4ACXA

Aminoimidazoles as bace-1 inhibitors. x-ray crystal structure of beta secretase complexed with compound 23
Total Genus 98
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
98
sequence length
386
structure length
370
Chain Sequence
FVEMVDNLRGKSGQGYYVEMTVGSPPQTLNILVDTGSSNFAVGAAPHPFLHRYYQRQLSSTYRDLRKGVYVPYTQGKWEGELGTDLVSIPHGPNVTVRANIAAITESDKFFINGSNWEGILGLAYAEIARPDDSLEPFFDSLVKQTHVPNLFSLQLCGGGSMIIGGIDHSLYTGSLWYTPIRREWYYEVIIVRVEINGQDLKMDCKEYNYDKSIVDSGTTNLRLPKKVFEAAVKSIKAASSTEKFPDGFWLGEQLVCWQAGTTPWNIFPVISLYLMGEVTNQSFRITILPQQYLRPVEDVATSQDDCYKFAISQSSTGTVMGAVIMEGFYVVFDRARKRIGFAVSACHVHDEFRTAAVEGPFVTLEDCGY
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Aminoimidazoles as BACE-1 inhibitors: the challenge to achieve in vivo brain efficacy.
pubmed doi rcsb
molecule keywords BETA-SECRETASE 1
molecule tags Hydrolase
source organism Homo sapiens
total genus 98
structure length 370
sequence length 386
ec nomenclature ec 3.4.23.46: Memapsin 2.
pdb deposition date 2011-12-20

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 4acxA01
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 4acxA02
1UH9A 3KFPA 5EZZA 5P2EA 4QJ8A 3LPKA 3S53A 3KN0A 5P4XA 3OXVA 4NJSA 5P0NA 5P1RA 5P8DA 1VIJA 5P7BA 3O9BA 1LYWB 3SA6A 2G1OA 2OHRA 4FRSA 4RRSA 3VFAA 4EQJA 5DR7A 2G94A 2VS2A 3UDKA 1BWAA 5HE5A 5P54A 4Y3RA 5IVTA 2VA6A 3UQPA 2R3TA 1FEJC 3HBOA 3UDHA 5P2TA 3QI1A 4MC9A 3HDKA 2JXRA 4Y3YA 4XKXA 3EL9A 4DI2A 4GJAA 5P5RA 5COPA 5P1DA 1BWBA 1TCWA 4Y3FA 5P7JA 3ZMGA 3OXCA 2IS0A 2CEJA 1QBTA 2BBBA 4FLGA 5P79A 3OQFA 1MTRA 3CIBA 1HBVA 5P0BA 4GJ9A 4CMSA 2FNSA 1Z1HA 1CZIE 1D4IA 4PPHA 5OZOA 3IN4A 5P5ZA 2FXDA 2AIDA 4A6BA 3OQKA 3LNKA 4IVSA 2WEZA 2Q55A 5P2UA 3S7LA 4X7IA 4XX4A 3WZ7A 5P2ZA 3OOZA 1XL2A 5P5OA 4B05A 5P4TA 1HEGE 4R5NA 5P7QA 5P0RA 1T7IA 5P42A 1BV9A 1META 1NH0A 4A6CA 1XE5A 4YCYA 5AH9A 1TSQA 3VG1A 1RV7A 1LF2A 2HB4A 3FNSA 3Q6YA 3EKVA 1YTIA 5P7VA 1AZ5A 5P0LA 4H3JA 5P1KA 1W5VA 4Z50A 2PYNA 2QP8A 5P45A 2VIYA 4OC6B 4PZWA 2I4VA 2NR6A 4NJTA 1W5XA 3KYRA 3K5CA 4Y3WA 4J1FA 2VIZA 5P7XA 3FNUA 1EBYA 1LYBB 1CMSA 3SA8A 2F80A 5P00A 3VFBA 5P4QA 3S43A 1PROA 5P84A 3QVCA 2O4LA 2IL2A 5B18A 3DV5A 5OZBA 4LAPA 5P6LA 4MC1A 2BPWA 3G70A 3EKTA 4DPFA 5P1SA 3EC0A 3L5DA 5P8QA 1FQ4A 1ZSFA 2V10C 1D4LA 3FKTA 5P71A 3ZLQA 4LBTA 2WHHA 1SDVA 3S45A 5P8OA 3LZYA 5P5JA 5OZYA 4DJOA 5P4SA 4GYEA 2XFKA 3RSVA 1DW6C 4F76A 3C9XA 3T7XA 3PSGA 3KMYA 2WF1A 1SGUA 4GJ7A 3SO9A 1A30A 1FMBA 2WKZA 2VA7A 1HIHA 2BPZA 1QBSA 5P4KA 5P4WA 2HPEA 4Y38A 1B5FB 1BBSA 2O4PA 3O9LB 5P85A 2B60A 2BPYA 2PWRA 5P10A 5HVPA 5P2GA 2BPXA 1FF0C 5P1YA 3SKGA 2QNPA 4Y3JA 2P3DA 3HVGA 2O40A 3VUCA 4Y3XA 3L3AA 1BDLA 3TKWA 2VNMA 4DJWA 4J1IA 3UDQA 3OTSA 5P8NA 5P3BA 2R43A 3M9FA 2NNKA 2QHZA 4WY1A 1MT9A 3NUOA 3RTNA 1HVKA 3GGXA 3LZUA 5P20A 3PEPA 3GGUA 5P2BA 1EC3A 2ZHRA 1FIVA 3RTHA 4QJAA 1EC0A 3TKGA 3CIDA 3LPJA 4I8ZA 1Z8CA 4B1DA 4X2LA 5P88A 4KE0A 1Z1RA 4RVJA 5OYRA 3BXSA 4YD7A 5P27A 4COEA 2PSUA 5P5VA 4RVIA 2QZWA 2P8HA 5P5HA 1OEWA 4AUCA 5P1LA 4KB9A 3D1ZA 1LF3A 1AXAA 1EPLE 2AVVA 1XN3A 5P86A 5HCTA 2G1SA 5UPJA 5HU1A 2FIVA 5P5EA 5P59A 2JJIA 5P48A 5P08A 2IKOA 4NJVA 3TTPA 2OHPA 5I3VA 1D4SA 3KM4A 2WF4A 4YDFA 4D8CA 3VLBA 4DH6A 2QMFA 5P23A 2QI6A 4DQEA 4JPCA 4TRYA 4PEPA 2ZGAA 1XL5A 5OZ1A 3BUFA 3TOFA 5P43A 2PK6A 5DGWA 3ZKNA 4U8WA 5HCOA 5P63A 4Q1WA 3WZ6A 5P3LA 2P3CA 5P69A 5OZHA 2RMPA 4F74A 2ZHVA 3OXWA 4I0FA 2APRA 4H3FA 4ZPFA 3JVYA 5P3PA 3IXJA 1KJ4A 1ENTE 1MPPA 3D3TA 3RVIA 1F7AA 2BKSA 3PWWA 1FQ6A 3K5FA 5P4OA 4DVFA 4QJ6A 5P2IA 1EPPE 5OZ6A 3LIZA 4OBZA 4I0DA 5P3HA 5P3SA 3CMSA 5P33A 5P2VA 1YG9A 3LZSA 4JP9A 2FXEA 5P2XA 4Y5KA 1GVXA 3DCRA 2F3EA 4Y3SA 3S2OA 5F01A 3Q5HA 1FQ8A 1SH9A 1UH8A 3VYEA 4I8WA 1BV7A 2JJJA 5OZ0A 2B8VA 1YTJA 5OZKA 5P05A 3GGAA 1PSNA 5OZ3A 4Y54A 4ZEAA 5EZXA 2UY0A 4QGIA 3ER5E 2HAHA 5P6JA 3OUDB 3S8IA 4L6BA 1HVCA 1LV1A 3APRE 5P0YA 5P65A 1KJHA 4YOBA 4B72A 5P6NA 1A94A 4JPEA 5OZ9A 5ENMA 4M8YA 5P2QA 1FGCC 4RCEA 2IRZA 1K6CA 2RENA 2Q5KA 4NPTA 4GJ6A 4EJDA 2QNNA 4EP3A 5P0ZA 1SDTA 3L5EA 1YT9A 4Y50A 3KT5A 3L5CA 5P1JA 1EPOE 3L5FA 3LINA 4Y48A 4YD5A 5P3YA 2R3WA 5P39A 3TLHA 4ZSPA 1HPVA 1N49A 3PCZA 5BRYA 3OADA 5P7ZA 3SABA 1RL8A 3R1GB 4APEA 5OYTA 5P07A 1BAIA 4HDBA 3UPJA 2AVSA 5P56A 5OZMA 3SA4A 3TNEA 2AOHA 1LYAB 3DM6A 3RSXA 4MC2A 5P1XA 4J0TA 4CPQA 3NDTA 5P7AA 4FIVA 3LIQA 5P6WA 1EPME 4DPIA 3FNTA 3LZVA 3EL5A 4CPSA 5P47A 2G26A 4RZ1A 5P3EA 3T11A 5AGZA 3R4BA 5P1IA 3NR6A 4L1AB 4CPWA 3KDBA 1PPKE 1T6EX 1G35A 2WJOA 1HHPA 5P52A 3S85A 3LIYA 2WEDA 2G1NA 2FLEA 5OZQA 3NXNA 5P0QA 5P2WA 1AJXA 4OBGA 3HLOA 4H1EA 4RGHA 4Y3NA 4RYGA 1APUE 1HPXA 4D89A 5BS4A 4Y5PA 5P7NA 4S1GA 5P4GA 2V11C 1B6LA 3DUYA 5P3FA 4L7GA 4BFDA 2I4WA 2FNTA 1ZPKA 5OYUA 5P2DA 5I70A 1HVRA 2P3BB 4PZXA 4L7JA 3K5GA 3UHLA 2IKUA 4B77A 2BPVA 3INEA 2AQUA 5KQFA 1LYWA 8HVPA 3R2FA 5P78A 1B6PA 5P30A 1GVUA 3UDNA 3UDRA 3OTYA 5P37A 5OYQA 3UQUA 3VV6A 3OHHA 5COOA 3UDPA 1EAGA 3VV8A 4Y36A 3VYDA 5DR3A 3K4VA 4J55A 1Q9PA 3Q3TA 1XE6A 5HTZA 2ZHTA 4Y39A 5DQ2A 5AHBA 3NYGA 2AVQA 3H0BA 5HDZA 5OZPA 3OY4A 1HIVA 2FDEA 1NSOA 4OD9B 1HVIA 2XFJA 1T7JA 2ZHUA 3NU9A 2RKFA 4DJRA 3VYFA 2V0ZC 2QI3A 5COKA 5P0AA 5P5UA 3SA9A 3EM3A 1K2BA 4I0JA 3I6OA 3CKTA 3IAWA 1HWRA 3WB4A 2NPHA 1BXQA 1EBZA 1A9MA 3I25A 5KQZA 3OU4B 5P6IA 5P70A 2WL0A 4LXMA 2PSGA 4FAEA 2AVOA 3U7SA 5OZDA 5IVRA 3VEUA 2XYEA 3KA2A 2J9JB 1MUIA 1FB7A 5P3UA 2NMYA 1TCXA 4Y37A 4DJVA 2ANLA 5KQXA 3LIXA 1SGZA 5P8HA 4HZTA 3K4VC 3PLLA 2NNPA 5P38A 5C9DA 5P8UA 5P4AA 3PMYA 4YCTA 1LS5A 4OC6A 1MIQA 2QHCA 5P1OA 3O9EA 2QU3A 4NJUA 2J9KA 4RROA 5SY2A 4I0HA 2O4NA 3BRAA 2OHNA 2PK5A 4Y4JA 4WY6A 4RRNA 5P72A 5P68A 4Y6MA 4DFGA 1IVPA 2VJ9A 4HA5A 1DMPA 1D4JA 1LYBA 1FQ5A 4Y3GA 6FIVA 5P1QA 3CYXA 5P89A 2QI7A 5P3ZA 5P0XA 5P6AA 4QJ7A 4Y4GA 1JLDA 3MWSA 4TRZA 5ER1E 1OD1A 2F3KA 5P22A 1G2KA 1HPSA 4APRE 1APVE 3SM1A 1EC2A 5OYWA 4GJDA 4GZFA 1HVHA 2QMDA 7UPJA 4TRWA 4ZLSA 5P02A 3UF3A 3OQAA 1NPVA 3DJKA 4E43A 5P4YA 1FG6C 5P7OA 4Y4WA 1XN2A 1LF4A 3ZKMA 1B6MA 2ZJLA 5P2LA 5P4VA 4QJ2A 4QJ9A 3SA3A 2RSPA 4Y45A 5P5CA 5P0KA 3SQFA 3OUBA 1B5FA 5P03A 5P0FA 4Y4BA 3O9LA 1GVWA 1NPWA 2QMGA 3SAAA 2QZKA 2AOEA 3OUAA 1EPQE 2IEOA 4Q1NA 1RPIA 4Y5MA 5KAOA 1W5YA 1HEFE 5P5PA 1K6PA 2G69A 5KR1A 3JVWA 3PMUA 1RQ9A 5P18A 1ER8E 2Q11A 5P1EA 5P2FA 1EC1A 5P5MA 1GKTA 5OZ5A 5DR0A 3NUJA 5E5JA 5P6PA 2Q3KA 3NDUA 3OK9A 1ODXA 3ZPUA 3OAGB 3FIVA 3UFLA 5P7GA 4Y9WA 4HE9A 2P4JA 3PB5A 4K4PA 6APRE 3I2LA 5FIVA 5I3WA 5P04A 1BILA 5P8TA 3D91A 1KZKA 4DJYA 3PI5A 5KR0A 1RNEA 1CPIA 3G72A 2G21A 4NPUA 4Y51A 2PH8A 5P1TA 2BB9A 3L59A 4EHCA 3NDXA 5P7UA 3OQ7A 5OZWA 1KJFA 4PYVA 5P3VA 5AHAA 5P6YA 1SMEA 3LHGA 3Q70A 4DJUA 2UXZA 3QRMA 2HB3A 2R38A 1J71A 5P1MA 3PSUA 2Q15A 1HTRB 4M8XA 1QBRA 5P1GA 3CICA 1ODYA 4FM6A 2QD6A 3MSJA 3NDWA 3F9QA 3R0WA 2VJ6A 2R9BA 3QRVA 5P49A 2RKGA 5JG1A 3APPA 4ER2E 5P36A 2V16C 2NTRA 5P2OA 4F73A 3B80A 1FG8C 2QI0A 3L5BA 5P1HA 5P3OA 1IZHA 2QI4A 5P3DA 1G6LA 4Y4UA 2BQVA 3BVAA 5DQ4A 4FRIA 3UDMA 5P6UA 3D20A 1HOSA 4D88A 4CPRA 5HU0A 4KUPA 5TOLA 5P5YA 2BKTA 2IENA 3GI5A 5OYVA 3ZKSA 5P5KA 3A2OA 2PMAA 3KT2A 5OZ4A 1XS7D 5DPZA 4F75A 3KMXA 4YOAA 5P6XA 3QN8A 1APWE 5P0UA 1B6KA 2QZLA 1YX9A 5P4DA 3UTLA 2R5PA 5P64A 1MVPA 5P4HA 5P4EA 4FSLA 5P8PA 1ZLFA 2I0DA 4Y3DA 5P57A 2ZJNA 2B7ZA 5P6RA 6UPJA 3IXOA 4KE1A 3PI0A 5P1UA 3EL4A 5P8VA 4GJ5A 5P66A 5P5SA 3VSWA 3U71A 4Y53A 1HXWA 5P0JA 3KFSA 2JYSA 5P1VA 5P2MA 2ZJJA 1M43A 3PBDA 5SXNA 2IGYA 5P4ZA 4ZE6A 5HE7A 1BDRA 1HSIA 2IDWA 3D1XA 1AJVA 2ASIA 3OUDA 2VNNA 5P34A 2OHMA 1MRWA 4LL3A 5AH8A 3VCMA 5P2KA 5P6ZA 4FCOA 4OBHA 3WZ8A 3BC4A 1U8GA 5P4UA 4Y3EA 1HXBA 5P0MA 5P60A 2VKMA 1FKNA 1GVVA 4DJXA 2ZJIA 4WTUA 2HM1A 5P80A 3TPPA 3O9DA 1G0VA 2OHUA 5P6KA 5P62A 5P0HA 4Y3AA 1AVFA 4EJ8A 1T6GA 3NU6A 5HDXA 4J0ZA 4J5JA 4DQGA 5P7MA 1MRXA 5OZNA 1IZEA 5P6SA 2B7FA 3QROA 3O9GA 5P17A 1K2CA 5P6EA 3IA9A 3L58A 2CENA 3OQDA 5ISKA 1HRNA 4Y58A 3QVIA 3EKXA 2ZE1A 3NU5A 4Y4DA 5OZJA 5P6OA 3SLZA 3PM4A 2QCIA 2A1EA 1HTEA 1LYAA 3GI4A 4Y47A 1E82E 5JFUA 5P40A 5SZ9A 5P7WA 5OZFA 3TPLA 5P1ZA 5P6GA 3FX5A 5IS4A 1TZSA 5F00A 3OXXA 1D4YA 4CPUA 5P3GA 1LZQA 4Y56A 5P51A 5P8IA 5P32A 3PVKA 3IXKA 3VV7A 1FMXA 3INDA 3MSKA 4L1AA 4YD6A 1BDQA 3NSHA 3T7PA 4JECA 4R91A 5HE4A 4FM7A 5P50A 4Y57A 5P77A 2AZCA 5DR1A 3VLAA 3ZKXA 2O4SA 2QD7A 1LEEA 1PPLE 2A4FA 5DQ1A 2XYFA 1WBMA 3GI0A 3EBZA 4R95A 5HDVA 5P2JA 1T3RA 2QHYA 7HVPA 3HVPA 2P3BA 3HW1A 4HEGA 1MERA 3EM4A 2Q54A 3SPKA 1DIFA 4B78A 4PHVA 4RCFA 1MT7A 2QNQA 2WF2A 4U7QA 2G20A 2PQZA 1WBKA 5P0EA 3LITA 3QPJA 2OHTA 2NXMA 4Y35A 4RCDA 1IVQA 5DGUA 5P83A 1K1TA 5P55A 3OGPA 4R8YA 3UQXA 5OZUA 5P6DA 5DR4A 1TQFA 1BIMA 3ZKQA 2AOFA 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chains in the Genus database with same CATH topology
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1UH9 A;  3KFP A;  5EZZ A;  5P2E A;  4QJ8 A;  3LPK A;  3S53 A;  3KN0 A;  5P4X A;  3OXV A;  4NJS A;  5P0N A;  5P1R A;  5P8D A;  1VIJ A;  5P7B A;  3O9B A;  1LYW B;  3SA6 A;  2G1O A;  2OHR A;  4FRS A;  4RRS A;  3VFA A;  4EQJ A;  5DR7 A;  2G94 A;  2VS2 A;  3UDK A;  1BWA A;  5HE5 A;  5P54 A;  4Y3R A;  5IVT A;  2VA6 A;  3UQP A;  2R3T A;  1FEJ C;  3HBO A;  3UDH A;  5P2T A;  3QI1 A;  4MC9 A;  3HDK A;  2JXR A;  4Y3Y A;  4XKX A;  3EL9 A;  4DI2 A;  4GJA A;  5P5R A;  5COP A;  5P1D A;  1BWB A;  1TCW A;  4Y3F A;  5P7J A;  3ZMG A;  3OXC A;  2IS0 A;  2CEJ A;  1QBT A;  2BBB A;  4FLG A;  5P79 A;  3OQF A;  1MTR A;  3CIB A;  1HBV A;  5P0B A;  4GJ9 A;  4CMS A;  2FNS A;  1Z1H A;  1CZI E;  1D4I A;  4PPH A;  5OZO A;  3IN4 A;  5P5Z A;  2FXD A;  2AID A;  4A6B A;  3OQK A;  3LNK A;  4IVS A;  2WEZ A;  2Q55 A;  5P2U A;  3S7L A;  4X7I A;  4XX4 A;  3WZ7 A;  5P2Z A;  3OOZ A;  1XL2 A;  5P5O A;  4B05 A;  5P4T A;  1HEG E;  4R5N A;  5P7Q A;  5P0R A;  1T7I A;  5P42 A;  1BV9 A;  1MET A;  1NH0 A;  4A6C A;  1XE5 A;  4YCY A;  5AH9 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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