4CPXA

Macrocyclic transition-state mimicking hiv-1 protease inhibitors encompassing a tertiary alcohol
Total Genus 16
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
16
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWQRPLVTIKIGGQLKEALLDTGADDTVLEEMSLPGRWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQIPIEICGHKAIGTVLVGPTPTNVIGRNLLTQIGCTLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Synthesis of P1'-functionalized macrocyclic transition-state mimicking HIV-1 protease inhibitors encompassing a tertiary alcohol.
pubmed doi rcsb
molecule keywords PROTEASE
molecule tags Hydrolase
source organism Human immunodeficiency virus
total genus 16
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2014-02-08

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 4cpxA00
3L59A 4Y3MA 3KYRA 2PMAA 5HE5A 2WEDA 4B72A 3NXNA 3FKTA 3WB4A 3FSMA 1B6MA 1KJ4A 3PJ6A 1EAGA 1A8KA 1TZSA 1HXWA 5P7AA 5P72A 5OZ7A 3FNUA 1HOSA 5OZWA 4QJAA 2O4NA 5P4GA 4Y36A 3S45A 2QI6A 1FB7A 1IZIA 4Y3HA 5P8NA 4CP7A 4TVHA 5P30A 1KJ7A 3PI0A 4GJ8A 1EC2A 3LZSA 3OUAA 5OZQA 4YOBA 3BUHA 3O9AA 5P0RA 4OBKA 5P84A 4YHQA 2QAKA 3SA4A 4Q1WA 3UFLA 2I0DA 6FIVA 2NR6A 4DJVA 1EPQE 5P5DA 1W5WA 4K8SA 3NU4A 5AHCA 3VSWA 5P76A 3SQFA 2QMFA 2G94A 2IEOA 5P3UA 5P8RA 5P5OA 3K5GA 5P06A 2B42A 5P6LA 2G22A 3UQUA 4GB2A 5P7HA 5P4WA 1FQ4A 1EC0A 5COKA 3OGQA 1HIHA 1UPJA 4LBTA 1FKNA 3Q4BA 3KA2A 2P3BA 2RENA 4CPRA 1APTE 2PWRA 5P2OA 5OZ3A 3T7QA 5P5RA 4DPIA 2F3KA 1ZTZA 2VIJA 3UDPA 3VF7A 5P4HA 3SPKA 5P27A 3UFNA 4L1AB 5OZTA 1MT9A 1APUE 3T7PA 5P1VA 2VA5A 3OQDA 3K5CA 3LIZA 1W6HA 2FGVA 5P4SA 4FIVA 5P2WA 1RL8A 1IDAA 2O4SA 2ZJLA 4MC9A 4M8XA 5OZLA 5AH9A 5P7XA 5OYXA 3TKWA 3B7VA 4FM6A 5P4NA 5OZPA 4Y9WA 5P88A 5IVRA 1SMRA 3BUFA 4RCFA 1G2KA 4Y4WA 5P6YA 5P6EA 1ODXA 1CZIE 2PSVA 3K4VA 4L7GA 2ZJKA 3INEA 3GW5A 2A1EA 4YDGA 5P1YA 5P56A 3FIVA 4DH6A 2PK5A 3DCRA 1CPIA 4YA8A 3LINA 2NXDA 4QJ2A 2ZJNA 4NJUA 3BXSA 2OHTA 1EPPE 4Y53A 1FMXA 5P59A 2BKSA 2QI7A 1EPNE 4COEA 4TRYA 3R0WA 5TOLA 5P4EA 3UDYA 1K2CA 5P0AA 1D4KA 5P54A 5OZNA 5P2BA 2FXEA 1DPJA 3DJKA 2P4JA 1IVPA 4A6BA 1EPLE 1KJHA 5P2NA 1MPPA 5P8KA 5P7FA 3EKVA 4FSLA 4D85A 5P6QA 3NLSA 5AH8A 4R93A 5P0FA 5P0MA 3JW2A 2AOEA 3K5FA 4EHCA 4PHVA 5HE4A 5P24A 5P0BA 5P6OA 3TOFA 4HA5A 1HSIA 4ZE6A 5KQZA 4EXHA 1MRWA 3CMSA 3HVPA 3G72A 5AGZA 4H3IA 5E5JA 1HXBA 5P1HA 1BWBA 1T7JA 2RMPA 1B5FA 3VFBA 5P2QA 4K4RA 4ACXA 3L3AA 4ZSMA 2V0ZC 3MXEA 2VS2A 5EZXA 5P3TA 3ZPSA 3D91A 5OYUA 3KM4A 5DGWA 1HPOA 1YTHA 3TL9A 1W6IA 2Q63A 5P0YA 1ZLFA 2QNQA 5OZZA 3QS1A 3B80A 3U6AA 4B1CA 1PSOE 3KFSA 1BDLA 2OHKA 5P7QA 3ZKMA 5P3SA 3KF0A 5OZ5A 5P6TA 3UCBA 4Y3TA 3S54A 2HM1A 5P1DA 5P8JA 5EZZA 2I4QA 3NDWA 4GMIA 5HU0A 5P0TA 2BPWA 2ZE1A 2Q15A 1BV9A 5P49A 5P69A 5HVPA 3ZPUA 4J0ZA 3LHGA 8HVPA 3O9IA 3INHA 1HPVA 2FS4A 3NDTA 3SA9A 4DQBA 1NH0A 3OUDA 3QP0A 5P1XA 1K6VA 5P8SA 3ZKNA 1FGCC 2AOHA 3RTHA 3ZLQA 4ER1E 5OZ1A 4DPFA 4EJKA 5SZ9A 5P4VA 3TPRA 5OZRA 3PCWA 3VYEA 3CKPA 1EC3A 4DQFA 3HZCA 5OZGA 3FX5A 3TPPA 5P5SA 4DV9A 4J55A 5P0LA 5OZYA 6APRE 5P4UA 4EPJA 3IXOA 3EKTA 3NR6A 2V10C 2HAHA 2P3AA 5P3QA 5P3AA 2F3EA 5P20A 5P0VA 2FDPA 2O40A 5P2XA 4GJAA 5F01A 3O9HA 3OOZA 4EQ0A 5OZ4A 4ZPFA 5HDXA 3L5DA 5P2ZA 4Y6MA 5SXNA 2ANLA 4WY1A 4DJOA 2H6TA 5P68A 3LZUA 5P5WA 1LYWB 3DUYA 2AVSA 3LNKA 4FSEA 2V11C 1ME6A 5P0QA 3OHFA 1RPIA 3ZL7A 1Z1HA 2R9BA 3HBOA 4GJCA 1HRNA 2HIZA 4ZIPA 5P3VA 2ZGAA 5P4DA 2FMBA 2B60A 3APPA 4OBZB 3SM1A 5P18A 4Y3FA 3PMYA 5P5QA 4Y4ZA 5P87A 2OHPA 3D3TA 3BGCA 2G27A 5P4KA 4OBHA 3PRSA 4PZWA 4Y35A 3SAAA 5B18A 5ISJA 1ZPKA 5P1BA 4Y3YA 4QJ9A 4H3GA 4LL3A 4YCYA 4DFGA 3FNTA 3OTYA 5OYQA 4I0HA 1HIIA 4M8YA 1DW6C 5P0OA 1MEUA 4GJ7A 4KB9A 5P1NA 2G26A 3EM6A 2I0AA 4HEGA 1K6CA 4Y5NA 5ER1E 1FFIC 4EWOA 2UY0A 1XE6A 4HDBA 2WF2A 1MSMA 3EL1A 5P6IA 3KFRA 3DV5A 4Y3SA 5P5CA 2V00A 5P5PA 4OBDA 4J0PA 5P3IA 1TCWA 3PVKA 1BAIA 1B11A 4QJ6A 3OU1A 2MIPA 2G1SA 5P8GA 3IGBA 1MTRA 3QN8A 5HTZA 5P53A 4ZSQA 2BQVA 4J1EA 3INDA 5DR0A 3T3CA 3GGAA 1F7AA 4Q5MA 4J54A 1YT9A 4APRE 1ZP8A 5HDZA 5P4TA 3QAAA 3D20A 2QD8A 4L7HA 1T6GA 3M9FA 4LAPA 3F9QA 4Y5BA 4FM7A 3BC4A 2HB2A 9HVPA 1EBKC 1AIDA 2VJ9A 5P7MA 2O4PA 5P55A 1FMUA 3O9CA 5P5XA 5P47A 2AIDA 1C70A 3HDKA 5OYTA 5P4MA 3SKGA 5P3DA 4Y44A 4Y43A 3AUPA 4S1GA 5P8QA 4BFDA 5BRYA 4CPQA 2UXZA 5PEPA 5P5NA 1BV7A 3NSHA 5P6AA 5P6PA 4GJ9A 5P11A 2G21A 5DGUA 2P3BB 2Q64A 3SABA 4I8WA 3BUGA 5APRE 1LZQA 3EKQA 3RSVA 3BVBA 2UPJA 5P1LA 4Y4EA 2JXRA 3TOGA 3I6OA 1HVKA 4LP9A 4B0QA 5KR8A 5P6NA 1FIVA 2ZJHA 5P3OA 2QI4A 2PYNA 5OZ9A 5P3BA 5P0DA 2IRZA 3O9EA 3ZOVA 4Z4XA 2BPYA 4X7IA 4J1HA 3LIYA 1LF2A 4YOAA 5P39A 1E81E 4L7JA 5P3CA 3UDMA 5P3RA 2PSGA 2I1AA 3O9BA 2IS0A 3N3IA 5P1UA 2Z4OA 5P40A 3OAGB 3KFNA 5P19A 3OHHA 1HVHA 4NJTA 4CPWA 5DQ2A 4IVTA 5P1SA 2WHHA 3L5CA 1SDVA 1ODYA 5SY3A 4XX3A 5P3FA 2QHCA 4MC1A 1XS7D 4DJUA 5P7WA 1LYBA 1J71A 5P03A 5HD0A 4DI2A 3URLA 3EMYA 3LZVA 4QJ7A 5P8IA 5P7ZA 3SFCA 5OYVA 1KZKA 3UDQA 5P2VA 6UPJA 2OHQA 1W5VA 1E82E 2PK6A 3T11A 3KMXA 2AQUA 3OQFA 1EEDP 3OXVA 1LEEA 5P7JA 5P8PA 4DQGA 5P42A 2R3TA 5KQYA 5P5BA 4R95A 1MUIA 2FIVA 2RSPA 5C9DA 4EP2A 4DVFA 2Q11A 1PPKE 5P5EA 3ZKIA 3GGVA 3BRAA 1CMSA 2ASIA 4Z22A 7HVPA 3RSXA 2P3CA 4NKKA 4Y4TA 5HCOA 2G1NA 5KQFA 2CENA 3DK1A 5P86A 5OZXA 5P5LA 4YCTA 4LC7A 5P4BA 4ZPEA 1GNOA 3KT5A 3PB5A 5P2CA 5P4IA 2IKUA 4Y3LA 4JPCA 1SGUA 5P89A 4YDFA 4I12A 5P82A 3PSYA 1DP5A 4CPSA 1B5FB 3N4LA 2IGXA 4DJPA 2V16C 4F75A 1HSGA 5P8CA 1FQ5A 5P7CA 2HS1A 5DQ5A 5P2EA 2AVQA 2CEJA 1ZSRA 4RGHA 4OC6A 4AMTA 5P6FA 3LPKA 3SA3A 4Y5PA 5P2DA 1DMPA 5P5YA 5HCTA 3SLZA 4Y3GA 4YD3A 3HAWA 1SMEA 4IVSA 3L5EA 4B77A 1UH7A 4NJVA 5P8EA 5P1WA 5P62A 3Q3TA 4Y3WA 2JJIA 4EP3A 3EL4A 3OUDB 5IE1A 5P3EA 4LXMA 2NNKA 5P6KA 4CPUA 2A4FA 3ER3E 3APRE 1FG6C 3QRVA 5P70A 2QP8A 1OEXA 3S53A 5P7BA 2O4KA 3U7SA 3VYFA 4Y5EA 1WKRA 5OYYA 4ACUA 5P5JA 4HE9A 5AH7A 3OADA 1BDQA 5FIVA 5P35A 5P7SA 5OZMA 1WBMA 3CYWA 2V13A 1RNEA 5KR2A 5P5UA 4XKXA 3BHEA 2WEBA 3NWQA 3UTLA 5OZ8A 1M0BA 2QZLA 1APVE 2IL2A 1W50A 5OZ0A 3NU5A 3PWMA 1B6KA 1D4YA 4RRNA 4OD9A 5P16A 2J9JA 5F00A 5OZKA 3ZKQA 1SIVA 2FDDA 3GGXA 4F73A 5I3VA 5P1PA 4F74A 2WF0A 5P38A 2JE4A 2VNMA 5P07A 1HWRA 5E5KA 3WSJA 2ER7E 2PYMA 1DIFA 2PH6A 3CYXA 4I0FA 4DUSA 4Y47A 3TH9A 4R91A 1FQXA 5KAOA 5COOA 4FE6A 5P4YA 4A4QA 4DQEA 2QZKA 3ZKGA 5HDUA 1T6EX 4YE3A 1HVIA 2CEMA 3L38A 5OZJA 3CICA 2H6SA 4PYVA 5P58A 5P6SA 4GJBA 4Y4XA 3BGBA 1Z8CA 4MC6A 3FV3A 5P51A 5P52A 3QROA 3KDDA 4JOOA 5P4CA 3PCZA 4RLDA 3EL9A 3ZPTA 1BVEA 2HB4A 2ZYEA 2B7ZA 3ECGA 1K2BA 4Y51A 1BBSA 5DR7A 1QDMA 2WF4A 5JFUA 4NJSA 1SIPA 3K4VC 5BWYA 2OHUA 4ER2E 5P4AA 5P3ZA 2AOGA 2ZHTA 5P50A 4Q1YA 4DQHA 1EC1A 1HTRB 3H5BA 5P23A 2VJ6A 2RKFA 3OQKA 3OU1B 1HHPA 4Y5LA 5P12A 4Y57A 2HB3A 5P29A 1IIQA 2G20A 3IN3A 3S43A 4AA9A 1VIJA 3OY4A 3IXJA 3GI6A 5T4SA 3PBZA 1NSOA 5P6DA 7UPJA 4Y3DA 5AH6A 5HDVA 4ZEAA 3JVWA 1SBGA 3QBHA 2F3FA 4FGXA 2XYFA 1FF0C 4UPJA 4H3JA 1QBRA 4R8YA 5P43A 3HVGA 5BS4A 3R4BA 3PGIA 5P71A 2BKTA 2QZXA 4Y4BA 3QIHA 4QJ8A 4RCDA 1Q9PA 3SM2A 3OU4A 4Y48A 5I3YA 3OU3A 4Z50A 2VIZA 4YD6A 4Y3EA 4Y37A 3VV8A 2AZBA 5P2GA 1Z1RA 2NXMA 3S7MA 1BVGA 4HZTA 4K4QA 3O9LA 2QZWA 3KMYA 1ENTE 1IVQA 1SGZA 2IENA 1SDTA 5P8HA 3HW1A 4JECA 1XE5A 2AZCA 2AZ9A 1FMBA 1XL2A 4Y4UA 2AVVA 4EJDA 5P8UA 2QHYA 4Y5AA 2QD6A 5OZFA 1MT8A 1GNMA 2QCIA 3EBZA 5P0ZA 3L5BA 1IZEA 2QI0A 5OYRA 3U71A 5P2YA 2FNTA 5P14A 3VSXA 1QS8A 4I1CA 1YM2A 4Y5CA 5P7YA 3TOHA 5ENMA 4AZYA 4B1EA 5J25A 2IGYA 3G70A 3LIVA 5P8LA 2ER6E 1FQ8A 2QU3A 4H3FA 4U7QA 3WZ6A 3MWSA 2G1RA 3OTSA 3IXKA 4YCKA 3O99A 1AJVA 2Q5KA 2AVOA 1NPAA 4LXAA 5P4XA 3S56A 3WZ8A 4GZFA 5I3WA 1W51A 2HPEA 3UQRA 2F8GA 4Y54A 3UQWA 2IQGA 3NUOA 3PWRA 4Y4AA 1LYBB 5P6HA 1HTFA 4I11A 4Y39A 2ER0E 4Y3XA 3PHVA 5KR1A 4WTUA 5P8BA 2WL0A 1UH8A 2R3WA 4I10A 3DOXA 4J5JA 4I8ZA 1ZSFA 5P6WA 4U7VA 3UPJA 3PLLA 5P37A 1HTGA 4J1IA 4CPTA 1FG8C 5P4QA 2WJOA 1AAQA 4KUPA 5ENKA 1MSNA 1OD1A 3NYGA 5P1JA 3HD8A 4B1DA 2JJJA 4DJYA 4K4PA 3IVHA 3VLBA 5P0EA 5P7IA 2XYEA 5P1FA 5P5KA 4D8CA 4E43A 1BXOA 5P36A 5P13A 1C6ZA 4XX4A 5HE7A 5OZ6A 2BPVA 2BJUA 3O9GA 1QBUA 2AVMA 5P3PA 1MRXA 2R5QA 2JYSA 1HVRA 5DR8A 3KT2A 1AM5A 5P7OA 4LXKA 5P8VA 2FXDA 3HLOA 3EM3A 4OBFA 5OZUA 3URIA 3SKFA 2QU2A 3RTMA 2QHZA 3H0BA 5OZVA 2BPZA 4A6CA 5P8DA 5P8OA 2NTRA 1MIQA 2G24A 2G1YA 5KQXA 5AHAA 1ZBGA 5SY2A 1GKTA 2VNNA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3L59 A;  4Y3M A;  3KYR A;  2PMA A;  5HE5 A;  2WED A;  4B72 A;  3NXN A;  3FKT A;  3WB4 A;  3FSM A;  1B6M A;  1KJ4 A;  3PJ6 A;  1EAG A;  1A8K A;  1TZS A;  1HXW A;  5P7A A;  5P72 A;  5OZ7 A;  3FNU A;  1HOS A;  5OZW A;  4QJA A;  2O4N A;  5P4G A;  4Y36 A;  3S45 A;  2QI6 A;  1FB7 A;  1IZI A;  4Y3H A;  5P8N A;  4CP7 A;  4TVH A;  5P30 A;  1KJ7 A;  3PI0 A;  4GJ8 A;  1EC2 A;  3LZS A;  3OUA A;  5OZQ A;  4YOB A;  3BUH A;  3O9A A;  5P0R A;  4OBK A;  5P84 A;  4YHQ A;  2QAK A;  3SA4 A;  4Q1W A;  3UFL A;  2I0D A;  6FIV A;  2NR6 A;  4DJV A;  1EPQ E;  5P5D A;  1W5W A;  4K8S A;  3NU4 A;  5AHC A;  3VSW A;  5P76 A;  3SQF A;  2QMF A;  2G94 A;  2IEO A;  5P3U A;  5P8R A;  5P5O A;  3K5G A;  5P06 A;  2B42 A;  5P6L A;  2G22 A;  3UQU A;  4GB2 A;  5P7H A;  5P4W A;  1FQ4 A;  1EC0 A;  5COK A;  3OGQ A;  1HIH A;  1UPJ A;  4LBT A;  1FKN A;  3Q4B A;  3KA2 A;  2P3B A;  2REN A;  4CPR A;  1APT E;  2PWR A;  5P2O A;  5OZ3 A;  3T7Q A;  5P5R A;  4DPI A;  2F3K A;  1ZTZ A;  2VIJ A;  3UDP A;  3VF7 A;  5P4H A;  3SPK A;  5P27 A;  3UFN A;  4L1A B;  5OZT A;  1MT9 A;  1APU E;  3T7P A;  5P1V A;  2VA5 A;  3OQD A;  3K5C A;  3LIZ A;  1W6H A;  2FGV A;  5P4S A;  4FIV A;  5P2W A;  1RL8 A;  1IDA A;  2O4S A;  2ZJL A;  4MC9 A;  4M8X A;  5OZL A;  5AH9 A;  5P7X A;  5OYX A;  3TKW A;  3B7V A;  4FM6 A;  5P4N A;  5OZP A;  4Y9W A;  5P88 A;  5IVR A;  1SMR A;  3BUF A;  4RCF A;  1G2K A;  4Y4W A;  5P6Y A;  5P6E A;  1ODX A;  1CZI E;  2PSV A;  3K4V A;  4L7G A;  2ZJK A;  3INE A;  3GW5 A;  2A1E A;  4YDG A;  5P1Y A;  5P56 A;  3FIV A;  4DH6 A;  2PK5 A;  3DCR A;  1CPI A;  4YA8 A;  3LIN A;  2NXD A;  4QJ2 A;  2ZJN A;  4NJU A;  3BXS A;  2OHT A;  1EPP E;  4Y53 A;  1FMX A;  5P59 A;  2BKS A;  2QI7 A;  1EPN E;  4COE A;  4TRY A;  3R0W A;  5TOL A;  5P4E A;  3UDY A;  1K2C A;  5P0A A;  1D4K A;  5P54 A;  5OZN A;  5P2B A;  2FXE A;  1DPJ A;  3DJK A;  2P4J A;  1IVP A;  4A6B A;  1EPL E;  1KJH A;  5P2N A;  1MPP A;  5P8K A;  5P7F A;  3EKV A;  4FSL A;  4D85 A;  5P6Q A;  3NLS A;  5AH8 A;  4R93 A;  5P0F A;  5P0M A;  3JW2 A;  2AOE A;  3K5F A;  4EHC A;  4PHV A;  5HE4 A;  5P24 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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