4CPSA

Macrocyclic transition-state mimicking hiv-1 protease inhibitors encompassing a tertiary alcohol
Total Genus 15
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
15
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWQRPLVTIKIGGQLKEALLDTGADDTVLEEMSLPGRWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQIPIEICGHKAIGTVLVGPTPTNVIGRNLLTQIGCTLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Synthesis of P1'-Functionalized Macrocyclic Transition-State Mimicking HIV-1 Protease Inhibitors Encompassing a Tertiary Alcohol.
pubmed doi rcsb
molecule keywords PROTEASE
molecule tags Hydrolase
source organism Human immunodeficiency virus
total genus 15
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2014-02-08

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 4cpsA00
1ER8E 3I7EA 2B60A 4Y47A 1EC2A 2FGVA 3HDKA 3KFPA 1HIVA 3L5CA 5P8GA 3URLA 3T7PA 1LF3A 3SM2A 5P65A 2VIEA 5COOA 3CYWA 5P8MA 4OC6A 1FMUA 5P51A 2G22A 3BGCA 3OXCA 5P3UA 5P4YA 1EPME 3HZCA 3MSJA 2G1OA 2F3KA 3HLOA 5C9BA 1RNEA 5JG1A 2QZLA 5OZDA 5APRE 5P5CA 4J0YA 3DCKA 4Y5KA 5P6HA 1HVIA 4LHHA 4K9HA 4YD4A 1KJHA 4CPXA 5P5MA 4RROA 4D8CA 3ZKMA 1LYAA 2A1EA 3GGUA 4RVJA 5P0JA 5P3TA 2BBBA 1PFZA 3EKTA 3PBDA 2XFJA 5HCTA 4DJPA 1PPLE 5P3WA 4A6CA 4BFDA 2WL0A 2I0AA 1SMRA 3FV3A 5P70A 3NXNA 2QNNA 2O40A 5I70A 5OYZA 4DPFA 4MC1A 4WY6A 1DMPA 4Y4ZA 5P7YA 2BJUA 2HB2A 1QBUA 5OYRA 4GYEA 5HDZA 5P0NA 5DR8A 4PEPA 4YCKA 2CEJA 3AUPA 4M8YA 4R93A 3UDKA 5COKA 3K5DA 2HS2A 4NPUA 1FEJC 2HC0A 1LYWA 3LIYA 4I0ZA 4I0HA 3FKTA 5P3AA 2P3DA 1QS8A 3EKVA 3S43A 5HCOA 3NDWA 5P2GA 2OHNA 3DK1A 1B6JA 5P4CA 4GJAA 4BEKA 2IQGA 5P12A 3FNSA 4KE0A 5OZZA 2VNMA 4J0PA 2IKOA 5KQFA 4Y57A 5KOSA 5IVSA 3MXDA 3SA8A 2ZHUA 3VSXA 1LEEA 5P4XA 3T11A 2G1RA 4B1EA 2R8NA 4OBDA 3OUCA 3D20A 3PSYA 3SFCA 2P3CA 2WEDA 4HVPA 5P7EA 5OZIA 1AAQA 3VF3A 4APRE 3JW2A 3EL4A 1MSNA 5P6VA 2PQZA 5P5WA 3EL9A 1RV7A 5P6BA 5P7WA 3OXXA 1FFFC 4ER1E 5OZ8A 1PSOE 4RYCA 5P0VA 1SP5A 1IBQA 2IGYA 4L6BA 5P0PA 4OBJA 1GNOA 5P6ZA 5P8VA 1T3RA 5OZKA 3IXKA 2AZ8A 4Y3SA 2QMGA 1SIPA 3L59A 1HPVA 1SDUA 5P5JA 3ST5A 3A2OA 3QN8A 1GNMA 5P4OA 2P83A 1K1UA 4HDPA 1MT8A 2BQVA 3UTLA 4M8XA 3TOHA 4B1CA 4J54A 1ODXA 3QRVA 1W6IA 4OBZA 4D89A 1IZDA 2XFIA 3ZKXA 2AOFA 5P0CA 3EKXA 3BRAA 5OZ9A 5P23A 5P4FA 2FGUA 4NKKA 3DJKA 3S8IA 5P8JA 5OZ2A 3UCBA 3EL1A 2OHSA 1ZAPA 4YBIA 5P1PA 5P4EA 5P4VA 5P5HA 3ECGA 1D4LA 1B6KA 5I3YA 3B7VA 1BV7A 5P44A 4I0JA 1E5OE 4ACUA 1HXWA 2QI0A 8HVPA 5P7MA 4D85A 1PSAA 3WZ8A 5AHAA 4NPTA 3QIHA 4CPSA 4ZSPA 3GI0A 4Y4TA 1FQ5A 1MERA 5P86A 4QJ2A 2PWRA 6UPJA 1HWRA 5P61A 2Z4OA 1DPJA 4Q1WA 4DQBA 3D1ZA 3WB5A 1FQ4A 3IVHA 3VYDA 1DIFA 4DJVA 2OHUA 5HDXA 3KFSA 5OZXA 3TPJA 3OU3A 1XN2A 4YCYA 2QI5A 4LP9A 2QI1A 3LITA 5CONA 4Y3HA 3Q4BA 5SXNA 4Z22A 1YG9A 5F00A 4LXAA 5P6GA 3SQFA 5P4GA 1F34A 5AHCA 4QJ7A 2Q54A 4ZE6A 1BV9A 3DV1A 2G1NA 1BDRA 1SMEA 3HAWA 5P00A 3QP0A 1UPJA 4Y4BA 1T7IA 1U8GA 5P8BA 1NPVA 1BVGA 5P60A 5P5KA 4YDFA 3SKGA 2QMFA 3PSUA 4J1IA 3O9AA 3PRSA 1EPOE 5P31A 1FLHA 5OZTA 3O9DA 4YBFA 3SLZA 4DQHA 4Y4AA 1QBRA 1B6PA 1BXOA 2AVQA 1META 4YOAA 2FDDA 3O9LA 5P50A 3ZKGA 5P7CA 3TTPA 3PI0A 5P17A 4J1EA 2G94A 5P7VA 5P78A 5P8UA 2JYSA 2R38A 3NUJA 4QJ6A 5OZ0A 3TPPA 3UFLA 4GJDA 5P2TA 1A9MA 4JP9A 4B72A 3LIZA 5P47A 3DV5A 5P1DA 1HOSA 1HVLA 3KM4A 2ZE1A 4Y3DA 5P7KA 5P2SA 1K1TA 5P6SA 1IZEA 1XDHA 2V0ZC 4FSLA 3SM1A 3LZSA 2HPFA 4K8SA 2JJJA 3EKPA 3QPJA 4CMSA 5HU0A 1LZQA 1HIHA 5OYYA 3D1XA 4FAFA 5P82A 1LYBA 2QI6A 1KJGA 4Y5CA 5P5EA 1LF2A 4XX4A 4DQFA 5COPA 5HE5A 5P54A 2WECA 3G6ZA 4Y3AA 5P58A 5P6XA 5P83A 1MTRA 4CPUA 4E43A 2Q5KA 2QZXA 5P1BA 4Y3FA 3KDBA 4EP2A 5P5XA 5P1KA 4Y3TA 3UQUA 4CKUA 4Y3NA 1NPAA 5P0RA 5P2JA 5P4TA 5DQ5A 5B18A 3VV7A 1KJ4A 5P4HA 7UPJA 1EBYA 5P7FA 4J1FA 4B0QA 1D4IA 1HHPA 4Y6MA 4F75A 2QZWA 1F7AA 1K2BA 5P2LA 1FQ7A 4I0GA 2O4NA 3ER5E 1BIMA 3OADB 3SABA 3D3TA 5P1QA 3IAWA 4EJLA 4CPTA 4RVIA 4Y45A 5P1LA 4S1GA 4XXSA 2XYEA 5ISJA 5P0WA 5P5FA 3UFNA 4Y4XA 2O4LA 3TOFA 3MSLA 1OHRA 3APPA 3O9BA 2G21A 2QZKA 5P7XA 2AZ9A 2QD6A 2V16C 4EHCA 4L7GA 1HVRA 3CIDA 5IVRA 4GJ6A 2PYNA 4RCFA 1EPPE 3TNEA 5P6AA 4Y5NA 2AVMA 4IVTA 2ZJIA 3NU3A 1K2CA 3LPKA 5P73A 5DGWA 4YD7A 1RPIA 3CIBA 5P6FA 3S7MA 1SBGA 2O4SA 2B7ZA 3TL9A 5I3XA 5P4PA 1B6LA 3SA9A 3QRMA 3Q70A 4CPWA 3T3CA 2PK6A 1EPNE 1W5VA 3D91A 2AOIA 2QU2A 5P0FA 5AHBA 4F73A 2J9JB 1IVPA 5BS4A 1HVKA 2VIZA 2QNPA 5C9FA 5P8NA 3SACA 3SA4A 1FGCC 3QS1A 5P7PA 2QMDA 1BBSA 3BUFA 5P2KA 3PWWA 2XYFA 4YCTA 4A4QA 4OBGA 1WKRA 4FIVA 4TVHA 3UDPA 5P20A 4R5NA 2AOHA 5P6IA 5P59A 1HXBA 1W5YA 3NSHA 5SY3A 5P0TA 1A94A 2I4DA 4J1HA 5P14A 5ENMA 4Y4EA 3L5EA 3PCZA 4HLAA 2V12C 3TPLA 1FQXA 1K6PA 2QMPA 1XN3A 5P3MA 3INEA 4Y3WA 5IS4A 3OK9A 5OZVA 1YTJA 4B05A 4EXGA 1PROA 5OZEA 3NLSA 5SZ9A 3VLBA 1DAZC 2RKFA 4I0FA 3LZYA 2VS2A 5EZXA 3URIA 5P81A 5P7TA 5P3SA 1M43A 1QDMA 5P6WA 3PCWA 4EQ0A 3IVIA 5P0HA 2IL2A 4NJUA 4J0ZA 1SDVA 5P03A 2V10C 3R0YA 5OZUA 4R8YA 3UQPA 3BXSA 5P05A 5P3EA 1EC3A 4Y37A 5P6PA 3OU1B 3G72A 3NXEA 2QU3A 3R4BA 3OU4B 5P0AA 2VA5A 2JJIA 5AH9A 5P41A 2NMZA 5JFPA 3ZMGA 5P43A 2BPYA 2V13A 5P2FA 3GW5A 4ZPGA 3IXJA 4Y50A 2HB4A 3OXWA 3INHA 3NR6A 4Y53A 5P40A 4DV9A 5KR2A 2Q63A 2FLEA 2G20A 4YD6A 5P1AA 2ZGAA 1C6XA 1IDBA 5P85A 2WF3A 4X2LA 5P3LA 2FNSA 1G2KA 3LIXA 4GJCA 2NXDA 5P1VA 2VJ9A 5P4KA 5P4NA 1TCXA 2G1SA 2I4QA 3I8WA 1MESA 5P2OA 4K4QA 4L7HA 2IS0A 4AA8A 4Z4XA 5I3WA 1YM2A 3ZPTA 3L5DA 5P3HA 5P1YA 2O4KA 4RGHA 5DQCA 3UDQA 3NU9A 4DJQA 4Y3MA 5P2HA 5P2RA 2Q64A 4PZWA 2HS1A 3OWNA 3Q6YA 5P1HA 4Y4UA 5P6TA 5OYUA 1FB7A 5P04A 2PSGA 4Y43A 5OYTA 1APTE 5OZ1A 5P0DA 3O9GA 5P2DA 1AXAA 5P11A 5P77A 5P0YA 3O9FA 4U8WA 3VYFA 4DJXA 5AH7A 5KR0A 1FMBA 1HSHA 1IDAA 3KT5A 5P2BA 5OZSA 3LIQA 1YX9A 1ZTZA 4Q1XA 1T6GA 5P67A 4DI2A 5HVPA 3OQDA 4FS4A 2HIZA 3KA2A 5P6OA 1MVPA 5P8DA 5P88A 3GI4A 2OHLA 1WBMA 5P0IA 2ER6E 5P2YA 1APVE 2PYMA 3MSKA 3HVGA 3GI5A 4HEGA 3ZPSA 4H1EA 3HW1A 2R43A 3OUAA 5OZRA 4XKXA 3BVBA 5P4QA 1N49A 1WBKA 5IVQA 5P2UA 5P1IA 2AVSA 5P7SA 5P7BA 1EC0A 7HVPA 5KOQA 3VYEA 3TPRA 4DPIA 2VKMA 1HPSA 4H3JA 3UDYA 3DM6A 5P4SA 5OZ3A 4FSEA 3PEPA 3DOXA 5P6JA 2FDEA 1LYAB 3RSVA 4YDGA 4TRZA 3PB5A 4Y36A 2UY0A 3K5FA 3RTHA 4Y4JA 1APWE 3BXRA 5OZFA 4HZTA 6APRE 3U7SA 5P8HA 2IGXA 2BKSA 5P2MA 1GVUA 4DJRA 5AGZA 3D1YA 4FM8A 5P6CA 4I8ZA 4WTUA 4YHQA 4I11A 1GVXA 3KFNA 2QHYA 3K4VA 5FIVA 2NMYA 2PK5A 3EL0A 5DQ2A 5P71A 3UDRA 1TCWA 4GMIA 3KFRA 4AMTA 5KQXA 1HRNA 5HD0A 3VG1A 3HVPA 5P32A 1EEDP 4K4PA 3SA3A 2I1AA 3FNUA 3PBZA 4B78A 2ZHVA 3UF3A 4Y54A 4CP7A 5HU1A 3KMYA 5P42A 2FXDA 1AJVA 3DCRA 3S43B 5P80A 4JPEA 3WSJA 4J0TA 2FIVA 2QHZA 4Y5GA 3TOGA 2P3BB 4NJSA 5P01A 1D4SA 5P6DA 2BPXA 4KE1A 4AZYA 4I0DA 4H3GA 3FX5A 1QBSA 5P4LA 2RKGA 2Q55A 5P1TA 5P8CA 2PH8A 3EM6A 2FNTA 2AIDA 5P26A 4Y35A 4Y3ZA 5P0OA 3O9CA 5P2XA 2AOGA 2VIJA 2JE4A 5P06A 5P3XA 3N4LA 4EJ8A 3S85A 1T7KA 4Y9WA 5P4RA 2PSVA 3TKWA 4EYRA 2F80A 4RVXA 2CEMA 4Q1YA 3OQAA 3AIDA 5P5TA 3TLHA 2A4FA 5P1ZA 1GVWA 5DR1A 4GJ5A 5P07A 3EKWA 5P84A 5P0UA 5P1CA 3IN4A 3VFAA 2VJ7A 1MTBA 1VIJA 2AVVA 5P7OA 3L5BA 3OUDA 1TSQA 4Y3PA 3VLAA 2F81A 1BWBA 3UQRA 3WZ6A 3I2LA 4Y41A 1E81E 1TSUA 2ZJNA 5OYVA 1BXQA 3S45A 3QVCA 4Y3XA 5P5AA 5P5ZA 5P7JA 2AODA 3PJ6A 3OADA 3CYXA 5P4IA 3PLLA 1E82E 5P30A 4Y38A 4DJOA 2ZHRA 1GNNA 2AOCA 4ZEAA 5OZNA 3UDMA 4DQCA 5P5SA 3OGQA 3Q5HA 1HTEA 5P87A 1LS5A 5P74A 4Y4WA 3R0WA 1D4HA 3NDUA 2ANLA 5HE4A 1B5FB 3NUOA 5ER1E 5P4UA 3ZOVA 3PLDA 5P1SA 4KUPA 5P2IA 1E80E 5P5RA 3R1GB 5P5YA 1C70A 5AH6A 3RSXA 5AH8A 5P7ZA 1ODYA 1ZSRA 3PWMA 4Y56A 1UH7A 1UH8A 5P7AA 5IVTA 3C9XA 4Z2ZA 5OYWA 2ZJLA 1ZP8A 3GGAA 4HDBA 4HE9A 9HVPA 5P45A 1YTGA 5KQZA 5P4ZA 5P5OA 3ER3E 2WF1A 5P2EA 4FM6A 3VEUA 1EC1A 1CMSA 2ZHSA 5ER2E 1W5XA 2QP8A 4ZPEA 3O9HA 2WF2A 3KMXA 4R92A 1SH9A 4EP3A 5P6UA 5P2VA 4I12A 5P0KA 2OHPA 1ENTE 5OZCA 1K6TA 3SA7A 1PPME 3EC0A 3GI6A 1AVFA 5P53A 1ZPAA 1HVCA 4J17A 4ER2E 3OUBA 3S7LA 2SAMA 4Q5MA 3OY4A 1HSGA 3VF5A 5P16A 3PM4A 4Y3JA 2NR6A 2ZDZA 4EJDA 1ZJ7A 2OAHA 2NTRA 3NDTA 4PYVA 2ER7E 3I6OA 5P7GA 3KYRA 5P6KA 1FG6C 5P37A 4CPRA 4FGXA 3SO9A 5T4SA 5OZWA 1HPOA 5P3JA 5P63A 1HVSA 1HVHA 3NDXA 5P4BA 3SPKA 3EM4A 5JODA 3FNTA 3OAGB 2ZJKA 5TOLA 4B77A 2B42A 3EBZA 4TRYA 5P5DA 1XE5A 5P7IA 2QI3A 3IXOA 2ZJJA 3TH9A 2IRZA 5P2ZA 4H3FA 1HTFA 2BPZA 2BB9A 2OHTA 3TKGA 3OU1A 6FIVA 5P8TA 2QCIA 3OU4A 4FRSA 5I3VA 4B1DA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1ER8 E;  3I7E A;  2B60 A;  4Y47 A;  1EC2 A;  2FGV A;  3HDK A;  3KFP A;  1HIV A;  3L5C A;  5P8G A;  3URL A;  3T7P A;  1LF3 A;  3SM2 A;  5P65 A;  2VIE A;  5COO A;  3CYW A;  5P8M A;  4OC6 A;  1FMU A;  5P51 A;  2G22 A;  3BGC A;  3OXC A;  5P3U A;  5P4Y A;  1EPM E;  3HZC A;  3MSJ A;  2G1O A;  2F3K A;  3HLO A;  5C9B A;  1RNE A;  5JG1 A;  2QZL A;  5OZD A;  5APR E;  5P5C A;  4J0Y A;  3DCK A;  4Y5K A;  5P6H A;  1HVI A;  4LHH A;  4K9H A;  4YD4 A;  1KJH A;  4CPX A;  5P5M A;  4RRO A;  4D8C A;  3ZKM A;  1LYA A;  2A1E A;  3GGU A;  4RVJ A;  5P0J A;  5P3T A;  2BBB A;  1PFZ A;  3EKT A;  3PBD A;  2XFJ A;  5HCT A;  4DJP A;  1PPL E;  5P3W A;  4A6C A;  4BFD A;  2WL0 A;  2I0A A;  1SMR A;  3FV3 A;  5P70 A;  3NXN A;  2QNN A;  2O40 A;  5I70 A;  5OYZ A;  4DPF A;  4MC1 A;  4WY6 A;  1DMP A;  4Y4Z A;  5P7Y A;  2BJU A;  2HB2 A;  1QBU A;  5OYR A;  4GYE A;  5HDZ A;  5P0N A;  5DR8 A;  4PEP A;  4YCK A;  2CEJ A;  3AUP A;  4M8Y A;  4R93 A;  3UDK A;  5COK A;  3K5D A;  2HS2 A;  4NPU A;  1FEJ C;  2HC0 A;  1LYW A;  3LIY A;  4I0Z A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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