3ZPTA

Design and synthesis of p1-p3 macrocyclic tertiary alcohol comprising hiv-1 protease inhibitors
Total Genus 16
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
16
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWQRPLVTIKIGGQLKEALLDTGADDTVLEEMSLPGRWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQIPIEICGHKAIGTVLVGPTPTNVIGRNLLTQIGCTLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Design and Synthesis of P1-P3 Macrocyclic Tertiary Alcohol Comprising HIV-1 Protease Inhibitors
pubmed doi rcsb
molecule keywords PROTEASE
molecule tags Hydrolase
source organism Human immunodeficiency virus 1
total genus 16
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2013-03-01

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 3zptA00
5SXNA 1EBZA 1NPWA 3KN0A 4B1EA 4GJAA 1HVSA 2PSGA 4DQCA 3OHHA 1K1UA 5P29A 4NJVA 1Q9PA 3ZKQA 5T4SA 1HTFA 2B60A 3JW2A 2OHTA 1FQ8A 2G22A 1MTBA 3UFNA 4PZWA 1QBSA 5P4LA 5P2EA 2P8HA 5BRYA 1AXAA 2A1EA 5P04A 3VF3A 4WY6A 3DM6A 4HLAA 5OZSA 4OD9A 2B42A 3VYFA 4RROA 1IBQA 5ENMA 5P6LA 3EM3A 2G1RA 4RLDA 4X7IA 3O9DA 3HLOA 3KMXA 1ZJ7A 3OUBA 5OZ6A 1EC0A 1HIVA 5P3TA 2P3CA 4GB2A 3PI5A 3GW5A 2QP8A 4AZYA 6UPJA 3OK9A 1HVHA 5P5LA 2WJOA 2BJUA 2ER9E 3T11A 5P64A 5OZEA 5P4SA 2NMYA 5P6QA 5P6GA 4B70A 3K4VC 3QVCA 3O9AA 1PSAA 1FQ7A 2I4UA 2FXDA 1HVCA 4Y56A 3LIVA 1MERA 2B7ZA 5P4JA 3TPRA 1D4HA 5P28A 5OZWA 1MIQA 2QMDA 5P6SA 5P7HA 2QHZA 3KF0A 4EXHA 3FNSA 4YOAA 3LINA 2WEZA 2IENA 3L5FA 3UCBA 2BPXA 3NU5A 5P6MA 3RSVA 1HSGA 5P56A 3SA7A 3PLLA 5P4OA 2B7FA 1K6PA 5P0FA 1Z8CA 1FQ4A 1KJ4A 2IGXA 5OYRA 5P7NA 5OZ7A 1GNOA 2O4SA 2WEBA 3ZOVA 5P3XA 1D4YA 3C9XA 3MSLA 1QDMA 2FS4A 3NSHA 1FQ5A 5OYQA 5P8LA 4QJ2A 4Y5GA 5P7TA 5P2OA 1HVLA 2G1YA 4EWOA 1MT8A 3UDKA 5P89A 4B1DA 3PCZA 1HBVA 5P25A 4L7HA 2J9JA 5P4VA 5P4AA 2Z4OA 3DV5A 5HDUA 5P69A 2R5PA 1LYAB 2PK6A 3O9IA 1C6YA 2V11C 3PMUA 2HAHA 5P5MA 5P8RA 3SKFA 4ER2E 2VA5A 4FLGA 2QD7A 5P0ZA 1QBRA 3UQXA 5P1KA 5P1BA 4Y3TA 1FKNA 4PZXA 1SMEA 5P3HA 4YCTA 5P5PA 1OEXA 2Q15A 3OADA 4YHQA 2FMBA 4H3FA 5F01A 1EPNE 5I3WA 5J25A 1M0BA 5P2CA 3DV1A 4Y36A 2PC0A 1GNNA 5P7QA 2OHKA 4BEKA 4OBDA 3OOZA 5HCTA 5P66A 5P8IA 4J1CA 2IDWA 4I0ZA 4S1GA 5P7UA 4EP3A 1CMSA 1EC1A 1IZEA 2F3FA 1ENTE 1A30A 4K9HA 4B77A 3ZKNA 4YCYA 3UDHA 5P6KA 3PBZA 5DR0A 4DJPA 4J1KA 4DPIA 1DPJA 4QGIA 2G27A 5P27A 4Y47A 2P4JA 3SA5A 5I3XA 4RCFA 2B8VA 1AVFA 1DW6C 4PEPA 1META 5OZMA 3HVGA 1SGUA 2QHYA 5P32A 3G72A 3KA2A 4DJYA 2P3BB 2XFIA 2V12C 3OXXA 5P6NA 3R4BA 4AA9A 5ISJA 2VNMA 5C9FA 1EBKC 3BXSA 5OZVA 1NPAA 4RZ1A 4Y3MA 4Y3AA 5P61A 3SA6A 3SABA 4Y5CA 3O9BA 4Y3XA 5P2TA 5P24A 5P36A 4Z22A 4EQ0A 5P7LA 5P0NA 1QBUA 1A94A 4Y5PA 4D8CA 4KUPA 5OZPA 3TKWA 5DR8A 1F34A 4Y3GA 4Y39A 4JECA 3I8WA 4APRE 4FRIA 2AIDA 3ZKGA 4DJXA 1B5FA 4DQFA 1W5YA 5P0EA 3PVKA 1EPQE 2FNSA 2NR6A 4Y4XA 1T7IA 5P8NA 3IXJA 3Q6YA 5P42A 3VEUA 3BUFA 4Y4DA 3A2OA 4I0EA 2APRA 1GVTA 2WF0A 4FM7A 1LF4A 4OBJA 4OBFA 2G24A 5HD0A 4TRYA 3S43A 3NXNA 5DR7A 5E5JA 5AHAA 3LZUA 5P1XA 3PBDA 5P0QA 1HTGA 2HS1A 5B18A 1FG8C 4JP9A 3CICA 5P6VA 1ODWA 5OYZA 1NH0A 2PYMA 5CONA 2HIZA 5OZTA 5SZ9A 3RTNA 4K8SA 3HD8A 5I3YA 3QVIA 1EBWA 5P68A 1G6LA 5OYVA 5P5GA 3SFCA 3EL0A 5P3GA 3OU1A 4ZPGA 5P7BA 4OBZA 4DVFA 2SAMA 2IQGA 3OOTA 3R0YA 4Y4GA 5OZDA 5P39A 5OZXA 5HU0A 4EXGA 4DPFA 5P34A 2F3KA 5P00A 4Y57A 2QI4A 4OBZB 4I8ZA 2ANLA 2ZHRA 5KR2A 3SA9A 5P7AA 4UPJA 2I4QA 5OYTA 4DJUA 4A6CA 3PEPA 1YM4A 1DAZC 1BWBA 2WEAA 3JVWA 3PMYA 1BILA 3BC4A 5E5KA 4AMTA 3O99A 2F81A 4F75A 1RQ9A 2B8LA 4Y9WA 4OBGA 5HTZA 1K6CA 5P3VA 2AOFA 4J55A 4I0HA 3R0WA 3OUDB 5P70A 4GYEA 5OYYA 2WKZA 1KJFA 4Y4BA 2FDEA 1HXBA 3S53A 5OZOA 2FGVA 4DQEA 5P4DA 5P88A 4BFBA 5P5DA 2CEJA 2FIVA 2OHRA 5APRE 2QD6A 3RU1A 3UQRA 3WZ7A 2VIJA 5P8AA 3EKPA 1TQFA 2I4DA 4R8YA 4GJCA 5OZ3A 2PK5A 5P2QA 5P8HA 3VV7A 3ZKXA 5P3DA 3INEA 5DQCA 2ZYEA 3L5DA 2QZWA 3PSYA 3BRAA 1EEDP 4Q1NA 1MRWA 3K5DA 5AH9A 2Q3KA 1XS7D 5P12A 4Y38A 3VV8A 3NDXA 3FV3A 3KT5A 1BWAA 5P14A 5P8TA 2BQVA 3L58A 2NXLA 5OYXA 3PWRA 3OGPA 4L6BA 4Y5EA 3URLA 2QI7A 3EKXA 3L59A 5P5QA 2ER7E 1HRNA 3OQ7A 1XN2A 2FLEA 2IL2A 5AH8A 1YX9A 1YTHA 5P02A 5P0IA 1NPVA 4DI2A 1LYBA 4ZSRA 3VSWA 2F8GA 3OQDA 5P6FA 1SMRA 4YD7A 4Y44A 5P1RA 3TOFA 3ZPTA 4AA8A 1HSHA 4Y50A 1SDUA 5OZ4A 3ZKIA 5P2AA 5P1GA 3CMSA 3D91A 4Y5AA 1ZTZA 4Y3YA 1YM2A 1SH9A 4J54A 2PH6A 5P5WA 3DK1A 5P1OA 1EPRE 3IXKA 4FGXA 2AQUA 4R92A 4RRSA 4J0VA 7HVPA 1LYWB 5JG1A 3SM2A 4ER4E 2HB3A 3BHEA 3SO9A 4Y3EA 2I4VA 1ZAPA 5P6JA 5P3AA 3OTYA 5P35A 5HDVA 3RTHA 2ZJLA 3IN3A 4Y4TA 2NXMA 5P8CA 1TCXA 5P4TA 3KDDA 1ME6A 5P6AA 3INFA 5P53A 3CKPA 2NPHA 2ZJJA 2WF4A 5P41A 5P72A 2ASIA 4D83A 5P1FA 4J17A 4Q1XA 2PQZA 2BPVA 3SA3A 3IAWA 4B00A 1IDAA 3ZKMA 4F76A 2P3DA 3KM4A 3LPKA 5P58A 5P3PA 4I12A 2QK5A 2XYFA 5P2JA 3LIZA 1AAQA 4Y54A 5P4PA 4NJSA 2QU3A 5P40A 3APRE 2QMPA 3TPLA 1SDTA 4GZFA 3TOGA 5JODA 1QS8A 3HW1A 4IVSA 5P5HA 2UPJA 5P55A 3BGBA 5P3OA 5KQFA 1K2BA 4R5NA 3SA8A 2PH8A 4TVHA 3APPA 5IE1A 3EL1A 3FNTA 1HOSA 2NTRA 5P6CA 2AZBA 2QI1A 3MXDA 5F00A 5P0GA 4EP2A 4QJ8A 5P8UA 2JJIA 1RV7A 4HDFA 1WKRA 5P3JA 3OXWA 4YA8A 2QHCA 5P1EA 5P6DA 5SY3A 4OD9B 4Y53A 3O9LA 3DCKA 5P77A 4ZSPA 3DUYA 5P6TA 4Y3RA 4J0YA 4ZLSA 3VLAA 4J0ZA 2F3EA 2FDPA 2RMPA 2R3TA 3MWSA 2BPWA 4Y51A 4Q1WA 5P06A 5P7ZA 3D1ZA 1SIPA 1B6KA 1SIVA 3D3TA 1EC3A 5P54A 6FIVA 5P2FA 2AOIA 1YTGA 5COKA 5P84A 4XX4A 5P8FA 3NR6A 8HVPA 2VIZA 4Y5KA 3PJ6A 5OZQA 4EHCA 4NPTA 5P86A 1GVVA 1AIDA 2QI3A 2ER0E 3K4VA 5P71A 3TLHA 5P6IA 2G1OA 1IVPA 5P08A 5P4GA 2Q5KA 5KR8A 4L7JA 4TVGA 4U8WA 2AZ9A 5P3IA 3HDKA 3VFBA 4YBFA 5P3KA 4EJDA 4KE1A 5P11A 4ZPFA 5P1VA 2OHLA 1IIQA 2RENA 2NNPA 5OZZA 2NXDA 3S7MA 1E81E 3NDTA 2AOJA 5P8VA 1HVKA 3NU4A 1FB7A 4FSEA 1PSNA 4ZE6A 4J0PA 2AOEA 5P0UA 5P1UA 3LIQA 4QJ9A 3K5FA 4J1EA 5DR4A 1W5VA 4Y3ZA 3KYRA 5OZ1A 1WBMA 5ENKA 4DQGA 3M9FA 4Y3HA 1APWE 2BPYA 1E80E 3UDJA 4Q5MA 4LAPA 3UDPA 1BV9A 3QPJA 5P2MA 1BV7A 2J9JB 5P1AA 5TOLA 3NU3A 4GJ5A 5P59A 3CKRA 5JFPA 4WTUA 2PWCA 4XKXA 3SM1A 2Q11A 3HAUA 3B7VA 5DQ5A 2BB9A 3IXOA 4Y58A 5HDZA 4LXAA 1ZBGA 5P87A 5P5VA 1XL5A 4HZTA 3T7PA 2QU2A 2Q64A 5OYSA 5P5AA 4I8WA 5P3EA 4Z2ZA 2AZ8A 2WL0A 1RL8A 2VNNA 2PMAA 3OADB 3S8IA 3ZKSA 5P48A 5P2ZA 5P1LA 5P1QA 5OZ2A 5P05A 5P6PA 3URJA 1GNMA 1PFZA 5P5TA 3CKTA 5P1IA 4QJ7A 3ZL7A 5P4MA 5P2HA 4DH6A 4GJ7A 5C9DA 2QCIA 4R93A 4HVPA 2BKSA 4L1AA 4LC7A 5P7YA 3GGUA 5P0YA 2ZHTA 3S56A 3EKWA 3I2LA 2VA7A 3FX5A 1LF3A 4AUCA 3NXEA 5P79A 2ZHSA 3KFNA 1KJGA 3VG1A 3D1XA 2R9BA 4XXSA 3R1GB 3PCWA 5HE5A 4ZPEA 1FMBA 2G20A 5P8PA 5DGWA 4I0DA 1T3RA 3NU9A 5P4BA 2O4NA 3EKQA 4FCOA 4LBTA 3K1WA 1EPME 5OZRA 3PB5A 4RYCA 3AIDA 5P4FA 5OZNA 5P6RA 4Y45A 4A6BA 4CPQA 3TKGA 5P0HA 1E5OE 4FM8A 2F80A 2CENA 3IVHA 1BVEA 5P5SA 3OY4A 3UQPA 5P3YA 5P8EA 1FF0C 1HPXA 3PRSA 1UPJA 5P5JA 1KJHA 5P2NA 5HU1A 1XDHA 1ZP8A 1NSOA 4DJRA 2H6TA 1TCWA 3GI4A 3NUOA 3ER5E 4Y41A 2VIEA 4CMSA 3OAGA 2WEDA 5OYWA 1B5FB 4QLHA 2ZJMA 2IKUA 5P5KA 3WB4A 1IDBA 4GJ6A 3QRMA 3NDWA 3VUCA 4APEA 2I4XA 2RSPA 2NMZA 4LP9A 2JYSA 4TRZA 4FS4A 1IZDA 4Y5LA 4GJBA 1SDVA 3QRVA 2OHQA 3MSKA 1G35A 4EJ8A 5P3SA 3EL9A 2PWRA 1EC2A 1FMXA 4PYVA 3S43B 4CPTA 5KQZA 1MTRA 2HM1A 4HEGA 5P0OA 4FAFA 1U8GA 3QS1A 1LEEA 3INDA 1G0VA 5P4XA 3TPJA 5AGZA 4Y48A 3INHA 3QAAA 5KOSA 5P6OA 3T6IA 5PEPA 3UFLA 5OZAA 3QI1A 1UH8A 4YBIA 2IRZA 3VF5A 2QD8A 3Q70A 1SP5A 1ZLFA 3UTLA 4CPWA 1FMUA 4A4QA 1BBSA 1C70A 1RNEA 5OZLA 3HAWA 5P15A 3OU1B 1W6HA 4DJQA 4EJLA 4HA5A 5P7MA 1UH7A 1EPLE 5P30A 4I0GA 1B6LA 3OU4A 3VF7A 5P6ZA 3L3AA 3OGQA 3F9QA 1FLHA 4D88A 2QI0A 5P3CA 1VIKA 2V13A 4JOOA 4DJWA 2IEOA 1PROA 5I70A 4DUSA 3Q4BA 4F73A 5P07A 2WF3A 5KQXA 4DV9A 5P5ZA 5P0RA 2RKFA 1JLDA 3LNKA 5P10A 5P7PA 4DJVA 1LZQA 2QNNA 5DGUA 4L7GA 5P2VA 1FIVA 2J9KA 5HCOA 5P5BA 5P7KA 5P2SA 3OQAA 1D4IA 2WECA 1IVQA 3PHVA 4BELA 5P1PA 3Q3TA 3QIHA 5P19A 2G1NA 1MT9A 3L38A 3MSJA 3GI0A 1BDQA 4D89A 3VSXA 4FRKA 4Q1YA 2V10C 2IS0A 3NDUA 4N00A 5HVPA 3UHLA 5P18A 3LZVA 5P4IA 3O9GA 4I0JA 3EXOA 5P2DA 5P5YA 3KDBA 2IGYA 5P8BA 5OZJA 3TTPA 3KFPA 4H3IA 4QJ6A 1K6TA 1B6JA 5P20A 5P65A 4Y4JA 3QRSA 5P0AA 4MC9A 1CPIA 3UF3A 2R43A 1VIJA 4I0FA 2VS2A 1MVPA 4Y5BA 5OZ5A 3UQUA 1MPPA 5P7RA 1MESA 4NPUA 2R38A 2R3WA 5HE4A 3RSXA 4Y3PA 2QZLA 1GVUA 3LIXA 2ZHUA 4EJKA 5P7CA 3O9FA 5OZBA 1FGCC 2AVVA 3T7XA 3SKGA 4FSLA 2O4LA 5P7GA 1SGZA 2G1SA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 5SXN A;  1EBZ A;  1NPW A;  3KN0 A;  4B1E A;  4GJA A;  1HVS A;  2PSG A;  4DQC A;  3OHH A;  1K1U A;  5P29 A;  4NJV A;  1Q9P A;  3ZKQ A;  5T4S A;  1HTF A;  2B60 A;  3JW2 A;  2OHT A;  1FQ8 A;  2G22 A;  1MTB A;  3UFN A;  4PZW A;  1QBS A;  5P4L A;  5P2E A;  2P8H A;  5BRY A;  1AXA A;  2A1E A;  5P04 A;  3VF3 A;  4WY6 A;  3DM6 A;  4HLA A;  5OZS A;  4OD9 A;  2B42 A;  3VYF A;  4RRO A;  1IBQ A;  5ENM A;  5P6L A;  3EM3 A;  2G1R A;  4RLD A;  4X7I A;  3O9D A;  3HLO A;  3KMX A;  1ZJ7 A;  3OUB A;  5OZ6 A;  1EC0 A;  1HIV A;  5P3T A;  2P3C A;  4GB2 A;  3PI5 A;  3GW5 A;  2QP8 A;  4AZY A;  6UPJ A;  3OK9 A;  1HVH A;  5P5L A;  2WJO A;  2BJU A;  2ER9 E;  3T11 A;  5P64 A;  5OZE A;  5P4S A;  2NMY A;  5P6Q A;  5P6G A;  4B70 A;  3K4V C;  3QVC A;  3O9A A;  1PSA A;  1FQ7 A;  2I4U A;  2FXD A;  1HVC A;  4Y56 A;  3LIV A;  1MER A;  2B7Z A;  5P4J A;  3TPR A;  1D4H A;  5P28 A;  5OZW A;  1MIQ A;  2QMD A;  5P6S A;  5P7H A;  2QHZ A;  3KF0 A;  4EXH A;  3FNS A;  4YOA A;  3LIN A;  2WEZ A;  2IEN A;  3L5F A;  3UCB A;  2BPX A;  3NU5 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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