4CMS | Genus

Total Genus 83

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	83
sequence length	323
structure length	320
Chain Sequence	GEVASVPLTNYLDSQYFGKIYLGTPPQEFTVLFDTGSSDFWVPSIYCKSNACKNHQRFDPRKSSTFQNLGKPLSIHYGTGSMQGILGYDTVTVSNIVDIQQTVGLSTQEPGDVFTYAEFDGILGMAYPSLASEYSIPVFDNMMNRHLVAQDLFSVYMDRNGQESMLTLGAIDPSYYTGSLHWVPVTVQQYWQFTVDSVTISGVVVACEGGCQAILDTGTSKLVGPSSDILNIQQAIGATQNQYGEFDIDCDNLSYMPTVVFEINGKMYPLTPSAYTSQDQGFCTSGFQSEQKWILGDVFIREYYSVFDRANNLVGLAKAI

Loading diagram...

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

loadScript /static/js/j2s/core/package.js

loadScript /static/js/j2s/core/corejmol.z.js

loadScript /static/js/j2s/core/corescript.z.js

JSmol exec jmolApplet0 start applet null

Jmol JavaScript applet jmolApplet0__082557575724648__ initializing

Jmol getValue debug null

Jmol getValue logLevel null

Jmol getValue allowjavascript null

AppletRegistry.checkIn(jmolApplet0__082557575724648__)

vwrOptions:

{ "name":"jmolApplet0","applet":true,"documentBase":"https://genus.fuw.edu.pl/view/4CMS/A/","platform":"J.awtjs2d.Platform","fullName":"jmolApplet0__082557575724648__","codePath":"https:/static/js/j2s/","display":"jmolApplet0_canvas2d","signedApplet":"true","appletReadyCallback":"Jmol._readyCallback","statusListener":"[J.appletjs.Jmol object]","syncId":"082557575724648","bgcolor":"white" }

setting document base to "https://genus.fuw.edu.pl/view/4CMS/A/"

Jmol Version: 14.29.13 2018-04-17 17:17

java.vendor: Java2Script (HTML5)

java.version: 2018-01-28 23:38:52 (JSmol/j2s)

os.name: Mozilla/5.0 AppleWebKit/537.36 (KHTML, like Gecko; compatible; ClaudeBot/1.0; +claudebot@anthropic.com)

Access: ALL

memory: 0.0/0.0

processors available: 1

useCommandThread: false

appletId:jmolApplet0 (signed)

Jmol getValue emulate null

defaults = "Jmol"

Jmol getValue boxbgcolor null

Jmol getValue bgcolor white

backgroundColor = "white"

Jmol getValue ANIMFRAMECallback null

Jmol getValue APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback

APPLETREADYCallback = "Jmol._readyCallback"

callback set for APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback APPLETREADY

Jmol getValue ATOMMOVEDCallback null

Jmol getValue AUDIOCallback null

Jmol getValue CLICKCallback null

Jmol getValue DRAGDROPCallback null

Jmol getValue ECHOCallback null

Jmol getValue ERRORCallback null

Jmol getValue EVALCallback null

Jmol getValue HOVERCallback null

Jmol getValue IMAGECallback null

Jmol getValue LOADSTRUCTCallback null

Jmol getValue MEASURECallback null

Jmol getValue MESSAGECallback null

Jmol getValue MINIMIZATIONCallback null

Jmol getValue SERVICECallback null

Jmol getValue PICKCallback null

Jmol getValue RESIZECallback null

Jmol getValue SCRIPTCallback null

Jmol getValue SYNCCallback null

Jmol getValue STRUCTUREMODIFIEDCallback null

Jmol getValue doTranslate null

language=en_US

Jmol getValue popupMenu null

Jmol getValue script null

Jmol getValue loadInline null

Jmol getValue load null

Jmol applet jmolApplet0__082557575724648__ ready

script 1 started

platformSpeed = 8

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

molecule tags	Hydrolase (acid proteinase)
source organism	Bos taurus
publication title	X-ray analyses of aspartic proteinases. IV. Structure and refinement at 2.2 A resolution of bovine chymosin. pubmed rcsb
molecule keywords	CHYMOSIN B
total genus	83
structure length	320
sequence length	323
ec nomenclature	ec 3.4.23.4: Chymosin.
pdb deposition date	1991-11-01

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00026	Asp	Eukaryotic aspartyl protease

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
2.40.70.10	Mainly Beta	Beta Barrel	Cathepsin D, subunit A; domain 1	Acid Proteases	4cmsA02
2.40.70.10	Mainly Beta	Beta Barrel	Cathepsin D, subunit A; domain 1	Acid Proteases	4cmsA01

2P8HA 3G72A 3GGAA 4HZTA 4Z4XA 4RCEA 5P45A 3KDDA 5P20A 1A8GA 3ZKGA 2WKZA 5T4SA 2QMPA 5AHBA 1WKRA 2G26A 1EC3A 1FEJC 4ACXA 4XXSA 2VIZA 5OYQA 3O9IA 4FRSA 5P6GA 7HVPA 4DJRA 4FM6A 5P67A 3CYWA 3G6ZA 1JLDA 5P55A 3WZ8A 5P2UA 4Y35A 3EKTA 4GZFA 1EC2A 3BVBA 4Y5MA 5FIVA 2F81A 2VJ6A 4Y5KA 5P4YA 2V11C 2QZXA 3S7MA 5P3CA 4EWOA 3L5CA 4FCOA 4X2LA 2PK6A 4I10A 2ZJIA 3NWXA 3VSWA 2HC0A 3U7SA 4GJ7A 5P4KA 4J0YA 2AVSA 5P2SA 1MPPA 3F9QA 5IVSA 1FFIC 2HS2A 3VYFA 4B77A 1MUIA 5P5JA 3PRSA 4JP9A 4Y3JA 3UDYA 1C6XA 4OBKA 3TPPA 5P2YA 1MSMA 1E82E 5P6LA 2QZWA 1PPME 5HDXA 7UPJA 1UH8A 2WHHA 3QRMA 5P3NA 3VSXA 1QDMA 1XL2A 1APVE 3ZKNA 5EZZA 4JECA 5P02A 3O9DA 4QJAA 4Y5NA 5P4JA 1FMUA 3VF5A 4CPRA 1XN3A 4FLGA 5P7MA 4JPEA 5P0VA 2I4VA 4HVPA 4NPUA 4AA8A 3PGIA 3CKRA 3OGPA 3CKTA 1D4HA 5OYSA 2HPEA 2G1NA 5P1EA 5C9FA 2I4WA 5P0YA 5HD0A 4BFDA 5COKA 3OQAA 5DR8A 4Y44A 1HIVA 5P3VA 1M4HA 4OBZA 4XX3A 1BBSA 1A30A 3SA9A 5P7JA 1LYWB 3TPJA 3EM3A 1RL8A 4K4RA 3QBFA 2B7FA 5EZXA 4L7HA 5P40A 5OYRA 1FQ7A 1N49A 4FM7A 3Q5HA 3CIDA 2A4FA 5P2IA 5P5MA 3NU6A 5P1MA 3AIDA 2P3BB 5P24A 1DMPA 3INDA 2EWYA 4AUCA 5OZ4A 3KYRA 4Z22A 1B6PA 1YG9A 2AVVA 5DR3A 4Y3QA 5PEPA 5OZYA 2NNPA 4F76A 1TSQA 5P2RA 5P10A 5P51A 3EKVA 3LZUA 5P3QA 3ZKMA 3L5BA 2RKGA 2AIDA 3S54A 2FXDA 4EJKA 2V10C 3RVIA 4ZSQA 5P1CA 5OZTA 4YHQA 1GNNA 2ZHUA 4TRZA 5P6HA 4Q5MA 4RCDA 6FIVA 5OZGA 3QVCA 5P2ZA 5P4WA 1PSNA 4IVSA 2PC0A 3FV3A 2O4SA 4K4PA 2FLEA 3R0WA 4OBHA 2IENA 5P6JA 3UDPA 5P08A 1QBRA 1E80E 3SLZA 4CPWA 1HEGE 2QHCA 2VJ9A 5OZFA 2FDDA 4D83A 5P23A 1FF0C 3D1YA 1W5YA 4B05A 5P0HA 5P4GA 3K4VC 3K5DA 2QI4A 4Y47A 5P56A 1HWRA 3T3CA 5JG1A 1NPAA 1FFFC 5C9DA 2IL2A 5P11A 1K2BA 3OHHA 5P65A 4Y4AA 5P5WA 4YBFA 5HCOA 4FSLA 3OU4B 5P4OA 3EC0A 3S85A 5P5CA 5DQ2A 1OD1A 5P12A 5P8HA 5P0QA 4AZYA 4A4QA 2I4UA 3FX5A 4YCYA 4L7GA 3D1XA 3TKGA 1D4JA 1HTGA 3HD8A 5P3PA 1LF3A 3BUFA 2J9KA 4ZE6A 3EKPA 1HTRB 4Y36A 3HDKA 1B6MA 1HPXA 3ZKSA 1FQ5A 2FIVA 5KOQA 3OQFA 1LYAA 2JJIA 1A9MA 4Y3MA 3VV6A 2I0AA 2R8NA 5P6CA 3RTMA 5ISKA 4GYEA 1B11A 1SDTA 5P0WA 2ZJNA 2QZLA 5P3EA 5P6OA 5OYTA 5KQZA 4R91A 3IN4A 3NDWA 3NU4A 5P3BA 4H3GA 3KMYA 4BFBA 4Y4DA 5P70A 1IBQA 3HAWA 3RTNA 1RV7A 3QN8A 2IGYA 5KQYA 5P69A 5P2EA 5P2GA 3UQXA 4DJQA 3ZMGA 2JJJA 5P6FA 3FNSA 3INHA 1T3RA 4Y3DA 5AGZA 2G21A 1ZPKA 1BIMA 5P5UA 1MVPA 1HSGA 3OU1B 4Y58A 3DV1A 2P3BA 5P3AA 5P1UA 3VFBA 2AZBA 5P29A 2NXLA 3HVGA 3N4LA 1AJVA 4RVXA 1ZP8A 1PSAA 4YOBA 4DJWA 3S7LA 3QP0A 1D4YA 5P2KA 2G1YA 5P1XA 5P0RA 4PEPA 5P5GA 5I3XA 1BILA 3EL1A 2QI7A 5P5BA 1FKNA 3PSGA 5I70A 4Q1WA 6APRE 3KT5A 3PMYA 5IE1A 3ECGA 3BXRA 5OYWA 3VYDA 3VEUA 4OD9A 2I4XA 5IVQA 4ER2E 1FB7A 1J71A 5P6QA 1MIQA 3KT2A 3NLSA 4Y41A 2JE4A 4J1KA 5ENKA 2R5QA 2BJUA 1K2CA 3ZLQA 3APPA 1DIFA 3CKPA 2ANLA 3UQRA 2OHSA 2Q15A 1RNEA 3URLA 3R4BA 5P7NA 4J55A 2OF0A 5UPJA 4FS4A 1HVSA 4ZSMA 1QBTA 5P35A 2APRA 3OXCA 1ZTZA 3OU4A 3OUDB 2NTRA 3LIZA 4YOAA 5P0PA 5OZUA 4RYCA 2RENA 4TRWA 4NJSA 5KQXA 5P1LA 4TRYA 4A6CA 3R1GB 5P33A 4Y3HA 4Y3AA 3ZPUA 5P4TA 5P53A 1T7KA 4WY1A 4CPUA 3OADB 3JVYA 4I11A 5P0BA 5P8TA 4I0IA 1HEFE 4J1EA 1FQ6A 1LS5A 4PPHA 1B6KA 1KJGA 4DQFA 1VIJA 3OUBA 4ZPEA 2PSVA 5OZ9A 2PH6A 5P49A 4OC6A 2QNNA 4Y3GA 4Y3WA 1W6HA 4DJXA 2OAHA 3QBHA 3PBZA 4EYRA 3PSYA 1NPVA 2ZHVA 5P1FA 3LZVA 4ZLSA 5P87A 5P28A 5SXNA 2QHZA 3UF3A 4LBTA 2OHLA 5P6IA 3UHLA 2H6TA 3EL4A 4Y5LA 3VF3A 4LXAA 4J17A 4I1CA 2AZ8A 5P7DA 5P3TA 4FSEA 5DR1A 3DCRA 3OU1A 4WTUA 4J5JA 1SH9A 1GNMA 3OGQA 4YCTA 4EJ8A 5B18A 3NYGA 3OQDA 5P4BA 4GIDA 1K6PA 3UDMA 3QROA 2G94A 2G20A 2HIZA 2PYNA 1HXBA 1ZPAA 5P6RA 2JXRA 3D1ZA 2I4DA 4TVGA 4DQCA 1AIDA 5P6WA 4LXKA 5P76A 3O9EA 3KMXA 5DQ5A 4B0QA 3QPJA 5P43A 4EJDA 2WEDA 1ODXA 5P06A 5C9BA 3L38A 5IVTA 1SGUA 3L58A 3PWWA 6UPJA 1GVTA 3EKQA 5HE7A 3QRSA 3SQFA 2B8LA 2MIPA 5P0OA 1HSIA 5BWYA 5DR0A 4FAEA 2R43A 2P4JA 2VA6A 1T6EX 3L3AA 3K1WA 5P0IA 5P6UA 3K5CA 4CPTA 4ZPFA 4ZSRA 4CP7A 1LF4A 4Y4BA 5P0EA 4DJVA 4JPCA 3LIQA 5OZKA 5AHAA 1K6CA 2G1RA 3S2OA 3L5EA 3QVIA 2O4NA 4Y5PA 2RKFA 3FKTA 5P4ZA 5P0XA 1QRPE 5DPZA 3FIVA 3Q6YA 4NKKA 1OEXA 4I0DA 5OZHA 3SKFA 1SGZA 1YTJA 4PZWA 5P14A 5P3ZA 5P09A 1FG8C 1XS7D 3OUDA 1HOSA 5HTZA 1Q9PA 5P7QA 3OXXA 2PSGA 5P3MA 1AZ5A 2VIEA 1YTIA 2P3AA 5P2JA 4ZSPA 4MC2A 1T7JA 3PMUA 4Y4GA 5P68A 2PMAA 1HVJA 4DQEA 4ER4E 4RRSA 5IS4A 3OAGB 5P5TA 1BWBA 4YD4A 1HTFA 4HEGA 4L6BA 1XN2A 2AOGA 2WEZA 2OHQA 5P8DA 3EKWA 2OHPA 4F74A 4DI2A 4FGXA 4OBJA 5P39A 5P7FA 3ZPTA 1GVUA 5OZZA 5P6XA 1GVXA 2QI1A 4YD6A 4L1AA 5P31A 2HPFA 5P3UA 4TVHA 5P1PA 2PQZA 4DJUA 4YCKA 1FLHA 3IXJA 5P75A 5P7KA 1TZSA 1C6YA 3VUCA 2BPXA 3HLOA 4LC7A 4QJ9A 3ZKQA 5P8AA 2FNTA 3BRAA 1ENTE 4H3FA 2V13A 4GJ5A 2F3FA 2FMBA 5OZSA 2QI0A 5P85A 1TSUA 4EP3A 4H3IA 2QI3A 3PJ6A 5P0CA 4Y3SA 2NMYA 1HPVA 1CMSA 3T11A 5APRE 3LINA 1C6ZA 5JFPA 3GI0A 3KFSA 3M9FA 3TOHA 1YX9A 4RGHA 3HAUA 4OBFA 3MWSA 5P26A 5P6SA 3URJA 4DVFA 1FQ4A 3OHFA 3ZOVA 3UQUA 5P4EA 3EKXA 5P3KA 3SM2A 3VLAA 4J1IA 4GJBA 2AVQA 3IN3A 5P07A 3NWQA 3OWNA 1TW7A 3R2FA 4D8CA 1HRNA 3L5FA 3VF7A 3UQWA 3G70A 1XDHA 1B5FB 3DOXA 4KB9A 2ER0E 5P7RA 4GJCA 5DQ4A 1APTE 2HAHA 2ZHSA 4I0HA 3TLHA 1MT7A 2Q11A 2QP8A 3UFLA 2IRZA 3D20A 2QMFA 2WECA 3OOZA 2IDWA 1F34A 4U8WA 2Q63A 1XE5A 5OZBA 1DAZC 3EMYA 3SA3A 5AH7A 5P0LA 5P8UA 5OZ6A 2BPVA 2OHTA 5HE4A 4Y3ZA 4HE9A 4Y3EA 5P2FA 3NDXA 3I25A 1ZSFA 4FRIA 5P8SA 4GJ6A 3PI0A 1UH7A 4BELA 5OYVA 2IQGA 2RMPA 4R5NA 5OYZA 5P57A 1C70A 2AQUA 1F7AA 2PK5A 2ER9E 5HDVA 2XFKA 5P6ZA 5COPA 3WB5A 4DFGA 5P73A 3BC4A 5P27A 1W50A 1T6GA 5P1WA 5P8LA 3INEA 4YD5A 3OAGA 3DM6A 2G1SA 5P2NA 3UPJA 2XYEA 3D91A 5P25A 3WZ7A 2QI6A 3LPJA 3B80A 4Q1YA 2P3CA 3BGBA 3S45A 3O9AA 5P1ZA 2R3WA 2B7ZA 5OZAA 3DUYA 2Z54A 4YDGA 5OZ3A 4QLHA 5P2BA 4DPIA 2WL0A 4RZ1A 1U8GA 5P2DA 4NJTA 3UDQA 3A2OA 1FQXA 2VIYA 3OOTA 4Y3LA 2V0ZC 5BS4A 5I3WA 3QS1A 3S43B 4FRKA 5I3VA 2PWRA 4COEA 5AH9A 3RSVA 2O4PA 1SIPA 2NNKA 1E5OE 1BV7A 3Q70A 2FGVA 4QJ2A 5P7IA 3SFCA 5P77A 5P8EA 3NR6A 2BKSA 4B1CA 3RTHA 1RPIA 3DK1A 3UDKA 4Y5BA 1ME6A 4LXMA 2OHUA 3TKWA 4QJ7A 5P3JA 5P17A 5E5KA 3LZYA 2QAKA 5OZJA 4D85A 1ER8E 2QD7A 4K4QA 5P2QA 3FNUA 3VCMA 4EXGA 3GI5A 2CEJA 2P83A 1G35A 2G1OA 2Q64A 1TQFA 1HHPA 4J1FA 1LF2A 4FL8A 4CPQA 2VS2A 1FQ8A 5P0TA 4M8YA 2F3KA 1W5WA 5P84A 5P4FA 2G24A 5P8MA 1D4IA 1LYWA 5P88A 4GJ9A 1IVQA 2WF0A 4J1HA 4APEA 2R5PA 5P7OA 5P0MA 4DQHA 4Y5EA 5P6BA 5P8FA 1KZKA 1HVKA 5P3GA 5OZPA 5P5YA 5HU0A 1W6IA 3QAAA 1W5XA 5OZXA 3ER5E 4DQBA 4EPJA 3SO9A 5AH8A 5ISJA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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