3WB5A

Crystal structure of beta secetase in complex with (6s)-2-amino-3,6-dimethyl-6-[(1r,2r)-2-phenylcyclopropyl]-3,4,5,6-tetrahydropyrimidin-4-one
Total Genus 92
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
92
sequence length
387
structure length
361
Chain Sequence
FVEMVDNLRGKSGQGYYVEMTVGSPPQTLNILVDTGSSNFAVGAAPHPFLHRYYQRQLSSTYRDLRKGVYVPYTQGKWEGELGTDLVSIPHGPNVTVRANIAAITESDKFFINGSNWEGILGLAYAEIARPDDSLEPFFDSLVKQTHVPNLFSLQLCGASVGGSMIIGGIDHSLYTGSLWYTPIRREWYYEVIIVRVEINGQDLKMDCKEYNYDKSIVDSGTTNLRLPKKVFEAAVKSIKAASSTEKFPDGFWLGEQLVCWQAGWNIFPVISLYLMGEVTNQSFRITILPQQYLRPYKFAISQSSTGTVMGAVIMEGFYVVFDRARKRIGFAVSACHVHDFRTAAVEGPFVTLDMEDCGYN
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Conformational restriction approach to beta-secretase (BACE1) inhibitors III: Effective investigation of the binding mode by combinational use of X-ray analysis, isothermal titration calorimetry and theoretical calculations
pubmed doi rcsb
molecule keywords Beta-secretase 1
molecule tags Hydrolase
source organism Homo sapiens
total genus 92
structure length 361
sequence length 387
ec nomenclature ec 3.4.23.46: Memapsin 2.
pdb deposition date 2013-05-13

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 3wb5A01
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 3wb5A02
1OD1A 3T6IA 5P13A 5OZ9A 3RTNA 5P4EA 4AA8A 3KA2A 3S7MA 1EPOE 5AGZA 5P2UA 4J1EA 3OADB 3BXSA 1TCWA 3TKWA 1MTRA 3EL9A 5P48A 5HDVA 3UQWA 4RGHA 4YD5A 3L58A 3F9QA 3OADA 4GJ7A 1GVXA 2HIZA 4I0ZA 2G26A 2G21A 5HU1A 1G2KA 3SA6A 1DP5A 1AAQA 2QK5A 2VNMA 5P1RA 1JLDA 5P5KA 4MC2A 5P2ZA 5P4WA 3PVKA 1HPSA 3O9CA 1NH0A 2PH6A 3OU3A 2O4KA 1EPRE 4Y3WA 2G27A 5P0HA 4FLGA 4I0HA 5P0LA 1A30A 5P0VA 1E5OE 1HWRA 4K9HA 5P73A 5P8PA 4DJXA 3GI5A 4BFBA 5P65A 5OZ8A 5P82A 1TCXA 3EM6A 2JJIA 2V16C 5ISKA 5P6PA 4X7IA 4HVPA 2APRA 4DJUA 5B18A 2FS4A 5P6QA 1OHRA 5P7NA 3TNEA 4EJDA 1HEFE 5P4XA 3QBFA 3TOFA 5P7JA 4A6BA 1EBZA 1CPIA 3PEPA 1BWBA 3KM4A 5OZIA 2JYSA 3K5DA 5P0JA 4ZLSA 2QI3A 4NPTA 1U8GA 5C9FA 2FGUA 3FV3A 5P85A 2G1YA 5P2TA 1SDTA 4H1EA 2V00A 5P71A 2F81A 3BC4A 3C9XA 4GIDA 2ER7E 3PMYA 1AZ5A 5P53A 4GB2A 5DR4A 5P36A 1BXQA 1MRXA 4AUCA 5ENMA 1BV9A 2ZHRA 3TPJA 4B0QA 1BDQA 2HS1A 3L5CA 5P84A 1UPJA 3NXNA 2BPWA 3VG1A 5P87A 2AOGA 3QIHA 3RU1A 5OZBA 5P6RA 3OU4B 4Y5AA 3PI5A 5P1JA 4Y4TA 5P5MA 5IS4A 3D1YA 5OZJA 2O4PA 3OU4A 1UH9A 5P32A 3SLZA 5P57A 3L3AA 3VEUA 1TW7A 5OYTA 1N49A 5DQ4A 4ZSMA 3OK9A 1LEEA 5HTZA 4FAEA 2AVQA 4Y9WA 5P6YA 4OBZB 4MC1A 4CPXA 2QD6A 3HBOA 4FRKA 3ER3E 4AA9A 2I4WA 3CYXA 4R93A 1WBMA 1AJXA 4OBZA 1MRWA 5P6EA 5P77A 5P2YA 2QI5A 4GZFA 3QROA 1LYWB 2J9JA 3B80A 2R38A 5P38A 5SY2A 5P1DA 6APRE 5P5BA 3PBDA 2HPFA 4Y45A 2AVOA 1MT7A 2AZ9A 2FXEA 1LYWA 3SABA 3VYFA 4EQ0A 3L5DA 2NTRA 1YTHA 3EL5A 3CIDA 5P1OA 2P83A 3FNTA 5UPJA 2WHHA 1A9MA 4L7GA 5P0IA 3PM4A 5P11A 4YD3A 1YTIA 5P3JA 5P29A 3UDRA 1SH9A 5P4JA 3INDA 4D85A 3BUFA 4YBFA 4B1DA 2RKFA 1QBSA 3EKXA 1FIVA 4DI2A 1W6HA 5IVRA 1IIQA 2Q3KA 4J54A 5P39A 3I7EA 2CEJA 2QZXA 5P12A 1ZTZA 4WY1A 3VFAA 3INFA 2ZYEA 4RROA 5P22A 3VFBA 4DJYA 2QI0A 3BVAA 4J5JA 3MXEA 2QI1A 3RTHA 4ER2E 1D4JA 5P8GA 3NXEA 4Y3EA 5P7GA 5DR1A 1QDMA 5P06A 5P3VA 5KR1A 4GJ6A 5P8QA 4Q1NA 5AH6A 5P66A 5DQ1A 4M8YA 2VKMA 5P5DA 2ER0E 3KT2A 5P3MA 1G0VA 5P4RA 4TVHA 2FNSA 3PJ6A 1ODXA 5P60A 5P5RA 2V13A 4F73A 1W51A 5P31A 1GVUA 3VF7A 4Y3QA 2NXLA 2PQZA 1QBRA 4PZWA 2QNQA 1A8KA 5P0SA 3Q4BA 1IZIA 2V10C 4Y57A 3M9FA 5P5SA 5P4LA 1K1UA 4Y58A 4I1CA 3HVPA 1FQ5A 2WF4A 1RV7A 4CPWA 3PCWA 4DQFA 2HC0A 3OTYA 3MSLA 2BPZA 2FGVA 1T7KA 1F7AA 1SP5A 1FFIC 3S54A 4N00A 2WF0A 3NWQA 5P27A 3WB5A 4D8CA 1EC3A 5P42A 5JFPA 2AVSA 1W50A 4Y3DA 3LIZA 1TZSA 1SDVA 1APUE 2QMDA 5P19A 5P81A 1GNNA 4NJVA 1D4LA 5P02A 5P0NA 5KQXA 1HIHA 1ZLFA 5SXNA 5P3IA 2WECA 3CYWA 3MWSA 1HEGE 4XX4A 3O9FA 1META 1HTRB 3JVWA 5C9DA 1WKRA 3BUGA 4Z4XA 3H0BA 2B8VA 4EXGA 4J17A 1G6LA 1ZAPA 1SIPA 5P4BA 4DJRA 1IZHA 2NXMA 1SDUA 2IRZA 5P4GA 2AOIA 3OTSA 5OYWA 5P2VA 7HVPA 1KZKA 5DQ2A 3VLBA 5P7DA 3VSXA 3D3TA 4E43A 2UPJA 5I3VA 1RQ9A 5P1NA 3APRE 4FM6A 2QD7A 5OZEA 2WKZA 3OUBA 5P30A 5P0OA 1SGUA 3TPLA 1Z1RA 4HZTA 1BIMA 2G94A 3DJKA 4DUSA 3EKYA 4FE6A 5P8TA 1HVKA 1ZP8A 2ZJIA 3OY4A 2QHZA 3PLDA 2WEAA 5P8RA 4LAPA 4ACUA 3ZPUA 1MESA 2ZHUA 5P35A 1XL5A 3ZKGA 1SBGA 4DFGA 2AVMA 4EPJA 5P1TA 4IVSA 3S45A 5P3QA 5P6FA 4Y5BA 1HIIA 1XN3A 2AIDA 3CKRA 5P3KA 2AODA 2R5PA 5OZNA 2VA7A 5P5GA 1HVLA 5P2XA 5P7WA 1QRPE 3PBZA 5P7QA 5P0GA 5P3NA 2BJUA 3URIA 5P8IA 1FLHA 3GI4A 5P1PA 3K1WA 3ZLQA 4ZPEA 4R91A 4CP7A 1AJVA 3INEA 4OBJA 2I1AA 3RSXA 1FF0C 5OZ1A 5P17A 5P2MA 3O9DA 2I4VA 3N3IA 5P33A 4B77A 2PSUA 5P80A 1FQ8A 5P1XA 4J1IA 2ZDZA 2HAHA 5KQYA 1EEDP 1GNOA 2G69A 2VJ6A 4ZPGA 3PWWA 3QS1A 3A2OA 2I4UA 3UPJA 4H3IA 4Y5EA 2B42A 1J71A 4RYCA 5P0QA 2WL0A 3SA5A 5ISJA 5P0DA 4LHHA 3G70A 2QI6A 4LXMA 1YT9A 4YA8A 2V11C 5P61A 4YBIA 4Y3ZA 5P6WA 7UPJA 4HDFA 3L5BA 2RENA 4APRE 4R92A 3OQAA 1EPNE 5P37A 3T3CA 5P6ZA 4Y3HA 4DQEA 4Y36A 5P6IA 5P8SA 5P0KA 4FSLA 5JODA 3LIVA 4DV9A 4ZIPA 4YHQA 3ZKQA 1KJHA 5P3XA 1IZEA 3H5BA 3LINA 4QGIA 1B11A 2HPEA 3SA9A 4GMIA 3OUDB 5P1GA 5P4TA 4S1GA 4I0JA 4Y3FA 4Y5CA 5P1LA 4Y3XA 1MSNA 1BXOA 3OXXA 3OUDA 3GI6A 4EP2A 5P5HA 1EBKC 3ZL7A 3EKPA 4DVFA 5E5KA 5P7OA 3KFNA 4EP3A 3OGPA 4CPSA 3N4LA 5P41A 3VYDA 4PYVA 3L5EA 2ZJLA 1VIKA 2OHPA 3EMYA 4DJOA 5DGUA 1HTGA 2P3AA 5F01A 2V0ZC 4FGXA 5P6SA 5P25A 3LZYA 2OHRA 2R3WA 4RVXA 5P2EA 4QJ7A 4AZYA 4DJWA 1HVRA 5P8JA 2P3DA 5P7YA 1E81E 5P4QA 2QU3A 4CPUA 1NPVA 1BDLA 3TPPA 3VYEA 4Y39A 5P0TA 2ZJHA 1C70A 3OQ7A 3OU1B 4GYEA 5OZSA 1DMPA 3K5GA 3FNUA 1C6XA 4A6CA 1PPLE 3OU1A 5P0YA 4GJDA 5P3HA 5KOQA 5P3ZA 3VSWA 5P4UA 4QJ9A 5P2AA 4U8WA 1FQ4A 1UH8A 4Y47A 5P3YA 5P4VA 5P8BA 5OYQA 4Y5PA 3T7PA 3D1ZA 1LS5A 3FX5A 2A4FA 1BVGA 5P2FA 2PC0A 2AOFA 5P2SA 5E5JA 1YG9A 3APPA 1HBVA 5P6DA 4Q1XA 3KFSA 5KR0A 2NMZA 3I25A 4I0DA 3DV1A 3URJA 5KOSA 5P0MA 1IDBA 2BPVA 3IVHA 4J0ZA 1BVEA 6UPJA 4DH6A 5P75A 5P7XA 2F8GA 1Z8CA 3L38A 5P7MA 5OYYA 3U6AA 3KN0A 1KJGA 3JW2A 5ENKA 3HLOA 3EC0A 5P3WA 4JPCA 1K6TA 4Y3AA 5CLMA 5P1FA 3I8WA 4Y4XA 2NNPA 3EKQA 5P6VA 1MTBA 5P24A 3CIBA 2IQGA 5P8MA 3QN8A 5OZZA 3ZKNA 4EJLA 3CICA 2NMYA 5P4IA 5P28A 4FRJA 5P72A 2R8NA 5P4MA 5OZMA 5IVSA 5OYSA 4Y41A 3R4BA 3NUOA 2QP8A 4J55A 1MIQA 2ER6E 2FIVA 3MSJA 5P4FA 1GKTA 4KE0A 3UDPA 3GI0A 4EJ8A 2IDWA 3MSKA 1BWAA 5P07A 5P6BA 3ZKMA 5P7PA 5P54A 1BAIA 2JJJA 5OYRA 1TSUA 4FL8A 4Z50A 3UHLA 5P1EA 2HB2A 5OZVA 5P3DA 1KJ4A 1HPXA 1HRNA 5P7CA 3UQPA 5DQCA 2BB9A 3KFRA 5P2CA 5OZ5A 4I8ZA 5P5EA 4Y3PA 4NJTA 1APTE 3WSJA 1EPLE 2O4NA 3O9EA 5P40A 1DPJA 3S43B 3WB4A 2VS2A 3O9GA 3UDJA 1ZPKA 5P4ZA 1AXAA 4FS4A 2Q63A 2QCIA 1RL8A 4Y3GA 4EXHA 3S43A 2XYFA 4PHVA 5P7HA 5AH8A 4X2LA 2F3FA 5P4OA 5P7EA 4U7QA 3IXKA 3VV6A 1HSGA 3UFLA 2NPHA 5P3BA 2FLEA 1MVPA 4R8YA 2PYNA 1HSIA 4NJSA 2OHLA 3BGCA 3O9LB 5HDUA 3OUCA 1MT9A 3PB5A 1B6KA 4HA5A 5P8CA 1PSAA 4Y6MA 3UDNA 4NPUA 4Q1WA 1FFFC 2BBBA 1NPWA 4J0TA 4Y3YA 3EL4A 2RKGA 2XFIA 4QJ8A 4RYGA 1DAZC 1LF4A 4RCEA 3Q70A 4Z22A 1EBYA 3O9IA 3PWRA 1K1TA 4Y38A 4QLHA 4DJPA 3BHEA 4OBKA 5IE1A 2CEMA 5P5FA 3UDQA 5P5CA 3FNSA 1QBUA 5JG1A 2QHCA 2Q55A 4RVJA 5P7TA 4K8SA 4L1AB 1KJFA 1XN2A 5P4NA 2AOHA 3SA4A 4FAFA 5P6GA 3T11A 5P79A 4L1AA 3R2FA 3DK1A 4B78A 5OYUA 3INHA 2AZCA 5P5PA 3HAUA 4EQJA 3O9AA 3B7VA 3R0YA 4L7JA 5P5VA 5CONA 1MERA 4GJ9A 3K5FA 5HDXA 5P23A 5C9BA 2HM1A 2PMAA 3PRSA 5P5YA 5P4SA 2XFKA 5P8FA 3MXDA 5P0RA 5P8UA 1T6EX 5HVPA 3OQKA 2P3BB 1AM5A 2OHSA 2QI7A 3GGAA 3NU9A 5P3UA 5P56A 5EZZA 5P20A 1GVVA 3LZVA 1EBWA 3NUJA 2UXZA 3EKTA 5OYVA 3EKWA 5P1SA 2J9KA 2B60A 5P5WA 5P1KA 4KUPA 1IBQA 5P46A 3SFCA 9HVPA 4GJAA 5EZXA 4KE1A 5P14A 5P26A 2B8LA 4B1EA 4Q5MA 1ENTE 1YM4A 5P15A 3SQFA 2QZLA 4LXAA 2IEOA 4XKXA 2BKTA 1Q9PA 4HE9A 1B6JA 3Q6YA 3UFNA 3UTLA 2CENA 3IGBA 2Q64A 5P4CA 3PI0A 1IVPA 2Z54A 3AUPA 4Y3SA 4LP9A 3SAAA 1W6IA 2VIEA 3S7LA 5P83A 1M43A 4RRSA 4H3JA 4HDPA 2OHNA 3D20A 3AIDA 3TTPA 3GGXA 3QRVA 2WF1A 5P2HA 4M8XA 2Q15A 3D91A 1K2BA 3KT5A 5P2KA 4GJ5A 4PPHA 3OQFA 2Z4OA 5P5AA 1SGZA 5ER2E 5P6OA 4YD6A 5JFUA 5OZ4A 4Y4UA 4Y50A 2ZJKA 3LZUA 1OEWA 5P3GA 1YTJA 3TPRA 5P70A 3KF0A 5P0PA 3SA7A 5IVQA 1FQ6A 1VIJA 2BPYA 2IKUA 3QBHA 5KR2A 3QP0A 4Y3RA 1ZJ7A 2G1SA 5P3SA 2QZKA 1T7JA 3OOTA 3S56A 1T3RA 5I3YA 4Y43A 5P0AA 4L6BA 3IN4A 3NYGA 5P7IA 5P6MA 5OZRA 5OZPA 5P5OA 3GGUA 4FSEA 1FG8C 5P2QA 4D89A 3PMUA 1EPPE 3EL1A 5DR7A 2OHQA 5P7BA 5P67A 2ZJMA 4Y5NA 3TLHA 3G6ZA 5P1HA 4B05A 1C6ZA 1EPME 1PSOE 4FM7A 4JPEA 2WEDA 1TQFA 4Y5GA 5OZFA 5P4HA 4TRWA 2VA6A 5P6LA 5P1QA 1HVJA 5KAOA 3WZ6A 3SA8A 4U7VA 1LF2A 4RVIA 5P8HA 4Y4EA 3SO9A 2RMPA 5APRE 5P34A 1AVFA 1D4SA 5P08A 3I2LA 4HLAA 3UDKA 3UQXA 2PSVA 4LL3A 5I3XA 4DQHA 1ER8E 2FDDA 3UQUA 4NKKA 4OBFA 2VJ7A 5P3AA 1HOSA 2VJ9A 4LXKA 5AHCA 3SPKA 4PEPA 4Y44A 4BELA 3S2OA 1M4HA 4Y3NA 2NXDA 4I11A 1D4KA 1K6PA 3ER5E 3KDBA 3ZOVA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1OD1 A;  3T6I A;  5P13 A;  5OZ9 A;  3RTN A;  5P4E A;  4AA8 A;  3KA2 A;  3S7M A;  1EPO E;  5AGZ A;  5P2U A;  4J1E A;  3OAD B;  3BXS A;  1TCW A;  3TKW A;  1MTR A;  3EL9 A;  5P48 A;  5HDV A;  3UQW A;  4RGH A;  4YD5 A;  3L58 A;  3F9Q A;  3OAD A;  4GJ7 A;  1GVX A;  2HIZ A;  4I0Z A;  2G26 A;  2G21 A;  5HU1 A;  1G2K A;  3SA6 A;  1DP5 A;  1AAQ A;  2QK5 A;  2VNM A;  5P1R A;  1JLD A;  5P5K A;  4MC2 A;  5P2Z A;  5P4W A;  3PVK A;  1HPS A;  3O9C A;  1NH0 A;  2PH6 A;  3OU3 A;  2O4K A;  1EPR E;  4Y3W A;  2G27 A;  5P0H A;  4FLG A;  4I0H A;  5P0L A;  1A30 A;  5P0V A;  1E5O E;  1HWR A;  4K9H A;  5P73 A;  5P8P A;  4DJX A;  3GI5 A;  4BFB A;  5P65 A;  5OZ8 A;  5P82 A;  1TCX A;  3EM6 A;  2JJI A;  2V16 C;  5ISK A;  5P6P A;  4X7I A;  4HVP A;  2APR A;  4DJU A;  5B18 A;  2FS4 A;  5P6Q A;  1OHR A;  5P7N A;  3TNE A;  4EJD A;  1HEF E;  5P4X A;  3QBF A;  3TOF A;  5P7J A;  4A6B A;  1EBZ A;  1CPI A;  3PEP A;  1BWB A;  3KM4 A;  5OZI A;  2JYS A;  3K5D A;  5P0J A;  4ZLS A;  2QI3 A;  4NPT A;  1U8G A;  5C9F A;  2FGU A;  3FV3 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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