3ZMGA

Crystal structure of bace-1 in complex with chemical ligand
Total Genus 101
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
101
sequence length
391
structure length
385
Chain Sequence
RGSFVEMVDNLRGKSGQGYYVEMTVGSPPQTLNILVDTGSSNFAVGAAPHPFLHRYYQRQLSSTYRDLRKGVYVPYTQGKWEGELGTDLVSIPHGPNVTVRANIAAITESDKFFINGSNWEGILGLAYAEIARPDDSLEPFFDSLVKQTHVPNLFSLQLCGAGFPLASVGGSMIIGGIDHSLYTGSLWYTPIRREWYYEVIIVRVEINGQDLKMDCKEYNYDKSIVDSGTTNLRLPKKVFEAAVASIKAASSTEKFPDGFWLGEQLVCWQAGTTPWNIFPVISLYLMGEVTNQSFRITILPQQYLRPVEDVATSQDDCYKFAISQSSTGTVMGAVIMEGFYVVFDRARKRIGFAVSACHVHDEFRTAAVEGPFVTLDMEDCGYNI
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Beta-Secretase (Bace1) Inhibitors with High in Vivo Efficacy Suitable for Clinical Evaluation in Alzheimer'S Disease.
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase
source organism Homo sapiens
molecule keywords BETA-SECRETASE 1
total genus 101
structure length 385
sequence length 391
ec nomenclature ec 3.4.23.46: Memapsin 2.
pdb deposition date 2013-02-08

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 3zmgA01
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 3zmgA02
3KA2A 3QIHA 4GYEA 4F73A 3OGQA 5OYSA 2ER0E 2AZBA 5COOA 1BVGA 4WY1A 4J17A 5P2YA 3TPLA 2PK5A 1OHRA 1LV1A 2FS4A 3VV6A 2QU3A 5P6NA 1YG9A 6APRE 1B6KA 5OZ8A 4TRYA 5P86A 4CPQA 5P4NA 1EPLE 5HD0A 5OZ2A 2G27A 2OHSA 3I6OA 2VNNA 3H0BA 4PEPA 3L58A 4RYCA 1FQ6A 2PWCA 5DPZA 4EQ0A 1C6XA 5OZ1A 2BPWA 5DR4A 5P4OA 1T7IA 2WEDA 5OZSA 3EKYA 3Q5HA 2AVQA 4Y5KA 2JXRA 1JLDA 3PM4A 4OBJA 5P1JA 1EBWA 2QHZA 4FRSA 5P18A 1D4SA 3NDWA 5P3AA 3SA8A 2JYSA 4WTUA 5P7OA 1UPJA 2AVOA 1YX9A 4KE1A 5P1ZA 1TW7A 2QP8A 3EC0A 3INEA 3UDMA 4LXAA 2VIYA 4Y4WA 4LHHA 2OHLA 1HVIA 3QAAA 2O4PA 5HDUA 2BBBA 4Y3EA 4Y39A 3JVYA 5P87A 1HVCA 3O9AA 1SBGA 3N4LA 4DJYA 5OZVA 2O4KA 5HDXA 1NPVA 3OUDA 5P2JA 4BELA 4RLDA 2XFKA 3L5BA 5P3HA 1LYAB 2QK5A 2EWYA 2HB2A 3Q3TA 3KFRA 2QZKA 5P6YA 2QD8A 3ZLQA 3BVBA 4APEA 4ZSMA 5P2NA 5OZYA 5P7MA 1K2BA 5P28A 2V10C 3RTNA 4B70A 2P3CA 4QJ2A 1T7JA 4H3FA 1T7KA 3K5FA 1BVEA 5P3IA 3OWNA 4YD5A 2FXDA 2QNQA 3LPKA 1XL5A 4OBGA 3VF5A 5P7SA 4Y41A 5OZ5A 3HBOA 2I4QA 4J1KA 2HC0A 4YD4A 3SACA 1HVHA 3EKQA 5P1GA 5P5PA 2R5PA 5P88A 1EBZA 2UXZA 5P4RA 5P8IA 3EL1A 5P4HA 5HU0A 4NJUA 4YDFA 5P7QA 5P2FA 1OEXA 3IN3A 5OZIA 1K6TA 4Y44A 4YCYA 4B0QA 3F9QA 1UH8A 5P1DA 3A2OA 5OZWA 4OBDA 5P7DA 3RU1A 4J54A 4TRWA 4YE3A 2V00A 5P8AA 3IVHA 4TVGA 5P6WA 5P69A 1C70A 1HVKA 3BGCA 4Y3YA 3BXRA 3PLDA 1FB7A 3O9LA 5P3FA 3KDBA 5KR2A 4PYVA 4I12A 3OUBA 2R43A 2R5QA 5P0HA 5EZZA 4Y56A 4GJ9A 4YCKA 5P8FA 2QI1A 2F3KA 4DQHA 3NU3A 1ENTE 4FSLA 4HDFA 4HLAA 5P39A 4RCDA 5P81A 5PEPA 4I0JA 5P4GA 5P7YA 3PSGA 3TH9A 3OQ7A 1T3RA 3HW1A 5P6RA 2G1NA 4LBTA 3DCKA 2ZYEA 3UQUA 2VS2A 2B7ZA 5OZMA 1FG6C 4J1HA 2P3DA 3QP0A 2AOGA 4J55A 3EKTA 2ZJMA 5DQ2A 5P8MA 1GNNA 5DQCA 4IVTA 1NPWA 5P08A 4Y58A 3LZVA 4B00A 4B72A 4Y3AA 2Q55A 5P63A 1IZIA 3INDA 3MSJA 3S7MA 1BILA 5P5OA 3VF7A 4MC2A 3OAGB 4EP3A 1HPVA 3DJKA 3IA9A 4K4PA 3PI0A 5KQXA 3KYRA 3FIVA 4YOBA 2J9JB 5P4YA 3OY4A 3IGBA 1SP5A 1ZSRA 1ZLFA 1EC2A 1Z1HA 4I10A 5P59A 4MC6A 5P6MA 5P38A 4Y5BA 1HXBA 3OUCA 1AJVA 4K8SA 1PSOE 1NH0A 1OEWA 1BBSA 1KJ7A 4MC1A 3UDJA 2XYFA 2I0AA 5OZ7A 2ZJHA 2BPVA 2ZHTA 1QS8A 4OBHA 5P6BA 4D8CA 5ISJA 5P33A 3PBDA 1LYAA 5P0OA 2WECA 5P1VA 3K4VC 4HVPA 1FQ5A 4RZ1A 2QHYA 4R5NA 2F81A 4Y5PA 3PB5A 1PPKE 2G94A 1A8GA 2OHMA 3GI0A 3PWWA 3NLSA 3KMXA 4M8XA 5P10A 3VYFA 4OBFA 5P2HA 5P3JA 1HRNA 3QVIA 5P01A 4Y3JA 3WZ6A 1SDUA 2QMFA 2VIJA 4XX4A 3FNSA 3I7EA 5P3PA 5P70A 5DQ4A 3QRSA 5P6OA 5P8UA 1G2KA 6FIVA 3T6IA 1HSIA 4RCFA 1FG8C 1LF3A 4B1DA 3NYGA 2OAHA 4FRJA 5P45A 1B11A 4YBFA 2WF0A 3PRSA 5P5EA 2NTRA 5P1YA 2V11C 3TLHA 5P1LA 1FMXA 2QI7A 4YD6A 1KJ4A 4Z2ZA 2IDWA 5P32A 1AJXA 3CKPA 3EKWA 5OZ3A 5P41A 3GGXA 2VNMA 2B8LA 4Y3LA 5DR1A 3VV8A 5P1HA 3VLAA 3LZUA 2WJOA 5P54A 5P4MA 4R8YA 2AQUA 5P0RA 3DOXA 3K1WA 3WB4A 5P7BA 3KT2A 4YA8A 1QDMA 2PK6A 3BGBA 5APRE 5P48A 5I3XA 1FQXA 5P65A 1APTE 2R9BA 5P7IA 5P0VA 2AZ8A 4Y4XA 4OBZB 1IZDA 5F01A 4Y50A 2CEMA 2Q63A 3D1XA 4L7GA 5BRYA 2MIPA 3ZPTA 4NKKA 3T7QA 5P7AA 5OYUA 5OYVA 5P61A 1HSGA 1MEUA 5C9BA 5P7GA 2AOEA 3VSXA 4JPEA 4BFDA 2FDDA 5P1KA 3UHLA 2QZWA 3NSHA 5OZHA 3LZSA 5P1EA 5P3VA 1WKRA 5E5KA 1BWBA 3EL0A 5P02A 5HE5A 5OZLA 5P03A 1HOSA 3MXEA 1W5YA 4X7IA 1F7AA 3TOHA 5P27A 4BFBA 1HVSA 5P56A 2J9JA 5P1OA 4A4QA 4Y4ZA 4Y5MA 1EAGA 2F80A 4KB9A 5P1BA 4GJ7A 5P1XA 4TVHA 5AGZA 5P2BA 1LYBB 5P5FA 3DV1A 3M9FA 3K5CA 3SA5A 2PH8A 5P72A 3GI5A 3UQXA 5P7RA 3OOTA 2V16C 5P1FA 4YDGA 1LYWB 4I1CA 2A4FA 4DJOA 2NMYA 1EC0A 3UCBA 1DPJA 3TPJA 3N3IA 5P6SA 5DGUA 5DQ1A 1ZTZA 5P46A 7UPJA 3UDQA 4AA8A 4QJ9A 4XXSA 3VFBA 1SH9A 4OD9B 3NDXA 3BC4A 3SFCA 5P4SA 4J1CA 2PSGA 5P7UA 2BKSA 3FX5A 3R2FA 5SY3A 1K6VA 1HIHA 1BIMA 1DIFA 3PWRA 4I11A 5P3GA 2XFJA 5P6FA 3O99A 1EPNE 3ER5E 2P83A 3OTYA 3IXJA 1XE6A 4RVIA 2QAKA 1K1TA 5P1RA 3EXOA 5P1IA 4XX3A 3O9BA 5P0GA 2FXEA 3ZL7A 3NR6A 5P2TA 1AVFA 2XFIA 3B80A 4Y38A 3OU4B 5P7TA 3KM4A 2CEJA 3KDDA 1D4KA 3PVKA 5P51A 1W50A 5P4XA 4YBIA 5OYYA 5P3BA 2WEBA 1E82E 4FM8A 3L5EA 4I0GA 4R93A 3S43B 5P2MA 4EYRA 1W6IA 4HDBA 1Q9PA 1KJFA 2H6TA 3LHGA 5P16A 1UH9A 1CMSA 3CIDA 4U7QA 1HTFA 3K4VA 2HB4A 3PJ6A 2O4LA 4WY6A 2NR6A 2PSUA 2PYMA 5HCOA 4ZSPA 2G20A 4YHQA 1HBVA 2AVMA 4KE0A 4Y3ZA 5P8OA 4DQEA 2G1SA 4L1AB 2J9KA 3Q70A 1SDTA 2ZJLA 4QJAA 2O4NA 4OBZA 4Y5LA 2FGVA 3SO9A 4DJXA 1SGUA 5KQYA 3OU3A 2RSPA 4QJ8A 3TNEA 2Q54A 3UQPA 5P5UA 3S8IA 3G72A 3HAWA 4Y3SA 5EZXA 4FL8A 3L5DA 1ZSFA 2ZHVA 5P3MA 5P2LA 5P7CA 1HEGE 5HCTA 4DQGA 4CP7A 3VF3A 3LIYA 3L59A 4LP9A 4Y3HA 4QGIA 3PGIA 2ANLA 3SKGA 1YM2A 4EXGA 3SABA 4Y57A 5DR8A 3OQAA 5P1MA 3PCZA 1IVQA 4OBKA 5OYTA 5E5JA 5P71A 3LNKA 5AH7A 3TOFA 5IVTA 5P2KA 3EKVA 4J1FA 5P4EA 3VLBA 3WB5A 2PH6A 3S53A 1PSNA 3O9FA 4ACUA 4ZLSA 4DJRA 2QZLA 5P17A 3DCRA 3ZPSA 5KR0A 4H3JA 5P2CA 4EWOA 5P3OA 3VFAA 4L7JA 5P85A 1ZPKA 3T7XA 3IVIA 3HDKA 3D91A 3MXDA 1LYBA 5P57A 5I70A 3GGUA 4AA9A 2I4VA 4H1EA 3HD8A 4ER2E 1MESA 4RGHA 1GNMA 4J5JA 5OZTA 2BPXA 3EKXA 3LPJA 2QI6A 1LYWA 1Z8CA 1HTRB 3H5BA 4HA5A 1UH7A 5OZAA 5P8CA 1ZAPA 2I4XA 2PYNA 3UPJA 5P7PA 3KFNA 4Y53A 1VIJA 2QI3A 3SAAA 5P0LA 4PZXA 4Y4BA 5ER1E 2AOIA 2SAMA 5P5XA 5P24A 5P7XA 1BDRA 4OD9A 3NWXA 3R0YA 5P4PA 2AOHA 2QU2A 5P3XA 5OYRA 3EL4A 3OHFA 5P0XA 2OHQA 1BXOA 5P83A 1GNOA 3L5CA 1IVPA 4DJPA 3CICA 4N00A 4DJWA 3KFPA 2NXMA 4ZPFA 5P76A 3U6AA 2WF3A 3ZKNA 3CYWA 5P3RA 2IEOA 2IQGA 5P8HA 5P6UA 5OZNA 1DAZC 5P5LA 5IE1A 1IBQA 4EHCA 3NUJA 5OZ0A 5P4AA 5P0UA 3OU4A 5P74A 1QBUA 5OZOA 6UPJA 3NXNA 2AZ9A 4GMIA 3G70A 2XYEA 4Y3DA 5P0BA 4PZWA 1PPLE 3MSKA 4M8YA 4OC6B 4D85A 4CPWA 1KJGA 5P4UA 1BWAA 3TOGA 3S43A 4YD3A 3CMSA 4CPUA 1ODXA 4I0ZA 5P09A 1MTRA 5P0FA 1EPOE 4Y3PA 2I4WA 3I2LA 2IRZA 2APRA 4F76A 5P4KA 1SDVA 2OHUA 5P0PA 3QVCA 5P6CA 2NMZA 1K1UA 2G1OA 3SA9A 3OTSA 5P6PA 4AUCA 1SMRA 3CKRA 3UDNA 4QJ6A 1NSOA 4H3GA 3RSVA 3ZKSA 4L1AA 2G1RA 1QBSA 2QNPA 1A30A 2Q15A 2VA6A 2Q5KA 3D20A 5P0ZA 1KZKA 4FM6A 5OZRA 4I0FA 5P0SA 5P2GA 1FF0C 3UDRA 2OF0A 3INFA 2ZE1A 5P0KA 3WSJA 2NNPA 5KOSA 4EP2A 3R4BA 1AXAA 5P2WA 3D3TA 1XS7D 4GJ6A 3FV3A 2JE4A 3O9HA 3DV5A 2JJIA 5P6AA 5OYXA 2I4DA 4PHVA 1AAQA 2NPHA 1XE5A 3INHA 2F8GA 1B6JA 5HVPA 1MTBA 1DP5A 1TSQA 4JPCA 4KUPA 4Y5CA 1EPME 5P0AA 2WF2A 5COPA 1RL8A 5OZ9A 5P2XA 4Y3FA 1W5WA 4NPTA 2OHPA 3LIZA 5P0TA 4F75A 4Y47A 1QBTA 1IIQA 1MT9A 5P40A 2BJUA 4RVJA 2BPYA 4MC9A 3R1GB 3IN4A 5P3KA 1T6GA 2RMPA 3D1YA 3TKGA 5P0CA 5P5JA 2VIEA 4I0HA 4R92A 1CZIE 5P52A 3B7VA 4Y3RA 4Y51A 3NUOA 4Y4TA 4R91A 1YTGA 5SXNA 5KQFA 4ACXA 5P4JA 3DM6A 3HZCA 3GGVA 1MIQA 3ZPUA 4I0DA 3SQFA 2CENA 3FSMA 1NPAA 3TL9A 5P31A 4ER4E 1HHPA 3Q4BA 2Q64A 5P05A 3BXSA 5AHAA 1W6HA 4QLHA 1HPSA 2V13A 1IDBA 5P3NA 4X2LA 3PWMA 3OK9A 4Y6MA 4GJDA 3DUYA 2HAHA 5P5AA 4H3IA 4FAFA 3NDTA 2R3TA 3KFSA 1BDLA 2ZHRA 5SZ9A 5P4QA 5P2QA 2AIDA 3AIDA 1GVWA 1YTHA 3SA7A 4OC6A 5P1QA 1EC1A 4GIDA 5P5RA 1YTIA 5P2UA 3UDKA 4U7VA 5P4LA 3AUPA 5P4TA 1M0BA 5P68A 3VUCA 4Z50A 5P00A 4FIVA 5KQZA 1B6PA 3ECGA 1WBKA 5P5GA 2PMAA 2V0ZC 3DK1A 1TSUA 4B1CA 3WZ7A 5P8QA 1MUIA 3APPA 5P3UA 4DV9A 4F74A 5P0WA 1HVRA 1SIPA 1C6YA 3PMYA 3O9EA 3EM4A 5P5NA 2HS2A 2VJ9A 1MRWA 1HVJA 4RROA 3OGPA 2ASIA 4GJ5A 5P2IA 3QS1A 1A8KA 1J71A 5JODA 1SIVA 5AHBA 3L38A 4D83A 2OHNA 3BUGA 4ZPGA 3TTPA 5P79A 5P80A 4J0ZA 1FMBA 3UDHA 4Y3MA 1XL2A 4EQJA 5P75A 5P5BA 5P36A 4DUSA 1B5FB 2HS1A 5P07A 5P89A 3SA3A 4ZE6A 4ZEAA 3OAGA 5P8PA 1M43A 3S54A 5COKA 2R8NA 1ZPAA 5P7HA 1FFIC 2QMPA 2AOFA 1VIKA 1W5XA 3BRAA 1BDQA 2JJJA 4CMSA 5P5ZA 3TKWA 5OZBA 4FS4A 2ZJJA 1G0VA 4APRE 2BQVA 5P5VA 5P1TA 4K4RA 5P2DA 5P78A 4B05A 5IVSA 1KJHA 5FIVA 5P62A 1FQ4A 5P8EA 5DGWA 1K6PA 4B78A 2BPZA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3KA2 A;  3QIH A;  4GYE A;  4F73 A;  3OGQ A;  5OYS A;  2ER0 E;  2AZB A;  5COO A;  1BVG A;  4WY1 A;  4J17 A;  5P2Y A;  3TPL A;  2PK5 A;  1OHR A;  1LV1 A;  2FS4 A;  3VV6 A;  2QU3 A;  5P6N A;  1YG9 A;  6APR E;  1B6K A;  5OZ8 A;  4TRY A;  5P86 A;  4CPQ A;  5P4N A;  1EPL E;  5HD0 A;  5OZ2 A;  2G27 A;  2OHS A;  3I6O A;  2VNN A;  3H0B A;  4PEP A;  3L58 A;  4RYC A;  1FQ6 A;  2PWC A;  5DPZ A;  4EQ0 A;  1C6X A;  5OZ1 A;  2BPW A;  5DR4 A;  5P4O A;  1T7I A;  2WED A;  5OZS A;  3EKY A;  3Q5H A;  2AVQ A;  4Y5K A;  2JXR A;  1JLD A;  3PM4 A;  4OBJ A;  5P1J A;  1EBW A;  2QHZ A;  4FRS A;  5P18 A;  1D4S A;  3NDW A;  5P3A A;  3SA8 A;  2JYS A;  4WTU A;  5P7O A;  1UPJ A;  2AVO A;  1YX9 A;  4KE1 A;  5P1Z A;  1TW7 A;  2QP8 A;  3EC0 A;  3INE A;  3UDM A;  4LXA A;  2VIY A;  4Y4W A;  4LHH A;  2OHL A;  1HVI A;  3QAA A;  2O4P A;  5HDU A;  2BBB A;  4Y3E A;  4Y39 A;  3JVY A;  5P87 A;  1HVC A;  3O9A A;  1SBG A;  3N4L A;  4DJY A;  5OZV A;  2O4K A;  5HDX A;  1NPV A;  3OUD A;  5P2J A;  4BEL A;  4RLD A;  2XFK A;  3L5B A;  5P3H A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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