3WZ6A

Endothiapepsin in complex with gewald reaction-derived inhibitor (5)
Total Genus 88
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
88
sequence length
330
structure length
330
Chain Sequence
STGSATTTPIDSLDDAYITPVQIGTPAQTLNLDFDTGSSDLWVFSSETTASEVDGQTIYTPSKSTTAKLLSGATWSISYGDGSSSSGDVYTDTVSVGGLTVTGQAVESAKKVSSSFTEDSTIDGLLGLAFSTLNTVSPTQQKTFFDNAKASLDSPVFTADLGYHAPGTYNFGFIDTTAYTGSITYTAVSTKQGFWEWTSTGYAVGSGTFKSTSIDGIADTGTTLLYLPATVVSAYWAQVSGAKSSSSVGGYVFPCSATLPSFTFGVGSARIVIPGDYIDFGPISTGSSSCFGGIQSSAGIGINIFGDVALKAAFVVFNGATTPTLGFASK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Tracing binding modes in hit-to-lead optimization: chameleon-like poses of aspartic protease inhibitors
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
molecule keywords Endothiapepsin
total genus 88
structure length 330
sequence length 330
ec nomenclature ec 3.4.23.22: Endothiapepsin.
pdb deposition date 2014-09-19

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 3wz6A02
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 3wz6A01
4PEPA 5P5ZA 4QGIA 5P3EA 5P7MA 4BFBA 1MEUA 4Y37A 2OHQA 4EPJA 2I4VA 1B6LA 2FMBA 3CICA 4YCTA 2QI7A 3EL0A 5HE5A 1KJHA 9HVPA 3OTSA 1LF4A 3OK9A 4K4PA 5P6GA 4Y58A 2WEDA 3Q6YA 2G24A 3SM2A 1IVPA 5P51A 1YTGA 1N49A 2PK6A 3HD8A 3DCKA 1W51A 4AZYA 5P3XA 4LXKA 4MC6A 2Q63A 1HXWA 3MXDA 2BKTA 4B78A 2AOIA 5ENMA 2SAMA 2ZJKA 4Y5NA 3IN3A 5P6QA 2IQGA 3T7XA 3UDQA 2AZ8A 3NU3A 1MT9A 5P7GA 4J55A 4FCOA 2WEAA 3T11A 1LV1A 5DGWA 1EBKC 4H3IA 1HVKA 2HB2A 2NR6A 1HPSA 4COEA 3PSUA 3OQ7A 3QP0A 2Z54A 4DI2A 4B1EA 2VIJA 3IVHA 5P8AA 5OYSA 5E5KA 5P2KA 3S56A 4R5NA 5P0CA 3VF7A 5P5LA 2QZKA 3KT5A 1M0BA 2G22A 5DR4A 4Y5BA 4RRSA 2QK5A 3EKWA 1D4YA 4E43A 1T6EX 4KE1A 1QBUA 3T7PA 3OQDA 2F3EA 5P4OA 1FIVA 5P3HA 4DJXA 4Y4JA 3L5EA 5KR2A 1HIIA 4DJOA 3TTPA 3UTLA 5KR8A 1B5FB 4BELA 5P2ZA 3NU6A 5TOLA 5KOQA 1QDMA 1B6JA 1M4HA 2WL0A 5EZZA 3ZKGA 3KYRA 4ZPGA 2V10C 1DW6C 5HDZA 5P62A 4Y3EA 1FFFC 3H5BA 5P6LA 3EKQA 1DAZC 4Y6MA 3ECGA 4Y3RA 3S7LA 3VV8A 3FNSA 2QNNA 2O4PA 3GI5A 1APTE 3APPA 1BBSA 1FQ6A 3LIZA 5P0HA 1ZPKA 4FM7A 3G70A 5I70A 4GJ5A 1T7IA 5P2IA 3RTMA 4RZ1A 1BDRA 2VJ6A 5P38A 4GJCA 2P3BA 2ZJJA 1K1TA 2BPZA 4Y48A 5P30A 5SZ9A 4KB9A 3D91A 2NXMA 3LINA 4J1CA 4F76A 2WEBA 3NYGA 6UPJA 4Y3SA 1HIHA 5P39A 3PWWA 1OEXA 5P6DA 5P12A 5P7LA 3KFRA 3G72A 1IZDA 2RKGA 5P0SA 5P4RA 2I0DA 3U71A 1HTEA 2ZE1A 4DPFA 4Y38A 5P3JA 5IVTA 1NSOA 3S43A 2QHZA 3WB4A 4HDBA 3KDCA 1FEJC 4B1DA 1SGZA 5DR7A 4F74A 1Z1RA 3HAUA 5P8GA 5P7NA 2I4QA 4FIVA 3VYEA 2Q54A 3OUDB 5OZ2A 4OC6A 5KR1A 4J1HA 5OYTA 3INEA 4KUPA 5DGUA 4YA8A 3H0BA 4Y4ZA 3VFBA 4FSLA 1BV9A 4LBTA 4WY6A 2R3TA 2PSVA 5OZ8A 3OAGA 3BXSA 2IL2A 1LYAA 4Y4UA 4EQJA 7UPJA 3ZKSA 5P35A 5P61A 3BGBA 2HM1A 5OZMA 3R2FA 5P48A 3APRE 5P1LA 3TPJA 4HEGA 4ZSRA 2XFKA 3R4BA 5P5QA 3FIVA 1LZQA 3PEPA 1MSMA 1GVTA 2B8LA 1ME6A 5P5UA 2OHRA 1HIVA 4I8ZA 3GI6A 2NXDA 2OF0A 3EL4A 5P69A 1PROA 1XL5A 4I11A 3DV5A 3IXOA 4EJLA 3OUBA 4FLGA 5ER1E 1HVJA 5F00A 5C9DA 4H3FA 5AHAA 4JOOA 2MIPA 2ER0E 1EC0A 4TRYA 4Y50A 5P3WA 2WEZA 3WZ6A 1GVWA 3Q3TA 4Y4EA 5OZ1A 2FGVA 1HTRB 3OHFA 4FRKA 5HU0A 5P88A 3N4LA 3SA7A 2VKMA 2PC0A 1AJVA 1A30A 2I0AA 2O4NA 5P2RA 2VJ9A 5HDXA 4Y3TA 3ZLQA 1YM4A 1K2CA 5P5TA 1CMSA 3SA3A 5P1AA 3URJA 3T3CA 2OHUA 2AVSA 1YTHA 2VJ7A 3OXWA 4FRJA 5P5BA 5T4SA 4J1KA 5P4IA 5P05A 2VIEA 2B7ZA 3ZPSA 4RLDA 5P2YA 5DQ1A 4HDFA 2P3AA 2QHYA 3SQFA 2ZHSA 4CKUA 3L5BA 4Y5PA 3HLOA 5P11A 4ZSQA 2B60A 4PYVA 5P6OA 2Q5KA 1MUIA 5OZ5A 2OHSA 4I12A 3SKGA 4QJ8A 1APWE 1F34A 1EBWA 2QP8A 1TQFA 5P43A 4FSEA 5P1WA 3HAWA 5P63A 3VFAA 1E81E 2HB4A 3ZL7A 5HDVA 2O40A 1FKNA 3SM1A 5P0XA 4J0PA 1EPME 3K4VA 5P7UA 1FQ8A 3U7SA 2WF0A 5P6EA 4PZWA 1G2KA 4ZPEA 2HS2A 3L5CA 3UFLA 3JW2A 5P67A 3BXRA 2H6SA 2A4FA 5P78A 4RVIA 3D1ZA 1W5VA 3ZKMA 3UQPA 2AQUA 3K5FA 5P3SA 4RYCA 1ODXA 5P49A 2AOCA 4Y5MA 5P2OA 3NWQA 5P1IA 2P4JA 4B1CA 1SDUA 5P5YA 3GI0A 1NPAA 4Y3WA 3CYWA 2B8VA 4F73A 4RRNA 1BILA 3O9FA 5OZNA 5F01A 3OU1B 4Y4AA 4B77A 3NR6A 1FQ4A 2PSGA 5P6SA 5I3XA 2ZGAA 5P4AA 5P3LA 1HWRA 5P32A 3NXEA 3EKVA 4QJ9A 5P5GA 4OC6B 4Y56A 4Y47A 3PWMA 3EM3A 3NU4A 5HE4A 3EC0A 4Z50A 1W5XA 4YCKA 1SP5A 2V12C 3S54A 3AIDA 5BS4A 3HZCA 4YE3A 4YDFA 4U8WA 2V0ZC 3S53A 1YTJA 4Y4GA 4XX4A 3DK1A 5P6ZA 3HBOA 1B5FA 4Y5AA 2NPHA 3T6IA 3OU3A 2FDPA 1K6VA 3SA9A 3I6OA 3UDYA 3VSXA 1ZTZA 3PGIA 1QS8A 5P77A 3CKPA 4Q1NA 1UH8A 1MPPA 2NXLA 2ASIA 5P20A 5P8UA 4IVSA 3M9FA 5HD0A 2R38A 4OBZB 5P18A 2RENA 5P7DA 5P8EA 5KQFA 2QI4A 5P6NA 4B70A 3QI1A 5P19A 2QI0A 5P4FA 5P7AA 4I0DA 3SKFA 3OTYA 5P34A 3KMXA 1PSOE 5B18A 1AAQA 3BUGA 4J0YA 3S8IA 5P6KA 4DPIA 1BDLA 3BGCA 2UY0A 5P2BA 3CMSA 5OYRA 4DJQA 4FL8A 1XDHA 2AVMA 3EKXA 4Y3GA 4LL3A 3UDHA 5P2SA 1PSAA 1XE5A 4J0VA 5ER2E 2OHNA 4GJ8A 4XKXA 2I1AA 5OYQA 5P8NA 4CPTA 5P4BA 3PI5A 3URIA 5P68A 4DQEA 4Y45A 3UQWA 2O4LA 3D20A 1ER8E 1GVXA 3FSMA 1EPOE 3DUYA 5P0VA 4YD6A 2VIYA 1BIMA 2FNSA 2ER7E 5P74A 4CPWA 3MWSA 4EP3A 4I0IA 5OZCA 5P3CA 2AZBA 4YBIA 2BPVA 4A6BA 5OZ4A 2WHHA 3OADB 2QHCA 4BFDA 2I4DA 2IS0A 1K6PA 4NKKA 5P2JA 5P1XA 3OUDA 2R5QA 2H6TA 3TPPA 3PSYA 3I25A 1W6IA 5P6TA 4CPRA 3QAAA 2VA5A 5P53A 3R0YA 5P5VA 1EBZA 5P5HA 3IGBA 2VS2A 2P3DA 2BPYA 2Z4OA 1PPME 4FM6A 6FIVA 1HEGE 2QU2A 4Y3PA 5P1OA 3DCRA 3UPJA 5OZWA 5P3NA 4GYEA 1HSGA 4ACUA 4FE6A 1SBGA 4I0EA 5P0ZA 1MTRA 2CEJA 2OAHA 4HVPA 1BAIA 3O9DA 1B6KA 3O9LB 1EC3A 4ZSMA 5P5DA 5P00A 3UQUA 5C9FA 4OBHA 5OZ6A 2QMPA 3UFNA 3AUPA 4TRWA 5P1UA 5P7VA 2BPWA 1C70A 1HVRA 1ZAPA 3OXVA 2AZ9A 4GJ6A 1GVUA 4Y53A 2IGYA 3PJ6A 2I4XA 3BUFA 4AA9A 3BRAA 4CPUA 2PMAA 3SLZA 4Y3FA 4Y39A 2AOFA 2ZJLA 3NDXA 2APRA 4GJAA 1MTBA 5P14A 5P2GA 3ZKNA 5OZDA 1VIKA 3KN0A 3GGVA 3LNKA 1UH7A 5P55A 3LIYA 1YM2A 5OYZA 5P57A 5P41A 2ZDZA 1SDTA 5P7SA 3NXNA 3JVYA 5DQ5A 2ZJMA 2FIVA 4EYRA 3OUAA 5OZSA 4CPXA 1RQ9A 5P8QA 5COOA 5AH8A 4DUSA 2G26A 4GIDA 4QJ6A 4Y5LA 4FAEA 5PEPA 1QBTA 4TVHA 5DQCA 2F80A 5P5SA 2ER9E 1FQ5A 3QBHA 7HVPA 3EKPA 5P6UA 3LPJA 5P29A 5P37A 5P6FA 3OOZA 2ER6E 5P4DA 5OZ7A 1CPIA 1EPPE 1PPKE 1EC2A 8HVPA 2ANLA 1E5OE 5P1KA 4GJ7A 3FV3A 1DPJA 1TZSA 4Q1YA 3HVPA 5P2WA 4NJSA 5P50A 3KDDA 5OZOA 1RPIA 1T7KA 2QI5A 1SGUA 3L5FA 4ER4E 5P4JA 5P1FA 1BXQA 5P04A 2OHPA 5P3BA 3OQAA 5P3GA 3I8WA 4Y3ZA 5DQ4A 3S45A 5KOSA 1IIQA 5P6VA 5AHBA 3TPRA 4Y5EA 2PQZA 3O9CA 4YD5A 5P3PA 2VA7A 4Y3QA 2JE4A 2WF3A 4EXHA 1APVE 4B05A 4I8WA 4I1CA 3SFCA 4DJWA 5P80A 3UCBA 1K6CA 2NMYA 5P4XA 4H3JA 4DQGA 1XN2A 1WBKA 4GJ9A 3OOTA 2HB3A 3WSJA 2ZJIA 4CPQA 1MIQA 4Y4DA 2G69A 5P4HA 2FS4A 5P36A 4YD4A 3TNEA 4ZE6A 3D1XA 3OU1A 5UPJA 4YBFA 1KZKA 3PI0A 5P5WA 5P47A 2I4WA 4M8XA 1HTFA 4LAPA 4ER2E 1ZBGA 4NPTA 3PHVA 3FX5A 4J0ZA 5P1GA 2ZHVA 5P8VA 4Q1WA 3WB5A 3OQFA 5P42A 2OHLA 4MC2A 3UDKA 3PCWA 5P07A 5P2TA 5P3MA 2R8NA 1XS7D 4DQHA 1EBYA 1ZSFA 5P28A 3O9HA 4RCEA 4K4QA 5P7TA 5P6RA 3PSGA 3I2LA 4DFGA 4KE0A 1LF2A 5P8SA 3WZ7A 5P0KA 5P0UA 4YOBA 1HTGA 4B0QA 2HIZA 2QD6A 3KM4A 2V00A 4Y5KA 4Q5MA 3PB5A 3HVGA 5AGZA 3O9GA 3GGAA 5P2MA 4PHVA 1AXAA 3B80A 2J9KA 5P1CA 3LHGA 5DR8A 4OBZA 4Y3AA 1IZIA 4JPCA 2HPEA 5ENKA 2NNPA 3QRSA 2Q55A 5HVPA 5P84A 4NPUA 5P83A 3OWNA 5P3QA 4RVXA 1HVSA 1M43A 1GNOA 1NPWA 5P3KA 4K8SA 1ZSRA 5ISJA 3ZPTA 2FGUA 3FNUA 5P0WA 3INDA 3UDPA 2WJOA 2FNTA 2R3WA 5P09A 1FB7A 2PWRA 3QBFA 5AH6A 5OZ3A 5OZLA 5FIVA 5OZKA 3NUOA 5P79A 3N3IA 4H3GA 1YTIA 5AHCA 3INFA 3CIDA 4WTUA 3EBZA 1MT8A 3UDMA 5P7YA 5P4UA 2G1RA 2NNKA 5P0QA 1A8KA 5P5PA 4OBKA 2BB9A 4DJPA 4D89A 5P6MA 2AVQA 5OZPA 1SIPA 2F81A 2WF4A 5P1QA 5OZVA 2XFIA 2IENA 1AJXA 1WKRA 4EQ0A 1Z1HA 3TH9A 5P4ZA 5P0NA 1FQXA 4M8YA 3EMYA 5P0RA 4DJVA 3KFPA 5JG1A 4PZXA 3OADA 3NWXA 1KJ7A 3UQXA 5IE1A 1GKTA 5P0PA 4JECA 1FMBA 3BC4A 5P85A 5SXNA 1Z8CA 2EWYA 2AOJA 2Q3KA 3VLBA 3QPJA 5HCOA 2AIDA 3OU4B 1DMPA 2F3FA 3BUHA 5OYYA 3ZPUA 1HVCA 4ZSPA 2G21A 2QI3A 4OD9B 1Q9PA 4RROA 3MXEA 3ZMGA 1J71A 1W6HA 5P27A 3O9LA 2AZCA 1C6YA 3VLAA 2VIZA 1VIJA 2QI1A 5P70A 5P8TA 5P4KA 5P81A 2VNMA 5P40A 3DOXA 3CIBA 2PK5A 1XL2A 5P4WA 5P72A 3B7VA 5P1TA 1WBMA 1FMUA 4EJ8A 1FG8C 1W5WA 2G1OA 3IAWA 5P1ZA 3TOHA 5P46A 4EWOA 5P0MA 5P24A 3CYXA 5P4CA 4RGHA 5P5JA 5SY2A 2JJJA 5P1JA 1YG9A 2AODA 3ZKQA 5P0GA 2QNPA 1FG6C 4D8CA 4QJ2A 1BXOA 1HPVA 3NU5A 5P5EA 1HOSA 1MESA 4FRIA 5P7CA 1SMEA 3O9IA 5I3VA 4CP7A 5P7WA 5P54A 1LEEA 5HCTA 5P0BA 1TW7A 1AIDA 1HVIA 3UDNA 1XE6A 1JLDA 3NUJA 5P4MA 4J0TA 3HDKA 5P82A 2QNQA 5P3UA 5P5AA 3ZKIA 5P01A 2ZHTA 4Y3JA 4Y43A 1LYWB 1K6TA 2ZYEA 4AUCA 5OZTA 5P17A 5P4VA 1AVFA 3PRSA 3LITA 4YD7A 1FLHA 1T7JA 2OHMA 5P0OA 2QZLA 3QVCA 3NDTA 1HXBA 2Q11A 4TVGA 1KJGA 2IKUA 5P5FA 3LPIA 3OY4A 5P0TA 4YCYA 5P8HA 4ZPFA 4B00A 3MSJA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 4PEP A;  5P5Z A;  4QGI A;  5P3E A;  5P7M A;  4BFB A;  1MEU A;  4Y37 A;  2OHQ A;  4EPJ A;  2I4V A;  1B6L A;  2FMB A;  3CIC A;  4YCT A;  2QI7 A;  3EL0 A;  5HE5 A;  1KJH A;  9HVP A;  3OTS A;  1LF4 A;  3OK9 A;  4K4P A;  5P6G A;  4Y58 A;  2WED A;  3Q6Y A;  2G24 A;  3SM2 A;  1IVP A;  5P51 A;  1YTG A;  1N49 A;  2PK6 A;  3HD8 A;  3DCK A;  1W51 A;  4AZY A;  5P3X A;  4LXK A;  4MC6 A;  2Q63 A;  1HXW A;  3MXD A;  2BKT A;  4B78 A;  2AOI A;  5ENM A;  2SAM A;  2ZJK A;  4Y5N A;  3IN3 A;  5P6Q A;  2IQG A;  3T7X A;  3UDQ A;  2AZ8 A;  3NU3 A;  1MT9 A;  5P7G A;  4J55 A;  4FCO A;  2WEA A;  3T11 A;  1LV1 A;  5DGW A;  1EBK C;  4H3I A;  1HVK A;  2HB2 A;  2NR6 A;  1HPS A;  4COE A;  3PSU A;  3OQ7 A;  3QP0 A;  2Z54 A;  4DI2 A;  4B1E A;  2VIJ A;  3IVH A;  5P8A A;  5OYS A;  5E5K A;  5P2K A;  3S56 A;  4R5N A;  5P0C A;  3VF7 A;  5P5L A;  2QZK A;  3KT5 A;  1M0B A;  2G22 A;  5DR4 A;  4Y5B A;  4RRS A;  2QK5 A;  3EKW A;  1D4Y A;  4E43 A;  1T6E X;  4KE1 A;  1QBU A;  3T7P A;  3OQD A;  2F3E A;  5P4O A;  1FIV A;  5P3H A;  4DJX A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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