4DJXA

Structure of bace bound to 5-(3-(5-chloropyridin-3-yl)phenyl)-5-cyclopropyl-2-imino-3-methylimidazolidin-4-one
Total Genus 104

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
104
sequence length
390
structure length
390
Chain Sequence
GSFVEMVDNLRGKSGQGYYVEMTVGSPPQTLNILVDTGSSNFAVGAAPHPFLHRYYQRQLSSTYRDLRKGVYVPYTQGKWEGELGTDLVSIPHGPNVTVRANIAAITESDKFFINGSNWEGILGLAYAEIARPDDSLEPFFDSLVKQTHVPNLFSLQLCGAGFPLNQSEVLASVGGSMIIGGIDHSLYTGSLWYTPIRREWYYEVIIVRVEINGQDLKMDCKEYNYDKSIVDSGTTNLRLPKKVFEAAVKSIKAASSTEKFPDGFWLGEQLVCWQAGTTPWNIFPVISLYLMGEVTNQSFRITILPQQYLRPVEDVATSQDDCYKFAISQSSTGTVMGAVIMEGFYVVFDRARKRIGFAVSACHVHDEFRTAAVEGPFVTLDMEDCGYNI
Loading diagram...

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
Updating...
connected with : NaN
molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
source organism Homo sapiens
publication title Structure based design of iminohydantoin BACE1 inhibitors: Identification of an orally available, centrally active BACE1 inhibitor.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Beta-secretase 1
total genus 104
structure length 390
sequence length 390
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.4.23.46: Memapsin 2.
pdb deposition date 2012-02-02

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 4djxA01
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 4djxA02
4Y48A 5DQ2A 2P8HA 1AIDA 5F00A 1EC2A 4Y6MA 5DR1A 5P3VA 1BILA 5P11A 3NU4A 4Y3AA 5P6ZA 1T3RA 3A2OA 1EPQE 4LP9A 2A1EA 4Q1NA 4R95A 5P64A 3BC4A 5P1WA 5P70A 4RRSA 3UF3A 5F01A 4GJ5A 2HS1A 3TLHA 2QI7A 5P66A 2HAHA 5IE1A 3LPIA 3QI1A 1EPOE 2O4KA 2FLEA 1RPIA 2FMBA 3PJ6A 3S8IA 3OY4A 7UPJA 2PC0A 3MSLA 3DM6A 3HAUA 3KN0A 4FS4A 5UPJA 3INHA 2HC0A 5P8TA 3TNEA 4EP3A 2IDWA 2PMAA 5P43A 5OZCA 2NNPA 3L5FA 5HTZA 5P4XA 5OZBA 3B80A 4DVFA 5P41A 3HAWA 1XS7D 4Y3YA 4FRIA 4J54A 2WF0A 4DJRA 3SFCA 2AVQA 3EXOA 2IL2A 2I4WA 3SA3A 4APRE 1BBSA 5P0QA 3O9AA 5P6GA 2BB9A 1HSGA 5P5FA 3IXJA 2V12C 5IVQA 1QBUA 2IRZA 3TPJA 3AIDA 1HIVA 4MC2A 1OEXA 5P7QA 4Q5MA 3NXNA 5P81A 2AOFA 2I4VA 3CICA 5P6OA 1HVRA 1UPJA 1EC0A 3IXOA 2QP8A 5OZNA 1YTHA 4DPIA 3OOZA 3JVYA 5ENKA 3I7EA 2NNKA 4HZTA 1NPVA 5COPA 5P80A 2VIEA 5BS4A 3QS1A 3SKGA 5OYTA 1G2KA 1M43A 5P86A 1SMRA 3RVIA 3RTNA 3UDKA 1LYBA 4B1CA 2AVMA 3O9FA 4J1CA 2G1NA 3VCMA 3KMYA 2IGYA 3L5EA 5P0XA 3PM4A 5P76A 4EJDA 5P7GA 3D1XA 4ZPEA 3IVIA 2OAHA 3VLBA 3VV8A 3APPA 4Y4JA 4D88A 1FMXA 5P00A 1WKRA 3ZKXA 1D4YA 5ER1E 3OGPA 1PPKE 1TSUA 3PLLA 2I4UA 3IN3A 4YBIA 4DQBA 5P2CA 5AHBA 1DPJA 3S54A 1APVE 2ZHVA 5ER2E 5P07A 4Y44A 5P8AA 5P1DA 5P65A 5P53A 4F74A 2F8GA 5P1QA 5P5ZA 2VA6A 3ZPUA 4LBTA 4RVIA 4XXSA 4B00A 5P62A 3OU1A 5OZ0A 4COEA 5P5AA 3NYGA 5AH7A 3Q5HA 3S7LA 5P6TA 3OQFA 1MEUA 1XN2A 3LPJA 1C6YA 5P4EA 4YOBA 2I4XA 4Y3SA 5P5SA 2R43A 3QN8A 4Y3QA 1XN3A 4TRWA 4WTUA 5AHAA 4R8YA 5DQCA 1MVPA 3S45A 4D8CA 4X7IA 2HB2A 1DAZC 5P1KA 4PHVA 5OYWA 5P2JA 5P2OA 5P4VA 5SY2A 5P17A 5IVRA 2ER9E 4JECA 4J1EA 2QHYA 5OZYA 1EPLE 1FIVA 3EKPA 2H6TA 3MSJA 1FQ6A 1YX9A 5P8PA 5P12A 4RYCA 5P84A 3ST5A 1A8GA 3O9CA 4OBJA 2OHKA 5OZIA 4GJ8A 2WECA 5P3HA 3TPLA 2ZJJA 1BXOA 4B77A 5OZJA 3IXKA 5P0YA 3K5GA 5P1HA 5P7FA 4Z4XA 2OHPA 5P5DA 1ME6A 5P63A 4EYRA 1BVGA 4J1IA 3T3CA 4I0FA 3PB5A 5KR1A 3UQXA 2AOEA 1BWBA 1B6JA 1TW7A 4HLAA 3T7PA 1B6MA 3OU1B 5E5KA 5OZEA 3TKWA 2NXMA 1EBZA 2OHRA 1FQ8A 5P0PA 1E81E 4UPJA 2B8VA 3TL9A 4YD5A 5I3VA 3S43B 5P88A 4I8ZA 5P01A 2FGVA 3LZUA 5P1CA 1TCWA 4OBHA 5OZTA 1HPSA 4Y5EA 3PSYA 3OU4B 4PEPA 4EP2A 3N4LA 2F81A 5P2FA 4QJ7A 3T7XA 3LZVA 2ZGAA 4I0IA 5P4HA 1AJXA 1MUIA 1WBKA 4XKXA 3DCKA 1YG9A 3NR6A 4AZYA 4Y39A 1LYAA 5HDXA 1SDVA 5P7XA 1K6TA 4LAPA 3NXEA 4LHHA 2VA7A 5P51A 4ZE6A 1PPME 5P5TA 2AOGA 3UDQA 5P28A 4NJVA 5P68A 3NWXA 3VYFA 3KFRA 3SO9A 3GI6A 2WEZA 5P78A 4DPFA 2ER0E 4DI2A 3QP0A 2H6SA 3FX5A 3BUHA 4Y57A 3SACA 1WBMA 2ZHTA 4GMIA 3CIBA 5P4JA 3PCZA 2ZJKA 2QU3A 3OTSA 4RCFA 2JXRA 3HDKA 5JODA 1ZSFA 2Q11A 2WF4A 1W50A 4RRNA 3OUDB 3TPRA 3LPKA 3ZLQA 4YCYA 4CPSA 4Y36A 2PK6A 5KQFA 3RSVA 3D3TA 5P4BA 4YD6A 2AOHA 2QMPA 2QNNA 5HU1A 5P8UA 4MC1A 2NXDA 3TOFA 3VYDA 3DJKA 4Y41A 5P3KA 1MSMA 4Y3LA 3OADA 4D89A 3PGIA 5P5QA 4LC7A 3VFAA 5P7CA 3KYRA 2XFIA 4CPQA 2QMFA 5P8NA 1SGZA 3K4VA 5P03A 1HSHA 1B5FA 3LITA 1HTFA 3EC0A 5P2VA 3T7QA 2G1RA 4Y5LA 2R38A 4Y3RA 1FFIC 2Q3KA 3G6ZA 3HVPA 5P2KA 4A4QA 2I4DA 4Y54A 3K5CA 4B1DA 2QCIA 5P3YA 4JOOA 4YBFA 3DUYA 2QZKA 3OXWA 3HZCA 1XDHA 5OZQA 3CKRA 4NJSA 5P6AA 1KJ4A 5P1OA 1FMUA 3EM4A 4Y45A 4RVXA 4Y5NA 1A8KA 2UXZA 5P8RA 4FM7A 1TSQA 1E5OE 3URJA 2PQZA 2PYNA 5BWYA 2WF1A 5P6FA 5P2MA 4R92A 1BV7A 3ZOVA 5HE7A 4NKKA 4I1CA 2ANLA 3EL1A 1C70A 3INEA 4Y3JA 4ZLSA 5P10A 4Y3DA 3OADB 2IENA 3CKTA 5P4MA 2I0DA 4BFDA 2OHMA 2O4SA 5P6QA 4Y4XA 5OYZA 1NH0A 3N3IA 5ENMA 1B5FB 4H3IA 1RNEA 4A6CA 5P3TA 1NPWA 4OC6A 2FDEA 4Y58A 5P3NA 4R93A 1UH7A 5P2GA 5P87A 1SDUA 2UPJA 5P4DA 5P69A 1GNOA 3BUGA 5OZGA 1QDMA 3O9DA 2B60A 1AXAA 1MTRA 3INFA 2CEMA 5P2EA 2ZHUA 5KR2A 3OQ7A 3ZMGA 4AUCA 3QRMA 3FSMA 2ER7E 4Y38A 2PYMA 1DW6C 2G22A 3T6IA 1W5XA 3NDTA 1W5VA 5HDZA 5P4FA 4FAEA 4Y5BA 1T7IA 5OZMA 5I3XA 3O99A 1RQ9A 3UDJA 4FRJA 3QIHA 3L38A 2BQVA 4F75A 4GJ6A 5P40A 2AZ9A 4MC9A 4EJLA 5P38A 1AJVA 5P2DA 5P8DA 5P5LA 1XE5A 4OBGA 2G1YA 1LF2A 4KUPA 5C9BA 3U7SA 5P52A 3BHEA 4YCKA 5P4PA 3UCBA 5FIVA 3DV1A 5P5RA 2Q54A 2VJ6A 1IZIA 5OYYA 1HWRA 1FQ7A 3OGQA 3QBHA 3UQUA 5P8GA 4EXGA 4QJ8A 2G21A 3H5BA 2ZJLA 2PSGA 5OZRA 5P2HA 2Q5KA 4EPJA 1Z1HA 3WSJA 5P2IA 5P1ZA 3NDUA 3FV3A 5P1YA 5OZKA 4DFGA 4OC6B 1MT8A 2QAKA 5P8BA 4JPCA 4OBZB 4CPRA 3U6AA 3VG1A 5P4TA 2NXLA 1TZSA 4CP7A 1GVXA 5OZ2A 3TPPA 5P4NA 4I11A 1B6LA 4GB2A 5BRYA 2B7ZA 4FSLA 4RLDA 3GGXA 2G69A 5P0BA 3SA9A 1IZHA 5P7KA 3ZKQA 3EBZA 3NDWA 5DR7A 4DJUA 5P3JA 3BVBA 5HCOA 5P7DA 1W5WA 5JG1A 5P73A 1DIFA 4DQCA 4L7GA 2G1SA 4GYEA 5P0JA 4QJ2A 3IGBA 5COKA 3EL5A 4Y9WA 3NWQA 2HPEA 4NJTA 5P7UA 5P1NA 4K8SA 1D4IA 4B70A 2BPYA 2F80A 3D20A 4Y5KA 2WEDA 5T4SA 5HD0A 3JW2A 1MIQA 5OZOA 5P2NA 3L5BA 3RTHA 3LIQA 3OWNA 3FKTA 3ZKSA 3SA5A 1EC3A 5P57A 1EBWA 1JLDA 4J17A 3QROA 1YM4A 3GGVA 5P14A 1T7JA 5C9DA 4WY6A 4H3FA 2HB3A 3NU9A 6FIVA 2FXDA 4ZSQA 5P8SA 4EQJA 5P2AA 3QVIA 4FGXA 5OZ8A 3LHGA 1CPIA 3GI5A 4CPTA 4BFBA 4Y5PA 5DGUA 1G6LA 4ZSRA 5OYXA 1BIMA 2B42A 2BPVA 5PEPA 5P0OA 3QAAA 5P56A 1XE6A 4QJ6A 2V0ZC 3WZ6A 5P82A 4Y4ZA 2BKTA 5P39A 3AUPA 5P7JA 2ZDZA 1LF4A 2CENA 8HVPA 2AVVA 2QK5A 1BDQA 3UDRA 5P8VA 4DUSA 4YE3A 3L5DA 4EJKA 5P1IA 4J1KA 2FDDA 2A4FA 3EL0A 5P7NA 3EKYA 4K4RA 4PPHA 2P83A 4J0YA 3BUFA 5DQ4A 1LYWB 5P2SA 1Q9PA 3VV7A 5HE4A 2O4NA 4ZIPA 4LL3A 2G94A 3NUOA 5P60A 2FNSA 5HE5A 3KFSA 5P16A 4Y3HA 5P6MA 4B78A 4I0JA 3ZKIA 4Z2ZA 5P4LA 5P0NA 1HIHA 2O4LA 1APUE 3O9LB 3G70A 3S43A 4FM8A 5CLMA 4CMSA 3Q3TA 1ER8E 4GJ7A 1RL8A 3PEPA 4EXHA 4Y51A 2V00A 3NSHA 5OYVA 4GJAA 5OZLA 4XX4A 3OU4A 5P3IA 4Y4EA 2RKFA 4H3JA 2G27A 5P1BA 1HTRB 2PWCA 3LNKA 2SAMA 2OHLA 5P23A 1D4LA 5P3GA 4ZPFA 5P2UA 1Z8CA 5P1VA 4Q1XA 1ZSRA 2ZE1A 2JYSA 2PSUA 2AZ8A 1HXWA 2IQGA 1QBRA 3BRAA 1ZLFA 3MXDA 4R5NA 5P6VA 3UFNA 2WEAA 3PI5A 5P7WA 4WY1A 3B7VA 4TRZA 3SKFA 5P6WA 4FRKA 4KE1A 1HEFE 2R3TA 3KMXA 3K5FA 1UH8A 5OZFA 4HDBA 5P50A 1FQXA 2G24A 1FKNA 1LV1A 2VS2A 4Y37A 2Q55A 3OHFA 5P18A 3EKWA 1J71A 3GI4A 3NLSA 1SDTA 5P3ZA 2FS4A 1BDLA 4YD7A 5C9FA 4TRYA 4CPUA 4BEKA 2PSVA 3I25A 3LINA 4Y3XA 1PFZA 7HVPA 2RSPA 2O4PA 3CKPA 2QNQA 5P0SA 3OUDA 4YA8A 1MPPA 2AOCA 1KJFA 3PWRA 4APEA 5P3OA 1C6XA 1FG8C 5P0GA 3S2OA 3KA2A 3K4VC 5P5CA 5P2RA 1E80E 2QI3A 4D85A 4DJXA 5P4UA 4GIDA 1QRPE 5OZ4A 1ENTE 3BGCA 3G72A 5P08A 5P54A 4MC6A 2IS0A 3PSUA 4J1HA 4ACXA 4RYGA 1HVKA 2QHZA 4RGHA 5P0TA 3UDHA 3TH9A 2R5QA 2HM1A 1BV9A 2AVOA 5P7RA 5P0EA 5DQ5A 1HHPA 5OZ7A 4YHQA 1HVLA 1PSAA 2AVSA 2HB4A 2Q15A 3PWMA 2AZBA 2QMGA 3GGAA 5OZZA 5P3CA 5P3EA 4DJQA 3EMYA 3EKXA 3L5CA 1IIQA 1W5YA 5P1SA 4HE9A 4OBDA 5P6LA 5P3FA 5KR8A 5P1UA 1U8GA 5P0CA 5TOLA 3RTMA 1IBQA 4ER4E 4Y3WA 5P58A 5P4SA 3KM4A 4Y50A 2VNNA 5P0MA 4DV9A 5P04A 1K1UA 4I10A 1G35A 2VIYA 1HPXA 5P25A 5P36A 5P09A 2JE4A 2ASIA 1GNNA 1OD1A 2R8NA 3JVWA 4GJBA 1EEDP 2OHTA 5P3XA 4R91A 3WB4A 3HVGA 2VIJA 1LEEA 2R5PA 1FMBA 5P8CA 5P7VA 5P15A 3EKVA 4YD3A 5P26A 1KJGA 4Y3FA 1B6PA 2APRA 3PMYA 5P2WA 5P3LA 5HDUA 5EZXA 5OZDA 5P6CA 1SIVA 1FGCC 2B7FA 2ZYEA 3MSKA 2I0AA 4LXAA 5P6UA 1BXQA 2QHCA 1PSNA 3NUJA 1K2BA 2UY0A 5P7EA 5P05A 3TOGA 1QBTA 5P37A 4AA9A 3SM2A 1CZIE 3HD8A 5P7OA 2WF2A 3I2LA 1YM2A 3ZL7A 5P5PA 3VEUA 4D83A 4Y4DA 3ER5E 4YCTA 2NMZA 5OYUA 2V10C 5P5YA 2HPFA 5P46A 1HXBA 3I8WA 1IVPA 2IKOA 3CYWA 4EHCA 4DJVA 1OHRA 5OYSA 2HS2A 1XL2A 3DCRA 3VYEA 3VV6A 5P7LA 5P4YA 3IVHA 4KE0A 2J9KA 2Q64A 3EKQA 2PWRA 4ZEAA 4OBKA 4DQFA 5P22A 4IVTA 4B05A 1YTGA 2XFKA 4YDGA 5P5XA 3SA7A 5P3RA 3BXSA 1AZ5A 4N00A 4HDPA 4I0GA 3S85A 1GVUA 1EPNE 5P1EA 1CMSA 3FIVA 3O9IA 5P0KA 1PPLE 4L1AB 3UTLA 4FE6A 5P1PA 5P2BA 1MRXA 4DJYA 1W51A 4Y43A 2FDPA 4J1FA 4B0QA 2AQUA 3UDMA 3EM3A 3FNSA 5P1RA 5DPZA 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chains in the Genus database with same CATH topology
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 4Y48 A;  5DQ2 A;  2P8H A;  1AID A;  5F00 A;  1EC2 A;  4Y6M A;  5DR1 A;  5P3V A;  1BIL A;  5P11 A;  3NU4 A;  4Y3A A;  5P6Z A;  1T3R A;  3A2O A;  1EPQ E;  4LP9 A;  2A1E A;  4Q1N A;  4R95 A;  5P64 A;  3BC4 A;  5P1W A;  5P70 A;  4RRS A;  3UF3 A;  5F01 A;  4GJ5 A;  2HS1 A;  3TLH A;  2QI7 A;  5P66 A;  2HAH A;  5IE1 A;  3LPI A;  3QI1 A;  1EPO E;  2O4K A;  2FLE A;  1RPI A;  2FMB A;  3PJ6 A;  3S8I A;  3OY4 A;  7UPJ A;  2PC0 A;  3MSL A;  3DM6 A;  3HAU A;  3KN0 A;  4FS4 A;  5UPJ A;  3INH A;  2HC0 A;  5P8T A;  3TNE A;  4EP3 A;  2IDW A;  2PMA A;  5P43 A;  5OZC A;  2NNP A;  3L5F A;  5HTZ A;  5P4X A;  5OZB A;  3B80 A;  4DVF A;  5P41 A;  3HAW A;  1XS7 D;  4Y3Y A;  4FRI A;  4J54 A;  2WF0 A;  4DJR A;  3SFC A;  2AVQ A;  3EXO A;  2IL2 A;  2I4W A;  3SA3 A;  4APR E;  1BBS A;  5P0Q A;  3O9A A;  5P6G A;  2BB9 A;  1HSG A;  5P5F A;  3IXJ A;  2V12 C;  5IVQ A;  1QBU A;  2IRZ A;  3TPJ A;  3AID A;  1HIV A;  4MC2 A;  1OEX A;  5P7Q A;  4Q5M A;  3NXN A;  5P81 A;  2AOF A;  2I4V A;  3CIC A;  5P6O A;  1HVR A;  1UPJ A;  1EC0 A;  3IXO A;  2QP8 A;  5OZN A;  1YTH A;  4DPI A;  3OOZ A;  3JVY A;  5ENK A;  3I7E A;  2NNK A;  4HZT A;  1NPV A;  5COP A;  5P80 A;  2VIE A;  5BS4 A;  3QS1 A;  3SKG A;  5OYT A;  1G2K A;  1M43 A;  5P86 A;  1SMR A;  3RVI A;  3RTN A;  3UDK A;  1LYB A;  4B1C A;  2AVM A;  3O9F A;  4J1C A;  2G1N A;  3VCM A;  3KMY A;  2IGY A;  3L5E A;  5P0X A;  3PM4 A;  5P76 A;  4EJD A;  5P7G A;  3D1X A;  4ZPE A;  3IVI A;  2OAH A;  3VLB A;  3VV8 A;  3APP A;  4Y4J A;  4D88 A;  1FMX A;  5P00 A;  1WKR A;  3ZKX A;  1D4Y A;  5ER1 E;  3OGP A;  1PPK E;  1TSU A;  3PLL A;  2I4U A;  3IN3 A;  4YBI A;  4DQB A;  5P2C A;  5AHB A;  1DPJ A;  3S54 A;  1APV E;  2ZHV A;  5ER2 E;  5P07 A;  4Y44 A;  5P8A A;  5P1D A;  5P65 A;  5P53 A;  4F74 A;  2F8G A;  5P1Q A;  5P5Z A;  2VA6 A;  3ZPU A;  4LBT A;  4RVI A;  4XXS A;  4B00 A;  5P62 A;  3OU1 A;  5OZ0 A;  4COE A;  5P5A A;  3NYG A;  5AH7 A;  3Q5H A;  3S7L A;  5P6T A;  3OQF A;  1MEU A;  1XN2 A;  3LPJ A;  1C6Y A;  5P4E A;  4YOB A;  2I4X A;  4Y3S A;  5P5S A;  2R43 A;  3QN8 A;  4Y3Q A;  1XN3 A;  4TRW A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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