4COEA

Macrocyclic transition-state mimicking hiv-1 protease inhibitors encompassing a tertiary alcohol
Total Genus 16
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
16
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWQRPLVTIKIGGQLKEALLDTGADDTVLEEMSLPGRWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQIPIEICGHKAIGTVLVGPTPTNVIGRNLLTQIGCTLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Synthesis of P1'-Functionalized Macrocyclic Transition-State Mimicking HIV-1 Protease Inhibitors Encompassing a Tertiary Alcohol.
pubmed doi rcsb
molecule keywords PROTEASE
molecule tags Hydrolase
source organism Human immunodeficiency virus
total genus 16
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2014-01-28

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 4coeA00
5OYWA 5P53A 1OEXA 4KB9A 4I11A 4AMTA 1XL5A 2FNTA 3VF5A 5OZKA 4Y6MA 3PJ6A 1META 5P0PA 1B5FB 1APWE 1HWRA 1LEEA 1T6GA 5I3VA 1QS8A 2VIJA 3HLOA 3DCRA 4Y3QA 3Q6YA 1DP5A 2G69A 4Q5MA 3DM6A 2UPJA 3KT5A 4RRSA 5P32A 5DGUA 5KOQA 3DOXA 5P3UA 5P3SA 5P6AA 1MTBA 2G21A 1LV1A 3NR6A 5P4XA 4X7IA 1YTHA 4FM6A 5P0AA 4I8WA 4RZ1A 4Y4ZA 5P8IA 5P18A 2V12C 5P57A 2QZXA 2VIYA 5P2ZA 5EZZA 5SXNA 4Y43A 2QI3A 1T7IA 5P4CA 1G0VA 1EPRE 4DJVA 5OZQA 1D4KA 4B00A 1AAQA 2G1RA 5HU0A 2WECA 2QU2A 4TVGA 4CPWA 3ZKQA 1GVWA 1NPVA 4J17A 3QI1A 1WBKA 1FG8C 5P0RA 5P7PA 3OGQA 3PMYA 5OZBA 4F76A 5P45A 5P7FA 1BVGA 1FIVA 2ZGAA 5OZYA 5P1UA 4I0ZA 2IDWA 3FNSA 1YX9A 2JJJA 4D85A 3FNUA 2AIDA 2QNNA 2ZJJA 1B6JA 3NU4A 5OYYA 2QD6A 1RQ9A 2Q54A 3PBZA 4GJ9A 5P8EA 5P0HA 3KF0A 2WKZA 3IAWA 5P3PA 4XX4A 4DPIA 4DJYA 1ZSRA 2V13A 2QI0A 5P05A 1QBRA 1FMUA 2AZCA 4LXAA 5P5AA 5P7DA 5P7LA 5P7JA 1BIMA 5P5DA 2G27A 3ZPTA 4CPUA 2O4KA 4L1AA 4ACUA 1MRXA 2I4UA 2WF3A 5P4YA 1UPJA 5P5YA 1XDHA 4DH6A 4DQEA 1HIHA 1IBQA 5OZNA 1SH9A 5IS4A 4R95A 5OZ3A 4MC9A 3VSXA 4Y47A 4BELA 4J54A 1IZHA 4J1KA 5P7AA 2A1EA 5P8HA 4DQFA 5P8VA 3URJA 4HE9A 5AHAA 3CKTA 5P6CA 2P3AA 5P1ZA 5P79A 4DFGA 2JYSA 5P1JA 5P2LA 3KFRA 2OF0A 3NDUA 5I3WA 2R3WA 3BC4A 5P0FA 1W5WA 3EKPA 3I7EA 4CKUA 5P5CA 4QLHA 3GI4A 4Y5MA 4Y45A 2QHCA 2SAMA 3TNEA 3NDXA 3QROA 3OGPA 5P86A 1ZPKA 5ER1E 5DR7A 4Z50A 5P5TA 1B5FA 5P7YA 2WF2A 5OYSA 2Q3KA 5P6UA 5HDUA 2V0ZC 4Y5KA 5P0JA 3SA6A 2B42A 5P85A 3ECGA 5EZXA 1D4YA 3LHGA 4ZSRA 4HLAA 4B1DA 5P7TA 2H6TA 5P2UA 4YA8A 5P5UA 3PRSA 4MC2A 4YOAA 4YCTA 3FIVA 3HVGA 2MIPA 5P1PA 2WL0A 5SZ9A 1LF2A 5B18A 2Q64A 3CYXA 3MSKA 5P1EA 2FNSA 3OU4B 3LZVA 3O9IA 4OBKA 1VIKA 3PVKA 3SAAA 5P1TA 1HVSA 4AUCA 2PYNA 5P6XA 3O9CA 4J0YA 1BXOA 1FQ5A 4OBZB 3BHEA 4I0FA 2FXEA 1C6ZA 5P3ZA 5OZZA 1EPQE 4RRNA 3EKQA 4J0PA 3Q4BA 1C6XA 3SKGA 3EXOA 3K4VC 2O4PA 4B1EA 2WEDA 2H6SA 5P2IA 3RTHA 1HPXA 3OADB 5KR0A 4Y3ZA 1FB7A 3KFPA 2HPEA 3EM3A 1B6MA 5P8AA 4AZYA 3VF3A 1QDMA 1GKTA 5P4EA 1TSQA 1HSGA 5P6WA 5P22A 5P3AA 2V10C 4DVFA 2RSPA 3SKFA 2OHPA 5P40A 2G1SA 3WZ8A 4Y4AA 5P56A 4L6BA 4Y57A 5DPZA 1MRWA 3LPIA 1Z1HA 3DK1A 1HVHA 5AH8A 2OHQA 3R4BA 2IKUA 1EPME 4H3GA 2QNPA 3O9EA 5OZGA 2BB9A 2RENA 5OZOA 5P69A 2PK5A 5P0TA 3IN4A 2BQVA 4GJ5A 2FXDA 1APTE 3SA3A 3BGBA 1SMEA 4Y58A 5DR4A 4F75A 2R5QA 2NTRA 1QRPE 5P2MA 5P68A 5P4GA 4J0ZA 3OQDA 1FQXA 3VV8A 5P03A 2BKSA 5P7IA 5P2HA 5P25A 5P5RA 5P67A 5P2VA 5P82A 5CLMA 3K4VA 5P08A 4HDPA 3MWSA 1KJGA 3QS1A 1HRNA 4YE3A 3UQWA 3UQRA 3PWRA 3RTMA 1MT7A 2VIZA 3PLDA 5P3JA 5P43A 3UDRA 5P7MA 3IXOA 2P8HA 3WZ7A 2RKGA 3ER3E 5P2XA 1LYWA 1BWAA 5P8GA 3ZKXA 4CPQA 4X2LA 5OYZA 4Y48A 3VF7A 4YDFA 1XN2A 4APRE 2QU3A 3KFSA 4YBFA 3HDKA 3T11A 5IVTA 5P88A 5P2SA 4OBGA 3QVCA 4Y3PA 5P64A 2FDEA 5P39A 2PWCA 5P5XA 5I3XA 1PPME 2QMDA 3ZOVA 1MTRA 1AVFA 2BJUA 4NJTA 1IDBA 3EL9A 5P19A 1LF4A 2QMPA 4I0EA 2WEBA 2PH8A 5P33A 3OWNA 2R38A 5ER2E 3O9FA 5P1SA 3NU9A 3UFLA 5OZRA 3TPJA 3R2FA 5KOSA 2JXRA 1WKRA 3O99A 5P23A 3OU4A 3O9LB 2R43A 2ZE1A 3NSHA 3EKTA 1PROA 3LIXA 4YD5A 4AA9A 4DQCA 4D88A 3EL4A 5CONA 5P6EA 5OZ5A 2V00A 1KJ4A 4Y3XA 5P84A 3VLBA 4BFBA 4Q1XA 3S53A 4Y51A 1K1TA 3Q70A 5SY2A 5P8TA 5DR8A 2HB3A 3B80A 3RTNA 3N3IA 3GW5A 1FLHA 1TCWA 2Z54A 4PPHA 2O4NA 4QJ7A 5P6JA 3NWXA 5P2WA 3UQUA 5HVPA 5P2RA 1FEJC 5OZSA 3C9XA 4R93A 1ZAPA 5P2KA 4YD6A 4DJRA 5P4JA 5ISKA 5P3VA 4B0QA 2IGYA 5OZIA 4RYCA 3I2LA 3Q3TA 2J9JB 4R8YA 2NR6A 4FL8A 5P8RA 3GI5A 3MSJA 1GNMA 3OOTA 2AOGA 4KE0A 3IVHA 6APRE 2AOFA 4DJUA 5P13A 5P74A 2ASIA 1XE6A 1BBSA 4BEKA 1EEDP 2XFKA 4Q1YA 1FQ8A 4OBDA 3VV7A 2R9BA 3ZLQA 1RV7A 4YD3A 3VG1A 1A9MA 4QJAA 5P3BA 3S8IA 4PZWA 3TKWA 4YD4A 5OZTA 4F73A 2WF0A 4Y56A 3S54A 5P26A 5P7OA 4Y5PA 2G1NA 3L5CA 2AVMA 3PI5A 1D4JA 5P2QA 1IDAA 4H3IA 3K5CA 5KQZA 3S85A 2G22A 4GZFA 3RVIA 2I4DA 4Z4XA 3M9FA 1QBUA 4M8YA 5P4UA 4Y39A 3VV6A 5P7GA 4XKXA 1CPIA 5P2JA 3VYEA 5P4KA 3HZCA 1QBTA 5KR8A 5OZUA 2OHLA 1K6VA 2AVSA 4LXKA 5P0WA 4EWOA 4Y5NA 3FNTA 5P2YA 3INFA 2QP8A 5OZWA 4EP3A 3JVWA 1UH9A 4DQBA 1AXAA 5P7QA 2APRA 3L58A 4Y54A 3O9GA 3UDJA 1B6PA 1HBVA 4QJ6A 3NU5A 4Y3HA 4CPRA 1MPPA 1SIPA 3ZKGA 3LIYA 5HCOA 4AA8A 2VKMA 5E5KA 4J1EA 5P8JA 4GMIA 3QPJA 4EJDA 3SA7A 5P4OA 5P0QA 4JOOA 3ZKSA 5P16A 2ER6E 3PSYA 1EC0A 4GIDA 3OUDB 3LZUA 2UY0A 1IZEA 4YDGA 5P2BA 5P1BA 4Y3JA 5P73A 1HIVA 3O9LA 5HDZA 5OZCA 1T3RA 2IKOA 2ZJNA 3AUPA 1MESA 3LZYA 2BPXA 3DCKA 4J0VA 4CMSA 4Y4DA 1A30A 9HVPA 2OHSA 5P0VA 4MC6A 4QJ2A 2AVOA 4H1EA 3ZMGA 5P6SA 3EM4A 4BFDA 1EBYA 2HB4A 2P3CA 4JPCA 4ACXA 5P24A 3OOZA 2XFIA 5P1FA 1MVPA 5P5WA 1BAIA 4R5NA 3D20A 1K1UA 5P8MA 3EL0A 1XS7D 3F9QA 4ZPEA 5OZ8A 3I25A 4HA5A 3ZPSA 5KQFA 2FS4A 5P46A 2QMFA 2WHHA 1AJVA 5P0MA 4TRWA 1JLDA 5I70A 3WZ6A 3KYRA 5DR0A 3T7XA 2QHZA 1LYAB 4GJ7A 4J55A 5OYQA 5OZ0A 5P0EA 4OD9B 3R0YA 3LIVA 3LIQA 3ST5A 5P8UA 4CPXA 5P8SA 1M0BA 3NUOA 5P07A 6FIVA 4Y5LA 3UTLA 5P5ZA 1CZIE 3FKTA 4LBTA 3L5EA 3SO9A 2QAKA 5KR1A 4GJAA 1MUIA 3S43A 5P7CA 4OC6B 1YT9A 5P58A 3EC0A 5P65A 2ZJLA 2PWRA 2FDPA 4TRZA 3HVPA 5P17A 3NU3A 5OZHA 5P1GA 1SP5A 4YCKA 2HS2A 5P6LA 3HAUA 5P3IA 1K6CA 5P4FA 4DI2A 2PSUA 1M43A 1DIFA 3G6ZA 1UH8A 1TW7A 3NDTA 2FDDA 4HVPA 1Z8CA 5P6GA 4EYRA 3DJKA 3VLAA 1LS5A 2UXZA 2PH6A 3SPKA 1SMRA 2NXLA 1OHRA 3TLHA 3S56A 3GI0A 4Y3LA 3UDMA 2QHYA 4DJPA 5BRYA 2AZ9A 3OAGB 3GGVA 1A8KA 4L7GA 4Y3RA 1HVKA 5P10A 2NMYA 5OYUA 5P54A 2Q63A 1EC3A 4FCOA 5HE7A 4J1HA 5P2EA 5P6FA 4LHHA 1ZP8A 4Y4JA 1NPWA 3HD8A 2IL2A 3NDWA 2ZJMA 2AOHA 2PMAA 1ZSFA 5P6PA 4GYEA 1APVE 5OZEA 1T6EX 3BGCA 4A6CA 4WY6A 3PCZA 5KQYA 4ZSMA 5P61A 5P3RA 4Y9WA 1YTJA 5P30A 3VYDA 3U7SA 1BVEA 3VYFA 4FRJA 2I4VA 3K1WA 5IVQA 4K8SA 4K9HA 5T4SA 3QRMA 1LYBB 5P4WA 5P4DA 3KM4A 4EXHA 2ANLA 3GGXA 5P0XA 4J5JA 5AH6A 5TOLA 3IVIA 5OZ1A 3BXSA 1EPNE 5C9BA 3S7LA 3T7PA 1ZPAA 2G24A 1HPVA 2Q5KA 3KMYA 5COOA 4Y4WA 3KDBA 3IXKA 3L59A 4FIVA 3GI6A 2AZ8A 3OQAA 5HDVA 3OUCA 1VIJA 4CPTA 4EQJA 4I8ZA 3INHA 4DJOA 1FG6C 2PC0A 1BILA 4HDFA 5OYTA 2R5PA 4Y44A 3URLA 1MIQA 4D83A 1B6LA 5P1YA 2RMPA 1FF0C 5P4QA 2F81A 5P83A 5P2NA 5P7VA 3QRSA 2OHKA 4RVXA 5P3KA 5P0OA 4J0TA 4PZXA 5HDXA 2QZKA 1HOSA 1LYAA 3ZKMA 4RGHA 1W6HA 3D3TA 4NJSA 5ENMA 5P1VA 3U6AA 2I4XA 5P15A 2AODA 2BBBA 5P6HA 4B05A 1HXWA 1E82E 5P7XA 1GVVA 1SBGA 5DQ4A 2XYEA 5P4AA 4DPFA 2P83A 4OC6A 3QBFA 3UDQA 4FM8A 5P8DA 3TPLA 1D4SA 3PI0A 5P80A 4HDBA 2BPVA 3BXRA 3UQXA 4Y38A 3KN0A 4Y4UA 3QVIA 5P4BA 5COPA 2G26A 5P2FA 4ZLSA 4HEGA 4Y3GA 1BV7A 5KQXA 5P5HA 3UDNA 5P1OA 1FQ4A 5OZPA 3LZSA 5P4LA 5P31A 3CIDA 4GJDA 2VNNA 2B7ZA 7UPJA 4Y50A 2I0AA 5P3HA 1IZIA 1N49A 5P7SA 5J25A 3LPJA 5P8NA 5HCTA 5P04A 5DGWA 2QZLA 4Y3WA 5P00A 5P3XA 3SM1A 5P3WA 1EBZA 1YG9A 3QRVA 5P7EA 3LPKA 4K4QA 1MEUA 5P1MA 4ER4E 5P6VA 3NU6A 5DQ5A 5BS4A 5OZVA 3SFCA 5P5LA 4H3FA 3QIHA 1AZ5A 3MXEA 5P6QA 1A8GA 4RYGA 3ZKIA 1PSAA 3UHLA 3Q5HA 4Y4GA 5P5SA 2V16C 2HB2A 5P47A 2VS2A 1IVPA 3DV1A 5P5MA 2OHUA 2AOEA 3SA5A 5DR3A 3S2OA 5P2OA 4Y35A 3UDYA 2NNKA 1LYBA 2BPZA 3EM6A 3G72A 2FIVA 2QI7A 4Y5BA 2EWYA 4WTUA 5P0GA 5OZXA 2G1YA 2ZHRA 1FFIC 2VA7A 3SQFA 3IA9A 1FMXA 3WB5A 5P3DA 4OBZA 5P5QA 5F01A 4RCDA 5P8PA 1IVQA 3L5DA 1E5OE 2V11C 4Y5EA 3HAWA 5P4ZA 5KAOA 4FRSA 4H3JA 4L7HA 5OZAA 4YCYA 3OADA 2O4SA 3QBHA 2XFJA 3APRE 4U7VA 2Q55A 4OBFA 5P37A 5P71A 2QI5A 3ZPUA 3KDDA 5ISJA 5OZJA 1DW6C 3VFAA 4Y3EA 2F3FA 3INDA 5P4VA 5P12A 3VFBA 4J1FA 5P6MA 4Y4XA 1SGZA 1T7KA 4DUSA 3OU1B 1HHPA 2VA6A 5PEPA 4L7JA 3NUJA 2AOIA 4YOBA 2IQGA 5FIVA 3OQKA 5OZFA 4ER1E 3U71A 2J9KA 3HBOA 2IRZA 4Q1WA 3AIDA 4YD7A 2IS0A 2QI1A 3PWMA 2XYFA 3EL5A 1FQ7A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 5OYW A;  5P53 A;  1OEX A;  4KB9 A;  4I11 A;  4AMT A;  1XL5 A;  2FNT A;  3VF5 A;  5OZK A;  4Y6M A;  3PJ6 A;  1MET A;  5P0P A;  1B5F B;  1APW E;  1HWR A;  1LEE A;  1T6G A;  5I3V A;  1QS8 A;  2VIJ A;  3HLO A;  3DCR A;  4Y3Q A;  3Q6Y A;  1DP5 A;  2G69 A;  4Q5M A;  3DM6 A;  2UPJ A;  3KT5 A;  4RRS A;  5P32 A;  5DGU A;  5KOQ A;  3DOX A;  5P3U A;  5P3S A;  5P6A A;  1MTB A;  2G21 A;  1LV1 A;  3NR6 A;  5P4X A;  4X7I A;  1YTH A;  4FM6 A;  5P0A A;  4I8W A;  4RZ1 A;  4Y4Z A;  5P8I A;  5P18 A;  2V12 C;  5P57 A;  2QZX A;  2VIY A;  5P2Z A;  5EZZ A;  5SXN A;  4Y43 A;  2QI3 A;  1T7I A;  5P4C A;  1G0V A;  1EPR E;  4DJV A;  5OZQ A;  1D4K A;  4B00 A;  1AAQ A;  2G1R A;  5HU0 A;  2WEC A;  2QU2 A;  4TVG A;  4CPW A;  3ZKQ A;  1GVW A;  1NPV A;  4J17 A;  3QI1 A;  1WBK A;  1FG8 C;  5P0R A;  5P7P A;  3OGQ A;  3PMY A;  5OZB A;  4F76 A;  5P45 A;  5P7F A;  1BVG A;  1FIV A;  2ZGA A;  5OZY A;  5P1U A;  4I0Z A;  2IDW A;  3FNS A;  1YX9 A;  2JJJ A;  4D85 A;  3FNU A;  2AID A;  2QNN A;  2ZJJ A;  1B6J A;  3NU4 A;  5OYY A;  2QD6 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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