4CKUA

Three dimensional structure of plasmepsin ii in complex with hydroxyethylamine-based inhibitor
Total Genus 84
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
84
sequence length
327
structure length
323
Chain Sequence
NDNIELVDFQNIMFYGDAEVGDNQQPFTFILDTGSANLWVPSVKCTTAGCLTKHLYDSSKSRTYEKDGTKVEMNYVSGTVSGFFSKDLVTVGNLSLPYKFIEVIDTNGFEPTYTASTFDGILGLGWKDLSIGSVDPIVVELKNQNKIENALFTFYLPVHDKHTGFLTIGGIEERFYEGPLTYEKLNHDLYWQITLDAHVGNISLEKANCIVDSGTSAITVPTDFLNKMLQNLDVIKVPFLPFYVTLCNNSKLPTFEFTSENGKYTLEPEYYLQHIPGLCMLNIIGLDFPVPTFILGDPFMRKYFTVFDYDNHSVGIALAKKNL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Plasmepsin Inhibitory Activity and Structure-Guided Optimization of a Potent Hydroxyethylamine-Based Antimalarial Hit.
pubmed doi rcsb
molecule keywords PLASMEPSIN-2
molecule tags Hydrolase
source organism Plasmodium falciparum
total genus 84
structure length 323
sequence length 327
chains with identical sequence B, C, D, E, F
ec nomenclature ec 3.4.23.39: Plasmepsin II.
pdb deposition date 2014-01-08

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 4ckuA02
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 4ckuA01
5OYXA 2PC0A 1HVRA 5P6OA 4AA8A 3GI6A 3ZPTA 1MRWA 2HB2A 4QJAA 5ISJA 2PSVA 4DPFA 5P6HA 1HHPA 5P8NA 5P7IA 3ZKQA 2ER7E 3RTHA 5P86A 5P5BA 3ZPUA 2V12C 1ODYA 3TKGA 1DAZC 1MEUA 2AZ8A 5P4PA 4Y5KA 4F76A 1XE6A 4J0PA 2B8VA 4K9HA 1HPSA 4FCOA 5P3RA 4R5NA 3OUAA 5P0FA 4AMTA 5IVSA 5P7HA 4KB9A 3OUDA 1TZSA 5P4VA 5P7CA 5P0AA 4N00A 4Q1YA 1BVGA 3BUGA 5KQYA 3TPRA 5P1QA 4Y4AA 4S1GA 1EPME 4J1FA 5P4RA 5P1JA 1OEXA 1EC2A 5P2CA 5KR8A 3CKRA 5P3DA 5P6BA 3DJKA 2VIJA 4L7HA 5P4CA 4HDFA 2AZ9A 1EPOE 2QHZA 5P4MA 5P7GA 5P2XA 1Q9PA 1YG9A 3B80A 1BXOA 4RCDA 4J1CA 2R3WA 2VJ7A 2O4NA 3EKXA 2CEMA 2P83A 3UF3A 1FF0C 5E5JA 3S43B 4Y3LA 5BRYA 5P47A 2VIZA 5P6MA 1HVIA 2HB3A 5P48A 5P4DA 5OYUA 3KM4A 3OK9A 2QMDA 5P0OA 5P7BA 3SM1A 4HLAA 3VV7A 4DQCA 3K5FA 5P5JA 2G24A 3O9IA 5DQ5A 3KDDA 2AVMA 3QBFA 5OZZA 3BXSA 1VIJA 4YDGA 5P0QA 3HDKA 1YTIA 1BVEA 1BWBA 4Y3JA 5FIVA 5P0UA 2R38A 5E5KA 1KJHA 5P5OA 3RSVA 5P7RA 2OHLA 1NPWA 3G72A 2G26A 2QI5A 4MC2A 5OZQA 5P0NA 4I0FA 5P70A 4TRWA 3QN8A 1MVPA 2OHPA 5P1IA 5P60A 3OQAA 3NXEA 2QI6A 2Z54A 3OUBA 3SABA 3PM4A 2ER9E 4JPCA 3G6ZA 5KR0A 4DJXA 5OYRA 4F73A 5P7SA 3ZL7A 2I0AA 1C6XA 1PSNA 4Y3XA 4Y36A 4YOAA 5P5KA 3PBDA 4Y53A 3MSJA 4XX4A 2SAMA 5P64A 2VIYA 3L5BA 1BAIA 1GKTA 4YE3A 3QIHA 5AH6A 3JVWA 3L38A 3EL0A 3EXOA 5P0IA 3VLAA 2VIEA 4Y3TA 4BELA 3U6AA 5HVPA 3UQXA 4U7VA 1AVFA 4LP9A 4L7GA 1IDAA 1D4KA 1D4SA 4Q1NA 3OU4B 5P13A 5P6DA 2IS0A 4NJUA 4Y3AA 1ZTZA 1TCXA 3JVYA 2FMBA 3LNKA 5HCTA 5OZFA 4PYVA 5P0TA 4QGIA 2Q64A 5P6YA 3FNSA 2G22A 2HPEA 5EZZA 5CONA 1RPIA 1Z1RA 2O4LA 4NPTA 5P45A 3R1GB 4NJVA 1VIKA 3OUDB 5DPZA 4CKUA 3VCMA 4J17A 1RV7A 5P0EA 1BDLA 2OHTA 3NDTA 5P0SA 2OHUA 4Y35A 5I3XA 1M43A 4Y4XA 4RLDA 2ZHUA 5SY3A 2NXDA 2QI4A 5P0GA 3S7LA 3CIDA 3OXXA 3KMYA 3NUJA 3KN0A 4B05A 5P56A 2PH6A 6FIVA 5AHAA 4Q1WA 4D8CA 5P22A 5P1WA 1FMXA 2ZJKA 3RVIA 3R4BA 2PK6A 4F75A 3C9XA 3TPJA 5P2BA 2HS2A 3KDCA 5JODA 4R91A 3NLSA 1MESA 5HD0A 4BEKA 5I3VA 4LXAA 1HEGE 5P3WA 4Y3DA 4QJ8A 3INFA 5P2RA 1IVPA 5P4SA 5OZKA 5P6IA 1META 2ASIA 3D1ZA 1EPRE 2XFKA 2VJ9A 3T11A 4HA5A 3O9AA 4JP9A 4B0QA 2ZJLA 1FFIC 4LC7A 5P8TA 3GI4A 5CLMA 2R5QA 2I4WA 3B7VA 3HW1A 1GVVA 5P74A 3CIBA 1HRNA 1IBQA 2FXDA 5HCOA 4ZLSA 4H3GA 3QVCA 5P5UA 5P3KA 3LIXA 3U7SA 5P6AA 4Y57A 3UQWA 3PLDA 2WL0A 3I7EA 2FGVA 3BHEA 1YM2A 4HVPA 1KJFA 4KE1A 1WKRA 1HVSA 1LYWB 5P0WA 5P7PA 3APPA 5P35A 2AOHA 2F3FA 4A6CA 3S53A 3GW5A 1KJ7A 5P7JA 4OBGA 3NWXA 4OBZA 3CKPA 1ZPAA 2B8LA 3TPPA 5J25A 2AOFA 2QZWA 3OY4A 4X7IA 4EJKA 2V13A 1IZIA 5P61A 1IZHA 2PWRA 5P85A 3K4VC 5P1ZA 5HU1A 3KA2A 4OBDA 5SY2A 2P4JA 4Y37A 5P54A 4Y3SA 3OQDA 4ZSPA 1UH9A 2QMGA 3UPJA 4B1EA 4K8SA 1FQ4A 5P5DA 1IDBA 4Y5GA 1T7KA 5P3TA 5P41A 1W5WA 5OYYA 4GYEA 4I0ZA 1ER8E 3LZSA 4CPQA 3VV8A 4R92A 1TSUA 1T6GA 1OEWA 1LV1A 1Z8CA 5P38A 5KQXA 3URIA 3OHFA 4CPSA 3RU1A 3AUPA 1XS7D 5P0BA 3TL9A 3GGAA 3FX5A 5P3OA 3LZYA 5P2KA 1IZEA 3NU9A 3K5GA 2FLEA 5UPJA 5P76A 1NSOA 2PYMA 1HVJA 3OOTA 4LXKA 3SKGA 1MPPA 4GZFA 1ME6A 1HTEA 4KUPA 2J9JA 5P3YA 5P7WA 5P3ZA 1APWE 3RTMA 1HSIA 1BWAA 4YD3A 5P18A 3O9EA 5P6RA 1FKNA 3Q70A 5P2VA 2B60A 2G69A 2P3BA 5P5PA 5P6EA 5P1YA 5P0LA 3EKPA 5P77A 4Y3WA 1EAGA 5JFUA 1D4LA 4Y4BA 4Y5MA 4DJWA 5F01A 4Y5CA 5P7EA 1SDUA 4XKXA 4J55A 4DJRA 1W50A 1MRXA 3T7PA 4I0GA 3VEUA 5P58A 3OADA 2XFIA 3PSGA 5P4NA 5T4SA 2ZE1A 1AJVA 2RMPA 5OZ4A 3UDHA 3S2OA 1J71A 3VF3A 2NPHA 4DI2A 1HIIA 2PWCA 3UFLA 1PSOE 2CENA 3UDKA 2ZJIA 5ER1E 1FLHA 4GJAA 1ZPKA 5P37A 3TOGA 1E80E 1CMSA 5P6ZA 2R8NA 3R0YA 1GNMA 3LZUA 5P0XA 4WY1A 1TQFA 3HVPA 4I0JA 5P2OA 3T6IA 5P20A 3LIYA 2AVSA 5P46A 5P6JA 3EBZA 5P3JA 3D1XA 1PSAA 3MSKA 5DR4A 3FSMA 5P2QA 3PWWA 4GMIA 4FM7A 4Y56A 2AOCA 4APEA 1PPME 5OZ9A 4EP3A 5HTZA 4DFGA 5P79A 4OD9A 3L5FA 2WF2A 2AVQA 4MC9A 1K2CA 5P2IA 4DQHA 4I0DA 3O9BA 5DR3A 5OZVA 5P2GA 2IQGA 4CPRA 3UDRA 5P19A 3PJ6A 3DV1A 3RTNA 3KFPA 2OHSA 3H5BA 1IZDA 2G94A 5DQ2A 2Q5KA 2VJ6A 2AOEA 2G1SA 2IKUA 3IVHA 3INEA 3OOZA 3TKWA 2FDPA 3BGBA 4GJ6A 5P4EA 3TTPA 4FL8A 5P5LA 3OU4A 4I0HA 4J1EA 4COEA 1ODXA 1SH9A 4FS4A 4NPUA 1E82E 5JFPA 5P08A 3S54A 1HSHA 3M9FA 5P5MA 5P8VA 5P65A 3OHHA 3KDBA 1GVUA 5P1XA 5P3FA 1QRPE 5P15A 2OHKA 3EKQA 4B1DA 4YCTA 3VF5A 3VF7A 4EWOA 5P44A 2WKZA 5P30A 4KE0A 1A8GA 2ANLA 3OTYA 2XYFA 4XX3A 4Y3HA 2NMZA 5P5IA 5AGZA 1YTHA 2JJIA 2WHHA 5COKA 3PWRA 4LBTA 1RL8A 1YTJA 2J9JB 5P8DA 1EPQE 2BJUA 5HE7A 5P0KA 4Y47A 1APTE 5P69A 2G1YA 2V00A 2P3BB 5OYWA 4EQ0A 5P5GA 5ENMA 3K5CA 5DGUA 5AH9A 1HOSA 2JE4A 1OHRA 5P84A 4Y45A 2IL2A 1YM4A 5P4OA 4ZE6A 3EC0A 3DK1A 1XL2A 1U8GA 3OXWA 5P6PA 1B6JA 5HDVA 2WF0A 4Y5LA 3ZKMA 1FQXA 2F3EA 1ZSRA 3UDQA 5C9DA 3OADB 5P23A 3QI1A 6UPJA 2I4QA 1FMUA 1FEJC 5OZ7A 3AIDA 1MSNA 5P1EA 1W51A 3NXNA 5P10A 4H3IA 4DJOA 5P67A 5P3UA 5OZ6A 3L5DA 2PMAA 2WEAA 1XN3A 3LIVA 5P0YA 5HDXA 4GJCA 1PROA 5SXNA 3MSLA 3BUFA 4Z2ZA 5P6XA 4EQJA 1SMRA 3NDWA 2EWYA 4YOBA 4TVGA 5P1HA 3S8IA 3WB4A 3LHGA 4Y51A 5P6QA 3KF0A 3S7MA 3WZ6A 1HVCA 5P8IA 1ZAPA 2O4KA 3H0BA 3IXJA 5HU0A 4EPJA 3UDPA 4AA9A 4EJDA 3NU6A 4OD9B 3SM2A 4JPEA 4I0IA 1LYWA 5P39A 1CPIA 4YBFA 1ZLFA 5P6SA 2H6TA 3ECGA 5DGWA 4U7QA 3GI5A 2QP8A 4CP7A 1EBZA 3O9CA 3UQRA 5P4ZA 5P4WA 4Y3EA 4TVHA 4TRZA 2JYSA 2F81A 2VA6A 5P1UA 2J9KA 3HD8A 2HPFA 3EKVA 2BPYA 4I11A 2XFJA 4ZEAA 2IGXA 4PHVA 2NXMA 5P0RA 2UXZA 5ISKA 1D4IA 4YDFA 2RKFA 1YX9A 3EM4A 4FSEA 4FRJA 2ZHTA 4EHCA 5IS4A 2G1OA 5COOA 5P66A 4LHHA 1BV7A 7HVPA 1BDRA 5P2ZA 1LF2A 4EP2A 3QS1A 1T7JA 2WF3A 2I1AA 4L6BA 3SLZA 2HB4A 3CMSA 2IDWA 2P3AA 5KOSA 4Q5MA 4LXMA 5P4JA 4FIVA 5B18A 2P3CA 3IVIA 3SA5A 2V16C 5OZTA 3PMYA 5OZRA 4QJ6A 2I4VA 2UY0A 3KFRA 3Q3TA 2IKOA 5OYTA 1EEDP 5P31A 1MT7A 5KR2A 3D20A 5P0VA 4DJUA 4E43A 4PZXA 1K2BA 4D88A 4GJDA 2AIDA 4L1AA 1CZIE 1HPXA 8HVPA 3EL5A 4J0TA 5P7ZA 3PMUA 4ZSRA 1HTFA 3VUCA 3I8WA 3BXRA 3RSXA 3BVAA 3LINA 3QAAA 4GJ5A 4YCYA 3NU3A 2Q54A 3TOHA 5P7AA 2QZXA 5OZXA 4DQFA 3I25A 4QJ7A 5P3QA 2IRZA 4YCKA 5P62A 5OZPA 3Q6YA 4M8XA 3S85A 5P0PA 2ZGAA 4BFBA 5P3LA 1MUIA 5P6CA 5P1BA 1C6ZA 1ZSFA 4X2LA 5P2FA 5OZSA 4APRE 1T3RA 5BWYA 5P3MA 3VFBA 5JG1A 5P1LA 1WBKA 4DQGA 4Q1XA 4FAEA 4FM8A 4DH6A 2ER6E 5P7KA 3BRAA 4RVJA 4Y48A 1B5FA 3DV5A 1M0BA 4EJLA 5P1SA 1HTRB 2O4SA 1JLDA 3INDA 2QHCA 3UQPA 4OBKA 5HDUA 2Q11A 5OZGA 1TW7A 1FFFC 4Y4DA 5P0JA 2OHQA 5P2TA 3GI0A 4CMSA 2CEJA 4H1EA 2AOIA 4Y5AA 4Y3PA 3D3TA 5DR1A 2A4FA 1F34A 5OYVA 4R93A 3ZKGA 3PLLA 3CYXA 4Y5PA 1MT8A 4HDPA 3LIZA 5P03A 1LEEA 2IENA 5HDZA 5P8CA 1FG6C 5KR1A 1FGCC 3PSYA 3NR6A 1EBKC 2AODA 1HPOA 5OZOA 1WBMA 4Y50A 2XYEA 4Y3NA 2QNPA 1G0VA 5P06A 5P88A 3ZKIA 5P05A 2JXRA 4LAPA 3OAGB 4B70A 4J5JA 3A2OA 5P6FA 1HVHA 5P4LA 2QU2A 1SDTA 5P17A 5P5RA 3WSJA 2QD8A 3ZOVA 3LPKA 4NJSA 4FM6A 3VFAA 3OXCA 2WEBA 2WECA 3UDNA 3VSXA 4QJ2A 5P4QA 5P63A 5P7LA 3IN4A 4RROA 1HBVA 2WJOA 5AHBA 3BVBA 4UPJA 5P57A 4ACXA 2NNKA 2QZKA 4Y5NA 4YA8A 5P53A 3FV3A 2I4XA 5P5NA 5OZYA 3HBOA 3PSUA 4Y58A 3S45A 4L1AB 5AH7A 2IEOA 3KFSA 3QPJA 4EYRA 2QI7A 4FE6A 2VNMA 5P3EA 3TPLA 1UH8A 3SFCA 1LS5A 2R3TA 5P32A 5P72A 5P1GA 1M4HA 1SGZA 3I2LA 5OZDA 2G1NA 3FIVA 2HM1A 4GJBA 4AUCA 3ZKXA 5P4XA 4Y3MA 1AXAA 5P5FA 5P29A 5PEPA 5OZIA 2NTRA 1D4YA 5OZAA 3NUOA 4RCEA 5DR0A 5P49A 5P1TA 5P8PA 3UHLA 4DJVA 4OBHA 1ODWA 4XXSA 1QBUA 4ZPGA 1XE5A 2V10C 3APRE 4Y44A 4A4QA 1RQ9A 5P50A 1EPNE 2OHRA 3OTSA 2BKTA 5TOLA 1KJ4A 4RZ1A 1ZJ7A 3UTLA 5P4KA 5P89A 2BQVA 1AJXA 1C70A 4RRSA 5P01A 4J0YA 3PI0A 3ER5E 4FRIA 4GB2A 4NKKA 1B5FB 3SA6A 2QMFA 4A6BA 1NH0A 3IGBA 5P5SA 5DQ1A 1DP5A 5P4YA 5P3AA 3URJA 5OZ5A 1Z1HA 2OAHA 4Y39A 4FAFA 2FXEA 3MWSA 5P2MA 5APRE 4QJ9A 4YD7A 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 5OYX A;  2PC0 A;  1HVR A;  5P6O A;  4AA8 A;  3GI6 A;  3ZPT A;  1MRW A;  2HB2 A;  4QJA A;  5ISJ A;  2PSV A;  4DPF A;  5P6H A;  1HHP A;  5P8N A;  5P7I A;  3ZKQ A;  2ER7 E;  3RTH A;  5P86 A;  5P5B A;  3ZPU A;  2V12 C;  1ODY A;  3TKG A;  1DAZ C;  1MEU A;  2AZ8 A;  5P4P A;  4Y5K A;  4F76 A;  1XE6 A;  4J0P A;  2B8V A;  4K9H A;  1HPS A;  4FCO A;  5P3R A;  4R5N A;  3OUA A;  5P0F A;  4AMT A;  5IVS A;  5P7H A;  4KB9 A;  3OUD A;  1TZS A;  5P4V A;  5P7C A;  5P0A A;  4N00 A;  4Q1Y A;  1BVG A;  3BUG A;  5KQY A;  3TPR A;  5P1Q A;  4Y4A A;  4S1G A;  1EPM E;  4J1F A;  5P4R A;  5P1J A;  1OEX A;  1EC2 A;  5P2C A;  5KR8 A;  3CKR A;  5P3D A;  5P6B A;  3DJK A;  2VIJ A;  4L7H A;  5P4C A;  4HDF A;  2AZ9 A;  1EPO E;  2QHZ A;  5P4M A;  5P7G A;  5P2X A;  1Q9P A;  1YG9 A;  3B80 A;  1BXO A;  4RCD A;  4J1C A;  2R3W A;  2VJ7 A;  2O4N A;  3EKX A;  2CEM A;  2P83 A;  3UF3 A;  1FF0 C;  5E5J A;  3S43 B;  4Y3L A;  5BRY A;  5P47 A;  2VIZ A;  5P6M A;  1HVI A;  2HB3 A;  5P48 A;  5P4D A;  5OYU A;  3KM4 A;  3OK9 A;  2QMD A;  5P0O A; 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 2FLE A;  5UPJ A;  5P76 A;  1NSO A;  2PYM A;  1HVJ A;  3OOT A;  4LXK A;  3SKG A;  1MPP A;  4GZF A;  1ME6 A;  1HTE A;  4KUP A;  2J9J A;  5P3Y A;  5P7W A;  5P3Z A;  1APW E;  3RTM A;  1HSI A;  1BWA A;  4YD3 A;  5P18 A;  3O9E A;  5P6R A;  1FKN A;  3Q70 A;  5P2V A;  2B60 A;  2G69 A;  2P3B A;  5P5P A;  5P6E A;  5P1Y A;  5P0L A;  3EKP A;  5P77 A;  4Y3W A;  1EAG A;  5JFU A;  1D4L A;  4Y4B A;  4Y5M A;  4DJW A;  5F01 A;  4Y5C A;  5P7E A;  1SDU A;  4XKX A;  4J55 A;  4DJR A;  1W50 A;  1MRX A;  3T7P A;  4I0G A;  3VEU A;  5P58 A;  3OAD A;  2XFI A;  3PSG A;  5P4N A;  5T4S A;  2ZE1 A;  1AJV A;  2RMP A;  5OZ4 A;  3UDH A;  3S2O A;  1J71 A;  3VF3 A;  2NPH A;  4DI2 A;  1HII A;  2PWC A;  3UFL A;  1PSO E;  2CEN A;  3UDK A;  2ZJI A;  5ER1 E;  1FLH A;  4GJA A;  1ZPK A;  5P37 A;  3TOG A;  1E80 E;  1CMS A;  5P6Z A;  2R8N A;  3R0Y A;  1GNM A;  3LZU A;  5P0X A;  4WY1 A;  1TQF A;  3HVP A;  4I0J A;  5P2O A;  3T6I A;  5P20 A;  3LIY A;  2AVS A;  5P46 A;  5P6J A;  3EBZ A;  5P3J A;  3D1X A;  1PSA A;  3MSK A;  5DR4 A;  3FSM A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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