3WB4A

Crystal structure of beta secetase in complex with 2-amino-3,6-dimethyl-6-(2-phenylethyl)-3,4,5,6-tetrahydropyrimidin-4-one
Total Genus 91
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
91
sequence length
387
structure length
360
Chain Sequence
FVEMVDNLRGKSGQGYYVEMTVGSPPQTLNILVDTGSSNFAVGAAPHPFLHRYYQRQLSSTYRDLRKGVYVPYTQGKWEGELGTDLVSIPHGPNVTVRANIAAITESDKFFINGSNWEGILGLAYAEIARPDDSLEPFFDSLVKQTHVPNLFSLQLCGAASVGGSMIIGGIDHSLYTGSLWYTPIRREWYYEVIIVRVEINGQDLKMDCKEYNYDKSIVDSGTTNLRLPKKVFEAAVKSIKAAEKFPDGFWLGEQLVCWQANIFPVISLYLMGEVTNQSFRITILPQQYLRPVCYKFAISQSSTGTVMGAVIMEGFYVVFDRARKRIGFAVSACHVHDEFRTAAVEGPFVTLDMEDCGYN
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Conformational restriction approach to beta-secretase (BACE1) inhibitors III: Effective investigation of the binding mode by combinational use of X-ray analysis, isothermal titration calorimetry and theoretical calculations
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase
source organism Homo sapiens
molecule keywords Beta-secretase 1
total genus 91
structure length 360
sequence length 387
ec nomenclature ec 3.4.23.46: Memapsin 2.
pdb deposition date 2013-05-13

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 3wb4A01
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 3wb4A02
3IAWA 2OHKA 1SDVA 4ZSMA 4DJWA 2QMDA 5P1TA 3LIQA 3DM6A 1RV7A 4S1GA 5HU1A 1M4HA 5CONA 5E5KA 3UFNA 4OBDA 4Y3EA 3GI6A 1E80E 1SGUA 2ER6E 5P2BA 3KT5A 3NU3A 5P3HA 3PMYA 3VSXA 4DPFA 2P3BA 3INEA 3K5CA 2QCIA 4DQHA 5P3WA 2I4WA 3PEPA 4YA8A 2I4XA 2B7ZA 1FGCC 3NDXA 4FAEA 4Y3MA 2FXEA 2PSGA 1LS5A 5COPA 4RZ1A 5P74A 5P4XA 5HD0A 3OQFA 3EMYA 4J54A 4DJVA 5P78A 4Y4JA 1RQ9A 3AIDA 5DR7A 3Q5HA 1MIQA 5P05A 3UQPA 1LYBA 5P4AA 1HEFE 4XX3A 3EM4A 4A6BA 1ZBGA 5P1AA 2NMZA 5P0SA 5OYWA 4R92A 5OYRA 1GVXA 4Y3FA 3TKGA 5OZWA 5P0VA 5HU0A 3HLOA 5JODA 2G1OA 1FQ5A 4L7HA 1HHPA 3OU3A 1APVE 5HCOA 4Y5KA 3S43B 2WEBA 4Y5PA 4H3FA 5PEPA 3PB5A 1IDAA 5OZGA 1T7IA 3O9HA 5P3OA 4Y5BA 3S8IA 3RTHA 3GGAA 1KJFA 3SM2A 3VV8A 4Z2ZA 3CYXA 3PCZA 2Q3KA 3HD8A 1XS7D 5P2CA 4FE6A 4Y4WA 2ZJMA 2BPXA 3O9CA 3PI0A 5P27A 4AA8A 5P7OA 2OHTA 5OZ9A 3PRSA 5OZXA 3S53A 5P0JA 2VA6A 2HB3A 3QVCA 3VYDA 4Y4DA 4ACXA 1CPIA 2ZDZA 5P3CA 5P1ZA 5P2VA 4OC6A 5OYXA 5P2DA 1D4SA 5KR1A 2FNTA 4BFDA 4EP2A 1QBUA 3EKQA 4COEA 3QIHA 3D3TA 5P0PA 3D91A 3INFA 2VIZA 4Y3ZA 4Y36A 3UQRA 3LPIA 5P28A 4ZSRA 5KQZA 5P4OA 5P3KA 4EJ8A 2OHMA 3GI4A 2QI5A 2BPVA 3I7EA 3QS1A 2G1NA 5P2IA 4Y3HA 1EPNE 1MTBA 5P4VA 3D1XA 2Q64A 2R38A 5P60A 5P4SA 4HDPA 4MC1A 3ZPSA 3APRE 3AUPA 4Y4AA 4GB2A 3OUCA 3D1YA 3LPKA 4Y9WA 4I1CA 5P7GA 5P24A 5P15A 2FS4A 1VIJA 5P54A 5P5BA 4CKUA 5AGZA 5P6SA 4J0TA 4ER1E 1HXWA 5AH7A 4Y43A 1TZSA 4CPXA 5P34A 2IGXA 2I1AA 1HVIA 4GJ8A 5P3IA 2IRZA 1EC0A 4YD4A 2A1EA 1A30A 5I3VA 5P72A 3URIA 2AOIA 2PSVA 5B18A 4FRKA 1YTHA 3HAWA 4PZXA 2HPEA 2R8NA 3G70A 1MPPA 1XE5A 4RCEA 1ZSRA 4YBIA 3SKFA 5IVSA 2ZHSA 2VIYA 1HOSA 5OZOA 1FB7A 3APPA 1ZLFA 5KOQA 2ZHVA 1ODWA 5HDXA 5DGWA 3VG1A 5P5XA 4Y58A 4QJAA 3SFCA 3EL4A 3HW1A 3I8WA 5AH9A 3TPLA 2J9JA 2BJUA 4R93A 3PSGA 3EL0A 1W51A 1BDRA 3PSUA 2FLEA 5P66A 4FRSA 2P3CA 1RPIA 5P5NA 1T3RA 2SAMA 3S7MA 3SLZA 2WF4A 3CKRA 5P1DA 3A2OA 5P2NA 2ZHRA 5OZSA 3VEUA 3URLA 5HCTA 3UCBA 1MT8A 4EHCA 1D4KA 2QI7A 5DQ5A 5P8TA 2PWRA 5P3GA 3NYGA 3NDTA 3OADA 2RMPA 2FGUA 4Y5EA 5P7WA 4GIDA 5P18A 4EJLA 4X7IA 3OY4A 4R95A 3KMXA 3L5DA 1EBYA 3M9FA 5P22A 1T7KA 5P0HA 2OF0A 3KFSA 1D4YA 5OYSA 5P64A 5TOLA 1C6YA 2FNSA 4H3IA 4ZIPA 5P09A 4ZSPA 3WZ6A 5IS4A 2PH6A 1HVRA 2ZGAA 3LIVA 3O9AA 4TRYA 2NNPA 3I2LA 3U6AA 5JG1A 3EXOA 5P5UA 2ER9E 5P33A 3WSJA 4RVIA 4GJ7A 3OUDA 5P7HA 3QN8A 1HVKA 5P1CA 2ANLA 3LHGA 2AODA 1YG9A 3EL1A 5P1VA 3JVWA 5P1XA 4QJ9A 3G72A 3S2OA 5HE5A 1B6MA 3MSLA 3ZPTA 4ER4E 4AA9A 2HAHA 1IZIA 2HB4A 2G27A 1LV1A 2VIEA 4FGXA 2QAKA 3OXXA 4DJYA 2OHLA 3O9IA 1B6PA 1K6TA 1KJGA 5P0KA 3HBOA 1M0BA 5P6NA 5KR0A 2AZ8A 4QJ7A 2PYNA 5P3UA 3RU1A 3UDYA 4Y57A 4FM8A 4J0YA 5P30A 4Y3QA 2QI4A 2HPFA 4GMIA 3ZKNA 3IXOA 2QK5A 4I0EA 2Q63A 3FNUA 4L6BA 5P7NA 1K1UA 4YD5A 2QI3A 4J1CA 5P4RA 4J5JA 5P8UA 3SQFA 1HPOA 3QRMA 3NLSA 5OZAA 5P7EA 4KE0A 5P32A 5P6OA 4NPUA 1HVHA 2Q54A 2RSPA 5P4WA 5COKA 3O9EA 2WF3A 3L5EA 5P6MA 3QROA 5P6TA 3INHA 1C6XA 5P7MA 1FQ6A 3FV3A 4J1IA 1A8KA 3PLLA 4OBZB 5T4SA 2AVSA 5P67A 4N00A 5UPJA 5P7AA 5P58A 4RGHA 4DPIA 3OXVA 3TOHA 2V11C 5P26A 3OAGA 1D4LA 4H3JA 5P0BA 4Y4ZA 5P5ZA 3UDMA 3NDUA 5P0MA 4QJ6A 5HE7A 5OZMA 1LZQA 5P4HA 3L5FA 5P0IA 5OZEA 4DUSA 4B1CA 1LF4A 2AVVA 5P7KA 1G6LA 4B0QA 1OHRA 4KB9A 2WF1A 1LF2A 2HIZA 5P38A 3S56A 1IZEA 5I3YA 5P69A 3OQKA 3UPJA 5P4DA 4RRSA 3ECGA 4Q5MA 5P4EA 1G2KA 1EC3A 5P4ZA 4GJBA 5P1KA 4HVPA 5P7QA 2FIVA 4JP9A 3QRSA 4XKXA 1FQ7A 1TCXA 4DJRA 5FIVA 1BDQA 3UTLA 4HE9A 3VV6A 5P7XA 2VNMA 3VV7A 4J0ZA 2FDDA 4RRNA 2QNPA 1BIMA 3TPPA 3WZ7A 4DJPA 1FQXA 4MC6A 5OZTA 4Z50A 4OBKA 5P1FA 2P3BB 4I0DA 3INDA 2I0DA 1N49A 1GKTA 2QU2A 5P5PA 4GZFA 1EPRE 3ZKIA 3NXNA 3PBDA 4EXHA 3LITA 3EKYA 4I10A 1FFFC 4OD9A 1EPQE 2NTRA 4NPTA 3PHVA 8HVPA 4CPRA 5P5MA 3RSXA 5P8OA 2QI6A 1SIVA 5IE1A 5P4CA 3I6OA 2PC0A 4Y51A 5P80A 3T6IA 3QP0A 6UPJA 3L5BA 4CPQA 1QBSA 4K8SA 4Y6MA 1HSHA 3TNEA 5BRYA 5P6IA 1Z1HA 1PFZA 4U7VA 2I4VA 1HSGA 5P02A 5OYZA 4OBHA 4MC2A 2AZCA 4Y39A 2I4DA 1DMPA 3LNKA 2IEOA 3VUCA 5J25A 5OYQA 4YE3A 5P1UA 5P4GA 3O9DA 5P4UA 5P5AA 2VA5A 5DR0A 4EPJA 1FG6C 2ZJKA 4EQ0A 4EJKA 1KZKA 5DQ2A 5P5VA 4L7GA 1QDMA 5P3QA 4Y3TA 2WHHA 4JOOA 1MEUA 2ZHTA 4AMTA 4Q1YA 5DPZA 4DQFA 4K4RA 5P7JA 4OBGA 5P2EA 3LINA 2G69A 2VA7A 4A6CA 3TH9A 1FG8C 1AZ5A 3OQ7A 2PSUA 2V00A 5P2WA 1LYAB 3O9LB 5P3YA 1OEXA 3UQUA 5E5JA 5P03A 5P1NA 4Y37A 2PK6A 1META 2VJ7A 2WF0A 4FS4A 5SXNA 4KUPA 2R5PA 2F80A 2HB2A 2FDPA 3CYWA 3WZ8A 3SA4A 4Y3LA 2G1SA 4FSEA 5OZ3A 5ISKA 1K2CA 3EKPA 3PCWA 5P08A 1PSNA 5P1JA 4RVXA 1ZAPA 4PYVA 3SABA 5EZXA 2QZWA 5AH8A 1K6VA 2QD6A 5P3PA 5P06A 4Y5GA 5P1HA 4HA5A 1K6PA 5P8MA 5P5GA 2EWYA 5P0LA 4Y5LA 2G1RA 1EPLE 1ODYA 3OQAA 5P0UA 2O4LA 3HVPA 5AHAA 4ZE6A 1TW7A 3OQDA 1B6JA 5OZZA 2QI1A 4DQGA 5P0FA 1FLHA 5P6WA 1PSOE 4DV9A 2H6TA 3QBHA 3O9FA 5P07A 4F75A 4RCDA 1TSQA 4Y53A 1W50A 5P13A 2I4UA 1W6HA 1W5XA 2Z4OA 4FAFA 5P87A 1PPKE 5OZCA 3RSVA 3VF7A 4DQCA 3R2FA 5P6YA 1Z8CA 5P3DA 2XFKA 5P7UA 5P4IA 2IKOA 1WBMA 5P7ZA 5P8EA 2QD8A 3BHEA 4Y35A 4CPTA 3UDPA 3GGUA 5P77A 2HS1A 4F74A 5P46A 5HDVA 3OTSA 3KYRA 1E5OE 3O9BA 3SPKA 1CMSA 3MSKA 4B78A 5OZNA 4F73A 5P48A 5P1RA 2JJJA 1FMBA 2VJ9A 3S7LA 1FQ8A 2PQZA 5P5FA 3T11A 1SMRA 2B7FA 2AOEA 3FNSA 2PH8A 5OZ7A 4DH6A 4FIVA 1TCWA 2J9JB 5P83A 3S54A 4TVHA 5P20A 4XXSA 2QP8A 5P3AA 5P2XA 4B72A 2RKGA 2Q11A 5P12A 3MXEA 5HVPA 1K2BA 3LIYA 3NUOA 2Q5KA 1FMXA 5P8DA 3S43A 2VNNA 1OEWA 2OHQA 5P6KA 4I0FA 4DQBA 3H5BA 4ER2E 2OHPA 1HWRA 5P5TA 4Y4GA 4Z4XA 1EPOE 3LZVA 2AZ9A 4H1EA 4ZSQA 5P1QA 4Y54A 4YBFA 3OADB 5P8FA 3Q70A 5ER2E 5BS4A 1F7AA 3SA3A 3NDWA 5P4NA 4I0ZA 3K5FA 3KMYA 4ZPFA 5P1YA 5P40A 5P5YA 3UDQA 4LHHA 3F9QA 5P3MA 3UDHA 4Y3GA 1EEDP 1PPME 4B00A 5P0GA 5P2MA 1HVLA 5P8NA 4R8YA 1MSMA 5P31A 5P6RA 5P4MA 5P6PA 5P7FA 2IS0A 5P2KA 1A9MA 3OHFA 4AZYA 1D4HA 5P2ZA 3SA9A 5P7VA 1YM4A 5P89A 1E81E 1ME6A 5P6HA 3DCKA 3T7PA 2P83A 2P8HA 1GVUA 3LZUA 4FM6A 5P8SA 2IKUA 5AH6A 5P65A 4LXAA 2VKMA 2BKTA 1SP5A 5HDUA 2R43A 4APEA 1BAIA 1MT7A 2AOFA 1BVEA 4YOAA 3QAAA 4NJSA 3BXSA 1F34A 3GI0A 5P8VA 3SA6A 5P7PA 4Q1NA 3OUAA 5CLMA 5OYVA 5JFUA 5P8IA 2AZBA 3TTPA 5I70A 5P2GA 5P1PA 4GYEA 2VJ6A 1FQ4A 2B8VA 3BGCA 5COOA 3VF5A 1ER8E 4U8WA 5P1BA 1Z1RA 4R91A 5P6AA 4IVSA 4Y50A 5P3ZA 2V10C 1EBWA 1GVTA 4QJ2A 3EL9A 5P2OA 3GGXA 5P1EA 4CPSA 1XL2A 2MIPA 1U8GA 1YT9A 1DAZC 3VYFA 3OTYA 2APRA 1EBZA 4I8ZA 2AOJA 5IVTA 2AVOA 5P7BA 3RTMA 5P55A 3IA9A 3D1ZA 4J1FA 2VS2A 3TKWA 3NU5A 1HSIA 5P0RA 4LL3A 2BPYA 4EQJA 3UHLA 3HDKA 5ER1E 1EPPE 3K4VA 5OZ5A 2BPWA 3RVIA 2BBBA 1K6CA 4J1HA 1HVJA 2ZYEA 2CEJA 2BB9A 1ZPKA 4Y5NA 1FFIC 4DQEA 3FSMA 3TPRA 4IVTA 2ER7E 3UDKA 3PMUA 2B42A 1C6ZA 4R5NA 3S85A 3K5DA 5OZBA 5OZ6A 5P25A 5P76A 1HIVA 5OZUA 3EC0A 4JECA 4FM7A 4WY6A 4YDFA 4LAPA 3NXEA 5P2HA 1YX9A 4J17A 1UH8A 1MRXA 4I0JA 4Y4XA 5ENKA 4FL8A 3TL9A 3U71A 1MT9A 1A94A 5OZ2A 4PEPA 3FX5A 4RCFA 4A4QA 5P2QA 4Y3YA 4DFGA 5P8AA 4BFBA 4Q1WA 4ACUA 2QZKA 5P00A 1UH9A 5P1IA 5P4TA 3BVBA 4Y47A 4Y3NA 1BILA 1EBKC 1ZPAA 4DVFA 5OZDA 3TOGA 3N3IA 4RYCA 5EZZA 3GI5A 5DR1A 3IGBA 3EKWA 5OZVA 4DJUA 4I12A 1CZIE 1HEGE 3L59A 2WEAA 4DJQA 3ZKMA 3FKTA 4OD9B 3Q6YA 5P61A 2B8LA 5P3JA 5P62A 5P0AA 5P5EA 5P6ZA 1AM5A 1QS8A 3T7QA 2WECA 2PMAA 4LXKA 1DPJA 3CKPA 3CIBA 2ZHUA 1ZSFA 4APRE 3TOFA 5DGUA 4Y4TA 5P0WA 3PWMA 3N4LA 3VLBA 1DW6C 2O4PA 5OZ1A 2WEDA 1SMEA 2F3KA 5P79A 1QBRA 4CPUA 7UPJA 3Q3TA 4Y5AA 1AVFA 4RROA 4L1AB 3VCMA 1APTE 5P3TA 3BC4A 5P0YA 2OHUA 1VIKA 1AAQA 3MWSA 4ZPEA 3Q4BA 2IENA 4D89A 1T6EX 1RL8A 5F00A 4J55A 4EJDA 1B6LA 3S45A 3OOTA 1HPXA 5KQXA 3OGQA 5P3XA 5P42A 3T7XA 3ER5E 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3IAW A;  2OHK A;  1SDV A;  4ZSM A;  4DJW A;  2QMD A;  5P1T A;  3LIQ A;  3DM6 A;  1RV7 A;  4S1G A;  5HU1 A;  1M4H A;  5CON A;  5E5K A;  3UFN A;  4OBD A;  4Y3E A;  3GI6 A;  1E80 E;  1SGU A;  2ER6 E;  5P2B A;  3KT5 A;  3NU3 A;  5P3H A;  3PMY A;  3VSX A;  4DPF A;  2P3B A;  3INE A;  3K5C A;  2QCI A;  4DQH A;  5P3W A;  2I4W A;  3PEP A;  4YA8 A;  2I4X A;  2B7Z A;  1FGC C;  3NDX A;  4FAE A;  4Y3M A;  2FXE A;  2PSG A;  1LS5 A;  5COP A;  4RZ1 A;  5P74 A;  5P4X A;  5HD0 A;  3OQF A;  3EMY A;  4J54 A;  4DJV A;  5P78 A;  4Y4J A;  1RQ9 A;  3AID A;  5DR7 A;  3Q5H A;  1MIQ A;  5P05 A;  3UQP A;  1LYB A;  5P4A A;  1HEF E;  4XX3 A;  3EM4 A;  4A6B A;  1ZBG A;  5P1A A;  2NMZ A;  5P0S A;  5OYW A;  4R92 A;  5OYR A;  1GVX A;  4Y3F A;  3TKG A;  5OZW A;  5P0V A;  5HU0 A;  3HLO A;  5JOD A;  2G1O A;  1FQ5 A;  4L7H A;  1HHP A;  3OU3 A;  1APV E;  5HCO A;  4Y5K A;  3S43 B;  2WEB A;  4Y5P A;  4H3F A;  5PEP A;  3PB5 A;  1IDA A;  5OZG A;  1T7I A;  3O9H A;  5P3O A;  4Y5B A;  3S8I A;  3RTH A;  3GGA A;  1KJF A;  3SM2 A;  3VV8 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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