4B1CA

New aminoimidazoles as bace-1 inhibitors: from rational design to ab- lowering in brain
Total Genus 101

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
101
sequence length
375
structure length
375
Chain Sequence
KKGSFVEMVDNLRGKSGQGYYVEMTVGSPPQTLNILVDTGSSNFAVGAAPHPFLHRYYQRQLSSTYRDLRKGVYVPYTQGKWEGELGTDLVSIPHGPNVTVRANIAAITESDKFFINGSNWEGILGLAYAEIARPDDSLEPFFDSLVKQTHVPNLFSLQLCGGGSMIIGGIDHSLYTGSLWYTPIRREWYYEVIIVRVEINGQDLKMDCKEYNYDKSIVDSGTTNLRLPKKVFEAAVKSIKAASSTEKFPDGFWLGEQLVCWQAGTTPWNIFPVISLYLMGEVTNQSFRITILPQQYLRPVEDVATSQDDCYKFAISQSSTGTVMGAVIMEGFYVVFDRARKRIGFAVSACHVHDEFRTAAVEGPFVTLEDCGYN
5010015020025030035035030025020015010050
020406080100Genus Matrix

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
EMPTYTII2 (2-5)S1 (6-9)TI1 (9-12)S7 (94-106)S2 (13-20)TIV1 (21-24)TIV5 (154-171)S23 (331-333)S8 (117-120)O1 (91-93)S3 (25-32)TI6 (87-90)TI5 (57-60)TI3 (32-35)TVIa1 (221-224)3H2 (124-126)S4 (38-41)3H4 (217-220)TVIb1 (127-130)TI4 (45-48)TIV2 (48-51)3H1 (54-56)S5 (61-70)S6 (75-86)TIV3 (105-108)O2 (147-149)AH2 (136-143)TIV4 (128-131)TII7 (338-341)S9 (150-154)3H7 (347-349)S25 (351-356)TII4 (175-178)3H3 (181-183)S11 (189-192)TVIII2 (193-196)3H5 (277-279)TIV7 (196-199)S13 (203-208)O3 (275-277)S12 (200-201)TII5 (271-274)TIV8 (207-210)S14 (211-212)S28 (369-375)S21 (317-322)S22 (324-327)TIV10 (327-330)S15 (225-227)TI10 (314-317)TI8 (228-231)AH3 (238-252)AH4 (259-263)TI9 (252-255)TVIII3 (253-256)3H6 (312-314)S17 (267-271)TI11 (357-360)S19 (294-300)TII6 (291-294)S18 (283-288)S27 (366-367)S26 (362-363)AH5 (302-305)AH6 (335-338)S24 (341-346)TII3 (110-113)TI7 (130-133)S10 (172-176)S16 (234-237)S20 (306-308)TVIII1 (71-74)Updating...
connected with : NaN
molecule tags Hydrolase
source organism Homo sapiens
publication title New aminoimidazoles as beta-secretase (BACE-1) inhibitors showing amyloid-beta (A beta ) lowering in brain.
pubmed doi rcsb
molecule keywords BETA-SECRETASE 1
total genus 101
structure length 375
sequence length 375
ec nomenclature ec 3.4.23.46: Memapsin 2.
pdb deposition date 2012-07-10

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 4b1cA01
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 4b1cA02
5P0VA 1YTJA 5P0EA 3NYGA 3LPKA 2NXMA 3CMSA 3O9HA 2IKUA 1D4IA 2XYFA 5P47A 1BDQA 3LPJA 3KFRA 3PWWA 3U71A 1EPNE 2QMDA 5P08A 4Y3RA 5P75A 5P1HA 3ZLQA 4J54A 3L5FA 3TPLA 5P7RA 2HB4A 3IAWA 4GZFA 3DJKA 2R5QA 3ECGA 5P65A 2ZHUA 3I25A 3VV6A 4J1KA 1EBKC 1K1TA 2QAKA 4I0JA 3KMXA 3PI5A 5DPZA 2O4SA 4Y4TA 5P06A 5EZXA 3RVIA 5OZEA 2AIDA 5ER2E 5P1YA 2G27A 1T7KA 5HDUA 5P2LA 4Y3TA 4Y3XA 4Y5AA 3H0BA 3HBOA 3K1WA 3KN0A 3LZYA 5P2TA 3NU3A 2WF3A 4LC7A 5P7QA 2QI6A 4LXMA 1FGCC 4Y4XA 4L6BA 3EM6A 1CMSA 1K6VA 4Y3FA 4X2LA 1UPJA 5P8HA 3NXEA 5P28A 4YD5A 3I2LA 3OOTA 1MVPA 4R5NA 5KAOA 3OQ7A 3OADB 5P1MA 5P7BA 5P2WA 4Z2ZA 5P4AA 2VNMA 2QI3A 5P4JA 3Q4BA 3EMYA 4FAFA 1T3RA 5P5SA 1MPPA 1GVUA 1PSNA 2ZDZA 5OYUA 4OD9B 2O4LA 3OQAA 3L3AA 3MSLA 1EEDP 2JYSA 2Q64A 3BRAA 3OHFA 4OBZA 2G20A 4CKUA 3OU1B 2PH6A 4FS4A 4J0PA 4YDGA 4S1GA 3JW2A 1BILA 5P8GA 5P4QA 2ER9E 5P0TA 1NPWA 4Y51A 5P39A 4XX3A 3UPJA 5UPJA 1KJ4A 3GI0A 5OZYA 1A30A 4TVHA 5P1WA 2OHSA 5C9BA 1CZIE 5P6PA 3NLSA 5P4HA 5P2BA 2FDDA 1DAZC 1HIVA 5P2ZA 4GJ8A 1MIQA 4RYCA 1HPOA 2AOIA 1FG8C 4FRIA 3UFNA 5HU1A 2ZGAA 3B7VA 3MXDA 4D85A 2R38A 4YD4A 3QVIA 1APTE 3UCBA 1YTIA 4Y58A 1Z8CA 3CKPA 3LIVA 5P5BA 2HB3A 4J1EA 3LZUA 2F81A 5OZXA 1APVE 2FNTA 1MT9A 1EPQE 3PCZA 1IZIA 3IGBA 2QU2A 5F01A 4Y4AA 4GJ5A 4GYEA 3BGCA 1BV7A 2B7FA 4FSEA 3PLDA 3L38A 3ZKQA 2PWRA 4Y4GA 3Q5HA 1W5WA 4Y37A 1EBZA 4FGXA 5P3RA 3FNSA 5P03A 5P7JA 2OHLA 5ENMA 3OUAA 1FQ6A 3VSWA 5P1FA 3N4LA 4J0YA 1ZBGA 2AVMA 5OZAA 7HVPA 3KF0A 3I8WA 3MSKA 4I0DA 2CENA 5P8VA 4F74A 4I0ZA 3VLBA 4ZEAA 4JOOA 4QJ9A 1LV1A 2WEZA 2G69A 1QDMA 5P6ZA 3SAAA 3PBDA 2MIPA 3TTPA 4B00A 4MC9A 2ZJHA 2P8HA 1FIVA 5AH6A 1HVJA 4CMSA 3SLZA 4FRSA 4OBZB 4WY6A 4TRYA 5F00A 3H5BA 5P8MA 2BQVA 3WZ8A 2ER0E 3NU6A 4Q1YA 5P4PA 5P3NA 3SQFA 4RLDA 4LHHA 4RVJA 5P5EA 1TCXA 4UPJA 4JPCA 4RZ1A 4EXHA 3HLOA 4Y3DA 5P7NA 4OBHA 5P3HA 1F34A 3FV3A 3OUCA 5OZ2A 1NH0A 5P3FA 5JG1A 5P2QA 2Q3KA 1C6XA 2QZWA 2BBBA 5P68A 4EQJA 5P1RA 5P4YA 1ENTE 1IBQA 5P3OA 3RTNA 4BFBA 3PSUA 5P5TA 5P0NA 5DR1A 3OGPA 4Y5GA 4HE9A 4AZYA 2I4UA 2PYMA 5BS4A 4D88A 2BKTA 2SAMA 5DR4A 5P61A 3PWMA 1DPJA 1W6HA 5OZ0A 1QBTA 5P2VA 5P59A 4YCYA 1ODXA 5OZVA 5P0GA 5P7XA 4OC6A 5TOLA 4YHQA 3NWXA 4EP3A 2ZYEA 2HS1A 4PZXA 4XX4A 3VCMA 2V10C 5P4MA 2OHUA 1B5FA 1B6PA 5P6KA 3KYRA 4R8YA 3MXEA 1FQ5A 3IXOA 1PROA 2PWCA 2WF2A 4Y3GA 5P7ZA 2Z54A 4FM8A 1WBMA 2PK5A 1SH9A 1BXOA 4EJLA 5P52A 1DP5A 3EM4A 1FQ4A 1HVIA 3IXKA 5P5XA 2ZJKA 1ZPKA 1B11A 1SMEA 4YD3A 4MC6A 3LZSA 2AVSA 1EC1A 4D83A 3PI0A 4DJOA 1SDUA 1NPVA 3I7EA 2QHYA 5P3VA 2QHCA 2WKZA 4AA9A 4FE6A 1W5XA 4XKXA 1CPIA 2HC0A 5P50A 4Y3YA 1LYBA 3VLAA 4PPHA 2IRZA 2VJ7A 3VEUA 2P3BA 5P87A 5P6OA 5P5JA 1PSOE 4I0EA 5OYYA 5SZ9A 5P6QA 5P8DA 1HPVA 1IIQA 1ODYA 3ZKXA 5P6HA 5P6JA 2PK6A 3IVIA 3OQDA 4Y5MA 4QLHA 5OYXA 5HCTA 3QN8A 3PCWA 3CIDA 5P4CA 3OU4A 5OZ5A 5OZHA 3UTLA 3RSXA 4GIDA 5OZ3A 2WEAA 1YM2A 5P3LA 5P6VA 4I0HA 1PSAA 2PH8A 2QU3A 5KQYA 5OYQA 3DM6A 1EPRE 5HDVA 5IVTA 3S53A 1B6MA 1HSGA 4L7HA 1MSMA 4FRJA 3LITA 4Y3NA 1LF2A 5P8BA 2BPXA 1MT8A 4GJAA 2B8VA 5P0FA 5P6FA 2QNNA 1MT7A 3VG1A 3B80A 1KJGA 6FIVA 5P5RA 2NNPA 4OC6B 4ZSRA 1AAQA 5KR1A 4Y5BA 1BVGA 1VIKA 2BPVA 4QJ8A 2I0DA 5P79A 1TZSA 5P85A 4Y54A 5KR0A 1F7AA 2XFKA 2FDPA 5P6CA 1B5FB 2HPFA 4F76A 2WF1A 2QMGA 3G6ZA 1TSUA 4YOAA 5ER1E 3JVWA 5P4IA 3D1ZA 5P2DA 5P05A 1Z1HA 3KDBA 4RROA 3PGIA 2AZ9A 1ZP8A 2ER7E 4J0TA 3OQKA 3UDJA 1XL5A 5P4ZA 1K2CA 4Y4UA 4EPJA 1QS8A 5P53A 3EXOA 2APRA 3HAWA 4NPTA 2WF0A 4AA8A 5P0WA 5P34A 2ZJNA 5PEPA 5P8JA 4DPIA 2AOGA 3S45A 2PQZA 1MESA 4H1EA 3T7QA 2H6SA 3BUFA 3FNUA 1LYAA 3EBZA 4LP9A 1LYBB 3NWQA 4ACXA 5OZTA 5P1TA 3GW5A 3UQRA 3HDKA 3OXVA 3LINA 4ZLSA 5P0DA 2P3BB 5P5UA 4Z50A 1GVWA 5P6GA 1RL8A 1AJXA 5P73A 5IE1A 5AHCA 3O9IA 2ZJIA 4OBDA 5BRYA 4OBGA 4ZIPA 2A1EA 4JPEA 4ER2E 5P46A 5P58A 5P0BA 5P3PA 2VA5A 3OXXA 2V16C 5P7YA 2NMZA 3APRE 3ZOVA 1YM4A 3OU4B 1QRPE 3ZKMA 2VIJA 3KDCA 4H3IA 4Y6MA 5P8NA 1SBGA 5P14A 5P2KA 2F80A 4B70A 3UDPA 5APRE 4DVFA 4YCKA 2IENA 5OYVA 3AIDA 4OBKA 1EC0A 3TPJA 4DJQA 5P31A 3G72A 5P3MA 3VYEA 1G35A 1BVEA 4HDPA 3D91A 3O9EA 5DQ2A 2QNPA 4DQGA 3S8IA 2QZXA 3QRVA 2OHMA 1HVKA 2B42A 1MEUA 3VYFA 3IN3A 1M43A 2G21A 5P8IA 3SM2A 2R3WA 3INDA 4ZPGA 5KOSA 3UDHA 3OQFA 4Q5MA 5P23A 5OZKA 1A94A 2O4KA 4H3FA 5JFPA 5P67A 4B1EA 3SA8A 4Y35A 4I1CA 3WSJA 2Q15A 1LEEA 3PRSA 5P35A 3S7LA 3EL1A 4B0QA 5P5QA 1G6LA 1WBKA 5P82A 1APUE 3GI5A 5OZCA 3OUBA 3OXWA 2AVVA 1UH7A 2ZJMA 5P2NA 2ER6E 3S54A 5P2IA 5P27A 5OZDA 4R95A 2WECA 4DJYA 3MWSA 5P7HA 3EL0A 4R93A 3UFLA 1D4YA 4ER1E 1LYAB 2B7ZA 4J1IA 3QAAA 5P30A 5I3VA 5P4UA 2QD7A 5P77A 4LL3A 4DV9A 5P6BA 1GNOA 4J0VA 4WTUA 3ZKGA 5CONA 4K9HA 4PEPA 2FNSA 2I0AA 4DJXA 5OZJA 5P63A 3OU3A 3HVGA 2G94A 4I0GA 5P3TA 5P1UA 1D4KA 4Y5PA 5P1SA 3OTSA 5P4BA 3RTHA 5P0KA 1K6CA 5P5KA 2RSPA 3CICA 3UQXA 4GJ9A 1D4LA 5P1PA 5P4VA 3UQWA 4Y48A 5I3XA 3T7PA 5P3SA 5P07A 4Y9WA 2R3TA 2JXRA 2ZJLA 5P5YA 5P1VA 4H3GA 4Y5LA 3NR6A 4NJVA 5OZQA 5HE7A 3OUDA 5P19A 5P8CA 5P8OA 5P55A 5P2HA 3NU9A 5OZSA 1HIIA 5P0UA 2R8NA 3Q70A 5OZGA 5P2RA 4RVIA 1TW7A 4RVXA 3BXSA 5OZNA 1N49A 1EC2A 1YG9A 3DV1A 4B77A 5P3YA 2G1RA 4DJRA 3TOFA 5OZRA 3T6IA 4Y4BA 5P5HA 4TRWA 3RU1A 3TH9A 5P1IA 3T11A 2IKOA 1C6ZA 2QP8A 3NDUA 2NR6A 2RKFA 4K4PA 4L1AA 3IVHA 3L59A 1FMXA 3EC0A 3UQUA 4Y3QA 3K5GA 3HAUA 5P3WA 3K5FA 1MRWA 1LS5A 3NU5A 1KJHA 4Y41A 4K4RA 3O9AA 2AVQA 2FIVA 4B1CA 3VFBA 4FM6A 5P6IA 3NDWA 1M4HA 5P29A 2QI7A 1KJ7A 1HTEA 1W51A 5P76A 2O4NA 1BWBA 5HCOA 3TLHA 1D4HA 5AH7A 2VS2A 5P1NA 4YCTA 4Y3SA 3RTMA 3FSMA 4ZSQA 2VNNA 5P5NA 2G1YA 3Q3TA 3UF3A 1FQ7A 3INHA 4LXKA 4J55A 2QD6A 5P1LA 5P4LA 3BVBA 2ZHVA 5DGWA 4KE1A 4Y44A 5P7LA 3FX5A 1A8GA 4XXSA 1MUIA 5P7DA 5DR3A 1FQ8A 3ZPSA 3R4BA 2NTRA 3ZKSA 5P8EA 4DH6A 3JVYA 2QI5A 4FL8A 5P3QA 5P6MA 5P3BA 5C9DA 2FGUA 1WKRA 1B6KA 4ACUA 1HXBA 3PEPA 3GGAA 5P33A 4Y4JA 5P2YA 4CPWA 3K4VC 4COEA 4Y47A 3K4VA 1HVLA 4B1DA 4BEKA 4Z4XA 2QMPA 1PPME 3INFA 3QBHA 5DQ1A 5P3CA 1XE5A 2JE4A 1SIVA 4YD7A 2PSUA 3PM4A 3GGXA 1ZLFA 3LIZA 3SFCA 1GVVA 3D20A 5HU0A 5P6RA 2V11C 3PSYA 2RENA 3OUDB 5P3DA 5P56A 2JJIA 4YE3A 1VIJA 4Y3AA 2PMAA 4Y4WA 2ZE1A 4J5JA 3LIQA 1IVQA 1OD1A 1QBRA 5OYRA 5AHBA 2IGYA 1M0BA 5HE4A 5P0RA 5P01A 4NJUA 2R43A 2QZKA 2OAHA 2XFJA 5P86A 5P41A 1KZKA 5I3WA 4GB2A 4Z22A 5P6XA 5I3YA 4OBJA 1EAGA 3SA3A 5DQ4A 4L1AB 2P4JA 1C6YA 1ER8E 3PMYA 5P17A 5P5OA 5P3EA 3U7SA 3LIYA 2VJ6A 2IS0A 5P6AA 1BDRA 3URJA 4ER4E 1IDBA 3UDKA 3VFAA 4U8WA 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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