3VV6A

Crystal structure of beta secetase in complex with 2-amino-3-methyl-6-((1s, 2r)-2-phenylcyclopropyl)pyrimidin-4(3h)-one
Total Genus 86
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
86
sequence length
389
structure length
360
Chain Sequence
GSFVEMVDNLRGKSGQGYYVEMTVGSPPQTLNILVDTGSSNFAVGAAPHPFLHRYYQRQLSSTYRDLRKGVYVPYTQGKWEGELGTDLVSIPHGPNVTVRANIAAITESDKFFINGSNWEGILGLAYAEIARPDDSLEPFFDSLVKQTHVPNLFSLQLCGSVGGSMIIGGIDHSLYTGSLWYTPIRREWYYEVIIVRVEINGQDLKMDCKEYNYDKSIVDSGTTNLRLPKKVFEAAVKSIKAASSTEFPDGFWLGEQLVCNIFPVISLYLMGEVTNQSFRITILPQQYLRPVDCYKFAISQSSTGTVMGAVIMEGFYVVFDRARKRIGFAVSACHVHDEFRTAAVEGPFVTLDMEDCGYN
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Conformational restriction approach to beta-secretase (BACE1) inhibitors: effect of a cyclopropane ring to induce an alternative binding mode
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
source organism Homo sapiens
molecule keywords Beta-secretase 1
total genus 86
structure length 360
sequence length 389
ec nomenclature ec 3.4.23.46: Memapsin 2.
pdb deposition date 2012-07-17

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 3vv6A01
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 3vv6A02
3KT2A 1Z8CA 5P7GA 5OZFA 5P3YA 1MT7A 4L7JA 4Y3QA 5P18A 3BXRA 1EPRE 5P6RA 5P64A 1HVCA 5P8KA 1ODXA 5P09A 3PVKA 5P6TA 2RENA 4GZFA 1IDBA 5P5NA 4QGIA 5P1MA 5P3PA 1XN3A 1PSAA 4K4RA 2ASIA 4Y35A 3VUCA 5P48A 3O9LB 3OU1A 5P0TA 1BVEA 4FAFA 1IIQA 1IZDA 5P1FA 1DMPA 5P4BA 2QMDA 5P8HA 1HRNA 3ECGA 4RVJA 1FFIC 2V12C 5P76A 5P4MA 3DUYA 4QLHA 2FGVA 4RYGA 4DQBA 4DJOA 4J17A 5KR2A 2RKGA 4TRZA 1BAIA 2QP8A 5P2LA 2J9KA 1M4HA 1ZAPA 1EC0A 4RRNA 4OBHA 3QBFA 5ENMA 2R43A 1APTE 1IDAA 4H3GA 1SBGA 3CKTA 5BS4A 2ZJIA 5P83A 5OZNA 2R5PA 3ZKXA 5IE1A 2FXEA 5P2EA 4K9HA 4YCYA 3KF0A 2V0ZC 1MESA 1HEGE 1HIIA 3WZ6A 4OD9A 1EEDP 3I7EA 1A8KA 4TVHA 4FLGA 1TSUA 3D20A 3ST5A 4APEA 5EZXA 1MIQA 5P7KA 5P28A 3SAAA 2WF4A 3DJKA 2CEJA 3NDTA 5P2KA 2PWRA 4Y3TA 4ZPFA 1U8GA 5OZQA 2VA6A 3KFRA 3ZKSA 1B6MA 5OZ3A 1META 4DQFA 1K6PA 5P5HA 2IGYA 5P8EA 5P6UA 1TSQA 5I3YA 5P2QA 3TH9A 5P1NA 3NXEA 5P1BA 2OAHA 3OXWA 4Y3FA 2PMAA 2QMPA 2FXDA 4DJWA 4JPEA 5P13A 3PLDA 3EMYA 3OU1B 5OYTA 2FNTA 3EKWA 3FKTA 5P1YA 3UDNA 5P8PA 5P2FA 3G70A 4Y58A 3VF5A 2B42A 3OK9A 1TCWA 5P14A 3VV6A 4Y38A 3BUHA 4GIDA 5P5CA 3PBDA 2F81A 1T7IA 4DPIA 4DQCA 2JJJA 3EM6A 3NLSA 5DR0A 4HDBA 2VIEA 2WF1A 3R4BA 1AZ5A 1BWBA 4APRE 5P3CA 4F73A 4OBGA 3UFNA 2QI3A 5P4VA 1RV7A 5P5ZA 2PK5A 4J1KA 2ZHRA 5P4CA 5P5IA 2H6TA 1LF2A 4YCKA 3SA9A 5OYUA 2AOFA 1A30A 3KDBA 2A4FA 2QI7A 5P05A 2QHYA 1BDQA 3T3CA 2ZGAA 5P69A 5APRE 5P4QA 1IVQA 4LXAA 5OZDA 4FL8A 5P6KA 5OZ6A 4FRSA 3OGPA 3L5DA 4Y5CA 4AZYA 2R3TA 3DK1A 4OD9B 1FGCC 1HIHA 1D4IA 4YD7A 5P2YA 3EC0A 3R2FA 4PEPA 5P1AA 3IVIA 4Q1YA 1D4HA 1ZP8A 4DI2A 4EJ8A 3VFAA 3SACA 4TVGA 1FFFC 4Y3ZA 5P5TA 4Y39A 5OZIA 5P85A 2AOJA 1EPQE 5P87A 5OZ2A 5P3LA 3GI0A 1XL2A 4Y3WA 2QU3A 1NPVA 4MC6A 5KR8A 5P7PA 2Z54A 5P11A 1QDMA 2QI0A 4Y3AA 4Y5BA 4MC1A 2B8LA 5P1LA 4YD6A 1HVLA 4F74A 1BXQA 2VJ7A 4EQJA 2ZHSA 4XKXA 3INEA 3KMYA 3EKXA 3WZ7A 5P86A 2ZE1A 5P36A 1AM5A 5P27A 2AOEA 5P3IA 2IDWA 1IZEA 5P7UA 1PPME 4B05A 1KJ4A 4Y51A 4ZIPA 5HD0A 1WKRA 5HVPA 3OUDA 2XFKA 3N3IA 3PEPA 4XXSA 5ER1E 3PGIA 3IAWA 5OYXA 4WY1A 1MRWA 3SFCA 3LPKA 5P1JA 5P6OA 1FQ6A 5OZEA 3B7VA 2I1AA 2VKMA 3NDUA 4J54A 5P4JA 1MERA 5P16A 1HIVA 3Q6YA 4QJ7A 4I0DA 3UQUA 4YBIA 5P0VA 3LIZA 3BGCA 4OBJA 5P03A 3BVAA 4Y3RA 3U7SA 2PYMA 3VFBA 1ZTZA 5P7WA 2OHNA 2H6SA 2P3DA 1FQXA 4Y6MA 3EXOA 5OZ1A 1G2KA 1RNEA 3GI5A 4B1DA 1K2BA 4DUSA 2F8GA 4H3FA 3UQWA 2G1NA 3CIDA 1MT8A 1CZIE 5P88A 2FGUA 5P0XA 1BWAA 3LZUA 5P2RA 5P6HA 3SA3A 5P7FA 1HVIA 4Y3DA 3I6OA 5P8OA 1MSMA 5BRYA 3H5BA 4GJAA 3QIHA 5P46A 5P8MA 5P6EA 3BRAA 5I3XA 3AUPA 5P0FA 5P7AA 5P7RA 4I8ZA 1QS8A 4RCDA 3PSUA 2FMBA 1YM4A 2VIJA 2FDPA 5P3SA 5FIVA 3NDXA 5P0WA 3FX5A 1UH7A 3GI4A 5P78A 4OBDA 5P2JA 1LYBA 2I4QA 2WECA 5OZYA 4DJXA 1APVE 5OZ8A 5P3RA 5AH6A 4RVIA 5P2DA 1QBUA 1HSIA 2QU2A 3LHGA 4KB9A 4HDPA 1A9MA 3BUFA 3HW1A 2VS2A 3SLZA 3URIA 1LYWA 1Z1HA 3PI0A 4N00A 2CENA 4DPFA 3OUDB 3EL5A 5OZLA 4RYCA 3O9BA 3I2LA 2WJOA 4Y3NA 3K5CA 1W51A 5P7OA 2P3CA 2QD8A 2PH6A 5HTZA 3K4VA 5OZOA 5P4RA 2AODA 3PJ6A 5P26A 5KQXA 4FSEA 3HDKA 5DGWA 2G1YA 4ACXA 4DVFA 3IXJA 1Z1RA 1PFZA 3TPRA 4EJLA 5P5OA 2I4XA 3PSYA 4EWOA 5KQYA 3UQXA 3WSJA 4I10A 4Y47A 2WEAA 3KMXA 2AOGA 5HDVA 3VYEA 2BKTA 5TOLA 1B6PA 2PSVA 5AH9A 1XL5A 3EKTA 3ZKIA 5P5EA 1APUE 1B5FA 1A94A 3MSKA 1EPNE 5P06A 5IS4A 3GGAA 3OTYA 1B11A 2NNPA 4IVTA 2J9JA 2XFJA 5P5DA 1K1UA 4Y4TA 2Q54A 1DW6C 5P80A 3QPJA 5ENKA 4I0ZA 1ZPAA 3EKYA 5P38A 3MXEA 2B7ZA 1EAGA 2ER6E 4D85A 3KA2A 3T6IA 4Y4AA 4R92A 5P8BA 5P8AA 1BXOA 5CONA 5P67A 4AMTA 4Z2ZA 2PYNA 5DQ2A 3D3TA 3K5FA 1W5VA 3NWXA 3DM6A 2ER9E 4LP9A 4Y4EA 2QHCA 2QCIA 4K4PA 4OBZA 5P7SA 3UDYA 1WBKA 1LYBB 5P8UA 5OZSA 5P3QA 4FM6A 3ER5E 4Y50A 5OZ7A 1F7AA 2NTRA 5P1KA 3Q5HA 5HDXA 5P4DA 1YTHA 1HVJA 1LYWB 2HM1A 3FNSA 5P7HA 5P1EA 4I0FA 4Y43A 4Y3YA 5HE5A 1OHRA 3G6ZA 3I25A 1EPPE 4AA9A 1YTIA 4CPUA 2HPFA 2PK6A 5P02A 5OZMA 5P4YA 1EC2A 2QD6A 1HVKA 5IVQA 4J1CA 4HE9A 1XE6A 5C9DA 4DJPA 2UY0A 1MVPA 3T7XA 4MC2A 3PMYA 1LV1A 4J0YA 1B5FB 1GNMA 5P70A 1G35A 4Y3PA 1FMXA 2PWCA 3SPKA 3WZ8A 3VSWA 2QNPA 1LZQA 5P7XA 3KFSA 2I4VA 4LXKA 5HU0A 3QI1A 5OZ9A 3MSLA 5P49A 4R5NA 1D4JA 2J9JB 2AIDA 2BPZA 2OHPA 4XX3A 5P01A 5P8IA 3JW2A 1HVRA 3S45A 1W6HA 3OHFA 5AHBA 5OZXA 4B78A 3PCZA 5P5XA 1MTRA 2WL0A 3VF3A 4YDFA 4HZTA 4DJQA 2BJUA 2G1RA 4I0GA 5P43A 3EL9A 2EWYA 3R1GB 1XDHA 5EZZA 3ZKMA 2G26A 1GKTA 1BBSA 5OZWA 5KR1A 1T3RA 4B1EA 4YOAA 4OBZB 2I4UA 2ANLA 5PEPA 5P6LA 4ZE6A 4Y5KA 5P71A 1APWE 1LF4A 3SA4A 3BGBA 4B72A 1QBRA 1HSGA 4YBFA 1N49A 7UPJA 3APPA 3TL9A 5HE4A 2BB9A 3QVCA 2QNQA 4Q1NA 2QNNA 5P4ZA 5OZZA 3WB5A 1KJFA 5P3VA 3NU9A 2I4DA 3S43A 4B1CA 3FSMA 1NH0A 3O9CA 4Y54A 1SP5A 5P5VA 2QZXA 5P6GA 1NSOA 2QI6A 1K2CA 2CEMA 3VCMA 3O9HA 4J0VA 5OYVA 5OYYA 3L5BA 2WF0A 3OADA 3SO9A 4GJ8A 1GVTA 3HZCA 4B77A 1OEWA 3OHHA 3DCKA 1MSNA 4L6BA 2O4PA 5F01A 3ZPUA 5P7QA 1PPLE 5P5JA 3ZL7A 4H3IA 5P17A 3IGBA 3U6AA 1SMEA 5P0EA 1AJXA 4Y5AA 2OHRA 2Q55A 3Q70A 3O9DA 4Y3HA 2P4JA 4CPQA 3L58A 2HS2A 4GJ6A 2VJ9A 5P5UA 2BBBA 5P0SA 4Y5PA 1PSOE 5P6WA 1DAZC 2VJ6A 1K6TA 5OZPA 1K6CA 2WEZA 5P3KA 1ZBGA 5OZRA 4BELA 4LAPA 2XFIA 5IVSA 4S1GA 3DV5A 1IVPA 5P6CA 2QMFA 3EKQA 4Y56A 5HE7A 3LNKA 5P8CA 4L7HA 2O4KA 3IVHA 3L5CA 4COEA 3RSXA 1K1TA 1J71A 2G21A 2VNNA 3QRVA 2V13A 3RTNA 2ZJNA 4WTUA 4ZPEA 2AQUA 4DH6A 5HCTA 1PROA 5OYWA 2NXDA 5P24A 5OZ4A 3S43B 3OQFA 3MWSA 3LIXA 4Q1XA 5P5KA 5E5JA 5P00A 1QRPE 3O9FA 3WB4A 2SAMA 5DR3A 5AHAA 5P0YA 5P8TA 3PWRA 4B0QA 8HVPA 4Y44A 4Y3XA 3UDPA 5SZ9A 4CPWA 3EM4A 3OAGA 2G24A 4Y5EA 2Z4OA 2WEDA 1GVUA 3B80A 3OADB 1ZSFA 1OD1A 3FNTA 1W6IA 3N4LA 4EQ0A 4L7GA 2VNMA 4GJBA 5AGZA 2JJIA 3S2OA 5E5KA 3DCRA 4FRKA 1XE5A 2APRA 2QMGA 4FM8A 5P0KA 3NUJA 4I0IA 4Y3JA 1YX9A 1FQ4A 5P1DA 5P3UA 1K6VA 5P29A 3FNUA 3PWWA 5P1IA 3TOFA 3QRMA 1C70A 5P04A 5P3FA 4ZSMA 3QP0A 4CPTA 1GVXA 3IXKA 4HDFA 5OYZA 3ZKNA 4CPXA 3O9IA 2O40A 2ZHTA 5P72A 1FG8C 3K4VC 2F3KA 3KDCA 5DQ1A 5DR8A 3T11A 3U71A 2AZBA 4UPJA 2HS1A 1TCXA 3LZSA 4I12A 1BDRA 3QROA 4PYVA 4Y5MA 3HAUA 2QAKA 3NR6A 2AOCA 2NNKA 3L5FA 1HXWA 3VEUA 3INDA 1HVHA 4PZXA 5P2GA 3URJA 4Y9WA 3GI6A 5HDUA 5OYSA 5P2XA 5P5QA 1T7KA 1FMBA 1QBSA 3GGUA 1FB7A 5P3ZA 2MIPA 5P53A 1D4KA 4Y4DA 3F9QA 5P2CA 1ER8E 4JP9A 5P0GA 2QD7A 5P0QA 2NMYA 2NR6A 3KYRA 5P8NA 2HB3A 1NPAA 3MXDA 1T6GA 2Q3KA 3INHA 5KQZA 2HC0A 3SM1A 5P7MA 4RCEA 1GNOA 3RTMA 5P7LA 3OAGB 4YD3A 5P2OA 5P6XA 5P23A 5P52A 2AZCA 3HVPA 4LC7A 1B6LA 1GVVA 2IENA 5P59A 5P7DA 4I11A 3UDJA 5KOQA 4OBFA 3Q3TA 4FSLA 2JE4A 2O4SA 4M8XA 4Y5LA 5P63A 4EPJA 1EPLE 2Q64A 2WF2A 4Z22A 5AHCA 3PSGA 1ODYA 2QZWA 1ZPKA 3OOZA 1KJHA 5P7BA 2HPEA 3VF7A 3IA9A 2IQGA 1RL8A 5P1TA 4FCOA 7HVPA 3OQKA 5P8RA 4J1HA 4ZEAA 2HAHA 4A6CA 1HTEA 2HB2A 1MTBA 5P5BA 3QRSA 5I3VA 3LITA 3UFLA 4LL3A 5P8VA 3O9EA 5P6FA 3RTHA 5P1PA 1HTGA 5P3DA 4AUCA 3O9GA 4YE3A 3OU3A 1BIMA 4CKUA 4QJAA 4IVSA 3NWQA 4YD4A 3NU4A 3SABA 5OZ5A 1CPIA 1E5OE 5P2HA 4EJKA 2OHSA 2RSPA 3LPIA 3LIVA 5P5MA 3INFA 4GB2A 2AZ9A 2QZLA 4Q5MA 3SKGA 5P73A 5P7ZA 5P4XA 2O4NA 3TLHA 2ER7E 3UCBA 3HVGA 5P19A 1Q9PA 5OZTA 2UXZA 5P0DA 4Y3MA 3IXOA 4D83A 3NXNA 4BEKA 5P1HA 4J55A 1LYAA 2XYFA 2Q15A 1BV9A 1D4YA 4YDGA 2AVMA 2OHLA 4DJVA 1LEEA 5P4KA 1HPXA 3QVIA 5P4OA 4KUPA 4DQEA 3UQRA 5DQ5A 5OZJA 3VYDA 2OHMA 2P3BA 5P25A 4NJUA 5P0LA 1AVFA 3PRSA 1MUIA 3VSXA 1IZIA 1YTGA 3ZMGA 1DP5A 3ER3E 2B8VA 4ZPGA 1JLDA 2XYEA 5P3HA 5P8LA 5P6SA 3URLA 5P1RA 3TPPA 5KAOA 4BFBA 5P3AA 4EJDA 3ZLQA 5P8DA 5P5PA 1BILA 1FQ7A 5P1CA 5P2AA 5IVTA 5P50A 3TKWA 4J1IA 1LS5A 3OXVA 3BVBA 3CMSA 3EBZA 4J0ZA 4HVPA 5P0PA 1HOSA 5P2ZA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3KT2 A;  1Z8C A;  5P7G A;  5OZF A;  5P3Y A;  1MT7 A;  4L7J A;  4Y3Q A;  5P18 A;  3BXR A;  1EPR E;  5P6R A;  5P64 A;  1HVC A;  5P8K A;  1ODX A;  5P09 A;  3PVK A;  5P6T A;  2REN A;  4GZF A;  1IDB A;  5P5N A;  4QGI A;  5P1M A;  5P3P A;  1XN3 A;  1PSA A;  4K4R A;  2ASI A;  4Y35 A;  3VUC A;  5P48 A;  3O9L B;  3OU1 A;  5P0T A;  1BVE A;  4FAF A;  1IIQ A;  1IZD A;  5P1F A;  1DMP A;  5P4B A;  2QMD A;  5P8H A;  1HRN A;  3ECG A;  4RVJ A;  1FFI C;  2V12 C;  5P76 A;  5P4M A;  3DUY A;  4QLH A;  2FGV A;  4RYG A;  4DQB A;  4DJO A;  4J17 A;  5KR2 A;  2RKG A;  4TRZ A;  1BAI A;  2QP8 A;  5P2L A;  2J9K A;  1M4H A;  1ZAP A;  1EC0 A;  4RRN A;  4OBH A;  3QBF A;  5ENM A;  2R43 A;  1APT E;  1IDA A;  4H3G A;  1SBG A;  3CKT A;  5BS4 A;  2ZJI A;  5P83 A;  5OZN A;  2R5P A;  3ZKX A;  5IE1 A;  2FXE A;  5P2E A;  4K9H A;  4YCY A;  3KF0 A;  2V0Z C;  1MES A;  1HEG E;  1HII A;  3WZ6 A;  4OD9 A;  1EED P;  3I7E A;  1A8K A;  4TVH A;  4FLG A;  1TSU A;  3D20 A;  3ST5 A;  4APE A;  5EZX A;  1MIQ A;  5P7K A;  5P28 A;  3SAA A;  2WF4 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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 5P3T A;  5P6N A;  2ZJH A;  4WY6 A;  5P7J A;  3QS1 A;  5P41 A;  3QN8 A;  5P8S A;  5DR4 A;  3OXX A;  2IRZ A;  2NPH A;  4RGH A;  3S7M A;  5P74 A;  2Q11 A;  4QJ8 A;  3ZKG A;  3OGQ A;  3PCW A;  1EBZ A;  5P6B A;  3UHL A;  5P37 A;  4FGX A;  1IZH A;  5P6Z A;  5AH7 A;  3EL0 A;  4DJR A;  1ZJ7 A;  3UTL A;  5P0M A;  2FDE A;  5KOS A;  5HCO A;  5P4A A;  5COO A;  4RLD A;  3T7Q A;  1WBM A;  2A1E A;  1SIV A;  2AVO A;  1SMR A;  3G72 A;  4YD5 A;  4CP7 A;  5OZH A;  1ZLF A;  4D88 A;  1MEU A;  5P1V A;  5P4U A;  4D89 A;  1EC1 A;  5DQC A;  2NMZ A;  1UH9 A;  4OBK A;  4EYR A;  3SA5 A;  5P5W A;  5P56 A;  3UDQ A;  5P5F A;  4Y45 A;  3UQP A;  4U8W A;  4JEC A;  2G94 A;  5P08 A;  5P79 A;  2BPY A;  3PHV A;  4Y5N A;  1HPS A;  1VIJ A;  2QHZ A;  3UDR A;  5P5L A;  5P1U A;  3TKG A;  3R0Y A;  2PSU A;  2R8N A;  5OZU A;  1HXB A;  2VIY A;  1GNN A;  4I0J A;  3LIQ A;  1T6E X;  4JPC A;  1OEX A;  2Q5K A;  5COK A;  1D4L A;  3FIV A;  4L1A A;  2R38 A;  3QAA A;  5P89 A;  1DPJ A;  5P6P A;  1G0V A;  1EPM E;  2BQV A;  5P20 A;  2VA5 A;  3PMU A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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