4B70A

Aminoimidazoles as bace-1 inhibitors: from de novo design to ab- lowering in brain
Total Genus 100
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
100
sequence length
385
structure length
372
Chain Sequence
VEMVDNLRGKSGQGYYVEMTVGSPPQTLNILVDTGSSNFAVGAAPHPFLHRYYQRQLSSTYRDLRKGVYVPYTQGKWEGELGTDLVSIPHGPNVTVRANIAAITESDKFFINGSNWEGILGLAYAEIARPDDSLEPFFDSLVKQTHVPNLFSLQLCGAGGSMIIGGIDHSLYTGSLWYTPIRREWYYEVIIVRVEINGQDLKMDCKEYNYDKSIVDSGTTNLRLPKKVFEAAVKSIKAASSTEKFPDGFWLGEQLVCWQAGTTPWNIFPVISLYLMGEVTNQSFRITILPQQYLRPVEDVATSQDDCYKFAISQSSTGTVMGAVIMEGFYVVFDRARKRIGFAVSACHVHDEFRTAAVEGPFVTLDMEDCGY
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Core Refinement Toward Permeable Beta-Secretase (Bace-1) Inhibitors with Low Herg Activity.
pubmed doi rcsb
molecule keywords BETA-SECRETASE 1
molecule tags Hydrolase
source organism Homo sapiens
total genus 100
structure length 372
sequence length 385
ec nomenclature ec 3.4.23.46: Memapsin 2.
pdb deposition date 2012-08-16

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 4b70A01
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 4b70A02
2HB3A 5HVPA 5P7BA 2G1RA 5P85A 3SA4A 5P4MA 3INEA 5OZCA 5P6UA 5P1MA 5P5DA 1LYWB 1APUE 1BVGA 5C9FA 5P1BA 5P1CA 5AHCA 2AZCA 3GW5A 3EL4A 3NLSA 3R4BA 5OZKA 4DQBA 3BUGA 4Y3JA 5P8VA 1E80E 1QBSA 4Y4UA 4N00A 5P48A 5OZ0A 4CPXA 2AVSA 4Y54A 2IQGA 5P2XA 3UF3A 2AOCA 3PRSA 1LYWA 1HVIA 4Y5LA 3LIVA 1M4HA 4Y6MA 1SP5A 4L7JA 4LXAA 2AVQA 2O4NA 2NXMA 1OD1A 2OHQA 4JOOA 2RSPA 4Y5NA 5JFUA 3NWXA 4U7QA 3SKGA 5P3HA 3SA7A 1KJ7A 1T7JA 1LF2A 3G72A 3KFPA 5COKA 5OZLA 1WKRA 1HTGA 1ODXA 2F3EA 4D89A 1IDAA 5DR0A 3VUCA 2JYSA 3N4LA 1B6MA 5P78A 5P8EA 4I8WA 5P7OA 5P1AA 5IVQA 3L38A 2AVMA 2VA7A 3SA5A 5P1NA 2VJ6A 5DQ5A 5P0HA 4RCDA 5P29A 4ZSQA 4Z22A 2WEBA 4YHQA 8HVPA 2R3WA 1DW6C 5P0NA 2WEDA 4K9HA 3D1YA 3OTSA 3DK1A 5P5YA 5P6WA 3NR6A 2ASIA 5OZBA 5P5AA 1BVEA 5P1UA 5P8GA 5P5BA 4HVPA 2Q15A 4DFGA 5P65A 3QRVA 3D20A 2Q63A 5P2GA 4I0DA 2VIEA 1XS7D 5P3UA 5OZNA 1ZPAA 4DV9A 2AQUA 5OZIA 5P3YA 3D3TA 5P44A 4RRNA 4R92A 4PZXA 5P7MA 1G35A 5IE1A 5P4IA 5OZGA 2IEOA 4Y4BA 5P1ZA 5P3CA 2I4WA 5DR7A 1G0VA 4I1CA 5P4BA 5P55A 1Z1HA 2P3DA 4LBTA 3OQ7A 5P0QA 4DJYA 3L58A 5P39A 1UH7A 4DJPA 3BHEA 1EBWA 1FGCC 5P2EA 5OZ4A 4YD4A 5P5RA 5P7TA 3GGXA 5P86A 4F75A 3LITA 1T7IA 1LEEA 4ER1E 2VJ9A 5OZDA 5AHBA 2WF3A 5P5NA 4CPSA 2WECA 4CPUA 3OU1A 1XL2A 2PSVA 2XFIA 3EMYA 3KDCA 5SZ9A 1AJVA 2WKZA 5P3DA 4E43A 4ZIPA 3EM6A 2QHZA 4FM6A 5P54A 2QZKA 5OZVA 2B7FA 3UDHA 3O9FA 1FMBA 4Y5GA 2UY0A 4J17A 1SMRA 2VKMA 5OYUA 4GIDA 1MPPA 5P1WA 3KMYA 1XE5A 5P7VA 3O9EA 2PYMA 3A2OA 1ZBGA 4FRSA 4EQ0A 4Y3WA 5HE7A 4RRSA 5P1XA 1NPWA 1BBSA 4GJ7A 4Y3ZA 5P5XA 2R3TA 4X7IA 5P5FA 2QCIA 1JLDA 2AODA 2WL0A 3O9IA 5P56A 5P8MA 4IVTA 3LZYA 4RVIA 5P5PA 5P6CA 4Y3AA 1PSNA 4ER4E 5KR0A 2FDDA 5OZ8A 3O9BA 5P4XA 4I0JA 1OEWA 5OZ1A 5BRYA 1SIVA 3NSHA 5P8LA 4Y37A 2V10C 5P11A 3S43A 3ZL7A 4K4QA 2I0AA 4J0TA 2VIYA 3TL9A 4YCKA 5FIVA 5P66A 1DMPA 5P5OA 3VYEA 5OYZA 4AZYA 1E5OE 1K2CA 5KOSA 5P7FA 5P6PA 4Y3GA 3H0BA 2R5QA 3OK9A 1MT8A 5DQCA 2QAKA 5P0ZA 4Y3XA 1EPPE 2PYNA 2BJUA 2ER0E 3SM2A 2F80A 3H5BA 5P1OA 4I11A 1BXOA 4DJXA 3ZKQA 1F34A 4CPWA 3NDTA 5ER2E 1XN3A 3CKPA 5P3BA 5P6HA 3CYXA 1M43A 2V11C 4XKXA 1GVWA 4L1AB 5P0YA 5KR1A 1FFFC 1TSUA 2WF4A 2B60A 3IXJA 4J0YA 5OZ2A 2QI7A 5UPJA 3RU1A 2G26A 4YDFA 5OYSA 5P2YA 1EAGA 4Y5PA 3OXWA 4FRJA 5IS4A 1EPOE 2P4JA 4EJDA 1QBUA 3VYFA 1YTGA 3IVIA 5P30A 3LINA 4DQCA 4Y5EA 1MT9A 4H3JA 5P8UA 4A6CA 3OQKA 3PHVA 3GGAA 5OYYA 4ZLSA 4CPTA 5P4ZA 3UDMA 4BFBA 4Y5BA 3OUDB 1M0BA 4J1IA 4FS4A 5P0MA 2BB9A 4DUSA 5P75A 5P1TA 4Q1NA 4ACUA 5T4SA 3K4VA 4GB2A 5P89A 5P0CA 5P04A 1IIQA 3MSJA 4CP7A 2I4DA 1A9MA 5P5LA 3M9FA 4JP9A 3VV8A 4J54A 5P7CA 3R0WA 3JVWA 2XFKA 4BEKA 3WSJA 2IDWA 4HDFA 5EZZA 1C6YA 1EBYA 2P3BB 5ENKA 5P4SA 3F9QA 3KN0A 2XFJA 5P8JA 1AZ5A 3OADA 4ER2E 5IVRA 2RENA 3SA9A 1YX9A 3I7EA 3RSVA 1A8KA 3Q6YA 5P09A 2NMYA 4JPEA 2MIPA 5KAOA 2RMPA 5OZJA 2Z54A 3WB5A 3O9CA 3OHHA 4FRKA 5P74A 2G94A 4HEGA 2QNQA 5HU1A 5P2JA 1B6KA 5P8TA 2VNMA 4PPHA 3ZKSA 2PQZA 3EC0A 3CKRA 3PSUA 5P05A 3Q3TA 4QJAA 5OZTA 3OXCA 4GZFA 5P7JA 1IVPA 4HZTA 4HDPA 5P3MA 1W5YA 3PBDA 1K6VA 3PBZA 2FNTA 3HBOA 3BXRA 1ZSRA 3EKTA 4GJ8A 2OHUA 2BPYA 5P7XA 5P6IA 3WB4A 3OY4A 1W50A 4Y58A 5OZ9A 4A4QA 5P53A 5P8NA 5C9DA 2V00A 4Y3NA 4L7GA 5OZZA 3NDWA 3INDA 4DQEA 3EL0A 2NXDA 1LF4A 1OHRA 4TRYA 5P13A 4I0EA 2QI6A 1DIFA 3Q70A 3L5FA 2WHHA 4PYVA 5P5CA 2AOGA 2QI5A 4J0VA 5P8OA 3VV7A 3HAUA 1HIIA 4GJ6A 4B77A 5P1QA 5P07A 3PEPA 3KFRA 5P68A 5OZAA 3S2OA 3SQFA 2ZHVA 3FIVA 5AH9A 2QZLA 5P62A 5P51A 2BPXA 1IVQA 1HVKA 1FEJC 4FLGA 5HE4A 4RCFA 3FSMA 1RV7A 5P6TA 1MERA 4B1CA 1D4LA 1BWAA 2R9BA 2IGYA 1U8GA 2QD6A 1ME6A 4ZE6A 3ZPTA 1C70A 4WY1A 4I0IA 2ZJKA 5HDUA 3TKWA 5OZQA 3OGPA 2F3KA 1AIDA 3PGIA 1BV7A 5P73A 1D4KA 2HS2A 5P4FA 2HIZA 3EM4A 5P5VA 4FM7A 4Y3QA 2R43A 3PSGA 2QP8A 4QJ7A 1QBRA 1Z8CA 3S7MA 3KMXA 3TPJA 3HZCA 2ER9E 1FKNA 4OC6A 4MC1A 1MSNA 3T6IA 5P3ZA 1HVRA 4NJTA 4YD5A 2F3FA 1QDMA 5P4VA 4BELA 3ZOVA 5P37A 5P7PA 3OAGB 3MSLA 2FDPA 1MRXA 5P32A 1W5WA 5P20A 1XL5A 5P0FA 3SKFA 5P80A 4EPJA 1CMSA 2O4PA 3UHLA 5HDXA 3O9HA 4B72A 5CONA 1ZAPA 3B7VA 5KQYA 3TPRA 4Y4JA 5P3RA 4Y9WA 1LF3A 3UQXA 4FSLA 3GI4A 2QI0A 5P17A 4AMTA 4D88A 2Q3KA 5P24A 1B11A 5P8IA 1T6EX 5P4PA 2NNKA 1T7KA 1PSOE 5IVTA 5C9BA 5P8PA 4PZWA 2H6TA 2PWCA 3IN3A 4GJ9A 2VNNA 3TPLA 2ZHTA 1FQ5A 3RTMA 4Y4TA 3FNSA 2QK5A 2WEAA 1ODYA 1ZLFA 4EP2A 4I0ZA 4KE0A 2BBBA 5P8FA 4DQFA 3QRMA 5P0PA 1RL8A 3IXKA 5P1LA 4UPJA 3L5CA 3U6AA 5P4RA 4J1FA 1UPJA 3UDNA 4ZPEA 3B80A 5AHAA 1EEDP 5P2VA 4DH6A 2V13A 5HCTA 5P6NA 5OZWA 4ZSPA 5P6JA 3RVIA 4RYCA 3TKGA 4M8YA 2OF0A 5P1HA 3K5CA 1BDRA 2BQVA 4DJVA 1HIVA 6FIVA 3VEUA 2OHLA 5P0DA 5P7KA 2HB4A 5HE5A 3D91A 1QBTA 5P1DA 5P3SA 1HTFA 3PSYA 2HPFA 5P0XA 3KA2A 4Y50A 5DQ1A 2BKSA 1K2BA 3K1WA 3HDKA 5P02A 5I3YA 1RNEA 2AOHA 3OXVA 4FSEA 5P4AA 1SIPA 3ZMGA 3PJ6A 5P36A 5KR2A 3G6ZA 4OBHA 4EYRA 3BUHA 2NMZA 3PI0A 3SFCA 3URLA 2FIVA 1K6TA 1LV1A 2HC0A 4EXHA 3K4VC 2B8LA 1VIJA 2G1YA 3PCZA 5P8RA 5P6LA 5KOQA 1YM4A 4OBGA 4Y3PA 2AOIA 2PC0A 1HEGE 5P61A 2FGVA 4WTUA 3LIXA 2G22A 4RGHA 4U8WA 5BWYA 2CEJA 3Q5HA 5P33A 2H6SA 4OBZB 1ZP8A 5P79A 5P4UA 5OZ5A 5P2BA 1TW7A 4R91A 2AOFA 2G24A 3UQRA 4TVGA 3MSKA 3L5DA 4LHHA 2APRA 5P0OA 2ZJLA 2QI3A 4HE9A 5P77A 5DGUA 5P2HA 5IVSA 3LPJA 1ZTZA 2ZHRA 5P70A 3OQAA 4YBIA 4F74A 1VIKA 5P63A 3PLDA 5OZ6A 2ZHUA 4Y4DA 3UDKA 2ZJJA 5P3FA 4CPQA 1QS8A 5P2QA 5P5SA 1HXWA 5P2TA 4LAPA 4Y43A 4J1EA 5P43A 5TOLA 1EC1A 2QHCA 4YOAA 5F01A 4EJ8A 3LIYA 3O9LB 2QZXA 2Q54A 4KUPA 5P0RA 3RTHA 1MRWA 3OU4B 1APTE 1GVUA 2ZDZA 1RQ9A 5P5JA 2V16C 2F81A 3ER3E 5P25A 1AM5A 1B6PA 3IGBA 5P2CA 4I10A 1XE6A 3VF3A 5P7SA 5OZHA 3U71A 4GJDA 4GJAA 4Y4ZA 4Y5CA 2JXRA 4Y57A 2PK6A 3LNKA 5J25A 4AA9A 2O40A 4Y3YA 3OGQA 3O9LA 3NUJA 4RCEA 3ZKNA 5P6RA 4QJ6A 4CPRA 1MEUA 4Y44A 4R8YA 4H3GA 3L3AA 3EKPA 3PM4A 2OHSA 4Y5MA 1GKTA 1D4IA 5B18A 5P7GA 5P4NA 5P00A 3SLZA 2HM1A 4YE3A 5P4YA 5P31A 1FQXA 1A8GA 1HTRB 1HVSA 5P3OA 1EPLE 3PI5A 5JODA 5P5MA 1J71A 1A30A 1SDVA 4LL3A 5P64A 7HVPA 4Y47A 3QAAA 1EPRE 5P2MA 4QJ2A 5P57A 4Y38A 4EP3A 3UDJA 3KM4A 5P6BA 5P4KA 1KJ4A 5KQXA 5ER1E 4L6BA 3KT2A 4JPCA 5KR8A 3EBZA 7UPJA 4Y51A 5PEPA 4DQHA 3FKTA 3URJA 3EKWA 4I0FA 4ACXA 9HVPA 5P6QA 3VF5A 2CENA 4WY6A 2XYEA 3VFBA 3ZPUA 1PFZA 5P3XA 5P6ZA 2A1EA 5P5GA 6UPJA 5KQFA 3GGVA 3EL1A 4I0GA 3VCMA 3CKTA 2WF1A 3I2LA 4Y53A 1IZIA 1BIMA 1EBKC 1RPIA 2ER7E 5HD0A 5P6SA 1E81E 2WF2A 5OYVA 5OZ7A 3HLOA 2OHPA 5P1PA 4DPFA 3UDYA 2UXZA 3SPKA 1D4JA 4RYGA 3UPJA 2XYFA 4Y5AA 5P1GA 2AVVA 3OXXA 1IZDA 4L1AA 5P8HA 4DJRA 3VG1A 5P6AA 2OAHA 1AJXA 1G2KA 3DOXA 1HOSA 4XXSA 5F00A 3URIA 4D85A 3CIDA 2QMDA 1CZIE 5P8DA 4OBKA 3QBHA 1EC2A 2ZJIA 3TPPA 3IVHA 5COOA 5P58A 1MESA 5P40A 5AH8A 4Y5KA 1TCXA 2NXLA 3LHGA 5P3EA 5P7NA 2J9JB 4HLAA 2QNPA 5P0JA 2IKOA 5P27A 4PHVA 5OYRA 3CMSA 4DJWA 2CEMA 3OUDA 3MWSA 2QI1A 5OZYA 1EPME 3QN8A 4Y3TA 2O4KA 1MUIA 2QNNA 5P60A 5EZXA 1HTEA 4MC9A 4DJOA 3I25A 4TRWA 1CPIA 4FE6A 4TRZA 4K4RA 4RVXA 4YCTA 5OZOA 4YD3A 3BVAA 1EBZA 1PPLE 1A94A 1PSAA 1HVHA 1TQFA 1HHPA 3SABA 5OZ3A 3KFSA 2HS1A 4Q1XA 2G27A 2BPWA 5P12A 5APRE 1FLHA 5P76A 1LYBB 3KF0A 1SGUA 4OBDA 5DR1A 2VA6A 2FMBA 1EPQE 3FNTA 2OHTA 3QI1A 2A4FA 5P5TA 2P3BA 5HTZA 3VF7A 4NPUA 3BRAA 2Q5KA 4Y39A 3INFA 3EKVA 2QU3A 4LXKA 1T3RA 5P1JA 4EJKA 3NWQA 3VSWA 4EHCA 3QPJA 1MT7A 5P38A 2IKUA 2NR6A 5P2AA 3HW1A 3WZ8A 3PWWA 1SGZA 2RKGA 4FAEA 3BC4A 3JVYA 1W5XA 5P8KA 4R93A 2HPEA 1F7AA 2I4XA 4I8ZA 5P28A 2I0DA 5P8SA 4Y3SA 5P87A 2QZWA 3WZ7A 1B6JA 4YCYA 4Y4XA 3APRE 2ZJNA 1FMUA 1NH0A 5P06A 5P3VA 5P46A 5SY2A 4YDGA 3L59A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 2HB3 A;  5HVP A;  5P7B A;  2G1R A;  5P85 A;  3SA4 A;  5P4M A;  3INE A;  5OZC A;  5P6U A;  5P1M A;  5P5D A;  1LYW B;  1APU E;  1BVG A;  5C9F A;  5P1B A;  5P1C A;  5AHC A;  2AZC A;  3GW5 A;  3EL4 A;  3NLS A;  3R4B A;  5OZK A;  4DQB A;  3BUG A;  4Y3J A;  5P8V A;  1E80 E;  1QBS A;  4Y4U A;  4N00 A;  5P48 A;  5OZ0 A;  4CPX A;  2AVS A;  4Y54 A;  2IQG A;  5P2X A;  3UF3 A;  2AOC A;  3PRS A;  1LYW A;  1HVI A;  4Y5L A;  3LIV A;  1M4H A;  4Y6M A;  1SP5 A;  4L7J A;  4LXA A;  2AVQ A;  2O4N A;  2NXM A;  1OD1 A;  2OHQ A;  4JOO A;  2RSP A;  4Y5N A;  5JFU A;  3NWX A;  4U7Q A;  3SKG A;  5P3H A;  3SA7 A;  1KJ7 A;  1T7J A;  1LF2 A;  3G72 A;  3KFP A;  5COK A;  5OZL A;  1WKR A;  1HTG A;  1ODX A;  2F3E A;  4D89 A;  1IDA A;  5DR0 A;  3VUC A;  2JYS A;  3N4L A;  1B6M A;  5P78 A;  5P8E A;  4I8W A;  5P7O A;  5P1A A;  5IVQ A;  3L38 A;  2AVM A;  2VA7 A;  3SA5 A;  5P1N A;  2VJ6 A;  5DQ5 A;  5P0H A;  4RCD A;  5P29 A;  4ZSQ A;  4Z22 A;  2WEB A;  4YHQ A;  8HVP A;  2R3W A;  1DW6 C;  5P0N A;  2WED A;  4K9H A;  3D1Y A;  3OTS A;  3DK1 A;  5P5Y A;  5P6W A;  3NR6 A;  2ASI A;  5OZB A;  5P5A A;  1BVE A;  5P1U A;  5P8G A;  5P5B A;  4HVP A;  2Q15 A;  4DFG A;  5P65 A;  3QRV A;  3D20 A;  2Q63 A;  5P2G A;  4I0D A;  2VIE A;  1XS7 D;  5P3U A;  5OZN A;  1ZPA A;  4DV9 A;  2AQU A;  5OZI A;  5P3Y A;  3D3T A;  5P44 A;  4RRN A;  4R92 A;  4PZX A;  5P7M A;  1G35 A;  5IE1 A;  5P4I A;  5OZG A;  2IEO A;  4Y4B A;  5P1Z A;  5P3C A;  2I4W A;  5DR7 A;  1G0V A;  4I1C A;  5P4B A;  5P55 A;  1Z1H A;  2P3D A;  4LBT A;  3OQ7 A;  5P0Q A;  4DJY A;  3L58 A;  5P39 A;  1UH7 A;  4DJP A;  3BHE A;  1EBW A;  1FGC C;  5P2E A;  5OZ4 A;  4YD4 A;  5P5R A;  5P7T A;  3GGX A;  5P86 A;  4F75 A;  3LIT A;  1T7I A;  1LEE A;  4ER1 E;  2VJ9 A;  5OZD A;  5AHB A;  2WF3 A;  5P5N A;  4CPS A;  2WEC A;  4CPU A;  3OU1 A;  1XL2 A;  2PSV A;  2XFI A;  3EMY A;  3KDC A;  5SZ9 A;  1AJV A;  2WKZ A;  5P3D A;  4E43 A;  4ZIP A;  3EM6 A;  2QHZ A;  4FM6 A;  5P54 A;  2QZK A;  5OZV A;  2B7F A;  3UDH A;  3O9F A;  1FMB A;  4Y5G A;  2UY0 A;  4J17 A;  1SMR A;  2VKM A;  5OYU A;  4GID A;  1MPP A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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