3WZ6A

Endothiapepsin in complex with gewald reaction-derived inhibitor (5)
Total Genus 88
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
88
sequence length
330
structure length
330
Chain Sequence
STGSATTTPIDSLDDAYITPVQIGTPAQTLNLDFDTGSSDLWVFSSETTASEVDGQTIYTPSKSTTAKLLSGATWSISYGDGSSSSGDVYTDTVSVGGLTVTGQAVESAKKVSSSFTEDSTIDGLLGLAFSTLNTVSPTQQKTFFDNAKASLDSPVFTADLGYHAPGTYNFGFIDTTAYTGSITYTAVSTKQGFWEWTSTGYAVGSGTFKSTSIDGIADTGTTLLYLPATVVSAYWAQVSGAKSSSSVGGYVFPCSATLPSFTFGVGSARIVIPGDYIDFGPISTGSSSCFGGIQSSAGIGINIFGDVALKAAFVVFNGATTPTLGFASK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Tracing binding modes in hit-to-lead optimization: chameleon-like poses of aspartic protease inhibitors
pubmed doi rcsb
molecule keywords Endothiapepsin
molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
total genus 88
structure length 330
sequence length 330
ec nomenclature ec 3.4.23.22: Endothiapepsin.
pdb deposition date 2014-09-19

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 3wz6A02
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 3wz6A01
5P29A 2R8NA 4D89A 4OBZB 1XE6A 1A30A 3O9BA 1NPWA 4D8CA 2IS0A 3T7XA 4AZYA 1QRPE 3VF3A 4WTUA 1EC0A 5P63A 5OZPA 3B80A 5P6FA 1SIPA 4DJRA 5I3YA 4J1KA 2AVMA 2G21A 1UH7A 3OK9A 3BUHA 2VNMA 1APUE 2AOGA 2QZKA 2ZHTA 5F01A 4EP2A 4U8WA 5P81A 5P58A 5P44A 5P78A 4Y58A 2NTRA 4DQHA 1AIDA 5C9FA 5P0PA 5OZVA 1B6JA 5P1WA 3IN3A 1FQ6A 4NJTA 1BILA 5OYZA 5P1NA 5P52A 5P0UA 3LPKA 3PVKA 5P3CA 5P62A 3SQFA 3VUCA 1LYAB 4I0ZA 3IAWA 5P3ZA 4Z4XA 3IXKA 2QMGA 2O4KA 5P3BA 4Y50A 3DJKA 2P3BB 4HZTA 3SFCA 1AM5A 2AVSA 4M8XA 4CMSA 5P22A 3INDA 4FSLA 2RKGA 4I0HA 2WF4A 1ZJ7A 4B78A 4I0DA 5OYQA 1E81E 1NPVA 3G70A 5I3WA 4I11A 4J0VA 4CP7A 5P6BA 1LV1A 4Z50A 5P16A 5JG1A 3OTYA 4DJWA 4YBFA 4EQJA 5P87A 4Y36A 4JOOA 1NPAA 5AHAA 5P70A 1TZSA 4GB2A 1SH9A 1MT8A 3O9AA 1GVTA 4YE3A 1HPVA 4Y4BA 3SO9A 4YA8A 1BBSA 1HVJA 4RCFA 2RKFA 5P4VA 1EPPE 4CPRA 3WZ6A 3VSXA 4ZLSA 4Y5LA 2UPJA 5P25A 3BHEA 2J9KA 2QNPA 5P3LA 5P86A 1FEJC 1F7AA 2B7FA 3PLLA 2H6TA 3K5CA 5HDZA 4ER2E 4Y5GA 2BQVA 3CYWA 2IEOA 3VCMA 2R38A 1LYWA 5P17A 5ENMA 2BKTA 4B1EA 5P5OA 5P75A 1LF4A 5OZLA 5HD0A 2PH8A 4R5NA 5P89A 3OU1B 2VIJA 1BWBA 4Y3MA 4ZSRA 2QI1A 4APRE 4ZPFA 5SZ9A 4M8YA 1FKNA 5PEPA 1K1UA 1T6EX 1KJ4A 2Q15A 3EBZA 1PSNA 5P7ZA 1MERA 5B18A 2AOFA 3M9FA 5P1TA 2FGVA 5P8FA 1LZQA 3QBHA 5P8LA 3OXCA 1WBKA 5P6AA 3LIXA 1B6KA 2BPWA 3RVIA 3EM3A 3UHLA 3GGAA 3PB5A 3N3IA 3QN8A 3KN0A 3NDUA 4RYCA 4I10A 2HS2A 2WJOA 4FRKA 4L7GA 3FX5A 4Y5AA 3PCWA 4DJUA 2B42A 3NXNA 1YT9A 1M4HA 4Y45A 1BDLA 1RL8A 2PSVA 4JP9A 3TPLA 1BWAA 4EXHA 5P3JA 5HE7A 1HSIA 4RVXA 5J25A 4RZ1A 2WF0A 5P6PA 2QZWA 3MWSA 3GGXA 4APEA 5P26A 2FDPA 3OQFA 5P3VA 5P6IA 3DOXA 1META 3SACA 3S56A 5HCOA 5P6EA 4Y57A 4I12A 1EAGA 5P4EA 5P32A 2WEAA 5P8GA 1UH8A 2NXDA 1YM2A 2IL2A 2V11C 5DQ5A 5P4WA 3ER5E 4DVFA 3L58A 5P7WA 2V13A 2IKOA 2VJ7A 2QI7A 2RENA 5P7PA 4LHHA 4ER1E 5P6WA 1QBRA 3IVHA 1W5YA 5P5LA 6APRE 5P5YA 5C9DA 5P5QA 4TRWA 5P4DA 5P7RA 5P5TA 4DJPA 2G1SA 5IE1A 3PWMA 5P7KA 2Q55A 3VFAA 2F8GA 5P8IA 5P2WA 5HDVA 1B5FA 2V10C 2ZDZA 4Y38A 5OZ5A 2HS1A 5KQXA 3NU6A 5P8KA 3VV6A 3QROA 5P6TA 1QBUA 4XX4A 5P5PA 5P3MA 3EL4A 4CPQA 1TW7A 3LZVA 3PBDA 4K8SA 5P3KA 4DJQA 1W51A 5P4UA 3EKVA 1AJXA 3NXEA 3BGBA 2F81A 3OGPA 2I1AA 1Z8CA 3LPIA 2AOCA 1K1TA 1QDMA 3GGVA 3HZCA 5P6KA 4EHCA 1G35A 2PC0A 1ZPAA 2WECA 5P3NA 1HVSA 4YCKA 3F9QA 4R93A 1D4LA 5P01A 3WZ7A 5P6CA 3URLA 5AHCA 4Y4WA 1ODXA 2ZHVA 3UCBA 3OADA 1B6MA 1G6LA 1BXOA 1VIJA 3UDPA 4B05A 3BC4A 3KM4A 5HTZA 3SA4A 5AH9A 5DPZA 2ER0E 4OBKA 5P1IA 1IZIA 1M43A 4Y4XA 5AH7A 5OZWA 5OZFA 4J1CA 5P0RA 3JVYA 3K5GA 3ZPSA 2PSGA 4Y4TA 3CIDA 3SA9A 2G24A 3EC0A 5OZ4A 3D91A 4I0JA 5OZGA 5P60A 1T7IA 2AODA 5P6UA 3O9FA 5P27A 2BJUA 2UY0A 1NSOA 5IVTA 2R3WA 5P83A 1ENTE 3HD8A 4YBIA 3UDRA 4F75A 2XYEA 3LIYA 3KA2A 1FMUA 3RTNA 5P11A 5I70A 5P0YA 4DUSA 2OF0A 3OAGA 2IGYA 3K4VA 5P65A 2PSUA 1JLDA 2AIDA 4L1AA 1QBSA 1HTEA 5P2TA 4DQGA 4J54A 3S85A 5P46A 1F34A 4TRYA 1B11A 5P2ZA 3NUOA 4COEA 3WB5A 4LXKA 3QBFA 1ZLFA 5P4FA 1HVIA 5P13A 3S45A 3TPPA 2QHYA 2QHCA 2BPYA 5DGUA 4Y3DA 5P72A 1T3RA 2VA5A 5P0GA 5P1CA 3DUYA 4DI2A 3TPJA 1OHRA 4FAEA 5P4HA 5P6VA 4KB9A 5KQYA 3SA3A 1EPLE 1PROA 2WF3A 5P6YA 4DFGA 4Y4ZA 4QJAA 4D88A 5P8MA 5P8PA 3NU5A 2WHHA 4K4RA 1W5XA 4RCDA 4ZPEA 5P43A 2OHNA 2VJ9A 5HVPA 2FXDA 4Y4EA 5P80A 3OU4A 4DQEA 3L38A 1IDAA 1XDHA 1AVFA 4YHQA 5KOSA 1RPIA 2APRA 4HLAA 2FDEA 2RMPA 5OZMA 2QD6A 5OYWA 5P3RA 4IVTA 5BRYA 4Y5PA 4J1EA 1D4SA 1PPKE 4Y3WA 2QU2A 2ER9E 2WF2A 3CMSA 5P0CA 3OUDB 2ZJNA 2BB9A 5P8RA 1YTGA 4Y3SA 5P7BA 1MT7A 1LYWB 4RRSA 2V0ZC 4DH6A 4YD3A 4YD4A 2QI4A 5P2DA 4GJAA 5P82A 3UDHA 4Y53A 2HB3A 3KDDA 4U7VA 2SAMA 3APPA 3I25A 5P0DA 3LITA 1HEGE 1SDUA 4Y56A 3DK1A 3DV5A 5P5CA 4Y35A 4EJDA 2AOIA 4OD9B 1GKTA 1SDTA 4Y3ZA 5P2IA 2O4LA 2I0AA 5P6NA 4PZWA 2OHLA 3NWXA 1GVUA 5P1MA 4GJ5A 1ZSRA 3CKTA 4H3JA 5HU1A 4DJVA 2V00A 4CPXA 1QS8A 4Y41A 5P7JA 1SIVA 1BAIA 3O9LB 1LS5A 3EKTA 5P1JA 5DQ1A 3HAWA 2OHKA 3MSKA 3TH9A 3H0BA 3KMXA 5P68A 3UDJA 4EQ0A 3Q70A 4WY1A 4EJ8A 5I3VA 2HB4A 4MC1A 3QAAA 4PHVA 2PK5A 3SM2A 1GNOA 3A2OA 2I4XA 4X2LA 1K6TA 3QP0A 4ZSMA 1IVQA 2ZJIA 1EPME 5P2FA 3FNSA 5P79A 1AZ5A 3VF7A 5P2VA 5P1OA 5OZHA 3OXVA 3LIVA 2Q5KA 5P31A 2OHPA 1HSHA 2QMFA 4HDPA 5TOLA 1EBKC 1HHPA 5P7LA 4DPFA 5OZAA 4EJKA 4ZE6A 1TQFA 4I0GA 5OZZA 4Y48A 1XN2A 4PPHA 1OEWA 1MEUA 4OC6A 5P4RA 1W5WA 5P3UA 3T6IA 4NKKA 2AQUA 5P2EA 3ZOVA 5OYVA 5P4BA 4XXSA 1SBGA 2QI6A 2AOJA 4GJ9A 3O9IA 4J1IA 3OUBA 5JFPA 4GJ7A 2PQZA 1ODYA 3NUJA 1C6ZA 5P88A 3SA5A 3U71A 3UQUA 1FIVA 3TOFA 4EXGA 1XN3A 5P0KA 5P71A 5P1KA 5IVQA 1DIFA 4LC7A 3LIQA 5P5VA 2I4VA 5P20A 5P1QA 1BIMA 2I4QA 1MIQA 4DJYA 5P47A 1DPJA 5P00A 4XKXA 2G1OA 3OGQA 3IA9A 5P12A 5P6RA 2Q11A 2R5PA 5OZ6A 3QVCA 4AA9A 3KFNA 3L5FA 5P28A 5P4QA 5P0NA 1W6IA 2JE4A 3OXXA 3UDYA 4A6BA 4LAPA 5OYSA 4AMTA 5P4NA 1LF3A 5COPA 1Z1HA 1NH0A 4Y3RA 5P2NA 4Z22A 3PRSA 1XE5A 3SA7A 1APTE 2QAKA 3PSYA 4ACUA 2Q64A 4RGHA 5COOA 1ZSFA 2ZE1A 4Y54A 3VYFA 5P0QA 3EM4A 1EC2A 2QD8A 2O40A 2G69A 4QJ6A 4Y3GA 2XYFA 3KT2A 4Y51A 3O9GA 3OADB 1ZPKA 4WY6A 3VV7A 5P7AA 4I8WA 5P8DA 4FE6A 3T7PA 3EL0A 3TPRA 4B0QA 2ZJMA 3MXEA 1W6HA 3VSWA 5JFUA 4B72A 1HTFA 3FNUA 4CPWA 5P6MA 5P09A 3PI0A 5P0JA 1GVXA 2VIYA 3PMYA 5P4LA 4Y3LA 3K1WA 3R2FA 3HVPA 5KR2A 2I0DA 3RTMA 4FL8A 3VYEA 5P5ZA 1EPRE 3EL9A 3GI5A 3S43A 1BDRA 3QPJA 2NPHA 5P4YA 5IVRA 3L3AA 4H3FA 4B77A 1E80E 5P67A 4ZSQA 3QVIA 3R1GB 4FIVA 5OZ2A 2VKMA 4CKUA 5BWYA 3UQWA 5P2AA 5P2GA 1PSOE 5AHBA 3RSXA 4YOBA 1YX9A 4Y5KA 5P7VA 1SMRA 4Y4UA 4GJBA 3CYXA 3APRE 4GMIA 5P85A 1D4IA 1A94A 4S1GA 5P61A 3I6OA 4LXMA 4HDFA 5P4MA 4N00A 2Z4OA 2R43A 3ZL7A 2HIZA 3LNKA 2G1YA 3OHHA 4L7JA 3HDKA 5OYXA 4Y3AA 3PLDA 2VA7A 2PWRA 2VJ6A 1C6YA 5P24A 4Y3QA 4Y3JA 5OYRA 3UDKA 5P6GA 5P56A 3INHA 1AJVA 1OEXA 3BUFA 2OHSA 2V12C 4GJDA 5P3TA 2J9JA 5P36A 3UFLA 5P10A 5P50A 3QRMA 3G72A 2QNQA 5OZJA 3LZUA 1IBQA 2FDDA 5P0AA 1CMSA 3FV3A 2NXLA 1KJGA 2H6SA 1HXWA 3RU1A 9HVPA 4Y5CA 5KOQA 3U7SA 3NSHA 4HA5A 1HSGA 2FNSA 4QJ2A 4RLDA 1HIIA 3KDBA 3C9XA 5P2JA 3NU3A 5P2BA 1K2BA 2CEMA 4D83A 2ZYEA 2FNTA 2PWCA 5AH6A 3R0YA 2Z54A 5P39A 3LZYA 1K6VA 2QMPA 4XX3A 1KJ7A 3GI6A 4FM6A 1MTRA 1HIHA 4K4PA 5OZEA 2ER6E 5P0HA 2VNNA 3I7EA 2BBBA 3SKGA 4NJVA 2PYNA 2HC0A 5DR4A 5P7TA 3VLBA 4Y47A 5F00A 3ZMGA 4Y5NA 4OBDA 5P3PA 5P2KA 1FQ7A 3PEPA 3EKYA 4Y3EA 1IZEA 5P41A 5KR0A 4GJCA 3BVAA 4J0TA 4NJUA 5P3SA 5P2SA 5P02A 1LYAA 1RQ9A 2ZHRA 5COKA 1KJHA 3PHVA 4L7HA 2NMYA 3QI1A 4LXAA 5P77A 4ZIPA 3ZLQA 4F74A 1BDQA 6FIVA 2NNPA 4Y3XA 5OYUA 2ZJLA 5HE4A 1G2KA 3PM4A 1HVRA 5P1VA 3UDQA 4FGXA 3FKTA 3KFRA 5P15A 1T6GA 5P1YA 2JJJA 5OZSA 5SY2A 2QI5A 3K5FA 4R8YA 3SKFA 3PWRA 1EBWA 1ZTZA 5P7SA 4U7QA 5P19A 3OUCA 5P7HA 1T7JA 1K6CA 5P5EA 5P8AA 5P23A 3L5BA 1SMEA 5ENKA 3OTSA 3URJA 1SGUA 5P45A 5KQFA 3D1ZA 1EBZA 4QJ8A 1A8KA 4RVIA 3SA6A 4X7IA 3ZPUA 3SABA 2XFJA 3PJ6A 1DMPA 2WEZA 2QP8A 2UXZA 1TSQA 2O4PA 3FSMA 5P6HA 3VV8A 3S2OA 5P06A 4J1FA 2VA6A 2AZBA 1MESA 3TLHA 1ER8E 3IN4A 5DR7A 2NXMA 5P6LA 5P42A 5P3FA 3IXOA 5P4JA 5P4SA 4FM8A 3OU1A 3PMUA 3UPJA 1HEFE 3S7LA 5P5AA 1Z1RA 2P8HA 2HPFA 4R91A 5OZ9A 2R5QA 3ER3E 5P66A 3NLSA 3VF5A 5DGWA 4FRSA 1E5OE 5P2MA 2JJIA 4JPCA 3FNTA 1QBTA 5OZKA 5P5MA 5P3XA 3KMYA 3PWWA 1WBMA 2B7ZA 5DR3A 3S54A 2BPVA 3T11A 3IVIA 3NU9A 1FMXA 4FCOA 4UPJA 3UTLA 3DCRA 4IVSA 3BVBA 3OOTA 2AOHA 5SY3A 5P7FA 1LEEA 3HVGA 1XS7D 1TCWA 2A1EA 1GNNA 3T7QA 3OOZA 5P0MA 3D1XA 3B7VA 5P2LA 3ZKSA 2QHZA 4DPIA 2P3AA 4JPEA 2I4WA 2WEBA 5P5SA 3S43B 4FAFA 4NPTA 4BEKA 1HTRB 5P1RA 3VFBA 1ZP8A 3NDXA 3EXOA 1YTIA 2BPXA 3HBOA 1CPIA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 5P29 A;  2R8N A;  4D89 A;  4OBZ B;  1XE6 A;  1A30 A;  3O9B A;  1NPW A;  4D8C A;  2IS0 A;  3T7X A;  4AZY A;  1QRP E;  3VF3 A;  4WTU A;  1EC0 A;  5P63 A;  5OZP A;  3B80 A;  5P6F A;  1SIP A;  4DJR A;  5I3Y A;  4J1K A;  2AVM A;  2G21 A;  1UH7 A;  3OK9 A;  3BUH A;  2VNM A;  1APU E;  2AOG A;  2QZK A;  2ZHT A;  5F01 A;  4EP2 A;  4U8W A;  5P81 A;  5P58 A;  5P44 A;  5P78 A;  4Y58 A;  2NTR A;  4DQH A;  1AID A;  5C9F A;  5P0P A;  5OZV A;  1B6J A;  5P1W A;  3IN3 A;  1FQ6 A;  4NJT A;  1BIL A;  5OYZ A;  5P1N A;  5P52 A;  5P0U A;  3LPK A;  3PVK A;  5P3C A;  5P62 A;  3SQF A;  3VUC A;  1LYA B;  4I0Z A;  3IAW A;  5P3Z A;  4Z4X A;  3IXK A;  2QMG A;  2O4K A;  5P3B A;  4Y50 A;  3DJK A;  2P3B B;  4HZT A;  3SFC A;  1AM5 A;  2AVS A;  4M8X A;  4CMS A;  5P22 A;  3IND A;  4FSL A;  2RKG A;  4I0H A;  2WF4 A;  1ZJ7 A;  4B78 A;  4I0D A;  5OYQ A;  1E81 E;  1NPV A;  3G70 A;  5I3W A;  4I11 A;  4J0V A;  4CP7 A;  5P6B A;  1LV1 A;  4Z50 A;  5P16 A;  5JG1 A;  3OTY A;  4DJW A;  4YBF A;  4EQJ A;  5P87 A;  4Y36 A;  4JOO A;  1NPA A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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