4CPU | Genus

Total Genus 16

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	16
sequence length	99
structure length	99
Chain Sequence	PQITLWQRPLVTIKIGGQLKEALLDTGADDTVLEEMSLPGRWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQIPIEICGHKAIGTVLVGPTPTNVIGRNLLTQIGCTLNF

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

loadScript /static/js/j2s/core/package.js

loadScript /static/js/j2s/core/corejmol.z.js

loadScript /static/js/j2s/core/corescript.z.js

JSmol exec jmolApplet0 start applet null

Jmol JavaScript applet jmolApplet0__8680134039239733__ initializing

Jmol getValue debug null

Jmol getValue logLevel null

Jmol getValue allowjavascript null

AppletRegistry.checkIn(jmolApplet0__8680134039239733__)

vwrOptions:

{ "name":"jmolApplet0","applet":true,"documentBase":"https://genus.fuw.edu.pl/view/4CPU/A/","platform":"J.awtjs2d.Platform","fullName":"jmolApplet0__8680134039239733__","codePath":"https:/static/js/j2s/","display":"jmolApplet0_canvas2d","signedApplet":"true","appletReadyCallback":"Jmol._readyCallback","statusListener":"[J.appletjs.Jmol object]","syncId":"8680134039239733","bgcolor":"white" }

setting document base to "https://genus.fuw.edu.pl/view/4CPU/A/"

Jmol Version: 14.29.13 2018-04-17 17:17

java.vendor: Java2Script (HTML5)

java.version: 2018-01-28 23:38:52 (JSmol/j2s)

os.name: Mozilla/5.0 AppleWebKit/537.36 (KHTML, like Gecko; compatible; ClaudeBot/1.0; +claudebot@anthropic.com)

Access: ALL

memory: 0.0/0.0

processors available: 1

useCommandThread: false

appletId:jmolApplet0 (signed)

Jmol getValue emulate null

defaults = "Jmol"

Jmol getValue boxbgcolor null

Jmol getValue bgcolor white

backgroundColor = "white"

Jmol getValue ANIMFRAMECallback null

Jmol getValue APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback

APPLETREADYCallback = "Jmol._readyCallback"

callback set for APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback APPLETREADY

Jmol getValue ATOMMOVEDCallback null

Jmol getValue AUDIOCallback null

Jmol getValue CLICKCallback null

Jmol getValue DRAGDROPCallback null

Jmol getValue ECHOCallback null

Jmol getValue ERRORCallback null

Jmol getValue EVALCallback null

Jmol getValue HOVERCallback null

Jmol getValue IMAGECallback null

Jmol getValue LOADSTRUCTCallback null

Jmol getValue MEASURECallback null

Jmol getValue MESSAGECallback null

Jmol getValue MINIMIZATIONCallback null

Jmol getValue SERVICECallback null

Jmol getValue PICKCallback null

Jmol getValue RESIZECallback null

Jmol getValue SCRIPTCallback null

Jmol getValue SYNCCallback null

Jmol getValue STRUCTUREMODIFIEDCallback null

Jmol getValue doTranslate null

language=en_US

Jmol getValue popupMenu null

Jmol getValue script null

Jmol getValue loadInline null

Jmol getValue load null

Jmol applet jmolApplet0__8680134039239733__ ready

script 1 started

platformSpeed = 8

Viewer cachePut cache://localLOAD_/file/5d03a046346ed81bcf8bbb5d/pdb.gz

Viewer cachePut https://genus.fuw.edu.pl/file/5d03a046346ed81bcf8bbb5d/pdb.gz

FileManager.getAtomSetCollectionFromFile(/file/5d03a046346ed81bcf8bbb5d/pdb.gz)

loadScript /static/js/j2s/core/corezip.z.js

The Resolver thinks Pdb

loadScript /static/js/j2s/core/corebio.z.js

Time for openFile(/file/5d03a046346ed81bcf8bbb5d/pdb.gz): 468 ms

reading 99 atoms

ModelSet: haveSymmetry:false haveUnitcells:false haveFractionalCoord:false

1 model in this collection. Use getProperty "modelInfo" or getProperty "auxiliaryInfo" to inspect them.

Default Van der Waals type for model set to Jmol

99 atoms created

ModelSet: autobonding; use autobond=false to not generate bonds automatically

Time for creating model: 22 ms

Adding embedded #jmolscript: select ({0:98});backbone only;select *;

platformSpeed = 8

cartoonsFancy = true

sheetSmoothing = 1.0

traceAlpha = true

loadScript /static/js/j2s/core/corescriptcmd.z.js

specularPower = 9

ambientPercent = 20

antialiasDisplay = true

Script completed

Jmol script terminated

loadScript /static/js/j2s/J/g3d/HermiteRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/renderbio/BioMeshRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/render/MeshRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/shape/Mesh.js

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

molecule tags	Hydrolase
source organism	Human immunodeficiency virus
publication title	Synthesis of P1'-Functionalized Macrocyclic Transition-State Mimicking HIV-1 Protease Inhibitors Encompassing a Tertiary Alcohol. pubmed doi rcsb
molecule keywords	PROTEASE
total genus	16
structure length	99
sequence length	99
chains with identical sequence	B
ec nomenclature	ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date	2014-02-08

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00077	RVP	Retroviral aspartyl protease

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
2.40.70.10	Mainly Beta	Beta Barrel	Cathepsin D, subunit A; domain 1	Acid Proteases	4cpuA00

2PK6A 5P4GA 1A9MA 1HRNA 4NPTA 3GW5A 5I70A 3SA4A 3VYDA 2Q15A 2FXEA 4XX3A 3HZCA 3TOFA 2HPEA 1YX9A 1IZHA 3SA5A 1T7IA 3RTHA 4DFGA 1C6YA 5P3WA 2V16C 1HPSA 3OADB 3L5CA 5P1AA 3OU3A 3TL9A 3O9HA 5P3HA 4Y3JA 2VA7A 1MVPA 2WEDA 5J25A 5P5ZA 1YT9A 2WF3A 4EXHA 5P8UA 5P1JA 5P4IA 1FFIC 5P5IA 3TOHA 2IGXA 4I10A 2JJIA 2IENA 2HIZA 3OAGB 4OBJA 1AVFA 5P67A 5P55A 4FM7A 5P0HA 5P5FA 2G20A 1ZJ7A 5JODA 5OZIA 4LXAA 4I0DA 1PSOE 4B78A 5P8MA 3ECGA 4EJKA 1APTE 1IVQA 1TSQA 5P4CA 2OHSA 1OD1A 4OBKA 5P8GA 4B00A 4EJLA 5P52A 5T4SA 3B7VA 3ST5A 5P17A 4NJTA 4J0VA 4TRYA 4K4QA 3SA8A 4HDBA 5P0QA 3S8IA 2G1NA 4H3GA 3NDUA 1KZKA 5OZLA 1IIQA 3VFAA 4RROA 4FRIA 1BILA 3NU4A 5P69A 1T6EX 3OGPA 3OXWA 2F80A 4J0PA 4Y4WA 5FIVA 1LS5A 3KN0A 4FM8A 5P0XA 3PLDA 5OZPA 5P1WA 4OC6A 5DQ1A 1TQFA 2I4VA 5P2XA 5OZVA 5P8BA 5P5SA 1K6VA 4Y47A 3A2OA 5P5TA 3UF3A 1HBVA 5KOQA 2IS0A 5C9DA 3K5FA 4Y3QA 2ZJIA 3EC0A 1CMSA 2AVVA 1LF3A 1BV7A 3JVWA 2AOCA 2WEAA 4GJDA 4LBTA 4EWOA 3T11A 2AODA 1KJHA 5P1EA 3UDKA 2PK5A 5P1DA 3GI6A 2P83A 2NNPA 5P6MA 1HWRA 3LITA 1SMRA 5P36A 4GJCA 4CPSA 3KYRA 4FLGA 5APRE 2NMZA 5P1YA 4DJRA 3HW1A 4YD3A 5P3KA 4YBFA 3QVCA 5P4OA 3LIXA 5P7VA 3OUBA 3SAAA 5P6JA 1EC2A 4LHHA 2BPVA 3PBZA 3HDKA 3N4LA 3EL0A 1YM4A 4RYCA 5P7NA 1LF2A 1ZPAA 2HB3A 5P5JA 5P63A 5P8TA 3KMXA 3KF0A 4CPXA 1SDVA 2QZLA 2ZHTA 5P00A 1PROA 2FGUA 3O9EA 3ZKNA 1U8GA 2B7ZA 1DW6C 5SY2A 4HA5A 5P4AA 2XFKA 3OHFA 2FDPA 5P2AA 5P6VA 3VF5A 3M9FA 2O4PA 1ZBGA 2AOJA 5P5OA 2Q64A 5P20A 3TTPA 2OHRA 5P6GA 5P29A 3OAGA 2V0ZC 5P30A 4I0ZA 1OEXA 3VV7A 5P87A 2AOHA 2AOFA 5P68A 2WL0A 4OBZB 1SH9A 2NXLA 1EBKC 5P5UA 5P0NA 4Y5LA 2NXDA 1WKRA 3KFSA 2G1OA 2IEOA 1QRPE 2WF4A 1FG8C 4AZYA 2P3CA 3GGVA 5KQXA 5JFPA 3L38A 4FE6A 4Y56A 4WTUA 3KT2A 3LPIA 5EZZA 1FQXA 4D89A 1WBKA 5TOLA 3HAUA 3EKPA 3D20A 3LINA 5P4PA 4FRSA 4BFBA 2XYFA 1ODXA 1C6XA 1XN2A 1EC0A 5P08A 5PEPA 1E80E 3OUDB 3BXSA 2J9JB 4ZPEA 1HHPA 2Q54A 5P56A 1GVVA 1HVHA 5P7UA 1B11A 3PLLA 4HE9A 1HEFE 2BPXA 1EEDP 2IL2A 4DV9A 2B60A 5OYUA 2JE4A 4AA8A 2EWYA 3QI1A 1Z1HA 2P3AA 4Y39A 5I3WA 4Y48A 5P5VA 2ER6E 1FLHA 2O4SA 3VF7A 2NMYA 5OYSA 3ZKQA 1ENTE 4OBGA 4KUPA 1BWAA 2I4QA 4ZE6A 1T7JA 5P8RA 2FLEA 5JFUA 2BPWA 2O40A 4R5NA 4PYVA 3H0BA 2HB4A 1Z1RA 2QCIA 1MERA 4LXKA 4HVPA 4DJOA 1ODYA 4D83A 4YCYA 3OY4A 4RVIA 3MXEA 4LAPA 3R1GB 2VA6A 3APRE 3K4VA 2FNSA 3NSHA 5P18A 5P0VA 5P6XA 3CICA 2G21A 3CKRA 4L7JA 5P2RA 5I3XA 3LIYA 5HVPA 4I12A 3U71A 3DV5A 3OQ7A 1W5VA 4Q1XA 1HVRA 1ZAPA 3KDDA 4L6BA 1EPPE 5P8HA 4DQHA 2OHTA 5IVQA 3MSJA 2VJ9A 2AZBA 2QNQA 5P4NA 4CP7A 1APVE 4OBZA 3FNTA 4FM6A 1DMPA 5HU1A 4YA8A 5P5LA 2BPYA 4YOAA 3MSLA 2ZGAA 4Q1YA 5P5EA 4AMTA 1E82E 3S85A 1BVGA 4FRJA 2QP8A 2ZJHA 3K4VC 1BBSA 2ZJLA 3PBDA 2R5QA 3D1YA 3S45A 1K1TA 2JYSA 3VG1A 1IDAA 5ENMA 3DCKA 2G1YA 1CZIE 1NSOA 3UDYA 2VIEA 4RVJA 4Y3ZA 5OYZA 5P1BA 5HE7A 3FKTA 3DCRA 5P2JA 1W5WA 3UTLA 4HDPA 4FRKA 3NUJA 2I0DA 4EQJA 4RCDA 4U8WA 2I4UA 1YG9A 2AOEA 3O9LB 3PHVA 5P8PA 3PGIA 4DJUA 2QZXA 3Q3TA 5EZXA 3U6AA 5P4ZA 5OYWA 3QIHA 4Y35A 3VSXA 1NPWA 5P31A 5P5KA 1HTRB 3VFBA 2Q3KA 1K6TA 3G72A 5OZSA 4J5JA 5IE1A 4ACXA 5P77A 5P4SA 4Y4JA 1KJ7A 5P43A 4Y4GA 3NWXA 3S43B 1XE6A 4H1EA 5P6FA 5ENKA 4EP3A 3TKWA 3GI4A 1FEJC 5P80A 2B8VA 3EKQA 3UDPA 5E5JA 3WZ6A 4YCTA 1QBRA 4BEKA 5BWYA 3HLOA 1APUE 1MIQA 3LZSA 5OZ0A 4Y4UA 1F7AA 1PPME 3RVIA 4X2LA 1T3RA 3SKFA 3VEUA 5P4LA 4GYEA 4Z22A 4HDFA 4EP2A 1EBYA 4UPJA 5P71A 1BIMA 5P38A 1TSUA 1UH8A 3UQWA 2R5PA 5P1OA 4MC2A 5P3IA 2P3DA 3GGXA 3O9AA 1HVSA 4U7VA 5P3UA 3VLAA 1MSNA 4HZTA 2NTRA 3IXKA 5P6OA 1RV7A 5OZ9A 1TCWA 5P25A 2JXRA 3FV3A 1EPRE 4GJBA 3UQRA 4YBIA 4CPTA 3KT5A 4Y4BA 5OZOA 5P8IA 3CYWA 5P2GA 3RSVA 4Y5PA 3SKGA 3IXJA 4CMSA 3PWMA 3WB5A 1LYWB 3APPA 1BV9A 3BRAA 5P8NA 4D88A 1AJVA 1D4YA 5P62A 2QMFA 3VV8A 3LIZA 3ZKXA 5SZ9A 1K6CA 2B42A 1NPVA 5P3GA 5AH9A 5P16A 4Y36A 5P66A 5P4BA 1M0BA 1QBUA 4Y3MA 4NKKA 5P1PA 1HSIA 4Y5AA 3OU4B 2ZHVA 4QJ9A 5JG1A 1LYAA 3EKWA 1YTIA 5P7LA 3EM4A 3NU9A 1KJGA 5P7JA 2V11C 3BUFA 3BXRA 5P7RA 1KJ4A 4EYRA 5P76A 4I0JA 4Y4AA 1MTBA 2AOIA 4Y9WA 3ER3E 2FNTA 5P5BA 3O9LA 5P3ZA 5P2DA 3IN4A 3NYGA 3DUYA 2FMBA 3S7MA 5P48A 3I8WA 5P3LA 1F34A 4K4PA 3O9DA 4LC7A 3ZPSA 3I7EA 3IN3A 5P3XA 1EBWA 3UPJA 1G0VA 1GVUA 1ZTZA 2PYNA 5P1MA 3K5CA 5P53A 3TPPA 3PSUA 3S2OA 1EC3A 1QBSA 5P0GA 4Y3WA 2OHMA 1IVPA 1QDMA 2QD6A 4R91A 5HCOA 3ZKIA 1VIKA 4RYGA 5P5QA 2WF0A 3QRSA 2G27A 4FSLA 3CYXA 4NJUA 3S43A 5P8OA 2ASIA 5P3QA 4EJDA 5P2CA 5P8FA 2G24A 3INEA 2G1SA 5P3DA 4MC9A 4Y5BA 4RZ1A 3ZPTA 3QROA 4BELA 4J54A 5P19A 3PWRA 4FCOA 1KJFA 4HLAA 5P4RA 5P6KA 3ZL7A 5P6QA 2V12C 3QAAA 1PSAA 5P24A 3I6OA 2OHLA 3ZLQA 4Y6MA 4J0YA 3L59A 4Y3EA 5KQZA 1FMBA 2MIPA 5P02A 3NWQA 1EAGA 2WF1A 3SM2A 4GJ6A 1UH9A 3BVAA 2Q11A 4ZIPA 4WY1A 4IVTA 3PM4A 4IVSA 4RCFA 3VYEA 4OBHA 2UY0A 1BXQA 3UDJA 4J55A 5IVRA 5OZMA 5HTZA 2FDDA 2IGYA 3UFLA 1FQ8A 5P33A 3IXOA 1FQ4A 1JLDA 4GIDA 3GGUA 1LF4A 1SMEA 1HOSA 5P2EA 3OU4A 4Y43A 3SABA 2R38A 1HVIA 4NPUA 3HAWA 3O9CA 5COOA 4GJ9A 2VIZA 1BWBA 3LNKA 1SDTA 3OXCA 4Y44A 2HS2A 3QBHA 4F76A 3QVIA 5DR3A 3SA6A 5IVSA 5P1LA 3EKXA 2UXZA 3BGBA 3T6IA 3BHEA 5P1NA 1AXAA 4Y3DA 3PRSA 2O4NA 2F8GA 3GI5A 1PFZA 3OADA 3INHA 1IZIA 2IRZA 4L1AB 1D4HA 1C6ZA 4Y5CA 1ZP8A 4RRNA 5DQ5A 4F74A 5P5DA 2P8HA 2SAMA 5OZ6A 3OOTA 5C9FA 2G1RA 4B1EA 3R0YA 3NDWA 5P5HA 1A8KA 3O9GA 3PSGA 2ER9E 5OZRA 5SY3A 5P79A 1MRXA 3CMSA 7UPJA 5P28A 9HVPA 4YD4A 5P0TA 1G6LA 4JP9A 1BDLA 2O4KA 3AUPA 4FAEA 3UQUA 3LPKA 5P74A 4Y45A 2ANLA 4Y3LA 1B6KA 3OU1B 5P2YA 5P6AA 4MC6A 2ER0E 2J9KA 3EKTA 5P58A 2QAKA 3EXOA 1E5OE 4Y5NA 2QU3A 3ER5E 4J1CA 3IAWA 5P65A 5P0AA 4DJXA 5OZ1A 1AZ5A 3SPKA 5P81A 2F3EA 4RLDA 3K1WA 4Y58A 5OYVA 5DPZA 5P04A 4JPEA 5OZEA 5ER2E 3CIDA 4PZWA 2PWCA 5P40A 5P6SA 4J1EA 3WZ7A 4AUCA 5HDXA 3TH9A 4B72A 5DR4A 4CPUA 4ZEAA 5P7IA 4APEA 4Y4ZA 3QRVA 5AHBA 3SA7A 3LZVA 4OBDA 5OZGA 1GVXA 2PH8A 5OZ8A 5OZWA 5P1FA 1RPIA 3UFNA 5P3TA 4J17A 4PPHA 3MSKA 3OTSA 3OTYA 4Q5MA 5P1UA 5P4DA 4I0EA 3L5BA 4RVXA 2IQGA 3D1ZA 1GVWA 4Y38A 3TKGA 1D4JA 3R2FA 5SXNA 1Z8CA 5OZJA 4RCEA 1J71A 4H3FA 3GGAA 3Q6YA 1D4LA 5P4QA 5P2QA 1AJXA 4R8YA 5KR0A 3UDHA 3LZYA 4FGXA 2WECA 4Y5EA 5P7YA 1BAIA 1B6JA 4L1AA 1HVKA 4CPQA 2G26A 2G94A 1MPPA 5P34A 3TPRA 5IS4A 5DR7A 5P1QA 2AVSA 5P0KA 4Y4TA 3URLA 5DGWA 5P6YA 1D4SA 4FIVA 2PWRA 5P7WA 4DJQA 4I11A 1N49A 4PEPA 2ZHUA 1UH7A 4DJWA 2V00A 2I4XA 2HM1A 1EPOE 1GKTA 5P2VA 1HIIA 4GJ5A 5P1GA 5P7KA 3QN8A 3PCZA 3N3IA 1HVCA 5P2IA 3RTNA 5P0UA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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