4DFGA

Crystal structure of wild-type hiv-1 protease with cyclopentyltetrahydro- furanyl urethanes as p2-ligand, grl-0249a
Total Genus 19
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
19
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWKRPLVTIKIGGQLKEALLDTGADDTVIEEMSLPGRWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQIIIEIAGHKAIGTVLVGPTPVNIIGRNLLTQIGATLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Substituent effects on P2-cyclopentyltetrahydrofuranyl urethanes: Design, synthesis, and X-ray studies of potent HIV-1 protease inhibitors.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Protease
molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
source organism Human immunodeficiency virus type 1
total genus 19
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2012-01-23

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 4dfgA00
5P0EA 4I0ZA 2EWYA 5P15A 1TSQA 3EKXA 1KJ4A 3L5EA 1HVKA 1B6KA 1EAGA 4Y50A 5P68A 4AUCA 4Q5MA 4Y5LA 2QMFA 1UPJA 5P3XA 5I3YA 2OHQA 4ZLSA 4HVPA 5P0SA 4QLHA 2F3EA 5P11A 2WF0A 3OXCA 4DV9A 5P4HA 5P7XA 3KFNA 4I8ZA 5HVPA 2O4SA 3RSVA 3S56A 4DQHA 3BVBA 5P1GA 4EYRA 5AH6A 5P7FA 1HPXA 1YX9A 5P6XA 1ZP8A 2OAHA 2VNMA 1KJFA 1LEEA 1BXOA 4QJ2A 2MIPA 4JOOA 5P7UA 1DP5A 5KQFA 5P2WA 2ER0E 4JPEA 3OQDA 2AOEA 4FM8A 5P42A 4ZEAA 2A4FA 4FRKA 4RVIA 3EM4A 1HSHA 1VIKA 1FFIC 4B0QA 3H5BA 2Z4OA 1SGZA 2PK6A 3K5GA 2UPJA 3NYGA 4LHHA 2VIEA 4CPUA 3OHFA 5P56A 1OHRA 4XX4A 4EXHA 3L5DA 3JVWA 4FSEA 5P1QA 2ZJJA 2FLEA 4YD7A 5P2IA 3UDJA 3SAAA 3SA5A 5P8SA 5P0NA 1W51A 3NU6A 3GI5A 2H6TA 1W5XA 1K1TA 5KAOA 5P5IA 4JECA 5P74A 5P4NA 4Y5EA 1HEFE 3QP0A 3IVIA 3T6IA 3FKTA 4Y3JA 2OHTA 1PSAA 2R5PA 1FG6C 4EQ0A 4FRJA 2Q63A 2QAKA 4Y4BA 3BXSA 2ZJIA 2NTRA 1T7KA 5P0KA 4APRE 2QI0A 3DUYA 4RVJA 4GJ9A 5P1VA 4DQFA 2ER6E 1GNNA 5P43A 1YTHA 4Y5BA 4R93A 5I3VA 1HVCA 4MC2A 5OZEA 5F00A 2BQVA 3OXXA 4Y9WA 3OQKA 4DQEA 1NH0A 3OAGB 2Q54A 1Z1HA 1SMEA 4MC1A 4ZSMA 1FMXA 1EPOE 1WBKA 3EKQA 2I4QA 2G1YA 2O40A 1MT7A 5OZ5A 1EPRE 4ACUA 5HDUA 5DR8A 5P0CA 3LPJA 1A30A 5AH7A 2P3BB 1KJ7A 2VA5A 1QRPE 4PYVA 3DCRA 4H1EA 5P0IA 4Y4TA 5P8MA 4R95A 5P2LA 4Y3LA 3TOGA 3ZKMA 1LYAA 3VCMA 3KMYA 5OYXA 3OHHA 2NNKA 1LYBA 5P6PA 5P8TA 3DCKA 5P39A 3UQXA 4BFDA 1AJXA 4N00A 5P5ZA 3SABA 5KR2A 5P4MA 4ZE6A 2JJIA 2FNTA 3GI6A 4GJAA 5OYWA 5OZ3A 2I4WA 5P8HA 4OBFA 5P0DA 2V0ZC 5CLMA 7HVPA 4DFGA 5P88A 5P2EA 2QU2A 5AHCA 5P85A 5P3WA 4Q1XA 1QBTA 5ENMA 4OC6A 4DJOA 4YD6A 4AZYA 1CMSA 2Z54A 5P0FA 5P14A 1EBKC 5P57A 3CIDA 4LBTA 4S1GA 1ZSFA 5P2MA 3PVKA 1W6HA 4U7QA 3O9LA 5P53A 2WEZA 1BAIA 1RL8A 5OZOA 3NDWA 3KN0A 1D4LA 3C9XA 4IVTA 4UPJA 2HM1A 1E82E 4KE1A 5P6TA 4E43A 2NR6A 3NDUA 3Q3TA 3WB5A 4MC9A 2VA6A 5I3XA 5OZLA 2XFIA 3NSHA 1HTEA 2G27A 5IVQA 2NMZA 5P5RA 4QJAA 1QDMA 4J0VA 5P1RA 5P4PA 4Y6MA 3OGPA 4Y3PA 2HIZA 1K6TA 5HE4A 1HPSA 5P3VA 3S54A 4RRSA 1M43A 5P6AA 5OYSA 4R8YA 5P3SA 2AOHA 5P4XA 4HEGA 4TVHA 4D88A 2R43A 4Y5MA 1NSOA 1FMBA 2UY0A 2V10C 4A6BA 2ZHVA 5P2UA 4D89A 1LV1A 2G26A 1MTBA 3INHA 3PM4A 5P73A 3CMSA 1JLDA 5P3PA 5P76A 3KDDA 5BWYA 4NPTA 3TH9A 3SA7A 4Y4GA 2V00A 4Y51A 2B7ZA 3OUCA 3UQWA 2QMPA 1C6XA 3F9QA 5P1IA 4XKXA 5P6QA 5E5KA 2AVQA 1EPNE 3S2OA 4R92A 4ER2E 1OEXA 1B6LA 1IBQA 5P6SA 3M9FA 3HVPA 3RSXA 3VLAA 5IVRA 4NKKA 5P1SA 3WZ6A 1ZPKA 4RGHA 5P8GA 5P1MA 3OQFA 3I7EA 1BDQA 2G24A 3VUCA 2Q5KA 4I0JA 4DJYA 2PYMA 4B1DA 5P69A 5P0GA 4Y53A 3IAWA 3VF7A 4RZ1A 5P26A 4L6BA 2HS1A 1K1UA 5OYUA 2PSVA 5APRE 5P36A 2NNPA 3U7SA 5OZAA 5SZ9A 5P3KA 5P1LA 5P4EA 5P29A 3SM2A 5OZGA 1MUIA 5P89A 1UH9A 5P6ZA 4H3GA 4DJQA 5P23A 5P3FA 5P25A 3QS1A 2Q64A 5OZ0A 5UPJA 3IVHA 5P81A 2VNNA 1F7AA 5P83A 3S53A 2I4VA 5P8CA 1YT9A 4NJUA 1J71A 3KA2A 3L5BA 4L7GA 5P00A 2ZHRA 3VYEA 3ZKIA 2XFKA 2ZGAA 1UH8A 5OYQA 4ZIPA 2HS2A 1YM4A 2WEAA 5P16A 5DR0A 1T6GA 1ODXA 3SKFA 3SA3A 4OBJA 3PEPA 4L7HA 4H3JA 1BBSA 3O9EA 4FM6A 1A8GA 3EL0A 3MWSA 5P7ZA 2V11C 4Y3GA 1BWAA 3UDNA 4GJCA 3RVIA 3KT2A 1PROA 4GB2A 3L59A 1FF0C 4BEKA 3NLSA 1SH9A 5P67A 5P63A 1BWBA 5KQXA 3OADB 4WY1A 2FS4A 1MSNA 2AZ8A 3VV6A 5P3HA 3SO9A 4Y4EA 4Y3WA 5P6KA 5P1UA 3O9AA 2G69A 5AHAA 1D4KA 5P86A 4Y5KA 2I4DA 5DQ4A 1D4YA 3FNSA 2QP8A 2QD6A 2PC0A 5KQYA 2PQZA 3ST5A 1TW7A 1LYWB 3PSYA 1DIFA 5ER2E 2O4NA 1FMUA 5P1TA 5P1YA 3IXKA 1HTFA 3LZVA 4QJ6A 3UHLA 3HVGA 5DQ2A 5P71A 2JYSA 2RMPA 5OZ2A 3SLZA 4J1EA 4ZSRA 5P3EA 1MSMA 2BPYA 3PI5A 5P4GA 4YE3A 5KQZA 1TSUA 3K5FA 4NJSA 2QI6A 3VF3A 3O9GA 5P7PA 1MERA 3I2LA 1T7JA 2ZJLA 1E81E 4DQCA 3K5CA 3CYWA 4KE0A 3KFPA 1SIVA 2V16C 5OZRA 4Y3NA 5P31A 5P82A 5P01A 2AOJA 4DVFA 4NJVA 5P3JA 3LPKA 3SA8A 2FXEA 4Y3FA 2OHUA 1MEUA 4L1AB 5P7WA 5P3MA 3PMUA 4J1CA 6APRE 2QK5A 4Y41A 5P1WA 5OZ4A 3VSXA 3S85A 4J1IA 5P54A 4J54A 5P4TA 1DPJA 1D4JA 3PBZA 3EKYA 4Y57A 5P24A 1FGCC 5P4YA 3LIXA 3QPJA 3QBHA 1IDAA 4K4QA 4Y37A 2WEBA 1D4SA 4Y4UA 3TNEA 4I0DA 2XYFA 5P1OA 5P5OA 5P0XA 2QZLA 3K1WA 2BPVA 1HPVA 1KZKA 3ZKQA 2FDEA 4EP2A 2BBBA 2VS2A 4FAEA 5P2XA 5OZJA 3SA4A 4FM7A 1HTRB 4ZPEA 3VLBA 2F8GA 3OQ7A 2WEDA 3LHGA 5TOLA 3B7VA 5DGUA 3EBZA 2FXDA 5OZ8A 3CKTA 4RCFA 1HXWA 3DJKA 2RSPA 4OBZB 5DR4A 3INFA 2QD7A 3OU1B 5P7TA 4F76A 3VV8A 3EL9A 3T7XA 4RCDA 3INDA 5OZSA 1EC2A 2B60A 1MVPA 1PPME 5COOA 4Y35A 1MESA 4I10A 4DUSA 3QN8A 3QI1A 5P5GA 2OHKA 1SIPA 1YG9A 3BUGA 3S43B 3L3AA 1W5WA 2AVOA 4Y3ZA 5HDVA 4YCKA 1FQ4A 5P8VA 4HE9A 5P1NA 3LZSA 1K6CA 1EBWA 2HPEA 2WL0A 3O9HA 3TTPA 5P87A 4QJ8A 4K9HA 3UF3A 4FE6A 5HU1A 3VV7A 1SP5A 4J5JA 4H3FA 1AIDA 5B18A 4PZXA 4FGXA 2O4LA 5P35A 5DR3A 4OBGA 5P3RA 4D83A 3QBFA 3KM4A 3AIDA 4TVGA 5P2NA 5P7DA 3MSKA 5F01A 1NPVA 4ACXA 3PCWA 4Q1WA 1IZIA 5KR0A 3UDRA 5P08A 5P0TA 3OAGA 4YOAA 3B80A 5P5LA 3UTLA 2PWRA 5P8DA 5P5XA 2ZYEA 1HHPA 3INEA 2BPWA 2Q15A 3OOTA 3T11A 4Y3SA 5P1AA 5P8AA 3FNTA 2R3TA 2VA7A 2P3BA 4CPXA 4CKUA 2VIJA 5P0VA 5P04A 1SDVA 1Z8CA 2PWCA 4Z2ZA 5P3BA 2H6SA 4FAFA 2QI1A 2QZXA 3PWRA 4PHVA 5P4VA 3RTMA 3HBOA 2G1NA 4Z50A 2FGVA 4K4RA 2ZJHA 3BGCA 2PH8A 2J9JB 3QAAA 5I70A 3FV3A 4I11A 3DV1A 5P4RA 5ER1E 3PWMA 5P4CA 5P38A 4B1CA 3UDPA 3RTHA 3UFNA 4HDFA 3UCBA 5P5YA 5P5MA 3EL1A 2QNPA 2B7FA 3PI0A 3BVAA 4AMTA 1W50A 3QRVA 1ENTE 5ISKA 3CICA 1QBRA 4NJTA 1B5FB 4A4QA 2QMGA 2VJ9A 5P27A 4OD9B 5OZUA 1HVHA 5AHBA 1YM2A 3FSMA 2Q11A 2QI3A 4HDPA 2ZJNA 2OHPA 1B6JA 5OZNA 5P79A 1HVLA 4B05A 3ER3E 3VYDA 2IL2A 2RKFA 3N4LA 4ER4E 2HC0A 3S8IA 1MIQA 5C9DA 5P64A 3CKPA 5P6IA 2R5QA 3D1ZA 5P8QA 4B78A 1FQ8A 1XL5A 2I4UA 5OZHA 5P12A 1W5YA 2B42A 3SA9A 2PSGA 4M8YA 1LYBB 1PPKE 3EM3A 2IQGA 5P4SA 2HAHA 2G1RA 1LS5A 3OWNA 4MC6A 3UFLA 5P13A 4JP9A 4HZTA 5OZZA 3VG1A 4RRNA 1EEDP 3HDKA 5BRYA 2IKOA 3VYFA 2QI5A 2FMBA 3SPKA 3R2FA 4LXAA 2F3KA 5P0UA 3AUPA 3QVIA 2OHMA 3URIA 4AA9A 3T7QA 2JE4A 4Z22A 3LZYA 1ODYA 5P4JA 4X2LA 5P4KA 5P6VA 4BFBA 2ZJKA 5P1XA 3CIBA 3WSJA 1QS8A 5P1JA 3UDQA 4GIDA 1AXAA 4Y38A 4Y4ZA 5P7HA 5P5NA 4EXGA 5OZDA 3O9IA 4ER1E 1IZEA 3VFAA 1AAQA 1TCXA 4Y58A 5P2QA 2AZCA 4YDGA 1CPIA 4RLDA 2QHYA 3K4VC 3SA6A 5P1DA 2P3AA 5P4UA 4D8CA 3LZUA 5HCOA 1HEGE 5P0JA 1RQ9A 1HSGA 3SQFA 1HOSA 4GJBA 5P18A 5P58A 5P8OA 5P70A 4XX3A 5OYYA 3OUDA 2FNSA 4GZFA 5P2SA 5P02A 5P0PA 2IEOA 5P30A 1SBGA 5P59A 1APVE 1HRNA 4CPQA 2ASIA 2IENA 5P4AA 3NU3A 3R1GB 4BELA 5P5DA 5P3GA 3RTNA 4Y3QA 3KFRA 3U6AA 5P2FA 5P8BA 3APRE 5OYTA 3NXNA 5P7YA 5P3NA 4QJ9A 3FNUA 4Y44A 2ER9E 5P0HA 3Q5HA 1WBMA 1GVTA 2AOFA 3I6OA 1E80E 5P0RA 4I12A 5P51A 3GGXA 4FRSA 3SACA 3HAUA 1YTJA 1LZQA 3KF0A 3OTYA 5P6HA 3PBDA 1FIVA 5P20A 1MTRA 5P72A 1HVSA 2HB2A 3GI0A 5P6UA 1HWRA 3ZL7A 4CPSA 3HZCA 3TPJA 4J0PA 3ZKSA 1IZDA 2IKUA 2OHRA 1BV9A 2WF2A 1FG8C 4NPUA 2RENA 4YDFA 5P7NA 5P0OA 5OZIA 2AIDA 5P60A 6FIVA 3H0BA 1GVUA 3ZKXA 3PRSA 4YCYA 4ZPFA 4I0HA 1AM5A 5DR7A 3IA9A 5P7VA 5EZXA 4EQJA 3EC0A 1B6MA 1ZPAA 3BRAA 4Y5PA 5SY2A 4J17A 5P4OA 5OYVA 5AH9A 1MRXA 2P3CA 2UXZA 1DMPA 1ZLFA 3NXEA 1NPAA 4Y4XA 3URJA 5ENKA 2R38A 5HTZA 2QU3A 1B11A 2G1OA 5P52A 2ZHUA 1C6ZA 2WHHA 4GJ8A 3O9DA 3IN4A 5E5JA 5P0ZA 3KDCA 3LIVA 3D91A 5P2HA 1FFFC 4FS4A 1IVPA 3OU4B 5P3YA 4DJWA 4Y39A 5P77A 1XE6A 5CONA 4IVSA 4PPHA 4Y3EA 5P84A 2B8LA 1LYWA 4X7IA 4EHCA 3PSUA 3S7LA 2F81A 1RPIA 3OUBA 5P8IA 3ER5E 2IDWA 4Y36A 5KR8A 1ZBGA 5IS4A 4J0ZA 1PPLE 4RCEA 5P3OA 1YTGA 1FQ6A 3EXOA 3KFSA 2ER7E 1K2CA 2G22A 1AJVA 5P3TA 4K4PA 5P6NA 1A8KA 5P4LA 1FQ7A 5IVTA 3BUFA 3L5CA 5P7SA 5HD0A 5P28A 5P49A 3HLOA 1GNOA 3UDHA 4PEPA 4I0FA 2VIZA 2BJUA 2HB3A 5P8JA 3VSWA 4CPRA 5OZVA 1EPPE 4GJ7A 1APTE 3OGQA 5P6GA 3R4BA 5P6JA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 5P0E A;  4I0Z A;  2EWY A;  5P15 A;  1TSQ A;  3EKX A;  1KJ4 A;  3L5E A;  1HVK A;  1B6K A;  1EAG A;  4Y50 A;  5P68 A;  4AUC A;  4Q5M A;  4Y5L A;  2QMF A;  1UPJ A;  5P3X A;  5I3Y A;  2OHQ A;  4ZLS A;  4HVP A;  5P0S A;  4QLH A;  2F3E A;  5P11 A;  2WF0 A;  3OXC A;  4DV9 A;  5P4H A;  5P7X A;  3KFN A;  4I8Z A;  5HVP A;  2O4S A;  3RSV A;  3S56 A;  4DQH A;  3BVB A;  5P1G A;  4EYR A;  5AH6 A;  5P7F A;  1HPX A;  1YX9 A;  5P6X A;  1ZP8 A;  2OAH A;  2VNM A;  1KJF A;  1LEE A;  1BXO A;  4QJ2 A;  2MIP A;  4JOO A;  5P7U A;  1DP5 A;  5KQF A;  5P2W A;  2ER0 E;  4JPE A;  3OQD A;  2AOE A;  4FM8 A;  5P42 A;  4ZEA A;  2A4F A;  4FRK A;  4RVI A;  3EM4 A;  1HSH A;  1VIK A;  1FFI C;  4B0Q A;  3H5B A;  2Z4O A;  1SGZ A;  2PK6 A;  3K5G A;  2UPJ A;  3NYG A;  4LHH A;  2VIE A;  4CPU A;  3OHF A;  5P56 A;  1OHR A;  4XX4 A;  4EXH A;  3L5D A;  3JVW A;  4FSE A;  5P1Q A;  2ZJJ A;  2FLE A;  4YD7 A;  5P2I A;  3UDJ A;  3SAA A;  3SA5 A;  5P8S A;  5P0N A;  1W51 A;  3NU6 A;  3GI5 A;  2H6T A;  1W5X A;  1K1T A;  5KAO A;  5P5I A;  4JEC A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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