4B72A

Aminoimidazoles as bace-1 inhibitors: from de novo design to ab- lowering in brain
Total Genus 103
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
103
sequence length
388
structure length
376
Chain Sequence
GSFVEMVDNLRGKSGQGYYVEMTVGSPPQTLNILVDTGSSNFAVGAAPHPFLHRYYQRQLSSTYRDLRKGVYVPYTQGKWEGELGTDLVSIPHGPNVTVRANIAAITESDKFFINGSNWEGILGLAYAEIARPDDSLEPFFDSLVKQTHVPNLFSLQLCGAVGGSMIIGGIDHSLYTGSLWYTPIRREWYYEVIIVRVEINGQDLKMDCKEYNYDKSIVDSGTTNLRLPKKVFEAAVKSIKAASSTEKFPDGFWLGEQLVCWQAGTTPWNIFPVISLYLMGEVTNQSFRITILPQQYLRPVEDVATSQDDCYKFAISQSSTGTVMGAVIMEGFYVVFDRARKRIGFAVSACHVHDEFRTAAVEGPFVTLDMEDCGY
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Core Refinement Toward Permeable Beta-Secretase (Bace-1) Inhibitors with Low Herg Activity.
pubmed doi rcsb
molecule keywords BETA-SECRETASE 1
molecule tags Hydrolase
source organism Homo sapiens
total genus 103
structure length 376
sequence length 388
ec nomenclature ec 3.4.23.46: Memapsin 2.
pdb deposition date 2012-08-16

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 4b72A01
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 4b72A02
2IQGA 2XFJA 5P3UA 4OC6A 5P1OA 2HPEA 4Y5NA 4AA9A 3KF0A 5P3GA 1PROA 1B6LA 4Q1WA 1NPAA 4TVGA 1W51A 4WTUA 5C9DA 5OZAA 1FF0C 4K4RA 5P7PA 5P4JA 3VG1A 4TVHA 4RGHA 4K8SA 3OADA 1TZSA 4I8WA 4Y48A 4Y4BA 3HBOA 3EM3A 4NJUA 5P47A 4I10A 5P1JA 5P02A 2BJUA 5P0PA 3MSJA 4Y5BA 3LIYA 2NNKA 2BPVA 4OBFA 2PWRA 2QD8A 1GVTA 2P3BA 5IVSA 2QAKA 3SPKA 5P3HA 3K1WA 4LBTA 4OBGA 4NJTA 5P8HA 4FE6A 5DR7A 4DJOA 4BFDA 4B78A 1HTRB 2HC0A 1HIIA 3BUFA 4DQEA 2IKUA 1B6PA 4Y4DA 4EJKA 1GVXA 1IZIA 3FX5A 4Y3SA 3TKGA 5P7GA 5P4BA 3QAAA 2UY0A 2WF0A 5P2JA 4APRE 2F81A 2ZHRA 2R5PA 2FGUA 4ZSQA 1PSOE 1HRNA 3UCBA 3NWXA 3D3TA 2Q54A 1LYAB 2VJ9A 2BKTA 2IKOA 4YOBA 1SMEA 4EQ0A 2QMDA 2Q11A 1PPKE 3BUGA 3QIHA 4IVTA 2QK5A 4Y3TA 4EJLA 3PWRA 5AGZA 3L5DA 2OHKA 2NMZA 3HVGA 4R91A 4FRSA 5P6LA 2NTRA 3EKWA 5P4KA 5OZZA 1BV9A 3NDWA 5P77A 3OTSA 1XN3A 5P7JA 1BVEA 1LYBA 2R3TA 4OD9A 1MIQA 1MTRA 4R93A 2BKSA 4GB2A 3LZSA 1HOSA 3VYDA 1HSGA 4HLAA 3PI0A 2AOGA 4F75A 4ZLSA 4U7VA 1EC3A 2ANLA 3UQPA 1QS8A 2OHQA 1IVPA 4F76A 4GJAA 2QMFA 1FMUA 4Y5LA 3PVKA 3TOFA 4LXMA 4Y39A 4GJ7A 4Y4GA 5P28A 5P0UA 5P27A 3K5DA 5P68A 5P0EA 1T3RA 5P26A 1MT9A 2HB3A 5AHAA 3OQKA 3INHA 5P5QA 5P29A 5HU0A 5OZ6A 4ZSMA 4ER4E 5P2GA 4B1DA 6UPJA 4XXSA 2NPHA 4Z50A 5P7IA 5P0TA 4YCTA 4J1IA 2R43A 4Y44A 1BWAA 5JG1A 3PBDA 2I4XA 1KJ7A 4I11A 1EEDP 4NJSA 3LNKA 2JXRA 3F9QA 1GNOA 5P5RA 3BXSA 4NPUA 1TSQA 3KM4A 1MT8A 3NU6A 2B42A 2QMGA 1VIKA 1BWBA 5P44A 5DGUA 2HAHA 3VLAA 4OC6B 5DQ1A 5P0YA 1CZIE 5P7TA 5P80A 3SO9A 4Y3QA 4AMTA 5P2TA 4J1FA 5C9FA 3CICA 2P3AA 4DPFA 3VF3A 5P3ZA 5HVPA 4Y35A 3U7SA 5P22A 3OADB 2QNNA 4XX3A 5P45A 1BDQA 5P1XA 3PM4A 1IVQA 4DFGA 3ZPSA 4GMIA 1D4KA 4RROA 1YTIA 2G22A 3JW2A 3DCKA 3IN3A 4K9HA 4L7HA 5P37A 2QHYA 5P67A 5P6OA 5P6IA 4YA8A 4YDGA 5P0BA 3BVAA 4PPHA 1G35A 2P3BB 4J0VA 1SP5A 4FRKA 1W6HA 3FNTA 3QBHA 5P4DA 1SDVA 3RVIA 3R0YA 1BV7A 5P7VA 1IIQA 1ZBGA 4CPRA 3HVPA 5P7XA 4I0ZA 5P86A 3HAWA 2AOIA 5AHCA 5OYUA 3I6OA 5P6BA 5OZQA 5P5MA 4WY6A 2PWCA 6APRE 2FDDA 2QI7A 5HDXA 1FMBA 3UDYA 1APTE 5P7CA 1BILA 1G0VA 2H6TA 5P72A 1GVWA 5KOSA 4Y4AA 4MC9A 3LZYA 4I0DA 5P8JA 2VA5A 5OZRA 5P18A 4CPWA 2AVVA 5ISKA 5P5WA 5P58A 5OYTA 4RCEA 4L1AA 3ZKGA 3MSKA 5P5YA 5P81A 2Q15A 3R2FA 4HE9A 3RTNA 5P54A 4J17A 3L59A 1OEXA 4GJ6A 1AJVA 2WF3A 4HVPA 1LYBB 5P1AA 4OD9B 3T7XA 5P5GA 5P2HA 2F8GA 5P5EA 5P59A 1HVJA 5P66A 1LS5A 3UQUA 5P3TA 5DGWA 3L5BA 3LIZA 4RRNA 5P46A 1HIVA 3G72A 1EPQE 5COOA 2ER6E 5P16A 1HEFE 5P5NA 4YCKA 2OHPA 3KFRA 4RYGA 2FNTA 5P89A 3EKVA 3FIVA 4ZPGA 5P1NA 1HPXA 4E43A 2G1OA 5P3RA 1EC2A 4Z22A 2WEBA 5P1EA 5P51A 1YT9A 1Z1HA 2QI5A 3I7EA 2HB2A 2ZHVA 4Z4XA 2QHCA 1UH7A 4Y41A 1T6GA 4I8ZA 2ZJHA 5OZHA 1HVCA 3OXVA 4Y3HA 2G20A 2O4SA 5P0QA 2XYEA 5P3BA 5OZWA 2FDPA 3UDJA 5P1IA 3NR6A 4Z2ZA 2G24A 2QHZA 4D83A 3BXRA 4CP7A 4L7GA 5P71A 4FAEA 3KFNA 1QDMA 1T7KA 1QBRA 3UQWA 5OZJA 5P05A 3PSYA 2WHHA 5OZ2A 5P23A 4FRIA 4F73A 2G94A 4Y4JA 3IN4A 5P4XA 3KFPA 5OZ8A 1XE5A 2V11C 5P8NA 3K5CA 5P1FA 5OYYA 2G1SA 3ZKXA 4KUPA 5OYWA 4H3JA 1K6PA 1MT7A 3FSMA 3ZKMA 2B7FA 3TKWA 5F01A 3SQFA 5DQCA 3LIQA 5P06A 3SFCA 1IBQA 2JJIA 5SY2A 4Y3FA 2OHTA 4LXKA 1EPLE 3OHFA 5DQ2A 2Z54A 1BVGA 5DR4A 5P15A 4Y9WA 5P3YA 5P0FA 5P0NA 3DK1A 4DH6A 3O9FA 3SA8A 4AZYA 3H0BA 1A9MA 4YBIA 3CYXA 4QJ8A 2RKGA 2P83A 1HSHA 5P43A 2I4UA 5P1DA 5P63A 4GZFA 1BAIA 5P7DA 4GJ9A 1K2CA 4H3FA 4X2LA 5P0WA 2AODA 5DPZA 1D4SA 1EPNE 2VIZA 2PYMA 2G69A 4EHCA 4LAPA 3OU1B 1ZTZA 2R9BA 3BHEA 3VV8A 2G1RA 3OHHA 3QRSA 4H1EA 5IVQA 4HDPA 4Y5KA 2VA7A 5P52A 3R0WA 4S1GA 4MC6A 1RPIA 5KQFA 5P4PA 1WBMA 2QI6A 2ER9E 4DQGA 2AOHA 5HE4A 3VFBA 5E5KA 5P3XA 5OZCA 4A6BA 3DOXA 4RVJA 5ER2E 4D8CA 1LYWA 4Y57A 5P3NA 4NPTA 2XFIA 1MTBA 3S2OA 1F7AA 3FKTA 1M0BA 4L1AB 4UPJA 3APRE 3PCZA 5P8FA 5P2KA 5P5JA 3QVIA 3UDHA 4B77A 5P2OA 1YTHA 4FM7A 5P88A 2ZJMA 1MPPA 5P5IA 3CKTA 2QNQA 3INFA 4GJCA 7HVPA 3O9LA 3ZOVA 3S43B 3FNUA 4DJXA 1FG6C 4DJYA 3ZPTA 5P5KA 1PPME 1DP5A 3N4LA 4YBFA 1E5OE 2QU3A 1ENTE 4ZEAA 5P4NA 1YX9A 1DMPA 3AUPA 5P53A 1HVSA 3S7MA 1EPPE 5P8TA 5P11A 3RSXA 2NNPA 3DM6A 3PGIA 2V16C 3EM4A 1ODWA 3WSJA 3ZKNA 5HTZA 2OHUA 3OUBA 4PEPA 4Y56A 4J1HA 1E80E 1NPVA 4Y5GA 2ZJLA 5P8MA 5P7FA 5P7NA 5P6MA 3I2LA 3NDXA 4YD3A 4Y4WA 1RNEA 5ER1E 2FXEA 1WKRA 1K2BA 3UF3A 3IVHA 3JVYA 3L5EA 1B11A 5OYVA 3TOHA 4JOOA 4K4PA 2BPYA 1RV7A 4J0ZA 5P32A 5P0KA 3ZPUA 5P6DA 5P6GA 4EP2A 1LF2A 5OZ0A 3O9HA 3UPJA 3O99A 3UDKA 5OZGA 1IDBA 3HW1A 4GYEA 3VFAA 3GI5A 4F74A 4K4QA 3CMSA 4DQHA 4HDBA 1FGCC 4KB9A 3O9AA 3RSVA 5P1MA 5P57A 3WB5A 1RQ9A 2BPWA 3UQRA 2HB4A 2F3KA 1T6EX 5OZ9A 5P3SA 1Z8CA 3TPRA 3UHLA 5SXNA 5OZKA 1HTFA 3A2OA 4R8YA 1YTGA 5P5UA 4AA8A 4YCYA 4OBJA 3D91A 2PSGA 5P2FA 4I1CA 3OQAA 5P1KA 3OU4A 3OXXA 3O9IA 4XKXA 2XFKA 3CYWA 1EAGA 1FQXA 1YG9A 5P8VA 1YTJA 2FNSA 1QBTA 2PSVA 5P08A 2I1AA 5P4VA 4YD7A 3GI4A 3GGUA 2AVOA 4EPJA 3UFNA 1XL2A 1BXOA 5P2CA 1D4IA 1HVIA 5OYZA 3S53A 1ZLFA 4CMSA 5P25A 1EC0A 2WJOA 1HPOA 3PWMA 5P0ZA 3VF7A 3ZLQA 4ZE6A 5T4SA 1KJFA 3UDQA 3K5GA 5P85A 1A8GA 3PBZA 5P2MA 4DI2A 3SA3A 4EQJA 5P2ZA 5P4AA 1KJHA 5IE1A 1B6KA 1G2KA 4Y37A 5P4IA 3Q6YA 5P4CA 7UPJA 5OZLA 1EBYA 1BIMA 5P7KA 5P8GA 1XE6A 5IS4A 1Q9PA 4B70A 2QZWA 1EC1A 3ZL7A 2O4KA 4ZSPA 1LF4A 3GGAA 5HDZA 4DQFA 5P1HA 4CPXA 5P00A 1LYWB 4RLDA 4M8XA 1RL8A 2G1YA 3TPJA 1MERA 3ZKQA 4Y4ZA 5P7LA 2QI0A 2AZ9A 3ZMGA 4PHVA 1GKTA 3SA7A 2F80A 5P17A 5P8CA 3BRAA 3H5BA 2O4PA 3IXKA 5P87A 2Q63A 4Y4EA 2VJ6A 3URLA 2RMPA 4Y51A 5COKA 1NH0A 3IAWA 5P7AA 1HVLA 3SABA 3OUCA 5UPJA 4DVFA 5AH9A 2HS1A 5HD0A 2QZXA 4Y4TA 1EPME 4FM8A 4Q1XA 3O9LB 1FKNA 3PLDA 2PK6A 3L5CA 4Y3AA 3PSGA 4DV9A 4KE1A 5P6ZA 5P4ZA 4J55A 5P6TA 4I0GA 3PHVA 3S45A 5KQXA 3INDA 4QLHA 1W5VA 2AZBA 1PSAA 4I0EA 5OZ4A 3D1ZA 2OHLA 3IA9A 3UDMA 3NWQA 4U7QA 1IZEA 5P3WA 3QRVA 3RTMA 4DQCA 1FB7A 5P38A 3PSUA 1ZPAA 5P1LA 1MSNA 5P4FA 2PK5A 4RZ1A 1HWRA 4B1EA 2JYSA 3EL0A 2FDEA 5OZMA 5P8LA 1META 5P7OA 1BDLA 4A6CA 3OQ7A 3HLOA 3TNEA 2B60A 5P6SA 5P4SA 3OU1A 3OUDA 5P31A 5I3YA 1HXWA 3KDBA 1SMRA 1APVE 2IGYA 5DR1A 4J54A 4J0PA 4Y43A 1EBKC 4NJVA 4Y3MA 3OU3A 5P5FA 2WEZA 3EC0A 1ODYA 1C70A 4Y45A 5P76A 4FS4A 5P09A 5KOQA 4JECA 1W5XA 2CEJA 3L38A 5P6FA 4DQBA 4QJAA 1K6VA 2IS0A 5P20A 1IZDA 5P75A 4DJUA 1A94A 2RKFA 4FL8A 3WZ6A 5P10A 1YM2A 5P36A 4J1EA 2APRA 4DPIA 1LV1A 5P5PA 5P2XA 3OU4B 5HE7A 5P41A 2PMAA 4ZPFA 5P3CA 2XYFA 3DJKA 4QJ7A 3QRMA 4CPUA 4Y5PA 1FQ8A 4GIDA 4QJ6A 2B8VA 3GGVA 4TRYA 3S43A 2BPXA 5P4GA 1SH9A 2ZHSA 1ER8E 3FV3A 1W5WA 5P12A 5P1TA 4ACUA 4YE3A 4EJ8A 5P6EA 3PJ6A 5KR1A 3PMUA 1FQ5A 3ZKSA 1EBZA 2IENA 2OHSA 5P4HA 2P8HA 3GW5A 1K6TA 3OY4A 2B8LA 1BXQA 2AOEA 1OHRA 1EPOE 3IXJA 5P61A 1A30A 1QBSA 3K5FA 3NU4A 5HDVA 4PYVA 5P6VA 4BFBA 5P2EA 1E82E 2MIPA 2J9JA 2AVQA 1N49A 3NYGA 5P40A 1ODXA 3PCWA 1MRXA 2ZJJA 4Y5AA 2V10C 3URJA 5OZPA 5P8DA 4DJRA 5P4TA 5ISJA 2UXZA 1FIVA 1LZQA 1EPRE 1HVKA 2ZJIA 3S54A 4Y3YA 2UPJA 3UDPA 2R38A 4YD5A 2OHMA 2ZJNA 4EXHA 4R5NA 2BBBA 5P1BA 5P74A 1HVHA 3UDRA 1OD1A 4Q1YA 3MSLA 3EXOA 4Y3DA 3CKPA 5IVTA 1KJ4A 3SKGA 3OXCA 5P1WA 3TH9A 3B80A 5HCTA 3SA6A 5P0VA 3HDKA 3Q70A 4IVSA 5PEPA 4YDFA 5P6JA 3O9GA 1HVRA 1NSOA 3TPPA 5JODA 4FCOA 5P7WA 5P2QA 5P6WA 1MRWA 1DAZC 1F34A 3TOGA 4Y36A 5P0LA 5EZXA 2G26A 3M9FA 5I70A 4QJ9A 3KA2A 5P5TA 5P2RA 5EZZA 5I3XA 1KZKA 2F3EA 5AH7A 3KYRA 1AXAA 1XL5A 3LIXA 5P2YA 3URIA 3WZ8A 4D88A 3K4VA 1OEWA 4YD4A 5P3DA 5P7BA 3DCRA 3DV5A 3MWSA 2R8NA 4CKUA 5P64A 5OYRA 5OZNA 5P8QA 3O9DA 3R1GB 1FFIC 5OZSA 2BQVA 3OGPA 2Q55A 5P8IA 3EM6A 5P19A 4ZPEA 4X7IA 5OYQA 4Y50A 1U8GA 5DQ4A 5P2NA 4EP3A 5P83A 4Y38A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 2IQG A;  2XFJ A;  5P3U A;  4OC6 A;  5P1O A;  2HPE A;  4Y5N A;  4AA9 A;  3KF0 A;  5P3G A;  1PRO A;  1B6L A;  4Q1W A;  1NPA A;  4TVG A;  1W51 A;  4WTU A;  5C9D A;  5OZA A;  1FF0 C;  4K4R A;  5P7P A;  5P4J A;  3VG1 A;  4TVH A;  4RGH A;  4K8S A;  3OAD A;  1TZS A;  4I8W A;  4Y48 A;  4Y4B A;  3HBO A;  3EM3 A;  4NJU A;  5P47 A;  4I10 A;  5P1J A;  5P02 A;  2BJU A;  5P0P A;  3MSJ A;  4Y5B A;  3LIY A;  2NNK A;  2BPV A;  4OBF A;  2PWR A;  2QD8 A;  1GVT A;  2P3B A;  5IVS A;  2QAK A;  3SPK A;  5P3H A;  3K1W A;  4LBT A;  4OBG A;  4NJT A;  5P8H A;  4FE6 A;  5DR7 A;  4DJO A;  4BFD A;  4B78 A;  1HTR B;  2HC0 A;  1HII A;  3BUF A;  4DQE A;  2IKU A;  1B6P A;  4Y4D A;  4EJK A;  1GVX A;  1IZI A;  3FX5 A;  4Y3S A;  3TKG A;  5P7G A;  5P4B A;  3QAA A;  2UY0 A;  2WF0 A;  5P2J A;  4APR E;  2F81 A;  2ZHR A;  2R5P A;  2FGU A;  4ZSQ A;  1PSO E;  1HRN A;  3UCB A;  3NWX A;  3D3T A;  2Q54 A;  1LYA B;  2VJ9 A;  2BKT A;  2IKO A;  4YOB A;  1SME A;  4EQ0 A;  2QMD A;  2Q11 A;  1PPK E;  3BUG A;  3QIH A;  4IVT A;  2QK5 A;  4Y3T A;  4EJL A;  3PWR A;  5AGZ A;  3L5D A;  2OHK A;  2NMZ A;  3HVG A;  4R91 A;  4FRS A;  5P6L A;  2NTR A;  3EKW A;  5P4K A;  5OZZ A;  1BV9 A;  3NDW A;  5P77 A;  3OTS A;  1XN3 A;  5P7J A;  1BVE A;  1LYB A;  2R3T A;  4OD9 A;  1MIQ A;  1MTR A;  4R93 A;  2BKS A;  4GB2 A;  3LZS A;  1HOS A;  3VYD A;  1HSG A;  4HLA A;  3PI0 A;  2AOG A;  4F75 A;  4ZLS A;  4U7V A;  1EC3 A;  2ANL A;  3UQP A;  1QS8 A;  2OHQ A;  1IVP A;  4F76 A;  4GJA A;  2QMF A;  1FMU A;  4Y5L A;  3PVK A;  3TOF A;  4LXM A;  4Y39 A;  4GJ7 A;  4Y4G A;  5P28 A;  5P0U A;  5P27 A;  3K5D A;  5P68 A;  5P0E A;  1T3R A;  5P26 A;  1MT9 A;  2HB3 A;  5AHA A;  3OQK A;  3INH A;  5P5Q A;  5P29 A;  5HU0 A;  5OZ6 A;  4ZSM A;  4ER4 E;  5P2G A;  4B1D A;  6UPJ A;  4XXS A;  2NPH A;  4Z50 A;  5P7I A;  5P0T A;  4YCT A;  4J1I A;  2R43 A;  4Y44 A;  1BWA A;  5JG1 A;  3PBD A;  2I4X A;  1KJ7 A;  4I11 A;  1EED P;  4NJS A;  3LNK A;  2JXR A;  3F9Q A;  1GNO A;  5P5R A;  3BXS A;  4NPU A;  1TSQ A;  3KM4 A;  1MT8 A;  3NU6 A;  2B42 A;  2QMG A;  1VIK A;  1BWB A;  5P44 A;  5DGU A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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