3WB5A

Crystal structure of beta secetase in complex with (6s)-2-amino-3,6-dimethyl-6-[(1r,2r)-2-phenylcyclopropyl]-3,4,5,6-tetrahydropyrimidin-4-one
Total Genus 92
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
92
sequence length
387
structure length
361
Chain Sequence
FVEMVDNLRGKSGQGYYVEMTVGSPPQTLNILVDTGSSNFAVGAAPHPFLHRYYQRQLSSTYRDLRKGVYVPYTQGKWEGELGTDLVSIPHGPNVTVRANIAAITESDKFFINGSNWEGILGLAYAEIARPDDSLEPFFDSLVKQTHVPNLFSLQLCGASVGGSMIIGGIDHSLYTGSLWYTPIRREWYYEVIIVRVEINGQDLKMDCKEYNYDKSIVDSGTTNLRLPKKVFEAAVKSIKAASSTEKFPDGFWLGEQLVCWQAGWNIFPVISLYLMGEVTNQSFRITILPQQYLRPYKFAISQSSTGTVMGAVIMEGFYVVFDRARKRIGFAVSACHVHDFRTAAVEGPFVTLDMEDCGYN
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Conformational restriction approach to beta-secretase (BACE1) inhibitors III: Effective investigation of the binding mode by combinational use of X-ray analysis, isothermal titration calorimetry and theoretical calculations
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase
source organism Homo sapiens
molecule keywords Beta-secretase 1
total genus 92
structure length 361
sequence length 387
ec nomenclature ec 3.4.23.46: Memapsin 2.
pdb deposition date 2013-05-13

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 3wb5A01
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 3wb5A02
4LAPA 2F81A 3VYEA 3AIDA 4OBZA 2WF3A 5AH7A 1NPAA 1LV1A 4ZPGA 3MSKA 2AVQA 3OHFA 5P7CA 2BBBA 3NDWA 5P2EA 5OYTA 4NKKA 5P41A 2HB4A 3RVIA 5P1IA 3WZ6A 3L3AA 5P6UA 1HVCA 3FIVA 1MPPA 2G22A 4Y3LA 5C9FA 4GYEA 5P4BA 4AA8A 3UDKA 1LYBA 5IVRA 2WF4A 3GI5A 4H3GA 5P7XA 2AZ8A 2OF0A 4XX3A 2IGXA 2G24A 4DV9A 2FDEA 4ZSRA 5P1QA 5I3XA 3DV5A 3APRE 3M9FA 3DK1A 5OZQA 2F8GA 3HD8A 3UDJA 5P50A 2PK5A 1K6VA 3FNTA 3U71A 2QI3A 1DAZC 2V16C 3EXOA 2HS2A 3FNSA 4B72A 2A4FA 5P8OA 5P01A 5P1BA 3SFCA 3SA7A 3QROA 3D20A 1EC1A 5P4IA 2I4WA 2NMYA 2QHCA 1C6ZA 3FNUA 3O9BA 4RLDA 4EPJA 3RTMA 3UHLA 5P7YA 4ACUA 3ZKIA 3Q6YA 3S2OA 2QI4A 2Q55A 4Y3SA 1GVVA 3UFNA 1D4JA 1A9MA 1C70A 3OQDA 3NUJA 5P22A 3D91A 3TH9A 2IS0A 3R4BA 4Y56A 2OHQA 2WEZA 5P2XA 3PWWA 4QJAA 2ER6E 3NXEA 3CMSA 4Y50A 1XN2A 5OZ0A 2VJ6A 3EKYA 2ZE1A 5P1PA 2VS2A 2PYMA 1W5XA 3EL5A 3K5DA 4Y3MA 4D8CA 1XL2A 4ZLSA 5P0QA 3LPKA 5OZ1A 2OHSA 3MWSA 4FRJA 4EWOA 1OEXA 1SH9A 2QU2A 3HVGA 1FQ8A 4WY1A 4Y5GA 2JXRA 1Z8CA 1QS8A 1AIDA 4HZTA 4BFDA 4B1EA 5P6TA 2J9JA 4YE3A 1HPXA 4Y4EA 5P0IA 5KR1A 3INDA 4MC1A 5P3PA 3KDCA 3O9FA 3IXOA 5OZUA 3EKXA 1ODXA 3NUOA 1EPLE 2I1AA 4A6BA 5BRYA 3KT2A 2OHNA 1XN3A 1IZHA 3AUPA 2AODA 2OHPA 5P25A 1EPRE 5SZ9A 3OU4B 5AH8A 5F00A 3OK9A 3C9XA 2V10C 1SIVA 2Q64A 2FDPA 5AHBA 2OHRA 2AOHA 4Q1WA 5P23A 1APTE 1GVWA 5P09A 1HTEA 1T7KA 2R9BA 1YM2A 3QBFA 2APRA 4Y9WA 4J1HA 3RU1A 2IKUA 2PYNA 4KUPA 5OZKA 1B11A 3LZVA 5P6PA 3ZMGA 4KE1A 2WEBA 3TPPA 3MSJA 1XDHA 1ZAPA 4Y48A 5P0HA 3ZLQA 6APRE 5COPA 4GIDA 2NXDA 3QBHA 1GVTA 3ECGA 3SA9A 2Q3KA 3UQWA 2VIYA 5P0NA 5OZXA 5P1TA 4BELA 3EMYA 3S53A 5P5TA 1ZTZA 4HDFA 1FG8C 4OBHA 1IBQA 4J0YA 5P5CA 5OZPA 5P6DA 1LF3A 3S8IA 3T7PA 2UPJA 1HRNA 2ZJLA 1PSAA 4AMTA 1Z1HA 5IS4A 4TRYA 1HSGA 4Y51A 5AH6A 5P7HA 3D1YA 3WZ7A 4RYCA 5P0KA 2QD8A 5OZ7A 5P2BA 4I0DA 1VIJA 1BIMA 4DI2A 2JYSA 3K5GA 4JPEA 3GW5A 2B7ZA 3SQFA 5P2ZA 4NJUA 5J25A 5HCOA 5P0ZA 2WF0A 2VA6A 1CPIA 5OZVA 5I70A 5P39A 5P3ZA 3UQRA 3CIDA 5P6MA 1DMPA 4CPWA 5P2TA 3WSJA 1C6XA 4CPUA 2P3BB 1LZQA 3NDUA 2PSVA 5P76A 3OY4A 5P4DA 5P7VA 5P8PA 5P1DA 5P10A 2I4DA 5P3WA 3EKVA 3G70A 2QNQA 2BPVA 5EZXA 5P74A 1BV7A 5P8JA 5P6ZA 2PQZA 5P1FA 3MXDA 4FS4A 4EP3A 5OZCA 3VYFA 5P38A 5P6YA 3OOZA 2HB3A 4DJOA 5P0PA 2QCIA 1HVRA 4OBFA 5JG1A 1GVXA 3FKTA 3EKWA 5P4PA 2I0DA 5P6VA 4L7JA 3B80A 4OC6A 4YDGA 3PVKA 5P3UA 2I4QA 1E5OE 4UPJA 5P3GA 2F3FA 3UDMA 1YG9A 5P0VA 4Y3DA 3O9EA 4YD3A 4DUSA 3QVCA 2OHUA 5OZ2A 4Z22A 2Q54A 3HDKA 4WTUA 1MT8A 2R38A 3VF5A 4FGXA 4OC6B 3L38A 5P57A 1BAIA 3UDQA 5P1OA 1GNMA 4R95A 4I0ZA 4Y35A 4Y3AA 4RVJA 3L5DA 4AA9A 3EC0A 2G1YA 1AZ5A 2QI1A 4X2LA 3DOXA 1DW6C 2HPEA 4XKXA 3SKFA 2AOEA 4CMSA 4FCOA 5P20A 4DQBA 1C6YA 5P83A 1HPOA 2H6SA 2WEDA 4YD7A 1FMUA 3KFPA 4RGHA 5P7MA 3DCKA 3UF3A 4NJSA 5P6FA 3OXCA 6UPJA 1KJFA 3ZKQA 4DJUA 3SACA 4QJ6A 4D89A 3OQAA 3L5FA 3PSUA 2G26A 1UH8A 5P0GA 5P3DA 5OZDA 3SA5A 2QNNA 4R93A 2NNPA 2VJ7A 5P02A 5P51A 5P47A 2FMBA 4I8WA 4F74A 2VIZA 2QZKA 1FIVA 4J1FA 1B5FB 4I0EA 1B6PA 3CIBA 2FDDA 3NU9A 5P4YA 3SAAA 1HPSA 3MSLA 4X7IA 5ENKA 2VA7A 3O9GA 2CEJA 5P6CA 5P2CA 5P6RA 5CLMA 5P34A 4AZYA 5P3CA 3K4VA 4L6BA 1IZDA 3F9QA 5P1UA 4A6CA 1HIHA 1FQ7A 3BRAA 3VCMA 3SABA 5I3WA 5P5KA 4FAEA 4I1CA 5P0OA 5JODA 1APVE 4Y41A 5P1YA 2G1NA 3LHGA 3PWMA 3ZKNA 5ER1E 4Y5EA 5P80A 4Z50A 3TPJA 3WZ8A 5P2JA 5P62A 5P77A 4GJ5A 4RRSA 5P5ZA 4L1AB 3ZL7A 3CYWA 3L5CA 5P3MA 4FE6A 1EAGA 5P5YA 4RZ1A 4ZSQA 2PSUA 4R91A 5P2IA 1APUE 1OHRA 3PI5A 4L7HA 3OXVA 2I4VA 5DR7A 1A8KA 4DJPA 2B8LA 3GGXA 4Q1XA 2AOCA 5DGWA 5P15A 3PMUA 3LPIA 3EL4A 5B18A 4I0IA 4JPCA 1MERA 4I0FA 4EP2A 1HSIA 1YTJA 2ZJHA 5P0LA 1BXOA 4B1CA 2HC0A 3S45A 3S54A 5P7DA 3KM4A 1T3RA 4Y3FA 5P17A 3KDDA 5OYVA 4LC7A 2AZ9A 3PMYA 3OHHA 3IXKA 4DVFA 5OZFA 1LYWA 4CPSA 2V13A 2ZDZA 3URJA 2VNMA 3VG1A 1KJ4A 3IVHA 5P2QA 5P0RA 1ZPKA 1ZP8A 3LZSA 4I0GA 1U8GA 4IVSA 2G69A 5DQCA 1HVIA 1QBSA 3G72A 4Y44A 5P0UA 3IN3A 5P12A 1Q9PA 1XS7D 1HWRA 4MC2A 4Y4AA 4J55A 2ZHVA 4KB9A 4A4QA 3BC4A 3NYGA 2QI5A 2QHYA 1FQ5A 5P7QA 4Y3GA 2QK5A 1HVHA 4LHHA 4J0ZA 4OD9B 4Y5CA 2B7FA 4U7QA 5P5WA 2MIPA 5P73A 3TTPA 4FAFA 4DQCA 5P3LA 2F3KA 2R8NA 5P0TA 1LYAA 3VSWA 1W5VA 2IENA 4OBZB 4U7VA 1FQ4A 1NH0A 5P4MA 4CPTA 1MIQA 5P3YA 1ZJ7A 5P0CA 3O9HA 3INHA 4RVXA 5P68A 1A94A 1HEFE 2A1EA 5COOA 4ER4E 4HDBA 2UXZA 1XE5A 5P7LA 2OAHA 1FFFC 5P13A 3BUGA 2PC0A 4D83A 4F75A 4B05A 4Y5BA 3SA3A 4Y4UA 5IVQA 1MTBA 5P2UA 5P6NA 1LYBB 2NTRA 2ZYEA 2QI7A 3KT5A 2ER7E 3OUBA 2BKTA 1N49A 4Y36A 1TSQA 1BWAA 3OQKA 5P1NA 5P1RA 2I0AA 5P5FA 2FGUA 2ZHSA 3I2LA 1BBSA 3T6IA 5P0FA 3GI6A 4YDFA 1HVKA 5P88A 3FSMA 4GJ8A 3OQ7A 2ASIA 1K2BA 3G6ZA 3PWRA 1BILA 1T7JA 5P2FA 2V12C 3ZKXA 1IIQA 5P0MA 5P2DA 4WY6A 3IAWA 5P7KA 3K5CA 4Y5LA 4TRWA 5P28A 5P4FA 2NR6A 3OTSA 3OADA 5P5SA 3NWXA 1YTIA 5P6WA 1GNOA 2ZHUA 5P7PA 2XFIA 3ZKMA 2RSPA 1A8GA 2WL0A 3NU5A 4FM8A 5P2NA 5P3IA 5HD0A 5OZAA 3QP0A 4B77A 1SGZA 1BV9A 1MSMA 1TCWA 2IEOA 4PYVA 3TL9A 3Q3TA 5P8VA 3TNEA 1F7AA 5P75A 4QJ8A 3Q70A 5P81A 1W5YA 3T11A 4ZIPA 5P3QA 4PPHA 3NLSA 1FB7A 4Y3ZA 2P3CA 5DQ4A 5P3AA 1E80E 3QS1A 1B6MA 3OXWA 4GJ7A 4S1GA 5P2VA 4B0QA 4NJTA 4ACXA 3CKRA 1FEJC 5JFPA 2PWCA 1K6PA 4CP7A 3UDHA 4DJYA 2O4LA 1VIKA 1AXAA 4EXHA 4J0VA 2G1OA 3DM6A 4I10A 3QRSA 3S56A 5P1AA 1EPOE 1K6TA 4H3JA 5P56A 4M8XA 1E81E 4B1DA 2PH6A 2J9JB 1APWE 3JVYA 3VFBA 5OYRA 5P6XA 5P3FA 3QVIA 1EC0A 1HVSA 3PSGA 4J0TA 2WF1A 3OUDA 3QRMA 3S7LA 1IZEA 2QZWA 3L59A 5P04A 3APPA 5P0AA 3BVAA 5P5PA 4J17A 1D4YA 4CPQA 2WF2A 5IVSA 1KJHA 2Z4OA 4Y5PA 6FIVA 5P0DA 4Q5MA 2O4SA 5P7EA 5P84A 5COKA 2VA5A 7HVPA 4TVGA 1KJ7A 2PWRA 4YCKA 9HVPA 5TOLA 4APEA 3OTYA 4XX4A 5P1CA 5P7WA 5P8GA 1SMRA 3SKGA 5P35A 5KQXA 4K4PA 5P4ZA 3OOTA 4Y38A 5P72A 3NSHA 5P11A 5P1GA 1W50A 4YD4A 3OAGA 5P2AA 3IN4A 5P4UA 5P5LA 2FNSA 5P7UA 3NDXA 3VEUA 3ZPSA 1MRWA 3TPLA 1ZSFA 5DGUA 3LNKA 2IKOA 3A2OA 1LEEA 1JLDA 4ZE6A 3QPJA 2IL2A 2P3DA 5P3XA 2WHHA 3DJKA 1KZKA 1EPME 4Z4XA 3UDPA 2AVVA 3PSYA 4K4QA 5P8LA 4HE9A 8HVPA 3SM1A 2G1RA 4ER1E 3GGVA 5P5DA 5OZ9A 3BXRA 5OZ4A 5P2GA 1PROA 3HVPA 4GJAA 2JJIA 4FRKA 4B78A 3LITA 2G94A 5P3HA 2AVMA 5DPZA 4JOOA 2BPXA 5P8EA 1AAQA 3EKPA 5ER2E 4U8WA 5P6IA 1W6HA 4DJVA 1HPVA 1MT9A 5P8TA 3ER3E 5P85A 1ER8E 5P1HA 3UDRA 3BXSA 1AJVA 2P8HA 2AQUA 3T3CA 5P8BA 1RQ9A 1QBUA 5P4GA 2BJUA 4OBJA 3BUHA 3NU4A 5E5JA 5OZZA 4DJWA 5AHAA 3OWNA 1QBRA 3OQFA 4Y3WA 5OZWA 5P6GA 3HBOA 5HE7A 3O9DA 1MVPA 5P14A 3RSXA 4FRSA 1IVPA 1G0VA 3INEA 1D4IA 2JE4A 4DFGA 4YHQA 4RVIA 2AZBA 4FL8A 2ER0E 4J1KA 5P8MA 5P55A 5OYSA 1PFZA 4K4RA 2ZJIA 4I12A 4DQEA 1QRPE 1EPPE 5P60A 3D3TA 3QIHA 3PGIA 4Y57A 5P5VA 2O4PA 5P3JA 4NJVA 2HPFA 1FMXA 3BVBA 4AUCA 1J71A 1IZIA 1ZPAA 1YX9A 4CPRA 2ER9E 3QRVA 2PMAA 4L7GA 1T7IA 2NPHA 4MC9A 3MXEA 4YBIA 4PHVA 5OZMA 3D1ZA 3QN8A 4QJ7A 5P4AA 5P5HA 1D4HA 5EZZA 5P5OA 5P1ZA 5HDVA 1SMEA 3PBZA 4BEKA 4RRNA 5P5QA 4OBKA 4J5JA 1D4SA 4EJLA 1Z1RA 5CONA 3OUAA 5DQ2A 3WB4A 1K6CA 3R0WA 4RCEA 5P6EA 2RKFA 2BB9A 3RTHA 4J1IA 3INFA 5P0SA 4RCDA 5P6JA 4FM7A 3VF3A 2HAHA 3RSVA 2ZJJA 4GZFA 2QU3A 5P61A 4Y4ZA 3LIXA 4PZWA 5OYZA 3LIZA 1W5WA 1FFIC 2QD7A 5P7SA 5P1WA 5P26A 5BWYA 5OZLA 5P48A 3KFSA 1M43A 4OBDA 2R3TA 4ZSMA 2XYFA 4EHCA 1W6IA 5P44A 5P5EA 2ZGAA 2R5PA 5P1KA 3Q4BA 1UPJA 5HTZA 3OUCA 5P89A 5P82A 1AM5A 5ISKA 1SBGA 1SDTA 2NMZA 4QJ2A 2OHTA 4Y47A 5P7IA 2OHLA 1HSHA 1IDAA 1TSUA 2PSGA 5P32A 4QJ9A 5P71A 3K4VC 1EPNE 5HE4A 4Y3JA 7UPJA 5HE5A 3T7XA 1ENTE 5OZ8A 1T6EX 2QNPA 1AVFA 2QI0A 5P4TA 4EJKA 4ZPFA 3ZPTA 2QMDA 1RL8A 3OGQA 1M0BA 3I7EA 5P8DA 4Y3XA 1GVUA 4HEGA 4Y58A 1FQXA 5P5IA 2HM1A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 4LAP A;  2F81 A;  3VYE A;  3AID A;  4OBZ A;  2WF3 A;  5AH7 A;  1NPA A;  1LV1 A;  4ZPG A;  3MSK A;  2AVQ A;  3OHF A;  5P7C A;  2BBB A;  3NDW A;  5P2E A;  5OYT A;  4NKK A;  5P41 A;  2HB4 A;  3RVI A;  5P1I A;  3WZ6 A;  3L3A A;  5P6U A;  1HVC A;  3FIV A;  1MPP A;  2G22 A;  4Y3L A;  5C9F A;  4GYE A;  5P4B A;  4AA8 A;  3UDK A;  1LYB A;  5IVR A;  2WF4 A;  3GI5 A;  4H3G A;  5P7X A;  2AZ8 A;  2OF0 A;  4XX3 A;  2IGX A;  2G24 A;  4DV9 A;  2FDE A;  4ZSR A;  5P1Q A;  5I3X A;  3DV5 A;  3APR E;  3M9F A;  3DK1 A;  5OZQ A;  2F8G A;  3HD8 A;  3UDJ A;  5P50 A;  2PK5 A;  1K6V A;  3FNT A;  3U71 A;  2QI3 A;  1DAZ C;  2V16 C;  3EXO A;  2HS2 A;  3FNS A;  4B72 A;  2A4F A;  5P8O A;  5P01 A;  5P1B A;  3SFC A;  3SA7 A;  3QRO A;  3D20 A;  1EC1 A;  5P4I A;  2I4W A;  2NMY A;  2QHC A;  1C6Z A;  3FNU A;  3O9B A;  4RLD A;  4EPJ A;  3RTM A;  3UHL A;  5P7Y A;  4ACU A;  3ZKI A;  3Q6Y A;  3S2O A;  2QI4 A;  2Q55 A;  4Y3S A;  1GVV A;  3UFN A;  1D4J A;  1A9M A;  1C70 A;  3OQD A;  3NUJ A;  5P22 A;  3D91 A;  3TH9 A;  2IS0 A;  3R4B A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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