4APR | Genus

Total Genus 88

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	88
sequence length	325
structure length	325
Chain Sequence	AGVGTVPMTDYGNDIEYYGQVTIGTPGKKFNLDFDTGSSDLWIASTLCTNCGSGQTKYDPNQSSTYQADGRTWSISYGDGSSASGILAKDNVNLGGLLIKGQTIELAKREAASFASGPNDGLLGLGFDTITTVRGVKTPMDNLISQGLISRPIFGVYLGKAKNGGGGEYIFGGYDSTKFKGSLTTVPIDNSRGWWGITVDRATVGTSTVASSFDGILDTGTTLLILPNNIAASVARAYGASDNGDGTYTISCDTSAFKPLVFSINGASFQVSPDSLVFEEFQGQCIAGFGYGNWGFAIIGDTFLKNNYVVFNQGVPEVQIAPVAE

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

loadScript /static/js/j2s/core/package.js

loadScript /static/js/j2s/core/corejmol.z.js

loadScript /static/js/j2s/core/corescript.z.js

JSmol exec jmolApplet0 start applet null

Jmol JavaScript applet jmolApplet0__05852350168655__ initializing

Jmol getValue debug null

Jmol getValue logLevel null

Jmol getValue allowjavascript null

AppletRegistry.checkIn(jmolApplet0__05852350168655__)

vwrOptions:

{ "name":"jmolApplet0","applet":true,"documentBase":"https://genus.fuw.edu.pl/view/4APR/E/","platform":"J.awtjs2d.Platform","fullName":"jmolApplet0__05852350168655__","codePath":"https:/static/js/j2s/","display":"jmolApplet0_canvas2d","signedApplet":"true","appletReadyCallback":"Jmol._readyCallback","statusListener":"[J.appletjs.Jmol object]","syncId":"05852350168655","bgcolor":"white" }

setting document base to "https://genus.fuw.edu.pl/view/4APR/E/"

Jmol Version: 14.29.13 2018-04-17 17:17

java.vendor: Java2Script (HTML5)

java.version: 2018-01-28 23:38:52 (JSmol/j2s)

os.name: Mozilla/5.0 AppleWebKit/537.36 (KHTML, like Gecko; compatible; ClaudeBot/1.0; +claudebot@anthropic.com)

Access: ALL

memory: 0.0/0.0

processors available: 1

useCommandThread: false

appletId:jmolApplet0 (signed)

Jmol getValue emulate null

defaults = "Jmol"

Jmol getValue boxbgcolor null

Jmol getValue bgcolor white

backgroundColor = "white"

Jmol getValue ANIMFRAMECallback null

Jmol getValue APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback

APPLETREADYCallback = "Jmol._readyCallback"

callback set for APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback APPLETREADY

Jmol getValue ATOMMOVEDCallback null

Jmol getValue AUDIOCallback null

Jmol getValue CLICKCallback null

Jmol getValue DRAGDROPCallback null

Jmol getValue ECHOCallback null

Jmol getValue ERRORCallback null

Jmol getValue EVALCallback null

Jmol getValue HOVERCallback null

Jmol getValue IMAGECallback null

Jmol getValue LOADSTRUCTCallback null

Jmol getValue MEASURECallback null

Jmol getValue MESSAGECallback null

Jmol getValue MINIMIZATIONCallback null

Jmol getValue SERVICECallback null

Jmol getValue PICKCallback null

Jmol getValue RESIZECallback null

Jmol getValue SCRIPTCallback null

Jmol getValue SYNCCallback null

Jmol getValue STRUCTUREMODIFIEDCallback null

Jmol getValue doTranslate null

language=en_US

Jmol getValue popupMenu null

Jmol getValue script null

Jmol getValue loadInline null

Jmol getValue load null

Jmol applet jmolApplet0__05852350168655__ ready

script 1 started

platformSpeed = 8

Viewer cachePut cache://localLOAD_/file/5d03833c6d165fa5d4f79d5f/pdb.gz

Viewer cachePut https://genus.fuw.edu.pl/file/5d03833c6d165fa5d4f79d5f/pdb.gz

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

molecule tags	Hydrolase/hydrolase inhibitor
source organism	Rhizopus chinensis
publication title	Structures of complexes of rhizopuspepsin with pepstatin and other statine-containing inhibitors. pubmed doi rcsb
molecule keywords	RHIZOPUSPEPSIN
total genus	88
structure length	325
sequence length	325
ec nomenclature	ec 3.4.23.21: Rhizopuspepsin.
pdb deposition date	1989-08-03

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
E	PF00026	Asp	Eukaryotic aspartyl protease

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
2.40.70.10	Mainly Beta	Beta Barrel	Cathepsin D, subunit A; domain 1	Acid Proteases	4aprE01
2.40.70.10	Mainly Beta	Beta Barrel	Cathepsin D, subunit A; domain 1	Acid Proteases	4aprE02

2R9BA 2A1EA 2MIPA 5P0SA 3T3CA 1YTJA 3BGCA 4ZPEA 4A6CA 5IVSA 5P4GA 5P3XA 1WBMA 3EKXA 8HVPA 3OUDB 1G6LA 1FB7A 3D20A 4DPIA 1SH9A 4LC7A 2AIDA 4NJSA 2CENA 5P54A 3UHLA 2G1RA 3KYRA 4DJQA 3OWNA 5P1KA 4FGXA 4H3FA 4KUPA 4R8YA 4GB2A 1BV9A 2QHZA 1KZKA 1HIHA 3OXXA 5KQYA 2QK5A 4Y53A 3OOZA 2AOCA 5P71A 2BPWA 2VIJA 2UY0A 3B80A 5P0LA 3S43B 3OHHA 5OYZA 5P50A 3FV3A 5P48A 5P5XA 4Y45A 1ZBGA 3LIVA 5P0ZA 5P00A 4U7QA 1B6JA 2I4DA 4B78A 4RLDA 2P3BB 4TRZA 5OZ3A 2XYEA 5P2NA 3SA7A 4LP9A 4U7VA 5P6JA 2Q15A 3I8WA 4Y5LA 3CIBA 3EKTA 5KAOA 3UCBA 5P33A 1AJXA 4FM6A 4H3JA 3UQRA 3CKPA 3VEUA 2VKMA 1BDRA 5P61A 2ZJHA 5P81A 2WKZA 4HDPA 4FRIA 5P5CA 5P7BA 4Y5GA 3BUFA 1MVPA 3RVIA 2CEJA 5P5GA 4D85A 1A8KA 1MEUA 2RKFA 5KOQA 3EKVA 3GI6A 5P1VA 5P5AA 4Q5MA 4YD3A 5P30A 3T7QA 5P1AA 1BV7A 3Q4BA 3BVAA 2HM1A 4LHHA 1K2CA 5P3RA 5P4XA 5KQZA 1Z1HA 4IVSA 1HSIA 5HU0A 5P6SA 4Y4XA 5OZXA 1HEFE 1IDBA 4RRSA 4EP2A 1META 1EBWA 2PMAA 3DCKA 4Y35A 2IS0A 5P84A 1EPQE 1K2BA 2O4PA 5P07A 1HVSA 5P3HA 7HVPA 3R0WA 2QZKA 1FLHA 4Y3SA 4Y54A 3O9LB 4DJYA 1B6PA 5CLMA 5ENKA 3SM2A 3EKQA 6UPJA 1W5VA 5KQFA 1KJGA 5P15A 2JYSA 1C6YA 4GJ7A 5P5MA 3RSXA 4F74A 1AJVA 3WB5A 2FGVA 1MERA 5P5BA 5B18A 1HXWA 3IAWA 5OZTA 2QMFA 5P24A 2WHHA 3PLDA 3T11A 3UQWA 4CPSA 3F9QA 4Y48A 1GVVA 2NXMA 5DR7A 3SLZA 1D4JA 3KF0A 5P02A 1APWE 3EL5A 3IN3A 3PEPA 2G1SA 3INEA 2R3WA 2BJUA 5OZZA 5P1UA 5P7RA 1D4LA 3K5DA 3JW2A 3BUGA 5P4VA 3OQDA 1MSMA 3URIA 5P8PA 4RCDA 3AIDA 5I70A 5P5RA 1U8GA 1HVCA 5P8MA 1FQ6A 1EC2A 5OZQA 4OC6B 5P7EA 4AZYA 1GNMA 3Q5HA 3O99A 1T7JA 2PK6A 4Y58A 4OBGA 2QNPA 3EXOA 2FXDA 2R43A 5OZKA 5IVTA 2ZJNA 4XX4A 4Y3DA 3UDNA 1E81E 1F7AA 4Y9WA 3SA5A 4Y4WA 2F3FA 2ANLA 4OBZB 2WF1A 3FNUA 5P4KA 5P6ZA 3OU3A 4OBDA 4NJTA 4RCEA 1HVHA 1W6HA 4RVIA 3HW1A 2FNSA 5P38A 5OYQA 2ZJMA 5OZSA 2HAHA 1BILA 4YCKA 4RYGA 3Q6YA 3BC4A 4GJCA 4Y5PA 3U6AA 5HE5A 3PRSA 3SA9A 5HCTA 3QAAA 3ZKXA 4DH6A 5P0OA 2XFKA 4LXAA 3RTNA 5P0XA 3AUPA 5P2YA 3PMUA 2B8VA 1TCXA 3OU1A 1E80E 3K5CA 5P60A 3OXWA 5I3XA 5P4EA 3KFPA 1LYBB 4LXKA 2HB4A 1SDUA 5P8NA 1RV7A 4OBFA 5P4OA 5P12A 5DR1A 1GNNA 4NJUA 1RQ9A 2FDEA 2SAMA 3APPA 4BFDA 4DJOA 4J1KA 2FLEA 3VV8A 3VYEA 3TKGA 5OYVA 5P3BA 3OQFA 2A4FA 2AZCA 1SDTA 5P34A 3OGQA 4GJ6A 4QJAA 2PK5A 4DJXA 5OZ4A 5P42A 4CPRA 3PSYA 1APTE 3PSGA 3UFLA 3QVIA 3O9DA 5P2RA 5P0WA 1BWAA 1HVIA 3SA4A 1DPJA 3OADA 4MC1A 3ZKQA 4FLGA 5P2UA 4YBIA 3VUCA 1BBSA 5ER2E 5P7MA 4FM8A 3KFNA 5DGUA 5P1PA 1NPVA 3KDDA 3PI0A 3O9CA 2B7ZA 4Y3XA 5P7PA 1RPIA 3UDYA 2B42A 4I0DA 4BFBA 4YCYA 1C70A 1W5YA 4IVTA 1A94A 5P5HA 3OTYA 4FRJA 2XFJA 3S56A 5P0PA 4DVFA 2QZWA 3S85A 3L5FA 5P3PA 1KJHA 5P8AA 1FQXA 3ZKSA 5P5DA 1OEXA 1E5OE 5P4TA 3UQPA 5OZYA 5P8TA 5P7QA 1SP5A 5OYSA 1IZDA 3PBZA 1F34A 3D3TA 1TSQA 4YD6A 4EYRA 5P63A 3ZPUA 1B5FA 5OZOA 2OF0A 1IVPA 2WF4A 4Y3PA 4HDBA 2AVSA 1EPRE 1EEDP 3SA6A 4PHVA 3EL4A 5P2SA 1VIJA 3LITA 1HRNA 5APRE 2AOHA 4JOOA 3FNTA 4Q1YA 5OZDA 2QZLA 1BAIA 5P3JA 1DIFA 3NU9A 3QRVA 7UPJA 1Q9PA 2IDWA 5P59A 5P4AA 1PPLE 4LAPA 4J0ZA 4Y5NA 2XYFA 1PPME 4YOAA 1B6MA 2H6SA 4GYEA 5ISJA 1BIMA 2AZ9A 1LEEA 3LPKA 3B7VA 3D1YA 5P5QA 5P13A 4PZXA 5P1CA 3A2OA 1WKRA 4Y5AA 5P72A 2IRZA 3NDTA 4J54A 1HPVA 5JFUA 5P56A 5P86A 5P5KA 2RKGA 3S45A 1FQ5A 3OQ7A 3O9FA 4Y3AA 2AVMA 5P46A 4EXHA 4L1AB 2QI5A 2HS2A 3PGIA 4GJDA 4OBHA 3R1GB 1FFFC 1ME6A 5P57A 5P05A 3PWMA 3H0BA 1AZ5A 1D4IA 1LYWA 2V16C 3DV1A 3NDXA 1OEWA 5COPA 4DJWA 2I0DA 3ER3E 2ER0E 1HTGA 2QZXA 4D88A 2NXLA 1SIPA 3CKRA 3IN4A 4Y43A 3U71A 3QVCA 5KR8A 3LZSA 2BKSA 1B6LA 3OAGA 4PPHA 2OHNA 1EPME 5P8LA 5BS4A 5P6BA 3GI0A 2I4XA 4FS4A 4DQHA 4GZFA 5P1HA 1MSNA 1YTHA 1MRWA 2G20A 3GGUA 5HDVA 4HE9A 4ER4E 3SACA 3DUYA 2R8NA 4X7IA 3HBOA 2I0AA 2RENA 4RVJA 3K5FA 4JECA 9HVPA 3LIZA 2F3KA 5P5ZA 1ZP8A 3UDMA 5P43A 3T7XA 1K6CA 2ER9E 1PSOE 4Y50A 3JVWA 4YE3A 5P47A 5P7IA 2P3DA 4I0GA 5P3YA 1FGCC 1QBTA 4Y3ZA 3NU5A 4GJAA 3EM3A 2Q5KA 3S7MA 5P8KA 2AOGA 4GJ8A 5P7HA 2QI6A 3OU4B 5P3CA 2Q3KA 4Q1NA 4Y3GA 4R5NA 1K6VA 1IVQA 1SDVA 5P83A 3SKFA 3NDWA 3NLSA 5BWYA 2R5PA 4Y57A 2VIZA 5OZPA 2R3TA 3LIYA 4J5JA 4B72A 2ZJKA 1BDLA 3EKYA 5AH9A 3DOXA 1BXOA 4Y3YA 1NPAA 5OYWA 4DQBA 3ZOVA 1SMRA 1UH9A 4HZTA 3CIDA 3APRE 1EPNE 2ZGAA 2VA7A 3ER5E 3HZCA 1EPLE 3I2LA 2JXRA 5OZ0A 1ENTE 5P6KA 4Y4JA 2OAHA 4ZSPA 4QGIA 5P39A 3HAUA 3N4LA 5P0GA 5P1EA 5OZBA 5P1BA 3I7EA 2VA5A 2FDPA 1W5XA 5OZVA 2ZJIA 1EC0A 5AGZA 2IKUA 5OZRA 4DJRA 4DQGA 1ZSRA 3VCMA 5E5JA 2F8GA 2VIYA 1TCWA 3GI5A 2AOIA 3QBHA 1QRPE 5P0QA 5P8FA 2J9KA 5P37A 5DR4A 3FKTA 5P67A 1HTEA 1HXBA 4DQCA 3NWXA 4BEKA 2ER7E 4HA5A 2NR6A 3T7PA 1K1TA 3INHA 5P44A 4Y4DA 4KE1A 1LZQA 2QHCA 5OZ8A 5OYYA 5P3KA 4J0PA 2AVQA 3CYXA 3PCWA 5P8DA 5F01A 4WY1A 5OZ6A 3EL1A 1W50A 5OYTA 5P09A 2AZ8A 5OZWA 4DQFA 3GI4A 2G24A 5P49A 4B0QA 4U8WA 4DJVA 1IDAA 4Y44A 2QD7A 3WSJA 5OYXA 4GIDA 4M8YA 4R91A 5P64A 5P7CA 3G6ZA 5P0BA 2WEZA 2I4VA 4EP3A 1ZPAA 5P5UA 4DJUA 3N3IA 3TH9A 2VJ7A 4EXGA 5P6UA 5P6MA 5P2KA 4D8CA 1PROA 2BPVA 1UH7A 3TPLA 1T7IA 2RMPA 4EQ0A 2P83A 1PFZA 5P4JA 3CKTA 4RCFA 4ZSMA 3NYGA 3H5BA 2H6TA 4YD5A 4YCTA 3VLBA 3PJ6A 3SAAA 3DV5A 3ZKIA 2NMZA 4I11A 4K4RA 3L59A 1KJ4A 2WF3A 2QMPA 1B6KA 5P6IA 1ZPKA 3D1ZA 2FGUA 2VS2A 3SKGA 4Y3WA 4FE6A 5OZIA 4FL8A 4Y5BA 4XX3A 2Z4OA 2PQZA 3TOGA 5CONA 2WEBA 1Z1RA 4YD7A 2NNPA 5C9FA 5P6AA 2QNNA 4J1EA 5P1FA 1HBVA 2PH8A 3VV7A 3GGAA 3OGPA 5P5WA 1W6IA 4I0JA 2AODA 3PM4A 4J1FA 1HPOA 3MWSA 4AA9A 2NTRA 1Z8CA 3TOFA 4CKUA 2FIVA 3ECGA 5P78A 5P6VA 5P87A 1C6ZA 3VSWA 5P5FA 4RZ1A 1IZIA 4I12A 2G1OA 5P1ZA 1A30A 1GVUA 1TZSA 4R93A 3OUBA 3OK9A 2QP8A 5P8QA 3BXSA 4COEA 5C9DA 4J1HA 5P0HA 3RSVA 5OZGA 5P1SA 2QI4A 5P20A 5P08A 3S2OA 1DW6C 4MC6A 2ASIA 4ZLSA 3LNKA 2Q54A 3O9AA 5P7UA 1DMPA 5KQXA 1BVEA 2QI0A 5P4DA 4YBFA 5P45A 5P1YA 3UDKA 5EZXA 5P8OA 1MESA 5P6TA 5P82A 3SO9A 3UFNA 5P80A 3HAWA 3URJA 2Q11A 4OD9A 1EC1A 3L3AA 2ZJLA 2AOFA 5P6YA 1N49A 2HB3A 2V0ZC 5P2WA 4APRE 5P3NA 5KOSA 4MC9A 6APRE 4B05A 4FAFA 2I4QA 5SY3A 2R5QA 5P58A 4LBTA 1YM2A 3DCRA 5P3OA 2Q64A 4EJ8A 2B7FA 4Y3JA 1ZSFA 4N00A 2P3CA 4Y3LA 1UH8A 5P26A 5AHCA 4I8WA 1EBYA 2WJOA 2IENA 3T6IA 3SPKA 1FMUA 5P7JA 3O9EA 3R2FA 2OHKA 4DUSA 5P55A 3RU1A 5P6LA 5P2IA 1ZAPA 5P5JA 4ZEAA 1TW7A 3WZ7A 5P6FA 4PEPA 5HU1A 1LF2A 1MTRA 5AHAA 4Y36A 3OY4A 4I0FA 5P8JA 4ZIPA 1EPOE 4Y3TA 2OHTA 4M8XA 5P3ZA 1B11A 1HPSA 4QJ2A 2JJJA 5P2ZA 5P2TA 4Y5KA 2P3AA 3G70A 3OU1B 3WB4A 2B8LA 1FEJC 1DP5A 2O4LA 1YT9A 4FRKA 2J9JA 5P88A 3NSHA 4EHCA 4Y6MA 2VJ9A 4CPTA 5P29A 2QMGA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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