3ZKNA

Bace2 fab inhibitor complex
Total Genus 93
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
93
sequence length
384
structure length
375
Chain Sequence
NFLAMVDNLQGDSGRGYYLEMLIGTPPQKLQILVDTGSSNFAVAGTPHSYIDTYFDTERSSTYRSKGFDVTVKYTQGSWTGFVGEDLVTIPKGFNTSFLVNIATIFESENFFLPGIKWNGILGLAYATLAKPSSSLETFFDSLVTQANIPNVFSMQMCGANGGSLVLGGIEPSLYKGDIWYTPIKEEWYYQIEILKLEIGGQSLNLDCREYNADKAIVDSGTTLLRLPQKVFDAVVEAVARASLIPEFSDGFWTGSQLACWTNSETPWSYFPKISIYLRDENSSRSFRITILPQLYIQPMMGAGLNYECYRFGISPSTNALVIGATVMEGFYVIFDRAQKRVGFAASPCAEIAGAAVSEISGPFSTEDVASNCVP
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Mapping the Conformational Space Accessible to Bace2 Using Surface Mutants and Co-Crystals with Fab-Fragments, Fynomers, and Xaperones
pubmed doi rcsb
molecule keywords BETA-SECRETASE 2
molecule tags Immune system/hydrolase
source organism Homo sapiens
total genus 93
structure length 375
sequence length 384
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.4.23.45: Memapsin 1.
pdb deposition date 2013-01-23

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 3zknA01
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 3zknA02
3KM4A 1FIVA 3KA2A 1HVHA 5P5EA 3LITA 2Z54A 1YM2A 5P68A 1EC3A 1MPPA 5OZ6A 5P7DA 2Q63A 4LL3A 1UH9A 5P3LA 1FEJC 4K9HA 4DJYA 5P1DA 4FIVA 3PVKA 5P8TA 4F75A 2BPXA 3ZKSA 5P6WA 3RU1A 5OZTA 1YTJA 3VV7A 2PWCA 5P4CA 3PI0A 4CPRA 2AODA 4LHHA 1LV1A 1HTRB 1MERA 2G1SA 1EBZA 4Y5KA 5P2HA 3MSJA 7HVPA 3PWWA 2G26A 1B5FB 1LF4A 5P38A 2XFJA 3HAWA 4EJLA 5P1ZA 5P0UA 3LIVA 3UFLA 2O4SA 5KQXA 3INHA 4J1EA 1D4JA 2F8GA 4EXHA 3TPLA 1E81E 5HDXA 5P02A 4DV9A 5P5KA 5P7JA 2RSPA 3EM3A 1GKTA 3EKWA 2ANLA 2ZJNA 5P3HA 2WEDA 4PZWA 4XX3A 3TPRA 1PPME 5P8QA 3OXXA 3OAGB 3OXCA 3K5GA 3VV8A 1XL5A 3MSLA 3WB5A 3S2OA 5P4JA 3T6IA 1K2BA 5P7TA 5OZQA 4GIDA 1N49A 5OZFA 2Q5KA 5OYQA 2AVOA 1TCXA 4GB2A 5P7KA 1A9MA 3PBDA 1C6ZA 4QGIA 3PSYA 3ZPSA 2Q11A 1FF0C 3UDHA 5P6ZA 3UQWA 3OGQA 5DR7A 3WZ6A 4D88A 4F73A 2FDEA 2V10C 1JLDA 4BFDA 5P3GA 3TNEA 5P7OA 3BHEA 2P83A 1FQ4A 3O9FA 1RQ9A 3S7LA 4M8YA 4OBFA 4H3GA 4J55A 5P3JA 5P6XA 1B6KA 1TSQA 1GVXA 3PMUA 3IVIA 5P7YA 3DV5A 5P5FA 4YCYA 5P4PA 3NUJA 2QCIA 5AH6A 3B7VA 3LZSA 3IA9A 3VSXA 2VS2A 1BVGA 1W5VA 2PK5A 3FKTA 2VIEA 1E82E 4FGXA 1T7IA 5P0ZA 4ER4E 1HPSA 5AHBA 5P61A 5P0QA 2VA7A 5P3SA 5P8EA 3D1YA 3T7PA 5P6HA 4DQGA 5ISKA 5ER2E 5P6QA 3O9DA 3HAUA 5P78A 5HE5A 4J1KA 3EKQA 4YE3A 1RNEA 5P51A 3KFRA 5P8RA 5P8SA 2HS2A 5ER1E 3S54A 3OQDA 4FAFA 2P3AA 5P6OA 5SZ9A 2BKTA 1VIJA 4DQEA 1IDBA 4DJRA 3R2FA 2B42A 5OZUA 3CKRA 5P6BA 5OZ7A 1APUE 3GI0A 5P27A 5P3ZA 1G0VA 5P5GA 2VIZA 4CMSA 3UQUA 5P2TA 4Q1YA 3D20A 3RTMA 4RCFA 3OUDB 1MRXA 5P64A 1G35A 5HE7A 5IVTA 2QHCA 5KR8A 4QJ8A 5AHCA 2XYEA 5TOLA 3GGUA 3CIBA 2F3FA 1BILA 2OHLA 4PEPA 2XFKA 4D85A 4E43A 4Y3DA 4Z4XA 2NTRA 1TZSA 3R0WA 5P2FA 5OZIA 3H5BA 2IGYA 2I1AA 5P04A 5HD0A 5P16A 3OQAA 4DFGA 4A6CA 4Y41A 1BDQA 1AZ5A 2AZBA 1GNNA 5P7PA 1DPJA 3WZ7A 2R3TA 5HCTA 2NXMA 3RTHA 4U7QA 3I25A 3TLHA 5OYYA 3OOTA 3UHLA 2P3CA 1LYAB 2G94A 4QJ7A 3UCBA 4OC6A 4ZSMA 4Y45A 3VFAA 4CKUA 1C6XA 2AOJA 5P8MA 4BFBA 5OZOA 5P0KA 5P7IA 4MC6A 3S7MA 2FGVA 4L7HA 5P4GA 5OYSA 5P33A 2RKGA 5OZLA 3S8IA 5BRYA 1MRWA 5P3CA 1APTE 2SAMA 3G70A 5HU0A 4Y3XA 2OHNA 3GGVA 2F3EA 2APRA 3O9LA 4ER2E 5P3VA 2HPEA 5APRE 5P6FA 5P6UA 3VCMA 4Z2ZA 2QMDA 1SGZA 3KMXA 4R8YA 1DP5A 1BVEA 5P0AA 4J0PA 4Y5AA 2WF2A 2Q54A 5UPJA 1D4HA 3K5CA 3KMYA 5P5LA 1T6EX 5P0BA 4APRE 1BXOA 5P89A 4GJDA 2ZJIA 1ENTE 1LS5A 4PPHA 1GNOA 1HTGA 4R92A 1A8KA 3C9XA 2G1RA 3DK1A 1W5WA 3PSGA 3OQKA 3PCWA 2FXEA 5P3DA 4DJQA 1MEUA 1HVRA 3UQPA 1K6VA 5P2AA 3Q6YA 2A1EA 1MIQA 3KDCA 4Y4EA 5P4TA 5P4OA 3HVGA 5P05A 2PC0A 3UQXA 5P4QA 3U6AA 2BQVA 4OBZA 1K6TA 5P4UA 5P3TA 1BWBA 1HHPA 3PBZA 3ECGA 2A4FA 4YD7A 2OHKA 1FQ7A 3TKWA 1A30A 2I4DA 5OZDA 5P66A 1QBUA 5P8UA 4L7GA 5P4VA 3OWNA 5P40A 5P4RA 5OZ3A 7UPJA 4Y39A 3KFPA 5P0WA 5P2GA 3NU6A 3I6OA 1K1TA 5P2UA 3QAAA 5KOQA 5P0YA 5P1AA 2B8VA 3VYDA 5P71A 3OTSA 1XE5A 2OHUA 5P34A 4HA5A 3WZ8A 1YTHA 3VYFA 3EL1A 5SY3A 1IIQA 3VLBA 5P4WA 5P12A 2ZJKA 1SGUA 5P4BA 1RV7A 1U8GA 4B0QA 5P2CA 2O4KA 1TSUA 5P26A 5I70A 4U8WA 5CONA 1LF3A 1CPIA 5P6YA 1VIKA 2Q55A 2BB9A 2R3WA 1BBSA 1XS7D 4EJDA 1SMRA 5OZVA 4DJVA 5P8BA 4FE6A 2QU3A 5P1RA 3PLLA 4R95A 3R1GB 5P32A 1SIPA 4NJTA 1K1UA 3SAAA 1XE6A 5JFUA 4GYEA 5P87A 2ZYEA 1QS8A 2BPVA 4Y47A 5P1MA 1OD1A 1F34A 2FDPA 1FG8C 4Y5BA 2G69A 5P5WA 5P0XA 1HVSA 1GVTA 1K2CA 3T11A 1OHRA 5P3NA 1NPVA 5OZEA 4RYGA 1PSNA 4OBDA 1PPKE 1D4LA 4RVJA 4B72A 2R43A 1XDHA 5JODA 3QP0A 3UPJA 2Q64A 3SA8A 3TTPA 2R38A 1QBTA 1K6PA 3SM1A 3LPIA 5P0TA 3U71A 1FMUA 2Q15A 5P4FA 4YD5A 1FQ8A 5P0VA 4NKKA 3TKGA 3L38A 1EBWA 3TL9A 3ZOVA 5P6AA 5AH9A 5P6EA 5OYXA 1OEXA 5KR2A 2UPJA 3FNTA 5OZ8A 5P35A 2ER7E 2FLEA 5P7FA 2OF0A 2ZJJA 4RCDA 5P2EA 4L1AB 2VIYA 3JVWA 2NMZA 1LYWB 2VNNA 4J17A 4HLAA 4NJUA 3OHHA 3PHVA 2I4QA 1B6PA 2ZHRA 5HDZA 5P4SA 4DVFA 2FGUA 4GJ5A 3BGBA 1C70A 3GI6A 3ZKGA 5P1EA 2O40A 4TVHA 4B00A 5P2XA 4J54A 4I0DA 3K1WA 5P5NA 3T3CA 4RVXA 3D3TA 5P17A 1PSAA 5BS4A 5P8PA 2FXDA 5KQFA 4YBFA 5OZ9A 4D8CA 4F74A 4J1HA 2HM1A 5P4ZA 1FKNA 5P4YA 1RPIA 5FIVA 5P69A 4DPFA 4YHQA 3VFBA 4OD9B 3ZKIA 5P6DA 5OYVA 2AOGA 5P0OA 1YTGA 4LXMA 2G1NA 5P1GA 3ZKMA 4HZTA 4RYCA 3UDNA 5T4SA 1LZQA 4Y4ZA 5OZAA 3DUYA 3SFCA 5P2RA 2BKSA 1KZKA 3CYWA 1HIIA 1QBRA 4Y54A 1W5XA 3TOFA 4B1EA 5J25A 1M43A 4B70A 4B1CA 5P13A 1KJFA 1G6LA 2QNQA 4Y3EA 1EEDP 5P84A 5P70A 5P43A 4FS4A 3CICA 1ZBGA 5P0DA 1HPVA 3SA7A 4Q5MA 1XN2A 3OU1B 3OU4A 3S45A 5DGWA 5P8OA 2HC0A 2IGXA 5P1LA 4I0EA 3Q3TA 3D91A 1W6IA 5P0RA 3PMYA 3EXOA 5AHAA 4H3JA 1EPLE 4Y4AA 1BAIA 5P0FA 5P5XA 5P76A 1ZTZA 3OHFA 4I0JA 3QROA 2B7FA 3LIXA 3K4VA 2JXRA 1B11A 4YD3A 1LF2A 1MSNA 1RL8A 3PB5A 1IDAA 3ZLQA 1ZJ7A 3SPKA 5P11A 5DR0A 3VF3A 4AA8A 2EWYA 3UTLA 3SQFA 2QMPA 3EL0A 5P3KA 5OZ0A 6APRE 4EHCA 3PWRA 2QNPA 5P5DA 5P2OA 1BIMA 5P3YA 2JE4A 3URJA 4GJCA 1UH8A 1ME6A 2PH6A 3MSKA 4CP7A 3BUGA 3GGAA 3PLDA 1T7JA 5P5CA 4ER1E 2PSUA 1YTIA 2G1OA 4MC2A 2OAHA 3PM4A 5P0LA 3WSJA 1SH9A 1BDLA 3OUBA 2BBBA 4YD4A 4ZSQA 3CKTA 3HW1A 4IVSA 2ZHVA 3IN3A 4ZSRA 3RSVA 3SO9A 3NU5A 4Y4GA 4APEA 2AIDA 3UDJA 2WL0A 2IQGA 5OZRA 3NDUA 9HVPA 4Y3LA 2FMBA 1ZPKA 4Y58A 1DMPA 5P2VA 3EKXA 3OY4A 5P2ZA 4Z50A 2AZ8A 5P19A 5P4IA 2QAKA 2BPYA 5P80A 5KAOA 3EC0A 4HDFA 5P1BA 1HOSA 3L5BA 5P1FA 5OZNA 3OXVA 2HB3A 3S43B 4TRZA 1FFFC 1W51A 2VNMA 5P47A 3ZKNA 4B77A 3OADB 3SKGA 5P5TA 4I11A 5P20A 1XN3A 3FX5A 4YBIA 1SDTA 1PROA 5P6VA 2IRZA 5P6JA 1E80E 4EP2A 5P2YA 3HLOA 1BV7A 4ACUA 1GVUA 2HAHA 3QRMA 4CPUA 2PH8A 5P86A 5JG1A 3ZKXA 2NMYA 1W50A 4JPCA 5P3MA 5P3PA 1SP5A 2QI5A 2QI4A 2CEJA 5P5HA 5DQCA 2ER0E 4OBKA 5P0CA 1D4KA 2VJ6A 4B05A 5P3WA 5P7EA 5P8DA 2QHYA 2ER6E 3CMSA 5P63A 4CPWA 4I8WA 3D1XA 1YG9A 5P4EA 3TOHA 3PCZA 2QMGA 5OZXA 3OK9A 3EM6A 1HRNA 5P03A 3TH9A 2FNSA 1SBGA 4Y3QA 5P53A 2IKUA 4EJKA 3NSHA 4XKXA 5P6CA 5OYTA 4QLHA 4X7IA 4FLGA 3BUFA 4FSLA 3QN8A 4Q1WA 5P60A 4Y3YA 5HVPA 1EBYA 1T7KA 5P10A 5AH7A 1MSMA 5P0GA 2XFIA 1AAQA 2QNNA 4FM6A 5IVSA 3NDTA 2B8LA 3OUAA 5P79A 3GW5A 2F3KA 5P7MA 2G20A 2PQZA 4L1AA 4FM7A 4LXKA 4UPJA 2VA5A 5COOA 2AOIA 4ZPGA 1IZIA 3NR6A 1LYWA 4Y4JA 1SDUA 4J0ZA 5P30A 1FQ6A 4Y9WA 5P1VA 5P7XA 1SMEA 1MT7A 3QRVA 1HIVA 3NWXA 5P41A 3PRSA 3ST5A 3NDWA 5P8FA 5P3AA 3OXWA 5P7GA 2FS4A 1EPOE 3IGBA 5C9BA 2BPWA 5P50A 4GJ7A 5P59A 3INDA 1DAZC 4YCTA 5IVRA 3OU3A 1FFIC 4RROA 5P06A 4J1CA 2FNTA 4COEA 2O4LA 5P58A 2BJUA 4WTUA 2CEMA 1MT9A 2OHRA 1WBMA 4OD9A 5P8HA 1F7AA 2G21A 5P0IA 5P09A 5P6PA 5DR8A 2V16C 3LIZA 4N00A 3KT5A 5P8AA 4Y3MA 4Y4BA 5C9DA 5KOSA 5P2DA 3K5FA 4ZEAA 3B80A 5P5IA 3O9IA 1SDVA 2B60A 4DQBA 3IAWA 1NH0A 1A94A 5P5AA 4FCOA 3PJ6A 3L58A 1EPME 2WHHA 2QP8A 2G22A 5P4HA 2ZHUA 3ER3E 4ZPEA 4DJOA 3GI4A 1IZHA 1APWE 2R8NA 2AZ9A 2R9BA 4FRKA 5P3IA 5DQ1A 4Y53A 2QI3A 3RTNA 5P7VA 5P4AA 1B6MA 5P6RA 4Y5GA 3KF0A 1AVFA 3HZCA 3FSMA 1B5FA 3TOGA 2QI7A 5P5RA 5DPZA 4FRJA 4HDBA 2AOHA 1EC2A 2IEOA 1IZDA 5OZSA 3NLSA 5P3OA 1ZPAA 3O9BA 3QRSA 1EAGA 2WF3A 3PSUA 3UDMA 5OZMA 5C9FA 4Y3NA 3SA5A 3SKFA 2PSVA 1NPWA 2OHMA 3OAGA 3R4BA 5DR3A 3JW2A 2WEBA 1EBKC 4RLDA 5P1WA 3FV3A 3O9HA 4H3FA 4Y44A 5P45A 4CPXA 1AJVA 5P7ZA 2F80A 2B7ZA 2V0ZC 1FQXA 4YCKA 5P72A 2H6TA 1FB7A 2BPZA 2I4UA 2I4VA 5P1NA 5P8VA 4KB9A 2P4JA 5P2MA 3BC4A 3IVHA 3MWSA 5P62A 3URIA 3KDDA 2V11C 3ER5E 4Y3GA 5E5JA 2AOCA 1B6LA 5P4DA 1HWRA 2ZGAA 5OZHA 2P3BB 3S85A 3UDQA 1AIDA 4FL8A 5P3QA 4DUSA 4JECA 2Z4OA 5P67A 3VF5A 5OZCA 1GNMA 5P5UA 5JFPA 1J71A 5IS4A 3WB4A 1ODXA 4TRYA 3PWMA 3CKPA 1PFZA 4Y3ZA 5OZ1A 2V12C 2AVQA 3FIVA 2OHTA 1T6GA 5P08A 4I10A 5AH8A 2NR6A 3APPA 3S56A 5I3YA 5BWYA 4HE9A 3FNUA 3ZKQA 4LAPA 4WY6A 3S43A 1EPQE 5P0MA 3JVYA 3DJKA 3QBHA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3KM4 A;  1FIV A;  3KA2 A;  1HVH A;  5P5E A;  3LIT A;  2Z54 A;  1YM2 A;  5P68 A;  1EC3 A;  1MPP A;  5OZ6 A;  5P7D A;  2Q63 A;  4LL3 A;  1UH9 A;  5P3L A;  1FEJ C;  4K9H A;  4DJY A;  5P1D A;  4FIV A;  3PVK A;  5P8T A;  4F75 A;  2BPX A;  3ZKS A;  5P6W A;  3RU1 A;  5OZT A;  1YTJ A;  3VV7 A;  2PWC A;  5P4C A;  3PI0 A;  4CPR A;  2AOD A;  4LHH A;  1LV1 A;  1HTR B;  1MER A;  2G1S A;  1EBZ A;  4Y5K A;  5P2H A;  3MSJ A;  7HVP A;  3PWW A;  2G26 A;  1B5F B;  1LF4 A;  5P38 A;  2XFJ A;  3HAW A;  4EJL A;  5P1Z A;  5P0U A;  3LIV A;  3UFL A;  2O4S A;  5KQX A;  3INH A;  4J1E A;  1D4J A;  2F8G A;  4EXH A;  3TPL A;  1E81 E;  5HDX A;  5P02 A;  4DV9 A;  5P5K A;  5P7J A;  2RSP A;  3EM3 A;  1GKT A;  3EKW A;  2ANL A;  2ZJN A;  5P3H A;  2WED A;  4PZW A;  4XX3 A;  3TPR A;  1PPM E;  5P8Q A;  3OXX A;  3OAG B;  3OXC A;  3K5G A;  3VV8 A;  1XL5 A;  3MSL A;  3WB5 A;  3S2O A;  5P4J A;  3T6I A;  1K2B A;  5P7T A;  5OZQ A;  4GID A;  1N49 A;  5OZF A;  2Q5K A;  5OYQ A;  2AVO A;  1TCX A;  4GB2 A;  5P7K A;  1A9M A;  3PBD A;  1C6Z A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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