4CPQA

Macrocyclic transition-state mimicking hiv-1 protease inhibitors encompassing a tertiary alcohol
Total Genus 15
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
15
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWQRPLVTIKIGGQLKEALLDTGADDTVLEEMSLPGRWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQIPIEICGHKAIGTVLVGPTPTNVIGRNLLTQIGCTLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Synthesis of P1'-Functionalized Macrocyclic Transition-State Mimicking HIV-1 Protease Inhibitors Encompassing a Tertiary Alcohol.
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase
source organism Human immunodeficiency virus
molecule keywords PROTEASE
total genus 15
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2014-02-08

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 4cpqA00
1W5VA 3HVPA 3INEA 2FXEA 3EXOA 4D89A 2VS2A 1AXAA 2I4VA 3DK1A 3SA6A 1EBWA 5P13A 3F9QA 1K6TA 5P8MA 2V16C 2ZJHA 5P56A 1ME6A 5P0AA 4Y3RA 3HLOA 2PH8A 5P8RA 5P30A 4DJOA 1PSNA 3QP0A 5HTZA 5OZPA 3UCBA 3L58A 3T7PA 2VJ9A 4FSLA 4HZTA 5P5OA 4YCKA 5P8JA 2BBBA 5IVQA 3B7VA 3EM3A 1EPNE 5P78A 5EZXA 1EPPE 3QVCA 5OZ6A 4Y4XA 5P0HA 5P6SA 4CKUA 2HIZA 4TRZA 1AM5A 4Y43A 5P0KA 2FNTA 4B1EA 1PSOE 5F01A 4YD5A 2FMBA 3I25A 3LPKA 5OYSA 3DCRA 5OZJA 5P8UA 4ZSQA 3EBZA 5P5LA 1DIFA 5KR8A 2ZHTA 3LIQA 3SQFA 5P2YA 1IIQA 4OBDA 5P69A 4XXSA 1G35A 4OBZA 5P2ZA 1FMUA 1EC0A 2OAHA 4X7IA 3SA5A 3B80A 4S1GA 5I70A 5HU1A 3QPJA 2QI6A 4XX4A 4EQJA 5P7YA 2JXRA 4RVXA 4ZLSA 3KDDA 4QJ8A 2PC0A 4Y4DA 1C6ZA 3DM6A 5P08A 5P7FA 3U6AA 5P7GA 1A94A 4HDBA 4RVIA 4Y3YA 5P4IA 5OZ1A 1SDVA 2CEJA 3VV8A 4NPTA 3BVBA 3KT2A 3KDBA 2J9JB 4I8ZA 4NJVA 4ZIPA 5P0NA 1G6LA 3WB5A 2G22A 5P87A 5HDVA 2EWYA 3D20A 2PYNA 5P3RA 4Y3QA 1IBQA 1ZAPA 1RPIA 3EM4A 5P6CA 1T6EX 3U7SA 1FIVA 4YBIA 5ISKA 1YX9A 1SP5A 2NTRA 3CYXA 5P40A 2IQGA 5P74A 4EJLA 5AH8A 3UDRA 2AZCA 3BUHA 1D4YA 2AODA 4LC7A 5P73A 5P0CA 1NH0A 3O9DA 2QMDA 2HB4A 1M0BA 1FB7A 5HCTA 1G2KA 5COPA 2Z54A 5P5FA 1ZJ7A 1APTE 1GNOA 5P51A 1B5FA 4YCTA 3UQPA 2BPZA 4K8SA 3ZL7A 5P7NA 4ZSPA 4JPCA 3SFCA 3NU9A 5ENMA 4DPFA 5P3SA 3OADB 3HD8A 1PPKE 5SXNA 2HM1A 1QS8A 9HVPA 4AA9A 1HWRA 4LHHA 4Y48A 2UPJA 3VF7A 4JP9A 2OHKA 2IENA 5OZ2A 4YOAA 5P3UA 3R1GB 4GJBA 5P2UA 4I1CA 4J55A 1MSMA 5P34A 5P2WA 4Y37A 1IVQA 5P4ZA 2I0AA 3MSJA 1T7JA 4Q5MA 5P7ZA 3OY4A 3SO9A 1ZP8A 5HDUA 1Z8CA 5P27A 5KR0A 5P2SA 5P0OA 5F00A 4I0DA 4ER4E 4Y54A 3T7QA 3NXEA 5P4EA 4DJXA 1BILA 3OUAA 3KT5A 4YBFA 3IA9A 2APRA 2HB3A 2OHSA 5P3BA 1IDAA 5P1RA 5OZGA 1BIMA 2QP8A 4DPIA 5I3WA 5ISJA 2G1YA 5JFPA 5P8IA 5P2TA 4Y5KA 3I8WA 3UDKA 4YD7A 4NJTA 5P5QA 3VCMA 1MT7A 3D1ZA 1IDBA 3RVIA 5OYQA 3URJA 3QVIA 5KQZA 2QU2A 5P1LA 5P5WA 5HE7A 5P5EA 4AA8A 4Y3SA 4RCDA 5DR1A 2AQUA 3LZVA 1B6KA 2VIZA 5DQ5A 2G1OA 4BFBA 4M8YA 2QD7A 4Y5MA 4Y3HA 4Q1NA 5DR4A 3MXDA 2ZJNA 5C9DA 4I10A 1LYWA 3SA3A 1MT8A 5P5CA 1AZ5A 2I4DA 4GJAA 2ZHVA 3KYRA 1FFIC 5P6IA 3SA9A 3L5BA 5P8DA 2XFKA 2PMAA 5P3WA 5P2AA 4EJKA 5KQFA 2OHQA 2G1RA 4DV9A 5HDZA 4APEA 3S53A 3LIYA 5P5RA 3LZSA 3BC4A 3KDCA 2PSVA 3PBZA 3VF3A 3WZ7A 2VKMA 5P89A 1K6CA 1MERA 5P0ZA 5P39A 1SIPA 5P2RA 4D85A 1EPOE 2FNSA 2FXDA 4YOBA 3OOTA 1HHPA 3PMYA 5P8QA 1OEWA 2WJOA 4U7VA 5P4LA 3GGVA 5P7DA 4NKKA 5P6WA 4ZSMA 1Z1RA 2VA5A 5P6ZA 2QHZA 4DJVA 3OADA 2FS4A 1D4JA 2QU3A 4Y5AA 5HU0A 2Q63A 2BJUA 1HPXA 3JVYA 1XS7D 4FAEA 4Y4UA 5KQYA 3CIDA 2NPHA 3O9CA 2AOFA 1U8GA 1UH8A 5P76A 2HAHA 5P0QA 1BV7A 4DJRA 3MXEA 3SABA 3K5CA 1M4HA 4FE6A 5P1AA 2WF4A 3UDQA 3DUYA 4B00A 1SIVA 2IEOA 3VYEA 4NJSA 2QNPA 4Y47A 4MC9A 3KA2A 2QI4A 4YDFA 5P5TA 1C70A 2QHYA 3BXSA 4RCEA 3FV3A 3QBFA 1EBZA 1BXOA 5ENKA 3NDUA 3Q5HA 3FIVA 4EXHA 2WKZA 4J1FA 5P8OA 5BRYA 3ER5E 5P00A 3PEPA 6APRE 1C6XA 4I0GA 4FM6A 4R92A 1A9MA 5P8EA 2CENA 3S85A 5IVSA 5P41A 4RRSA 5JODA 5DQ1A 4HLAA 3UDMA 4B77A 5P79A 1APVE 1NPVA 3G70A 2QHCA 3QRMA 1BBSA 2AOJA 5OZXA 2RKFA 3AUPA 3PCWA 5P2MA 4AZYA 5P2BA 4Y5EA 3URIA 3S43A 1Z1HA 4DJUA 5P1OA 2BPXA 3GI4A 4BFDA 5DR3A 5P3TA 5P37A 4J0ZA 4LXAA 5P33A 2FLEA 4I0JA 5P61A 3T6IA 2Q15A 1FGCC 2IDWA 3NU5A 4J0YA 1D4IA 1WKRA 5OYWA 5P5NA 2AVMA 3VLBA 2R5QA 4Y41A 1DAZC 4OC6A 1E5OE 2Q54A 2NMYA 3OU4A 5P64A 3NLSA 1T6GA 2Q3KA 1TSQA 1Q9PA 3QIHA 5P8PA 1EPQE 3CMSA 3WSJA 5DR0A 1W6IA 5P7TA 1G0VA 4FIVA 1GNNA 4OBJA 5OYXA 5AH9A 3CICA 4EPJA 4M8XA 4DQCA 5P52A 2ZJJA 3VF5A 2HS1A 3HDKA 4GJ7A 3I2LA 4YCYA 1SGUA 5P6MA 1UPJA 1AJVA 2V11C 3LZUA 2ER9E 2O4LA 2SAMA 1TSUA 4FLGA 4WY6A 5P5JA 3MSLA 2BKSA 2IGYA 5P47A 1QBSA 2HB2A 1D4SA 3O9LA 1XN3A 5P2QA 1SH9A 5AGZA 2AZ8A 4L1AA 5P3QA 5P3HA 1LF3A 5P5SA 4B72A 3U71A 2Z4OA 1BDLA 3RSXA 3TPRA 1TZSA 3AIDA 3FKTA 5OYVA 3CKRA 5P1XA 5P4YA 4Y39A 3KFSA 2G1NA 5P1BA 4H3GA 5P09A 1WBMA 2V00A 5P8TA 3NU3A 1EC1A 3FNTA 1FLHA 3G6ZA 1ODWA 1B5FB 5P70A 3RTMA 5P1WA 1B6PA 3OTYA 2ZGAA 5OZ4A 4Q1WA 4I0HA 3WZ8A 3L5DA 5P35A 1EEDP 3JVWA 3OWNA 3VV6A 2OF0A 2PSGA 1AJXA 1J71A 2XFJA 1HPSA 1KJ7A 3BVAA 4J1EA 1LEEA 4HDFA 2PYMA 5P81A 4PHVA 4RYGA 3VLAA 5OZVA 4Y4ZA 5P54A 2O4KA 4RROA 5OZRA 1QDMA 1RQ9A 2P8HA 2NNKA 3LIVA 3OHFA 5P44A 4GJ5A 4Y5CA 4FAFA 2HPEA 2WL0A 2VJ6A 3UDJA 1MEUA 3OU3A 2BB9A 1BV9A 1HIVA 3NR6A 3BUGA 3ST5A 4H3FA 5P8FA 5P43A 5P0EA 3IN4A 4OBKA 3PSYA 5P6AA 5P2HA 3KN0A 4L7JA 1WBKA 5P0SA 3GI5A 3TPJA 2ZJMA 1C6YA 5P23A 4ZPEA 5P01A 5P75A 4K4PA 4FL8A 5P1DA 5P5ZA 4Y35A 5DR8A 4Y3JA 3HAUA 3PCZA 4GJDA 4Y3TA 5P6DA 2QNNA 3PLLA 2I4XA 5P5UA 1BDRA 3NDTA 3L5EA 5DQ4A 3TOHA 1K6PA 4DQHA 3QI1A 1HVKA 5KR1A 3IGBA 5P4PA 4Y4JA 4Y3LA 5P4DA 3ZKMA 3G72A 2P3BA 1XL2A 1RV7A 5P6QA 2WEBA 1MTRA 3KMXA 1SMEA 4H1EA 4DQBA 1FEJC 1NPAA 5P6JA 7HVPA 1HTRB 3UFNA 3BRAA 4Y50A 4DJPA 2ER7E 2P3AA 4EJDA 5P46A 3KFRA 5P1QA 3ZKGA 3OQAA 4F75A 5B18A 1LYWB 3KFNA 3K1WA 5P49A 2OHMA 3KM4A 4B05A 1CPIA 4KUPA 4ZPGA 5OZOA 5P8CA 3S7MA 5P6OA 1PFZA 3R0WA 4TVHA 4APRE 5P6HA 3OXWA 4D8CA 3S7LA 2QCIA 2ER0E 3GI0A 3BGBA 1QBUA 5E5KA 5P4UA 3IVHA 2ZJIA 4Y3DA 2PSUA 4J0TA 5DGWA 4KE0A 5P38A 3EKYA 2F3KA 5P18A 2O4SA 4RRNA 4CP7A 4I0EA 5P77A 4DQGA 3S8IA 1SMRA 1HTFA 3PI5A 5P5VA 5P6GA 1FQ6A 1IZDA 1AVFA 1A8KA 5P14A 3NDWA 3OXXA 4AUCA 4OBHA 5P8HA 5P3NA 2AVVA 3EL0A 5P67A 3OAGA 2V12C 5OZWA 5I3XA 1TCWA 2UXZA 5P5YA 2P3CA 4OBFA 3PWWA 1VIKA 5P4MA 1SDTA 4EJ8A 2AOCA 4D88A 5P1HA 2VIEA 5P0PA 4CPXA 5DPZA 2R3TA 5P59A 2AOGA 2VIYA 5P3GA 3Q70A 3KMYA 3UDPA 5FIVA 4HEGA 5P80A 2RKGA 1DMPA 4CPWA 1FQ8A 5COKA 3NU6A 5I3YA 2PWCA 5UPJA 4J1HA 4DUSA 5P1KA 2AZ9A 5P8AA 3ZKSA 5P7UA 4J1CA 3GI6A 5P1JA 4QJ7A 2G94A 5SY2A 3ZPTA 5OZZA 3JW2A 5AHCA 5OZKA 1HVRA 4OD9A 4YHQA 3UDYA 3SKFA 1ZLFA 3QAAA 4U8WA 5OZ0A 2AOHA 4Y36A 3EKQA 5P6YA 5P6EA 1GVTA 5OZLA 3UDHA 4A6CA 4CMSA 4YA8A 5P0LA 5P3FA 1HVLA 2QZKA 1YTHA 5ER1E 1B11A 1TQFA 2RSPA 5P5DA 1EAGA 2JYSA 3EKWA 5P12A 2QZWA 4I0ZA 5P58A 4JPEA 2PWRA 2AVQA 5P2VA 5P3AA 5P8GA 2QI5A 5P2NA 5P83A 5P53A 1CZIE 5P6RA 3HW1A 2OHRA 2VIJA 3VYDA 1HXBA 3OK9A 5P7CA 1LYBA 3S43B 5PEPA 2QD8A 5DGUA 3L3AA 5AHAA 1HSHA 2B7FA 1K2CA 2HPFA 1MT9A 3PMUA 3NSHA 3CKPA 4BELA 1AIDA 4GJCA 3T11A 4JECA 3INDA 3ZPUA 4L6BA 4Y9WA 1LF2A 2Q11A 5P6UA 1HEGE 2FGVA 2HC0A 5P5MA 5OZ5A 3I6OA 3SACA 4OC6B 2XYEA 2AOIA 3R4BA 1FQ5A 4F76A 2WECA 3OU4B 5P4GA 3QS1A 1HRNA 3UFLA 4RCFA 4IVSA 3FNUA 3ZKIA 2FDPA 5P2XA 3ZMGA 3GGAA 1HTEA 4N00A 4Y56A 4F74A 4EP2A 5P0FA 2QAKA 2RENA 1XN2A 5P1CA 5P7KA 5P1PA 5P3CA 3UQRA 5P1SA 1YTGA 4TRYA 4FRIA 2QI3A 3RU1A 3R0YA 5P7IA 4Y4BA 3D1XA 4FSEA 5P4TA 4GYEA 2AOEA 5OZFA 2JJIA 3EKXA 3QRVA 1EPLE 2I4WA 4U7QA 1PROA 5P1UA 1HBVA 2QI0A 3UTLA 3NU4A 5P45A 3WB4A 1EC3A 3O9LB 3OTSA 4TRWA 3GW5A 5OZTA 4L1AB 5P2OA 4LXKA 2VNMA 4QLHA 3DJKA 2QD6A 1QBTA 4FRSA 2O40A 1F7AA 3LIXA 2P4JA 5P1IA 3O99A 3IXKA 4MC6A 4EXGA 5P04A 4HA5A 2WEZA 4Y44A 5P84A 1BDQA 1TCXA 2FIVA 4CPTA 4I11A 3EKPA 2ZHUA 5P11A 2OHUA 2Q55A 5P2IA 3S45A 4DJWA 4DQEA 4ZSRA 3QRSA 2BPYA 4FRJA 5P7OA 1W5XA 1BWBA 2IKOA 2IL2A 1FFFC 3O9EA 3PM4A 5P7JA 2ER6E 5P5XA 4J5JA 4B1CA 5OZMA 6FIVA 4Q1XA 5P86A 5P7MA 2BPVA 5P3DA 1OD1A 4YE3A 3VSXA 3S56A 4DFGA 3IAWA 1E82E 1FG8C 4FRKA 4J0PA 2IRZA 3D91A 4CPRA 2IS0A 5P8KA 4K9HA 2NXLA 5P6PA 1HXWA 3VV7A 4HE9A 1D4LA 5DQCA 5P85A 3OUCA 2BPWA 3OGQA 4Y53A 1E80E 1ZBGA 2O4NA 3RSVA 2PK5A 5AH6A 4RLDA 3OOZA 4R91A 1IZEA 1HEFE 2QZLA 2R43A 5P24A 3DOXA 4NJUA 3BUFA 3D3TA 1IZIA 5P6XA 1W6HA 5OZAA 3LZYA 1QRPE 1LS5A 3VFBA 3ZKXA 1BVEA 5P25A 5P8BA 5P65A 3Q3TA 3K5GA 3PJ6A 3OQKA 1XE5A 3PSGA 3FX5A 1KJHA 5P17A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1W5V A;  3HVP A;  3INE A;  2FXE A;  3EXO A;  4D89 A;  2VS2 A;  1AXA A;  2I4V A;  3DK1 A;  3SA6 A;  1EBW A;  5P13 A;  3F9Q A;  1K6T A;  5P8M A;  2V16 C;  2ZJH A;  5P56 A;  1ME6 A;  5P0A A;  4Y3R A;  3HLO A;  2PH8 A;  5P8R A;  5P30 A;  4DJO A;  1PSN A;  3QP0 A;  5HTZ A;  5OZP A;  3UCB A;  3L58 A;  3T7P A;  2VJ9 A;  4FSL A;  4HZT A;  5P5O A;  4YCK A;  5P8J A;  2BBB A;  5IVQ A;  3B7V A;  3EM3 A;  1EPN E;  5P78 A;  5EZX A;  1EPP E;  3QVC A;  5OZ6 A;  4Y4X A;  5P0H A;  5P6S A;  4CKU A;  2HIZ A;  4TRZ A;  1AM5 A;  4Y43 A;  5P0K A;  2FNT A;  4B1E A;  1PSO E;  5F01 A;  4YD5 A;  2FMB A;  3I25 A;  3LPK A;  5OYS A;  3DCR A;  5OZJ A;  5P8U A;  4ZSQ A;  3EBZ A;  5P5L A;  1DIF A;  5KR8 A;  2ZHT A;  3LIQ A;  3SQF A;  5P2Y A;  1IIQ A;  4OBD A;  5P69 A;  4XXS A;  1G35 A;  4OBZ A;  5P2Z A;  1FMU A;  1EC0 A;  2OAH A;  4X7I A;  3SA5 A;  3B80 A;  4S1G A;  5I70 A;  5HU1 A;  3QPJ A;  2QI6 A;  4XX4 A;  4EQJ A;  5P7Y A;  2JXR A;  4RVX A;  4ZLS A;  3KDD A;  4QJ8 A;  2PC0 A;  4Y4D A;  1C6Z A;  3DM6 A;  5P08 A;  5P7F A; 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 3PSY A;  5P6A A;  5P2H A;  3KN0 A;  4L7J A;  1WBK A;  5P0S A;  3GI5 A;  3TPJ A;  2ZJM A;  1C6Y A;  5P23 A;  4ZPE A;  5P01 A;  5P75 A;  4K4P A;  4FL8 A;  5P1D A;  5P5Z A;  4Y35 A;  5DR8 A;  4Y3J A;  3HAU A;  3PCZ A;  4GJD A;  4Y3T A;  5P6D A;  2QNN A;  3PLL A;  2I4X A;  5P5U A;  1BDR A;  3NDT A;  3L5E A;  5DQ4 A;  3TOH A;  1K6P A;  4DQH A;  3QI1 A;  1HVK A;  5KR1 A;  3IGB A;  5P4P A;  4Y4J A;  4Y3L A;  5P4D A;  3ZKM A;  3G72 A;  2P3B A;  1XL2 A;  1RV7 A;  5P6Q A;  2WEB A;  1MTR A;  3KMX A;  1SME A;  4H1E A;  4DQB A;  1FEJ C;  1NPA A;  5P6J A;  7HVP A;  1HTR B;  3UFN A;  3BRA A;  4Y50 A;  4DJP A;  2ER7 E;  2P3A A;  4EJD A;  5P46 A;  3KFR A;  5P1Q A;  3ZKG A;  3OQA A;  4F75 A;  5B18 A;  1LYW B;  3KFN A;  3K1W A;  5P49 A;  2OHM A;  3KM4 A;  4B05 A;  1CPI A;  4KUP A;  4ZPG A;  5OZO A;  5P8C A;  3S7M A;  5P6O A;  1PFZ A;  3R0W A;  4TVH A;  4APR E;  5P6H A;  3OXW A;  4D8C A;  3S7L A;  2QCI A;  2ER0 E;  3GI0 A;  3BGB A;  1QBU A;  5E5K A;  5P4U A;  3IVH A;  2ZJI A;  4Y3D A;  2PSU A;  4J0T A;  5DGW A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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