3WB4A

Crystal structure of beta secetase in complex with 2-amino-3,6-dimethyl-6-(2-phenylethyl)-3,4,5,6-tetrahydropyrimidin-4-one
Total Genus 91
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
91
sequence length
387
structure length
360
Chain Sequence
FVEMVDNLRGKSGQGYYVEMTVGSPPQTLNILVDTGSSNFAVGAAPHPFLHRYYQRQLSSTYRDLRKGVYVPYTQGKWEGELGTDLVSIPHGPNVTVRANIAAITESDKFFINGSNWEGILGLAYAEIARPDDSLEPFFDSLVKQTHVPNLFSLQLCGAASVGGSMIIGGIDHSLYTGSLWYTPIRREWYYEVIIVRVEINGQDLKMDCKEYNYDKSIVDSGTTNLRLPKKVFEAAVKSIKAAEKFPDGFWLGEQLVCWQANIFPVISLYLMGEVTNQSFRITILPQQYLRPVCYKFAISQSSTGTVMGAVIMEGFYVVFDRARKRIGFAVSACHVHDEFRTAAVEGPFVTLDMEDCGYN
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Hydrolase
molecule keywords Beta-secretase 1
publication title Conformational restriction approach to beta-secretase (BACE1) inhibitors III: Effective investigation of the binding mode by combinational use of X-ray analysis, isothermal titration calorimetry and theoretical calculations
pubmed doi rcsb
source organism Homo sapiens
total genus 91
structure length 360
sequence length 387
ec nomenclature ec 3.4.23.46: Memapsin 2.
pdb deposition date 2013-05-13

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 3wb4A01
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 3wb4A02
2J9JA 1BXQA 5P44A 4YOBA 4Z4XA 5P4ZA 3SO9A 4Y3XA 4GJDA 4IVTA 3NR6A 2AOCA 5COOA 4L1AB 1QBUA 4DQHA 1N49A 1YG9A 5P35A 1RL8A 2G26A 4NJSA 3NXEA 2QZWA 5P53A 5P80A 4QJAA 1YTIA 4Y51A 3RSXA 5OYSA 1HRNA 5UPJA 2QP8A 3QPJA 2P3BB 1T6GA 1K6TA 4ZSRA 1M0BA 2ZHUA 1B6JA 5DGWA 4K4RA 2G1NA 2WEAA 4H3FA 2OHSA 3LZYA 4QJ6A 4YD4A 2CENA 5P8OA 2VNNA 3KFRA 4D8CA 4Y37A 1VIKA 2OHNA 3L59A 1PROA 5HDXA 1K2BA 3KA2A 4U8WA 3SA8A 5P4VA 5P3GA 3DK1A 5P1TA 3OQDA 5BS4A 3MXEA 1DPJA 3K1WA 3VV7A 1FQ4A 3GI4A 3RVIA 4R93A 3F9QA 5P2QA 5P36A 5P28A 5IE1A 2I4VA 4NJVA 2PWRA 4LBTA 5P88A 3IXKA 4DPIA 4I1CA 5P76A 3PCZA 5P1GA 4J54A 1AXAA 2ZDZA 2F8GA 1OEWA 3RU1A 4DJRA 4Y3EA 1PSNA 3EM3A 5P2UA 3G70A 4HLAA 5J25A 5P05A 1SH9A 2VA5A 5KQZA 5OZTA 4Y9WA 2Z54A 1B6MA 5P4IA 3SKGA 3O9AA 5P66A 4B70A 5F01A 5P18A 5P70A 4J1CA 2QU3A 3FSMA 2BB9A 5IVRA 5P6OA 2R5PA 5P6WA 1PPME 2OF0A 2AIDA 4APRE 2V12C 3UDJA 4A6CA 3KDDA 5P1JA 5P06A 4X2LA 3WSJA 3Q70A 5P1FA 4A6BA 5OYWA 3PSUA 5P2KA 1MVPA 3NYGA 5P4JA 5P3BA 2P3DA 4YOAA 2QMFA 3EL9A 5P09A 2P4JA 1B11A 4RYCA 2PSVA 4FL8A 3BC4A 3UQUA 5P4KA 3UDMA 5HE5A 4GB2A 3IVIA 4Y3WA 1CMSA 4J1HA 3I2LA 2BPVA 2PMAA 5P5MA 3UDNA 2RKGA 4Y5EA 3FNSA 3HBOA 4RVIA 3Q5HA 2WKZA 2P3AA 5P6AA 3R4BA 3QVCA 2NNPA 3IXJA 4I0JA 3O9EA 3CYWA 4NPUA 4NPTA 5P68A 3OUAA 4KUPA 3EKTA 5P3AA 4BEKA 2F3EA 2V00A 1GNMA 1SIPA 3R1GB 1QRPE 5P11A 3MSJA 4OD9A 3GGAA 4Y4TA 3KFSA 4QJ9A 5P04A 1YTGA 3T11A 2HS2A 4MC9A 1PSAA 1EBYA 4AZYA 3UQXA 5P2VA 5OZKA 1QS8A 1GVXA 4K4QA 5P2JA 4JPEA 3OUDB 5P5PA 4CPUA 5P69A 4PZXA 3OXCA 4J1FA 5P8MA 1EBZA 1OD1A 1FMXA 3K5GA 1HEFE 4ER4E 1C6XA 3L5FA 4ZPFA 3O9DA 5P87A 1IZIA 3L5DA 4OBJA 3VFBA 2IKUA 3JVWA 2ZHTA 1CZIE 4M8YA 5P3MA 2QD8A 3KT2A 3Q3TA 5P5RA 5P5XA 3S7MA 4ZSMA 1PPLE 3URJA 3PGIA 4I8ZA 3ST5A 3GI5A 2VJ7A 4Y3YA 4J1EA 4I0HA 1ODWA 5HDUA 2QD6A 1DAZC 4J1IA 3OQFA 3JW2A 5P4DA 3S43B 3EKQA 4Y56A 1BV9A 4Q1NA 5P6RA 5BWYA 5OYXA 4D89A 3T7XA 1MPPA 4GMIA 5P2WA 3D91A 5I3XA 2PQZA 5P4RA 1LYWA 5OZEA 1WBMA 5P6MA 3ZKSA 2F80A 3O9LA 5P6SA 3BVAA 3T6IA 5P6JA 3O99A 2AOFA 5OZRA 1FG8C 5HCOA 3OU3A 5DR0A 3KDCA 5P52A 5P39A 5P2FA 1T7KA 5P1XA 4DPFA 3EM6A 4JP9A 2QMDA 3BHEA 3QP0A 5P2MA 3SKFA 4ZIPA 5OZHA 3PBZA 5P0DA 4J55A 4TRZA 5P4OA 3UHLA 1MT7A 1LYAA 2WF4A 1FQ6A 1HVLA 2O4NA 4ZLSA 4RLDA 2QI3A 4Q5MA 3PRSA 5P1SA 2ER0E 4FM7A 1EPQE 5P3XA 2BPZA 3HW1A 2PH8A 2AZBA 5P8HA 5P4YA 1LF2A 1FKNA 5P62A 5P41A 2AVQA 3LHGA 2OHMA 5PEPA 5P7IA 7UPJA 5DQ1A 5OZFA 5P5UA 3SA5A 1PSOE 4Y3GA 1D4JA 3ZKIA 1QBTA 3HVGA 5P1AA 5P31A 5OYRA 5P75A 3O9IA 5OZ8A 2H6SA 4ZPGA 3IXOA 5P0CA 3WB5A 2NMYA 5P65A 5P8LA 5C9FA 1TSQA 5P3JA 5P8UA 4J17A 4Y3FA 4YCKA 2IEOA 1D4HA 2ER7E 5P3QA 1FQ8A 4Y6MA 5SY2A 3C9XA 3QRVA 4ACXA 3OGPA 2CEMA 3INEA 1EC3A 1BBSA 4YHQA 1B5FB 5P81A 1B6PA 3KT5A 2R3WA 1XN3A 3CIDA 5P8PA 5IVSA 3LPKA 4OBDA 3L5CA 5IS4A 3DV1A 5OZWA 4JOOA 3QRMA 1IVPA 2HPEA 5P6QA 4CPRA 5IVTA 4EXHA 1W6HA 3SM2A 2G1SA 4FSLA 3TKWA 3PSYA 4PEPA 3IN4A 5OZYA 3VYFA 4CPWA 4FM6A 4WY6A 4APEA 4BFBA 2QMPA 3NU9A 4DVFA 3VG1A 5P67A 5P2HA 1GNOA 5DQ5A 4GJ6A 1C70A 1KJ7A 4E43A 5ENKA 2IKOA 5P1OA 2BQVA 4X7IA 4KE0A 2HB3A 4HDPA 3CYXA 2NXMA 1OHRA 5P45A 1PFZA 2VJ9A 3TL9A 2P8HA 3OU1B 3SQFA 3H5BA 2R8NA 5HU0A 3EXOA 3OXXA 1J71A 3EKWA 3GGXA 3BXSA 5P15A 3RTMA 1MTBA 3PBDA 3R0YA 5P40A 2HC0A 3LZUA 5HDZA 3KFPA 2NXLA 5KQXA 2ZJLA 2R38A 3B7VA 1UH7A 1E80E 3N3IA 3ZMGA 5P7DA 3K5FA 3VLAA 1HPXA 2G1RA 5P17A 5P3LA 4GJAA 4R5NA 5JFUA 4GJCA 3HAWA 3ZKXA 2AODA 2IGXA 2G94A 5P2SA 2B60A 2NMZA 5P85A 3KDBA 3PMYA 3QBHA 2ZJMA 4H3JA 3IN3A 4DQEA 2VA7A 1Z8CA 1TCXA 4Y4XA 5P00A 4Y3AA 1FGCC 1HEGE 4H3GA 4YD7A 5P1YA 4KE1A 4NJUA 1D4SA 4EJ8A 4PYVA 1HVJA 4Y3JA 5OZMA 5P7AA 1G2KA 5OZIA 5P1UA 2BKSA 2VNMA 2P3CA 5IVQA 1MT8A 2WF3A 5P5EA 1GVUA 4DQGA 1M4HA 2WF2A 3KMXA 3ZL7A 5OZBA 4CPXA 3OY4A 2FS4A 4Y5KA 4GJBA 1SP5A 3CKPA 4Y5MA 1XL2A 4L1AA 5P83A 3O9HA 3FNTA 4Y5PA 5ER2E 2OAHA 4Y45A 3I7EA 3ER5E 1IDAA 4DJOA 2AVSA 6APRE 2BBBA 4B0QA 4S1GA 5OZZA 4K8SA 5OZNA 1SMEA 5P46A 1U8GA 2QHCA 5P0JA 5OYZA 5P8NA 5OYVA 2B42A 3UDPA 1MRXA 2P3BA 5DGUA 1SDVA 2JE4A 3OAGB 1HPOA 2G1OA 5P7GA 5P8SA 3UPJA 5P2GA 5P0UA 2G24A 4JECA 4YD3A 4EJDA 3OTYA 1A8GA 3N4LA 1GVWA 3ZLQA 1BVEA 1SGUA 4OBZB 2HB4A 5P79A 4NJTA 1FFFC 3SA7A 3LIYA 4LXMA 4HE9A 5P27A 2PK6A 5KAOA 1CPIA 4R91A 3SA3A 5P3FA 2FLEA 4Y5BA 3UTLA 3SPKA 4HA5A 6FIVA 1GNNA 4AUCA 4LXKA 4Y3SA 1BDRA 3K4VC 1W5VA 2AOJA 4FRIA 1LZQA 2IGYA 3EKXA 3URLA 2QI6A 5P0QA 5P8BA 5P6EA 5P8EA 1NPVA 1HSIA 1GKTA 3EKYA 1HPVA 3NDWA 5F00A 2ZJIA 1ODXA 3GGUA 1FMUA 5P6VA 2AQUA 5P3HA 2ZGAA 2G27A 3HAUA 3VCMA 5P0RA 2QHZA 1W51A 5AHAA 5P43A 5DPZA 5I3YA 2FNTA 3DUYA 3ZKMA 5FIVA 1D4KA 1FF0C 4RVJA 5P6GA 4PHVA 1QBRA 3NUJA 2VKMA 5OZGA 3EMYA 5P4BA 4HDBA 5P7UA 1IZHA 3UF3A 5P8QA 1BILA 1MESA 5P12A 2SAMA 1SMRA 4Y44A 4YBIA 5P0FA 5P5IA 5P5OA 1LF4A 1KJFA 1HVKA 2RMPA 2ZHSA 1APWE 2R43A 3NSHA 5P0YA 2AZ9A 4Y4GA 5P47A 3O9BA 4DH6A 5P2XA 5P5HA 1E81E 1M43A 1KZKA 4COEA 1BWAA 1HOSA 4GJ5A 3AIDA 2ZJNA 3TLHA 1G6LA 2G21A 1IDBA 5P2CA 5P4TA 4FIVA 4AA9A 5SZ9A 1UPJA 3UFLA 3VF7A 2B8VA 2QI5A 5P3CA 5P7PA 2PSUA 3VYEA 3AUPA 4R95A 1FG6C 2WF0A 3TTPA 5P6TA 5OZ6A 1IZEA 5P0KA 4K4PA 5P0TA 1KJHA 5OZLA 4Z50A 1MERA 5OZ4A 3FKTA 4J0VA 2V16C 3G6ZA 2I4UA 5P24A 3I25A 4RZ1A 4DJVA 1NPWA 3CKRA 4IVSA 5P7QA 2ER6E 3SABA 5P8VA 4CPTA 5P38A 2WJOA 3NUOA 5P54A 2PWCA 1WKRA 1EBWA 4QJ2A 3OUCA 5I3WA 3Q4BA 4Y5NA 5KOSA 3NDTA 1D4IA 2Q3KA 5HCTA 4I0ZA 1HVIA 2FDEA 3QS1A 5P4UA 3RTNA 1EPPE 1FQ7A 3UDHA 4FSEA 3TKGA 1QBSA 5P8RA 2VA6A 2AOIA 1K6PA 5P25A 3OXWA 2O4PA 2HPFA 4LAPA 5P2DA 3OHHA 3PSGA 4EQ0A 3S45A 5P84A 5C9BA 3BVBA 1OEXA 4K9HA 3S56A 3OUDA 4F74A 5P0SA 5P07A 3OU4B 1TSUA 5EZXA 1E5OE 5P1NA 4F76A 5P1MA 5OZPA 4GYEA 1G35A 4Y3NA 3OQKA 1G0VA 5DR3A 1K6CA 5P8IA 5P8AA 2ZHRA 4U7VA 2NNKA 4OBHA 5KR0A 3M9FA 2QNQA 3SLZA 1B6KA 4B78A 3K5DA 1YT9A 5P6KA 3IA9A 1B6LA 2PYNA 4ER2E 3S43A 2G20A 4YD5A 2PK5A 4I11A 1HSHA 5P30A 1A9MA 2QU2A 5P5YA 5P5BA 1YM2A 5P7BA 5P01A 3RTHA 8HVPA 3INDA 3S54A 2ZYEA 5P2RA 5P6PA 4DJPA 5OZOA 1ZSRA 5COPA 5P1BA 5P2AA 1HVRA 1AZ5A 5KOQA 5P7SA 3PB5A 5P3DA 5P6UA 5HE7A 2B7FA 2O4LA 5HVPA 5P3EA 3NDUA 3D3TA 2WEZA 3PWRA 2FIVA 1EEDP 3TPLA 1T7IA 2OHTA 4FRJA 2RENA 1C6ZA 3TOFA 1D4LA 3PEPA 3MSLA 5P1PA 4PZWA 5P0IA 5SXNA 2BPYA 5P08A 3R0WA 3MWSA 4Y48A 5ISJA 2WEBA 3DOXA 5P7TA 4RCEA 3OUBA 4FCOA 2FGUA 5DR1A 2NR6A 5P8TA 1ZTZA 3VYDA 5OYTA 1HIIA 4DJYA 4DJUA 2NXDA 1HIHA 5DQ4A 5P7OA 5P0AA 2PC0A 4Y5AA 4AA8A 4MC2A 1ZAPA 4EXGA 5P7EA 3NU6A 3S2OA 4YDGA 3ZKGA 2A4FA 1BV7A 4XX3A 3URIA 3UDRA 2FNSA 3LZVA 4B05A 5JFPA 3RSVA 3KFNA 1AVFA 4YDFA 4DFGA 5P7ZA 4EHCA 5P4MA 2HS1A 5P82A 2VIJA 1MIQA 2G69A 5C9DA 2G22A 4TRWA 1APTE 4OBFA 3DV5A 5P74A 1KJ4A 2VIYA 2VS2A 3HZCA 4Y3ZA 1EBKC 5P4QA 5P6BA 4Y4UA 4DQCA 2Q11A 4Y4DA 5P1VA 3LIQA 1K6VA 3NU5A 5P33A 3K4VA 5P1CA 2JYSA 2QZXA 5P5AA 1FMBA 4I0EA 5P3NA 1B5FA 3CICA 5P02A 2XYEA 4N00A 5P0WA 5P1EA 2RSPA 4DQFA 3R2FA 3WB4A 5P5VA 5OZ0A 1GVTA 5P1KA 3L5BA 4Y35A 4AMTA 3EL4A 3EL0A 1A94A 3INFA 4RGHA 4Y57A 5P5TA 3OK9A 5P51A 2QNNA 5P5SA 5P1LA 3BUHA 1XE6A 1MUIA 4J0TA 1T6EX 4ZSQA 4Y3HA 1K1UA 5P8DA 3UQWA 4YCYA 3DCRA 1EPME 1FQXA 5EZZA 1NH0A 1C6YA 2Q64A 1K1TA 4DJWA 2FDDA 3D20A 3S8IA 4Y5CA 4CPQA 3ZPTA 3DM6A 1XN2A 1IIQA 2PYMA 5P42A 1ZJ7A 1HTEA 3Q6YA 5I70A 5P10A 3VV8A 4Z2ZA 5E5JA 3LPJA 3UDYA 5HTZA 1SDTA 1Z1HA 3OU1A 3QIHA 3SAAA 2I0DA 5P7XA 3LNKA 3S53A 2NTRA 1HTGA 3CKTA 4EP3A 5KR1A 3L38A 7HVPA 5P4EA 2F3FA 2QMGA 5P2TA 3VF3A 5HU1A 3ZPSA 2RKFA 5DR8A 4J0PA 1BVGA 5KQYA 1DW6C 5OYUA 1EPLE 5OZVA 2I4XA 3EL5A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 2J9J A;  1BXQ A;  5P44 A;  4YOB A;  4Z4X A;  5P4Z A;  3SO9 A;  4Y3X A;  4GJD A;  4IVT A;  3NR6 A;  2AOC A;  5COO A;  4L1A B;  1QBU A;  4DQH A;  1N49 A;  1YG9 A;  5P35 A;  1RL8 A;  2G26 A;  4NJS A;  3NXE A;  2QZW A;  5P53 A;  5P80 A;  4QJA A;  1YTI A;  4Y51 A;  3RSX A;  5OYS A;  1HRN A;  5UPJ A;  2QP8 A;  3QPJ A;  2P3B B;  1T6G A;  1K6T A;  4ZSR A;  1M0B A;  2ZHU A;  1B6J A;  5DGW A;  4K4R A;  2G1N A;  2WEA A;  4H3F A;  2OHS A;  3LZY A;  4QJ6 A;  4YD4 A;  2CEN A;  5P8O A;  2VNN A;  3KFR A;  4D8C A;  4Y37 A;  1VIK A;  2OHN A;  3L59 A;  1PRO A;  5HDX A;  1K2B A;  3KA2 A;  4U8W A;  3SA8 A;  5P4V A;  5P3G A;  3DK1 A;  5P1T A;  3OQD A;  5BS4 A;  3MXE A;  1DPJ A;  3K1W A;  3VV7 A;  1FQ4 A;  3GI4 A;  3RVI A;  4R93 A;  3F9Q A;  5P2Q A;  5P36 A;  5P28 A;  5IE1 A;  2I4V A;  4NJV A;  2PWR A;  4LBT A;  5P88 A;  3IXK A;  4DPI A;  4I1C A;  5P76 A;  3PCZ A;  5P1G A;  4J54 A;  1AXA A;  2ZDZ A;  2F8G A;  1OEW A;  3RU1 A;  4DJR A;  4Y3E A;  1PSN A;  3EM3 A;  5P2U A;  3G70 A;  4HLA A;  5J25 A;  5P05 A;  1SH9 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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