4CPUA

Macrocyclic transition-state mimicking hiv-1 protease inhibitors encompassing a tertiary alcohol
Total Genus 16
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
16
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWQRPLVTIKIGGQLKEALLDTGADDTVLEEMSLPGRWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQIPIEICGHKAIGTVLVGPTPTNVIGRNLLTQIGCTLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Synthesis of P1'-Functionalized Macrocyclic Transition-State Mimicking HIV-1 Protease Inhibitors Encompassing a Tertiary Alcohol.
pubmed doi rcsb
molecule keywords PROTEASE
molecule tags Hydrolase
source organism Human immunodeficiency virus
total genus 16
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2014-02-08

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 4cpuA00
5P6SA 3R2FA 5P3DA 3OQAA 2QHCA 5OZWA 3S7LA 2QI7A 5P0LA 5COPA 1FMXA 1UH7A 1SBGA 5P2TA 5OZ9A 4YD3A 5P5OA 4Y4DA 2O4PA 1HRNA 1D4KA 2I4DA 2VJ6A 4DJUA 3TKWA 4YD5A 5P44A 4YBIA 3VF3A 3WZ6A 5IVQA 4HDBA 3VFAA 5APRE 3SFCA 5P8DA 2NMZA 1PFZA 4CPWA 4B1EA 1EBWA 1YTIA 4NKKA 2P3BA 5F01A 5P0HA 2QNQA 2QHZA 4Y3MA 4CPSA 4APRE 2G1SA 1MSNA 3GI5A 4Y54A 2J9JB 2V11C 4I0JA 4CPUA 5P2GA 2PQZA 3SKGA 1F7AA 1GVVA 2BPZA 4M8YA 3INFA 2O4KA 3SO9A 5BWYA 3S43A 2FLEA 5P5DA 2G1OA 4CKUA 5P0ZA 1HIVA 1MTBA 2WEAA 4JPCA 1BBSA 4GZFA 5P0QA 5CONA 1HTGA 2QU2A 3BUGA 3I25A 5DR1A 3L5BA 5OZ5A 5P0CA 4QLHA 4B05A 4OC6A 4EP3A 3OXWA 3QBHA 5P2YA 3UTLA 5P7QA 4Y39A 5P7NA 4ACXA 4Y3AA 4YCKA 4I0ZA 1BWBA 2PMAA 3UDPA 2QU3A 2BBBA 3OUAA 1LF2A 1SIVA 5P7IA 5DGUA 4D8CA 3UQPA 2BPWA 3FNTA 1B6MA 5P8NA 2AZCA 5SY2A 3EM6A 5P45A 1D4JA 3LIQA 2QI4A 4EPJA 5P3BA 2ER0E 3KMXA 5KQFA 1TCXA 5SZ9A 1MEUA 1BXQA 2IQGA 4RLDA 4YCTA 4YCYA 4RCDA 1FG6C 2ZHTA 2QZWA 4EJLA 2F3FA 1AJXA 1EPOE 1FEJC 3GI4A 3BHEA 1IDAA 4Y5BA 2AOJA 3R4BA 3U6AA 5P0XA 1XN3A 4LP9A 1W6HA 3PGIA 3T3CA 1QBTA 4Y5PA 2B7ZA 5COKA 2XFJA 5OZPA 2G27A 1QRPE 1LYBA 1HIHA 5P05A 4MC1A 5P5EA 1M43A 5IE1A 2HPEA 1YX9A 2WF1A 2XFIA 4H3GA 4A6CA 3EKPA 5P4HA 2R3TA 2O4SA 1EAGA 5J25A 2XYFA 2ZJKA 2V13A 2A4FA 4Y3LA 5OZ8A 5OYWA 4EQ0A 5ENMA 5OZ1A 4I10A 1ZSFA 4EJKA 1B5FA 1PPKE 2WEDA 2VIEA 2F81A 4R91A 2QMGA 5HE4A 3QIHA 3L5DA 4U7VA 3VLBA 1EPNE 3UDNA 5KQZA 3WSJA 3LIYA 5HCOA 3OAGB 3IN3A 5OZUA 3QAAA 4RYGA 5P0FA 3KFNA 5ISKA 3VUCA 2QK5A 5I3WA 2B42A 4FAEA 5P1BA 3G70A 4WY6A 5P8CA 3RSXA 2FIVA 5OYXA 1TSQA 5OZKA 2VIZA 3HAWA 1E80E 3FSMA 5P5IA 3TOHA 4I0IA 1HXBA 2BKTA 5P31A 5HDZA 5P1LA 4Y36A 5P54A 5P67A 1ZAPA 5P49A 3NUJA 2RMPA 4HDFA 4YHQA 5P46A 3R0WA 3NU3A 1EBZA 1IIQA 1G2KA 3U71A 6UPJA 1HVLA 4ZPFA 5ISJA 2V16C 2XYEA 4Y3YA 3LIVA 1SDVA 2QP8A 1SGZA 4Y4XA 3S53A 4F75A 2PSGA 3OTYA 1MRXA 2Q3KA 5P42A 5P1EA 4DJVA 1ZSRA 2QI6A 3D91A 5P09A 3QRSA 3EMYA 1XS7D 5P32A 1FQ4A 3JVYA 1APWE 4Y4WA 4GJ5A 2OHNA 3ZPUA 3VV7A 5P5SA 5P3OA 1YG9A 4F73A 4CP7A 4OBGA 1QBSA 4Q5MA 3IA9A 3LIZA 5DPZA 5IVTA 3KN0A 4Y44A 4HEGA 2G1RA 2AODA 2HS1A 5P80A 4PYVA 5KQXA 4J17A 3LPIA 2QI0A 3MXEA 5P5XA 4LXKA 3KF0A 1GVUA 2ASIA 5P75A 4I8ZA 3KDDA 3F9QA 3KM4A 3DCKA 5EZXA 5P71A 5OZLA 2Q55A 3QVIA 3TL9A 3LNKA 2WEBA 5P4JA 5P58A 2WJOA 3NU9A 5P6LA 2VIYA 2QD8A 2VJ7A 1GVWA 1YTJA 2QCIA 5P1AA 3SAAA 5P0BA 1A94A 5AHBA 5P83A 5HE7A 2BKSA 5BRYA 2I0AA 3KA2A 2O40A 3OUBA 3CYXA 5JG1A 5P8BA 3DOXA 3ZPSA 5P79A 3QROA 4A4QA 1EPPE 4I11A 3L58A 2AVSA 5P6BA 3JVWA 2UPJA 4YD6A 5P66A 1META 3TLHA 5P77A 4QJ9A 5P5AA 1ZPAA 5P53A 2ZHUA 5HVPA 4M8XA 2QNPA 5AHCA 1MRWA 5AH6A 1HBVA 4R8YA 5P62A 4PZXA 1HVJA 2FXDA 3D1XA 2WF4A 4J0ZA 3MSKA 3PI0A 5P3WA 2JE4A 4GJBA 5COOA 3LZVA 5P5NA 3VF5A 2P8HA 5P28A 1FIVA 5E5JA 4YA8A 3NU4A 4OD9B 4YD7A 5P6EA 5P55A 5P8QA 1ZJ7A 3BUFA 1B11A 3SA9A 4U8WA 5AH9A 3O9FA 3APPA 2RSPA 3URJA 1E5OE 3PCZA 3QS1A 5P5UA 2R8NA 3RU1A 3S54A 3ZPTA 1W6IA 5P3AA 1TCWA 2OHSA 5P2DA 3D1YA 3K5GA 3O9DA 3ECGA 5OZVA 4U7QA 1ODWA 3ST5A 4FS4A 3T7PA 2B8VA 3M9FA 5P6NA 4Y48A 3ZLQA 5P33A 5HCTA 5P10A 1PSAA 2QZLA 3OGQA 3O9AA 4IVSA 3ZKSA 5P0NA 5P3NA 3S56A 3VSWA 2ZGAA 3EL4A 2WHHA 3KMYA 2VA5A 1HPXA 2AOFA 5P76A 3EBZA 2ZHSA 3OHHA 1HPSA 4JECA 2VA6A 5DQCA 4AZYA 2Q11A 3HDKA 5IVSA 1BV7A 4OBZB 2Q63A 3TPPA 2MIPA 4AUCA 4ER4E 1MESA 2V12C 4ER2E 4OBDA 1U8GA 5P4LA 2QD6A 5KAOA 5P4PA 2FDEA 3NYGA 5P69A 5BS4A 4RZ1A 2WL0A 4EXGA 4Y3NA 1BXOA 2IL2A 2EWYA 4J54A 1EC3A 3GGUA 5P6XA 3S7MA 1KJGA 2I0DA 3VSXA 1KJ4A 6FIVA 3SABA 3CKTA 3R1GB 5OZSA 3UQWA 4ACUA 1LYAA 5P3CA 3OY4A 1K6TA 3OU1B 1HPOA 2F80A 2WF0A 5P8KA 3SQFA 7HVPA 3O99A 1ME6A 4ZE6A 1EPRE 1QS8A 5P4RA 4XX3A 5OYSA 5P3EA 3PWWA 3OXVA 3MWSA 1K6CA 1XL2A 3U7SA 1APVE 4H1EA 2VA7A 4NJTA 3ZKGA 1BAIA 1HVKA 3PBDA 4I1CA 2R43A 4DQGA 5ER1E 4RCFA 2G26A 2ZHVA 3OU4B 5OZIA 3Q70A 5OZ2A 5P7JA 5P1QA 4XX4A 3NUOA 3UQRA 5P5PA 1T6EX 2AVVA 5P65A 5P4ZA 3PBZA 5OZTA 3SA4A 3DV5A 2J9JA 4OBJA 1EPME 3AUPA 3VF7A 5P0PA 4F76A 1Z8CA 4RROA 2BQVA 2O4NA 4CMSA 1EC2A 1LF4A 5P7TA 3CKRA 3HAUA 3D20A 5OZ6A 3SM1A 1LYWB 5OZAA 5P17A 2QNNA 1GNNA 5P6VA 3LZYA 5OZ3A 4ZSRA 3KT5A 4L7GA 5P18A 1NPVA 4CPXA 3IN4A 2F3KA 5P6PA 3EL5A 3EKTA 3NDTA 5OYYA 5KR2A 5P2WA 4GJ9A 4Q1WA 1GVXA 3CYWA 1WBMA 4JOOA 2PK6A 5P1YA 5P50A 5JFPA 3KFRA 5P2LA 2NXDA 4YOAA 1CPIA 1W5VA 1FFFC 5P1CA 1B6PA 2AZ8A 5P12A 1PSNA 4D89A 5P6DA 3ER3E 4D88A 1YM4A 3OUDA 4Y3QA 3CICA 3IXKA 3T7QA 1T7IA 2NMYA 1M0BA 3UF3A 4Y3RA 3BVBA 5P47A 3L5FA 2P3DA 4EP2A 1GNOA 4J1KA 4FGXA 3VLAA 1E82E 1HEFE 4Y3DA 2Z4OA 3VG1A 5P73A 2I4UA 4L1AB 3QBFA 4EHCA 5P57A 4TVHA 3TH9A 3PVKA 5P7CA 1LV1A 4FAFA 3ER5E 5P6YA 4DVFA 1J71A 4J0YA 4L7HA 5P1IA 1SMRA 4QJ7A 1MPPA 2OHRA 3O9GA 5P5JA 4K4PA 1QDMA 2ZE1A 5ER2E 5P6RA 1SDUA 1BDLA 5P4TA 4Y43A 3ZKXA 3SLZA 4QJ2A 5P4FA 3S43B 3R0YA 1FMUA 3DM6A 3L5CA 4J55A 2PH6A 3LZSA 5P1JA 5P7EA 2ZDZA 4I0DA 4Y3WA 5I3XA 5AH7A 3NU5A 5P4WA 1GNMA 2IRZA 5P6JA 3IAWA 3UDRA 2OF0A 2IDWA 3K5DA 2V10C 3AIDA 2PSVA 2HB4A 4J1CA 2OHLA 1YTHA 1EBYA 4Y5EA 1D4SA 2R5QA 2FNSA 2HB3A 5P00A 5P35A 1AM5A 4RVJA 1IZHA 4Y3XA 3PJ6A 4X2LA 2ZJMA 4J0TA 3FV3A 5P7KA 1C6YA 4TVGA 4DQFA 3PLDA 5P2QA 3EM4A 2ZJIA 3UDYA 3BRAA 4RCEA 3LZUA 3GGAA 4R95A 3O9BA 3I8WA 3O9EA 4AA9A 5P6UA 4ZLSA 4Y4BA 5P7YA 4DJPA 4R5NA 3APRE 3VV8A 3KT2A 1VIJA 5P23A 2G21A 4Y3TA 5P0WA 5DQ5A 4HLAA 1HVHA 3I2LA 1WKRA 2Q15A 2FDPA 3I7EA 5P82A 1DP5A 3OQKA 4Y50A 2AVQA 2VNMA 5OZMA 4LC7A 4ZPEA 2PWRA 3HW1A 5P0KA 5P2VA 4DH6A 6APRE 4J1IA 1HIIA 4XXSA 3WB5A 3QP0A 4I12A 3QPJA 3BGBA 2IKUA 3ZKIA 5P87A 2BPXA 1HHPA 3PSUA 3EC0A 5P5MA 3KFSA 4DJRA 3O9LA 2Q54A 4RVXA 2OHMA 5UPJA 1M4HA 5DR8A 5P1TA 5P5ZA 8HVPA 5P2NA 4D85A 2UXZA 1BWAA 4FRJA 4LBTA 3INDA 5P56A 2OHTA 5P16A 2NXMA 5OZRA 5P26A 3CIBA 3ZKQA 1NPAA 5P13A 1MUIA 1ZP8A 2B7FA 4B1DA 3FX5A 3Q3TA 5P3RA 5P2MA 4Y5NA 5IS4A 3T6IA 5P5TA 2I4XA 1HWRA 5EZZA 5P7AA 3RTNA 4Y3EA 3S8IA 5P2CA 4TRYA 5OZ7A 5OZ4A 3K4VC 4DQHA 2FNTA 4N00A 5P7HA 2HB2A 3TKGA 1MT7A 1ZBGA 1FGCC 5P4IA 4TRWA 5P0TA 5P07A 1PROA 5T4SA 5PEPA 3LINA 2OAHA 3SA8A 1IZEA 3T11A 2BPYA 5OZNA 2Q64A 1SP5A 5JFUA 3INHA 1FB7A 5OZOA 3ZL7A 4EJ8A 5P34A 3OADA 3Q5HA 5P08A 3KFPA 5P0EA 3OUCA 3T7XA 3Q4BA 5P8FA 4APEA 4OD9A 4J0PA 4Y3PA 2NR6A 3VV6A 5P3XA 3OXCA 4H3FA 2HIZA 1SIPA 5OYRA 5P4AA 3EL0A 5P0AA 1HTFA 3FKTA 5OYQA 5F00A 4F74A 3OTSA 3UFNA 2PYNA 2AZBA 3PHVA 4PZWA 4GIDA 4Y6MA 5C9BA 7UPJA 3UHLA 2AOHA 2F8GA 4BFBA 4DQBA 5P1GA 3UQXA 1UH8A 2QMDA 3GI0A 4GJ6A 3H0BA 3EKXA 4QJ8A 4Y3GA 1W5YA 5P4VA 4CPTA 3OK9A 3LIXA 1T7KA 2QAKA 3EM3A 3GGXA 3MSLA 2QZKA 4X7IA 5P01A 4ZIPA 2IKOA 2PYMA 5P6IA 5P72A 5P5GA 4Y5CA 3IXJA 1JLDA 4DI2A 4Z2ZA 1FQ8A 2HS2A 1A9MA 5P5YA 4LXMA 3EL9A 5P8MA 4ZPGA 4YDFA 2RENA 4Q1YA 3N3IA 3IVIA 3S85A 3EKYA 2FXEA 5P8TA 3FIVA 2P3AA 1F34A 4NJSA 4I0EA 5P63A 2H6SA 4K8SA 4FRSA 3SPKA 5P81A 3NDWA 1LS5A 1YT9A 5P0IA 3SA3A 3BXRA 4B72A 1RNEA 3PSYA 2G1YA 1BDRA 4TRZA 2QMPA 4FSLA 4D83A 3UDKA 5P29A 2R38A 4Y56A 1MTRA 5P2RA 3OU1A 1GKTA 1B6KA 5P4MA 4RVIA 3PMUA 3CMSA 4DV9A 5OYTA 5P3ZA 5P8PA 5C9DA 9HVPA 1D4HA 4Y5KA 4DQEA 3OU3A 4YBFA 3MXDA 1DW6C 4HDPA 3ZMGA 5P0UA 5OYUA 4IVTA 2AVOA 2HC0A 5JODA 5HU0A 5P3GA 4OBFA 5P0GA 4DFGA 1MERA 5P6MA 3LHGA 5P51A 4ER1E 1RL8A 4FRKA 2AZ9A 1AXAA 2R5PA 3QI1A 5P0MA 1C70A 3PEPA 4Y4AA 4ZSMA 1APUE 5P0JA 5P68A 4ZSPA 4OBKA 3UQUA 3EKQA 5P8HA 5P2IA 4Z22A 2FGVA 5DR7A 5KR8A 2NXLA 3LPKA 3BVAA 3MSJA 2NNPA 4Y5MA 3SA6A 2IS0A 1NPWA 1K1TA 3GI6A 5P38A 5P70A 4WTUA 4HVPA 4CPRA 1YM2A 5P1DA 5P5CA 1MT9A 1XE6A 5P3PA 5P25A 2B60A 2SAMA 3VFBA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 5P6S A;  3R2F A;  5P3D A;  3OQA A;  2QHC A;  5OZW A;  3S7L A;  2QI7 A;  5P0L A;  5COP A;  1FMX A;  1UH7 A;  1SBG A;  5P2T A;  5OZ9 A;  4YD3 A;  5P5O A;  4Y4D A;  2O4P A;  1HRN A;  1D4K A;  2I4D A;  2VJ6 A;  4DJU A;  3TKW A;  4YD5 A;  5P44 A;  4YBI A;  3VF3 A;  3WZ6 A;  5IVQ A;  4HDB A;  3VFA A;  5APR E;  3SFC A;  5P8D A;  2NMZ A;  1PFZ A;  4CPW A;  4B1E A;  1EBW A;  1YTI A;  4NKK A;  2P3B A;  5F01 A;  5P0H A;  2QNQ A;  2QHZ A;  4Y3M A;  4CPS A;  4APR E;  2G1S A;  1MSN A;  3GI5 A;  4Y54 A;  2J9J B;  2V11 C;  4I0J A;  4CPU A;  5P2G A;  2PQZ A;  3SKG A;  1F7A A;  1GVV A;  2BPZ A;  4M8Y A;  3INF A;  2O4K A;  3SO9 A;  5BWY A;  3S43 A;  2FLE A;  5P5D A;  2G1O A;  4CKU A;  5P0Z A;  1HIV A;  1MTB A;  2WEA A;  4JPC A;  1BBS A;  4GZF A;  5P0Q A;  5CON A;  1HTG A;  2QU2 A;  3BUG A;  3I25 A;  5DR1 A;  3L5B A;  5OZ5 A;  5P0C A;  4QLH A;  4B05 A;  4OC6 A;  4EP3 A;  3OXW A;  3QBH A;  5P2Y A;  3UTL A;  5P7Q A;  4Y39 A;  5P7N A;  4ACX A;  4Y3A A;  4YCK A;  4I0Z A;  1BWB A;  2PMA A;  3UDP A;  2QU3 A;  2BBB A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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