4A6BA

Stereoselective synthesis, x-ray analysis, and biological evaluation of a new class of lactam based hiv-1 protease inhibitors
Total Genus 16
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
16
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWQRPLVTIKIGGQLKEALLDTGADDTVLEEMSLPGRWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQIPIEICGHKAIGTVLVGPTPTNVIGRNLLTQIGCTLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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connected with : NaN
molecule tags Hydrolase
source organism Human immunodeficiency virus
publication title Synthesis, X-Ray Analysis, and Biological Evaluation of a New Class of Stereopure Lactam-Based HIV-1 Protease Inhibitors.
pubmed doi rcsb
molecule keywords POL PROTEIN
total genus 16
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2011-11-01

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 4a6bA00
1FQ8A 4KUPA 5P7UA 3GI5A 5SZ9A 1D4YA 1SGZA 5P0FA 1KJFA 5P5FA 1XN2A 5HE7A 5COPA 2AOHA 2JYSA 2QI4A 1EC0A 4RRNA 5ISJA 2AZBA 3QIHA 4N00A 2BPVA 4Y3EA 5AHAA 3Q3TA 2OHQA 1YTJA 3FNSA 1LYBB 5P2NA 4Y3GA 3BXSA 1EC3A 4FM7A 2BJUA 5P7TA 1FIVA 1YM4A 2IGYA 3G6ZA 1UH7A 4Y58A 3S43A 1HPOA 2HPFA 1B6LA 4JP9A 2UY0A 4YCYA 4FIVA 4F75A 5AHCA 4EJDA 2FS4A 5P1AA 5P1FA 4YBIA 4LXKA 5P59A 3OUAA 4IVSA 1F34A 3VF7A 4I12A 1HTFA 3VV6A 2IDWA 5P0IA 5OZEA 3NXNA 4YE3A 3ZOVA 2FDDA 1GVWA 2OHTA 5P44A 1BV9A 4X2LA 3R4BA 5P5GA 5P4GA 1SMEA 4AMTA 4J1EA 5C9BA 3LPIA 4DFGA 2VJ7A 5P5NA 3OU1A 1MPPA 4DJXA 1QRPE 3OTYA 1W6IA 3FV3A 3UDPA 4PZXA 1ZP8A 3LNKA 3OGQA 5P7EA 3SA7A 5P6IA 2BQVA 2AODA 5OZUA 4JPEA 2RKFA 5AGZA 4GJ7A 5DPZA 2ZJHA 3QN8A 3INEA 3TKGA 2ZHUA 3BC4A 1HEGE 5P66A 4NPTA 5P77A 1W5YA 2AZ8A 3ER5E 3DJKA 5P4OA 5P49A 4Z2ZA 3VYEA 4OC6A 1A9MA 4ZSRA 5CLMA 5OZ7A 5P80A 1NPWA 2MIPA 5P1EA 3SA6A 2G69A 3D91A 2CENA 5P8AA 5P2DA 5P88A 2J9JA 4Y3HA 1MEUA 1HPSA 5OZVA 2HS1A 4FS4A 3RSXA 4ZPGA 2AOIA 3L5CA 4RLDA 2QD7A 4FRJA 3HLOA 2F81A 2HB4A 3ECGA 3NSHA 4B1DA 3VFAA 4Y3QA 4EP2A 2UXZA 4RRSA 2ER7E 4DJYA 2AVSA 2WF2A 4DJQA 3S43B 1G35A 1DIFA 1HVRA 5OYTA 2BKSA 3A2OA 4I0IA 4FSLA 3NU4A 2WECA 1MERA 4L1AA 5P7CA 3SA9A 1LF3A 1K1UA 5P3KA 5P37A 5ENMA 5P6HA 5P6JA 4Y5AA 1LEEA 3ZKSA 4AA9A 4EJLA 4PHVA 4AUCA 2OHUA 5IE1A 3CICA 5P0AA 3FIVA 4NJSA 5P75A 3RVIA 5EZXA 1EPRE 5P8PA 3OU1B 5OZCA 5P6AA 5OZHA 5P3IA 5P3ZA 5P3NA 1KZKA 3DCKA 5IVSA 3OQDA 1EBYA 3EL0A 3D1XA 5P8BA 1HHPA 4I0ZA 1MRXA 5P2WA 1PSAA 3MXDA 2G94A 4L7GA 3NDWA 5HDUA 2G1NA 1RPIA 1MSNA 3L5EA 5P81A 1BXOA 5P5YA 2OHLA 3UQRA 5OYZA 4RCFA 5P39A 1XL2A 2NXDA 3VFBA 3WZ7A 1SDUA 5P72A 1EPNE 5P33A 1HIHA 2WL0A 1BILA 1UH9A 4OC6B 5OZRA 1AXAA 5P25A 3IXJA 5IVQA 5P53A 2HC0A 2ER0E 4FRSA 5P67A 4J1KA 2RSPA 3TL9A 2QMGA 5P7WA 1QS8A 2AOFA 2J9JB 1PPKE 2IENA 4I10A 4Q5MA 5P4LA 1FQ6A 5P0VA 5CONA 3BHEA 2P3DA 1HEFE 2VIJA 4Y4GA 5P0CA 3K5DA 4QJ2A 1GKTA 5P5MA 3D3TA 1Z8CA 5P6WA 1NSOA 5HD0A 5HCTA 1PSOE 3C9XA 2NXLA 4GJ6A 3JVYA 4EXGA 4X7IA 1AAQA 3LIZA 3PVKA 5IVTA 1DAZC 1ODWA 3OQAA 4L1AB 3PMYA 1HVJA 5AH6A 5P4MA 3EL4A 5KQXA 5P7RA 5P8QA 3VF5A 4ZPEA 3NU9A 5E5JA 2OHRA 5P5KA 3EMYA 4FRKA 3SA4A 2PYMA 2F80A 3LZVA 5P1JA 5P5HA 3D20A 3DK1A 5P6YA 5FIVA 5P6QA 1HVLA 2R3WA 4WTUA 5P3PA 2JE4A 1QBSA 5P10A 2QCIA 4LC7A 1JLDA 5P2MA 5P6NA 2WF1A 1PSNA 3OXVA 4HEGA 4Y4WA 5P84A 1T6GA 3S56A 1MT8A 4DUSA 2HB3A 4R92A 3PI0A 4J1CA 2NTRA 4TVGA 1CPIA 5P48A 1TQFA 4YD4A 4M8YA 4B05A 3S85A 4RGHA 5P4QA 3QI1A 2IRZA 3KFPA 3I8WA 5P08A 2NPHA 4KE0A 3ZPUA 5P4YA 4EWOA 4H3IA 5OZ6A 4RVIA 2V12C 5P3VA 2WHHA 4Y3YA 1EPPE 1W5VA 4QLHA 5P4EA 9HVPA 5P51A 1BDLA 2IEOA 5P5SA 2VA6A 4GIDA 4J0TA 4EYRA 1EPLE 5P13A 3EKWA 3OUCA 5P00A 1LZQA 5P1GA 1BDQA 3HAUA 5OZ3A 1FG6C 5P3RA 4CKUA 5P55A 5E5KA 1OEXA 4GJCA 5OZMA 5I3WA 3RSVA 3O9CA 4Y50A 5P7VA 1AZ5A 2AIDA 3MSJA 5ENKA 2CEMA 5OZDA 3O9DA 3OXWA 2G27A 1HVKA 1HSHA 3PJ6A 1EC2A 2H6SA 3OK9A 3OQKA 5P3MA 1OHRA 4Y5PA 4U7QA 4Y43A 5P5RA 4COEA 5J25A 1MIQA 5P2EA 5KQFA 4D88A 3EM3A 4Y5CA 3ZKMA 2P83A 1EBKC 3CMSA 4RZ1A 4Y4TA 1E5OE 1GNOA 3KMYA 3DM6A 5P6BA 2FXEA 2G24A 5P7PA 3FNUA 3UQWA 3O9HA 5P07A 4D8CA 5P3CA 5P8SA 4K9HA 4A6CA 5P3EA 5OYQA 4Q1NA 3T6IA 5P1MA 2QNPA 3NWQA 1BAIA 3VYFA 5IS4A 2BPXA 3NR6A 5P8FA 5P6FA 4ZSPA 2G22A 2OHKA 5PEPA 3APRE 1GNNA 5P6TA 5P57A 2VA7A 1YG9A 3KFNA 4BELA 4RCEA 1QDMA 1Z1HA 1XE6A 5P6EA 3TPJA 2AVQA 3CYXA 1HTRB 3PSUA 4CMSA 5P5LA 4GJ5A 5OZFA 2ZYEA 1QBRA 4RVXA 5I3XA 2QAKA 5P78A 3NU5A 3HAWA 4R95A 3PRSA 2P3CA 3NDUA 5P7ZA 1T7JA 4J0YA 4KB9A 5P7YA 4Y6MA 5P6LA 3ER3E 1B6PA 2I0DA 5P5UA 5P3OA 5P61A 1XDHA 5KAOA 4OD9A 4Y3ZA 4DI2A 1K1TA 1AJVA 3BXRA 3OXXA 5P4ZA 5P1DA 4A6BA 2PK6A 3M9FA 3NUJA 5P30A 5OZQA 2P3AA 4B1CA 1FFFC 3INFA 5OZ9A 1TCXA 5P3TA 4DJUA 2I0AA 5P26A 1MRWA 1FGCC 3L59A 1WKRA 2QHZA 4L6BA 3DCRA 3OU4A 2O4PA 1HPXA 2F8GA 4RYCA 1IIQA 5AHBA 4Y4BA 5P5PA 4DQGA 3T7QA 3BGBA 3QVCA 5P7QA 1ODYA 2NNKA 2QU2A 5P3SA 5P31A 3UDJA 5OYUA 3LIQA 4FE6A 1T7KA 2FDEA 4OBZA 5P4KA 2BKTA 3IA9A 5P2SA 3UDYA 2IL2A 3GGAA 3BUGA 3PI5A 5P73A 1SP5A 4F74A 4Y3NA 4FAEA 5P2UA 5KQYA 4GJ8A 5P0RA 5P3GA 2QI0A 5P7IA 3IN3A 3FSMA 1BWBA 5P05A 4EQ0A 5P1NA 3ZKQA 5HDZA 2HAHA 3O9GA 3MXEA 2WEBA 3H0BA 1AIDA 1M0BA 4Y3AA 4EHCA 1KJ7A 3U7SA 5OZBA 1FQ5A 5HTZA 5HU0A 4J1IA 2Q63A 1B6KA 2QI5A 3ZLQA 5P76A 2HPEA 1IDBA 4RVJA 2AVVA 2RENA 5HCOA 5P38A 4XX4A 1DW6C 3K1WA 5P03A 4ZEAA 3PBDA 1C6XA 2FMBA 4DJPA 5P6OA 4OD9B 3VV7A 4YOAA 4MC9A 3LIYA 1ZSFA 5P5XA 3HZCA 1C70A 2V11C 2QZXA 5P0ZA 1TZSA 3EKQA 3LIVA 1SDVA 3EL1A 4GJDA 5P1ZA 5P8CA 1UPJA 5OZ5A 5OZXA 5P6XA 2FGVA 3HVGA 3OU4B 1YM2A 5P1PA 3TNEA 5P18A 4TRZA 3LZSA 4JECA 1FB7A 5P5IA 3IXOA 1AJXA 1K6TA 3URIA 4Y5GA 2OHMA 2P8HA 5OZYA 1B11A 3GGVA 3SAAA 2UPJA 3SM2A 2NMYA 4I11A 5P5BA 2FDPA 3IVHA 1RL8A 2Q15A 3UCBA 1C6ZA 1NH0A 4OBZB 1LF4A 3LZUA 2RMPA 5P2OA 5P29A 5P86A 4LXMA 4R91A 3UQPA 2R3TA 5P8RA 1EAGA 1Q9PA 2AOGA 1FF0C 5P0QA 4Z50A 5P5TA 4BFBA 1HWRA 4MC6A 4GB2A 1YX9A 3WB5A 5DR0A 5P7XA 2IKOA 5AH8A 5P6SA 4ER2E 3S54A 5P8LA 2R5PA 4CPTA 4R93A 3WB4A 1W6HA 2B7ZA 5OZGA 3EM4A 3NU3A 4R8YA 2V0ZC 5P8UA 5JFUA 1SDTA 1FQ7A 2OHPA 4D83A 1F7AA 4DJVA 5DQCA 8HVPA 1FQXA 1NPVA 3PCWA 3BVAA 4GJ9A 3LITA 2Q55A 5P0MA 2B8LA 2G1YA 5P3UA 3VSXA 5P16A 2QP8A 5P7GA 4Y3LA 5P4UA 1M43A 3O9LA 5P27A 2O4KA 1G0VA 3HDKA 2HB2A 5P50A 2QZKA 4ER4E 2PH8A 2QZWA 2V13A 4Y38A 5P7AA 1HVHA 4A4QA 5P1LA 3S7MA 3FX5A 2VIYA 4Y4ZA 2PC0A 5DQ5A 2HIZA 2ER9E 4K4RA 2Z4OA 1G2KA 5P6MA 5P2ZA 5P5JA 2G20A 4TVHA 5P1CA 4QJ7A 1BVGA 5HDXA 5P7JA 1GNMA 1LYAA 3RU1A 3SKFA 1U8GA 2BPYA 5DR7A 5P12A 4K4PA 5P0NA 5P74A 5DR4A 3QS1A 2H6TA 5KR0A 4DQFA 4HDBA 3QRVA 1IVQA 4DQEA 2FLEA 2NXMA 4ACUA 1BBSA 1FLHA 3KT5A 1HVCA 5P4JA 1ODXA 3SLZA 2AVMA 5OZTA 5P4BA 5P8MA 2V16C 4B77A 5P1BA 3EKTA 3OHFA 1EC1A 5P54A 5KR2A 5P4VA 2G1OA 3NDTA 4B72A 4Y4DA 2QI3A 1EPQE 5OZSA 3UFNA 1MSMA 3BUFA 3KFSA 1ZPKA 4J0PA 5P0XA 1K6CA 3ZPTA 3F9QA 3VYDA 3KM4A 3OUDA 1ME6A 1LV1A 5OZZA 5C9FA 3SA8A 3EKYA 5P85A 5P5VA 4Y41A 2G1SA 3QROA 2BBBA 5UPJA 5OZ8A 5P4SA 4KE1A 2B8VA 1MUIA 5P8KA 2OAHA 4J54A 4BEKA 2PMAA 3K5GA 5DR3A 3PCZA 5P68A 3TLHA 3JVWA 5P5ZA 5P17A 1IZHA 5P56A 3BGCA 5OZ1A 1MESA 3N3IA 5P45A 4FM8A 5P5EA 3OADA 3O9LB 4Y5BA 5P1IA 4YBFA 3CKTA 3OQFA 1SIVA 2Q3KA 3IAWA 1HSGA 1UH8A 3OHHA 5HE5A 2Q64A 5P4PA 4EXHA 1ZSRA 2QMPA 1KJ4A 5ISKA 3G70A 5COOA 1FMXA 5P7OA 2G21A 2ZHTA 1NPAA 3INHA 5OZLA 4NPUA 2ER6E 2QD6A 1FKNA 4GJAA 3VCMA 3WZ8A 3DOXA 1EBZA 3CIDA 2ZJNA 5DQ4A 5P0EA 2XFIA 1LYAB 3INDA 3R2FA 5P1UA 1G6LA 4GMIA 3KDDA 5P2XA 3NWXA 4DJWA 1EPME 3S45A 4B00A 5BS4A 2I4QA 4Y47A 5AH9A 3SKGA 1META 2IGXA 1WBMA 5P42A 4DJOA 5P22A 4H3GA 4K8SA 2B60A 3B80A 1HRNA 4Z22A 2PH6A 4PEPA 4ZSMA 3AIDA 2XYEA 5P0UA 4DVFA 1EBWA 4B1EA 1ZTZA 4MC2A 2PWCA 3PBZA 1PPME 5P4XA 5P2IA 4H3FA 4K4QA 4B70A 4APEA 5ER1E 5KR8A 3OUDB 3Q6YA 5P3AA 4AA8A 2AVOA 1IZIA 5OYVA 2PQZA 4YD7A 1PPLE 5C9DA 5P0KA 3PMUA 3UDHA 5P0GA 2PSGA 5P47A 5AH7A 1K6PA 2JJJA 5OZNA 4JPCA 3CKRA 5P8TA 4I8ZA 5P60A 4Y57A 4LHHA 5P5QA 4U7VA 3IXKA 3IGBA 4Y5MA 4H3JA 4Y35A 5SXNA 1YTIA 5P4TA 1DP5A 3EKVA 5P2FA 3JW2A 1OD1A 3OADB 4Y3RA 5P64A 3T7PA 5P2VA 3U6AA 1D4HA 4Y5EA 3L5DA 2A1EA 4Y3JA 1MTBA 3K5FA 4YCKA 4OBGA 4DH6A 5P6VA 5P4DA 4ZPFA 4Y44A 1DPJA 4Q1WA 3UQXA 5P6UA 4AZYA 4Y39A 1LF2A 3PB5A 1J71A 4Y4AA 2O4NA 2QNQA 5P70A 1APUE 1QBTA 4YDGA 4E43A 5P6CA 2WF4A 1A30A 5P2JA 1ENTE 5P63A 3ZKGA 1B5FA 3UDMA 4Y36A 4CPUA 2G1RA 5P5WA 5KQZA 4FLGA 1SGUA 3GW5A 5P6RA 3B7VA 3DV1A 3PGIA 3T7XA 2AZCA 4F73A 1IZDA 4Y3MA 7HVPA 4DPIA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1FQ8 A;  4KUP A;  5P7U A;  3GI5 A;  5SZ9 A;  1D4Y A;  1SGZ A;  5P0F A;  1KJF A;  5P5F A;  1XN2 A;  5HE7 A;  5COP A;  2AOH A;  2JYS A;  2QI4 A;  1EC0 A;  4RRN A;  5ISJ A;  2AZB A;  3QIH A;  4N00 A;  2BPV A;  4Y3E A;  5AHA A;  3Q3T A;  2OHQ A;  1YTJ A;  3FNS A;  1LYB B;  5P2N A;  4Y3G A;  3BXS A;  1EC3 A;  4FM7 A;  2BJU A;  5P7T A;  1FIV A;  1YM4 A;  2IGY A;  3G6Z A;  1UH7 A;  4Y58 A;  3S43 A;  1HPO A;  2HPF A;  1B6L A;  4JP9 A;  2UY0 A;  4YCY A;  4FIV A;  4F75 A;  5AHC A;  4EJD A;  2FS4 A;  5P1A A;  5P1F A;  4YBI A;  4LXK A;  5P59 A;  3OUA A;  4IVS A;  1F34 A;  3VF7 A;  4I12 A;  1HTF A;  3VV6 A;  2IDW A;  5P0I A;  5OZE A;  3NXN A;  4YE3 A;  3ZOV A;  2FDD A;  1GVW A;  2OHT A;  5P44 A;  1BV9 A;  4X2L A;  3R4B A;  5P5G A;  5P4G A;  1SME A;  4AMT A;  4J1E A;  5C9B A;  3LPI A;  4DFG A;  2VJ7 A;  5P5N A;  3OU1 A;  1MPP A;  4DJX A;  1QRP E;  3OTY A;  1W6I A;  3FV3 A;  3UDP A;  4PZX A;  1ZP8 A;  3LNK A;  3OGQ A;  5P7E A;  3SA7 A;  5P6I A;  2BQV A;  2AOD A;  5OZU A;  4JPE A;  2RKF A;  5AGZ A;  4GJ7 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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