3ZL7A

Bace2 fynomer complex
Total Genus 74
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
74
sequence length
382
structure length
363
Chain Sequence
LAMVDNLQGDSGRGYYLEMLIGTPPQKLQILVDTGSSNFAVAGTPHSYIDTYFDTERSSTYRSKGFDVTVKYTQGSWTGFVGEDLVTIPKGFNTSFLVNIATIFESENFFLPGIKWNGILGLAYATLAKPSSSLETFFDSLVTQANIPNVFSMQMCGAGNGGSLVLGGIEPSLYKGDIWYTPIKEEWYYQIEILKLEIGGQSLNLDCREYNADKAIVDSGTTLLRLPQKVFDAVVEAVARASDGFWTGSQLACWTNSETPWSYFPKISIYLRDENSSRSFRITILPQLYIQPMMYECYRFGISPSTNALVIGATVMEGFYVIFDRAQKRVGFAASPCAEIAGAAVSEISGPFSTEDVASNCVP
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Mapping the Conformational Space Accessible to Bace2 Using Surface Mutants and Co-Crystals with Fab-Fragments, Fynomers, and Xaperones
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase
source organism Homo sapiens
molecule keywords BETA-SECRETASE 2
total genus 74
structure length 363
sequence length 382
ec nomenclature ec 3.4.23.45: Memapsin 1.
pdb deposition date 2013-01-28

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 3zl7A01
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 3zl7A02
4PPHA 4I10A 2QCIA 2OHTA 1ZPKA 3Q6YA 1PPKE 3MSKA 3OGPA 2XFKA 5IE1A 4RVJA 4DJQA 4J1EA 2ER6E 5P0EA 2OHKA 4MC2A 1PFZA 5P2BA 2ZDZA 4Y3NA 3TTPA 1N49A 2I4UA 4L7JA 5P7EA 5OZ7A 2RMPA 5ER2E 5P8LA 2P3DA 3K1WA 1SGUA 5P3GA 3ZKIA 4FRSA 5P29A 3ZPSA 1SMRA 3S43B 3QROA 3SO9A 3OADB 3ZMGA 5P3MA 1PPME 5P8VA 2ASIA 3EM3A 5DR3A 3VF7A 4Y5CA 1AXAA 2WEAA 1B5FB 3EKQA 3NWXA 4Y47A 3I7EA 3HAUA 1FFIC 5P8RA 3ZKMA 5P2XA 3TKGA 2G1NA 1PSOE 5P4SA 1VIKA 5P08A 4B70A 5P8NA 1HTGA 1YTIA 4I8ZA 1GVUA 5P3OA 5P2CA 5P31A 3PCZA 5P4ZA 1HRNA 5P0QA 4B05A 5P1YA 5P5UA 5P7BA 2VJ9A 5P6OA 5P1BA 3U71A 3D20A 5P62A 3IA9A 3SFCA 5P0BA 2WHHA 5OZ5A 2HB2A 4I0IA 1QBRA 5P86A 4X7IA 2AVMA 1FMBA 5P6AA 1FF0C 4EQJA 3QRSA 3PBZA 5P6RA 2OHUA 4CP7A 3APRE 4Z22A 1TCXA 5P7TA 2WF1A 4BELA 4Y4WA 3T11A 2ZHVA 3PWWA 5P4PA 2V13A 1IZHA 5P8GA 1B11A 5P7CA 2F3EA 1XDHA 3KFRA 2P3CA 1E80E 4YD5A 5P09A 1LYBB 5OZLA 1XN3A 2R38A 4XX3A 1HTEA 3VF3A 3MSLA 3O9LB 4Q1XA 1U8GA 5P3YA 5P52A 5ENKA 3PMUA 4H3JA 3PRSA 5P19A 3KT5A 3AUPA 3CKTA 5P40A 4I12A 4I0GA 2BPVA 3G6ZA 1DPJA 3IVIA 4NKKA 5OYXA 5P3QA 3EL5A 3HDKA 5P2RA 2XYFA 3S56A 5P51A 3RTNA 3R0WA 5I3YA 4GJ9A 1M43A 2FS4A 2UXZA 5P4OA 5P2LA 1BV7A 5P67A 3SA6A 2G94A 2ZJIA 5COOA 5DGUA 5P22A 5P7HA 3URIA 3IN4A 2IL2A 5HDVA 2AVQA 4FRJA 2WF3A 1PPLE 2F80A 3I8WA 3D1XA 3OAGB 2XYEA 3R2FA 4RCDA 2IQGA 1QBUA 3VCMA 3JW2A 2Z4OA 5P6YA 4YOBA 1FMUA 2HC0A 4DJPA 1ODYA 5OZZA 4R92A 2FDPA 4RROA 5P3DA 1HVHA 1FFFC 4YD3A 3BGBA 2QNQA 5P1LA 5P8IA 1G6LA 5I3VA 5TOLA 1SP5A 5KQXA 2G69A 1DMPA 4Y5MA 5OZSA 2VJ7A 5P83A 1K1UA 2PSUA 4CPWA 5OYYA 2Q3KA 1YTGA 4I0EA 2G1RA 3FKTA 2B42A 5P5QA 4Y3JA 5P4WA 1WBKA 4RVIA 3L5FA 4MC1A 1HIIA 5P0VA 5OZBA 5P0UA 5UPJA 5HU0A 5P0FA 3A2OA 2B7ZA 1FQ5A 3OUDB 4QJ7A 2NNKA 5P5KA 4GJ7A 5P2WA 3HVPA 4I1CA 2RENA 4L1AA 2FNTA 4LXMA 4OBJA 5P66A 3UQPA 3O9IA 1SDUA 4Y3HA 4OBHA 1HWRA 1YTHA 3KF0A 3TKWA 3TLHA 1YM2A 2ZHUA 2PK6A 2OHNA 2AOFA 3EKXA 1DIFA 5OZ6A 1BVEA 1RQ9A 3TPRA 1W5WA 4RRSA 4R95A 4FM7A 5P2DA 1MRXA 5AH6A 3NDWA 1UPJA 3SM2A 4I0HA 1GNMA 5P1HA 3ZKSA 5APRE 1GVXA 1C6XA 5KR1A 1LZQA 3D1ZA 4NPUA 5C9DA 3KFNA 3OQDA 4Y5LA 1K6CA 1T7KA 3UDJA 3OXVA 1BDQA 4KE0A 2IS0A 5F00A 5P0WA 1TSUA 3DUYA 1IVQA 3RVIA 4J1CA 5P13A 3RU1A 4OBGA 5AH8A 2FDEA 2IKUA 4Q5MA 1ZTZA 3HAWA 2AOCA 4NJVA 5P00A 5P3PA 3INDA 4Y3GA 5P6PA 4QJ2A 3SA4A 5P7LA 1DW6C 5P0NA 3L59A 4D88A 3QPJA 5P07A 5IS4A 5KQFA 4I8WA 1HXWA 4LC7A 5P5MA 3SM1A 4AMTA 4J55A 2QMFA 3DK1A 4LBTA 4Y3PA 4DJWA 4AA9A 5P2GA 3PBDA 5OZAA 4I11A 4YD6A 3FX5A 5P05A 3NUOA 3M9FA 4CPTA 5P7VA 1IVPA 6UPJA 5BRYA 1KJ7A 3INHA 5P4IA 1HVKA 5AHCA 2PSGA 3IN3A 4U7QA 5P6HA 2NXDA 3O9BA 1T7IA 4ZSQA 1HXBA 4Y53A 2ZJHA 2ZYEA 2NR6A 2P3BB 4WTUA 5OZNA 5P6VA 1NPVA 1ODWA 4GJ8A 5P6QA 1BXOA 5P2SA 1LYWA 5OZ8A 4WY6A 4EWOA 4J0VA 2V16C 2QI4A 1HVIA 3O9FA 2O4PA 4Y37A 5P87A 3SA8A 5CONA 4ZPFA 5DQCA 2BKTA 2FDDA 3DCRA 1BWBA 4OBZA 4ZSRA 5P1GA 5HTZA 2O4LA 2Q54A 4Y3MA 5DR7A 5P7AA 3G70A 1IDAA 1JLDA 3UQXA 5P14A 2QNNA 1MPPA 4I0DA 3UDYA 3PGIA 1FQXA 5P5RA 5P0OA 5P3XA 1SH9A 3O9GA 2BPZA 2AIDA 3LZVA 2AQUA 2AVOA 5P49A 1D4LA 1META 3DM6A 4Y5BA 5P75A 4YD7A 2QHZA 1AJXA 5P7NA 2CEJA 4R93A 3LIYA 5DQ1A 5COPA 5OZPA 1KJGA 1EAGA 5DQ5A 1ENTE 2ZGAA 5AGZA 3SKGA 4YD4A 2QI0A 5P1OA 3BUFA 5P4KA 2WL0A 5P4BA 1BAIA 2IEOA 2G1YA 4CKUA 4Y4AA 4EJKA 1MVPA 4QJ9A 3SA9A 5P8EA 3GW5A 4JOOA 3EM4A 3OU1A 5P2TA 5OYRA 2B60A 1K1TA 1MSMA 4Y48A 5P5EA 5P38A 1OD1A 4HVPA 5OYSA 3UDQA 4B1EA 5P47A 3OXCA 5HCTA 4LHHA 5P0KA 4MC9A 4EP2A 3GGXA 5P3WA 4ACUA 1XL2A 1EEDP 2QI5A 5P6UA 4RGHA 3OWNA 2IGYA 3CIBA 3EL4A 4I0FA 3EL9A 3VG1A 5P70A 2J9KA 1W5XA 4EXHA 1PROA 3ZPTA 3EKVA 4GJDA 5P5LA 4FRIA 3OUAA 1HEGE 2VA6A 5P8CA 4DQFA 1EBKC 1FMXA 4CPSA 2QI3A 3OU4A 2VJ6A 5P5JA 4XKXA 1BWAA 3CYXA 3LIQA 3VF5A 5P32A 3L5DA 2AOEA 5P5YA 4Y4BA 4EQ0A 4FIVA 3ZPUA 1ME6A 4J17A 4ZSPA 4HDBA 2QI6A 4FRKA 5P6MA 4I0ZA 1LYAA 4K4QA 5P0JA 1F7AA 2V11C 3TOHA 3JVWA 1BVGA 3L5CA 1IBQA 5P03A 1UH7A 4FS4A 5P16A 4DV9A 5P73A 3LPKA 3KA2A 5OZVA 5P5BA 2R3WA 2ZHTA 3LHGA 5P3NA 2H6SA 4L7HA 3O99A 3QVIA 5P20A 2R9BA 5P50A 5FIVA 1AAQA 5P7UA 3PI0A 4GZFA 5P5NA 2JXRA 4B1DA 3B80A 4I0JA 5P68A 4Z50A 5P76A 2J9JB 3K4VA 2JYSA 5P2HA 5JODA 2WJOA 1RV7A 5OZCA 1YX9A 3PWMA 1OEXA 1GNNA 2G1OA 3UF3A 5P3CA 1A30A 4OC6A 5KR8A 2F8GA 3UQRA 1A9MA 1TZSA 3KM4A 5P4XA 5P7WA 3VLAA 4DQGA 5SY2A 3BRAA 3FNTA 3IGBA 4XX4A 4B78A 3KMYA 3S43A 5P5IA 5IVQA 2WEBA 4FSEA 4K4RA 1RNEA 2OAHA 3VYEA 1IIQA 4HZTA 1UH8A 3ZL7A 4EHCA 4ZIPA 4NJTA 4ZE6A 3S85A 1DAZC 2P4JA 5P0CA 3QVCA 1M4HA 3Q70A 3Q5HA 3FNUA 3WZ7A 1IDBA 5P74A 3CICA 1NSOA 1VIJA 3O9AA 2WECA 4M8XA 4Y54A 1APTE 3ZOVA 1OEWA 2F3KA 5P5PA 2AVVA 3OY4A 4RRNA 5P6LA 2QD6A 4CPRA 1PSAA 5P2IA 3VSWA 3K5CA 5OZIA 5P2YA 2AZ9A 2XFJA 1B6MA 1XE6A 5DR4A 4GMIA 3ST5A 5P30A 4DQCA 2HM1A 2CEMA 3EKTA 3QIHA 5P57A 4M8YA 3O9CA 4Y5EA 1BIMA 4APRE 4JPEA 2ER7E 5P2JA 4RYGA 1IZDA 4LXKA 2RKGA 3PB5A 1HSIA 5OZMA 5P0IA 2WEDA 3PHVA 5P5WA 1UH9A 2G24A 1HSGA 3HD8A 3KYRA 2NPHA 2PYNA 1EC0A 4PZWA 4Y4JA 5P0RA 2G27A 4IVTA 2WF2A 3TOFA 2VS2A 1ZAPA 3O9LA 5P0YA 1BV9A 6APRE 4JP9A 4Y3YA 2OHSA 5COKA 5P1RA 2I0DA 4B1CA 1WBMA 4DJRA 2FLEA 3D1YA 4HA5A 5OZTA 3UDMA 4F76A 1KJ4A 2VIJA 1EPME 3UFNA 4YBFA 1HHPA 3PWRA 2NTRA 2WF0A 3KFSA 3NDXA 1QS8A 1W50A 2O4NA 1G2KA 3PI5A 5P2FA 5P2MA 1W5VA 2WEZA 1CMSA 5P39A 5KQZA 5EZZA 1FQ6A 5P6KA 2QZWA 3KDBA 3QBFA 1D4IA 1TQFA 4OBKA 3NLSA 1FKNA 3CKRA 5P4UA 5P0TA 4ER1E 5P17A 3HZCA 2BPWA 1FB7A 4ACXA 5IVRA 1GNOA 3ER5E 3IVHA 5DR0A 4OD9B 3TPLA 1G0VA 1RPIA 4YCTA 1A8GA 3H5BA 1GVTA 2QMDA 3FNSA 3NU3A 5P4VA 5P56A 1LV1A 3I2LA 2ZJJA 3T7XA 2ER0E 4NJSA 3TNEA 4APEA 4Y5PA 4S1GA 5P0HA 4Y3DA 5P7SA 1MTRA 3PM4A 1SGZA 5P7XA 2V12C 2IGXA 2ZJKA 3MXDA 3OGQA 3EXOA 5P3RA 3KMXA 4Y4EA 2V0ZC 1HPVA 2V10C 3VFAA 3OQKA 3UDKA 2R5QA 5P6ZA 4J0ZA 1D4YA 1D4SA 1DP5A 5P1VA 2ZJNA 3T3CA 4DI2A 2IENA 3FIVA 4FM6A 4F75A 3PLDA 3UQUA 5OZ4A 4EJ8A 2Q64A 4Y5AA 2Z54A 2QU3A 5CLMA 5P6SA 4Z4XA 2AODA 1ER8E 1FGCC 2FGVA 3HLOA 5P1JA 2OHMA 4DJUA 1EPQE 1OHRA 3U7SA 4Y3XA 4J1IA 2QZXA 5F01A 3K4VC 2O4KA 5OYZA 4Y5GA 5P60A 3EC0A 5P6FA 5P7ZA 2APRA 4H1EA 4L1AB 2PQZA 3OTSA 1LF2A 2PMAA 5P8AA 4KE1A 5B18A 1K6TA 5P80A 1K2BA 5P1NA 4U7VA 5P5OA 3QBHA 3NDTA 5KR0A 4Y35A 3I6OA 1QDMA 1AZ5A 1HIVA 2ANLA 4FCOA 2HIZA 5AH7A 4B0QA 3WSJA 4PHVA 4YCYA 2MIPA 4KUPA 3B7VA 3IXKA 1EPLE 2V00A 3EMYA 5P5TA 4GJAA 5P4EA 5EZXA 4K8SA 3ZKNA 6FIVA 2BJUA 4Y4UA 2ZJMA 4Y3QA 3RSXA 3TL9A 4BFBA 4DJOA 5P6CA 1XL5A 4Y3TA 5P6BA 5P1TA 1HIHA 5P28A 5HDZA 5OZ1A 3S7LA 4RZ1A 4Y9WA 5P25A 4PYVA 3OHFA 1AJVA 3PEPA 4ZPEA 3BVBA 5P72A 3KFPA 5P6IA 3SABA 4GJBA 5HE5A 3LZUA 5P3SA 3VLBA 3LIXA 5OYVA 1FQ8A 5P5GA 4D89A 4GYEA 3QRVA 1Z1RA 1G35A 4ZLSA 5IVTA 1ZP8A 2PK5A 3S53A 5P3EA 2P3BA 2O4SA 3QN8A 2BPYA 8HVPA 3NYGA 3URJA 4DJYA 4PEPA 3LNKA 5P6WA 4Y4XA 3DV1A 4K4PA 4K9HA 3VUCA 1BXQA 2AOGA 4GJ5A 3DV5A 5OZ3A 4B72A 5P53A 3SACA 3QAAA 3S45A 5P7YA 3FV3A 1BBSA 3UDPA 1FQ7A 3PJ6A 3PSGA 2G21A 3WB4A 4R8YA 3SKFA 5ENMA 3N3IA 3O9EA 3F9QA 1YG9A 4FAFA 1EC1A 4YDFA 4JECA 1GVVA 3HW1A 4DVFA 1M0BA 3R0YA 5P2UA 1YT9A 1SIPA 3IAWA 5P3AA 2IRZA 4QJ6A 4B00A 5DGWA 3R4BA 5P1UA 3SAAA 2BB9A 5KQYA 1E5OE 2AOIA 4LAPA 1ZSRA 2ZHSA 4Y3SA 3IXOA 4WY1A 5P1PA 1HEFE 3ZKQA 4QGIA 5P2QA 5P89A 3TPJA 5P2OA 5E5KA 4DUSA 2OHPA 3GI0A 1SDVA 2AVSA 3L5EA 5ISJA 1HVJA 4HEGA 4J0PA 5OZUA 5P8BA 5P44A 4Y44A 2PWRA 1NPAA 4HE9A 2HS1A 4E43A 1MUIA 1HPSA 5C9BA 5P2NA 5J25A 4FL8A 1Z8CA 4ZEAA 5P4AA 4EYRA 1AIDA 5AHAA 4Y5KA 3TOGA 1SDTA 3QP0A 3NU5A 5OYUA 3AIDA 1EBYA 3BC4A 2NNPA 2QMPA 3D3TA 2UPJA 4L6BA 5P2KA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 4PPH A;  4I10 A;  2QCI A;  2OHT A;  1ZPK A;  3Q6Y A;  1PPK E;  3MSK A;  3OGP A;  2XFK A;  5IE1 A;  4RVJ A;  4DJQ A;  4J1E A;  2ER6 E;  5P0E A;  2OHK A;  4MC2 A;  1PFZ A;  5P2B A;  2ZDZ A;  4Y3N A;  3TTP A;  1N49 A;  2I4U A;  4L7J A;  5P7E A;  5OZ7 A;  2RMP A;  5ER2 E;  5P8L A;  2P3D A;  3K1W A;  1SGU A;  5P3G A;  3ZKI A;  4FRS A;  5P29 A;  3ZPS A;  1SMR A;  3S43 B;  3QRO A;  3SO9 A;  3OAD B;  3ZMG A;  5P3M A;  1PPM E;  5P8V A;  2ASI A;  3EM3 A;  5DR3 A;  3VF7 A;  4Y5C A;  1AXA A;  2WEA A;  1B5F B;  3EKQ A;  3NWX A;  4Y47 A;  3I7E A;  3HAU A;  1FFI C;  5P8R A;  3ZKM A;  5P2X A;  3TKG A;  2G1N A;  1PSO E;  5P4S A;  1VIK A;  5P08 A;  4B70 A;  5P8N A;  1HTG A;  1YTI A;  4I8Z A;  1GVU A;  5P3O A;  5P2C A;  5P31 A;  3PCZ A;  5P4Z A;  1HRN A;  5P0Q A;  4B05 A;  5P1Y A;  5P5U A;  5P7B A;  2VJ9 A;  5P6O A;  5P1B A;  3U71 A;  3D20 A;  5P62 A;  3IA9 A;  3SFC A;  5P0B A;  2WHH A;  5OZ5 A;  2HB2 A;  4I0I A;  1QBR A;  5P86 A;  4X7I A;  2AVM A;  1FMB A;  5P6A A;  1FF0 C;  4EQJ A;  3QRS A;  3PBZ A;  5P6R A;  2OHU A;  4CP7 A;  3APR E;  4Z22 A;  1TCX A;  5P7T A;  2WF1 A;  4BEL A;  4Y4W A;  3T11 A;  2ZHV A;  3PWW A;  5P4P A;  2V13 A;  1IZH A;  5P8G A;  1B11 A;  5P7C A;  2F3E A;  1XDH A;  3KFR A;  2P3C A;  1E80 E;  4YD5 A;  5P09 A;  1LYB B;  5OZL A;  1XN3 A;  2R38 A;  4XX3 A;  1HTE A;  3VF3 A;  3MSL A;  3O9L B;  4Q1X A;  1U8G A;  5P3Y A;  5P52 A;  5ENK A;  3PMU A;  4H3J A;  3PRS A;  5P19 A;  3KT5 A;  3AUP A;  3CKT A;  5P40 A;  4I12 A;  4I0G A;  2BPV A;  3G6Z A;  1DPJ A;  3IVI A;  4NKK A;  5OYX A;  5P3Q A;  3EL5 A;  3HDK A;  5P2R A;  2XYF A;  3S56 A;  5P51 A;  3RTN A;  3R0W A;  5I3Y A;  4GJ9 A;  1M43 A;  2FS4 A;  2UXZ A;  5P4O A;  5P2L A;  1BV7 A;  5P67 A;  3SA6 A;  2G94 A;  2ZJI A;  5COO A;  5DGU A;  5P22 A;  5P7H A;  3URI A;  3IN4 A;  2IL2 A;  5HDV A;  2AVQ A;  4FRJ A;  2WF3 A;  1PPL E;  2F80 A;  3I8W A;  3D1X A;  3OAG B;  2XYE A;  3R2F A;  4RCD A;  2IQG A;  1QBU A;  3VCM A;  3JW2 A;  2Z4O A;  5P6Y A;  4YOB A;  1FMU A;  2HC0 A;  4DJP A;  1ODY A;  5OZZ A;  4R92 A;  2FDP A;  4RRO A;  5P3D A;  1HVH A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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