4CPXA

Macrocyclic transition-state mimicking hiv-1 protease inhibitors encompassing a tertiary alcohol
Total Genus 16

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
16
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWQRPLVTIKIGGQLKEALLDTGADDTVLEEMSLPGRWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQIPIEICGHKAIGTVLVGPTPTNVIGRNLLTQIGCTLNF

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
TIV1 (4-7)S1 (10-15)TIV2 (5-8)O1 (8-10)S2 (18-24)TIV5 (65-68)S5 (52-66)S7 (84-85)TI1 (25-28)AH1 (87-90)EMPTYS6 (69-77)S3 (32-33)O2 (78-80)TIV6 (80-83)3H1 (91-93)S4 (42-49)Updating...
connected with : NaN
molecule tags Hydrolase
source organism Human immunodeficiency virus
publication title Synthesis of P1'-functionalized macrocyclic transition-state mimicking HIV-1 protease inhibitors encompassing a tertiary alcohol.
pubmed doi rcsb
molecule keywords PROTEASE
total genus 16
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2014-02-08

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 4cpxA00
3VYFA 3EM4A 5DR4A 3NDUA 5P2HA 4NJUA 2HS1A 5P5YA 2R3WA 2R5QA 1SMRA 3PI0A 5AH7A 3OQDA 4B70A 3BGBA 5AH8A 2ER6E 4L6BA 1ENTE 2NTRA 5P5UA 5P8HA 4K8SA 3TH9A 3PSYA 3K5GA 1SIPA 1W51A 5P8SA 1WBMA 5P4KA 3T11A 2QAKA 2AZ8A 5P2IA 4Y3DA 3RSVA 5P87A 5P0LA 1LYAB 3S56A 5P7VA 3B7VA 1XS7D 3SPKA 5P2NA 1HVLA 3LZSA 5P0SA 3UDMA 5IVQA 2QMDA 3GGUA 4Y58A 5P72A 2JXRA 4ER1E 2IGYA 5P89A 1NPAA 3OUDA 3FNTA 3URIA 4ZSMA 4EJLA 4H1EA 4FSLA 2J9KA 5EZXA 4RVXA 5E5JA 5P1LA 5P8MA 3ZL7A 2UXZA 5JODA 5P68A 3O9AA 3NLSA 1Z1HA 5P10A 4Y5GA 2QZXA 1UPJA 1FMUA 5P62A 1GNOA 2AIDA 2VJ6A 5P55A 3ST5A 3UDYA 3O9GA 4ZPGA 3SAAA 5P41A 5P4BA 5P63A 4Y3TA 5P3EA 3LZYA 5P1ZA 2NXLA 1B6LA 4Y3MA 3K4VC 2NMYA 2V16C 1BV9A 3VFBA 1KJHA 3K5CA 5P3UA 3OQFA 4LXKA 3LHGA 2QHCA 5HE5A 4BFDA 4UPJA 2AVMA 4I0HA 2PYNA 5OZLA 3OUBA 4LXMA 5P0JA 3TNEA 3D1XA 1FLHA 3SABA 3SA4A 4Q1XA 1FIVA 1BVEA 3LZVA 5P79A 5P8GA 5P5MA 1EBZA 2Q3KA 5P2ZA 4CPSA 2AVOA 5P2DA 1ZPAA 5P40A 1MEUA 3VF7A 4JP9A 2B7ZA 3T7XA 5P27A 2QCIA 2VA7A 5P3OA 4L7JA 2XFJA 2G1SA 3EL5A 5P61A 2I1AA 2H6SA 5DQ5A 5P53A 1M0BA 4JOOA 4DJUA 2AQUA 2VA6A 3OOTA 5P75A 2B60A 1BWAA 5P20A 1SGUA 5P70A 3UDQA 5P2QA 1HTFA 4K9HA 4RCFA 4A6CA 3DM6A 1QBUA 3Q6YA 2QK5A 7HVPA 1Q9PA 4Y36A 3TOFA 5P0XA 5P1FA 4EYRA 4D8CA 5P04A 4ER4E 1SBGA 5P30A 5P7WA 1IZHA 3BUHA 3OU4B 3L5EA 2ZYEA 1TW7A 1ZSRA 1A30A 5P37A 3NUOA 1EPPE 5P66A 3DCKA 1D4IA 3URJA 1SDVA 2RSPA 2FNTA 3VF3A 3ZPSA 3PMUA 5P54A 5P2OA 3EM6A 5P14A 5P7AA 4EQ0A 1Z1RA 1ZP8A 1IVPA 3DUYA 3OHHA 3DV1A 1HPOA 3L5DA 4XKXA 1BIMA 2QI3A 4EJ8A 3OUCA 2ER7E 3UF3A 1HHPA 4J55A 4PEPA 2PH6A 1KZKA 1PSAA 2P3BB 1EBYA 1HVIA 3LITA 4J1EA 5P4ZA 4D85A 2Q55A 5P3NA 4RYGA 4Y4AA 5KR8A 2R38A 5P1OA 2O4PA 5P83A 5HTZA 5P1BA 5P3AA 4LP9A 1IZIA 2QU2A 4LL3A 3L5FA 4R95A 5P0RA 3M9FA 1ZLFA 5P6LA 3JVYA 2PWCA 3BUFA 4I0GA 4J1CA 3EBZA 5P7QA 5OYQA 1EPOE 5P7GA 2P3BA 2ZJKA 2I4VA 5P7FA 1EC0A 1DIFA 3OXVA 4NJVA 1K2BA 5PEPA 2IEOA 4OBFA 4YD5A 1VIJA 4D88A 4J1HA 4Y4TA 4ACUA 5P5DA 5JFPA 2UY0A 4YD6A 5JFUA 3PLDA 4TRWA 5P05A 1APTE 3L59A 4DQEA 2IRZA 3HDKA 2CENA 4Y3GA 3U7SA 1FKNA 2BBBA 3I25A 1A8KA 1TCXA 4GB2A 4FRSA 4HE9A 2NXMA 5P7HA 5P0HA 3ZKGA 1EPNE 1MT9A 3O9EA 5I3YA 4ZPEA 1T3RA 3OY4A 1FGCC 3HVGA 4TRYA 4EP2A 5P58A 3SKFA 4FE6A 2QZWA 2CEMA 5OZ9A 4R93A 5P8UA 3VV7A 4AZYA 5P6EA 9HVPA 2G1NA 5P1HA 2HS2A 2F80A 2QI4A 4H3FA 2VJ7A 5P0CA 1TCWA 4I8WA 1E82E 3PMYA 3U71A 1EAGA 5P4VA 4MC9A 5KR0A 4Y5EA 3S53A 3HZCA 5ER2E 1TSUA 5DQ4A 5P36A 4DH6A 4CKUA 5J25A 4J0TA 2AOEA 2IKOA 5P69A 3TPLA 3UDJA 3DOXA 4TVHA 3KN0A 1M4HA 3RU1A 5BWYA 3DJKA 1XL2A 3TPJA 1D4YA 5P5AA 1XN2A 2IKUA 4Y5BA 1W50A 5P6CA 1DW6C 5P0EA 5P0VA 4CPXA 5P1GA 4GJ6A 5P4EA 5SY2A 2IL2A 3KMYA 1KJ4A 3KT2A 3TKWA 2OHMA 1UH8A 3QS1A 1FQ5A 2PMAA 1OHRA 3MWSA 3O9DA 1HPVA 5P1RA 4Y4UA 4YBIA 5P4QA 5P8LA 3GGAA 4Y51A 3ZLQA 4YA8A 1GVUA 1GKTA 5P6PA 4ZSPA 4EWOA 4HDBA 1MERA 3ZKIA 4DVFA 4Z50A 3EL4A 3SA3A 5P6HA 1AJXA 3FKTA 5P5KA 1SDUA 1YM4A 3MSKA 3UDNA 1FEJC 3LNKA 5P38A 4B1DA 1KJGA 5KR2A 1D4SA 4U7VA 5P22A 5P4LA 1FMXA 3ER5E 4Y3AA 1W6IA 3CKRA 2QMPA 5IVRA 5P1CA 1G2KA 5SZ9A 1GVVA 1FFIC 5OZ0A 5P5XA 3LIQA 3O9IA 5I70A 5DR7A 2RKFA 4RCDA 5P2TA 3TOHA 5P00A 4RCEA 4I0IA 3SACA 2A4FA 5HU1A 2BPXA 2HPFA 3K5FA 1E80E 2V00A 4J54A 4OBZB 5I3WA 4GJCA 5P59A 4J0YA 2G22A 4JPEA 3CYWA 2OHLA 3O9LB 4Y3LA 5P6VA 5CLMA 3QRMA 3UQPA 2HB2A 2BQVA 2Q54A 1B11A 3RSXA 2IQGA 4YCTA 4I0ZA 5P6BA 5P6TA 3GI5A 5CONA 2R3TA 1DMPA 3QBFA 4PPHA 1EC2A 3NU3A 5P4TA 5P33A 5BS4A 5P7ZA 3O9LA 3KA2A 4ZEAA 4J1KA 5DQ2A 2BPVA 3FV3A 3KDDA 3BUGA 5P7PA 2OHNA 4Y45A 5P3WA 3HAUA 5P65A 5P19A 4XX4A 3R0WA 2AOCA 2I4UA 2QNNA 5P0NA 4B0QA 4FCOA 1ME6A 5B18A 1XE6A 1IDAA 4FLGA 3D3TA 2AOJA 1HTGA 3NSHA 4J0ZA 5P3PA 3SA5A 4Y43A 3BGCA 4QLHA 4LAPA 2F8GA 1LYWB 2ZHRA 3EKWA 5P52A 1F7AA 1HPXA 1MT8A 3OADB 4TRZA 5OZ5A 5P42A 4LBTA 4OBKA 2BPZA 1FQ7A 4GJAA 5P4PA 3UDRA 5APRE 3KT5A 1G35A 5HU0A 5P82A 2QNPA 3WB4A 3NDXA 2CEJA 5P4HA 3IVIA 3EKQA 5P0PA 5P6AA 2HM1A 1LYWA 5P8RA 5P5HA 2XYEA 1LF2A 4DUSA 3QP0A 3IVHA 5P48A 4J1FA 3KFNA 1W5VA 3OAGB 4CPUA 5P3QA 5P6WA 5P4RA 1D4JA 1T7KA 5OZBA 4Y39A 4K4RA 2ZHVA 4Y4BA 1G6LA 3UDHA 3EL1A 4HDFA 1LYAA 2OHTA 5P6GA 3TPRA 2ZHTA 2QMFA 3PCWA 5P5CA 3DV5A 3LIVA 4FM6A 3VV6A 2PSVA 3D20A 5P8CA 1MPPA 5ER1E 5HCOA 5P01A 3SA7A 3GW5A 3NU4A 4Y4DA 2FDPA 3A2OA 4QJ6A 5HDXA 2AVVA 4GYEA 2QD6A 2I4WA 5P32A 5OZ2A 3F9QA 3OU3A 1C6YA 5OZEA 5P8KA 1ZTZA 3O9FA 4Q1WA 4RYCA 2G27A 3L5CA 1M43A 4NPUA 5KAOA 2ZDZA 3SQFA 1BBSA 5F01A 5P71A 5P5NA 3VYEA 1HOSA 2HAHA 4DFGA 4COEA 4B78A 4RLDA 1APUE 5P5QA 5SXNA 3JVWA 3K1WA 5P7IA 2NNKA 5IVSA 4OBDA 3PWRA 4YOAA 5P5FA 3RVIA 2PSUA 3VLBA 1HEFE 4MC2A 2Q63A 4R92A 5OYXA 2FNSA 3VF5A 3MSLA 5OZ6A 4NJSA 4YDGA 1LF4A 4RVJA 3LPKA 4HLAA 1C70A 1AXAA 3KDCA 4FS4A 4PHVA 3BXRA 3PEPA 3L38A 4DQCA 1HVJA 2Q64A 2UPJA 2PH8A 4BELA 2G20A 5P3YA 1YTJA 5P0MA 4MC1A 3ZKSA 5P13A 1T6GA 4TVGA 2G1RA 2O4SA 5P1IA 3HAWA 1B6JA 4RVIA 5AH6A 3I7EA 5P4FA 4Y3PA 1C6XA 4Y5AA 5P45A 3EM3A 4QJ9A 3VSWA 5P67A 4Y3HA 3PI5A 3OOZA 1HIVA 1UH9A 2FGVA 3PHVA 5P2EA 1BDQA 2WL0A 2OHKA 1D4KA 4Y3WA 2AODA 4NKKA 3ZOVA 5P02A 2NXDA 4Y9WA 5P0GA 4N00A 4XX3A 3LIXA 1TZSA 5C9BA 3SFCA 2QD8A 5IS4A 2ER0E 4DJOA 4ACXA 3HVPA 1QBTA 4L7HA 1HXWA 1T7JA 3OUAA 5P81A 3L58A 5P86A 5OZRA 2F3FA 2VKMA 3QAAA 2QI0A 5AHAA 4I12A 2F3EA 6FIVA 1SMEA 2VIZA 4GJ8A 2PK5A 1MSMA 1YT9A 3VSXA 1W5YA 2RMPA 2ZJJA 1OEWA 3NUJA 3FSMA 5COPA 4B1CA 1T6EX 1QS8A 5OZVA 3OU4A 5ISJA 1ZPKA 5OZYA 3BC4A 5P1VA 5P56A 2JJIA 2AOGA 5P2LA 4EXGA 1MTBA 5OZJA 4RGHA 2ZHSA 5DPZA 1OD1A 2ZE1A 5OZUA 2WF2A 5P2JA 5OZ3A 3VCMA 1YTHA 3PBZA 4NPTA 5P4JA 2OF0A 1QRPE 2Z54A 3S8IA 1LZQA 1MTRA 3UDPA 4I0DA 3S7MA 1QBSA 4Y5NA 4QJ2A 1PPME 4H3GA 4AMTA 4GJ9A 5P3GA 3NDTA 2QI1A 3ZKXA 1IIQA 1XDHA 5EZZA 3IA9A 2G69A 5E5KA 1CMSA 3R0YA 3TTPA 1RNEA 1AAQA 3OQ7A 4M8YA 5P12A 5P28A 2PSGA 4DQBA 4OBHA 3PM4A 3ZKMA 5AGZA 2WJOA 3BVAA 5HCTA 3G6ZA 4Y4ZA 2B7FA 4FM7A 5P0IA 5DR1A 5IVTA 4DJVA 5P0WA 2ZJNA 3TL9A 4F76A 1K1TA 2AOFA 5AHBA 2HIZA 5P8JA 1CZIE 5P3IA 2OHPA 3QVCA 1ODXA 4Y37A 1K6PA 3N4LA 1MESA 2IDWA 4KE0A 1PSNA 2R5PA 1GNMA 4Y56A 5OZDA 3UTLA 1FQ6A 4J0PA 1DP5A 2QZLA 5P6JA 4F73A 1G0VA 4FSEA 3SA6A 5OZGA 5OYZA 4DJXA 3MXEA 4QJAA 1SP5A 5P51A 4ZPFA 2FXDA 4WY6A 5P3BA 3NWXA 5P3TA 2VNMA 1HSIA 3O9BA 5DR3A 5OZFA 1HPSA 3NWQA 2BJUA 3U6AA 3INFA 3NDWA 1FG6C 2V0ZC 5IE1A 2JYSA 4NJTA 4EJKA 1RPIA 1FMBA 1BDRA 1UH7A 1ER8E 5P6IA 2P3AA 3CIDA 5OZ4A 5P6NA 4YD3A 5P5VA 1QBRA 4Z22A 2G1OA 6UPJA 4E43A 1PPKE 2ER9E 3FX5A 2WHHA 2G1YA 3IAWA 3EMYA 3KF0A 5P6DA 1HRNA 1HWRA 5AH9A 5P24A 5P0AA 2G21A 5KR1A 1HTRB 1XN3A 1HIIA 4LC7A 1MVPA 5P0YA 8HVPA 5P8EA 5SY3A 1SH9A 5P6RA 1NPVA 3DCRA 5P2GA 2QNQA 2ZHUA 4Y3YA 3OXWA 4X2LA 3EKPA 3R4BA 4GJDA 5P7EA 5KQFA 4OBGA 4OC6B 5ISKA 3EKXA 1RQ9A 2MIPA 3GI6A 4GJBA 2JJJA 2PK6A 4CP7A 5P7RA 5OZSA 1VIKA 1FFFC 5OZKA 2OHQA 5P2MA 2WEAA 4U7QA 4WY1A 3URLA 4J5JA 3UPJA 1HVRA 5P2YA 4Y4GA 5P0TA 2NNPA 3ZKNA 3UFNA 3LPIA 1IVQA 5OZOA 5OZCA 1HEGE 4OC6A 2WEBA 5KOSA 1GVTA 4Y3RA 5P4IA 1ZJ7A 2WF1A 4JECA 2Q5KA 4DI2A 4Y57A 3PGIA 2RKGA 5P7LA 1MIQA 3NXNA 5OYWA 3VLAA 5P6MA 1EEDP 3OWNA 1EPLE 2VIJA 5HE7A 4DQHA 2HC0A 2BPWA 3QBHA 5P3MA 5P7UA 3R1GB 3CKPA 1IZEA 1ODWA 5OYRA 4WTUA 4H3IA 1B6MA 3PB5A 3LZUA 5P76A 3MSJA 1SDTA 5P3HA 4APEA 3RTHA 4DJYA 3HBOA 5P49A 5P5OA 2XFKA 5P29A 5OZPA 2R43A 3SLZA 4YCYA 3S85A 1ZSFA 3OGQA 5HDZA 5P2AA 3KFRA 3EKYA 4Y3EA 5P2WA 4EQJA 5P6XA 1W6HA 4K4QA 2XYFA 1SGZA 1T7IA 4LHHA 1HSGA 3MXDA 5P2XA 1A9MA 5P18A 4CPTA 2P3CA 2B42A 4A4QA 5P3RA 4OBZA 4RROA 5I3VA 4Y6MA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3VYF A;  3EM4 A;  5DR4 A;  3NDU A;  5P2H A;  4NJU A;  2HS1 A;  5P5Y A;  2R3W A;  2R5Q A;  1SMR A;  3PI0 A;  5AH7 A;  3OQD A;  4B70 A;  3BGB A;  5AH8 A;  2ER6 E;  4L6B A;  1ENT E;  2NTR A;  5P5U A;  5P8H A;  4K8S A;  3TH9 A;  3PSY A;  3K5G A;  1SIP A;  1W51 A;  5P8S A;  1WBM A;  5P4K A;  3T11 A;  2QAK A;  2AZ8 A;  5P2I A;  4Y3D A;  3RSV A;  5P87 A;  5P0L A;  1LYA B;  3S56 A;  5P7V A;  3B7V A;  1XS7 D;  3SPK A;  5P2N A;  1HVL A;  3LZS A;  5P0S A;  3UDM A;  5IVQ A;  2QMD A;  3GGU A;  4Y58 A;  5P72 A;  2JXR A;  4ER1 E;  2IGY A;  5P89 A;  1NPA A;  3OUD A;  3FNT A;  3URI A;  4ZSM A;  4EJL A;  4H1E A;  4FSL A;  2J9K A;  5EZX A;  4RVX A;  5E5J A;  5P1L A;  5P8M A;  3ZL7 A;  2UXZ A;  5JOD A;  5P68 A;  3O9A A;  3NLS A;  1Z1H A;  5P10 A;  4Y5G A;  2QZX A;  1UPJ A;  1FMU A;  5P62 A;  1GNO A;  2AID A;  2VJ6 A;  5P55 A;  3ST5 A;  3UDY A;  3O9G A;  4ZPG A;  3SAA A;  5P41 A;  5P4B A;  5P63 A;  4Y3T A;  5P3E A;  3LZY A;  5P1Z A;  2NXL A;  1B6L A;  4Y3M A;  3K4V C;  2NMY A;  2V16 C;  1BV9 A;  3VFB A;  1KJH A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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 1OEX A;  1EPQ E;  4Y50 A;  5OZ8 A;  5P44 A;  1MSN A;  2WF4 A;  3EC0 A;  3PWW A;  3EL0 A;  1RV7 A;  3QRV A;  4JPC A;  1HSH A;  2I4Q A;  2ANL A;  3ZMG A;  1BXQ A;  3NXE A;  2I0D A;  5P08 A;  5OZN A;  5JG1 A;  4Y3X A;  3VYD A;  1EPM E;  3T7Q A;  5P4W A;  5P39 A;  2O4N A;  5P5Z A;  2WEZ A;  1RL8 A;  2AZB A;  4B1E A;  4Q5M A;  4U8W A;  5P15 A;  2ASI A;  5P5J A;  4FGX A;  4Y5L A;  3EXO A;  5HVP A;  3OTY A;  2WED A;  5P43 A;  3WSJ A;  5P7J A;  5P6S A;  5C9D A;  5DR8 A;  5P6Z A;  4AUC A;  5DGU A;  2G24 A;  4FRK A;  5P8Q A;  2AOI A;  5P7Y A;  2B8V A;  5P4C A;  5P46 A;  3I8W A;  3K5D A;  2PQZ A;  1HVC A;  4IVS A;  5AHC A;  1GVX A;  3SKG A;  5P85 A;  4D83 A;  3APR E;  4IVT A;  3SA8 A;  4Y38 A;  5P1W A;  4QJ8 A;  3N3I A;  5DR0 A;  4RRN A;  1HIH A;  4EJD A;  1J71 A;  5P1Y A;  3EKV A;  1BVG A;  4J17 A;  4Y4X A;  4PZW A;  3OQK A;  5P4X A;  5P3K A;  2WF0 A;  2AVQ A;  3UFL A;  1LS5 A;  3CKT A;  2IS0 A;  1BWB A;  3FIV A;  4Y35 A;  5P4G A;  3OTS A;  5P1K A;  4FRI A;  3S7L A;  3EL9 A;  4I8Z A;  3VUC A;  4FRJ A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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