4COEA

Macrocyclic transition-state mimicking hiv-1 protease inhibitors encompassing a tertiary alcohol
Total Genus 16
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
16
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWQRPLVTIKIGGQLKEALLDTGADDTVLEEMSLPGRWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQIPIEICGHKAIGTVLVGPTPTNVIGRNLLTQIGCTLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Synthesis of P1'-Functionalized Macrocyclic Transition-State Mimicking HIV-1 Protease Inhibitors Encompassing a Tertiary Alcohol.
pubmed doi rcsb
molecule keywords PROTEASE
molecule tags Hydrolase
source organism Human immunodeficiency virus
total genus 16
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2014-01-28

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 4coeA00
4MC9A 3EKQA 1Z8CA 5P88A 4Y3FA 4Y3DA 5P8FA 3T7XA 5KOSA 4YD5A 5HVPA 3OU3A 1EPNE 4RROA 4OC6A 6UPJA 3A2OA 5P7JA 3TKGA 2IKUA 1D4KA 1MT8A 1GVVA 4I0ZA 1PSAA 1K2CA 3IVIA 5P6EA 5P0HA 5P68A 2V0ZC 5P5IA 3VLAA 2HAHA 4D85A 1YTGA 2ZJMA 4YDGA 4XXSA 5IS4A 3LHGA 3TTPA 1EBZA 4RCFA 4Y58A 2B8VA 3EKPA 3UDPA 2O4KA 5P15A 4DPFA 3PBDA 5IE1A 1LYWB 5ENKA 5ER2E 4ER4E 4FM8A 4DJPA 5P16A 4RCEA 2O4PA 1KJFA 5IVQA 4H3JA 2ER7E 1SIVA 4J54A 3QRVA 1SP5A 5OZYA 2WECA 1HEGE 3HBOA 3SM2A 5P28A 5P45A 3OU1A 4K8SA 2G1YA 5TOLA 2CEJA 3FNTA 5P7WA 4YBIA 2I4UA 4F73A 1NPAA 5DQ4A 1MPPA 3MWSA 5P2NA 3ER3E 2F80A 3ZOVA 3Q3TA 5P00A 1CPIA 3L5DA 4FS4A 4XX3A 1HVCA 2A4FA 4Y5EA 2CENA 4ZSQA 3GI0A 5P4CA 4Y4ZA 1B6LA 1BVGA 3WZ8A 4IVSA 3OTSA 5P4ZA 2NPHA 4FM6A 5P48A 1BILA 2QP8A 5KR0A 1Z1RA 2FDEA 3FKTA 1EPME 4B1CA 2B7FA 2BPXA 5P76A 1GVWA 3AUPA 4J55A 3UDHA 4DPIA 3NWXA 1LZQA 5P0MA 4B00A 4Y57A 4DI2A 1HVLA 5DR1A 4DH6A 4DJYA 2G22A 5P8SA 3OQKA 5P7ZA 1FQXA 5P71A 2Q54A 3URLA 3IAWA 1EC0A 2QU3A 3BC4A 4GMIA 4FAEA 1W6IA 2I4VA 3BVAA 4Y5PA 4Y53A 3L5CA 5P4LA 4H3GA 4Y41A 4APEA 3SA6A 4YCKA 3MXDA 4QJ6A 5P20A 3QS1A 3ER5E 3T7PA 4Y5LA 3FNSA 3UDRA 5HDZA 5P4AA 1KJHA 3HW1A 2P3AA 1E5OE 5P0NA 5P0VA 3HZCA 2FDPA 2R3TA 1EBKC 2PC0A 4JPEA 5P3WA 3EKTA 3CYWA 4Y36A 2QI4A 2QHYA 3S85A 3NDTA 3I8WA 2RMPA 4A6CA 3OGQA 4Y3YA 5P6HA 2O4SA 5P55A 4Y3JA 3VFBA 4I10A 1T6EX 2AOJA 2QMPA 5OZ8A 2WEDA 4Y56A 4FM7A 3URJA 5P4DA 2AVQA 5P5KA 5P1MA 1T6GA 3VFAA 3PI0A 3CKRA 5P24A 3UDJA 4I0GA 3O9FA 4Y4TA 5P7CA 5HU0A 4AA9A 4MC1A 4Y51A 4EYRA 1MSNA 5P2MA 5IVRA 5P8KA 3K5DA 5P1XA 3G70A 4GJDA 1APVE 5P4UA 3OUDB 5HDUA 5P46A 2ZJHA 3QI1A 2QMGA 4F74A 2P3BA 5P6DA 5P6MA 1RNEA 4Y4DA 2R9BA 3QBHA 1FEJC 5P3ZA 4U7VA 5OZ1A 4Y4BA 3ZKGA 5P1IA 1JLDA 2VNMA 5P2GA 2G1OA 3S53A 1CZIE 1NH0A 4GB2A 4Y5KA 4FL8A 4OBGA 5P7NA 3AIDA 3TOGA 4BELA 5P32A 2ANLA 2WF0A 3DUYA 3PMYA 5P6IA 5P5LA 5P5TA 2HB2A 4Y3LA 2ER6E 5HE4A 5B18A 5P0DA 3VV7A 3QRSA 1EPOE 2G21A 2QZXA 2BJUA 2ZHVA 5P5XA 3OAGB 5P61A 4F76A 4J1CA 4H1EA 3U71A 5BS4A 5J25A 5P08A 5DQCA 1SIPA 2HPFA 5JODA 4D83A 2F81A 2QZKA 4B72A 2IRZA 1DW6C 5P2VA 4ZLSA 4EQ0A 3K4VC 5AH9A 5P40A 4ZPGA 2QK5A 5P8NA 1OEWA 2B60A 5P8VA 5P06A 5P8HA 1FMBA 5DQ1A 4I0FA 5OZOA 2AOIA 4LP9A 1E80E 1A30A 2BBBA 1BIMA 5P5VA 4EHCA 4COEA 4OD9A 5SXNA 5I3WA 2Q63A 3BUFA 1YTHA 5OZDA 2QAKA 4NKKA 2P8HA 1QBUA 2WEAA 1LF4A 3SA7A 2OHLA 5P6LA 5P4SA 5P2FA 4RRSA 2I4QA 5P7VA 5P1QA 4Y3EA 3IXOA 2NXDA 4AUCA 1M0BA 5P79A 4YDFA 3TPJA 1IZDA 5IVSA 3EBZA 5AGZA 3N4LA 5P3LA 5P4QA 1K6TA 4WY1A 3NU6A 5P27A 5P2UA 5OZNA 2QZLA 1KJ7A 5P5QA 2PH8A 2FNTA 3TLHA 3O9LB 3DCRA 5AH6A 3INFA 3K5FA 4H3FA 5P72A 4LL3A 2I4XA 5P8LA 1HPOA 2OAHA 1SH9A 5COPA 5P4MA 5T4SA 3ZPSA 1MVPA 1G2KA 3OGPA 1IZHA 3TPPA 5SY2A 4YD4A 5COKA 3OXCA 4GZFA 2P4JA 5P83A 1TZSA 3S7LA 1K2BA 1DP5A 5P1SA 5P42A 3OQDA 3EKXA 4J5JA 4EJKA 5OZ4A 1HIHA 3MSJA 4RYGA 3HVGA 2QHCA 5EZXA 3VCMA 5P1ZA 3VF3A 3O99A 5KQFA 3EL4A 4OBFA 5IVTA 1FLHA 3MSLA 4R5NA 1A94A 5P12A 3VV6A 5P26A 2B8LA 2ZHUA 4Y4GA 2OHMA 3QPJA 2FXDA 3PEPA 5P6XA 1FQ5A 5DQ5A 5P5DA 2HC0A 4GJAA 4J1HA 3RTNA 5P0KA 1BAIA 2NMZA 1B6PA 5P25A 3UF3A 4D88A 2AOHA 2O4LA 2OHQA 3UQPA 4HDBA 5JFPA 1AJVA 1DAZC 4EJ8A 2Q11A 4IVTA 5P1JA 3LIVA 4R91A 3KMXA 5P8EA 4YA8A 5P0FA 1MSMA 1HXBA 4Y38A 4FRKA 1PFZA 4Y5AA 4OBDA 5P1PA 4FIVA 4RVJA 1B6JA 5P7OA 3UQUA 5P34A 4RRNA 1SMEA 5HCOA 4GJCA 3OUCA 2IQGA 5P6KA 2R43A 3ZKSA 1HSGA 3VYDA 5P7IA 3OU1B 3Q6YA 3NR6A 1OHRA 3K4VA 3TKWA 5KAOA 3C9XA 1GNMA 1W6HA 1ZBGA 5P5FA 2PMAA 2QU2A 3I7EA 3TPLA 2G27A 1LV1A 5P5RA 2AVMA 5P3MA 3VYFA 1ME6A 1QRPE 3B7VA 5P4HA 5BWYA 3SLZA 1IVQA 5OZXA 2IEOA 3IN4A 5P0UA 1XN2A 5P0AA 5P5NA 3PWWA 3LZYA 1PPLE 1HOSA 1ZAPA 5P1KA 2ZE1A 4H3IA 5P4RA 3BHEA 4BFBA 1MIQA 5P0WA 4J0YA 4ACUA 4F75A 3KN0A 4YCYA 2UPJA 3VF5A 3OOTA 3KT5A 3SKGA 4J0ZA 5P0EA 2Q5KA 2H6SA 4TRWA 1UH7A 1BVEA 3OHHA 1VIJA 1QBRA 4HDFA 3D1YA 4Y3PA 5P2SA 1BWBA 1FF0C 4Y54A 2SAMA 4AA8A 5P3YA 2VNNA 5OZ3A 1W50A 3QIHA 2QI6A 3R1GB 4Y50A 5E5JA 5P19A 3UQXA 3LNKA 5DR3A 5ENMA 5P82A 3APRE 1ZPAA 2R38A 4GJ5A 5OZGA 3GW5A 3LZSA 2PYNA 2Q64A 1GVUA 2Z54A 5P6UA 2NR6A 5P3FA 4EXHA 5P30A 1C6ZA 2BKSA 1BV9A 4TVHA 5OYZA 5C9FA 5P5BA 1EPPE 5P74A 3D1XA 1APUE 4LXAA 1C6XA 2H6TA 5DR0A 3UQWA 3H5BA 4K4RA 5OZAA 5P6GA 2PSVA 1MEUA 4PYVA 3IXJA 5APRE 3OUBA 3JVYA 5P31A 1TCWA 1TSQA 5P5AA 5P1LA 4DQCA 1M4HA 2VIZA 5P7DA 3OQ7A 3KDCA 3S8IA 5P53A 1PSNA 1N49A 5P02A 4U7QA 5OZHA 1YT9A 4K4PA 3FV3A 5P64A 5OZWA 5P73A 2PSGA 5P70A 2NXLA 4L6BA 3WSJA 2ASIA 5P4GA 1HTEA 5P18A 5P0BA 3GI4A 3BGCA 5P3UA 2ZHTA 2VIYA 5KQXA 4L7JA 2AVVA 5P3BA 2I1AA 2P3BB 4DQGA 4CPRA 5P7LA 4Z4XA 3S45A 2OHUA 3KFPA 3UDMA 5P2JA 5P44A 5P5WA 5P5ZA 4NJUA 1FQ7A 8HVPA 5KQYA 4I0HA 1K1TA 1MUIA 3L3AA 2R5PA 3PI5A 5P3XA 2BQVA 4XX4A 1LEEA 4GJ6A 4CPWA 2ER0E 1DIFA 2AQUA 3L59A 5P1CA 3PM4A 3HDKA 5P5OA 3O9HA 4A4QA 3NDUA 4D8CA 3LZUA 4J0VA 3NLSA 2VJ7A 1W5YA 4TRZA 3R2FA 1LYAA 5P78A 1K6VA 3UQRA 2J9JB 1FMUA 4K4QA 4EP2A 1XS7D 2AZCA 1A8GA 3HLOA 4GJ8A 1AM5A 4Y3XA 3D91A 3LZVA 3O9CA 1EBWA 5P3SA 3KYRA 5P5CA 5I70A 3MSKA 3O9DA 4FCOA 1LYBA 3VF7A 5JFUA 5P0QA 5P8QA 3TOFA 5P67A 3IVHA 3EL9A 2NNPA 2AZ8A 3ZKMA 4EJLA 3SA5A 4YE3A 4L7HA 1ZSRA 5P8BA 5P4EA 4YD3A 5P47A 2FGUA 4ER2E 5P2TA 1LYWA 2QHZA 3K5CA 5P2OA 4GIDA 1F7AA 5HE5A 5P3HA 1VIKA 1PPKE 3EKYA 1CMSA 4R95A 4ZPFA 4Y5CA 2FMBA 3SFCA 3GGXA 5P6NA 2QMFA 2RSPA 1XDHA 4DUSA 1GKTA 4BEKA 4DVFA 1Q9PA 2QI0A 1IDAA 1QBTA 5P1UA 4BFDA 5P1HA 2QI3A 7UPJA 3G72A 3S54A 1Z1HA 1C70A 5OZQA 2V12C 5P50A 5P2RA 2Q15A 6APRE 2WEBA 2V16C 3OWNA 2HB3A 5DR8A 3VG1A 3D3TA 2ZHRA 1HRNA 5P37A 5P22A 3OUAA 4HEGA 3URIA 4NJSA 2WF2A 1B6KA 3LPJA 3ZPUA 2ZYEA 3PHVA 1AVFA 1YG9A 5P69A 3T6IA 5OZUA 3GGVA 3LIQA 4Y4EA 5P5HA 4HZTA 2O4NA 4FLGA 2Q3KA 5P4KA 5PEPA 1APWE 5EZZA 4DJXA 3QRMA 4QJ9A 3QROA 4K9HA 1AZ5A 5P1GA 5P3RA 1EPRE 3GGAA 1ZJ7A 4I0EA 1G6LA 2I4WA 1MT9A 4KUPA 3OXVA 1WBKA 2AODA 3PWMA 5P3GA 1HPXA 5P7GA 2AOCA 1BXOA 3HAWA 1IZIA 5P3VA 2R8NA 5P7UA 5KQZA 5OZFA 3S43B 4QJAA 4NPUA 5I3YA 4FRJA 4X2LA 3UFNA 1T7IA 5P6FA 4CPUA 4Y4JA 3OU4A 5P6CA 4DQFA 3DV5A 5P0XA 2VS2A 5P1NA 4B1DA 5P6RA 4YOBA 1ODYA 1XL5A 5P7HA 4GJ9A 5OZMA 3O9BA 1A8KA 3NSHA 4MC2A 5HDVA 5P4BA 4EQJA 5P4VA 3NUJA 1FQ8A 4Y5GA 2QNNA 4WTUA 1U8GA 5P66A 2PSUA 1HVHA 4Y3TA 3PWRA 2VIEA 2P3CA 5P7QA 4S1GA 1PSOE 5P33A 1OEXA 2QNQA 2QD7A 3QAAA 5P3PA 2AVOA 4HLAA 5OZVA 2XFIA 3EL1A 3DCKA 4YBFA 3HAUA 3NU4A 5P0TA 2PWRA 3CIDA 4RLDA 5P11A 5ISKA 3UDYA 5OZTA 2P3DA 2PH6A 3SACA 4N00A 2V10C 3WZ6A 2FLEA 5E5KA 3NUOA 5P4IA 3FNUA 3L5EA 4Y3WA 3NXNA 5P8PA 5P56A 2QI5A 1G35A 2ZGAA 5P05A 4M8YA 3ZMGA 1XN3A 3R0WA 1DPJA 3NYGA 4J17A 3S7MA 3LIYA 5P7XA 5OZRA 1SMRA 4NJVA 3VUCA 4Y3RA 5F00A 2RKGA 3ZL7A 5SY3A 5P4XA 5P03A 4Q1XA 5P54A 3WB4A 2G69A 2IGXA 4Y39A 2JJJA 5OZEA 4Y3QA 5OZIA 5I3XA 3L58A 5P7BA 3MXEA 5P60A 3BUHA 1K6PA 4EWOA 3DV1A 1RV7A 2VA5A 4EP3A 4B70A 5P01A 5P3DA 5DPZA 2QZWA 1EAGA 5P35A 4OBZA 4Y5MA 2OHSA 5P07A 5P5JA 4YD6A 2R3WA 3SM1A 5P2YA 4Y5NA 4JOOA 1TCXA 1B6MA 3WB5A 5ISJA 3ZPTA 4OC6B 5P4WA 3RSVA 2XFKA 1T3RA 2NTRA 3RTMA 3U7SA 5P2QA 3QP0A 3EKVA 5P0LA 4DJRA 5DR7A 5P8RA 4DJQA 5P2BA 5P3TA 1HTRB 3PLDA 3GI5A 5P85A 4Z22A 5P65A 3NU9A 4ZIPA 3ZKXA 2IKOA 2AOEA 5P6OA 3INEA 5C9DA 3CKPA 4I8WA 3VYEA 1FG8C 1PPME 1ZPKA 1QDMA 4M8XA 2B42A 4FRSA 2WHHA 4B77A 5P0CA 1DMPA 3BRAA 2QI1A 1RQ9A 2Q55A 1RPIA 1YTIA 1QBSA 3T11A 4RCDA 2NNKA 4Z2ZA 4OBHA 1B5FA 1SBGA 3KDBA 4CPQA 3ZLQA 2ZJJA 1MT7A 4Y47A 4RGHA 3QVCA 4AZYA 4Y35A 4FAFA 2QI7A 3QVIA 1ZP8A 4J0TA 5P0OA 2B7ZA 2QD8A 2AZBA 3F9QA 5P0YA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 4MC9 A;  3EKQ A;  1Z8C A;  5P88 A;  4Y3F A;  4Y3D A;  5P8F A;  3T7X A;  5KOS A;  4YD5 A;  5HVP A;  3OU3 A;  1EPN E;  4RRO A;  4OC6 A;  6UPJ A;  3A2O A;  5P7J A;  3TKG A;  2IKU A;  1D4K A;  1MT8 A;  1GVV A;  4I0Z A;  1PSA A;  1K2C A;  3IVI A;  5P6E A;  5P0H A;  5P68 A;  2V0Z C;  5P5I A;  3VLA A;  2HAH A;  4D85 A;  1YTG A;  2ZJM A;  4YDG A;  4XXS A;  5IS4 A;  3LHG A;  3TTP A;  1EBZ A;  4RCF A;  4Y58 A;  2B8V A;  3EKP A;  3UDP A;  2O4K A;  5P15 A;  4DPF A;  3PBD A;  5IE1 A;  1LYW B;  5ENK A;  5ER2 E;  4ER4 E;  4FM8 A;  4DJP A;  5P16 A;  4RCE A;  2O4P A;  1KJF A;  5IVQ A;  4H3J A;  2ER7 E;  1SIV A;  4J54 A;  3QRV A;  1SP5 A;  5OZY A;  2WEC A;  1HEG E;  3HBO A;  3SM2 A;  5P28 A;  5P45 A;  3OU1 A;  4K8S A;  2G1Y A;  5TOL A;  2CEJ A;  3FNT A;  5P7W A;  4YBI A;  2I4U A;  4F73 A;  1NPA A;  5DQ4 A;  1MPP A;  3MWS A;  5P2N A;  3ER3 E;  2F80 A;  3ZOV A;  3Q3T A;  5P00 A;  1CPI A;  3L5D A;  4FS4 A;  4XX3 A;  1HVC A;  2A4F A;  4Y5E A;  2CEN A;  4ZSQ A;  3GI0 A;  5P4C A;  4Y4Z A;  1B6L A;  1BVG A;  3WZ8 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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