3ZKIA

Bace2 mutant structure with ligand
Total Genus 92
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
92
sequence length
384
structure length
365
Chain Sequence
NFLAMVDNLQGDSGRGYYLEMLIGTPPQKLQILVDTGSSNFAVAGTPHSYIDTYFDTERSSTYRSKGFDVTVKYTQGSWTGFVGEDLVTIPKGFNTSFLVNIATIFESENFFLPGIKWNGILGLAYATLAKPSSSLETFFDSLVTQANIPNVFSMQMCGAGNGGSLVLGGIEPSLYKGDIWYTPIKEEWYYQIEILKLEIGGQSLNLDCREYNADKAIVDSGTTLLRLPQKVFDAVVEAVARASLIFSDGFWTGSQLACWTPWSYFPKISIYLRDENSSRSFRITILPQLYIQPMMYECYRFGISPSTNALVIGATVMEGFYVIFDRAQKRVGFAASPCAEIAGAAVSEISGPFSTEDVASNCVP
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Mapping the Conformational Space Accessible to Bace2 Using Surface Mutants and Co-Crystals with Fab-Fragments, Fynomers, and Xaperones
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase
source organism Homo sapiens
molecule keywords BETA-SECRETASE 2
total genus 92
structure length 365
sequence length 384
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.4.23.45: Memapsin 1.
pdb deposition date 2013-01-23

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 3zkiA01
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 3zkiA02
4J54A 3VF7A 1HIVA 3EL9A 2PH6A 3HBOA 2R38A 1FEJC 3L59A 5P5MA 5P33A 2OF0A 4Y3GA 3PWRA 1HPXA 2QI0A 2QI7A 3DK1A 5P7GA 3ZKNA 5I3XA 1FFFC 5P7PA 2F3EA 4LXMA 3URIA 2VIJA 2O4SA 1RQ9A 1IVQA 1HVKA 2G94A 4YDFA 3NSHA 5P3GA 1BXOA 2VIEA 3BUHA 2Q11A 3SABA 4Y5BA 5P24A 2OHTA 5P8UA 3ER5E 4LBTA 4RCEA 3MSKA 3KMXA 5P1RA 4M8YA 2BPYA 3HD8A 3VSXA 5P2VA 3OHHA 3L5CA 4Y36A 1BV7A 4B0QA 4QJ2A 3EXOA 4EJDA 4ZPEA 2AOEA 2FXDA 3UQXA 3EMYA 2F3FA 5P29A 3LNKA 4DPFA 3GW5A 5P6GA 3OXCA 1MRXA 2I4XA 5C9FA 5P6KA 4KE1A 4GJ6A 3HAWA 1B6KA 5OYUA 5AHCA 3D91A 5HE7A 2IENA 3HDKA 2WF1A 3OUDB 3IVIA 1MT8A 4I8ZA 4X2LA 7UPJA 5P17A 5P28A 2I0AA 5P5SA 2UXZA 1AM5A 3TKGA 1LS5A 3I6OA 3ZOVA 2OAHA 1PSOE 4Y35A 1EPQE 3SACA 3VCMA 3L5DA 5P7MA 4H3IA 1FMXA 4I1CA 1HHPA 3INEA 5P4JA 3Q3TA 2VKMA 4AMTA 5IE1A 3TH9A 3BVBA 5B18A 3UDPA 1UH7A 4Y38A 2IRZA 1D4IA 1HIIA 4F75A 3IXOA 2AOCA 3HVPA 4KE0A 5AH6A 1HWRA 1LYAA 2CEMA 4Y5CA 2R3TA 2VNNA 4DUSA 1SGUA 1OHRA 1SMRA 5P7AA 3B80A 4QJ7A 5P2IA 2QU3A 1PROA 5P16A 2I4DA 4FAFA 5P06A 3OQKA 1HVIA 5P1HA 3RTNA 3L58A 3DOXA 4Y3DA 3EKPA 3RTMA 3INHA 1FMUA 2OHQA 4YOAA 1BDLA 3CYWA 5P5PA 1M43A 2G1NA 2HPEA 3NDXA 4EP3A 5P46A 5P6EA 4JPEA 5P3ZA 3TPLA 3NU6A 5P7TA 4Y5PA 5P27A 9HVPA 4DQEA 5AH9A 5KR8A 2Q54A 3EL0A 5OZVA 2ER6E 5OZUA 5BRYA 4NPTA 2ASIA 4PHVA 1EBYA 5E5JA 5DR7A 4EQJA 2P3BA 2IDWA 3OU4A 5P18A 4Y3ZA 4LC7A 5P4IA 4EJ8A 5HU1A 3QPJA 5P57A 4COEA 2QHZA 1YT9A 4NJSA 4DQBA 4GIDA 3ZKQA 5OZWA 5OZFA 4F73A 2B8VA 2BKTA 3OUAA 5OZGA 2QHCA 3PSYA 1QS8A 3KFNA 5COKA 4YE3A 5AH8A 3OUBA 3TOGA 2FNTA 4U8WA 1HTEA 2JJJA 5JFPA 4DJYA 3OQDA 1OEXA 3OY4A 5P3KA 3MSJA 2JYSA 2AIDA 5ENKA 2AZBA 1LV1A 3SAAA 5P7RA 3IAWA 3OUDA 5P7SA 2G69A 2AOIA 4FIVA 5P73A 3S85A 2FNSA 5P0DA 4B1EA 3MWSA 2QHYA 1ZJ7A 1K1UA 2NXMA 5P7VA 5P1PA 2FDDA 1ZTZA 4B1DA 5P4BA 1D4LA 3EL5A 1GNNA 1BILA 5OZBA 5ENMA 3BHEA 3SQFA 5OYSA 1HXBA 5DPZA 5P5OA 2B7FA 3A2OA 5HCTA 5P1LA 5P1VA 2FGVA 5P1IA 4ZPFA 3LPKA 3IGBA 3SA8A 4AA8A 1G0VA 4HE9A 1HEFE 1BVGA 2PSUA 5P52A 4HDFA 3S7LA 1XN2A 3MXDA 4CPXA 5P2AA 3SA5A 2ZHRA 3O9AA 5OYZA 1WBMA 3EM4A 1SP5A 5P7HA 5P87A 3SKGA 1XE5A 3QN8A 1ZLFA 3VEUA 4DVFA 1BWBA 3QRVA 3AIDA 3S2OA 3I7EA 5P2DA 4Y3RA 1YX9A 1FQ6A 5P6DA 4R91A 1EBWA 1EPOE 1FQ5A 5P3CA 5P51A 4DQFA 5P66A 4J1CA 2I4WA 1RL8A 1UPJA 1B5FB 2R3WA 3SA6A 1VIJA 4GYEA 1TQFA 2VJ9A 5P0TA 3UDMA 3M9FA 5HDZA 3LIZA 1DIFA 3SA7A 1UH9A 1FF0C 4K8SA 5COPA 1QBUA 5P1MA 2BPWA 3VFAA 2Q3KA 3VUCA 4Y4UA 2QMFA 3VV6A 5SY3A 3KN0A 3JW2A 4HDBA 4J1KA 2QP8A 5P2FA 5P31A 3I25A 4YBFA 3DCKA 1YTJA 4K9HA 5OZZA 5OZ1A 5P54A 4YDGA 2WEAA 5P0QA 5OZ7A 4QJ8A 2CEJA 5HD0A 5P4GA 5P86A 2WF3A 4OBHA 2BPVA 1W5VA 1MTRA 3VSWA 4DQHA 1B6MA 5IVSA 5P50A 5P7KA 2JJIA 5P8OA 4RYCA 5P6NA 4K4QA 4FRKA 5P0OA 2HAHA 5P81A 4YD6A 5P6VA 2ER9E 3O9FA 4YD7A 5P01A 2PK6A 5P78A 1A8GA 5P8MA 3OUCA 3U6AA 4U7VA 5P2ZA 1QRPE 5DQCA 3LZYA 1GVXA 5P0CA 2I4QA 4CPQA 1LF3A 1HVCA 4Q1XA 1D4YA 3QVCA 4RVJA 4ACUA 1MERA 2RSPA 5AH7A 5P3BA 3LIXA 4DH6A 2RKGA 5P0UA 1FMBA 3S45A 4RCDA 4TRYA 4WY6A 3PMUA 4F74A 5P6RA 5P0YA 5HVPA 2FLEA 3C9XA 1ENTE 4Y5AA 2HC0A 2G1RA 4EQ0A 8HVPA 5P3YA 4Y3LA 2H6TA 5OZDA 3QI1A 5P12A 1ZPKA 3CYXA 1BAIA 1B6JA 1WKRA 3UDNA 5P3DA 5HDVA 3WZ7A 2QNNA 1YM2A 1MSMA 4OC6A 5P8JA 5P6XA 3R0WA 4U7QA 1C70A 3U7SA 2IKUA 3AUPA 4ER2E 4FGXA 1ODWA 1LYBB 3PI5A 4RZ1A 4ACXA 4FRJA 3R0YA 4Y41A 3HW1A 1XDHA 3NWQA 4Y3JA 3ZKGA 4ZEAA 1BBSA 4JECA 5P4VA 5P00A 5P6SA 3T7PA 4YHQA 1E81E 3ECGA 4LXAA 1AAQA 1SDTA 3IN4A 5P5EA 3OOTA 5DQ2A 4YOBA 4FSEA 2HM1A 4Y9WA 5P68A 1EPPE 4J0PA 4MC2A 4Z2ZA 5P8TA 5P6LA 4Y4BA 2JE4A 1BDQA 2BQVA 3HVGA 1B5FA 2AZ8A 3CIDA 2NMZA 5BWYA 1PSAA 5P3HA 3BXRA 5APRE 1EAGA 5P2OA 5P6OA 1FQ8A 4Y4JA 4Y53A 1LZQA 1IZIA 1PPME 5P4AA 4DJUA 4CPUA 4GMIA 1ZAPA 2BKSA 1A8KA 4Y3EA 2HPFA 4Q1WA 1K2BA 5P8VA 4AZYA 4Y3AA 5P7EA 4R5NA 5P5GA 5P3WA 5P30A 2ZJNA 3O9CA 3IVHA 4Y56A 4D83A 4Y4ZA 4GJBA 4EHCA 4B1CA 5OZXA 1EC2A 4RGHA 5P5BA 5P15A 4H3FA 5P1OA 5P48A 5P67A 1BV9A 5P7QA 3B7VA 2P3DA 2MIPA 3S7MA 3OK9A 5P8DA 5P39A 1ZPAA 1SGZA 1PSNA 3SM2A 4LHHA 3QRMA 2PSVA 3TOFA 2UPJA 3QBFA 1IIQA 2ANLA 3G72A 2QD8A 4I0DA 1IZDA 2P83A 3SM1A 1YM4A 1QBRA 4Q1YA 3OGQA 4N00A 2B60A 5P03A 3URLA 1K2CA 4H3JA 4Y44A 2P4JA 4RRSA 5P0ZA 2FS4A 1META 3QROA 1OD1A 1K6VA 1APWE 4ZE6A 3L3AA 4LAPA 4Y5EA 1MIQA 2QMGA 3T7XA 5P3OA 3SA9A 5OZTA 5P63A 1FLHA 3Q6YA 5P7BA 2B8LA 2G27A 4Y3XA 2OHRA 3S43A 6UPJA 4EP2A 3O9DA 5CLMA 2BPZA 4FRSA 3KDDA 2VJ6A 4J0YA 5P5CA 4B72A 3UDJA 3KM4A 4J5JA 4J1IA 5C9DA 1NPWA 4DJVA 3IA9A 3WB4A 3LZUA 5P3XA 5SZ9A 2AVOA 2QAKA 2PC0A 4Z4XA 1W5YA 3DV1A 5P1BA 1K6PA 5P35A 3OQ7A 4NJTA 4LP9A 3I8WA 5P1AA 2PQZA 4Y4GA 4EJLA 6APRE 3L5EA 4GJCA 3OADA 4L1AB 3ZMGA 5P4TA 4TVGA 2NMYA 3PRSA 1MVPA 3OU1A 3RU1A 4RVIA 5P62A 2PH8A 5ER1E 3GGAA 1NPAA 5P3QA 1SDVA 2NR6A 2R9BA 3HZCA 5P2GA 3O9BA 5P7YA 3KDBA 4I0JA 4J0TA 1HTFA 1YTHA 3O9IA 5P4HA 5ER2E 5P8BA 3LHGA 4DQGA 5HU0A 5P38A 4J55A 4NPUA 1LYWB 2G1OA 5P53A 3TPRA 5P8FA 7HVPA 1C6YA 1BWAA 3URJA 1D4SA 2HB4A 3O9GA 5HCOA 1NSOA 2RENA 5P8LA 3OXWA 5P5KA 5P1TA 3OAGB 1GVTA 2R8NA 4HEGA 4B00A 3EBZA 4FAEA 1BDRA 5P2UA 5P79A 4BEKA 2HS1A 4I0GA 2ZJMA 2WKZA 3T7QA 3K5DA 5P5JA 2QMPA 2UY0A 5P19A 4CPWA 1SDUA 2V10C 2NPHA 5P42A 5P3NA 4PYVA 1T7JA 3FX5A 1FG6C 3PWWA 1MTBA 5DQ5A 5KR0A 2RMPA 5COOA 4OBZB 1MRWA 3QP0A 3HAUA 5P0XA 5P74A 4AUCA 3D20A 4ZLSA 5P64A 3VV8A 2BJUA 4A6CA 3OQAA 1D4JA 5F01A 4QJ6A 1SMEA 3MSLA 4Y3YA 3KMYA 4K4RA 1XL5A 2QD6A 2WEDA 1HEGE 3IN3A 2R5PA 2VA5A 5JG1A 5I3YA 2NNKA 3ZPUA 2Z54A 3TLHA 4UPJA 1XL2A 5OZMA 3NDTA 4YBIA 4A4QA 2PK5A 2F80A 1EBKC 1MSNA 5OZ6A 3BXSA 5P6UA 2AOHA 5IVTA 3OTYA 4OD9B 3EC0A 4EJKA 4FM7A 1A30A 2V11C 5P61A 1D4HA 4DPIA 5OZPA 5P09A 3G70A 5P5AA 5P3UA 3D1YA 2WF0A 4AA9A 3VF5A 3BRAA 4RLDA 3KFSA 2FXEA 1MESA 5P4WA 5OYXA 2ZJHA 3PB5A 3CIBA 5P6HA 2V12C 5DR3A 2ZGAA 3TOHA 2G22A 3SLZA 3K4VA 1ER8E 2HB2A 2QU2A 5P5LA 3DCRA 4ER4E 5P6JA 3VLBA 2OHKA 3PM4A 4Y5MA 5P4KA 5P6PA 2Q15A 5P4ZA 5P2SA 4Y4TA 3LIVA 2PWRA 3PSUA 2G1SA 1W6HA 6FIVA 2AOJA 2ZJIA 5P7FA 1DPJA 3JVYA 3SPKA 4JOOA 2Z4OA 5KQZA 4L7JA 5P2LA 3UDHA 4RROA 5AHBA 5P0JA 5EZZA 3UQUA 3PLDA 3NR6A 5P2HA 4BFDA 3SKFA 3SA4A 5P3PA 4I0ZA 5P32A 3TPJA 5HTZA 5P2JA 4ZSRA 4Y4WA 1HPSA 2QNQA 5P82A 4ZSPA 5P2EA 1W51A 4LXKA 5P5WA 3O9HA 5KR2A 3HLOA 1W5XA 3ZKMA 2BBBA 3FSMA 3EM3A 3FNSA 1F34A 4HLAA 3VLAA 4CP7A 3GGVA 2G24A 3LPJA 1D4KA 3OXXA 3QBHA 1LEEA 4ZPGA 1M0BA 5P77A 4L6BA 3BUFA 1QBSA 2ZHUA 5J25A 4J1EA 3UQPA 5P5VA 5P10A 4OBZA 1UH8A 2IEOA 3UF3A 4E43A 5P45A 1HPOA 5KOQA 4PEPA 2QZWA 5DQ4A 4Y43A 2Q55A 3ER3E 1KJ7A 3VYDA 2NTRA 5P0NA 5IVQA 2FDPA 4Z50A 1IDAA 4KUPA 5P7XA 4ZSMA 4Y4EA 3RSXA 5P0BA 2XFKA 5P8IA 5P59A 1KJHA 3NU9A 5P3SA 2IL2A 3PEPA 5DQ1A 3T3CA 4Y51A 2V13A 1JLDA 3NUJA 3KT5A 3EKQA 5HDUA 3INDA 3INFA 4BFBA 5DR0A 5JODA 1HSIA 4Y5LA 5P1YA 5P8CA 3QS1A 5P89A 3K5GA 5PEPA 3N3IA 3IXJA 3PSGA 5BS4A 1MEUA 1M4HA 4JP9A 5OZYA 1EC1A 3ZKIA 4D85A 1E82E 2G1YA 3UFLA 1APUE 4RCFA 5KQFA 5P7UA 4EPJA 5P4CA 4XX3A 3GI6A 4I8WA 4DJXA 3PI0A 5P5NA 4DV9A 3NWXA 1ODYA 4FM8A 2I4UA 4NJVA 3KDCA 5C9BA 2WEZA 3QRSA 3GI0A 5OZIA 4Y5KA 1HRNA 5P1SA 3PCWA 4L7GA 5DGUA 1HVJA 1RPIA 5P7NA 4TRZA 5P0RA 3ZL7A 5OZ2A 5P6MA 5P7WA 4M8XA 2OHUA 4GZFA 4J17A 1T7KA 2FDEA 5P0VA 5P4DA 2PYNA 1T3RA 4XXSA 1VIKA 3VYEA 5P3LA 5P58A 3NLSA 5KQXA 2RKFA 2XYFA 5P5IA 2FIVA 3RTHA 5P71A 3LZVA 5E5KA 4QJAA 4YCYA 2QMDA 1HSHA 3PHVA 5P11A 3GGXA 5P8PA 3VV7A 4B78A 1W50A 3UHLA 5P6ZA 5P3EA 1LF4A 1AZ5A 1ODXA 5SY2A 3KFPA 3FKTA 5P1QA 4WTUA 5DGWA 3S56A 2QZLA 3NU4A 4K4PA 1FGCC 2IKOA 2NXDA 1ZBGA 2WF2A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 4J54 A;  3VF7 A;  1HIV A;  3EL9 A;  2PH6 A;  3HBO A;  2R38 A;  1FEJ C;  3L59 A;  5P5M A;  5P33 A;  2OF0 A;  4Y3G A;  3PWR A;  1HPX A;  2QI0 A;  2QI7 A;  3DK1 A;  5P7G A;  3ZKN A;  5I3X A;  1FFF C;  5P7P A;  2F3E A;  4LXM A;  3URI A;  2VIJ A;  2O4S A;  1RQ9 A;  1IVQ A;  1HVK A;  2G94 A;  4YDF A;  3NSH A;  5P3G A;  1BXO A;  2VIE A;  3BUH A;  2Q11 A;  3SAB A;  4Y5B A;  5P24 A;  2OHT A;  5P8U A;  3ER5 E;  4LBT A;  4RCE A;  3MSK A;  3KMX A;  5P1R A;  4M8Y A;  2BPY A;  3HD8 A;  3VSX A;  5P2V A;  3OHH A;  3L5C A;  4Y36 A;  1BV7 A;  4B0Q A;  4QJ2 A;  3EXO A;  4EJD A;  4ZPE A;  2AOE A;  2FXD A;  3UQX A;  3EMY A;  2F3F A;  5P29 A;  3LNK A;  4DPF A;  3GW5 A;  5P6G A;  3OXC A;  1MRX A;  2I4X A;  5C9F A;  5P6K A;  4KE1 A;  4GJ6 A;  3HAW A;  1B6K A;  5OYU A;  5AHC A;  3D91 A;  5HE7 A;  2IEN A;  3HDK A;  2WF1 A;  3OUD B;  3IVI A;  1MT8 A;  4I8Z A;  4X2L A;  7UPJ A;  5P17 A;  5P28 A;  2I0A A;  5P5S A;  2UXZ A;  1AM5 A;  3TKG A;  1LS5 A;  3I6O A;  3ZOV A;  2OAH A;  1PSO E;  4Y35 A;  1EPQ E;  3SAC A;  3VCM A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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 2AQU A;  4I11 A;  5OZ5 A;  5HE5 A;  3Q70 A;  2AZ9 A;  5P2M A;  3GI4 A;  2ZJJ A;  4J0Z A;  3PWM A;  4Y48 A;  5P2K A;  4PZW A;  3PMY A;  2ER7 E;  1MT9 A;  3MXE A;  4ER1 E;  4D89 A;  1RNE A;  3LIY A;  5P2Y A;  5P4P A;  1GVV A;  3NDW A;  4OD9 A;  2VS2 A;  3PJ6 A;  3DJK A;  5P0M A;  5OZ0 A;  3BC4 A;  3S54 A;  5P6B A;  3LIT A;  3I2L A;  1YG9 A;  1TCW A;  5P6Y A;  1GKT A;  5P2B A;  1HSG A;  3Q5H A;  3UDY A;  5P1D A;  5IVR A;  3OTS A;  1HVS A;  5P6C A;  5P6T A;  4FLG A;  3ST5 A;  1A9M A;  5P6I A;  4CMS A;  3DUY A;  5P1X A;  2WF4 A;  1HTG A;  1K1T A;  4Y3H A;  4ZSQ A;  5P1K A;  4I0H A;  1A94 A;  4XKX A;  1N49 A;  1ZSF A;  5OZ9 A;  4WY1 A;  5OZL A;  1XN3 A;  3WZ8 A;  5P7I A;  2OHM A;  5P1G A;  3PBZ A;  2V0Z C;  2ZDZ A;  1IZH A;  2AVS A;  2QK5 A;  3EKT A;  3S43 B;  5P3A A;  5I70 A;  1IDB A;  5P47 A;  1W5W A;  5P2T A;  4J1H A;  2OHP A;  2FGU A;  4DQC A;  5P8G A;  2O4L A;  1PFZ A;  1T6E X;  4APR E;  2WEB A;  2A1E A;  3VG1 A;  4B77 A;  1MT7 A;  1E5O E;  3JVW A;  3SFC A;  3G6Z A;  5P5F A;  4CPT A;  3FIV A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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