4DJPA

Crystal structure of wild-type hiv-1 protease in complex with mkp73
Total Genus 18

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
18
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWKRPLVTIRIGGQLKEALLDTGADDTVLEEMNLPGKWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQIPIEICGHKAIGTVLVGPTPVNIIGRNLLTQIGCTLNF

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
S1 (10-15)TIV1 (5-8)O1 (8-10)S2 (18-24)TIV4 (65-68)S5 (52-66)S7 (84-85)TI1 (25-28)AH1 (87-93)EMPTYS4 (42-49)S6 (69-77)S3 (32-33)O2 (78-80)TIV5 (80-83)Updating...
connected with : NaN
molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
source organism Human immunodeficiency virus 1
publication title Design, synthesis, and biological and structural evaluations of novel HIV-1 protease inhibitors to combat drug resistance.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Pol polyprotein
total genus 18
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2012-02-02

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 4djpA00
2B7ZA 5P2VA 5KQZA 1NPAA 4AMTA 2Q3KA 4R5NA 4QGIA 4FAEA 1QS8A 1BBSA 3INHA 3IAWA 1HSIA 5P89A 3PBZA 5DGWA 4DQGA 1TCXA 5ER1E 4BEKA 1FFFC 2RKGA 5P00A 4ZSMA 5P3RA 5OZ2A 2NNKA 2V16C 2ZHUA 5OZQA 5P1RA 2PC0A 5P34A 5P4TA 3T11A 4AA9A 3INDA 1T7IA 3WB4A 5P4VA 5P1VA 1HXBA 4Y9WA 2O4NA 2IKOA 4R93A 5P0IA 1DPJA 1G35A 5P7HA 5P88A 5P4GA 2XFKA 4R91A 5OZTA 5P1XA 4HE9A 3I6OA 5P8OA 3URLA 2QNPA 5P6XA 4D85A 4XKXA 5P1TA 2QMGA 2G69A 2WEZA 3KDBA 3ZPTA 5P3EA 2FGVA 1HVIA 5OYYA 3K4VC 5P2OA 4EJLA 5P8VA 5DQ1A 2PWRA 4X2LA 5OYTA 5P6PA 1EBYA 4RRSA 3VYFA 4GJCA 1IVQA 1W51A 4QJ9A 5OZCA 4YBFA 5P12A 5P31A 5P59A 4FSEA 5P6GA 3DUYA 3PHVA 4F75A 5P0UA 2NXMA 4HDFA 4EPJA 2O4LA 3SM2A 3WB5A 3UDPA 1MT7A 5P5NA 4Y4JA 2P3CA 5HDUA 4I0GA 2FXEA 1KJGA 5P8RA 4DUSA 1HXWA 3R1GB 1HEFE 5HDVA 4K4RA 2FDEA 5P65A 5P20A 5AGZA 1LZQA 4FCOA 1LYBB 2WF1A 4Y3ZA 4ZPFA 3OXCA 5IE1A 3ZKIA 5P2QA 1MTBA 4Y3TA 3WSJA 1LYAB 1A9MA 3EM6A 1EPRE 2VIEA 5P4OA 5P77A 5P03A 2HB2A 4ACUA 3SACA 2OHUA 5HCTA 2QP8A 1TW7A 5P4RA 3NXEA 3IN4A 4Y5EA 2UXZA 2AOFA 3PLLA 1J71A 2NPHA 5P4CA 5P7ZA 3OU4B 4PPHA 5C9DA 5P1CA 3OY4A 5P0SA 1LYWB 3AUPA 3ZKGA 3FNUA 1EPME 3PRSA 3QIHA 3KA2A 5P6KA 5P64A 5P7RA 4Y4UA 2ZJIA 3MSJA 3O9LB 2QI5A 3UFNA 1AVFA 1HPOA 5P1GA 1QBSA 1IIQA 5P2HA 2VJ9A 4APRE 1EPQE 4Y3HA 1RPIA 2HS1A 1K2CA 2I4WA 3U6AA 3T3CA 5P5JA 3EKYA 5P7OA 3UQRA 4JPCA 3RVIA 3GW5A 1FG8C 3GGAA 5P10A 2A1EA 5T4SA 4Y35A 2WF2A 4NJTA 5P66A 1B6KA 3MSKA 4Y4DA 1MRWA 2Q63A 5P7NA 2SAMA 1Z8CA 1CPIA 1HEGE 3ZKMA 3Q3TA 3RTNA 2V00A 1MESA 5OZ5A 2BPZA 4B77A 3NUJA 1EBKC 4FM6A 4Y3GA 1UH7A 3HZCA 3UF3A 3I8WA 3UDYA 5P2XA 3S7LA 2HPFA 2G94A 2OHKA 4J0VA 1M0BA 3NU6A 4AA8A 2ER9E 4Y51A 5P4FA 4Y5BA 5P7MA 3ECGA 3QI1A 3MWSA 2P3BA 5KR1A 4GJ9A 4YBIA 5OYXA 5P7BA 3NYGA 4I0EA 4DV9A 1DP5A 2ER0E 1Q9PA 4Z4XA 3D91A 2VNMA 3BUHA 2OF0A 5F01A 3IXJA 4DJXA 4QJAA 2AVMA 3PMYA 5P2TA 1WBMA 3WZ8A 5P2UA 2HAHA 2R8NA 4L7GA 3R0YA 4LXKA 4J0TA 4E43A 3SQFA 3SA4A 3FIVA 4CPRA 3DV1A 4GJ7A 4QJ6A 5COKA 4X7IA 4XX3A 5P7KA 2G22A 3LIQA 3C9XA 4GJBA 5P4IA 5HE7A 4J0ZA 3OQ7A 5P3LA 3QVCA 2VJ7A 3L5FA 3OQKA 5AH9A 4ER4E 3D1YA 5P28A 3QS1A 5KOSA 4I8ZA 4MC9A 5P40A 4DJRA 5P51A 3T6IA 1XDHA 4FL8A 1FMBA 5P7UA 3NU5A 1TSQA 3QRMA 5P2BA 5P4UA 4EP3A 2OHRA 2QI4A 2PSUA 2F80A 3CKRA 1ODWA 5P75A 3T7QA 1MTRA 3RTHA 5P52A 1RV7A 5OYQA 5P4EA 5P6EA 2G1SA 5P6QA 3UDNA 1HVLA 2QK5A 5P58A 5P8TA 5P5YA 1T3RA 5P50A 2P8HA 2AOHA 5P0HA 3S43B 5P07A 2WECA 4HEGA 3UQWA 2IEOA 2ZHVA 3OQDA 5P42A 6UPJA 1AJXA 5P5IA 4FS4A 5P5GA 4Y5KA 4N00A 5P0OA 5P39A 5P7YA 2FDDA 3BVBA 4LBTA 5P3MA 2ZGAA 2V13A 5P69A 5P6UA 4Y48A 5P4HA 5P1IA 2VIZA 5KQFA 4FGXA 3OUDB 5P4YA 1YM2A 2I4VA 3PEPA 3TTPA 5P3DA 4JOOA 2QMDA 5P2SA 2QZKA 3BXSA 2QCIA 1D4JA 2I1AA 5E5JA 1IDBA 5P1WA 1ER8E 1TSUA 5P7TA 4Y5NA 1K6PA 5KR0A 4EJ8A 3WZ7A 5P8IA 2J9JB 4Y3PA 5ER2E 5HDXA 3URJA 1SIPA 5P0KA 2AOEA 2O4KA 3KYRA 5P7JA 4DJVA 5P81A 3S45A 4LC7A 1E5OE 1META 3D20A 3VUCA 1K2BA 2FXDA 5P6WA 3DV5A 4XXSA 2HM1A 2B42A 3NUOA 3O9DA 5AHAA 1ZSRA 5P8SA 1XS7D 5OZVA 5C9BA 4YD4A 2HPEA 5F00A 1EPLE 5P7PA 5COOA 1BDRA 3TLHA 1ZTZA 5P0DA 3VFAA 1NSOA 2FS4A 5P85A 3EL5A 3K5FA 1SGUA 5P25A 1LF2A 5P3HA 3F9QA 1BVEA 3I2LA 4F73A 5P82A 4Y37A 4L1AA 5I70A 3QRSA 5CONA 3LHGA 4BFDA 1ODXA 4H3IA 3OGQA 1D4LA 3I25A 3QRVA 3UPJA 5P53A 1HTFA 3H0BA 4GYEA 3NSHA 1FFIC 5HE5A 3IVHA 2FIVA 5P0JA 5DQ5A 4Y4GA 3OADB 5I3YA 3OUCA 3NDWA 5P0FA 2WEAA 5OZDA 5P2IA 2AVSA 4ZSPA 1BAIA 4U7VA 5P5MA 5P27A 4Y3LA 2AZ9A 5P13A 5P1MA 5P5AA 2PSVA 5P6CA 2I0DA 4FE6A 2AOJA 2EWYA 4IVTA 1PSNA 1A8KA 1EC2A 4RRNA 5P7CA 3ZKNA 1GKTA 1SDVA 1MVPA 4A6CA 2QD6A 4Y41A 4H3GA 1B5FA 3CIDA 2WEDA 2XFJA 3HD8A 2G21A 4ER2E 1T7KA 3EM4A 2CEMA 4QJ2A 3EKXA 3HDKA 5KOQA 3KMXA 5P78A 5SY2A 4FSLA 5P1EA 1M43A 5ISKA 1APTE 2G1YA 4I0FA 2PYNA 3SM1A 4EJKA 1ZSFA 3JW2A 4DPIA 5P2DA 5OZKA 3FNTA 4Y57A 3FV3A 5P8HA 1ODYA 3NXNA 5P5RA 2OHQA 5P2ZA 3S85A 3GI5A 1A30A 1GNOA 1WKRA 1MUIA 2BKSA 1PPME 3K5CA 3SA8A 2PH6A 1Z1RA 3O9IA 5P3VA 4Y3EA 1B6LA 3EL9A 3L58A 5OYRA 3KFPA 4U7QA 1HTRB 2V10C 5P8UA 1VIJA 3LIYA 4OD9A 2BJUA 3OTSA 4J5JA 5P1UA 1HPSA 2Z4OA 4COEA 3ER3E 2OHSA 3BUGA 5OZ9A 2QMFA 3VF3A 5HVPA 2AZ8A 5P0EA 3Q4BA 4JP9A 4UPJA 1HTEA 3INFA 5P4NA 5P55A 4QLHA 3VF5A 5P8PA 3SA6A 5P8MA 4YA8A 5OZPA 2NMZA 5P5OA 1C6YA 3TH9A 3VCMA 1T6GA 4Y38A 3EKVA 4IVSA 5P2LA 5P2WA 4DQCA 1MSMA 2MIPA 1SGZA 3PSGA 1IVPA 5P1LA 1FKNA 5OZ1A 5KR2A 4Y44A 2B60A 5P4DA 1IZHA 3DM6A 1AXAA 1ZAPA 3KN0A 5P7QA 4Y3FA 5P6YA 2G1NA 4Y3DA 2QHYA 3KFRA 4Q1WA 4JECA 4Y47A 5DR0A 3BVAA 1LS5A 5P7LA 3HAWA 4GJDA 5P43A 5OZJA 4I11A 1FLHA 4NJVA 1OEXA 5P3NA 5AH8A 5TOLA 3N3IA 4J0YA 4AZYA 5P87A 1NPWA 4ZPEA 3TL9A 1BDLA 3VG1A 3VSXA 4AUCA 3O99A 1HVSA 4NJUA 3L59A 5P32A 3AIDA 2R38A 1A94A 1ZBGA 5DR1A 3UFLA 1HBVA 2B7FA 5P3FA 4YOAA 3UQUA 5P6NA 3GGVA 3QPJA 1FG6C 1OEWA 4OBHA 1HVHA 2ZJJA 3CYWA 3K5DA 1LYBA 2FMBA 2QHCA 2XYEA 4B00A 3OHHA 3U7SA 1SP5A 3TOFA 3ER5E 5P67A 5P5XA 3HVPA 2RSPA 4RYCA 3CIBA 3IN3A 2PYMA 2JJIA 4LP9A 1CZIE 2IRZA 5P76A 3OU4A 4DH6A 3SPKA 5P4JA 5HTZA 1PPLE 5P8NA 4RYGA 1SMEA 4A6BA 1GVWA 5OZGA 3FSMA 3O9LA 5P2GA 5P5QA 5P0AA 3BRAA 5P70A 3PWRA 4HLAA 1FB7A 2QZXA 1EPNE 5DQ4A 1YTGA 5P0ZA 2RENA 1AIDA 5P7FA 2OHTA 2R43A 5P5FA 3LIXA 3EC0A 2WEBA 3HW1A 3HVGA 5P6LA 1T7JA 7UPJA 1ENTE 4FM7A 1HVRA 2HS2A 4RZ1A 2NXLA 3TPLA 3PWMA 5P02A 2OHMA 5P1ZA 2AVVA 5P6MA 5JFPA 5P22A 5OYSA 5UPJA 1M4HA 1OHRA 4L6BA 4OBGA 1WBKA 5ENMA 1BXOA 3SABA 4Y3NA 4KE1A 4Q1XA 2RKFA 2UY0A 2AODA 4Q1YA 5P19A 3NR6A 1QRPE 1FMUA 1AAQA 1G0VA 5P6SA 2WJOA 5P86A 4QJ8A 2NTRA 4U8WA 3OQFA 1GVVA 5OZFA 5P5PA 3KDDA 3DJKA 1BWAA 2ZJHA 5P3YA 4J1IA 3I7EA 1HOSA 4K8SA 4Y58A 4Y3RA 3WZ6A 2BPYA 1GNMA 5OZ0A 3O9CA 5FIVA 3CICA 3SO9A 5P8CA 4OBZB 2OHNA 1UH9A 3PCWA 4J1FA 1SIVA 2I4XA 4BFBA 3NU4A 4MC2A 5DQCA 5P83A 2G20A 3BHEA 4EQJA 2ASIA 5PEPA 1YT9A 1MT9A 3EXOA 4Y3YA 1QDMA 1W5XA 3O9FA 5P7GA 4Y4TA 1VIKA 3URIA 2ZHSA 5P1HA 5ISJA 4WY6A 3G70A 3KFSA 8HVPA 3K5GA 4RGHA 3LZSA 4Y53A 3BGCA 5OZ3A 3SKFA 5P8GA 3PLDA 3SA9A 1KJ7A 1E82E 5P05A 3S8IA 5P1NA 1KJFA 1YG9A 3EKWA 4Y4AA 5P60A 5P0LA 5P26A 3GI6A 5E5KA 5P79A 4I0JA 3PBDA 4R92A 1E80E 3SAAA 5P8KA 5P0CA 5P5KA 5AHCA 3GI0A 3VV6A 3L5CA 3OU3A 3L38A 2QI3A 5P1BA 3S43A 4Y4XA 2JYSA 2R3TA 3R2FA 1FQ7A 2AIDA 4RROA 5OYZA 3OOZA 5P0PA 1EPOE 4GB2A 1FF0C 5P68A 1XE5A 4LAPA 4F76A 3UDRA 5P3AA 3VYEA 3PMUA 1ZPAA 3TOGA 4FM8A 3FX5A 4Y36A 3OUDA 3O9HA 3OU1B 3ZKQA 1BDQA 4DJOA 5P06A 4HDBA 2HB3A 2PK6A 3OTYA 2V0ZC 4YD5A 1W5YA 5P5CA 3RU1A 4Y50A 5P2AA 2O4SA 3UHLA 4LXMA 2IS0A 2I4QA 5P4PA 1YM4A 1EBWA 2G24A 2J9JA 5HU1A 5P1SA 1FQ5A 4B1DA 5P6BA 5P2MA 5HU0A 5IVRA 5HCOA 3IVIA 3NU9A 1D4HA 2HIZA 5P7IA 1ZP8A 3QROA 4J1CA 5P5WA 4EP2A 3EMYA 2I4UA 2PK5A 4Y43A 5SZ9A 5P24A 1CMSA 3S56A 3D3TA 3LPJA 1G6LA 4Y5CA 3ZOVA 5OZ6A 4I0DA 1MERA 5P2RA 1XE6A 2WKZA 3D1XA 5P4WA 1BIMA 4Y3MA 2AVQA 5P41A 2APRA 5P35A 2PWCA 5P0NA 3T7XA 5AHBA 3GGUA 1YTJA 3DOXA 1K6CA 3T7PA 5P56A 3A2OA 1A8GA 4LL3A 4ER1E 5P14A 3S53A 2VIJA 5OYVA 2P3DA 2FNSA 5IVQA 3HAUA 1D4YA 4K4PA 4ZSRA 3ZPUA 5KQYA 1MEUA 3ZKXA 3KM4A 1SBGA 2QHZA 2Q15A 5P8EA 5KR8A 2PMAA 3LITA 2P83A 4FIVA 4H3FA 3L5BA 2PH8A 4Y5LA 4LXAA 5P01A 3RSVA 1AJVA 4Y45A 4MC1A 5P1QA 5P48A 2QD8A 1BXQA 4YD7A 4OC6B 5P4MA 3UDKA 5P3KA 5P2CA 3OADA 1EC0A 4Y6MA 5OZEA 5DR7A 2O40A 3VLAA 2QNQA 5P3CA 4CP7A 4DQBA 1HIIA 5HDZA 3CYXA 5APRE 3RSXA 3O9EA 3IXOA 1HTGA 3PCZA 4DQEA 1FQXA 2ZE1A 4DQHA 3EL0A 5OZ7A 3GGXA 2NMYA 5P1YA 5P33A 3QBHA 3S2OA 2Q11A 5OZUA 3ZMGA 1HVKA 3NWXA 1FIVA 3KT2A 1RQ9A 4KB9A 5P1PA 4B72A 3OXVA 1YTHA 2Q64A 3O9GA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 2B7Z A;  5P2V A;  5KQZ A;  1NPA A;  4AMT A;  2Q3K A;  4R5N A;  4QGI A;  4FAE A;  1QS8 A;  1BBS A;  3INH A;  3IAW A;  1HSI A;  5P89 A;  3PBZ A;  5DGW A;  4DQG A;  1TCX A;  5ER1 E;  4BEK A;  1FFF C;  2RKG A;  5P00 A;  4ZSM A;  5P3R A;  5OZ2 A;  2NNK A;  2V16 C;  2ZHU A;  5OZQ A;  5P1R A;  2PC0 A;  5P34 A;  5P4T A;  3T11 A;  4AA9 A;  3IND A;  1T7I A;  3WB4 A;  5P4V A;  5P1V A;  1HXB A;  4Y9W A;  2O4N A;  2IKO A;  4R93 A;  5P0I A;  1DPJ A;  1G35 A;  5P7H A;  5P88 A;  5P4G A;  2XFK A;  4R91 A;  5OZT A;  5P1X A;  4HE9 A;  3I6O A;  5P8O A;  3URL A;  2QNP A;  5P6X A;  4D85 A;  4XKX A;  5P1T A;  2QMG A;  2G69 A;  2WEZ A;  3KDB A;  3ZPT A;  5P3E A;  2FGV A;  1HVI A;  5OYY A;  3K4V C;  5P2O A;  4EJL A;  5P8V A;  5DQ1 A;  2PWR A;  4X2L A;  5OYT A;  5P6P A;  1EBY A;  4RRS A;  3VYF A;  4GJC A;  1IVQ A;  1W51 A;  4QJ9 A;  5OZC A;  4YBF A;  5P12 A;  5P31 A;  5P59 A;  4FSE A;  5P6G A;  3DUY A;  3PHV A;  4F75 A;  5P0U A;  2NXM A;  4HDF A;  4EPJ A;  2O4L A;  3SM2 A;  3WB5 A;  3UDP A;  1MT7 A;  5P5N A;  4Y4J A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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