3VV8A

Crystal structure of beta secetase in complex with 2-amino-3-methyl-6-((1s,2r)-2-(3'-methylbiphenyl-4-yl)cyclopropyl)pyrimidin-4(3h)-one
Total Genus 89
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
89
sequence length
387
structure length
358
Chain Sequence
FVEMVDNLRGKSGQGYYVEMTVGSPPQTLNILVDTGSSNFAVGAAPHPFLHRYYQRQLSSTYRDLRKGVYVPYTQGKWEGELGTDLVSIPHGPNVTVRANIAAITESDKFFINGSNWEGILGLAYAEIARPDDSLEPFFDSLVKQTHVPNLFSLQLCGASVGGSMIIGGIDHSLYTGSLWYTPIRREWYYEVIIVRVEINGQDLKMDCKEYNYDKSIVDSGTTNLRLPKKVFEAAVKSIKAASSTFPDGFWLGEQLVCWNIFPVISLYLMGEVTNQSFRITILPQQYLRPDCYKFAISQSSTGTVMGAVIMEGFYVVFDRARKRIGFAVSACHVHDEFRTAAVEGPFVTLDMEDCGYN
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Conformational restriction approach to beta-secretase (BACE1) inhibitors: effect of a cyclopropane ring to induce an alternative binding mode.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Beta-secretase 1
molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
source organism Homo sapiens
total genus 89
structure length 358
sequence length 387
ec nomenclature ec 3.4.23.46: Memapsin 2.
pdb deposition date 2012-07-17

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 3vv8A01
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 3vv8A02
4NPTA 4OBGA 4J1CA 5P56A 5P8UA 5JG1A 2J9JB 3Q5HA 5P8BA 3LIQA 3PJ6A 1FMUA 3O9CA 4FSLA 5P3MA 5OZLA 2UPJA 5P0ZA 2NTRA 1BV7A 1EBZA 3ZKXA 1MT8A 1W5YA 3VLAA 4XXSA 3EXOA 5P6YA 4Q5MA 4WTUA 1HBVA 3RSVA 3VSWA 5P4HA 3R2FA 3BXRA 4UPJA 5P1KA 3HW1A 2WF4A 1YM4A 1ODXA 4ZE6A 5OZ9A 1T7IA 5P3XA 1MUIA 5P57A 3CKRA 5P24A 4GYEA 4E43A 5CLMA 5P20A 2FNSA 1DIFA 1MRXA 3APRE 5P15A 3G70A 1GVUA 2V00A 1IDAA 5AHCA 3IA9A 4APEA 1LYWA 4MC2A 3PCZA 5KQFA 4J5JA 4B05A 5P1EA 5I3WA 5P5KA 5BRYA 4FIVA 1MSNA 4DJUA 3A2OA 4D83A 5KQZA 3H0BA 1IZEA 5OZXA 1C70A 4I0EA 3D1XA 4OD9B 4Z50A 4AZYA 3AIDA 3L5FA 1SIVA 2OHRA 5P6IA 4JECA 4RRSA 4Y38A 3OQDA 3SA8A 3SFCA 2OAHA 3KT2A 5P61A 3IVHA 2AQUA 4Y51A 2J9JA 2VNNA 4Y3HA 3OXVA 5P41A 5P2JA 5P7FA 2G22A 4H1EA 4DQGA 1UPJA 5P4UA 1BXQA 3EL0A 1FQ5A 1FQ4A 5OYRA 4EJKA 3K5CA 3KFPA 5OZEA 1BVGA 2IQGA 4D88A 4YD3A 5P6HA 1QBSA 4LBTA 1BV9A 1HHPA 5P52A 2P3AA 5C9DA 4Z22A 2I4XA 3SAAA 3O9EA 1T3RA 1HWRA 5P2ZA 6FIVA 5HE7A 1Q9PA 5HE5A 3OADA 1EC3A 4PZWA 1YX9A 5P8KA 2I4QA 3PCWA 2NNKA 3ZOVA 5AGZA 1HPSA 2FDEA 3TPLA 5SY3A 3TPPA 4GIDA 5KR8A 3S43B 5IVSA 3GI5A 4DPFA 3HVGA 5P1BA 2QCIA 3JW2A 2WF1A 5P8EA 2QD8A 1N49A 2AVVA 4PHVA 3EKTA 3EBZA 2G27A 3SABA 2Q54A 1E82E 1B6JA 1MPPA 5P2LA 2B7FA 3FV3A 5P5YA 2CENA 1EBWA 1APUE 4R93A 4F73A 2P83A 2O40A 5P2BA 5P2IA 4F74A 4NJVA 1DW6C 1T7JA 4LP9A 2F3FA 2ZJJA 3NYGA 2QNQA 5P7EA 2OHNA 3K1WA 2J9KA 3R0WA 5P4QA 4JOOA 4PEPA 4KE0A 4Y50A 5P2AA 2QMPA 5P31A 4Y4JA 3ZPTA 5COOA 4I0FA 3INFA 5P0KA 5P3DA 3ZLQA 2V10C 2OHMA 1APTE 3SLZA 5P1GA 4EP3A 4FM8A 1MT7A 4Q1XA 3CYWA 5KR1A 3VFBA 3BGCA 3OU3A 5P1VA 5P62A 2P3CA 3EL9A 5P5LA 4Y5MA 1JLDA 4TVGA 2QU3A 2XFKA 3T6IA 2VS2A 4TRYA 4BELA 4Y5GA 4WY6A 5P42A 1TCWA 5P3RA 3S7MA 5UPJA 4B72A 4Y3WA 3KMXA 3MSLA 2OHSA 2QAKA 1F34A 5OZFA 1HVSA 4J1IA 3UF3A 4Y3JA 5P4CA 4Y5AA 3O9IA 2R5QA 6APRE 1IZDA 3D1ZA 3HD8A 4AA9A 2R9BA 5P01A 5P1JA 5P8HA 3Q4BA 1PPKE 3VYEA 2ZJKA 2OHUA 5P3QA 2AOEA 2VKMA 2NNPA 1ZJ7A 3OY4A 3S43A 2PK6A 2QZLA 5P11A 3QI1A 1FEJC 2NMYA 2ZHSA 5P3AA 4QJ8A 3VLBA 3T7PA 2NXDA 1T6EX 3NXEA 3ZKIA 1B6MA 2QK5A 4YBFA 3QBHA 5DGWA 1FG8C 5AHBA 5AH7A 1CMSA 2HC0A 1XN3A 5P6MA 1BDQA 2XYEA 5P23A 4ZEAA 3ST5A 2XYFA 2G1RA 4NJTA 1RQ9A 5P4XA 4Y5KA 5P8LA 5P7MA 4ER4E 3OU4A 3BXSA 2P4JA 3UDHA 5P4JA 1HXWA 5I3YA 4K4PA 2FXEA 4J1HA 5P0YA 1B5FB 1QBUA 1EC1A 5P6QA 2FDDA 1TSQA 4R5NA 3GI6A 5P1YA 5P44A 2AZBA 1W6IA 4YD4A 3LZUA 5HCTA 1PSAA 4I12A 5P4IA 3GI0A 5P0EA 1FG6C 4OBDA 3URJA 3VYDA 4Z2ZA 3UTLA 2NXMA 4GJ8A 4Y4ZA 5P7JA 3UQWA 4OBFA 1C6ZA 1BBSA 3VSXA 5P3LA 1T7KA 4RVJA 5P5JA 2I0DA 2JYSA 5P8MA 5P4BA 3URLA 4QJ6A 3LZSA 5OZPA 4Y3RA 2RENA 5DR1A 5P5VA 1K2BA 4EHCA 5P2CA 1HSHA 1KZKA 1UH7A 2NPHA 4D89A 5P87A 5COKA 5OZ3A 5P7IA 2JXRA 3ER3E 3KDBA 4EXHA 5AHAA 1KJGA 2P3BB 3C9XA 5P0LA 5P66A 5P49A 1XDHA 5P0HA 3WZ7A 5P3PA 2Z4OA 4J0PA 5P1ZA 2VIYA 4HDFA 4Y53A 3TOGA 4J0ZA 3DV1A 1A8GA 2PQZA 3OAGB 1W50A 1HVCA 3DOXA 4YD7A 3NWQA 5P1MA 5P55A 1EBYA 4HE9A 4NPUA 3ZPSA 5DR4A 5OZGA 5P2XA 5P7YA 2WJOA 3DUYA 5P7GA 5IVQA 1LF4A 4JPEA 2QU2A 3OUBA 5OZVA 5P09A 1B5FA 2V13A 3QROA 5P5AA 3QBFA 4ZPGA 3SM1A 5P3IA 3TPJA 5OYXA 5OZWA 2QP8A 5KQXA 4Y45A 5P0MA 5EZZA 1BDRA 5CONA 5P1IA 5P5IA 3Q3TA 4AUCA 5DQ2A 3GGVA 1FMBA 1WKRA 5P2VA 5P2TA 1J71A 5P1FA 2H6TA 5HDZA 1K6VA 4GZFA 5P1QA 5P14A 2QI5A 5P04A 1LYAA 1D4LA 3EC0A 1HPOA 4K4RA 1B6LA 5P81A 4EPJA 4GB2A 3PEPA 5AH6A 5P6WA 1SDTA 3O9DA 5P0BA 5P26A 3G6ZA 4FRSA 2ZHUA 4S1GA 1HTRB 2WF0A 3SM2A 1E5OE 1TCXA 4HVPA 4Y6MA 5IS4A 5P3OA 1EEDP 3QVCA 2WF2A 3PB5A 4NJUA 4FL8A 5F00A 2ZGAA 4DQEA 2XFIA 4RCDA 3ZKQA 1LYWB 2R38A 1HPXA 2F81A 4JPCA 1GNMA 5P39A 4QJ9A 1G0VA 1DAZC 3UDQA 3NLSA 5P65A 1SMRA 3PI5A 4YCYA 3EM4A 4Y4DA 3OAGA 5P13A 2AVMA 5P0TA 5P6OA 5P4RA 5P60A 5P18A 3BGBA 3U6AA 4RGHA 5P6FA 4OBZA 5P59A 5JFPA 5OZNA 5P68A 5P0RA 4PYVA 1EPQE 4DJXA 1GVVA 4Y4UA 1C6XA 2H6SA 3HVPA 4ZLSA 3LIXA 2AVQA 5P2EA 4OC6B 4ZSRA 3JVYA 2HS1A 1DP5A 4DQBA 2JJIA 5P8QA 1RPIA 1GNOA 3PBZA 1FQ7A 3T11A 1C6YA 4I10A 1AZ5A 5P5RA 4BFBA 5OZHA 2ZHVA 3LINA 3ZPUA 3FNSA 5P5EA 5P6RA 5JODA 4Z4XA 1FKNA 3S2OA 2V12C 4Y58A 4HA5A 3OHHA 1XL2A 5P6SA 2NMZA 3HAUA 3VV6A 2QI3A 4GJ9A 4TRWA 3KFRA 4EJ8A 5P0GA 5P46A 5P3HA 2AIDA 5P64A 3CKPA 3D1YA 1OEXA 1XE5A 1HIVA 3OADB 3S8IA 1EPNE 3SPKA 5P54A 3OXWA 4DUSA 2AVSA 4X7IA 3I2LA 3FIVA 1UH9A 1D4KA 2B8LA 3K5GA 1XN2A 4FRJA 3PWWA 4Y3DA 3VG1A 1E81E 3IN3A 1FB7A 1ZP8A 3D20A 1EPPE 3PWMA 3TLHA 3S56A 3ECGA 1M4HA 3EL1A 1Z8CA 1D4JA 1K2CA 2HB2A 3OOZA 5P84A 5P7XA 5P3FA 4MC6A 5I3VA 5P4FA 1PPME 5HU0A 1LZQA 1EPRE 5P8IA 2O4LA 2PWCA 2ZJIA 4YD5A 2RMPA 5P3UA 4Y3NA 2VNMA 1HVJA 5E5KA 4YDGA 1G2KA 5P4GA 4I0DA 4J1KA 5P4WA 5P82A 1AIDA 3DM6A 3O9LB 3EM3A 3NU9A 3UQUA 5P2RA 2PSGA 1LF3A 5DR7A 5HVPA 3OQFA 5P5XA 1OHRA 3QRSA 4OC6A 1M0BA 1EAGA 5EZXA 3UQPA 5P3WA 2Q3KA 4CPWA 5DR0A 1CPIA 2AZ9A 3O9BA 5P2KA 5P0IA 3OUAA 2G94A 5P51A 1RV7A 1FFFC 4CPRA 3EKXA 3UQXA 3EKPA 4CPTA 3UDMA 2FGUA 5F01A 5P7VA 5OZ1A 2G24A 5P3KA 2IL2A 1APVE 3OXXA 4Y4AA 5P2QA 5P2WA 5P8PA 3OTSA 2QI4A 2CEJA 5P5DA 2OF0A 3OQ7A 5DPZA 3O9FA 4LHHA 5P74A 1FQ6A 4R92A 4FGXA 5OZ2A 2PSVA 4DI2A 5OZ0A 4Y5PA 5P43A 1HTEA 5OZ5A 5SY2A 5P6ZA 2B60A 4RYCA 2ZYEA 3FX5A 1IZIA 4EQ0A 1A30A 5ISJA 5P69A 5T4SA 5P37A 1MTRA 2FGVA 2O4SA 1ZSRA 2UY0A 2QI0A 2ZE1A 3IXJA 5OYZA 5P70A 3OHFA 2PMAA 1OEWA 2WF3A 5P4PA 3PHVA 4ZSMA 1KJFA 5HCOA 3I6OA 4B1DA 1ODWA 4EYRA 5P40A 3H5BA 5P7QA 4Y4BA 5P7UA 3EL4A 4GMIA 1AAQA 1FGCC 5P1AA 4KE1A 4IVSA 2R3TA 2G21A 3Q70A 1FQXA 4Y43A 2WEDA 2BPYA 4DJOA 3L5DA 1LYBA 4CKUA 5P8FA 5P73A 7UPJA 2IKUA 2Q64A 5P8AA 4Y35A 3R4BA 4Q1YA 1BVEA 2BKTA 3VF7A 1NPWA 3O9LA 3OU4B 3PBDA 1EPOE 3CIBA 2BPVA 2IEOA 5P3EA 2VJ9A 1FFIC 3LITA 4GJAA 1EPME 2ZHRA 5HDVA 5P1DA 2JE4A 4RVXA 4Y41A 5P8OA 4CPQA 2JJJA 1ODYA 4DQHA 5P2YA 2IRZA 2QHYA 5P0VA 4GJBA 1SMEA 1ZAPA 3ZKSA 2R43A 5OYWA 1QRPE 3VUCA 1ZTZA 3OGQA 4DH6A 3EKQA 3T7QA 1A9MA 2ZDZA 3PVKA 3D91A 2AOIA 2OHTA 4YOAA 1W5VA 3KA2A 3SQFA 4GJ5A 3S7LA 1YTGA 1ZBGA 3Q6YA 2QI7A 1ZSFA 5P5WA 4IVTA 1HVLA 5P10A 3PLLA 3UCBA 3B7VA 1WBKA 4Y48A 5APRE 3TNEA 4Y3XA 1QDMA 1PROA 5OZ7A 3HBOA 3K5FA 3U71A 5P8GA 5P00A 1T6GA 5P7WA 1QS8A 1KJ7A 4N00A 5P1SA 2V0ZC 3QIHA 4HLAA 3S53A 5P38A 3F9QA 5OZDA 4I11A 3BVBA 4TVHA 5OZMA 3S45A 2QZWA 5P27A 1EC2A 1UH8A 4EWOA 2WL0A 3TL9A 1ER8E 4Y3EA 5P2SA 2ZJMA 7HVPA 1MT9A 5P05A 4HEGA 1SH9A 3S85A 2ASIA 1XS7D 5P8DA 4I8WA 4Y5LA 4DJYA 2P3DA 3FNTA 3LZYA 2V16C 5P7NA 4AMTA 2B8VA 3ZKNA 5TOLA 4Y54A 5P71A 4DFGA 3TPRA 2HS2A 1WBMA 3MSJA 2HPFA 3NDXA 2R3WA 3PM4A 2QZKA 3U7SA 1GVTA 4Y3GA 5P6CA 4J0YA 3PMUA 4PPHA 9HVPA 2BPZA 4B0QA 5P7KA 1HRNA 1DPJA 2WECA 1TSUA 1FMXA 1W5XA 2G20A 5P6AA 2AOJA 5OZSA 1HPVA 3KDCA 3B80A 3LPIA 4Y39A 3HZCA 3R1GB 4MC9A 4ZSPA 2I4WA 1F7AA 1LYAB 1HIIA 1XL5A 2AVOA 3DJKA 3MXDA 2R5PA 4OBJA 2IGXA 5P8CA 2AZ8A 4Y3FA 3KF0A 2P8HA 3QN8A 3PI0A 5P6LA 3PGIA 2I0AA 4D8CA 3NU4A 5P6XA 8HVPA 3PMYA 5P53A 5P63A 3BRAA 5P7PA 3QAAA 3CMSA 5AH9A 3KFSA 5OZ8A 5P0AA 1W51A 3CYXA 3JVWA 2PYMA 3NR6A 4HDPA 2QI1A 5P25A 2Z54A 1MESA 4K9HA 5P78A 3UDNA 1HTFA 5P5BA 2APRA 4R91A 4Y47A 3UPJA 1SBGA 3PSGA 2RKGA 2IGYA 5P4VA 3PSUA 4Y3QA 5P30A 5ENKA 2O4NA 5P6GA 1XE6A 4GJCA 4OBZB 2VIEA 4H3GA 2Q5KA 3TOHA 2AOFA 3MXEA 3FKTA 5DQ5A 5OZUA 3KDDA 3GGUA 1BAIA 3HDKA 4LC7A 5P4OA 1K6PA 5P6EA 3KM4A 4H3FA 3OTYA 3OWNA 3BVAA 5P0FA 1APWE 3NU5A 3LNKA 3LPJA 2ANLA 3WB4A 4Y4XA 1QBRA 3NU3A 4QGIA 5HDXA 3L38A 3G72A 4CPXA 4YHQA 4QLHA 5DQ4A 2EWYA 4NKKA 4FAFA 1ZLFA 5P4YA 4ZPEA 4WY1A 4JP9A 4L7GA 3UDKA 5P47A 2ZJNA 5P5OA 3CIDA 3OUDA 4DPIA 4Y3SA 4Y36A 5OZQA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 4NPT A;  4OBG A;  4J1C A;  5P56 A;  5P8U A;  5JG1 A;  2J9J B;  3Q5H A;  5P8B A;  3LIQ A;  3PJ6 A;  1FMU A;  3O9C A;  4FSL A;  5P3M A;  5OZL A;  2UPJ A;  5P0Z A;  2NTR A;  1BV7 A;  1EBZ A;  3ZKX A;  1MT8 A;  1W5Y A;  3VLA A;  4XXS A;  3EXO A;  5P6Y A;  4Q5M A;  4WTU A;  1HBV A;  3RSV A;  3VSW A;  5P4H A;  3R2F A;  3BXR A;  4UPJ A;  5P1K A;  3HW1 A;  2WF4 A;  1YM4 A;  1ODX A;  4ZE6 A;  5OZ9 A;  1T7I A;  5P3X A;  1MUI A;  5P57 A;  3CKR A;  5P24 A;  4GYE A;  4E43 A;  5CLM A;  5P20 A;  2FNS A;  1DIF A;  1MRX A;  3APR E;  5P15 A;  3G70 A;  1GVU A;  2V00 A;  1IDA A;  5AHC A;  3IA9 A;  4APE A;  1LYW A;  4MC2 A;  3PCZ A;  5KQF A;  4J5J A;  4B05 A;  5P1E A;  5I3W A;  5P5K A;  5BRY A;  4FIV A;  1MSN A;  4DJU A;  3A2O A;  4D83 A;  5KQZ A;  3H0B A;  1IZE A;  5OZX A;  1C70 A;  4I0E A;  3D1X A;  4OD9 B;  4Z50 A;  4AZY A;  3AID A;  3L5F A;  1SIV A;  2OHR A;  5P6I A;  4JEC A;  4RRS A;  4Y38 A;  3OQD A;  3SA8 A;  3SFC A;  2OAH A;  3KT2 A;  5P61 A;  3IVH A;  2AQU A;  4Y51 A;  2J9J A;  2VNN A;  4Y3H A;  3OXV A;  5P41 A;  5P2J A;  5P7F A;  2G22 A;  4H1E A;  4DQG A;  1UPJ A;  5P4U A;  1BXQ A;  3EL0 A;  1FQ5 A;  1FQ4 A;  5OYR A;  4EJK A;  3K5C A;  3KFP A;  5OZE A;  1BVG A;  2IQG A;  4D88 A;  4YD3 A;  5P6H A;  1QBS A;  4LBT A;  1BV9 A;  1HHP A;  5P52 A;  2P3A A;  5C9D A;  4Z22 A;  2I4X A;  3SAA A;  3O9E A;  1T3R A;  1HWR A;  5P2Z A;  6FIV A;  5HE7 A;  1Q9P A;  5HE5 A;  3OAD A;  1EC3 A;  4PZW A;  1YX9 A;  5P8K A;  2I4Q A;  3PCW A;  2NNK A;  3ZOV A;  5AGZ A;  1HPS A;  2FDE A;  3TPL A;  5SY3 A;  3TPP A;  4GID A;  5KR8 A;  3S43 B;  5IVS A;  3GI5 A;  4DPF A;  3HVG A;  5P1B A;  2QCI A;  3JW2 A;  2WF1 A;  5P8E A;  2QD8 A;  1N49 A;  2AVV A;  4PHV A;  3EKT A;  3EBZ A;  2G27 A;  3SAB A;  2Q54 A;  1E82 E;  1B6J A;  1MPP A;  5P2L A;  2B7F A;  3FV3 A;  5P5Y A;  2CEN A;  1EBW A;  1APU E;  4R93 A;  4F73 A;  2P83 A;  2O40 A;  5P2B A;  5P2I A;  4F74 A;  4NJV A;  1DW6 C;  1T7J A;  4LP9 A;  2F3F A;  2ZJJ A;  3NYG A;  2QNQ A;  5P7E A;  2OHN A;  3K1W A;  2J9K A;  3R0W A;  5P4Q A;  4JOO A;  4PEP A;  4KE0 A;  4Y50 A;  5P2A A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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