4APEA

The active site of aspartic proteinases
Total Genus 68
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
68
sequence length
330
structure length
330
Chain Sequence
STGSATTTPIDSLDDAYITPVQIGTPAQTLNLDFDTGSSDLWVFSSETTASEVDGQTIYTPSKSTTAKLLSGATWSISYGDGSSSSGDVYTDTVSVGGLTVTGQAVESAKKVSSSFTEDSTIDGLLGLAFSTLNTVSPTQQKTFFDNAKASLDSPVFTADLGYHAPGTYNFGFIDTTAYTGSITYTAVSTKQGFWEWTSTGYAVGSGTFKSTSIDGIADTGTTLLYLPATVVSAYWAQVSGAKSSSSVGGYVFPCSATLPSFTFGVGSARIVIPGDYIDFGPISTGSSSCFGGIQSSAGIGINIFGDVALKAAFVVFNGATTPTLGFASK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title The Active Site of Aspartic Proteinases
pubmed doi rcsb
molecule keywords ENDOTHIAPEPSIN
molecule tags Hydrolase (acid proteinase)
source organism Cryphonectria parasitica
total genus 68
structure length 330
sequence length 330
ec nomenclature ec 3.4.23.22: Endothiapepsin.
pdb deposition date 1986-06-09

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 4apeA02
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 4apeA01
4F75A 5JFPA 5P77A 3RTMA 3PBDA 3TOFA 4D83A 2J9JB 5P3AA 4DJQA 3S43B 3IGBA 4K4QA 3VSXA 3IVHA 2R5QA 5P4AA 3SAAA 3UQRA 2I4UA 2PWRA 3EMYA 5P4BA 2UPJA 5P0JA 4K4PA 1D4LA 5P82A 4Y5AA 2R43A 4OD9A 3BUGA 5P0QA 5P8HA 4M8YA 4QJAA 4YDFA 4DPFA 4YD3A 5CONA 5P4GA 5P1GA 5P0AA 1B6LA 3NR6A 1YT9A 1D4JA 2FNTA 1EC2A 1EPLE 3SA5A 1APWE 5P2FA 4J17A 2O4SA 5P5YA 1EPPE 4XKXA 5C9DA 3S54A 1GVWA 3QPJA 5P0KA 5P6KA 2AOIA 4NJTA 1PPLE 1NSOA 5P6BA 5OZSA 1ZTZA 4AA9A 4A4QA 3TNEA 4CP7A 5DQ2A 3EL1A 2JYSA 2Q15A 5P4YA 5P8CA 4B05A 2IRZA 1XN2A 5P65A 2PSVA 5P6MA 3BVAA 5P1WA 2WF4A 4APRE 3H5BA 5P4XA 4Q1YA 5P51A 4DVFA 5P84A 2G1RA 5P3JA 5OZWA 2IEOA 2NPHA 3VLBA 5SY2A 1HVIA 5HCOA 5P3BA 1EBWA 5P0XA 3I8WA 3TKGA 2Q64A 1HWRA 1UPJA 5APRE 3KN0A 2G1NA 1QBTA 1CPIA 5P0HA 5ENMA 3UDYA 4Y3GA 2WEZA 4TRYA 3KMXA 5P1HA 2FLEA 4RCFA 5P8RA 4QJ6A 5P6RA 1PSNA 1U8GA 3NXNA 4Q1NA 4I0HA 2QHCA 3Q6YA 2BPZA 4J1EA 3CYWA 4A6BA 4JP9A 3OQDA 5P6LA 4GJ5A 1N49A 1SGZA 2NTRA 1SP5A 3PRSA 2V00A 2QU3A 5OZNA 5P6IA 5P5CA 1DP5A 1MEUA 4RVJA 2ZHRA 1XL2A 3UDKA 3IN4A 5P45A 3EM4A 2Q54A 4Y51A 3VFBA 1B6PA 1HSIA 5AHAA 4QLHA 3KFPA 4DJXA 3QROA 2WEBA 4PYVA 4PZXA 4BEKA 4Y4XA 1EC1A 1WBMA 2VIEA 1GNOA 1YM2A 2XFKA 4UPJA 4OBDA 4Q1XA 4I0EA 5P4UA 4X2LA 5OYXA 1FQXA 5P5NA 4Y4JA 1FIVA 2IS0A 5P1BA 5OZ0A 5IVRA 1FKNA 3L5EA 3TTPA 4GJ6A 5P1ZA 7HVPA 4CPRA 1ZLFA 5P0RA 2BKSA 1FEJC 5P44A 5P37A 5F00A 3UDJA 5P7LA 5P8FA 1TSUA 2V11C 4HDFA 4EP2A 3GI6A 2HB4A 1HBVA 2Z4OA 5P6XA 1W5VA 4QJ8A 2ZHVA 3QBFA 2HS2A 2O4LA 1HHPA 1ODXA 3MWSA 4WTUA 5P1AA 3OQAA 3Q3TA 1YG9A 5P2BA 2AZCA 2HAHA 5OZLA 4FCOA 4GJBA 5P5FA 5P3CA 5P4VA 1TZSA 1RNEA 2O4PA 3OY4A 5P7XA 1PPKE 3QP0A 5P2AA 5P5EA 5P7OA 1SGUA 2AOFA 3OU3A 4MC9A 3VYFA 2R8NA 3RSXA 1OD1A 5P4CA 1E82E 2ANLA 3Q5HA 4NPTA 3CIDA 2VJ6A 1FQ5A 4RYCA 2F8GA 4ZSMA 2A1EA 3D1YA 4J0TA 1FMBA 4EHCA 3BXSA 5EZXA 2G69A 3TPJA 5P6CA 5P6VA 1HPXA 5OZIA 4NPUA 5P5AA 1Z8CA 4ZPEA 2VJ9A 3ST5A 3OQFA 4OBZA 1B6KA 4L1AA 5P6QA 3VF7A 2AVSA 2QI6A 3LZSA 1AM5A 2Q11A 2V16C 4J1CA 1JLDA 1FF0C 4FLGA 2JJJA 5P2IA 2R9BA 2BPYA 2VNNA 5P0CA 3K4VC 3VV8A 5OZMA 5HE5A 5P7TA 3SFCA 5P8EA 4YE3A 5P38A 1EC3A 5P8UA 4ACUA 2OHLA 3IXJA 5P1FA 3QRMA 5EZZA 2UXZA 3OK9A 3LPKA 4H3JA 4RGHA 2ASIA 5P1CA 3KFNA 4R92A 1SMEA 3DJKA 5CLMA 5DR8A 2I1AA 2CEMA 5P70A 5DR7A 3IXOA 2ZJIA 1EBKC 3PMYA 4ER1E 5P28A 5I3WA 4JECA 4QJ7A 1D4KA 3DM6A 5OZTA 1AVFA 3NDXA 1BAIA 2OHTA 4FL8A 5P4WA 1B6JA 3ZLQA 2J9KA 5P4HA 4K4RA 5P5SA 1TCXA 4QGIA 2IGYA 3L5DA 4Y4AA 1MRWA 1FMUA 2FDDA 1C6XA 3OQKA 4B70A 5P54A 3OOTA 5P5HA 4RRSA 5P3YA 4DJYA 2WL0A 3D1ZA 5P3IA 5P74A 2FNSA 1GKTA 5DQ1A 4Y56A 3AIDA 1BBSA 3L59A 5P6WA 5P5LA 1HTFA 5P1EA 2QNQA 3QN8A 3UHLA 5P7KA 3MXDA 3TPPA 5P3QA 1AIDA 2JE4A 5P7BA 3EL9A 5P30A 5P15A 1D4IA 2ZE1A 5P6DA 1GNMA 3SQFA 1DIFA 5P08A 2OHNA 5P5OA 3SKGA 4I12A 4YOAA 4Y58A 1HTGA 1SIPA 2IGXA 4L7GA 5P22A 5P8SA 5P5GA 2G26A 4KB9A 3O9EA 2V10C 1FQ7A 1A8GA 4Y3HA 5SXNA 5DR1A 3PI5A 5P1DA 2QHZA 2ZYEA 2WECA 4I10A 4PEPA 3NU9A 5OYSA 3SO9A 1AAQA 5OZ6A 5P7IA 1QBRA 1GVXA 3OAGB 5P55A 1TSQA 5OZ7A 1LEEA 1M4HA 3PM4A 4Y4UA 3HDKA 3S7LA 4I0FA 5OZ3A 1A8KA 4CPSA 2P3BA 3IN3A 3SA8A 4QJ2A 3LIZA 5HD0A 1QS8A 4WY1A 5P50A 2AOGA 3LZVA 5P10A 6FIVA 5P2WA 2XYEA 5FIVA 2VIZA 1RL8A 4H3IA 2G24A 3UF3A 3SM1A 5P8IA 1QRPE 4HDBA 1HEGE 4RLDA 3L5BA 1SH9A 1B5FB 2VS2A 5P75A 5I3VA 5OZAA 1MT7A 1HSGA 2VIJA 4J1KA 3FX5A 4E43A 5P26A 5P36A 3UQXA 3LIYA 5IE1A 5P1NA 4B0QA 1W6IA 2QNPA 1FQ6A 3SLZA 3S8IA 5P7PA 5P34A 3O9LA 4F73A 2QD7A 1MUIA 4ZE6A 1K1TA 4I8ZA 5P53A 3T3CA 5OYRA 5KQZA 5P2VA 5P68A 4Y3NA 4Y3MA 2FXDA 3EL5A 5P78A 4Y53A 5P2CA 4YD5A 3NWXA 5P29A 3LIVA 5P00A 2AZBA 5P8BA 3UDMA 4KE1A 4DJOA 4DJUA 2FGUA 2AQUA 4LL3A 4R95A 1G6LA 4XXSA 4FRIA 3T6IA 3URIA 1LYAB 2I4QA 3SA6A 5P7EA 3MSKA 1HIHA 3OOZA 2XFJA 4XX4A 2WF3A 4Y50A 5B18A 4F74A 1CMSA 3NUJA 5P8DA 3SA4A 2ER7E 1OEXA 1MERA 5P48A 3JVYA 4DQBA 4J0VA 2ZJJA 2QAKA 2ZGAA 4EPJA 1D4SA 5P3SA 5P4EA 3UDRA 3Q4BA 5P4OA 5KR1A 1K2CA 1YTHA 1UH9A 3EM3A 5E5JA 5OYYA 3N4LA 4RYGA 1FQ4A 2OHKA 1META 5P6OA 1WKRA 5P42A 4AMTA 4I0ZA 1W5WA 4D8CA 5HE4A 2QI5A 4OBKA 3KT2A 5P2DA 5P25A 1ER8E 1XE5A 3TOHA 5P11A 4Z4XA 5OZOA 3BGBA 4EJDA 4GJ9A 5P59A 1LV1A 3OXCA 5P01A 6APRE 5P4SA 1FGCC 1DMPA 1GVVA 1LYWB 4ZPGA 1ODYA 4DUSA 5AH8A 4TVGA 3QVIA 4LBTA 2G1YA 4AZYA 4J1FA 2OF0A 4YCTA 3PSGA 3OADA 2VA6A 5AH9A 3DOXA 3BUFA 4ER2E 1SIVA 5P3RA 3KFSA 5P39A 4B1EA 5P2RA 2G20A 5P4IA 3URJA 1MSNA 5P1UA 5P2MA 1KJHA 3SA3A 4Y4WA 4EJKA 1M43A 1HEFE 2QD6A 2NXMA 3PSUA 3VLAA 4BELA 4OC6A 3OQ7A 1BIMA 5P43A 5P4RA 1HVHA 3KA2A 5OZUA 4DQEA 1GVTA 4ZPFA 3SABA 3RSVA 5DQ5A 1FMXA 4U7VA 4MC2A 5P2EA 3VFAA 4EYRA 3INDA 1IIQA 1ZPAA 5P20A 5P3WA 2V0ZC 5P71A 2G94A 3ER5E 1J71A 3ZKNA 4DQHA 5P0MA 5P0EA 5KR2A 3NWQA 2RSPA 5P4PA 2ER0E 1HVKA 4I0JA 3U6AA 2AOCA 3ZPTA 4LAPA 4Y41A 2PYNA 2QK5A 5P87A 2J9JA 3T7QA 3OU4B 2QI0A 4OBFA 3S43A 3NU4A 5P3MA 2BPVA 2APRA 2NXLA 5P0PA 3A2OA 5P3TA 1EPRE 3O9AA 1XDHA 5P0FA 5P8KA 4FE6A 1IDAA 5P3NA 2QI3A 1ZSRA 4EJ8A 2BB9A 3TLHA 4CPTA 1C6ZA 1HOSA 1YM4A 4EP3A 3FNUA 3SACA 5P5IA 1HVCA 1TQFA 4Y37A 1SDUA 1XE6A 1EPNE 2UY0A 2QZWA 4J1HA 5T4SA 3JW2A 3NYGA 3RTHA 5P64A 3RVIA 4ZSRA 2A4FA 4OBHA 3HBOA 1TCWA 4GJDA 4Y4BA 4YA8A 4J0PA 1BDRA 4HZTA 1FLHA 5C9FA 4CPXA 3GGAA 5P4JA 1GNNA 2ZHTA 4YD6A 2FIVA 5P1RA 1B6MA 1IVPA 5P3UA 4FSLA 5P3VA 4FS4A 5OZYA 4J54A 1BXOA 4ZSQA 4Y3QA 5OZBA 5P67A 3OWNA 3PEPA 2AIDA 3ZKIA 4Y3XA 5P5PA 3OTYA 2IL2A 5P02A 5P60A 4ACXA 5P8OA 2ZHUA 4N00A 5P1YA 4Y3ZA 1HTRB 5P0TA 5P24A 5P5ZA 2HPFA 1M0BA 5P5WA 4FGXA 5P6ZA 2B7FA 1UH7A 4Y5GA 4RZ1A 2NNKA 3ZMGA 1ENTE 2B8LA 2AVOA 3UPJA 5P5QA 5P4FA 2FDPA 2RMPA 4YCYA 4U8WA 1ZPKA 2I0DA 5P58A 1YX9A 2RENA 5OYVA 1BVEA 2R5PA 1G2KA 2R3TA 2AZ9A 3PCWA 3OU1B 2OHUA 2OHSA 4J1IA 2ZHSA 3TKWA 5DQCA 5P5UA 3I6OA 3AUPA 3O9FA 5P79A 5P46A 1K6TA 1EAGA 2ER9E 3KYRA 5P0LA 1APUE 4DI2A 3ZPUA 5P6TA 2Z54A 2Q63A 4AUCA 3PI0A 1A9MA 5OZDA 2P83A 5P49A 5P7QA 5OZJA 5P2OA 5OZKA 2QZKA 1LF3A 2FXEA 3O9DA 1MSMA 3IA9A 4Z2ZA 4JPCA 1MT9A 3BVBA 5P5JA 5OZ8A 1LYBA 3K1WA 5P2HA 3JVWA 5P7ZA 5P0ZA 3VF5A 5P2ZA 4CPWA 3PSYA 5P1LA 3LINA 5KQFA 5P8TA 1PFZA 5P6HA 5P4LA 3EC0A 5P7GA 5BS4A 1KJ4A 2QMGA 4I1CA 5P3XA 3VSWA 4B77A 2WKZA 2O4NA 3PHVA 5OZ5A 1FB7A 5DGUA 2QU2A 3PJ6A 5P8LA 4HA5A 4EQJA 3PWWA 1Z1HA 2I4VA 4Y47A 3S56A 2H6SA 4CPQA 4DH6A 2QI4A 4OBJA 1MRXA 3O9IA 2AOHA 1T7IA 5P83A 5P1QA 2Q55A 4HLAA 2B7ZA 2F3KA 5BWYA 4FSEA 4GJ7A 4Y5PA 4Y3AA 4YBIA 5KAOA 5P3EA 3OUCA 3PBZA 4Y3SA 5P03A 3B80A 3URLA 2SAMA 5P5VA 3UCBA 1B11A 4Y5KA 3ZKGA 5PEPA 1BV7A 2P3BB 3UFNA 4D85A 5AHCA 1HPOA 5P6GA 1MPPA 4KUPA 3ZL7A 5P33A 5OZFA 2G1OA 2PK5A 3ZKQA 3QRSA 2NNPA 1KZKA 2ZJKA 3L58A 5E5KA 2XYFA 5P0DA 5OZHA 4H3FA 5P4DA 3R0YA 4GIDA 3TPRA 3NSHA 5P1JA 5P7JA 5P8NA 3OTSA 1EPOE 5P2NA 4LP9A 5P8JA 5P27A 4Y3JA 3OXVA 5P63A 4DQFA 3HVPA 1YTJA 5P3PA 4XX3A 4EJLA 5P1SA 5ISKA 5P1TA 3HZCA 4Y3RA 3EKWA 1QDMA 1SMRA 2AOJA 1FQ8A 5HTZA 4M8XA 3OUDA 1KJFA 4K9HA 3I7EA 5KR8A 3DUYA 5P09A 3GI0A 5HCTA 1BVGA 5P0SA 5DPZA 5C9BA 4Y36A 3T7PA 4Y54A 5P0UA 1HXBA 4Y5MA 5P2KA 1T7JA 3K5CA 3UDNA 3HAWA 3T11A 5P73A 3UFLA 1ZAPA 5P3FA 3VEUA 4Y3DA 1KJGA 2QMFA 4H3GA 3VYDA 2HIZA 4I11A 5OYTA 3D91A 5ER1E 2V13A 1T3RA 5DQ4A 3SA7A 5HDZA 3BGCA 4QJ9A 4FM8A 2OHRA 5P3KA 5KOQA 3KDCA 4RCDA 2Q5KA 1HRNA 5ISJA 5P3LA 4BFDA 3EKTA 4Y4DA 3ZPSA 1OHRA 2P4JA 4J5JA 1HVSA 2RKGA 3HLOA 4NKKA 5P7UA 1F7AA 1EBYA 1BWAA 1K6PA 4K8SA 2BKTA 3OGQA 1MTBA 2QZXA 5P5BA 4BFBA 5AH6A 2PC0A 4PPHA 4YOBA 1IZIA 5P8QA 5HE7A 4RVXA 5P7RA 2F3FA 4JOOA 2NMZA 5P8MA 5OZ9A 2QMDA 4ZEAA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 4F75 A;  5JFP A;  5P77 A;  3RTM A;  3PBD A;  3TOF A;  4D83 A;  2J9J B;  5P3A A;  4DJQ A;  3S43 B;  3IGB A;  4K4Q A;  3VSX A;  3IVH A;  2R5Q A;  5P4A A;  3SAA A;  3UQR A;  2I4U A;  2PWR A;  3EMY A;  5P4B A;  2UPJ A;  5P0J A;  4K4P A;  1D4L A;  5P82 A;  4Y5A A;  2R43 A;  4OD9 A;  3BUG A;  5P0Q A;  5P8H A;  4M8Y A;  4QJA A;  4YDF A;  4DPF A;  4YD3 A;  5CON A;  5P4G A;  5P1G A;  5P0A A;  1B6L A;  3NR6 A;  1YT9 A;  1D4J A;  2FNT A;  1EC2 A;  1EPL E;  3SA5 A;  1APW E;  5P2F A;  4J17 A;  2O4S A;  5P5Y A;  1EPP E;  4XKX A;  5C9D A;  3S54 A;  1GVW A;  3QPJ A;  5P0K A;  5P6K A;  2AOI A;  4NJT A;  1PPL E;  1NSO A;  5P6B A;  5OZS A;  1ZTZ A;  4AA9 A;  4A4Q A;  3TNE A;  4CP7 A;  5DQ2 A;  3EL1 A;  2JYS A;  2Q15 A;  5P4Y A;  5P8C A;  4B05 A;  2IRZ A;  1XN2 A;  5P65 A;  2PSV A;  5P6M A;  3BVA A;  5P1W A;  2WF4 A;  4APR E;  3H5B A;  5P4X A;  4Q1Y A;  5P51 A;  4DVF A;  5P84 A;  2G1R A;  5P3J A;  5OZW A;  2IEO A;  2NPH A;  3VLB A;  5SY2 A;  1HVI A;  5HCO A;  5P3B A;  1EBW A;  5P0X A;  3I8W A;  3TKG A;  2Q64 A; 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 2HB4 A;  1HBV A;  2Z4O A;  5P6X A;  1W5V A;  4QJ8 A;  2ZHV A;  3QBF A;  2HS2 A;  2O4L A;  1HHP A;  1ODX A;  3MWS A;  4WTU A;  5P1A A;  3OQA A;  3Q3T A;  1YG9 A;  5P2B A;  2AZC A;  2HAH A;  5OZL A;  4FCO A;  4GJB A;  5P5F A;  5P3C A;  5P4V A;  1TZS A;  1RNE A;  2O4P A;  3OY4 A;  5P7X A;  1PPK E;  3QP0 A;  5P2A A;  5P5E A;  5P7O A;  1SGU A;  2AOF A;  3OU3 A;  4MC9 A;  3VYF A;  2R8N A;  3RSX A;  1OD1 A;  5P4C A;  1E82 E;  2ANL A;  3Q5H A;  4NPT A;  3CID A;  2VJ6 A;  1FQ5 A;  4RYC A;  2F8G A;  4ZSM A;  2A1E A;  3D1Y A;  4J0T A;  1FMB A;  4EHC A;  3BXS A;  5EZX A;  2G69 A;  3TPJ A;  5P6C A;  5P6V A;  1HPX A;  5OZI A;  4NPU A;  5P5A A;  1Z8C A;  4ZPE A;  2VJ9 A;  3ST5 A;  3OQF A;  4OBZ A;  1B6K A;  4L1A A;  5P6Q A;  3VF7 A;  2AVS A;  2QI6 A;  3LZS A;  1AM5 A;  2Q11 A;  2V16 C;  4J1C A;  1JLD A;  1FF0 C;  4FLG A;  2JJJ A;  5P2I A;  2R9B A;  2BPY A;  2VNN A;  5P0C A;  3K4V C;  3VV8 A;  5OZM A;  5HE5 A;  5P7T A;  3SFC A;  5P8E A;  4YE3 A;  5P38 A;  1EC3 A;  5P8U A;  4ACU A;  2OHL A;  3IXJ A;  5P1F A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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