3VV6A

Crystal structure of beta secetase in complex with 2-amino-3-methyl-6-((1s, 2r)-2-phenylcyclopropyl)pyrimidin-4(3h)-one
Total Genus 86
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
86
sequence length
389
structure length
360
Chain Sequence
GSFVEMVDNLRGKSGQGYYVEMTVGSPPQTLNILVDTGSSNFAVGAAPHPFLHRYYQRQLSSTYRDLRKGVYVPYTQGKWEGELGTDLVSIPHGPNVTVRANIAAITESDKFFINGSNWEGILGLAYAEIARPDDSLEPFFDSLVKQTHVPNLFSLQLCGSVGGSMIIGGIDHSLYTGSLWYTPIRREWYYEVIIVRVEINGQDLKMDCKEYNYDKSIVDSGTTNLRLPKKVFEAAVKSIKAASSTEFPDGFWLGEQLVCNIFPVISLYLMGEVTNQSFRITILPQQYLRPVDCYKFAISQSSTGTVMGAVIMEGFYVVFDRARKRIGFAVSACHVHDEFRTAAVEGPFVTLDMEDCGYN
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Conformational restriction approach to beta-secretase (BACE1) inhibitors: effect of a cyclopropane ring to induce an alternative binding mode
pubmed doi rcsb
molecule keywords Beta-secretase 1
molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
source organism Homo sapiens
total genus 86
structure length 360
sequence length 389
ec nomenclature ec 3.4.23.46: Memapsin 2.
pdb deposition date 2012-07-17

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 3vv6A01
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 3vv6A02
4Y3NA 4R92A 1F34A 3PRSA 1NH0A 5TOLA 5P6FA 3OUBA 5P0YA 4FLGA 5BRYA 2Q54A 3RTNA 1IDAA 5P16A 5DQ2A 2VA5A 5KR8A 4OBZB 5P2LA 4JECA 3VF3A 3QN8A 1K6CA 5P3QA 1YG9A 2APRA 1EPLE 5P1MA 4L1AB 1EC3A 4I1CA 3ZKIA 4ACXA 1UH7A 2FNTA 5P2HA 3LZYA 4YOAA 4HDBA 1QRPE 4XX3A 2QNPA 5KR1A 1W50A 1B6MA 5P37A 5KQXA 5P46A 4Y5BA 3VSXA 5COPA 1ME6A 1W5YA 5P3TA 1ZSFA 3NDUA 2G21A 4ZSMA 7HVPA 5P4TA 1GVUA 2QMFA 4FM7A 1RPIA 5OYZA 5P34A 3F9QA 3FKTA 5P67A 5P7LA 3QS1A 4B00A 2XYEA 5P76A 2G1SA 3OQDA 1AM5A 1CPIA 1MEUA 5OZYA 4U7QA 4DQEA 5P6QA 5OZPA 4NPUA 2BPZA 4Y51A 3UDMA 5HU1A 3FNSA 2BBBA 4Y4JA 4YDFA 4KB9A 5P33A 1VIKA 1EC1A 3NU5A 1PPLE 4Y4XA 4LC7A 5P41A 1Z8CA 4B1CA 1SMRA 5P3XA 1B6LA 2QU2A 5OZDA 5P04A 4RGHA 2OHSA 1LV1A 3T11A 1HVLA 1IZHA 1OEXA 1ZLFA 4CKUA 5P7HA 3VV8A 4J0YA 4I12A 4BEKA 5DR8A 5P2TA 1A8KA 2WEAA 5DR3A 3KT2A 4XX4A 1OEWA 4Y44A 5P15A 2RKFA 4A4QA 5JFPA 4Y4BA 3UDJA 4YD7A 2AZBA 3LIXA 2XFKA 2HAHA 4BELA 4HE9A 5OZEA 1U8GA 2FXDA 4B72A 4DQGA 5P3DA 1HWRA 3WZ7A 3PB5A 2WHHA 2O4LA 4WY1A 5P2XA 3NU3A 2AVOA 1K1UA 4ER4E 3APRE 4Y3PA 2I4WA 3NDXA 2ZHUA 2A1EA 5P13A 5I3YA 5P6WA 5P3BA 5P6BA 4QJAA 5BWYA 4KE0A 4NJTA 1PSNA 4HEGA 4H3GA 7UPJA 1EBYA 3SQFA 5P70A 5ENKA 5P78A 5P24A 5P38A 4Y3GA 2Z4OA 2F3FA 5OYUA 5P44A 2ANLA 1G2KA 5IVTA 3QRSA 3IXJA 4I0FA 5P11A 3PGIA 1EPME 3I2LA 3U6AA 4GJAA 5P1ZA 4YHQA 3PSYA 3UF3A 3EL4A 5P85A 5ER2E 4D85A 1APTE 5P5KA 4L7GA 4R91A 4MC2A 5P01A 2O4NA 2Q15A 2QI1A 4GIDA 1MT9A 2I4DA 3L5FA 5P82A 5P4OA 5P32A 1AJVA 2QZXA 4GYEA 4IVTA 4NJVA 4HLAA 4GB2A 4J1FA 2H6SA 5P8PA 5P5BA 5P74A 3I6OA 5P7JA 1CZIE 4M8YA 4ZSQA 3OOZA 4QJ8A 4YOBA 5P8LA 2WKZA 2VJ7A 1N49A 2I0AA 4Y3SA 3UDKA 5P03A 5P0RA 3KDDA 2QHCA 5P5HA 2VIZA 4XKXA 3G70A 3QVCA 3TOGA 2QI6A 1GVVA 1YM2A 2R8NA 1G0VA 4YD5A 5EZXA 1GVWA 1MRXA 3OGQA 3GI0A 5B18A 4Z50A 3SKGA 2Q11A 3UQXA 1ZBGA 3VLBA 1J71A 2J9KA 3MWSA 3GI6A 3DUYA 2WF3A 1FMUA 2NXDA 5P4SA 1FIVA 1EPRE 4DPIA 3TL9A 3UTLA 3SAAA 5P5TA 5P5EA 4OD9B 4AA9A 1TQFA 3OXWA 4EJKA 1BAIA 1K2CA 5P7TA 2AVQA 5KR2A 3LPIA 4AUCA 4K8SA 1EAGA 5P0SA 4DJYA 3KFSA 2QAKA 3ZKQA 5P0AA 3JVWA 5P8TA 3TPJA 5KR0A 4R95A 2WEBA 5P6XA 3S43A 2OHLA 3HZCA 4ZLSA 5P3HA 4Y5LA 3VYEA 4RVXA 5P39A 2ZGAA 1IDBA 5P2JA 5HD0A 1B5FA 4I0JA 5OZNA 3R0YA 5P0LA 1M43A 3IXKA 2H6TA 3EM6A 2AOHA 4FM8A 2MIPA 4YE3A 2P4JA 2OHQA 3ZLQA 3NDTA 3QP0A 2FGUA 4J0ZA 5P8NA 1DAZC 5P1XA 3INFA 5OZXA 3PBDA 5P4EA 3N4LA 1W6IA 5P07A 2I4XA 4H3JA 1HOSA 2PK6A 1GNNA 1HXBA 5ISJA 3MSLA 3UPJA 1LZQA 5OYXA 5P6TA 3KM4A 3L59A 2HIZA 5P28A 2O4KA 4QJ7A 4HA5A 2XYFA 4Y54A 3S43B 1G35A 5OYRA 4EP2A 4TVHA 5P1IA 3OADA 3I8WA 2Q5KA 5DQ5A 1A30A 3S8IA 4ACUA 3O9DA 3KFPA 4Y45A 1ZP8A 5OZLA 4YA8A 5OZ8A 4HVPA 4J54A 2QHZA 2V11C 1UPJA 4RCEA 5P86A 5P7ZA 5IVSA 2V0ZC 1W5WA 5P5NA 4LP9A 4Y9WA 4I0GA 5P60A 2I1AA 4NJUA 1HSHA 2QU3A 5P1FA 5BS4A 4CPSA 2G94A 2V16C 2NPHA 5P52A 5P2RA 1YTIA 5OZ4A 5P50A 4I8ZA 3O9IA 5P5YA 3MXEA 5P58A 5P8DA 3CKRA 1IZDA 4DI2A 5P1EA 4EYRA 4F74A 4NPTA 4Y3ZA 5P2IA 3EKXA 4Y36A 2O4PA 5OYTA 4FIVA 5P72A 3PBZA 2G1YA 4EHCA 1M0BA 4E43A 4D83A 2BPVA 5P05A 5P6LA 5P6YA 5HDUA 2IGXA 4DV9A 4CMSA 3Q5HA 5P84A 1HTFA 2IGYA 5P4ZA 3LPJA 5P1LA 1MTRA 5JG1A 4ZPFA 3SA8A 3KN0A 4FS4A 2R38A 3OHHA 1HPXA 4Y50A 5DQ1A 5IE1A 4Y48A 1IVPA 3INHA 5P1UA 3K5FA 3APPA 1QBRA 4MC9A 3FNUA 1ODWA 4DPFA 5P26A 4EQ0A 1EBWA 3UQUA 4Y3YA 4UPJA 3NUJA 4LBTA 5JODA 4J0PA 3OUCA 2VA7A 3A2OA 5P7IA 2AOJA 2IDWA 4U7VA 3R0WA 2QNNA 9HVPA 5P2MA 4RVIA 1KJHA 5P4YA 1FFIC 1XN3A 1OHRA 3WZ8A 1RL8A 3BC4A 5I3XA 1GNOA 5P7WA 3NU9A 5ISKA 1HEFE 2QP8A 2EWYA 5P4GA 5P3YA 5P5ZA 2WF4A 2BJUA 2G26A 3VF7A 3PM4A 5P0BA 5P7BA 2R3WA 4TRZA 1LF4A 2OHPA 3ZKMA 3K4VC 3SA5A 5P0IA 2AVSA 2HS1A 5P81A 2QI3A 4B1DA 5OZ3A 4Y4DA 3OQAA 5P3PA 4DJQA 2R5PA 3BHEA 5P4JA 1W6HA 2AIDA 3PJ6A 4Y3EA 4RRNA 3UQPA 4LL3A 2FS4A 4EJLA 5P7MA 4J1KA 1BVGA 2BKSA 2FXEA 1HBVA 3EL0A 3GI5A 5HVPA 4I10A 3OQFA 2B8VA 5F01A 5P3VA 2I4QA 3FNTA 5P5FA 3JW2A 1FG6C 3LZVA 1B11A 1BDRA 4AMTA 3QBHA 5P71A 4FRIA 1T6EX 2AZ9A 4YDGA 3ZPSA 3OQ7A 5P2VA 5P1SA 3GGAA 1AIDA 5P4IA 5P7VA 5OZOA 4APEA 3DV1A 5SY3A 4Z4XA 2B60A 5P8BA 1EPNE 3KDBA 3DOXA 4DJUA 2UY0A 2QNQA 4J55A 5P1OA 1B6JA 2VIJA 4U8WA 4Y5PA 2PWCA 2VJ9A 3NYGA 2IRZA 4D88A 4J1CA 2SAMA 4Y58A 4L7JA 4LXKA 5P83A 5AHBA 1BIMA 3ST5A 4Y47A 4Y35A 5P51A 2AOGA 3D1YA 1SDVA 1HTGA 3D1XA 4D8CA 5P0NA 5OZAA 5OZFA 5I3VA 1HVIA 2A4FA 3BGCA 3RTMA 2AVMA 2FDDA 3MSJA 5P5IA 5P7GA 5P68A 4FAEA 5DQ4A 1W51A 4KE1A 4B78A 2ZHVA 3KYRA 2AVVA 4B1EA 4YCTA 3GW5A 3NU6A 3ZPUA 3URJA 2ZE1A 1DPJA 5P2GA 5P1QA 3CKTA 2V00A 4OBDA 2QK5A 3PCZA 3T7PA 5P2WA 1HXWA 3OWNA 1MERA 2QZLA 5OYWA 5P7AA 3PWWA 2BB9A 1IBQA 3CYXA 3D3TA 5P47A 5P6OA 2V10C 5KQFA 5OZWA 2PC0A 3NR6A 5P3GA 5OYQA 3HLOA 3BUGA 1FMBA 3FIVA 3D1ZA 5EZZA 4EJ8A 2NTRA 2RSPA 3TNEA 1M4HA 1IZEA 3IGBA 5P31A 2VNMA 3TOHA 5P3LA 2B7FA 3R4BA 2WEDA 4GMIA 3QROA 4JPCA 3SKFA 2ZJKA 4Q1WA 4PZXA 1XL2A 5P0HA 5APRE 3LNKA 4TRYA 3NXNA 4CPRA 4Y3FA 4J0TA 1D4IA 5P6KA 3EL5A 5P6VA 1XN2A 5P3CA 5P5RA 2OHKA 4DJVA 2F81A 4FRKA 2R5QA 1D4LA 5OZBA 5P75A 5IVQA 2JXRA 2PSUA 5IS4A 5P8JA 1EPQE 2OHNA 1SGUA 3JVYA 3K5GA 5P0ZA 2JYSA 3UDHA 4ZIPA 3OUAA 4L6BA 2P8HA 1WBKA 2OHRA 4CPQA 1E81E 2O40A 3URIA 1HVJA 3I25A 4F76A 1MVPA 3UDPA 3IA9A 2ZHSA 1FG8C 5P0WA 5P00A 5AH8A 3EXOA 5P8UA 4FAFA 5P5OA 4N00A 5P7XA 1ER8E 2QMDA 2G1OA 3UQWA 5P19A 5P2FA 5P8CA 3WZ6A 5P77A 5P45A 4K4RA 5P69A 4Q1YA 3UFLA 4S1GA 3GGUA 5KAOA 3O9EA 5P5WA 2B7ZA 1KJ7A 1HSIA 3TOFA 4Y5MA 5P7NA 5OYSA 2WL0A 4Q1XA 4YCKA 4OBFA 5P4PA 5OZ2A 4J17A 5P8VA 3QAAA 2QD6A 5OZKA 2QMGA 5P1BA 5P4XA 1BILA 5P17A 1HVHA 1MPPA 2AOFA 4FGXA 3SA9A 4CPWA 3UDNA 3TKGA 2ER7E 1PPKE 1XE5A 4JPEA 5DQCA 5P42A 5P4NA 1EBZA 1HVRA 3URLA 3TPLA 1LF3A 3KFRA 5P0CA 2IKUA 5P2NA 4Q1NA 3LIQA 2JJJA 5P1NA 6FIVA 3VYFA 1QS8A 5P3FA 5OZ5A 3L38A 1HIHA 2ZJJA 1YTHA 5P3IA 1FQ5A 4Y37A 2V12C 5P14A 1AAQA 3TH9A 3VF5A 5P2AA 3OU4A 1SGZA 3LIZA 5P4FA 2ZJNA 4Q5MA 2F3KA 3KA2A 4AA8A 4I0IA 2PMAA 4Y3JA 4F73A 3RVIA 4Y3QA 5P5QA 5P3UA 5P2ZA 4YBFA 3VEUA 4Y56A 2PH8A 3BUFA 4Y6MA 3SM1A 1SDUA 2G20A 3DCKA 1JLDA 5P3NA 1APUE 3NSHA 5OZTA 1BDLA 3CIDA 4QLHA 1D4SA 3NLSA 3BXSA 1GNMA 1LEEA 4CPUA 2B42A 3RTHA 2B8LA 1DMPA 1YTJA 2IKOA 4DQCA 2PQZA 4M8XA 4Y4EA 4I0DA 2NXLA 4GJ9A 3OK9A 5P7EA 4Y5KA 3G72A 1DW6C 5P6CA 4MC1A 3INDA 3OU1A 5HTZA 1ZPAA 2FIVA 2CEJA 5P73A 2CENA 3NWQA 5DPZA 3KMXA 6UPJA 2VA6A 5E5KA 3OOTA 3H5BA 4GJBA 5P4RA 4YD3A 1META 1GVXA 4RCFA 3S56A 4FE6A 5P8HA 1XDHA 5T4SA 3CYWA 2I4VA 4J1HA 2QI0A 5P43A 3NU4A 1B5FB 1FFFC 3OU4B 4Y41A 1TCWA 2ZJMA 3SO9A 4YD6A 3PCWA 2QMPA 1MUIA 1MT8A 4HDPA 5AH6A 3B80A 5P7RA 1G6LA 4I11A 5OZ7A 4Y3LA 2WF0A 3SA6A 5P6AA 1HPSA 5P4CA 1B6PA 4H3FA 3O9FA 2BQVA 4L7HA 4WTUA 5P7PA 1YTGA 1TSUA 4I8WA 2PK5A 5P89A 1PFZA 1APVE 3QIHA 4BFDA 3ER5E 5P4UA 2R43A 5P4MA 1D4YA 2XFJA 2RKGA 5P8AA 5OYYA 4F75A 3R1GB 2AOEA 3OU1B 5P2QA 1RQ9A 4YBIA 5P4HA 5P1PA 1HTEA 2F3EA 3VCMA 3SA4A 4RYCA 1BV7A 2IS0A 3O9GA 5P1HA 5F00A 4Y4TA 2PH6A 3OADB 5KOQA 3L5CA 5P8MA 5P2OA 2G1NA 3C9XA 4I0HA 4FCOA 2G27A 3T7QA 2FNSA 4B05A 1OD1A 3VFAA 5P27A 4DUSA 1QBUA 3PI0A 5P20A 1LYBA 4FRJA 4Y5AA 5P88A 3AIDA 4CP7A 3HAUA 3BGBA 5OZMA 4ER1E 4KUPA 5P0UA 4K4PA 3RSXA 2ER9E 3OAGA 4Y3DA 2HPEA 4OBKA 2FLEA 2NMYA 4Y53A 5OZZA 1XE6A 3OTYA 2P3AA 3LHGA 3Q6YA 3LIVA 5P8GA 3DV5A 2I0DA 5JFUA 3BVBA 2ZJIA 3QI1A 3OQKA 5P0XA 5DGWA 3SPKA 4ZE6A 1ENTE 3LPKA 4DJRA 5AHAA 1HEGE 5OZ1A 2FDEA 3CICA 1TZSA 1D4HA 1LYBB 3KMYA 2G22A 5SZ9A 5P2YA 3KF0A 3PSUA 2G24A 2ER0E 5SY2A 1K6PA 4B70A 4Z22A 5C9BA 5I70A 2QHYA 2I4UA 3EKWA 3K4VA 5SXNA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 4Y3N A;  4R92 A;  1F34 A;  3PRS A;  1NH0 A;  5TOL A;  5P6F A;  3OUB A;  5P0Y A;  4FLG A;  5BRY A;  2Q54 A;  3RTN A;  1IDA A;  5P16 A;  5DQ2 A;  2VA5 A;  5KR8 A;  4OBZ B;  5P2L A;  4JEC A;  3VF3 A;  3QN8 A;  1K6C A;  5P3Q A;  1YG9 A;  2APR A;  1EPL E;  5P1M A;  4L1A B;  1EC3 A;  4I1C A;  3ZKI A;  4ACX A;  1UH7 A;  2FNT A;  5P2H A;  3LZY A;  4YOA A;  4HDB A;  1QRP E;  4XX3 A;  2QNP A;  5KR1 A;  1W50 A;  1B6M A;  5P37 A;  5KQX A;  5P46 A;  4Y5B A;  3VSX A;  5COP A;  1ME6 A;  1W5Y A;  5P3T A;  1ZSF A;  3NDU A;  2G21 A;  4ZSM A;  7HVP A;  5P4T A;  1GVU A;  2QMF A;  4FM7 A;  1RPI A;  5OYZ A;  5P34 A;  3F9Q A;  3FKT A;  5P67 A;  5P7L A;  3QS1 A;  4B00 A;  2XYE A;  5P76 A;  2G1S A;  3OQD A;  1AM5 A;  1CPI A;  1MEU A;  5OZY A;  4U7Q A;  4DQE A;  5P6Q A;  5OZP A;  4NPU A;  2BPZ A;  4Y51 A;  3UDM A;  5HU1 A;  3FNS A;  2BBB A;  4Y4J A;  4YDF A;  4KB9 A;  5P33 A;  1VIK A;  1EC1 A;  3NU5 A;  1PPL E;  4Y4X A;  4LC7 A;  5P41 A;  1Z8C A;  4B1C A;  1SMR A;  5P3X A;  1B6L A;  2QU2 A;  5OZD A;  5P04 A;  4RGH A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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