4DJXA

Structure of bace bound to 5-(3-(5-chloropyridin-3-yl)phenyl)-5-cyclopropyl-2-imino-3-methylimidazolidin-4-one
Total Genus 104
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
104
sequence length
390
structure length
390
Chain Sequence
GSFVEMVDNLRGKSGQGYYVEMTVGSPPQTLNILVDTGSSNFAVGAAPHPFLHRYYQRQLSSTYRDLRKGVYVPYTQGKWEGELGTDLVSIPHGPNVTVRANIAAITESDKFFINGSNWEGILGLAYAEIARPDDSLEPFFDSLVKQTHVPNLFSLQLCGAGFPLNQSEVLASVGGSMIIGGIDHSLYTGSLWYTPIRREWYYEVIIVRVEINGQDLKMDCKEYNYDKSIVDSGTTNLRLPKKVFEAAVKSIKAASSTEKFPDGFWLGEQLVCWQAGTTPWNIFPVISLYLMGEVTNQSFRITILPQQYLRPVEDVATSQDDCYKFAISQSSTGTVMGAVIMEGFYVVFDRARKRIGFAVSACHVHDEFRTAAVEGPFVTLDMEDCGYNI
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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publication title Structure based design of iminohydantoin BACE1 inhibitors: Identification of an orally available, centrally active BACE1 inhibitor.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Beta-secretase 1
molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
source organism Homo sapiens
total genus 104
structure length 390
sequence length 390
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.4.23.46: Memapsin 2.
pdb deposition date 2012-02-02

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 4djxA01
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 4djxA02
2JJJA 5P0EA 1IZHA 3NXNA 1W5VA 5COPA 5P19A 3GI5A 5P3WA 4B70A 1FQ7A 2O4KA 5T4SA 4CPSA 5P6BA 1LZQA 4NKKA 2NNKA 2QI0A 5P8MA 5OYWA 1ZBGA 4AZYA 3TKWA 1BXOA 4CPQA 4LBTA 1ME6A 1HPOA 1PFZA 5P7GA 1FMXA 1EBKC 5P3CA 5P45A 5P0LA 3T11A 4B72A 3NLSA 3LIXA 3NDXA 1RQ9A 5P7EA 5P2NA 5KOSA 2OHNA 5OZ9A 1META 3EXOA 3PRSA 1EPPE 2HPEA 2WF1A 3UDRA 5P7WA 5OZUA 3ZKMA 2WEAA 3KFPA 5DR7A 3EM3A 5P5FA 1FQ6A 3NUJA 4JECA 3OOZA 5P6PA 3D1YA 2Z4OA 4Y47A 5KR0A 2BPVA 5P5RA 4EWOA 2HS1A 1EC2A 1HIIA 4X2LA 2OHLA 1Z1RA 4FM7A 4A6CA 5P0UA 2OF0A 5P40A 5P0GA 1K6TA 3BUFA 5P4DA 2ER0E 3DJKA 5P16A 1IBQA 2IRZA 5P1TA 1YTHA 5AH8A 1SP5A 5BS4A 1B6MA 3GW5A 3G72A 5P6AA 4AA8A 5IVTA 2FDPA 2J9JA 2WEBA 5P8VA 3UDQA 3INDA 3RSVA 2RKGA 3OUCA 3LZSA 1APTE 1K1TA 4OBHA 3D20A 4GJ8A 1E5OE 1ZLFA 4Z4XA 5P6WA 2QU2A 2SAMA 1BAIA 2ZE1A 5OYZA 5ISJA 1HOSA 1YM2A 5P8BA 5IE1A 2QD6A 3EKYA 2XFKA 5KAOA 5P2LA 4I0GA 5P0WA 3Q4BA 2QU3A 2AOGA 3B7VA 5HE5A 3KYRA 5P44A 2HC0A 4S1GA 1RNEA 1HPSA 4Y3EA 5P2QA 2OHPA 4DQHA 4Y48A 4A4QA 3NDTA 1W6HA 3UTLA 2BJUA 4Y5MA 3TOHA 3S45A 4AUCA 4PYVA 5P4ZA 3AIDA 5P5BA 3ZMGA 5DR8A 1WBMA 1KJHA 5P50A 3QRVA 3GI0A 2Z54A 3QVCA 5P5TA 4YCKA 2WEZA 5KR8A 2NMYA 5P1RA 3S8IA 1LYAB 5EZXA 1PPLE 1EC0A 1UPJA 4DJUA 4DUSA 1NH0A 2NXMA 3EBZA 4RCDA 1ER8E 5P2XA 3JVYA 7UPJA 5OZJA 4U8WA 5P34A 1AAQA 2Q11A 5P0NA 1EBZA 1LF2A 2PSUA 4EP3A 3QP0A 2I4UA 5AH7A 2OHKA 4B1DA 5DQ5A 4YDFA 2F3KA 2R43A 1ENTE 5EZZA 3IGBA 1KJFA 4Y6MA 1ZPKA 5P0FA 2Q63A 1UH8A 2APRA 5OZ1A 4CPUA 2PH6A 3NR6A 5JODA 3SA5A 5KQXA 2QNQA 1PPME 3TLHA 4TVHA 2QNPA 2WHHA 2UXZA 5P6DA 4LL3A 3OQDA 4LXAA 5HDUA 1LF4A 2IL2A 5P8EA 4Y44A 5P2EA 2VIYA 4B00A 4Y38A 2OHUA 4DJXA 4XXSA 5P2IA 3D91A 3NUOA 5P2RA 5P6NA 2B7FA 3VLAA 5P2KA 5J25A 2PSGA 5P76A 3VLBA 4D88A 3URJA 4RVJA 5P38A 2F81A 3MXEA 5P7VA 2QI6A 5P5AA 3ZL7A 2QI7A 1ZAPA 5P4HA 1QS8A 4A6BA 2O4SA 5ENKA 4Y56A 3IAWA 1DP5A 1FQ5A 4CPRA 2J9JB 1ZP8A 3ER3E 2QHCA 5P3QA 3ER5E 3TPLA 5P8AA 3RTMA 4NJVA 5DQ2A 2ZHTA 5OZVA 4XX4A 1EPME 3QRMA 1HXWA 1QDMA 5P65A 2BKTA 2P3BA 4KE0A 4FS4A 4I11A 3UPJA 4JPEA 5C9BA 4H3IA 4LC7A 5HVPA 2R5PA 5P10A 3FIVA 1F7AA 1MT7A 4YD3A 2HB4A 3A2OA 5ER2E 5OYXA 5P0AA 4EJ8A 1MSNA 5P7FA 3HW1A 1YM4A 5P5SA 1Q9PA 5P20A 3QVIA 4TRWA 5KR2A 4BFDA 4F75A 5P64A 5P0BA 5P3NA 3FNUA 3OU3A 3QI1A 1UH9A 4ZLSA 5CONA 2PYMA 4Y35A 3VF5A 4R93A 1IVQA 4YOAA 5P11A 3LIZA 5P70A 4NJSA 2I4DA 2F3FA 3HVGA 5P3AA 3L3AA 3KF0A 3APRE 2IS0A 5P6KA 3OADA 5P7XA 4Y3QA 2EWYA 2G20A 4Y4XA 9HVPA 2QHYA 2FDDA 3INEA 3RTNA 2ZJKA 4PHVA 5P74A 5P7AA 1SMEA 5P24A 2BQVA 1T7KA 4QJ2A 1WKRA 4EJLA 2AQUA 4H3FA 4JP9A 5OZRA 2RKFA 2FGVA 3ZKSA 5HU1A 5P2MA 3EKQA 5P7OA 4NPUA 5P69A 3KDCA 5P6VA 1HWRA 2B7ZA 5OZTA 3KFRA 4FM6A 3K5FA 3TOGA 3QRSA 3OU1B 4PZXA 5P8HA 3SKGA 4Y3RA 3DCRA 5HDVA 5P43A 1SMRA 4K9HA 1LYBA 4Y4AA 3OXCA 2AODA 4HDBA 5P3PA 5P18A 2Q3KA 1AXAA 5P1OA 5P4KA 5P5QA 2FXEA 5P1IA 3CIBA 5C9DA 5P47A 5P0VA 2Q5KA 4L7JA 1GKTA 3G70A 2I4VA 3O9IA 4JPCA 3MSKA 5P15A 5P6RA 2AOHA 5P4GA 4DQEA 5OZHA 4MC1A 4XKXA 4Y3LA 3SQFA 3VF3A 4RCEA 4DFGA 5P4IA 3I6OA 5P17A 1TZSA 5P3EA 5P1ZA 3DCKA 4I8ZA 3TL9A 4GJAA 5P04A 1XN2A 5ISKA 5DGUA 2AVMA 1LS5A 1TCXA 4PPHA 2RENA 5P3JA 1NSOA 1T7JA 1XN3A 3B80A 6FIVA 3QPJA 1CZIE 2H6TA 3EKWA 1Z8CA 4IVTA 5P03A 4H3JA 3MSJA 1AZ5A 3UQPA 2H6SA 5P02A 4QJ7A 5P7LA 5P1YA 3PJ6A 5P3OA 3WSJA 1EBWA 2ER7E 5BRYA 4Q1WA 4HDPA 5P7YA 1SDTA 1W5XA 2MIPA 3OTSA 5P6QA 3TNEA 4RVXA 3KT5A 1SGUA 3OUBA 3OAGB 3OUDB 5HU0A 4Y4DA 2O40A 5P36A 1TQFA 5P4FA 3ZOVA 1BDLA 5P2UA 2HB3A 2JJIA 5P7PA 4Y4GA 3SA6A 4YE3A 4FAEA 5P37A 4YD6A 4MC6A 1IZIA 2G1SA 5P4CA 3KT2A 5OZOA 5P73A 4Y3AA 4Y4TA 1W5WA 4RROA 3SACA 1QRPE 3FNTA 4NJUA 2ZGAA 3H0BA 1D4HA 2QAKA 4YD7A 1HVSA 3I7EA 1HTFA 5P7MA 1J71A 2WJOA 3UFNA 5P2DA 3T6IA 4GJBA 2WF2A 1HPXA 5P63A 5P4RA 5P2OA 3M9FA 2I4QA 3KDBA 2G1YA 2P4JA 3TPPA 2XFIA 2IQGA 3OADB 2VJ7A 5P2VA 3NU4A 3I2LA 5P82A 5P87A 5DQ1A 2O4PA 5FIVA 1EC3A 2ZHVA 3N3IA 3K4VA 2AOIA 1OHRA 3TPRA 4L1AA 2FMBA 1HIVA 4WY1A 3VCMA 2VA5A 3U71A 2ZJHA 1DPJA 1XDHA 3PCZA 3WZ6A 4Y4BA 1HIHA 5P4VA 4FRJA 2FGUA 4LP9A 2NXDA 3NWXA 3LNKA 2QD8A 5P1SA 5P6MA 3FSMA 4QJ9A 1LYBB 5F00A 5P4PA 1BIMA 1FQ8A 2XFJA 4LAPA 4GJ6A 3Q3TA 5OZLA 3PWWA 5HE7A 5P5CA 5P62A 4Y4UA 3D1XA 3HAWA 3NU9A 5P8RA 2VIJA 3D1ZA 3KDDA 3QBHA 3ST5A 2QCIA 2Q64A 1RL8A 5P6ZA 5AHAA 3K5DA 2PC0A 1SIVA 6APRE 5P5WA 5P6JA 3SO9A 2AOFA 1YT9A 5AHBA 4Y3DA 5P01A 4Y54A 1K6PA 4ZSQA 3BUGA 5P4XA 5P5DA 2QNNA 5P7RA 3ZKQA 1FEJC 5OZEA 4OBDA 5P3LA 3IXJA 2HAHA 4I0DA 3KM4A 4Q1NA 5OZKA 1KZKA 2R38A 5DR1A 5P3DA 1LYWB 1LF3A 2ZJIA 5HDXA 4BFBA 5P1AA 5JFUA 1AJXA 5HE4A 3UDJA 1NPWA 3KA2A 3T3CA 5P2SA 5P8JA 5P25A 5P86A 4XX3A 4YA8A 4Q5MA 5OZXA 1AJVA 2QZWA 3NYGA 3TH9A 1QBSA 3LPJA 4DV9A 1SIPA 3PI5A 2HIZA 5P00A 4Y5LA 5P6FA 5P49A 1MT8A 4ZPGA 1BILA 1LV1A 1MVPA 4J0VA 4Q1XA 3HD8A 4GJCA 5P5KA 5P85A 5P0MA 4B0QA 1PSOE 1DMPA 3FKTA 4Y5GA 5P3VA 1B6LA 3EL9A 2VIZA 5P7BA 3L5BA 1BV9A 5P1NA 4Y3SA 5OZPA 1D4YA 5P5MA 2QMFA 5OYVA 5P8KA 3TTPA 4EPJA 3OGQA 1HVIA 2HPFA 1B11A 5OZFA 1BVGA 4DI2A 2AIDA 4R8YA 5P8OA 5P5JA 2BPWA 3QS1A 1DIFA 5P3ZA 4Y3GA 5P8UA 3CYWA 5P56A 3NDWA 1TSUA 5P0DA 3OXWA 2QK5A 4I0ZA 3VYDA 1XE5A 4B77A 3PHVA 5OZGA 5P0JA 4L1AB 4J1FA 4RZ1A 4KB9A 5P2TA 3HZCA 5P2FA 2B8LA 3SKFA 3S56A 2ZYEA 3BRAA 3IXOA 3R1GB 4HLAA 4ZPFA 5KQYA 1HTEA 3PLDA 5P55A 4DQFA 1GNMA 3BXSA 5P4QA 5P2YA 5TOLA 2QZLA 4Y4WA 1ODYA 4HDFA 3UFLA 3OQ7A 3PBZA 5OYSA 1YTJA 5P4OA 4Y3TA 1EPRE 2CEMA 2UPJA 1MERA 3U6AA 4Y58A 1KJGA 5P7DA 1XS7D 4FIVA 3HVPA 1GNOA 4ZSRA 4OBFA 4Y5CA 5P29A 5P5ZA 4EJDA 4WTUA 3OU1A 1B6JA 4FRIA 3UDKA 5P3TA 3F9QA 5P68A 5P0XA 1HXBA 5P58A 1RV7A 4Y3PA 3VUCA 4GIDA 2BPYA 5P28A 2HS2A 5P6YA 4GZFA 4WY6A 4DJYA 4YCYA 1HBVA 4J0PA 4J1IA 5P6UA 4F73A 3S54A 3N4LA 4AMTA 5P4TA 2NXLA 3G6ZA 1G0VA 3RU1A 5P6SA 3K1WA 1GVVA 5P22A 4R95A 4DJPA 1W5YA 1EBYA 3ZKIA 3BHEA 4I1CA 2AZ8A 1MSMA 3UQWA 4DJVA 5AHCA 2QMDA 5OZCA 5OZ2A 2R3WA 1K1UA 1C70A 5P51A 3ZPTA 3BGCA 5P8FA 4CP7A 1T3RA 3DV1A 3S85A 1ODXA 5P8TA 3RTHA 2VKMA 3QAAA 4I10A 5P60A 3LIVA 3L59A 5OZQA 1ODWA 2AVQA 3OK9A 5P7UA 2NPHA 4HE9A 4EQ0A 4QGIA 5KOQA 4Y5NA 4ER2E 2ZDZA 4B1CA 2G26A 1PPKE 5I3WA 5P8DA 3WB5A 3WZ8A 1HPVA 3VYFA 5P7CA 3IXKA 2VA7A 3R0YA 5P42A 4Y36A 5P2ZA 4FLGA 3OWNA 5SXNA 3OAGA 3OUDA 3QIHA 1AIDA 1IZDA 5P26A 5P6LA 1W51A 3K5CA 5JFPA 2WF0A 1E81E 4Y39A 5DPZA 1N49A 1YX9A 5P0KA 1WBKA 4DPFA 5HTZA 5P78A 7HVPA 2FS4A 4HZTA 5AH6A 3PWMA 2IKUA 3SA8A 4FGXA 5OZ3A 1APVE 3L5EA 1BVEA 1MEUA 1EC1A 4DJWA 5KQZA 4Y51A 4DJOA 1SGZA 2RSPA 5P2GA 1FQ4A 5P06A 3O9GA 5P1XA 4B1EA 5P30A 3LZYA 5P08A 4MC2A 4J0YA 2AVVA 5OZDA 5P61A 5JG1A 5P4WA 3UDHA 4Y37A 4KUPA 4I0IA 4AA9A 4OBKA 5PEPA 1ZPAA 8HVPA 2G94A 4HVPA 4D83A 5COOA 2R5QA 3GGAA 2QI3A 4M8YA 4QLHA 4DQGA 5DQ4A 3KMYA 1EPNE 3UDPA 2P83A 3SAAA 4Y41A 4YD5A 4Y3JA 4E43A 4FRKA 1LEEA 4ZE6A 5P79A 5P71A 1B6PA 5DR4A 5P81A 2HM1A 4PEPA 4Y3HA 2ZHSA 3EC0A 4J0TA 1ZJ7A 5P3SA 2ZHRA 2OHRA 1EEDP 2JXRA 5P1CA 5BWYA 4Y3NA 1SBGA 3VF7A 2QI5A 3TOFA 2VJ6A 1HSIA 2FXDA 3UDNA 2AOEA 4Y43A 4U7VA 5P14A 3PGIA 4HEGA 2PQZA 4FM8A 4QJ6A 1G6LA 2AZCA 3LZVA 1C6YA 2G21A 5P8NA 1QBTA 3VV8A 5P8QA 3CMSA 3CKRA 2AOCA 2P3DA 2G1NA 1LYWA 3K5GA 3PB5A 5C9FA 4RYCA 1HVLA 3EL1A 4RRNA 3O9EA 3D3TA 2QHZA 3GI6A 5OYUA 3LZUA 2Q55A 1SH9A 5I3XA 3OQFA 1HHPA 5P7QA 5P1PA 2B8VA 1HVKA 4FE6A 3CICA 4APEA 1W6IA 3SLZA 1EPQE 5P75A 5COKA 5P3YA 4PZWA 1MTBA 2QZXA 5ENMA 1TSQA 3NXEA 5P4AA 4R5NA 4OBGA 4DJRA 1HEGE 5E5JA 1HVRA 2VIEA 5IVSA 4B05A 1KJ7A 2IENA 4GJ5A 1IDBA 5P07A 5P0OA 2VJ9A 5P3BA 5P80A 5UPJA 3BXRA 3SA9A 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 2JJJ A;  5P0E A;  1IZH A;  3NXN A;  1W5V A;  5COP A;  5P19 A;  3GI5 A;  5P3W A;  4B70 A;  1FQ7 A;  2O4K A;  5T4S A;  4CPS A;  5P6B A;  1LZQ A;  4NKK A;  2NNK A;  2QI0 A;  5P8M A;  5OYW A;  1ZBG A;  4AZY A;  3TKW A;  1BXO A;  4CPQ A;  4LBT A;  1ME6 A;  1HPO A;  1PFZ A;  5P7G A;  1FMX A;  1EBK C;  5P3C A;  5P45 A;  5P0L A;  3T11 A;  4B72 A;  3NLS A;  3LIX A;  3NDX A;  1RQ9 A;  5P7E A;  5P2N A;  5KOS A;  2OHN A;  5OZ9 A;  1MET A;  3EXO A;  3PRS A;  1EPP E;  2HPE A;  2WF1 A;  3UDR A;  5P7W A;  5OZU A;  3ZKM A;  2WEA A;  3KFP A;  5DR7 A;  3EM3 A;  5P5F A;  1FQ6 A;  3NUJ A;  4JEC A;  3OOZ A;  5P6P A;  3D1Y A;  2Z4O A;  4Y47 A;  5KR0 A;  2BPV A;  5P5R A;  4EWO A;  2HS1 A;  1EC2 A;  1HII A;  4X2L A;  2OHL A;  1Z1R A;  4FM7 A;  4A6C A;  5P0U A;  2OF0 A;  5P40 A;  5P0G A;  1K6T A;  3BUF A;  5P4D A;  2ER0 E;  3DJK A;  5P16 A;  1IBQ A;  2IRZ A;  5P1T A;  1YTH A;  5AH8 A;  1SP5 A;  5BS4 A;  1B6M A;  3GW5 A;  3G72 A;  5P6A A;  4AA8 A;  5IVT A;  2FDP A;  2J9J A;  2WEB A;  5P8V A;  3UDQ A;  3IND A;  3RSV A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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