSSTYRPVRCRTSQCSLSGSIACGDCFNGPRPGCNNNTCGVFPENPVINTATGGEVAEDVVSVESTDGSSSGRVVTVPRFIFSCAPTSLLQNLASGVVGMAGLGRTRIALPSQFASAFSFKRKFAMCLSGSTSSNSVIIFGNDPYTFLPNIIVSDKTLTYTPLLTNPVSTSATSTQGEPSVEYFIGVKSIKINSKIVALNTSLLSISSAGLGGTKISTINPYTVLETSIYKAVTEAFIKESAARNITRVASVAPFGACFSTDNILSTRLGPSVPSIDLVLQSESVVWTITGSNSMVYINDNVVCLGVVDGGSNLRTSIVIGGHQLEDNLVQFDLATSRVGFSGTLLGSRTTCANFNFTS
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title Structural basis for inhibition of xyloglucan-specific endo-beta-1,4-glucanase (XEG) by XEG-protein inhibitor
pubmed doi rcsb
molecule tags Plant protein
source organism Daucus carota
molecule keywords EDGP
total genus 131
structure length 413
sequence length 413
ec nomenclature
pdb deposition date 2011-11-30

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF14541 TAXi_C Xylanase inhibitor C-terminal
A PF14543 TAXi_N Xylanase inhibitor N-terminal
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 3vlaA01
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 3vlaA02
3OXXA 2RKGA 3OQKA 5P2HA 3OAGA 5OZPA 1B6KA 4Y3TA 5P8AA 5P72A 3KDBA 5P6CA 4EXGA 1W50A 1ZLFA 2AZ8A 5EZXA 5P2LA 5P20A 4I0JA 5P35A 5P03A 1PROA 4OD9A 4Y3ZA 1EPPE 4DVFA 5P2AA 5P14A 4D85A 1T6EX 2OHRA 2Q15A 2QCIA 5P5WA 1K1UA 5P4LA 5P31A 1FQXA 4MC6A 5OZSA 4IVTA 3TKWA 2BPVA 1G2KA 3UQRA 5HDXA 5P70A 1KJ4A 2AOFA 5OZHA 5P39A 2QMPA 3PBDA 2VNNA 5AH9A 4Y5GA 5P1ZA 4RYGA 1BVGA 3LZUA 3TPRA 1ZTZA 4I0IA 4PZXA 5P6LA 4Y4BA 5P6QA 4YE3A 2VJ6A 5P1BA 4KUPA 2QU2A 3I7EA 4EQ0A 4Y3WA 1HEGE 3BRAA 5P5IA 4B70A 1D4KA 4J0TA 3L5CA 1OD1A 4AA9A 5P60A 3SKFA 2AOIA 1HVCA 1C6YA 1HIHA 1HPSA 2OAHA 1QBRA 3T7XA 3QVIA 3NWXA 4R92A 2Q3KA 5P4IA 4I8ZA 5P1NA 3L58A 3PSYA 2PWCA 4LC7A 2G24A 3VUCA 3DK1A 5P3IA 4ZIPA 4TVGA 3SM1A 3L59A 5P7HA 3QAAA 4J1EA 1IZIA 5HVPA 3KT5A 5IVQA 1MTBA 2ZJKA 5HDUA 3DOXA 2ZJJA 2QMFA 2AODA 1PPKE 5P38A 5P5SA 4GJDA 2RMPA 2G27A 5P89A 3GGUA 3O9LB 2WHHA 4LP9A 5P16A 2NR6A 1HRNA 2A4FA 5P0OA 2P3BB 5APRE 5P19A 5P5HA 2WL0A 1B5FB 2A1EA 4RCEA 5P2MA 4Y6MA 1D4YA 1D4SA 5KQXA 3IVIA 4GJ5A 2I4UA 3TLHA 1U8GA 5P06A 3INEA 5KOQA 3PSUA 4Y41A 3NR6A 1IZDA 4GYEA 2CEMA 5SY3A 5J25A 2O4LA 1APWE 2G94A 5P0ZA 4Y5AA 1YM4A 4HDBA 3FNSA 3O9GA 3IVHA 5P4SA 4FE6A 2R9BA 4B00A 1F34A 4OBZB 3GI6A 5HCTA 1FFIC 1APUE 1HEFE 4J0YA 5P43A 1MEUA 2F81A 4FS4A 5AHBA 2B60A 5P3NA 4Q5MA 2O40A 1K6CA 4QJ9A 3OU1A 4I1CA 4B1CA 2FIVA 3GI5A 4X7IA 4ZE6A 4I8WA 2QI3A 5P1TA 1XE6A 1ZAPA 2HAHA 4Y4UA 4FAFA 5P2JA 2VS2A 2AVVA 3TPJA 2F3FA 1FKNA 5HU1A 3LPJA 4Y43A 1FLHA 3PHVA 3OAGB 4FRIA 4Y3GA 3O9HA 5P13A 1PSAA 1YX9A 2UPJA 2ASIA 2ZHSA 4WY1A 5P8PA 6FIVA 5P2YA 4OD9B 3MXDA 1M4HA 1HPOA 3OTSA 3OTYA 4I0FA 5AH6A 2NXDA 5P6OA 2CEJA 5P0MA 3NU3A 1GVXA 5P4NA 5P11A 4NJSA 4OBJA 4L1AA 4RVXA 3K5GA 5P1LA 3S56A 4Y47A 4Q1NA 4ZEAA 4Y3SA 5P3SA 5OZ2A 5P1OA 2AQUA 2QI6A 1IIQA 2JE4A 3FX5A 4PYVA 5OZBA 5P4VA 1E82E 5P01A 5OZKA 5P44A 4Y3HA 5P4QA 5HU0A 4HE9A 1E80E 3SA9A 1W5WA 5P2GA 1ENTE 2OHPA 4DQGA 2WEDA 3IGBA 5P4XA 1JLDA 5P0HA 5OYYA 5P52A 1MSMA 3MWSA 3QN8A 4H1EA 2R43A 1IVQA 4FSLA 3SA7A 3K4VC 1W6HA 2ZE1A 5P88A 5P2KA 5P3MA 4QGIA 5P7WA 5OZ4A 1KJHA 5P0RA 3RVIA 2P8HA 2BPZA 5P7KA 3CIDA 2I4VA 1EBKC 1YTIA 3EM4A 3EKYA 4OBKA 2UY0A 3FIVA 3VLAA 5P27A 5DR3A 3WZ6A 3EL4A 2G1SA 5JODA 5P26A 1XL2A 3EL1A 4DQFA 2RENA 1KJGA 3UDMA 4ZLSA 2J9KA 3SABA 3LIXA 1HVIA 1ME6A 3UDNA 2IENA 3T11A 4Y3XA 2QI5A 5COKA 5P6YA 4XX3A 2XFIA 1MIQA 3D1YA 3S7MA 5P55A 5P8LA 5P41A 5P8EA 5OZVA 5P6EA 2BJUA 2WF4A 1PFZA 3WB4A 5P1UA 5AH7A 4FM6A 3SLZA 2O4NA 4B72A 4RVJA 2QAKA 3I2LA 1A9MA 3ER3E 2PWRA 5P62A 4Y5EA 5P3HA 3QI1A 3HVGA 4HZTA 1B6PA 5OZAA 3EMYA 3G6ZA 2P83A 4X2LA 5KOSA 3LPKA 4UPJA 5P5PA 3PLDA 1G0VA 2R3TA 1SDTA 1W5VA 2JYSA 2HPFA 1HSGA 2AOGA 4S1GA 3R1GB 5P4ZA 3PWRA 3NU4A 4GIDA 5P2BA 1ZJ7A 5ER1E 4U7QA 3R4BA 4OBHA 4Y4ZA 1K6VA 3OOTA 5P3FA 1GNMA 4LAPA 3OU1B 1HTEA 4CKUA 5P46A 3EC0A 4DV9A 3VSWA 3EKXA 5OYZA 5P5BA 4DJQA 3R0WA 1K2CA 5P0YA 1MERA 2QD8A 4FCOA 1K6PA 1D4JA 1HTGA 2JXRA 4A6CA 4DI2A 2IS0A 4FM8A 2EWYA 4Y4WA 5OZ9A 5P59A 3RTHA 2F80A 4DFGA 3QRMA 4D8CA 4Z50A 5SZ9A 4CMSA 2PSGA 1FG6C 2OHUA 5OYSA 5P7NA 4EJKA 4HEGA 3ECGA 3HVPA 4L1AB 1EBZA 3EL5A 1KZKA 2WJOA 5P2UA 1HHPA 3FV3A 2QMDA 3KA2A 1HTRB 5P6WA 1FB7A 2OHQA 2NNKA 5P68A 2ZDZA 2AVSA 3T3CA 4EP3A 1EPQE 1Z8CA 5P5FA 4Y35A 3FNUA 1DMPA 1HIVA 3IAWA 4NKKA 2XFKA 4HA5A 2ZHTA 5P7TA 4WY6A 5P0DA 3K5FA 5SY2A 3TOGA 4I0ZA 3ER5E 4BFDA 1CMSA 3SA3A 4K4PA 5JFUA 3VFBA 3D1XA 4FSEA 5OZ0A 4Y45A 5OYTA 3UF3A 4GZFA 5P7XA 1DPJA 5P82A 2QHCA 5P2NA 3JW2A 4MC2A 5KR2A 1A94A 5P6JA 3WSJA 1BV7A 5P1VA 2V11C 1WBMA 5BS4A 5P3YA 4R5NA 3EKVA 5P3AA 4QJ2A 4ZSQA 3VF5A 1IZHA 1HBVA 2B8VA 2ZJMA 1MUIA 4RGHA 4JECA 2HM1A 5DQ1A 2IEOA 5P3BA 4DJUA 5OZIA 5P0PA 5OZ6A 3O99A 1SIVA 5P78A 5P1EA 3OQAA 2XYEA 2V0ZC 5P4FA 4Y5NA 4DJXA 1W51A 1DP5A 1A30A 1FQ6A 3TOHA 1LF4A 2PQZA 3UQUA 5P8CA 3SAAA 4Y5KA 2G26A 5P51A 1GVWA 3U71A 3LIQA 1IBQA 4QJ7A 5P6ZA 1GVVA 2RKFA 5COPA 4Y53A 4FLGA 2ZHUA 3LZSA 3GGXA 5F00A 5P25A 1BBSA 2WF3A 4ACXA 4H3FA 2FNTA 7UPJA 2ZJLA 2NMZA 3S7LA 4ZPGA 1UH8A 1LV1A 4LXMA 3OK9A 4D83A 3VSXA 2AOJA 5JG1A 4Y3DA 2IL2A 5P4PA 2V12C 4FRSA 2I0DA 1LZQA 3WZ8A 2R8NA 3NU9A 4ACUA 3WZ7A 5P5EA 2BPYA 5P2QA 3ZKSA 5EZZA 2VJ7A 3PI5A 4FIVA 5P8KA 3ZKMA 3HD8A 3OHHA 5OZUA 3VYEA 3Q70A 4M8XA 3EL0A 5P61A 2WKZA 1MSNA 5OYQA 5P3RA 4KB9A 5CLMA 4CPQA 4Y57A 1HVLA 1AAQA 2VA5A 1UPJA 3KFNA 5P4EA 1HXBA 5KR8A 5P8OA 4FL8A 5OZYA 5P09A 4APRE 5P3GA 4Y37A 3SA5A 4KE1A 5P1YA 1M0BA 1MVPA 5P32A 3QROA 1QBTA 2BPXA 5P0GA 4B1DA 4J1IA 4CPWA 4LXAA 5P0VA 3VYDA 5P7MA 1LS5A 3Q5HA 5P1MA 5T4SA 5P86A 4ZPEA 5P80A 1E81E 5KR0A 1FMUA 2R3WA 5OZZA 3TTPA 1ZPAA 4EQJA 5HTZA 3OXWA 1N49A 1C6XA 5P7RA 3URLA 4TRWA 5OYVA 1TSUA 1ODWA 4J1CA 4R95A 5P4WA 2FGVA 5ENKA 5HCOA 5P3VA 4YD5A 4BFBA 5P7DA 5P1AA 4YOAA 3K4VA 4MC9A 5P0BA 5OYUA 3QS1A 2ZJNA 5P5UA 2AIDA 2AVMA 3L38A 2VKMA 2O4PA 5P6DA 3LPIA 4Q1YA 3TPLA 4Y4GA 4Y5CA 3UFNA 5P8SA 4HDFA 5P33A 4DPIA 2IKUA 1IZEA 3G72A 3U7SA 3FSMA 3IN3A 3SACA 5OYWA 2OF0A 3IN4A 4TVHA 1MRWA 2ER7E 1HPVA 2HIZA 1RPIA 5C9FA 3M9FA 2HS1A 4J1KA 5P6SA 5P3UA 4HLAA 5OZOA 5OZ1A 3PLLA 5P12A 1NH0A 3CMSA 5P5RA 1DW6C 2JJJA 1K6TA 5P4BA 5ISJA 2G69A 5KAOA 5P0TA 1E5OE 5OZQA 1MT7A 5P1WA 4NJTA 3ZPTA 4DQHA 2APRA 4D88A 3S2OA 1AJVA 1VIKA 2AOHA 2IQGA 5SXNA 5P45A 2B42A 5P2FA 5HDZA 3ST5A 1CPIA 5P1HA 1SMEA 4JP9A 5P7BA 2O4KA 1MT9A 3HLOA 2QK5A 4Y36A 2WF2A 4Y3JA 4R91A 1SDUA 4Y3LA 4EPJA 4JPEA 3GW5A 5P4MA 4NJUA 3D1ZA 4CPSA 1LEEA 1ZBGA 3BVAA 5P7SA 5P5ZA 4F73A 5P7EA 1YTHA 3EKWA 5P8UA 5P48A 1RV7A 5OZRA 3UCBA 3OXCA 2BBBA 2WEBA 5P8JA 2Z4OA 3S45A 3T7PA 1FF0C 3BVBA 2QZLA 5IVSA 4Y54A 1PPME 5UPJA 3SPKA 3NDWA 1NPAA 5P75A 5C9BA 3K1WA 3NXEA 5P6GA 5P23A 5P6MA 3BUFA 1M43A 4QJAA 3EBZA 4U8WA 3UDRA 1LF3A 2XYFA 4LL3A 5P1IA 4YCTA 3CYXA 3KFRA 1T6GA 3PWWA 2R5PA 1ODXA 4JOOA 4GJ8A 4KE0A 3QRVA 1HIIA 5P73A 3OADA 1DAZC 1ZPKA 2NMYA 3PCWA 2I4WA 2VA6A 3ZKXA 3LHGA 1TQFA 4FRJA 2QD7A 5P1DA 1BXOA 2IKOA 5P2ZA 4LXKA 3BUGA 3UTLA 5DQ5A 3UDYA 3SQFA 5P5KA 3UFLA 3AUPA 5P2OA 2PH6A 3RTMA 3ZKIA 2ZGAA 5P8FA 3UDPA 4Y4XA 1HVKA 3SA4A 2G1NA 3O9AA 4Y3PA 2HS2A 4I0DA 1LYWA 5P2DA 5P8NA 4Y58A 2ER6E 3CKPA 5P4HA 2IGXA 4AMTA 5ENMA 5P5VA 3LIVA 1TCWA 1J71A 5P69A 4AZYA 5OZCA 1EBYA 2BKTA 5HE4A 1XDHA 4WTUA 5P0WA 5P3JA 5P54A 3FNTA 1EC2A 1APTE 5P07A 5IS4A 2FXEA 2QZWA 5P81A 1T7KA 4ER1E 5P3TA 5P0UA 3OU4A 1NPWA 4Y5LA 4ZSRA 1D4HA 1MTRA 5P3WA 4CPXA 3S85A 5P3XA 2QNNA 2VNMA 2QZKA 3OWNA 5P71A 3VLBA 1UH9A 3NXNA 1OEWA 3D20A 3EKQA 1B11A 3PBZA 1GVUA 4J0VA 1FFFC 4B0QA 5OZNA 3MSKA 3ZKQA 5AHCA 5KQYA 5P49A 4DJOA 3NDTA 5FIVA 1GVTA 3KMXA 4B78A 3LIZA 2G21A 1A8KA 3R0YA 5P17A 3K5CA 3K5DA 1ZP8A 4DJVA 2QI0A 5P5DA 5P6BA 4B05A 5OZ3A 4RYCA 3RSXA 1SP5A 3LITA 5P7LA 2B7FA 5P24A 1AZ5A 4YBFA 2O4SA 5P1GA 1D4IA 2HPEA 5P1SA 3PVKA 1B6JA 3NYGA 4TRYA 2F8GA 5P4DA 3FKTA 1BAIA 4I11A 5P8TA 4QJ8A 4AUCA 5DR8A 1YM2A 2BKSA 5ISKA 4N00A 3LZYA 8HVPA 3KFSA 1QDMA 1XE5A 1T3RA 4YDFA 1BILA 5P7JA 1BVEA 2BQVA 4L7JA 2ZHVA 3PWMA 1XS7D 5P2RA 2FLEA 2VIZA 1FMXA 5P0XA 3QBHA 5P8DA 5P85A 3DCKA 4Y4AA 1FQ8A 3OY4A 1FQ4A 1BWBA 4Y50A 5P6HA 1LYBA 5P0IA 4XXSA 5P0SA 5DR1A 1EEDP 3LNKA 1Q9PA 1AM5A 5OYRA 3URJA 3A2OA 4GJBA 2Q64A 2HB2A 2PYMA 5DQ2A 3URIA 4DJRA 3HAUA 2G1RA 1QS8A 3Q6YA 3TNEA 5P6AA 4K9HA 2PSUA 5P22A 2I1AA 5P8VA 5P2TA 3UPJA 2B7ZA 4GJ6A 4EWOA 3OOZA 4BEKA 1C6ZA 2BB9A 2MIPA 4APEA 1AXAA 5P3LA 1EC3A 5P1FA 1F7AA 2XFJA 2IRZA 1RQ9A 3MSLA 1FQ7A 3KYRA 1Z1HA 1RL8A 2R5QA 1KJ7A 2OHNA 3EL9A 3H0BA 3VCMA 1LYAA 4L7GA 5P77A 5P4KA 3O9CA 5E5KA 4DH6A 3UHLA 5TOLA 3OADB 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3OXX A;  2RKG A;  3OQK A;  5P2H A;  3OAG A;  5OZP A;  1B6K A;  4Y3T A;  5P8A A;  5P72 A;  3KDB A;  5P6C A;  4EXG A;  1W50 A;  1ZLF A;  2AZ8 A;  5EZX A;  5P2L A;  5P20 A;  4I0J A;  5P35 A;  5P03 A;  1PRO A;  4OD9 A;  4Y3Z A;  1EPP E;  4DVF A;  5P2A A;  5P14 A;  4D85 A;  1T6E X;  2OHR A;  2Q15 A;  2QCI A;  5P5W A;  1K1U A;  5P4L A;  5P31 A;  1FQX A;  4MC6 A;  5OZS A;  4IVT A;  3TKW A;  2BPV A;  1G2K A;  3UQR A;  5HDX A;  5P70 A;  1KJ4 A;  2AOF A;  5OZH A;  5P39 A;  2QMP A;  3PBD A;  2VNN A;  5AH9 A;  4Y5G A;  5P1Z A;  4RYG A;  1BVG A;  3LZU A;  3TPR A;  1ZTZ A;  4I0I A;  4PZX A;  5P6L A;  4Y4B A;  5P6Q A;  4YE3 A;  2VJ6 A;  5P1B A;  4KUP A;  2QU2 A;  3I7E A;  4EQ0 A;  4Y3W A;  1HEG E;  3BRA A;  5P5I A;  4B70 A;  1D4K A;  4J0T A;  3L5C A;  1OD1 A;  4AA9 A;  5P60 A;  3SKF A;  2AOI A;  1HVC A;  1C6Y A;  1HIH A;  1HPS A;  2OAH A;  1QBR A;  3T7X A;  3QVI A;  3NWX A;  4R92 A;  2Q3K A;  5P4I A;  4I8Z A;  5P1N A;  3L58 A;  3PSY A;  2PWC A;  4LC7 A;  2G24 A;  3VUC A;  3DK1 A;  5P3I A;  4ZIP A;  4TVG A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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