4DI2A

Crystal structure of bace1 in complex with hydroxyethylamine inhibitor 37
Total Genus 100
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
100
sequence length
391
structure length
375
Chain Sequence
KKGSFVEMVDNLRGKSGQGYYVEMTVGSPPQTLNILVDTGSSNFAVGAAPHPFLHRYYQRQLSSTYRDLRKGVYVPYTQGKWEGELGTDLVSIPHGPNVTVRANIAAITESDKFFINGSNWEGILGLAYAEIARPDDSLEPFFDSLVKQTHVPNLFSLQLCGAASVGGSMIIGGIDHSLYTGSLWYTPIRREWYYEVIIVRVEINGQDLKMDCKEYNYDKSIVDSGTTNLRLPKKVFEAAVKSIKAASSTEKFPDGFWLGEQLVCWQAGTTPWNIFPVISLYLMGEVTNQSFRITILPQQYLRPVEDDCYKFAISQSSTGTVMGAVIMEGFYVVFDRARKRIGFAVSACHVHDEFRTAAVEGPFVTLDMEDCGYN
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title Design and synthesis of potent, orally efficacious hydroxyethylamine derived beta-site amyloid precursor protein cleaving enzyme (BACE1) inhibitors.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Beta-secretase 1
molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
source organism Homo sapiens
total genus 100
structure length 375
sequence length 391
chains with identical sequence B, C
ec nomenclature ec 3.4.23.46: Memapsin 2.
pdb deposition date 2012-01-30

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 4di2A01
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 4di2A02
2EWYA 3G6ZA 3FV3A 4Q1NA 1YTJA 4J5JA 1W6HA 3LIVA 3O9AA 4F76A 4AUCA 5P0PA 8HVPA 4RZ1A 4I0DA 2WECA 3PI0A 3PVKA 3EKTA 1T6GA 3OAGA 5P89A 4LBTA 4CPTA 1FFIC 4Y3GA 4I0HA 4J1IA 3QRMA 5P2FA 5P6IA 1BXQA 3PM4A 2PH8A 3AUPA 1B6PA 1IZHA 4Y3NA 4B05A 1LYWB 1G6LA 4GJ5A 5P69A 5P8VA 1FG8C 3DOXA 4ER1E 3IXJA 1XL5A 5P3NA 3SA5A 3Q6YA 4ZSPA 5P45A 5P35A 2V12C 5P4LA 3NLSA 3DK1A 5KR8A 5KQZA 4QJ9A 3UPJA 1FMXA 4I0FA 5P54A 5P51A 3ER5E 3QBHA 1MERA 4L1AA 3OUAA 4OBZB 5P3WA 4CKUA 3LZVA 5OZEA 4RCEA 1MTRA 4CPQA 4J1KA 2FXDA 2WF2A 3LZSA 4ACXA 1BWBA 3NU6A 4U8WA 4GJCA 5P7YA 5P09A 5P41A 1HPVA 5OZHA 3EL1A 3R2FA 4MC2A 3S53A 3NDUA 4B00A 3L38A 5P1LA 1HSHA 2OHNA 2QNPA 4Y4AA 5P0WA 5HE5A 5P7SA 3Q5HA 5OZGA 5SZ9A 5P20A 2QI4A 3BXRA 4Y47A 3PLDA 3I25A 5P2NA 4HZTA 4MC6A 5P8NA 3ER3E 5I3XA 2WL0A 3K5CA 1LYBB 5P6EA 1PSNA 3NU3A 5P59A 1DW6C 3QP0A 1K6TA 2WEZA 2VIZA 5P42A 1NSOA 4X7IA 2JYSA 5P4PA 3JVYA 5HU0A 4TVGA 2AZ9A 4F73A 3B7VA 4E43A 4ZSMA 4RVXA 5P1DA 3NU9A 1MIQA 3LPKA 5KQYA 4PZWA 4Y3HA 3VV6A 4QJ2A 2FIVA 1OEWA 2G69A 1MVPA 4I0ZA 5P8OA 5P5FA 4DQGA 5P3CA 5P46A 5OZ0A 4FRSA 5P06A 1XN3A 5P32A 1SH9A 3EM4A 1HSIA 3BUGA 2PMAA 5HE4A 3UDHA 5P1AA 4PEPA 1MT9A 5CLMA 2VA5A 2ZJMA 5P0LA 5P75A 5P6FA 2O4LA 5P6GA 3NU4A 5P62A 5P2IA 3FNSA 4K4RA 1VIJA 3WB5A 5ENKA 4XX4A 2R3WA 2FGVA 1T7IA 4D88A 5P4XA 2AVOA 1HIVA 3FSMA 3BUHA 2A1EA 5P0OA 1APVE 2P3CA 4J0TA 3NXNA 1C70A 3EC0A 5OZVA 2ER0E 1FGCC 5P79A 5P56A 3GI0A 2HPFA 5OYVA 1T6EX 3R0YA 1META 1T3RA 1ZAPA 5P4ZA 3S56A 4EP2A 4KE0A 3I6OA 3WZ7A 5P4NA 5HCOA 5SXNA 1HVRA 3ZOVA 3K5FA 3UDYA 3PBDA 1RPIA 4GIDA 3TOFA 4OBKA 3QROA 3SPKA 5P86A 1G35A 4B70A 4I8ZA 1XE6A 4K4QA 3INDA 1FQ4A 3OADA 4OC6B 1HXBA 1MUIA 5P1PA 5P5DA 5P8JA 4CPUA 1HXWA 2I4WA 5OZ9A 2Q63A 1EC3A 5P6AA 4RRSA 3EKYA 3O9BA 4FM8A 3D3TA 5P4MA 1ODYA 3CYWA 3TPLA 2AQUA 3VYEA 3ZKXA 3UQXA 3GI5A 3L58A 2R8NA 3EKVA 2VJ9A 4YBIA 5P4IA 1EBKC 1C6YA 4I8WA 4APRE 3HZCA 5P6BA 4U7QA 4DFGA 2OHQA 6APRE 5P2JA 1HTEA 1OD1A 3OXWA 2VKMA 3GI6A 2P3BA 5P5ZA 5F00A 4Y5BA 3PLLA 2VA7A 4BFDA 1WBKA 1KJGA 5P68A 5KR2A 1HVCA 1IBQA 1GVVA 5P80A 2BPVA 1TSUA 3D91A 3K4VC 2XFIA 4Y3FA 2AVQA 5P7AA 1ZSFA 3SA7A 3RVIA 3KFPA 2ZYEA 3S8IA 4YD7A 4DQFA 6FIVA 2I4UA 2HC0A 5P15A 5P2UA 4ZPFA 1QBTA 5OZMA 4Y4TA 3L3AA 5P3IA 3WSJA 2XYEA 3TKGA 5P12A 3KM4A 3D1YA 4JOOA 1ODWA 1BVGA 3AIDA 4OBJA 5HDZA 4JPEA 2I4DA 3DV1A 4Y4BA 5P64A 2ZJKA 5P4HA 5P2CA 1FKNA 5P04A 2WHHA 3EM3A 1WBMA 3Q4BA 3T11A 4FSEA 5P0MA 5P2OA 2G21A 5P5XA 5P5VA 4YOAA 5P8AA 2BPZA 2I4VA 4EJDA 5P0GA 2ANLA 2ER6E 5P2MA 1D4KA 2ZHTA 5OZTA 2G94A 2G20A 4Y3XA 5P4CA 1W5YA 2I4XA 4EWOA 2V00A 4YCYA 2WF1A 5P2GA 2QNNA 1GVUA 4CPWA 2IKUA 1YM4A 3ZL7A 3QRSA 3O9LB 2UPJA 5P24A 1BVEA 5EZZA 2J9JA 2HM1A 4I10A 5P0BA 4Y51A 4CPXA 2VIEA 5P3ZA 1ODXA 3SM2A 5P50A 3WZ6A 4Y3EA 5P05A 5P6UA 4QJ6A 2HB2A 4Y3WA 5AH9A 3HDKA 2FDDA 1FG6C 5P26A 3OU1B 2FDEA 4F74A 4HE9A 4DV9A 2ZJJA 5JG1A 1SMEA 3ZMGA 1K2CA 3TLHA 1HTFA 3UDQA 5OZUA 4OD9B 4Y50A 3VV7A 5DQ4A 5P48A 5P70A 5P7WA 5P2QA 5OZCA 5ER1E 5P67A 2OHLA 4H3FA 4N00A 5P81A 4GZFA 2QNQA 1QRPE 2IGYA 5P1GA 5P7UA 5P7NA 5OZ8A 5P2TA 3VYFA 5P1CA 3CKPA 2V0ZC 3CMSA 4JP9A 4XKXA 4Z22A 2PYNA 3OUDB 4B1CA 2HIZA 1BWAA 5IVRA 5P39A 4I0GA 5P0EA 1EPOE 5P3OA 2B8VA 2OF0A 5P34A 1C6XA 2NMZA 4RGHA 4B77A 3IXOA 5IVTA 1SBGA 3OQAA 3QVIA 5OYZA 2OAHA 5P4GA 2I1AA 2AVMA 1ZJ7A 1UH7A 2QI3A 5P5YA 4Y3PA 4B72A 4FSLA 1U8GA 5P27A 5P5UA 3LZYA 2QI0A 3ST5A 3SA6A 3PRSA 2R3TA 5P5AA 1FQXA 5P8TA 4Y6MA 3I2LA 5P19A 5P3MA 4PZXA 3S2OA 2AODA 1BILA 1FQ8A 4EQJA 4D83A 2MIPA 1IZEA 3I8WA 2I0DA 2XFJA 4DPFA 5P1YA 4AMTA 1M43A 1PPLE 2VA6A 1W5XA 2O4NA 2RMPA 5DQCA 2WEBA 2QD6A 2NR6A 5DGUA 3FNTA 1J71A 4J0YA 1FQ5A 5P8UA 3NUOA 1SGZA 5P7RA 5P7FA 3QPJA 4HVPA 5P4DA 4RYCA 3Q3TA 5E5KA 4ER2E 2BKSA 3OUBA 3CKTA 3IAWA 3TOGA 5P1TA 2VIJA 2WF3A 2QD7A 2PWCA 3URJA 2A4FA 4RLDA 2ASIA 3DM6A 5P3GA 5APRE 3TKWA 3H5BA 3DCKA 4TRYA 5P60A 4OBHA 2Z4OA 3BVBA 3TH9A 3FNUA 1SIVA 1SGUA 1A8GA 5P0HA 2R5QA 4GMIA 4YD3A 3INHA 5P3VA 1Z1HA 4BELA 1YTGA 1GVWA 3K5DA 2P8HA 1DPJA 4GJ7A 1MT7A 3INFA 2NXDA 5I70A 4H1EA 1HVIA 2V11C 5P02A 3INEA 3QVCA 5AHBA 5P40A 2OHRA 2B60A 3OQDA 1LZQA 1W5VA 2BPWA 4Q1WA 3OHHA 3L5EA 4YHQA 4EP3A 5P1ZA 1EC1A 4DPIA 3OU4A 1HVSA 2G1NA 5P2SA 2I4QA 2QK5A 4Y39A 5P1MA 1K6CA 5OZSA 5P1JA 5P3SA 3RTHA 2QZWA 2QCIA 3BHEA 5HD0A 3DCRA 5E5JA 3UDPA 2QMPA 3SFCA 4YDFA 4LXAA 3F9QA 1K1UA 5P14A 1A94A 5P31A 5P25A 3S43B 2PC0A 3PCZA 3QN8A 4J0VA 4DQCA 1PSOE 3KA2A 4Q1YA 5AH6A 1HVJA 3EM6A 5P6OA 1HRNA 5C9BA 3VSXA 2BJUA 5COKA 4DI2A 4YD5A 4Y48A 4ZLSA 4J54A 2ZJHA 2O4SA 2JJIA 5P4WA 5P3YA 4R91A 4YD6A 1QS8A 5P3KA 1XN2A 3D1XA 1D4JA 4PYVA 5FIVA 5C9FA 2Z54A 2ZJLA 1HIIA 2VS2A 4Y5MA 5P5GA 3KMYA 3KFRA 3OAGB 4I1CA 5P0YA 1B5FA 2V10C 5P3FA 2AOCA 3RTNA 1KJ4A 1XL2A 3PB5A 3O9HA 5OYQA 4B78A 3NXEA 3EL5A 3UFNA 3LNKA 5P4RA 5F01A 3L59A 2QI6A 3OXCA 5P28A 4Y54A 5HDUA 4QJ7A 1QBSA 5OZ7A 2QI5A 2WEDA 5OZ4A 1ER8E 1UH9A 5P53A 4NPTA 5SY2A 4NJUA 5DPZA 2F3FA 1EC0A 3PI5A 3PMYA 3NDTA 5P58A 3VV8A 3KYRA 3PEPA 5P83A 5P3BA 3N3IA 4Y5GA 5P11A 4NJTA 4J17A 5PEPA 4Z50A 1ENTE 3VFBA 3D1ZA 1SDUA 1RL8A 3S7MA 5P2AA 1ZSRA 4Y3RA 1RV7A 2VJ7A 3HW1A 3OQ7A 5P4BA 5P0AA 3S54A 9HVPA 3SABA 4LAPA 1PSAA 3VCMA 5P4YA 3URIA 2Q11A 5P2RA 1EPME 2RKGA 3L5DA 2PSUA 4DJXA 5OYRA 5OZWA 1MSMA 4FM6A 1B6JA 4OBFA 3PSYA 3VF7A 4EXGA 3NU5A 4K8SA 3H0BA 3KDDA 3LIQA 2IL2A 4H3JA 2B8LA 4QGIA 3BXSA 3RSXA 4IVTA 3UDMA 4A6BA 2BB9A 5P1BA 6UPJA 2JXRA 5P85A 3EKXA 2R43A 3DV5A 4QJ8A 5P6SA 3S85A 1IVPA 1GKTA 5P7OA 3O9FA 1QDMA 5OZNA 5P8RA 3OTSA 3TPPA 1EPQE 4PPHA 3EL4A 2QI1A 5TOLA 5OZ1A 4EXHA 1PPKE 1UPJA 5P5EA 3NWQA 1LYAA 5SY3A 4H3GA 2Q54A 5P0NA 5P84A 3GGAA 4QLHA 4Y35A 4B1EA 5P8SA 3APRE 2G27A 2BPXA 4Y3LA 4LC7A 1K2BA 2Q64A 3QIHA 4F75A 4FAEA 3I7EA 4J0PA 4Y57A 3D20A 4RROA 3UQWA 2PWRA 5P5IA 1HBVA 5P44A 4I12A 2FS4A 1NPAA 1HVLA 5P3AA 5KR1A 3BC4A 1BDRA 1JLDA 1ZLFA 5P4KA 4WTUA 3EBZA 4TRWA 1D4SA 5P6DA 2AOHA 1HSGA 3MSLA 5AH8A 1MEUA 3B80A 4FGXA 3UQUA 3BVAA 5P5NA 3ZKQA 2QI7A 2OHSA 3KF0A 1IZIA 4WY1A 5P63A 2J9KA 4L6BA 3EL0A 3L5CA 1ME6A 2QHCA 5P4EA 2HS1A 1LF3A 1FEJC 3R1GB 3N4LA 4HDFA 5ISJA 2F3EA 4Y5KA 5ER2E 4J1FA 1OEXA 5P88A 5OYYA 5OZDA 1LF4A 1QBUA 4ZE6A 1C6ZA 4GJ9A 3ZLQA 1GVXA 4ZSQA 5P1QA 3VF5A 5P5HA 4EHCA 1HEFE 3UF3A 2IENA 1F7AA 5P3QA 4NKKA 5P0ZA 1BAIA 5OZ5A 4TRZA 3KDCA 1WKRA 5P1WA 1EPRE 3T7PA 1W5WA 3OADB 5P2ZA 5P2LA 1PFZA 5OZLA 3UTLA 3ZPSA 4HA5A 2QZKA 2ZHUA 2XYFA 1D4HA 3K5GA 4K9HA 5P13A 5P17A 5HVPA 4Y4GA 5P1EA 4Z4XA 5BWYA 5P6WA 3KT2A 1CMSA 2O4PA 5P03A 5DR0A 1OHRA 4CPRA 5P6MA 2Q15A 2IDWA 3ECGA 3RU1A 5P7DA 4FRJA 4U7VA 5P6QA 2ZJNA 2VJ6A 5P6PA 1HOSA 2ZHVA 4Y5AA 2CENA 1M4HA 4RRNA 5IS4A 4FCOA 1AM5A 4DJVA 1CPIA 1EBYA 3R4BA 3CYXA 4UPJA 5P87A 2RKFA 4ER4E 5P61A 4D85A 4XXSA 1YG9A 4I11A 5HDXA 4PHVA 5HU1A 5DQ1A 3K4VA 3LPJA 4EYRA 2AIDA 2VNMA 1EAGA 1GNOA 4Q5MA 5OZAA 1SDVA 3L5BA 2PYMA 4DJQA 3SA8A 5P43A 5ISKA 4Y4UA 3VYDA 1HEGE 4RVIA 1BV7A 1NPVA 4J1CA 3HVPA 4B1DA 1PROA 2AOGA 1NH0A 3PHVA 4Q1XA 4BEKA 5P5KA 3SKFA 3C9XA 1XDHA 3NDWA 4OBGA 1FQ6A 4EJLA 4Y3DA 1XS7D 4YCTA 5P7IA 2NMYA 2HS2A 4FRKA 5P57A 2ZDZA 5P5RA 1M0BA 3LZUA 5P5BA 1AAQA 1T7KA 3HBOA 2WF4A 1RNEA 3SA3A 1E81E 4I0IA 5T4SA 4FIVA 5P6ZA 2R5PA 5P2YA 1KZKA 4Y53A 5P8GA 1A30A 4KUPA 1TSQA 5P7KA 1G2KA 5P6NA 1HPSA 5P6YA 2G1YA 4DQEA 1HVKA 4HDBA 3LITA 2AOFA 4AZYA 5P8KA 2WJOA 5P0CA 5OZIA 5JFUA 1UH8A 3VEUA 5P33A 4NJVA 2RSPA 2J9JB 4HDPA 2FLEA 2WF0A 2Q55A 4DQBA 1EC2A 4YE3A 2V16C 7UPJA 3EMYA 3URLA 1FFFC 3U71A 2CEJA 4Y56A 5P8FA 3RSVA 4I0JA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 2EWY A;  3G6Z A;  3FV3 A;  4Q1N A;  1YTJ A;  4J5J A;  1W6H A;  3LIV A;  3O9A A;  4F76 A;  4AUC A;  5P0P A;  8HVP A;  4RZ1 A;  4I0D A;  2WEC A;  3PI0 A;  3PVK A;  3EKT A;  1T6G A;  3OAG A;  5P89 A;  4LBT A;  4CPT A;  1FFI C;  4Y3G A;  4I0H A;  4J1I A;  3QRM A;  5P2F A;  5P6I A;  1BXQ A;  3PM4 A;  2PH8 A;  3AUP A;  1B6P A;  1IZH A;  4Y3N A;  4B05 A;  1LYW B;  1G6L A;  4GJ5 A;  5P69 A;  5P8V A;  1FG8 C;  3DOX A;  4ER1 E;  3IXJ A;  1XL5 A;  5P3N A;  3SA5 A;  3Q6Y A;  4ZSP A;  5P45 A;  5P35 A;  2V12 C;  5P4L A;  3NLS A;  3DK1 A;  5KR8 A;  5KQZ A;  4QJ9 A;  3UPJ A;  1FMX A;  4I0F A;  5P54 A;  5P51 A;  3ER5 E;  3QBH A;  1MER A;  4L1A A;  3OUA A;  4OBZ B;  5P3W A;  4CKU A;  3LZV A;  5OZE A;  4RCE A;  1MTR A;  4CPQ A;  4J1K A;  2FXD A;  2WF2 A;  3LZS A;  4ACX A;  1BWB A;  3NU6 A;  4U8W A;  4GJC A;  5P7Y A;  5P09 A;  5P41 A;  1HPV A;  5OZH A;  3EL1 A;  3R2F A;  4MC2 A;  3S53 A;  3NDU A;  4B00 A;  3L38 A;  5P1L A;  1HSH A;  2OHN A;  2QNP A;  4Y4A A;  5P0W A;  5HE5 A;  5P7S A;  3Q5H A;  5OZG A;  5SZ9 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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