3ZOVA

Crystal structure of bace-1 in complex with chemical ligand
Total Genus 98
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
98
sequence length
390
structure length
371
Chain Sequence
RGSFVEMVDNLRGKSGQGYYVEMTVGSPPQTLNILVDTGSSNFAVGAAPHPFLHRYYQRQLSSTYRDLRKGVYVPYTQGKWEGELGTDLVSIPHGPNVTVRANIAAITESDKFFINGSNWEGILGLAYAEIARPDDSLEPFFDSLVKQTHVPNLFSLQLCGSVGGSMIIGGIDHSLYTGSLWYTPIRREWYYEVIIVRVEINGQDLKMDCKEYNYDKSIVDSGTTNLRLPKKVFEAAVASIKAASSTEKFPDGFWLGEQLVCWQAGTTPWNIFPVISLYLMGEVTNQSFRITILPQQYLRPVEDCYKFAISQSSTGTVMGAVIMEGFYVVFDRARKRIGFAVSACHVHDEFRTAAVEGPFVTLDMEDCGYN
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Mapping the Conformational Space Accessible to Bace2 Using Surface Mutants and Co-Crystals with Fab-Fragments, Fynomers, and Xaperones
pubmed doi rcsb
molecule keywords BETA-SECRETASE 1
molecule tags Hydrolase
source organism Homo sapiens
total genus 98
structure length 371
sequence length 390
ec nomenclature ec 3.4.23.46: Memapsin 2.
pdb deposition date 2013-02-25

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 3zovA01
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 3zovA02
3S43A 3VF7A 4I11A 5EZXA 3T7XA 4NPTA 3LHGA 3OGQA 2ER6E 5P6WA 3IA9A 3MWSA 4MC9A 3OK9A 3SAAA 2OHRA 5P4DA 1HVHA 1QBUA 1A30A 5P0QA 2G1RA 4FRJA 1FKNA 1K2CA 4LP9A 3VEUA 4DJVA 5P87A 4EJ8A 4JPEA 5P36A 5P1IA 3K4VC 4FLGA 4RVJA 3UTLA 4GJAA 1ME6A 4RLDA 2AVOA 5P6IA 3PMUA 3UDQA 3G70A 5KQZA 5IVRA 5P5QA 3U6AA 2OF0A 5P7PA 1HBVA 5OYUA 2OHSA 4MC1A 5P74A 3SM1A 1TCXA 5KOSA 3CYWA 5P2FA 5OZOA 5P1LA 5C9FA 3ZOVA 3UQUA 5P2JA 1HOSA 5OYTA 5P8QA 2G24A 1B6JA 1ZPKA 3KDBA 1BVEA 5SY2A 1MSNA 2QZLA 3LZVA 1ODWA 2PMAA 1HTFA 1MERA 5P8NA 5P4QA 3QI1A 4I10A 4CMSA 4Y5CA 3BXSA 2G1NA 1LYWB 3IAWA 1QBSA 1EPNE 5P5VA 4EWOA 1KJ4A 1EBYA 4GJ6A 1UPJA 4U7QA 1BILA 4CPTA 5P5YA 2XFIA 5DR1A 5AHCA 3ZKSA 3Q70A 1D4HA 5P27A 3PLLA 3NU5A 5P4YA 3QIHA 4K4QA 2ZHTA 1T7IA 2I4QA 4CPWA 3M9FA 3B7VA 3FIVA 2F3KA 4Y43A 5AHAA 1ZPAA 2FDEA 4Y56A 5P5WA 4QJAA 1MT7A 2NPHA 2QNQA 5P68A 4DVFA 5P7OA 2ZYEA 4A6CA 1YTJA 3ZLQA 2I4UA 4ZSRA 2QI3A 2NMYA 1K6PA 5P7YA 3SA5A 3FKTA 2OAHA 5P82A 2IGYA 3TPPA 3DV5A 2ZGAA 2IENA 3VV8A 5DPZA 1BIMA 1B6LA 5P58A 2PH6A 2QD8A 2QI1A 4HDFA 2NTRA 2WF2A 2IL2A 2WF3A 3EBZA 2FLEA 3KFSA 4JECA 5P2HA 3EM3A 4ZPEA 5P1AA 1SDTA 5P86A 2HB2A 1HSGA 3MXEA 5P6KA 5P8LA 4DPFA 2WEDA 2AZ9A 4GJDA 3HBOA 3MSLA 5OZTA 4Y6MA 5P0ZA 5F01A 3K5FA 5P6OA 5ENMA 1GVXA 4RCDA 3VSXA 4EJDA 1LYBA 5OZMA 3EKQA 5OZBA 3BVBA 4RVIA 3UDKA 5P6GA 3GI6A 3TNEA 4GJBA 3PI0A 2B42A 1YM4A 4Y3QA 4Y47A 5P2DA 1E82E 3IVIA 4J0TA 5P4VA 3NLSA 5P3DA 5P8GA 3UDHA 3QBHA 3EL5A 5P6EA 3NXEA 4J54A 5P8DA 5P2KA 4Y5PA 1SH9A 1F7AA 5P7CA 5P44A 4Y3ZA 5P3WA 2RKGA 4DUSA 5P0EA 3TKGA 5P8BA 3K4VA 1IZIA 5P7MA 2BJUA 2P83A 1HSHA 4ER4E 4I0DA 5P5EA 3SA6A 1ER8E 1FFFC 1FGCC 3HAWA 1FIVA 3BC4A 4BELA 3PBDA 3DUYA 1D4JA 5P10A 1YM2A 5P61A 3OUDB 4CP7A 3UF3A 1A94A 1EBWA 3LZUA 4OD9A 5P8AA 2AOIA 5P5MA 2PSUA 5E5KA 4BFBA 1MUIA 2G69A 1GVVA 5OZ0A 5OYVA 1GVWA 2O4KA 1XDHA 5P4OA 2WEBA 5P0UA 1SDVA 1B11A 3KDCA 3PHVA 2BKSA 2NNPA 1W5YA 4M8XA 5P0FA 2ZJJA 5P45A 2FDDA 4Y53A 4Y3LA 4Y4GA 1FB7A 5P02A 3SA9A 2QMFA 1NPVA 1HXBA 3OHHA 3S56A 4J55A 1D4KA 5P0MA 5ENKA 1ODYA 3OQAA 5P1UA 5P7HA 1M4HA 4TRYA 4Q1WA 3AIDA 1UH7A 4PZXA 5HCTA 3QRMA 5P2YA 3NDWA 2WKZA 4GIDA 5P04A 4Q5MA 2BPXA 3KFPA 4LAPA 2R5QA 3D1XA 1T7KA 3INHA 4U7VA 3EL9A 5AH9A 3A2OA 4YA8A 5HD0A 1MEUA 5P03A 1BWBA 1EC0A 5P7QA 1BDQA 1HIVA 5P53A 4MC2A 4Y3AA 1B6MA 3OADB 1W5XA 3OU4A 5P54A 3OU1A 4Y4UA 2ANLA 1FQ5A 3ZKIA 2FXDA 4Y54A 5OZJA 3BRAA 3JW2A 3VSWA 5P1EA 2JJIA 3PRSA 2XYFA 4AA8A 4LL3A 2R43A 4QJ9A 1BDLA 6UPJA 1FQXA 1RV7A 4Y35A 4R5NA 2PWCA 4R92A 4APRE 5P5JA 5P4EA 5OYZA 1B6PA 2OHTA 4YDFA 1PSNA 5KAOA 1WKRA 5OZHA 4RYCA 4GYEA 1K1TA 5P3GA 2ER7E 4Y3WA 1MT9A 2RKFA 5OZ9A 2R5PA 5P4MA 2AZ8A 3O9IA 5P52A 3DCRA 3SM2A 3DJKA 5DQCA 5P7LA 1K6CA 3QVIA 4FCOA 1APTE 5DQ5A 2HS1A 4GJ8A 3K5CA 1N49A 2HIZA 4RCEA 5P72A 1D4IA 5P16A 3APRE 4EQJA 4M8YA 5P5AA 1LV1A 2BKTA 5P08A 4TVGA 3ZPSA 5P07A 5P5KA 3T11A 5OZEA 5P7TA 1QBRA 4YCTA 5E5JA 2WL0A 3SA8A 1KJGA 5P51A 3I8WA 5P84A 3UDJA 4OBHA 4FGXA 3WZ7A 5P0IA 5I3WA 5P13A 5HU0A 2VIJA 1YTGA 1IBQA 2QU3A 5P6PA 5AH7A 1FQ4A 2ER0E 3CICA 1HPSA 5COKA 5P1OA 3HW1A 4L1AB 2B7FA 1HIHA 2EWYA 5P1JA 5OZFA 5IE1A 5I3VA 2PK6A 3IXJA 3U7SA 1ZSFA 3UQPA 1W5VA 2WF4A 4YE3A 4DQGA 5P3RA 5P1TA 5OYWA 5P38A 2I1AA 1GNNA 4ZSQA 1YTHA 2R3TA 2QI6A 3SO9A 3S53A 3EL4A 5CONA 4I0IA 3AUPA 3NWXA 5P8VA 4PPHA 1UH8A 2PH8A 5KQFA 4AMTA 1Z1RA 3CKRA 1AIDA 4QJ7A 3Q5HA 4COEA 2H6SA 5P6HA 2O4NA 2V12C 3O9BA 4Y3TA 4YOBA 4HA5A 4PYVA 3OTSA 2WF1A 4QJ2A 3TH9A 5P8FA 3Q6YA 5OZAA 1JLDA 3T7QA 5KR1A 2G1YA 3KFRA 3INEA 5OZIA 1SGZA 4B77A 2R3WA 2XFKA 4LXMA 2P3CA 5P2XA 4Y5BA 3VG1A 2QU2A 2I0AA 3ZKXA 2HM1A 4RVXA 5P14A 5AGZA 4Y3SA 1K1UA 5PEPA 3GI4A 1HPVA 3EKXA 5P4FA 5P4IA 3WB5A 2NXDA 2J9KA 4NJSA 1MIQA 1MPPA 3ER5E 3KF0A 1LEEA 5JFUA 4EP3A 3UDMA 4DJYA 3UQRA 2QZXA 4F74A 5P2TA 5COOA 5P3UA 2QI5A 5P50A 5OZGA 5P6LA 1AM5A 4K9HA 5I3XA 5P2ZA 4R91A 1K2BA 5P2GA 5P8CA 3I7EA 3N3IA 3VV6A 1GVUA 1KZKA 2I4XA 5UPJA 2AQUA 2QNNA 2V13A 3HZCA 3BUHA 5P32A 4ZSMA 2BPYA 1ZJ7A 4Y3GA 5P7JA 4IVSA 1ODXA 1AZ5A 5P2UA 3PSUA 4DV9A 1ZSRA 2FXEA 4H3GA 3SA4A 1E81E 2NXLA 5P3JA 5P6SA 2I0DA 5P0JA 4DJOA 4J17A 2PYMA 1Z1HA 2Q63A 4AUCA 3O9FA 2RSPA 1YX9A 4BFDA 5AH8A 4I12A 3S54A 1B6KA 3NU9A 4B05A 3LNKA 1IVQA 5APRE 1HEFE 4QJ8A 4NJUA 1D4YA 5P4SA 4HEGA 4DQBA 3SFCA 5P81A 4Y36A 2ZJMA 2APRA 4GB2A 2PYNA 1D4LA 3BUFA 2QHYA 1IVPA 4EYRA 1BV9A 3R0YA 4DPIA 1T7JA 1AJVA 1QDMA 4ER2E 2WECA 4EQ0A 2QI0A 3R0WA 2I4VA 3OXWA 4DJWA 4OBFA 3I6OA 4OBZB 3G6ZA 5P3HA 2O4SA 1PPME 5P3EA 4F73A 4I0GA 2HAHA 3O9GA 4JPCA 4OBDA 3DCKA 2AOHA 2VNNA 2FNSA 4XX3A 5P0DA 2B7ZA 5P7RA 3PM4A 4GJ5A 4Y4TA 4J0ZA 2BQVA 3PJ6A 4LXKA 1QS8A 1RQ9A 2VKMA 3HD8A 2G1SA 3OOTA 5OZ8A 5P37A 3UQWA 5P8PA 5P7GA 6FIVA 5P6XA 2O4LA 3S85A 5P2QA 4NPUA 5P0AA 5P3IA 1FQ8A 4B1DA 4X2LA 4FRKA 1DW6C 4Y44A 2UY0A 5P12A 5AHBA 5P3AA 3OXXA 5P1NA 5C9DA 4I0EA 4B1CA 2RENA 3HDKA 4FAEA 4K8SA 2ER9E 2Q3KA 5P1VA 2OHLA 3QN8A 3PWMA 1DPJA 3QPJA 2QMDA 3KT2A 5P06A 5P1MA 5DQ1A 3JVWA 2G94A 3RSXA 2G27A 5P6AA 3WZ8A 4B70A 3G72A 5P7ZA 3SA7A 4LHHA 5P85A 4XKXA 3GW5A 5P3YA 5P7FA 3FNSA 4B72A 3H0BA 4R95A 4YOAA 4R93A 5OZNA 1MT8A 5P41A 2F3EA 5HU1A 5OZ1A 4J1CA 3TPRA 2QD7A 2VJ9A 2P8HA 2WF0A 5P7XA 4QJ6A 1SGUA 1C70A 3NU3A 4RCFA 5P48A 5P2NA 3UHLA 5P6VA 1HTRB 3L5EA 4Y5GA 4FL8A 5P3BA 4EP2A 4Y38A 2OHKA 5P6TA 1MRWA 2JYSA 1XL5A 5P7EA 5FIVA 5OZ2A 2ZHRA 4Y5EA 4DFGA 5OZXA 1SDUA 4HE9A 3HLOA 3EXOA 4DQCA 5P4UA 4D83A 2FS4A 4RYGA 2BBBA 3GGUA 2PQZA 1AAQA 5P5RA 3URJA 5P40A 3PCWA 3EKTA 1EAGA 1HVJA 4I8WA 1PPLE 2HB4A 1UH9A 5P5DA 4YD4A 1FF0C 3WB4A 1DIFA 3PVKA 3Q3TA 5P33A 3EL0A 1EBKC 2P3DA 1J71A 2VIEA 2ZJLA 2RMPA 3CIDA 5OZPA 5OZYA 1LF3A 1W51A 1GVTA 1U8GA 5OYSA 4TRWA 1NPAA 3RTMA 3PB5A 4R8YA 5KOQA 5P01A 2AVQA 3NU4A 1RL8A 5P29A 3LZSA 1ZP8A 4AZYA 3PSYA 1W5WA 1FMXA 5P4ZA 5KR0A 2FGVA 3INDA 5P3XA 5IVTA 4YBIA 3OXVA 5P3PA 4L7GA 6APRE 2IDWA 1DP5A 3VF5A 5P8IA 2FDPA 3PLDA 5P09A 4OBJA 5P5SA 4J0YA 3SABA 5P66A 1HPXA 1HVKA 2G1OA 4Q1NA 5OZ4A 2QMGA 5P5TA 2B8VA 1W6IA 5DQ4A 3OAGB 1LZQA 1EEDP 3NWQA 5P6JA 1OHRA 2QI7A 4F76A 2ASIA 3LPJA 1FLHA 1XN3A 2AOGA 5P77A 4Y57A 3SKGA 4B1EA 4Y51A 2P4JA 4Y4EA 3ZKNA 5HCOA 1T3RA 4YD5A 1LYAA 4RRNA 5P70A 5P0RA 3L59A 5P1FA 3EKWA 4HZTA 5P83A 3KMXA 4A4QA 2QHCA 3NSHA 4Z2ZA 4ZLSA 3PBZA 4Y5LA 3FNTA 4ZE6A 1BAIA 5P42A 4PZWA 3S8IA 1QRPE 1TZSA 2H6TA 1ENTE 3GI0A 2J9JB 2OHPA 2WEAA 5P0BA 5P5BA 5P8EA 4H3FA 1XS7D 3I25A 5HDZA 5P17A 1AJXA 4BEKA 4Y48A 4N00A 1SIVA 5P23A 3TL9A 3QRVA 5OZSA 4Y3RA 3O9CA 1E5OE 4IVTA 5P0TA 2QP8A 1PROA 3LIXA 1EPQE 3UFLA 4HDBA 1ZLFA 1DMPA 5P6UA 4K4RA 3OUDA 1RPIA 4Y3JA 2F3FA 3KN0A 2QNPA 3O9LB 1AVFA 1EPME 5P11A 3FX5A 2V10C 2QK5A 2PSVA 2WEZA 4YCKA 4Y3MA 2FGUA 1B5FB 3BUGA 4RZ1A 3TOFA 2I4WA 5OYYA 3WZ6A 1APWE 3DM6A 4Y4XA 5P6DA 3R1GB 5P79A 5P89A 5P63A 4RROA 2BPWA 2P3BB 2R9BA 2ZHSA 4Y5NA 3HVGA 3L5FA 3D1ZA 4J1KA 3Q4BA 5P2CA 3VLBA 4LC7A 2JXRA 2V16C 5P4TA 5P0SA 1HSIA 3LINA 4ACXA 3VV7A 5P6MA 3H5BA 2HS2A 4H3IA 5ER1E 5P4BA 3R2FA 4Z22A 5P6FA 5P5UA 1MVPA 5P7BA 5P76A 1C6XA 4WY1A 2PWRA 2HB3A 2Q54A 3S43B 1HVLA 3L58A 4Y37A 3L5CA 3U71A 3BXRA 4Y9WA 5BRYA 1TCWA 3O9EA 1EPPE 3K5DA 2Q5KA 3DK1A 3L3AA 1HRNA 5P8RA 2QI4A 3O99A 5P0KA 1YTIA 3UDYA 1IDAA 3D91A 5TOLA 3MSJA 5P2BA 1HTEA 1MTRA 3OWNA 5SZ9A 5P1HA 2VJ7A 5P78A 1EC3A 1XE6A 5P7IA 2XYEA 2AODA 4I1CA 5P75A 1TQFA 1CZIE 1BWAA 4GJCA 3MSKA 2V00A 4HVPA 5P3SA 2AVVA 5P56A 2AIDA 5P4AA 3L5DA 4J1IA 5JFPA 2AZCA 3OXCA 5P8SA 4KE1A 3VYFA 2FNTA 4A6BA 4GMIA 4EXHA 2CEMA 5P4KA 5P6NA 4APEA 3GI5A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3S43 A;  3VF7 A;  4I11 A;  5EZX A;  3T7X A;  4NPT A;  3LHG A;  3OGQ A;  2ER6 E;  5P6W A;  3IA9 A;  3MWS A;  4MC9 A;  3OK9 A;  3SAA A;  2OHR A;  5P4D A;  1HVH A;  1QBU A;  1A30 A;  5P0Q A;  2G1R A;  4FRJ A;  1FKN A;  1K2C A;  4LP9 A;  3VEU A;  4DJV A;  5P87 A;  4EJ8 A;  4JPE A;  5P36 A;  5P1I A;  3K4V C;  4FLG A;  4RVJ A;  3UTL A;  4GJA A;  1ME6 A;  4RLD A;  2AVO A;  5P6I A;  3PMU A;  3UDQ A;  3G70 A;  5KQZ A;  5IVR A;  5P5Q A;  3U6A A;  2OF0 A;  5P7P A;  1HBV A;  5OYU A;  2OHS A;  4MC1 A;  5P74 A;  3SM1 A;  1TCX A;  5KOS A;  3CYW A;  5P2F A;  5OZO A;  5P1L A;  5C9F A;  3ZOV A;  3UQU A;  5P2J A;  1HOS A;  5OYT A;  5P8Q A;  2G24 A;  1B6J A;  1ZPK A;  3KDB A;  1BVE A;  5SY2 A;  1MSN A;  2QZL A;  3LZV A;  1ODW A;  2PMA A;  1HTF A;  1MER A;  5P8N A;  5P4Q A;  3QI1 A;  4I10 A;  4CMS A;  4Y5C A;  3BXS A;  2G1N A;  1LYW B;  3IAW A;  1QBS A;  1EPN E;  5P5V A;  4EWO A;  1KJ4 A;  1EBY A;  4GJ6 A;  1UPJ A;  4U7Q A;  1BIL A;  4CPT A;  5P5Y A;  2XFI A;  5DR1 A;  5AHC A;  3ZKS A;  3Q70 A;  1D4H A;  5P27 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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