4DQCA

Crystal structure of (g16c/l38c) hiv-1 protease in complex with drv
Total Genus 19
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
19
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWKRPLVTIRICGQLKEALLDTGADDTVIEEMNCPGKWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQIIIEIAGHKAIGTVLVGPTPVNIIGRNLLTQIGATLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Hydrophobic core flexibility modulates enzyme activity in HIV-1 protease.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Aspartyl protease
molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
source organism Human immunodeficiency virus 1
total genus 19
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2012-02-15

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 4dqcA00
3UFLA 2RKGA 3FSMA 3PHVA 2QAKA 5HU0A 5P62A 4OBHA 4YCKA 5P5ZA 4FIVA 5ISJA 3KDCA 3TTPA 5C9DA 5P32A 3GI4A 2A4FA 2R5PA 5P5UA 1QBRA 5P49A 3QAAA 5P11A 2Q55A 5P5PA 1XE6A 2AZCA 2R3WA 4OD9A 3BC4A 4TRWA 3UFNA 1EC2A 1ODYA 3BUGA 5P5HA 1K6VA 3FNTA 3SA7A 3TNEA 4QJ9A 5OYZA 3WB4A 2ZDZA 5P3EA 5P75A 4ER4E 2XFJA 1XL5A 3T11A 4JECA 1ZPAA 2G1NA 1GVTA 3CYWA 2QHYA 4J17A 2Q15A 1HVJA 3VLAA 3BGCA 4ZPGA 3LITA 5P4GA 1C70A 2VJ6A 1ZBGA 5P2OA 4OBJA 2RENA 3H5BA 3LPJA 5P4CA 2BPWA 4B00A 4PPHA 3UQUA 2O4PA 4MC1A 1FQ5A 2Q11A 3MXEA 5P83A 1B6PA 3UDJA 3OUDB 5P7AA 5P80A 5P25A 1LYBB 3L5FA 2F81A 5SZ9A 1HPVA 1EBKC 3BRAA 3IA9A 1BDLA 5P3MA 1T7KA 3MXDA 5P0QA 3NR6A 3EC0A 4CP7A 5E5KA 5P14A 4J1KA 5OZFA 5P7FA 3SA9A 4RRSA 1QS8A 4U8WA 3PMUA 2FIVA 5HTZA 3OGPA 5I3VA 3HLOA 3IXJA 5P0KA 5P5VA 1BV7A 3NLSA 4IVTA 5P4XA 4Y6MA 2PK6A 5P8LA 3D1XA 1PFZA 5P2NA 5P2XA 1GVUA 2WF4A 5P55A 3GW5A 3ZLQA 4EPJA 3QBHA 5P7OA 1T7JA 5OZ9A 5P6YA 1HSHA 2HS2A 5KQXA 2AVQA 4EHCA 5P70A 3OADB 4PZWA 1HBVA 1RL8A 5P22A 5P7TA 5P5NA 1EC1A 2BKSA 4H3IA 2VA7A 2PWCA 3OHHA 3SAAA 3LZVA 4L6BA 4J0ZA 4Y5EA 4FM6A 3NWXA 5P1QA 3VF5A 4I0DA 5P0NA 1MPPA 1W5WA 4YD7A 3FV3A 3RTHA 4ACXA 1UH9A 1VIKA 3EL5A 2ER9E 2CEJA 3JVWA 5P4OA 5P0FA 3DM6A 5AH7A 5P2WA 3SA6A 4FAFA 5P6IA 3D3TA 5SXNA 5OZWA 4DJXA 1HTEA 5COPA 5ENKA 5P3UA 5P4BA 5P8BA 4Y45A 1F7AA 3TPPA 5P6AA 3PBDA 1IZIA 2QZKA 1B5FB 4CMSA 1FQ6A 1K6PA 2JJJA 5P1HA 4F76A 4M8YA 3T7QA 4Y5KA 3UF3A 2I0DA 2JYSA 3EKYA 4Y5MA 4Y4UA 8HVPA 1HOSA 1N49A 4Y53A 1B6LA 3EL9A 1UPJA 4RZ1A 2B8VA 4Q1WA 1EPNE 2BBBA 5P07A 4H3FA 2G20A 2JJIA 3L5EA 5P8DA 4Y3XA 1BBSA 1AAQA 4FAEA 5P1IA 5OZDA 4K8SA 3ZKMA 5P8IA 3LZUA 2F3EA 5KQYA 3FX5A 5IVRA 5SY2A 3I6OA 2QMPA 1GVXA 1FFFC 5OYUA 3PSUA 3URLA 4RLDA 5P5BA 3NU3A 3O99A 4FRKA 5IE1A 2A1EA 1ZP8A 3CMSA 3PEPA 3LIXA 5P5DA 4Z50A 2QHZA 5P4ZA 1MRWA 2IENA 2O4LA 4BEKA 4Q1XA 5P2RA 4DJWA 4F73A 3B7VA 1M4HA 5P0CA 1APVE 1W5YA 3EM4A 4Z2ZA 3G70A 2ZYEA 2OAHA 2AOHA 1BWAA 4RCFA 5OZQA 2P3BB 2OHTA 3K5GA 1MERA 3EL4A 5CONA 5AHCA 3KMYA 5P2YA 3L38A 2IRZA 1YG9A 2JXRA 5DGUA 4I0ZA 5P7WA 1HTFA 3SA4A 5HDZA 2NMYA 1PSAA 2UY0A 4YD4A 4ER1E 2OHUA 4YD3A 1IZHA 1PROA 1IBQA 2QD8A 2PSUA 4RCDA 2AOIA 2ZJIA 3H0BA 5HD0A 1K6CA 1BV9A 2ZHVA 1HIVA 3EKWA 5KAOA 2QU3A 1MTBA 4I0HA 5P59A 2JE4A 3OUDA 3IXKA 5P0VA 2PH8A 3QRVA 5P6XA 2AVMA 4HA5A 1NH0A 5P1SA 4Y38A 2QMGA 2NTRA 1EAGA 2NXDA 5P51A 3I7EA 4TRYA 5P24A 2OHPA 4FE6A 2P3AA 2HB2A 3UDYA 4OBZA 2O4SA 5I3WA 4EJKA 4J1EA 3OUCA 5P33A 5TOLA 1YM2A 4KUPA 3R0WA 5P0OA 2IS0A 5P29A 5OZMA 1ZSRA 2ZJKA 5P2GA 3HW1A 1GNMA 1MEUA 2VIZA 5KOSA 3DUYA 5P3PA 4EXHA 2PQZA 4BELA 5P5OA 3SABA 5P81A 3QRSA 3I2LA 1K1TA 3T7PA 3BVAA 4L7HA 4K9HA 3IVIA 5P2JA 3PB5A 5P7SA 1RQ9A 5P37A 1SDVA 1XL2A 3VV6A 1B6MA 3CIBA 4D83A 5OZ3A 5APRE 3RTNA 3PCWA 4JP9A 4J1IA 5OZNA 5P00A 3O9LA 2I4XA 3IN4A 3JW2A 2P3DA 3GI0A 5AGZA 5HE5A 3OUAA 5P64A 4OD9B 4FLGA 1YT9A 4Z4XA 4L1AA 3OAGA 4HDBA 3L58A 3LIZA 1K6TA 5P7IA 5FIVA 3ZKSA 4Y4XA 1EBZA 1QBSA 1GNNA 4GJ6A 1BVEA 5UPJA 1NPVA 3INDA 4GJDA 4RRNA 4CPTA 4A4QA 5P4VA 1BXOA 4I1CA 3I8WA 3KDBA 3Q70A 1B6KA 5KQZA 4ZE6A 2VIEA 4Q5MA 3OXVA 4OC6A 1DAZC 5P0BA 3Q4BA 2B42A 5P6MA 4RCEA 4R93A 4I11A 1YTGA 5P2HA 5P4PA 1XE5A 2Z4OA 3LNKA 3NXNA 5OYXA 1D4IA 4DH6A 1G0VA 1D4LA 2PYNA 3BHEA 5P63A 3OOZA 1FKNA 4Y35A 2QZLA 5P57A 5P3OA 3VV8A 1IZEA 5HDUA 3S7MA 4XX4A 3MWSA 5BWYA 3NU6A 5P7VA 4RVXA 4F75A 4Y4DA 4OBFA 1EPLE 5P1LA 1FG8C 3WSJA 3OU3A 1SBGA 2AVSA 2WECA 4EP2A 1E81E 2APRA 4LAPA 5OZKA 1XS7D 4Y3TA 4OBGA 2FS4A 2QD6A 5P3RA 5P73A 4UPJA 3K5FA 3VSWA 3SA3A 1OEXA 1FMXA 4Y43A 3SO9A 5P10A 5P3AA 3ZKQA 5P1WA 3VFBA 4PZXA 3CKRA 2AOFA 1FG6C 2PYMA 5P3SA 4Y54A 4RYCA 5ER2E 5P7ZA 1BIMA 2I4QA 5P3GA 4M8XA 4FS4A 1VIJA 4GZFA 4NKKA 2HC0A 2RSPA 3OUBA 4Y3NA 4QJ7A 3PJ6A 3ZPSA 4FRJA 2WEZA 5P20A 1HVIA 1UH8A 5P2UA 5DQ2A 5OZ5A 4QJ8A 1YTJA 3EMYA 4EJ8A 1A30A 3HVGA 3R2FA 5P15A 5BRYA 5P40A 4B72A 1OD1A 4FSLA 5P1ZA 4HE9A 1C6XA 4Y57A 3IAWA 4B77A 5OZ6A 2SAMA 5DR4A 4APEA 1HVSA 5P7MA 4J5JA 2G94A 5IVTA 5P0UA 1HEFE 2FGVA 2ER0E 2VJ9A 4I0EA 3MSJA 5P3WA 1Z8CA 4Y3GA 1DW6C 1W51A 2HPEA 4ZPEA 5P08A 3SM2A 4DQCA 4S1GA 1HPOA 5P7KA 3HDKA 1ZSFA 2F3KA 2ER7E 3AUPA 1FEJC 5P6PA 1EBWA 1HVKA 1D4HA 5P04A 3S8IA 4Y3QA 3PMYA 5P34A 5P6BA 2QI7A 3T3CA 1KJFA 1CPIA 2IKUA 3EBZA 4HDFA 5P6KA 5P3KA 1FIVA 5P0AA 5B18A 4I8WA 4Y5PA 3KT2A 5CLMA 4EP3A 1K2BA 4E43A 1SDTA 3EL1A 5P39A 5HCOA 3LIVA 4R5NA 3VUCA 2V13A 5P2CA 3IGBA 5P2FA 5P6FA 5OZ7A 5OYQA 3KFRA 4TRZA 3KYRA 4EXGA 4HEGA 5JODA 3DCRA 3K4VA 2IEOA 3ZMGA 2IGYA 3DCKA 4YCTA 2FDEA 1HXWA 1LF2A 5P4NA 3OXCA 3ST5A 4ER2E 3GGUA 2XFKA 5AH6A 5P6SA 5P0MA 1TZSA 4U7QA 4GJBA 5HU1A 1E5OE 2V12C 5P8MA 4R95A 4FCOA 1EC3A 4HZTA 5P7DA 4RVJA 2ZJJA 5KR8A 1PPLE 3R0YA 5P58A 4I0GA 4RROA 4H3JA 1JLDA 1NPWA 2QNNA 4FM7A 5P27A 4OBZB 3C9XA 4J0TA 4Y5GA 2WEBA 2HM1A 3NUJA 5P1RA 5P1PA 1GNOA 1HVHA 5P0YA 3GI5A 1B11A 4YE3A 2VIJA 3PVKA 3ZKXA 1ZTZA 1SMRA 2ZJLA 1NSOA 4YHQA 4LHHA 5P26A 3IXOA 4Q1YA 2AODA 5OZVA 5P4AA 1OHRA 3WB5A 2Q64A 1BWBA 1T6GA 4DUSA 2QZXA 1LYAA 2B7FA 2Q54A 4OBDA 5P48A 4Y4WA 4IVSA 4X2LA 5P6JA 2ER6E 1NPAA 3O9LB 1LYWA 5OYRA 3BXSA 3RSXA 5P6EA 5DQCA 3O9GA 3CIDA 5P4IA 3CICA 1AXAA 1TSUA 1G35A 4B78A 5P2KA 2PH6A 5P0LA 1SGZA 3OQDA 4L1AB 3OAGB 4I8ZA 5OZ2A 5P6LA 2CENA 3VCMA 5HDXA 3TPRA 4EQJA 3BGBA 2IKOA 4HLAA 4YOBA 5OZHA 6UPJA 1MVPA 2VKMA 4NPUA 5P1OA 5P4HA 2I1AA 2QHCA 1IDBA 3PWWA 1DIFA 4H3GA 2ASIA 3ZL7A 3SFCA 4OC6B 1ZLFA 4X7IA 5P1EA 5P4WA 3UQXA 5P67A 3CYXA 5P7JA 1APUE 4DQGA 1FMUA 2H6SA 5P7CA 2ZJHA 1GKTA 1OEWA 1ENTE 5P82A 2Q63A 3L5DA 3NU9A 2FDDA 5OZ8A 4GJAA 5P19A 2QMFA 4N00A 1SIVA 1ZAPA 5P2AA 1QBTA 4YBIA 1BXQA 2G27A 2FGUA 2QI1A 5P3JA 4DPIA 3BUFA 2HS1A 3K4VC 1MT8A 2OHQA 4Y58A 3D1YA 2ANLA 3S85A 4YDFA 4AA8A 2FLEA 3PI0A 5P0EA 1W5VA 2QI5A 4Y3MA 4CPUA 4DPFA 3L3AA 4A6BA 3KF0A 5DPZA 5P5XA 3WZ8A 1FFIC 5P0RA 2AOEA 3ECGA 4Y48A 3ZPUA 3UQRA 4DJPA 1K2CA 4DJUA 4CPRA 4JOOA 4D88A 1FMBA 3L59A 3OK9A 3OQFA 4QJAA 3O9FA 3OWNA 1WBMA 4PEPA 3AIDA 4KB9A 4YD6A 4ZSRA 1ODWA 2BJUA 4GJ9A 3KFSA 3S2OA 1HSGA 3BVBA 2G69A 5P17A 5P5TA 5P2EA 1MT7A 3Q5HA 5P8JA 2OHLA 5P5MA 3TOGA 2P4JA 3UTLA 1ME6A 5P68A 5P06A 1RPIA 2IDWA 5I70A 4J1HA 5P30A 1AVFA 3UDNA 3T6IA 1HSIA 1RV7A 3QVIA 2F8GA 2ZGAA 2V0ZC 1GVVA 2QI6A 2RMPA 5DQ5A 3U6AA 3QIHA 5P6OA 5P8SA 1BDQA 3GGAA 4Y4BA 5P8UA 5P66A 3PLLA 5P69A 4B1CA 3ER3E 3HD8A 1K1UA 5P1CA 2RKFA 1W6IA 5P1UA 5P1XA 1T6EX 5P0TA 1C6ZA 5P79A 1A8GA 4H1EA 4I0IA 4Q1NA 3O9BA 4B05A 3S45A 4J55A 2QZWA 4BFBA 1AJVA 4PHVA 4AZYA 5DR7A 5BS4A 5P5KA 5DQ4A 2R5QA 4LXKA 5P3NA 3LIQA 1TQFA 4GYEA 4J0PA 3SLZA 5E5JA 4WY1A 3HVPA 1G6LA 3OGQA 5P54A 5P5WA 5P4FA 3VF3A 5P2BA 2QD7A 4AA9A 5DQ1A 5OZBA 4QLHA 2J9JA 4FRSA 5KOQA 5P4LA 2I4VA 1HHPA 1HVLA 1SDUA 1APWE 2Z54A 1IIQA 4Y3FA 3NWQA 4Y4ZA 3U71A 2PSGA 5OZTA 5P6CA 3UHLA 3VYFA 3U7SA 5OZYA 1PPKE 1KZKA 1HWRA 5OZJA 1HPSA 2ZHSA 5P8TA 5P0PA 5P1FA 5P0WA 3EL0A 4J1CA 4R92A 5P7UA 4HVPA 4JPCA 5P1DA 4NJVA 4Y5CA 3QPJA 5OYVA 5P12A 4A6CA 3MSLA 4NJUA 5P8HA 4B0QA 3OU1A 5P18A 5HDVA 5P87A 3NDWA 4RVIA 4KE0A 3OXWA 2Q3KA 2PSVA 3GGXA 3KT5A 1TCXA 2AZ8A 3LZSA 2NR6A 1AZ5A 1TSQA 2I0AA 4ZEAA 1META 4Y39A 3GGVA 5J25A 3SKFA 4Y44A 4Y36A 2R43A 5P5EA 1HVRA 5P3XA 1HEGE 5P50A 2HAHA 5P8AA 1FLHA 1LEEA 2EWYA 3L5BA 2H6TA 5P4SA 3APPA 5AH8A 2AOCA 3N4LA 5P60A 4Y5LA 5AHBA 2BQVA 3WZ6A 5OYWA 1EEDP 2G22A 4DQHA 2AIDA 5JFUA 2IQGA 3NU5A 4LXMA 1DPJA 5P46A 5P5AA 5OZCA 3F9QA 1MSMA 2AVVA 3QVCA 4EWOA 3I25A 5P01A 4L7JA 5P3TA 3EKPA 1LYAB 2WF2A 2F80A 3S53A 1GVWA 5P3DA 2AZBA 1ODXA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3UFL A;  2RKG A;  3FSM A;  3PHV A;  2QAK A;  5HU0 A;  5P62 A;  4OBH A;  4YCK A;  5P5Z A;  4FIV A;  5ISJ A;  3KDC A;  3TTP A;  5C9D A;  5P32 A;  3GI4 A;  2A4F A;  2R5P A;  5P5U A;  1QBR A;  5P49 A;  3QAA A;  5P11 A;  2Q55 A;  5P5P A;  1XE6 A;  2AZC A;  2R3W A;  4OD9 A;  3BC4 A;  4TRW A;  3UFN A;  1EC2 A;  1ODY A;  3BUG A;  5P5H A;  1K6V A;  3FNT A;  3SA7 A;  3TNE A;  4QJ9 A;  5OYZ A;  3WB4 A;  2ZDZ A;  5P3E A;  5P75 A;  4ER4 E;  2XFJ A;  1XL5 A;  3T11 A;  4JEC A;  1ZPA A;  2G1N A;  1GVT A;  3CYW A;  2QHY A;  4J17 A;  2Q15 A;  1HVJ A;  3VLA A;  3BGC A;  4ZPG A;  3LIT A;  5P4G A;  1C70 A;  2VJ6 A;  1ZBG A;  5P2O A;  4OBJ A;  2REN A;  3H5B A;  3LPJ A;  5P4C A;  2BPW A;  4B00 A;  4PPH A;  3UQU A;  2O4P A;  4MC1 A;  1FQ5 A;  2Q11 A;  3MXE A;  5P83 A;  1B6P A;  3UDJ A;  3OUD B;  5P7A A;  5P80 A;  5P25 A;  1LYB B;  3L5F A;  2F81 A;  5SZ9 A;  1HPV A;  1EBK C;  3BRA A;  3IA9 A;  1BDL A;  5P3M A;  1T7K A;  3MXD A;  5P0Q A;  3NR6 A;  3EC0 A;  4CP7 A;  5E5K A;  5P14 A;  4J1K A;  5OZF A;  5P7F A;  3SA9 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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