4BFDA

Crystal structure of bace-1 in complex with chemical ligand
Total Genus 102
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
102
sequence length
390
structure length
372
Chain Sequence
RGSFVEMVDNLRGKSGQGYYVEMTVGSPPQTLNILVDTGSSNFAVGAAPHPFLHRYYQRQLSSTYRDLRKGVYVPYTQGKWEGELGTDLVSIPHGPNVTVRANIAAITESDKFFINGSNWEGILGLAYAEIARPDDSLEPFFDSLVKQTHVPNLFSLQLCGSVGGSMIIGGIDHSLYTGSLWYTPIRREWYYEVIIVRVEINGQDLKMDCKEYNYDKSIVDSGTTNLRLPKKVFEAAVASIKAASSTEKFPDGFWLGEQLVCWQAGTTPWNIFPVISLYLMGEVTNQSFRITILPQQYLRPVEDDCYKFAISQSSTGTVMGAVIMEGFYVVFDRARKRIGFAVSACHVHDEFRTAAVEGPFVTLDMEDCGYN
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Bace1 Inhibitors: A Head Group Scan on a Series of Amides.
pubmed doi rcsb
molecule keywords BETA-SECRETASE 1
molecule tags Hydrolase
source organism Homo sapiens
total genus 102
structure length 372
sequence length 390
ec nomenclature ec 3.4.23.46: Memapsin 2.
pdb deposition date 2013-03-18

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 4bfdA01
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 4bfdA02
1G2KA 4Y4AA 4Y3JA 2WEDA 1MT9A 2V10C 3UDPA 3KFNA 4DQHA 2IQGA 5P4GA 2V12C 5P2BA 5P2HA 1WBMA 5P64A 5P4AA 1NPAA 1IIQA 4Y4XA 2VIEA 5COPA 1TSUA 2RKGA 3QN8A 4PHVA 3SA3A 4Y48A 5T4SA 5P0CA 4AA8A 1T6GA 5P7ZA 5P8MA 5HD0A 5P4ZA 1K6CA 1SDUA 5P4LA 3CIDA 2FDDA 4Z2ZA 5P02A 1GVVA 1TW7A 5AH8A 4A4QA 5P0YA 5P7GA 4U7QA 1RPIA 4J0VA 3TL9A 1GVWA 4Y3SA 1K2CA 2JJJA 3BC4A 1MVPA 4I0EA 4Y4WA 1HTEA 1A9MA 5P8GA 2AOHA 4FSLA 3TOGA 2B8LA 5P6CA 1EC3A 2J9JA 1T7IA 4RYGA 5P5RA 2NXDA 5P41A 1HTGA 4R93A 2QMPA 3O9LB 3GGVA 1W51A 3OUCA 4RRNA 5DR3A 1EPPE 1IDAA 1HVSA 1EPLE 4J1EA 1GNNA 4OBFA 4KUPA 1AZ5A 2Q15A 2ZJLA 2QNNA 1D4LA 4B0QA 5OZAA 1APUE 4QJ6A 3ZPUA 3DK1A 5P1NA 1XS7D 3FNUA 2G94A 3GW5A 5OZ8A 4FM6A 5JFPA 5J25A 3MWSA 5HE5A 4B70A 1FF0C 4ER4E 4JECA 2OHQA 2ASIA 2QCIA 5P2IA 1DPJA 5P1UA 4DQBA 3VFBA 1PPKE 1XDHA 5OZPA 5P8HA 3KDDA 4DJWA 1FIVA 2Z54A 5P5OA 3DUYA 5P71A 2QHYA 4QJ7A 4OBKA 2J9KA 5ISKA 5P2CA 5P2TA 3SQFA 3UDNA 4DPIA 1Z8CA 5F00A 2PSUA 2PK5A 3KDCA 2QMDA 4FL8A 5OYUA 4RVXA 3KF0A 3MXEA 5E5KA 5I3WA 4CMSA 2WKZA 5P15A 2R5QA 2B60A 2Q64A 4HE9A 4TRWA 4GIDA 3L59A 5P2UA 1EAGA 5P68A 3IXOA 2A1EA 2RENA 1B11A 3K5FA 5P2NA 5ENKA 2R43A 3KA2A 2VS2A 4OC6A 3TLHA 3D91A 5KR2A 3G72A 2VA5A 1YG9A 4A6BA 4TVGA 3KT2A 1MT7A 2H6TA 5OZQA 3SKGA 5P77A 1AXAA 4KE0A 4EJLA 2NNPA 3TPRA 2QI5A 3HLOA 4GJAA 3UQWA 5P20A 1GVUA 3GGUA 1QBUA 1PROA 5P1AA 5P0QA 5P2OA 2WF2A 2OHMA 2G24A 1B6PA 1C6XA 2UY0A 2FDEA 1HPOA 3I2LA 2F81A 2I4VA 2XFJA 5P1SA 4DQFA 2BKSA 2PMAA 1YM4A 4GJ9A 2F80A 3PWRA 4YDFA 1C6ZA 1HPXA 1OHRA 5OZCA 5P22A 1LF4A 5P6PA 4APEA 2P3DA 4OBGA 5P72A 1C70A 3IGBA 5P6SA 5DR0A 5P8BA 5P8LA 3SAAA 5P3CA 2AVMA 2V0ZC 2AIDA 2ER6E 5P6GA 4LXAA 5HU0A 4WY6A 5P5PA 5P0WA 5AH9A 1MESA 3EXOA 2R9BA 1QBTA 3L58A 3MSLA 5P7EA 3OU4B 5P3WA 1M43A 2OHRA 3OTSA 4U7VA 4M8XA 5P48A 4LL3A 2NMZA 2QI1A 5P0ZA 5P2GA 5P81A 1IVQA 1FMXA 3UFNA 3K5GA 3LIZA 3URLA 4Y54A 3PLDA 3TPLA 5P0LA 1UH9A 2A4FA 1YT9A 4YE3A 2OHNA 4UPJA 5DQCA 5P8QA 3Q4BA 5P4IA 1NPWA 2WF4A 1LYBA 1SBGA 3EL4A 5P6MA 1YTJA 3RTMA 5C9DA 5P4XA 5P4OA 5OZVA 5P0DA 5KQFA 3OHHA 4APRE 4CP7A 4Q1WA 5P7MA 3EKXA 3R0WA 1BILA 2AZCA 4RRSA 5P0AA 1SMEA 4I8WA 4BELA 4Y3NA 1JLDA 3QS1A 4I11A 4I0JA 2VNNA 5P74A 4ER1E 1BV7A 5P3VA 3VEUA 1LF3A 5BWYA 4OD9A 5P3XA 5OZFA 2JE4A 2G69A 4Y4DA 1YX9A 5P3TA 5P7AA 1D4SA 3TPPA 2QI6A 2O40A 3HAUA 2HM1A 5JODA 3ZMGA 2VIJA 3F9QA 5HDZA 4QJ8A 2R8NA 4Y3DA 4I1CA 1LYWB 5IVRA 5OZ7A 3L38A 1ZSRA 4CPXA 1OEWA 3PVKA 1OEXA 1ZP8A 4Y3FA 4J0TA 4Y47A 4L7GA 4I0IA 3WZ6A 2QMGA 3QRVA 5DGWA 5P1XA 2OHLA 2WECA 3JVWA 4D88A 3BUHA 5P0EA 4A6CA 2FMBA 2NMYA 2PWCA 3TTPA 4F73A 3QPJA 4OBJA 3ZLQA 3ZOVA 4GJ6A 4GMIA 2QAKA 5OYZA 5P6KA 5P50A 5P31A 5P6IA 5OZHA 3OK9A 4B77A 5P6EA 3SACA 5DR4A 5OZUA 3UDHA 4FRIA 2O4NA 4MC1A 5FIVA 2HB4A 5E5JA 1HOSA 5P5NA 3NR6A 3OQDA 4YA8A 1AJXA 7UPJA 2IL2A 4DJVA 4KE1A 2QK5A 1PPME 2UXZA 2IDWA 4Y4GA 5P7WA 1FQ6A 4DJPA 3O99A 5P42A 2G20A 5KAOA 5P4SA 5P86A 3HDKA 5OYSA 3PCWA 1D4JA 1FFFC 5P49A 2PQZA 3NWQA 2WF0A 1T7KA 5KR8A 3OQAA 5P32A 3OXVA 3INHA 3EKPA 2I4QA 5P0UA 3WB4A 4QLHA 5OYVA 4YD4A 3OUDB 1SH9A 4HZTA 5P6FA 3OGQA 4R8YA 2HS2A 3LIXA 5P1VA 3D1ZA 1YTIA 3DV5A 5AHCA 1EPNE 5P5TA 5P06A 3GI5A 1HIIA 2HPEA 5AHAA 1BV9A 1FB7A 4Y3QA 5P2VA 1ER8E 2CENA 2Q3KA 5P36A 2FS4A 3OADB 2AOJA 5P7LA 4Y3GA 4YBFA 2QI0A 4DQGA 3SA8A 3EBZA 1KJ4A 1HWRA 3DCKA 4R92A 4Y44A 3BVBA 3VYFA 3BXRA 1B5FA 3BVAA 5P3IA 3DJKA 5OYYA 3TOFA 1ZTZA 4ZSQA 5IVSA 3GGAA 3OHFA 4JPEA 1DMPA 3NDXA 4Q1XA 5ENMA 2IKOA 4RVIA 2PH8A 5P1TA 3PSUA 4CPRA 2O4KA 1MIQA 4GJ8A 2NPHA 2QI3A 3OGPA 5P61A 4OBZB 3VYEA 3INDA 5P18A 4DFGA 5JG1A 3PEPA 1GVTA 1ME6A 3S43B 2WF3A 2IEOA 5DPZA 1FG8C 2P3AA 2WL0A 3K1WA 3UHLA 1SMRA 1K6VA 2HS1A 4Y5GA 5P5JA 4Y51A 5P3ZA 4H3IA 5KQXA 1IBQA 5P3PA 5I70A 1EPRE 1QBRA 2R5PA 2Q11A 3N3IA 5P4CA 3LIVA 5DR1A 4B1CA 5ER2E 3BGCA 5P4HA 5P5MA 1IDBA 4GJ5A 4EP3A 4Y5PA 4HA5A 1W5XA 5HDVA 5BS4A 1XE5A 5P1IA 3NUOA 5P43A 5P6OA 4FAEA 2BBBA 1HSHA 1MTBA 5P8SA 1QDMA 3O9BA 3WB5A 2CEJA 5P83A 1BBSA 3VSXA 4J1CA 1B6JA 3EM3A 5P4MA 2G1SA 3INFA 3S8IA 4Z50A 4Y5BA 5P8EA 1LYAB 1CZIE 3EKWA 3RVIA 3PBDA 1BXQA 1BVEA 4CPQA 3OQ7A 3T3CA 4Y4EA 2QZXA 5P5IA 2NNKA 5P33A 1BAIA 5P5HA 5P8TA 4FS4A 4EP2A 5P01A 3UQXA 3RTHA 3MXDA 1G35A 5IS4A 3R4BA 5P3NA 3UDJA 5P3UA 3H0BA 2VJ7A 4Y3LA 5P6AA 4E43A 5P6YA 2XYFA 2FNTA 1EEDP 5P1EA 3OTYA 3WSJA 2VNMA 4Y43A 2G22A 4X7IA 5KQZA 1FFIC 5APRE 5P89A 5P0RA 1M0BA 5P8PA 4Y4BA 3QVCA 4Y37A 1DP5A 4L1AA 4FRKA 4HEGA 5OZ4A 5OZRA 5P1HA 2ZJKA 2V11C 4FM7A 4CPUA 1BDQA 5P0NA 5P7CA 5P2FA 3ZL7A 1MEUA 5P66A 3HVGA 6APRE 4HDFA 1Q9PA 3SABA 3LNKA 1U8GA 5P17A 2QI7A 3SA4A 5P6NA 2QNQA 5P8KA 5P5CA 5P5UA 4D8CA 4EJDA 5P27A 5P6LA 4ZE6A 1FG6C 1HIVA 5P7FA 2ZYEA 4DJYA 1AVFA 3SO9A 3L3AA 5OZYA 5P0BA 2VA6A 2F3FA 5P5YA 3DCRA 5P3KA 3L5FA 4B72A 3NU3A 3SPKA 2PSVA 3CICA 9HVPA 2I0AA 5P69A 3LITA 3SA9A 3EKYA 5EZZA 2XFIA 3S85A 3KFRA 3VF3A 5P82A 5P2MA 3B7VA 1XN3A 4OBDA 2SAMA 5ER1E 5I3YA 1HSIA 4B78A 3K5CA 4Y5EA 2FGUA 3OU1A 5P1WA 5P8OA 1HVKA 3S2OA 5P8UA 1APVE 5SZ9A 2Q63A 2IS0A 1HVHA 1SDVA 2NXMA 4QGIA 5JFUA 1TZSA 4Y6MA 1RV7A 2OHKA 3PWWA 5DQ5A 5IE1A 1PSNA 3T7XA 4H3JA 3OQFA 3PCZA 3VUCA 4IVSA 1MT8A 2Q55A 3GI6A 3HAWA 3VCMA 5HE4A 1MERA 3FNTA 3PI5A 3UDQA 4J1HA 1G0VA 1GNMA 3PHVA 3QP0A 3FV3A 3EL9A 3TKGA 1C6YA 3VV6A 2OHUA 3L5EA 3PM4A 4YOAA 2I4XA 2V00A 3CKTA 5P7QA 5P4BA 2FXDA 1YTHA 5P7NA 4MC2A 1UPJA 2QZLA 5OZDA 2VIZA 3ZKQA 5P2AA 4Q1YA 1BWBA 4ZSMA 5P3QA 2AOCA 1KJ7A 4HVPA 5HU1A 3KMYA 4M8YA 3C9XA 4Y56A 3CKRA 2AVOA 5P8VA 3TPJA 3PSGA 5P75A 3NYGA 1HXBA 2PYNA 2WF1A 3GI4A 3APRE 1ZSFA 2ER0E 3OUAA 2B7FA 4Y38A 1RL8A 5P63A 4RCDA 4R91A 3PLLA 3U6AA 4GZFA 3S7LA 3LZUA 4J0YA 4YD3A 3NUJA 2WHHA 5HTZA 3U71A 3CKPA 4Y5AA 4L7HA 4AA9A 2ZHRA 4JPCA 5COKA 4F76A 3OU4A 7HVPA 5P65A 5KR1A 3EM4A 3LIQA 5P56A 5P3LA 5DR7A 4DV9A 2WEAA 3URJA 1QBSA 1WKRA 4BEKA 1KJGA 1ZBGA 1BDLA 3JW2A 5P11A 3SLZA 5P40A 3EL1A 3VV7A 3CMSA 4Q5MA 3NSHA 1XL2A 3ZKNA 4DJQA 2BB9A 2AOEA 5COOA 4FIVA 1F7AA 1E82E 4RLDA 2ZHTA 5P7XA 5P2KA 1NSOA 5P1LA 4LBTA 1TQFA 2RSPA 5DQ1A 5DR8A 2F8GA 5OZ9A 2P3BB 3NWXA 3Q5HA 5P12A 1W5VA 1W6IA 4J0ZA 3PMUA 5OZKA 4D83A 5P0MA 3IN3A 3G70A 1FEJC 2JYSA 5OZEA 5OZJA 3LPKA 4Y3EA 5P47A 3KFSA 3UQUA 4XX4A 4NJUA 1OD1A 1VIJA 2I4UA 3VLBA 5P08A 3VYDA 1ODWA 1HVCA 5P2DA 4QJAA 5P6DA 3G6ZA 5P5QA 4ZPFA 1BIMA 2VA7A 2I0DA 3IVIA 4DJRA 2B42A 5P88A 5P5EA 1FKNA 1HVIA 5P14A 3ZKSA 5OZIA 2O4PA 4DPFA 2JXRA 2OAHA 1LYWA 2BPZA 5P7TA 1FQ4A 5P0PA 5P1QA 4J1IA 4Y5MA 5P4QA 2O4LA 3VF5A 5P5FA 5KOQA 3QRMA 4FGXA 5P2WA 5P7KA 1HVRA 3I6OA 5P0IA 3ZKXA 4QJ9A 5P1CA 5P6TA 5P6ZA 3OU3A 5OZBA 4F75A 1MPPA 4ZPGA 3APPA 3N4LA 5P5LA 2B8VA 3DV1A 4CPSA 2OHTA 4K9HA 4J0PA 2ZDZA 5P78A 3MSJA 5P34A 6FIVA 5P70A 3LZSA 5OZWA 4Y5CA 3NU5A 5P6BA 1D4KA 2G1RA 2ZHUA 1HBVA 5P7OA 4Y5NA 1ODXA 2BQVA 3QI1A 4HLAA 1TCXA 4B00A 5ISJA 2I1AA 3O9CA 5BRYA 3GI0A 3LHGA 4NPTA 1EC1A 5P7UA 1ZPKA 4XKXA 5P8DA 3O9IA 3IAWA 4Y3WA 5UPJA 3UDYA 2I4WA 3UQRA 3ER3E 3PWMA 1FMBA 3ECGA 3D3TA 1KJHA 4GJ7A 4NPUA 5P0HA 3OOTA 4RYCA 4ZIPA 2HB2A 3OWNA 4YOBA 4WY1A 5P7BA 5P4JA 4NJTA 2OF0A 1B6MA 2QD6A 3OUDA 4B1EA 3OOZA 1EBZA 5KR0A 4Z4XA 1K6TA 1EBWA 4FRJA 5P7JA 4FLGA 2OHPA 2G26A 1QRPE 5OZTA 4Y45A 3UTLA 5P6HA 2FDPA 3QRSA 4I0HA 4B05A 2G1NA 2H6SA 2AOFA 4ACXA 5P8CA 1AAQA 3OADA 4Y5KA 4ACUA 2ZHSA 5OZMA 2APRA 5OYRA 3R0YA 3FSMA 1EPME 4I10A 5P4UA 5PEPA 5C9FA 3Q70A 5P8IA 3ZKMA 4DJXA 2MIPA 3KT5A 4ZSPA 5HE7A 1APWE 2VKMA 5P6RA 3NXEA 5P1GA 3UDRA 3HW1A 3NXNA 4XXSA 5P7RA 1FQ5A 3I25A 3D20A 1LF2A 5P7DA 5P52A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1G2K A;  4Y4A A;  4Y3J A;  2WED A;  1MT9 A;  2V10 C;  3UDP A;  3KFN A;  4DQH A;  2IQG A;  5P4G A;  2V12 C;  5P2B A;  5P2H A;  1WBM A;  5P64 A;  5P4A A;  1NPA A;  1IIQ A;  4Y4X A;  2VIE A;  5COP A;  1TSU A;  2RKG A;  3QN8 A;  4PHV A;  3SA3 A;  4Y48 A;  5T4S A;  5P0C A;  4AA8 A;  1T6G A;  5P7Z A;  5P8M A;  5HD0 A;  5P4Z A;  1K6C A;  1SDU A;  5P4L A;  3CID A;  2FDD A;  4Z2Z A;  5P02 A;  1GVV A;  1TW7 A;  5AH8 A;  4A4Q A;  5P0Y A;  5P7G A;  4U7Q A;  1RPI A;  4J0V A;  3TL9 A;  1GVW A;  4Y3S A;  1K2C A;  2JJJ A;  3BC4 A;  1MVP A;  4I0E A;  4Y4W A;  1HTE A;  1A9M A;  5P8G A;  2AOH A;  4FSL A;  3TOG A;  2B8L A;  5P6C A;  1EC3 A;  2J9J A;  1T7I A;  4RYG A;  5P5R A;  2NXD A;  5P41 A;  1HTG A;  4R93 A;  2QMP A;  3O9L B;  3GGV A;  1W51 A;  3OUC A;  4RRN A;  5DR3 A;  1EPP E;  1IDA A;  1HVS A;  1EPL E;  4J1E A;  1GNN A;  4OBF A;  4KUP A;  1AZ5 A;  2Q15 A;  2ZJL A;  2QNN A;  1D4L A;  4B0Q A;  5OZA A;  1APU E;  4QJ6 A;  3ZPU A;  3DK1 A;  5P1N A;  1XS7 D;  3FNU A;  2G94 A;  3GW5 A;  5OZ8 A;  4FM6 A;  5JFP A;  5J25 A;  3MWS A;  5HE5 A;  4B70 A;  1FF0 C;  4ER4 E;  4JEC A;  2OHQ A;  2ASI A;  2QCI A;  5P2I A;  1DPJ A;  5P1U A;  4DQB A;  3VFB A;  1PPK E;  1XDH A;  5OZP A;  5P8H A;  3KDD A;  4DJW A;  1FIV A;  2Z54 A;  5P5O A;  3DUY A;  5P71 A;  2QHY A;  4QJ7 A;  4OBK A;  2J9K A;  5ISK A;  5P2C A;  5P2T A;  3SQF A;  3UDN A;  4DPI A;  1Z8C A;  5F00 A;  2PSU A;  2PK5 A;  3KDC A;  2QMD A;  4FL8 A;  5OYU A;  4RVX A;  3KF0 A;  3MXE A;  5E5K A;  5I3W A;  4CMS A;  2WKZ A;  5P15 A;  2R5Q A;  2B60 A;  2Q64 A;  4HE9 A;  4TRW A;  4GID A;  3L59 A;  5P2U A;  1EAG A;  5P68 A;  3IXO A;  2A1E A;  2REN A;  1B11 A;  3K5F A;  5P2N A;  5ENK A;  2R43 A;  3KA2 A;  2VS2 A;  4OC6 A;  3TLH A;  3D91 A;  5KR2 A;  3G72 A;  2VA5 A;  1YG9 A;  4A6B A;  4TVG A;  3KT2 A;  1MT7 A;  2H6T A;  5OZQ A;  3SKG A;  5P77 A;  1AXA A;  4KE0 A;  4EJL A;  2NNP A;  3TPR A;  2QI5 A;  3HLO A;  4GJA A;  3UQW A;  5P20 A;  1GVU A;  3GGU A;  1QBU A;  1PRO A;  5P1A A;  5P0Q A;  5P2O A;  2WF2 A;  2OHM A;  2G24 A;  1B6P A;  1C6X A;  2UY0 A;  2FDE A;  1HPO A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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