3ZKNA

Bace2 fab inhibitor complex
Total Genus 93
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
93
sequence length
384
structure length
375
Chain Sequence
NFLAMVDNLQGDSGRGYYLEMLIGTPPQKLQILVDTGSSNFAVAGTPHSYIDTYFDTERSSTYRSKGFDVTVKYTQGSWTGFVGEDLVTIPKGFNTSFLVNIATIFESENFFLPGIKWNGILGLAYATLAKPSSSLETFFDSLVTQANIPNVFSMQMCGANGGSLVLGGIEPSLYKGDIWYTPIKEEWYYQIEILKLEIGGQSLNLDCREYNADKAIVDSGTTLLRLPQKVFDAVVEAVARASLIPEFSDGFWTGSQLACWTNSETPWSYFPKISIYLRDENSSRSFRITILPQLYIQPMMGAGLNYECYRFGISPSTNALVIGATVMEGFYVIFDRAQKRVGFAASPCAEIAGAAVSEISGPFSTEDVASNCVP
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Mapping the Conformational Space Accessible to Bace2 Using Surface Mutants and Co-Crystals with Fab-Fragments, Fynomers, and Xaperones
pubmed doi rcsb
molecule tags Immune system/hydrolase
source organism Homo sapiens
molecule keywords BETA-SECRETASE 2
total genus 93
structure length 375
sequence length 384
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.4.23.45: Memapsin 1.
pdb deposition date 2013-01-23

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 3zknA01
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 3zknA02
5P5HA 5P1ZA 5P39A 3B80A 5P0GA 3PB5A 5OZNA 2VS2A 1HSIA 2AOEA 5P16A 3EL0A 3G72A 1BIMA 4FRIA 4OBDA 1IZDA 5P70A 5OZCA 4FE6A 4Y3YA 2ZHTA 5P13A 1D4YA 5P49A 3PSUA 2AOCA 2QCIA 3O9IA 5I3VA 3JVYA 4NJVA 4RZ1A 1FG8C 1A8KA 3QIHA 2ZGAA 2PK6A 5P4XA 1JLDA 5KR0A 2QI4A 4LXMA 2NPHA 1QDMA 2R43A 1W5WA 1YTJA 2OHNA 4R92A 4JPEA 3UPJA 5P6VA 1MPPA 5P6PA 4LHHA 1B6JA 2AODA 3HVPA 4EJDA 3NXEA 1C70A 3OK9A 4ER1E 4Y43A 1YG9A 5P6XA 5P31A 3URJA 4J1EA 4BFBA 2J9JA 5P22A 2AZBA 3ECGA 3UQRA 1IDAA 3QRSA 1IIQA 5P44A 5P4KA 3FKTA 1SIPA 1HTRB 1LYWB 4OBZA 4YOBA 1W5XA 3LIXA 1PSNA 5OYZA 1IVPA 5P64A 4K9HA 5HCTA 2Q5KA 1TSQA 5P1LA 1MSNA 1D4HA 3PEPA 3DV5A 1GKTA 3UDJA 3UDKA 2P3BA 3T7PA 3QVIA 3PJ6A 3OXCA 3D3TA 3PCZA 1MERA 4DV9A 3QN8A 1MRWA 4DH6A 2ER6E 4AMTA 2OHMA 3SABA 4L7HA 1TSUA 2G1NA 3DCKA 3SA5A 3PCWA 5IVQA 4BEKA 1MVPA 2NXMA 5P35A 1AIDA 5P5FA 1XN2A 4ZE6A 2FIVA 2G24A 3HD8A 5P24A 5OZLA 2G1SA 1XL5A 2RSPA 5P09A 2Q55A 4YE3A 5P4ZA 5BWYA 5P83A 3MXEA 3PMYA 5P08A 3QBHA 3TPRA 3UQUA 5P6RA 3TKGA 3G70A 4J0ZA 4K4QA 5P3UA 2AOGA 4DQFA 4B0QA 1GNOA 1TQFA 3OUCA 5P8RA 2AZCA 1AAQA 2VJ7A 5OZDA 5KAOA 2FDDA 2UPJA 2QI7A 5HE4A 1MIQA 5ENMA 3SM1A 1HVSA 3INDA 5CONA 5P4MA 4F73A 1FF0C 3SA8A 1G2KA 4WTUA 4Y3HA 2QAKA 5P6KA 5OZYA 1K6PA 1XL2A 5P1HA 3EKPA 2P4JA 3K4VC 4DFGA 5P1XA 4OC6B 5EZZA 5AGZA 3F9QA 3OUBA 1QBSA 5OZEA 1EPNE 3R4BA 5P7YA 4M8XA 3UF3A 3PRSA 4J5JA 4ZEAA 4Y5KA 3UQXA 2PSUA 1ZAPA 2OF0A 4J1KA 3FNSA 5J25A 3EKQA 5P3FA 3OOZA 2H6SA 5I3XA 4CPXA 4QJ9A 3OAGB 4ZPFA 3INHA 3R0YA 4GJ8A 1C6XA 5P4YA 5OZ9A 3VFAA 1SP5A 4PEPA 3VUCA 2QP8A 5HD0A 5KQZA 2BPXA 5P0NA 3PM4A 5C9FA 1AZ5A 2O40A 2OAHA 3RTMA 3BVBA 2WF2A 5P0EA 3VLAA 3OHHA 7UPJA 4YDGA 5P4DA 5P1TA 3SKFA 3I8WA 4TRYA 4RYCA 5P43A 4EJKA 4J1CA 2VNNA 4Y3FA 2QI5A 1BV7A 4M8YA 2PMAA 1GNMA 3D1ZA 3S2OA 3S54A 1HSHA 2QK5A 5P45A 1RPIA 2ZYEA 3N3IA 5P1AA 2V12C 2G27A 4Z50A 3NWQA 5P5EA 5P2MA 1MT9A 5UPJA 5P51A 2IKUA 3EKXA 5P2LA 5OYRA 2VJ9A 5OZFA 5COOA 1OHRA 5P1MA 1A94A 1EPLE 2V10C 4AA9A 4Y51A 5OZMA 3SA4A 1KJ4A 3PMUA 1HPOA 3GGAA 2V0ZC 2XFJA 5P4RA 4R95A 4Y3NA 1DIFA 2NMYA 3UQPA 4HDBA 1QRPE 3BHEA 5P3XA 4Y4EA 5P54A 1D4IA 5P0KA 4L1AA 5P6FA 5P2DA 1UPJA 3L5FA 5KOSA 1T6GA 5P88A 2PH6A 2QI6A 5P37A 5P4UA 3CIBA 3OXWA 5P5AA 2O4SA 2ZJHA 1G0VA 4Q5MA 5P66A 5OZ6A 2AZ8A 2B7FA 1B5FB 4Y3DA 2Q54A 1AXAA 5P20A 5DR8A 2WEBA 1M0BA 3HLOA 5P1KA 2G69A 5SY2A 1ZBGA 1NPWA 3VYEA 5BRYA 3SA3A 2QD8A 1IDBA 3QRMA 1XS7D 1APWE 1W6HA 3EKVA 1PFZA 3TLHA 3K5CA 1CZIE 2Q63A 5P0IA 1B6LA 3WSJA 4FAEA 6UPJA 4APRE 5P1UA 5P40A 4RGHA 5P89A 3KA2A 5AH6A 4Y3JA 4I0IA 5P3DA 4H1EA 4TRZA 3TOGA 4DJUA 6APRE 4IVSA 3GGUA 4FRJA 5HDXA 3QVCA 3OADB 3EL1A 3OQKA 3HW1A 3GI4A 5P29A 5P3OA 2WL0A 2VA5A 4EJLA 1SDVA 2WECA 5P61A 5B18A 3IN3A 5P02A 4FIVA 3GW5A 5P3LA 2A4FA 4HA5A 4JP9A 5P8LA 5P3MA 2AOFA 1K1UA 5P5UA 2O4PA 5P6HA 3EM4A 3O99A 5P6NA 5OZGA 4Y4DA 4KE0A 2QNNA 5P5QA 5P84A 1MTRA 3OOTA 4GJ5A 1ZLFA 5P2TA 2OHSA 3ZKXA 4QJ7A 5P7VA 5P38A 3UQWA 1GVTA 3WB5A 4Y47A 5ISJA 5P4AA 5P8IA 4CPQA 5P0CA 2O4NA 4GJBA 5P2AA 3OHFA 5OZ3A 4QJ2A 5P59A 1TCWA 2AOHA 4B1EA 1SMRA 1BVEA 3LIYA 4Y5CA 1LEEA 2R8NA 2HAHA 1ENTE 2CEJA 1HEGE 5OZAA 2OHTA 1MUIA 5P7HA 4AUCA 3NU5A 3LINA 2H6TA 2IEOA 1LYAA 3CIDA 5P8QA 4LP9A 5P5LA 3RSXA 5OZBA 2I4DA 3RTNA 3OXVA 4YD5A 3PLLA 4FM6A 4B77A 3PI0A 1HIIA 1ODYA 2V13A 4TVGA 5P17A 5P25A 4Y4XA 3SFCA 1D4KA 2HIZA 3OU1A 1KJGA 3CKTA 4Y4BA 3OUDA 3O9HA 5P5DA 5P0ZA 5P2GA 1HPXA 4EP3A 1BWBA 5OZZA 3BVAA 5AHAA 5P6JA 5P81A 5DGWA 3R1GB 1B6MA 1LZQA 2I1AA 1W50A 3BUFA 5HU0A 5OZXA 5P4JA 4Y4WA 1QBUA 1BVGA 3NU4A 5P1RA 3RU1A 2Z4OA 4MC9A 5P28A 5T4SA 1FIVA 3L59A 5P34A 4RCEA 4Y9WA 2P83A 1SH9A 4Y48A 4GJAA 3VV8A 3H0BA 5KQYA 1ZTZA 3S8IA 5KQFA 1W6IA 2I4XA 5P1CA 3T7QA 5P1NA 3EL9A 5P2SA 1N49A 4CPUA 3LIZA 2ZJMA 1LYBB 1LF3A 4FM7A 2FXDA 5DQ2A 5P7WA 5P6EA 4COEA 1EPQE 4GYEA 3D1XA 3I2LA 4Y3GA 5P6SA 3S85A 4CP7A 1ODXA 2WF3A 4OD9B 3NSHA 5P4NA 2VIZA 1UH8A 5P82A 3AIDA 2RMPA 2F81A 1META 1TCXA 3SA9A 4NJSA 1HVJA 2F80A 2P3CA 3UTLA 3O9DA 2PSGA 4GJCA 5P1IA 5P1WA 3IAWA 1A30A 4Y39A 4GJ6A 5P1GA 4I10A 1FLHA 1HXBA 4Y3XA 4YD4A 2ANLA 4FRSA 5P3IA 5JFPA 3NDXA 5P8PA 1HRNA 4N00A 2QI0A 1MT8A 5P5OA 3HVGA 3NYGA 4J0TA 5P05A 1FFFC 2AOIA 5P3QA 4U7VA 5C9BA 5P5PA 3JVWA 5P78A 1KJFA 1BV9A 4DQBA 4J0YA 2PH8A 2PSVA 3ST5A 2FDEA 4R93A 4HVPA 4JOOA 4YOAA 1AJVA 3PLDA 5P8FA 5P4TA 5P7LA 3WZ8A 2B42A 4ACXA 2HB4A 2Q3KA 3MWSA 1K6VA 5P7TA 3KYRA 2ZE1A 1FQ4A 4HLAA 5P5XA 2ZHUA 4PYVA 5P5JA 5P72A 2BBBA 5P7MA 1ER8E 3U71A 4CPSA 4Q1XA 1FMUA 1FMBA 4WY6A 4Y36A 5DQ5A 1G6LA 2V16C 3VEUA 4NJUA 2IS0A 4RRNA 5P3CA 5P0TA 4OBZB 3ZPSA 2WF1A 1FEJC 1HTGA 2R3WA 2XFKA 5P06A 5P0YA 1DPJA 2F8GA 1EBKC 5P18A 1YTHA 5P1JA 1XE6A 2WKZA 4Y5EA 4DPFA 4YBFA 3NUJA 3VG1A 5P4LA 4NKKA 2VIEA 2BQVA 3URIA 5SXNA 5P63A 3WZ7A 4PZXA 1YX9A 5P5YA 3S45A 4Y58A 4I0DA 1HIVA 5P3ZA 5P0SA 3UHLA 5DR3A 3ZL7A 3TPPA 3BGCA 5EZXA 3LITA 4GJDA 5P7IA 5DQ4A 5P0PA 5KOQA 2MIPA 1HVCA 5P8CA 2EWYA 4KE1A 3L3AA 4GIDA 3IA9A 3NWXA 4MC2A 3ZOVA 5P2YA 2I0AA 5P0LA 4OBJA 5P7XA 4J0PA 3OUAA 4Y3EA 4J54A 4PPHA 2ER9E 2WJOA 3URLA 5P6GA 3QROA 3SKGA 5P74A 1APVE 4CMSA 5P4EA 1HIHA 4EHCA 5OZQA 4FRKA 2RKFA 4BELA 4NJTA 3EXOA 5P5IA 3UDYA 1BDQA 1QS8A 4FSEA 3FIVA 1YM4A 5P8BA 5P77A 3OTSA 4EP2A 5P01A 2FDPA 3INEA 4RLDA 5P7JA 3CKRA 3KDBA 5PEPA 1WBMA 5COPA 3SA6A 1GVWA 1IZEA 3UDRA 5P3EA 4AA8A 5P7BA 1K2CA 5P2HA 4OC6A 4DQCA 1XDHA 2OHQA 4L6BA 3SO9A 2WHHA 1HVLA 3VV6A 5P27A 1EBYA 5P57A 5P03A 5P2EA 4HZTA 5KR1A 4Y5BA 5P6DA 4LXKA 2HM1A 3GGXA 5P4WA 5P0DA 3OQFA 1B11A 2A1EA 4FGXA 4DJPA 3HAUA 3BUGA 5P8MA 3VSXA 4D8CA 1RQ9A 5OYXA 1AJXA 1M43A 3O9CA 1HVIA 1K6CA 1CPIA 3BXSA 1PPLE 1Z8CA 3UDQA 5P7AA 3OQ7A 5P6CA 1XN3A 3SA7A 1EBWA 4XX4A 3U7SA 2QNPA 3K1WA 1ODWA 5P6YA 5P8AA 5OYTA 2G1RA 5P26A 1ZSFA 1HBVA 4K4RA 2ZJLA 5P1OA 5P4SA 4PZWA 2VIJA 2APRA 5P04A 4RVXA 4DJWA 3VF3A 4Y3RA 3DJKA 1RNEA 3APRE 3PGIA 4RVJA 4F74A 1HTEA 5JG1A 1SIVA 3PWMA 4ZLSA 5P07A 2Z54A 4DQHA 2IGXA 1MTBA 2R5QA 2O4KA 5P3NA 3NU6A 4EQJA 3KM4A 3ER3E 5E5JA 3LZSA 3NDTA 2ZDZA 3HDKA 3OU4A 5P2IA 1APTE 3INFA 1ZSRA 5HE7A 3QPJA 2BKTA 2HS2A 4R8YA 3ZKIA 5OZUA 5P0HA 3FNTA 4Y3LA 4Y3MA 4ZSMA 5AHCA 1E5OE 4YCYA 3HBOA 2OHKA 5HVPA 5P6BA 2G22A 3KDDA 5P1SA 4QJAA 1ZP8A 4RCFA 2PYNA 3UFNA 3T7XA 5P3SA 4Y41A 5OZ8A 4TVHA 5P4PA 5P0XA 2NTRA 2ER7E 5P7UA 3UDHA 3BGBA 3O9LB 5P1DA 1IZIA 5P7KA 5P87A 4EPJA 1BILA 5P36A 5P33A 3LIQA 5P0WA 1VIKA 5P53A 2R3TA 1B5FA 5P3BA 3TTPA 2IL2A 5P2NA 5P62A 1K1TA 3VSWA 3ZLQA 5DR4A 4Y54A 3KFPA 1EC1A 1SDUA 5P3JA 5P3PA 2WEZA 4MC6A 5P7CA 3MSLA 2ZJNA 2PWCA 5P8VA 1W5VA 5P6AA 5P11A 4Y3ZA 3EM6A 3EC0A 5P80A 4FL8A 5ISKA 3K5FA 5AH9A 2WEDA 5KR8A 4DJYA 1MRXA 2XYFA 4KB9A 4CPWA 2HB2A 4HDFA 3BUHA 5P3YA 3ZMGA 3OADA 3D1YA 1PPKE 5P69A 4Y44A 5P2ZA 3T3CA 4Y6MA 5P6MA 2QZKA 4RRSA 5P58A 3IN4A 5P2VA 1B6PA 3CYXA 4Y3QA 4H3GA 1IZHA 3GI5A 4Y3PA 2B8LA 3L5DA 5ENKA 4E43A 1Q9PA 4JECA 4YHQA 3ZKQA 3UCBA 5P4CA 3QRVA 4XX3A 4DUSA 3TNEA 2R38A 4DQGA 4B1DA 3WB4A 5P7DA 4TRWA 4HDPA 5P4FA 1HWRA 1HPSA 2AZ9A 3ZPTA 4B05A 3S56A 4Y3SA 4PHVA 5P0VA 1FKNA 2FLEA 5P5TA 2I4UA 3NLSA 4APEA 1DMPA 5F00A 1MT7A 3H5BA 5OZPA 1UH7A 3RSVA 3UDNA 4CPRA 3G6ZA 5SZ9A 5IS4A 5P3GA 4YD7A 5P4OA 4D89A 5P7GA 5P0JA 5P4QA 5P1YA 1F34A 5P4IA 4ZSPA 3VFBA 4B78A 3LHGA 2CEMA 4Y4ZA 2PC0A 3LNKA 5AH7A 1EC0A 3C9XA 1WBKA 5P8OA 3MXDA 4Q1WA 4Y4JA 3PSYA 5P1FA 5P3VA 3O9FA 3OTYA 2AVMA 5FIVA 2NXDA 3TL9A 3VLBA 1NPVA 4H3JA 2ASIA 4U8WA 5P42A 5P2OA 3LPJA 2JE4A 5P5VA 3L58A 3ZPUA 1EPOE 3S7LA 2PQZA 3PVKA 5P2KA 2XFIA 4GJ7A 4J17A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 5P5H A;  5P1Z A;  5P39 A;  3B80 A;  5P0G A;  3PB5 A;  5OZN A;  2VS2 A;  1HSI A;  2AOE A;  5P16 A;  3EL0 A;  3G72 A;  1BIM A;  4FRI A;  4OBD A;  1IZD A;  5P70 A;  5OZC A;  4FE6 A;  4Y3Y A;  2ZHT A;  5P13 A;  1D4Y A;  5P49 A;  3PSU A;  2AOC A;  2QCI A;  3O9I A;  5I3V A;  3JVY A;  4NJV A;  4RZ1 A;  1FG8 C;  1A8K A;  3QIH A;  2ZGA A;  2PK6 A;  5P4X A;  1JLD A;  5KR0 A;  2QI4 A;  4LXM A;  2NPH A;  1QDM A;  2R43 A;  1W5W A;  1YTJ A;  2OHN A;  4R92 A;  4JPE A;  3UPJ A;  5P6V A;  1MPP A;  5P6P A;  4LHH A;  1B6J A;  2AOD A;  3HVP A;  4EJD A;  3NXE A;  1C70 A;  3OK9 A;  4ER1 E;  4Y43 A;  1YG9 A;  5P6X A;  5P31 A;  3URJ A;  4J1E A;  4BFB A;  2J9J A;  5P22 A;  2AZB A;  3ECG A;  3UQR A;  1IDA A;  3QRS A;  1IIQ A;  5P44 A;  5P4K A;  3FKT A;  1SIP A;  1HTR B;  1LYW B;  4OBZ A;  4YOB A;  1W5X A;  3LIX A;  1PSN A;  5OYZ A;  1IVP A;  5P64 A;  4K9H A;  5HCT A;  2Q5K A;  1TSQ A;  5P1L A;  1MSN A;  1D4H A;  3PEP A;  3DV5 A;  1GKT A;  3UDJ A;  3UDK A;  2P3B A;  3T7P A;  3QVI A;  3PJ6 A;  3OXC A;  3D3T A;  3PCZ A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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