4DJQA

Crystal structure of wild-type hiv-1 protease in complex with mkp86
Total Genus 18

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
18
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWKRPLVTIRIGGQLKEALLDTGADDTVLEEMNLPGKWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQIPIEICGHKAIGTVLVGPTPVNIIGRNLLTQIGCTLNF

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
S1 (10-15)TVIII1 (5-8)O1 (8-10)S2 (18-24)TIV3 (65-68)S5 (52-66)S7 (84-85)TI1 (25-28)AH1 (87-93)EMPTYS6 (69-77)S3 (32-33)O2 (78-80)TIV4 (80-83)S4 (42-49)Updating...
connected with : NaN
molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
source organism Human immunodeficiency virus 1
publication title Design, synthesis, and biological and structural evaluations of novel HIV-1 protease inhibitors to combat drug resistance.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Pol polyprotein
total genus 18
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2012-02-02

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 4djqA00
1XE6A 5P6SA 3ST5A 4DVFA 5P2QA 3OXXA 2WEBA 5APRE 2RKGA 4QJAA 5P7DA 4Z22A 5P6NA 1E82E 5ENKA 3UDNA 2V10C 4J55A 2AZ8A 5OZMA 4FGXA 3I25A 3GGUA 4GJBA 2FS4A 4HLAA 5P0OA 4Y3XA 4Y5KA 1TW7A 2APRA 4JECA 5P7ZA 1FG6C 2VIEA 3OQKA 5OYSA 2AIDA 5P0NA 4XXSA 5P7PA 4B1DA 2PMAA 5DR0A 2Q5KA 3RVIA 4RVIA 1BXOA 2ZJKA 2QMPA 1FQ4A 4HE9A 3EL5A 4Y3LA 3T7QA 1HTGA 3GGAA 1LYAA 2Q64A 5P66A 5JG1A 4H3GA 3EM6A 1NPVA 5P88A 5P7EA 2H6SA 4KB9A 4Y4UA 3Q5HA 3LNKA 4WY1A 5DR1A 3U6AA 1EAGA 1LYWB 4Y3WA 2NXDA 4R5NA 3TOGA 3K1WA 2PC0A 3UDPA 4L6BA 4YBFA 3OK9A 5KAOA 3PJ6A 5P4UA 4K9HA 2O4KA 4J1IA 1SGUA 3G72A 3ECGA 5P0DA 1D4IA 1AXAA 5P09A 2VKMA 3PMYA 5DPZA 4Q1NA 2XYFA 2G26A 4EJDA 3VF3A 5P5GA 2RKFA 3TPLA 2AZCA 4Y5BA 4B0QA 3ZKQA 2QI7A 2A1EA 4RROA 4Z2ZA 3S2OA 1IZHA 1C6YA 5P6RA 2HB2A 5P3WA 4DJOA 3SFCA 1IIQA 2AOJA 1SIPA 2B8LA 3SA7A 5P4SA 3SM2A 5P69A 3LINA 3I8WA 4RVJA 5P2EA 3KFPA 4EP2A 3IA9A 5P74A 5P5DA 3OAGB 4F75A 2J9JB 3JVWA 3HVPA 5OZJA 1EPRE 1MRWA 5P3KA 5P7YA 1QDMA 1BXQA 5P0VA 5P0ZA 2R3TA 4RYGA 1GVWA 3UQPA 4CMSA 3AIDA 2QZXA 5P6KA 1MPPA 3SA5A 3APRE 4I12A 2VIZA 5JFUA 1LYWA 1ZTZA 4FAFA 3UFLA 1TSQA 3EKTA 3VF5A 2QD7A 2OHTA 2QNQA 1GNOA 5P4NA 2QZKA 3UHLA 5P6LA 5P7JA 4CPXA 5P6PA 5P5WA 4GJ9A 1A30A 2R38A 5OZNA 4Q1WA 5P5CA 5C9FA 1BV9A 4OBHA 5OYRA 1LYBB 3PVKA 3FNSA 5P2WA 3DK1A 3R1GB 3KA2A 3NDTA 2QK5A 5P4EA 2PWCA 3PWMA 5P2BA 4GB2A 4GMIA 3ZOVA 1D4SA 5OZXA 3A2OA 3ZPUA 1K6TA 4AMTA 5P0MA 1E80E 5OZ6A 1EPNE 1M4HA 3K4VA 3QPJA 5BWYA 1BILA 3OAGA 5P8IA 2HB3A 3NU6A 5P5XA 5SY2A 2J9JA 5P2UA 5P8FA 1HVIA 1XN3A 2NXLA 5P3CA 3TTPA 1UH8A 4YHQA 5P2OA 5P1SA 3L58A 3OQDA 5P5HA 5I3YA 2FLEA 5CLMA 4J0TA 3IVHA 3EM3A 4Y5NA 5P4XA 5P0TA 3L59A 4OBGA 1D4HA 3SO9A 3UDJA 4HEGA 4Y3EA 5P25A 4U7QA 4OBKA 3NUJA 3GI5A 4YD6A 1JLDA 5P7KA 1WBMA 4Y4ZA 5P5KA 5P26A 1LZQA 2WF2A 3Q6YA 4BFBA 1HTEA 3ER3E 3RSXA 1IDAA 1E5OE 5P6ZA 3UDQA 5P3UA 5P72A 5P04A 5HDXA 1GVUA 4HDBA 2QNNA 3KFRA 2ZJLA 4DJYA 2QU2A 3BXSA 4H3IA 5P6QA 5P5UA 4DUSA 1LYBA 4I11A 5OZ3A 5P8MA 2QU3A 1BDQA 2VA6A 5P27A 3KT2A 3K4VC 2H6TA 1M0BA 4ZPGA 5KQYA 1YX9A 5P8SA 1FKNA 5P4PA 4E43A 4RRNA 5P6XA 4J1HA 3PLLA 1FQ8A 4I10A 5P0UA 2ZJMA 2AQUA 4Y4DA 1DW6C 4EWOA 3OGPA 2HPEA 2B42A 5P06A 3VV7A 5P11A 1ODXA 3BC4A 4DJUA 5P0XA 4X7IA 4PHVA 4FM7A 2Q54A 4WY6A 3INDA 4Y50A 1FQXA 5PEPA 4OBZB 2Q11A 4D88A 3KYRA 3EKYA 1EEDP 5P5NA 3SKGA 4DJPA 4NPTA 2AODA 2ZHTA 4L7JA 5HDUA 3CKPA 4FRIA 2QHZA 4RYCA 5P16A 3OTYA 4ACUA 5KQZA 3MXEA 3PI0A 2V13A 5OZ4A 3WZ6A 1K6CA 2XYEA 2ANLA 2SAMA 4Y4GA 1YTIA 3PRSA 3S56A 2OAHA 1EPPE 5P17A 5P1LA 3FKTA 3D20A 4Y5MA 4AA9A 1GNNA 1EPOE 3GW5A 5KOSA 5P63A 3OHFA 1VIKA 3EKVA 5P4QA 2AVQA 3O99A 3ZMGA 4AA8A 4B77A 4IVSA 2QI6A 2F80A 3SLZA 4Y9WA 5P38A 3APPA 4Y3FA 4NKKA 1QS8A 1DP5A 5P1VA 2AOEA 5KR0A 3GI6A 1ME6A 3NLSA 2VA7A 1LV1A 5P7AA 5IE1A 3S7LA 5OYXA 3KMXA 5P7CA 3OY4A 3D1ZA 4YD5A 2B7ZA 5P6EA 4FM6A 5P5OA 5EZXA 3ZKNA 1G0VA 4RLDA 5P5LA 1MT7A 5KR1A 2WF1A 1TQFA 4EPJA 4Y54A 4RRSA 4YD4A 1EBZA 2PH6A 3QBHA 4OBZA 3CKRA 1A9MA 5P0IA 4I0EA 1SDUA 2FMBA 2G20A 5P2AA 1IZEA 3IXJA 3F9QA 5P4BA 3G70A 3ZKMA 1PPKE 4DQHA 3GGVA 4Y5EA 4EQJA 1FIVA 3CYXA 4YD7A 1WKRA 1HIHA 1VIJA 2NNKA 1AM5A 3UQRA 3IAWA 3LIYA 5OZGA 1DPJA 5P0YA 5OZDA 3UCBA 4LHHA 5P6BA 5P00A 4L7HA 5SZ9A 2OHMA 5P2SA 1HSGA 4I0IA 5P78A 4EJLA 3NR6A 4COEA 2R5PA 2BQVA 3BXRA 2VIJA 3D1XA 3PWWA 2AOGA 3L5EA 1PSNA 3SQFA 3VYFA 3DOXA 4Y5LA 3O9LB 2ZE1A 3QROA 3K5DA 1HHPA 3FNUA 5P3EA 1BWBA 1A94A 3OUCA 1HPVA 1B11A 5OZRA 5P5YA 3IVIA 5P3AA 5P83A 2G27A 2QAKA 5BRYA 1HTRB 4Y48A 4Y5CA 2FDPA 5P8QA 1A8GA 4J0VA 3PCWA 2B60A 4Y3ZA 3BRAA 6FIVA 1GVXA 1W5VA 5P0SA 3HLOA 5OZ8A 3KDBA 3ZKXA 2Q63A 2VIYA 3NWQA 3NDUA 3GI0A 2PK5A 2BPZA 1KZKA 3EL1A 3Q70A 5OZPA 5I3XA 3QS1A 2G1OA 4JOOA 4ZSMA 2UY0A 4Z50A 5P47A 5OZAA 1SMRA 3EKQA 4I0GA 4FCOA 5EZZA 4R8YA 1EBYA 3QAAA 2QMDA 5KOQA 2ER9E 4ZLSA 5P05A 3UQUA 1LF3A 4YOAA 2HB4A 1FQ7A 4GJ8A 2OHPA 4B1CA 3O9LA 3ER5E 2R9BA 3L5DA 4K4QA 3QBFA 5P89A 5P4VA 4PZWA 3CICA 1MTRA 2Z54A 3KT5A 5P2TA 5KQFA 4LXKA 4YCYA 5P42A 3KDCA 2AVVA 1IZDA 1CZIE 3SKFA 2PYMA 5P2MA 2I4DA 3BGCA 5OZFA 3SA9A 5JODA 2RMPA 3OQ7A 4Y53A 5P5MA 4Y3PA 4YCKA 3WSJA 2JXRA 2R43A 1J71A 3B80A 5F01A 3LIQA 5P5AA 5P1QA 1EBWA 3RU1A 1BIMA 3K5CA 3HDKA 3ZKSA 3SACA 2QP8A 2FXDA 5IVQA 4FRSA 4J0YA 5P6TA 2AVMA 1CMSA 2WF0A 1MSMA 4PPHA 3HAUA 5HE7A 5P6GA 1C6ZA 2WEZA 2PH8A 3PSUA 1HXBA 3QIHA 2WL0A 2IL2A 2BPYA 4Y3NA 2O4PA 2VJ6A 5P7SA 3ZLQA 5OZEA 3HBOA 3SA4A 5OZLA 3T6IA 3O9FA 5P0FA 3VLAA 1B6MA 5P4RA 2ER6E 3TPPA 5P6UA 1HBVA 1DAZC 4K4RA 2IQGA 3L5CA 3DV1A 4Y5GA 3EL4A 5P2NA 3R4BA 5P3QA 5P80A 1W5WA 2V00A 2I4UA 3QP0A 4FRKA 4DQBA 3NXNA 1HVCA 1HIIA 4HA5A 2G1RA 5P8VA 2OHLA 3PBZA 1BDRA 4B78A 4U8WA 1NSOA 2QD6A 4FS4A 2BPXA 3OWNA 5P48A 5P4AA 5P75A 3N3IA 3PM4A 2QHCA 5P3NA 5P33A 3QVIA 5P4LA 5P3SA 2IEOA 3I6OA 5OZCA 1LF2A 4DQGA 1MESA 3HD8A 1DIFA 1NPAA 3LIXA 1FFIC 5P3PA 5P4HA 5P4OA 3S45A 2AZBA 5P2CA 2UPJA 4YDFA 5P41A 3GGXA 5AGZA 5P6IA 5P82A 5P6VA 5P1MA 3L3AA 5P02A 3O9GA 1ENTE 5P0KA 1MT8A 5P12A 1DMPA 2F3FA 1EBKC 5P34A 2JJJA 5DQ5A 5P87A 5P59A 4QJ6A 5P56A 5P7FA 4DJWA 3RTHA 4Y4TA 5DR7A 4EP3A 2BB9A 4J0PA 5OZUA 3FSMA 2O4NA 3EMYA 1LF4A 4GZFA 3L38A 4OBFA 5P3JA 1MT9A 1T7JA 5P8UA 4Q5MA 5DQ4A 5HCTA 1MEUA 2IS0A 5P7BA 5P5QA 2QZWA 3LZUA 4CPWA 2NR6A 3VV6A 1ZJ7A 5P07A 3MWSA 5P3IA 3BUHA 3PWRA 3NDXA 5P0QA 3CIBA 3TPRA 5IVSA 3D1YA 1UPJA 4TRYA 5OZIA 1OEXA 4HZTA 1B6LA 4HVPA 2PSVA 3OXCA 4GJ5A 5OZTA 5P8HA 5P2YA 1RQ9A 3WB5A 4J1KA 1XL5A 3N4LA 2BKTA 4D83A 1KJGA 1ZP8A 2HIZA 1T7IA 4FSEA 2QD8A 3O9BA 1HPSA 1APVE 1YM2A 2UXZA 3KDDA 4WTUA 5P1WA 2QCIA 4A4QA 4YCTA 1HVRA 2ZGAA 2I4QA 4Y56A 3PLDA 4RZ1A 2OHNA 3OOZA 5P6WA 5P35A 4J1FA 5P7LA 5P55A 4Y5PA 4RVXA 5P8RA 1BV7A 1IVPA 2CENA 1APWE 3VSXA 4MC1A 3OXVA 4AUCA 2OHKA 4IVTA 5P1GA 4NJVA 3S7MA 1EPQE 4S1GA 5DR4A 5P2IA 2WECA 5P76A 4FM8A 2VJ9A 2PQZA 3O9EA 3NSHA 3PBDA 1AJXA 4Y3GA 1NPWA 4FRJA 4X2LA 5OZ2A 5AH8A 1OD1A 1HIVA 1OEWA 2Z4OA 5P73A 5IVRA 1D4KA 5P5FA 1K6PA 5OZ9A 2V0ZC 5OYYA 2HPFA 2ZDZA 2NMZA 2R5QA 3T7PA 5IS4A 3EKXA 3EBZA 2OF0A 3KMYA 2P3CA 1FQ5A 1FMUA 2F3KA 3O9HA 1HXWA 5P23A 3VF7A 2BKSA 3Q4BA 1HVLA 2ZJJA 1IZIA 5P62A 5P50A 1LEEA 1SMEA 2IGYA 2XFKA 5P65A 4GIDA 5P3HA 2OHUA 5P19A 5P6JA 1PPLE 4YD3A 3PGIA 1W5YA 3DUYA 4QGIA 5P28A 5P0RA 4D89A 3GI4A 1META 1XN2A 4ZPFA 1PROA 5HE4A 4I8WA 3IN4A 5AH7A 2V12C 5P6MA 5P5PA 5P8KA 1W6HA 1T6GA 2G22A 4YE3A 5HD0A 5OZWA 3IXKA 4Y3HA 2NMYA 1FGCC 3HZCA 3M9FA 1GKTA 3G6ZA 4QJ9A 2QI1A 2NTRA 4DQFA 5P81A 2F3EA 5OYTA 3RTMA 5P1EA 3HAWA 5C9DA 2BBBA 5OZBA 1TCWA 4I0HA 2CEJA 5OZOA 5KR2A 2FNSA 4BELA 4B00A 5P1JA 3OU3A 1SDVA 3NDWA 1FLHA 1QBSA 4K8SA 5P46A 3UTLA 4DPIA 5COKA 5P3FA 3FV3A 3LHGA 3EC0A 3IN3A 3URIA 3CYWA 3TOFA 4MC6A 1ZLFA 1MTBA 2R8NA 1F7AA 3NWXA 5P8OA 3OQFA 2ZHVA 4FL8A 4Y5AA 4JPEA 4DQCA 4Y3YA 1Z1HA 3QN8A 1FFFC 1XDHA 2OHSA 3C9XA 2AOFA 4ZSPA 5P7MA 4Y4EA 3ZPSA 4RCFA 4CPRA 1HEGE 2ZJIA 4CKUA 2QMFA 4KE0A 1SDTA 5OYZA 3VG1A 5P0BA 4MC2A 5P0HA 5P32A 5AH9A 3TNEA 2I4WA 2VS2A 2AOHA 4OD9B 1Z1RA 4RCEA 5P6DA 5P7QA 3LIZA 5P77A 5P1TA 1XL2A 5P15A 5P6FA 3UF3A 2G24A 1HPOA 4CP7A 3I7EA 3UQXA 2BJUA 4NJSA 5P1HA 2OHQA 5UPJA 3UDRA 4TVHA 5P3DA 3ZPTA 3KN0A 4DJXA 1K6VA 2P3AA 5P1UA 4PYVA 4JPCA 2IDWA 3K5FA 5P5VA 1BVEA 5P0GA 1OHRA 5P20A 4L7GA 1F34A 2I4XA 3VFAA 1ZPKA 3S8IA 3L5FA 3INEA 4M8XA 5P0LA 5ENMA 5KQXA 2ASIA 2NNPA 3WZ7A 2AOIA 2J9KA 3VYDA 2ZHRA 5P1RA 1TCXA 5P4CA 2AOCA 3UFNA 2PYNA 3LPJA 2O4LA 2ZHUA 1YM4A 2ER7E 4Y3SA 3FNTA 4Y35A 4ZEAA 2PK6A 5P0WA 5P7OA 5P40A 1HSIA 5P2XA 1IVQA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1XE6 A;  5P6S A;  3ST5 A;  4DVF A;  5P2Q A;  3OXX A;  2WEB A;  5APR E;  2RKG A;  4QJA A;  5P7D A;  4Z22 A;  5P6N A;  1E82 E;  5ENK A;  3UDN A;  2V10 C;  4J55 A;  2AZ8 A;  5OZM A;  4FGX A;  3I25 A;  3GGU A;  4GJB A;  2FS4 A;  4HLA A;  5P0O A;  4Y3X A;  4Y5K A;  1TW7 A;  2APR A;  4JEC A;  5P7Z A;  1FG6 C;  2VIE A;  3OQK A;  5OYS A;  2AID A;  5P0N A;  4XXS A;  5P7P A;  4B1D A;  2PMA A;  5DR0 A;  2Q5K A;  3RVI A;  4RVI A;  1BXO A;  2ZJK A;  2QMP A;  1FQ4 A;  4HE9 A;  3EL5 A;  4Y3L A;  3T7Q A;  1HTG A;  3GGA A;  1LYA A;  2Q64 A;  5P66 A;  5JG1 A;  4H3G A;  3EM6 A;  1NPV A;  5P88 A;  5P7E A;  2H6S A;  4KB9 A;  4Y4U A;  3Q5H A;  3LNK A;  4WY1 A;  5DR1 A;  3U6A A;  1EAG A;  1LYW B;  4Y3W A;  2NXD A;  4R5N A;  3TOG A;  3K1W A;  2PC0 A;  3UDP A;  4L6B A;  4YBF A;  3OK9 A;  5KAO A;  3PJ6 A;  5P4U A;  4K9H A;  2O4K A;  4J1I A;  1SGU A;  3G72 A;  3ECG A;  5P0D A;  1D4I A;  1AXA A;  5P09 A;  2VKM A;  3PMY A;  5DPZ A;  4Q1N A;  2XYF A;  2G26 A;  4EJD A;  3VF3 A;  5P5G A;  2RKF A;  3TPL A;  2AZC A;  4Y5B A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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