4DQEA

Crystal structure of (g16c/l38c) hiv-1 protease in complex with drv
Total Genus 19
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
19
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWKRPLVTIRICGQLKEALLDTGADDTVIEEMNCPGKWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQIIIEIAGHKAIGTVLVGPTPVNIIGRNLLTQIGATLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Hydrophobic core flexibility modulates enzyme activity in HIV-1 protease.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Aspartyl protease
molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
source organism Human immunodeficiency virus 1
total genus 19
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2012-02-15

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 4dqeA00
5P3NA 4QJ6A 3UDJA 3R2FA 1FQ6A 5P1WA 3PI0A 3UQWA 1HWRA 3C9XA 3Q5HA 4GIDA 5P0UA 1EPPE 3T6IA 5P3IA 2ZJHA 5OZ5A 3FIVA 5OZQA 4L1AA 4HEGA 1CZIE 5P1ZA 3SA4A 5P5JA 2XFIA 4Y5PA 1APTE 4L6BA 5P11A 3EM3A 4FSLA 5ISJA 3INHA 4Y3WA 3O9GA 3ZKQA 4Y45A 3K1WA 2OF0A 5P0WA 5OYYA 4FM7A 3RTMA 5DQCA 4Y3AA 5P6DA 1PPME 3PBDA 5P8SA 5OZAA 2QD7A 4DJPA 3O99A 3GI0A 4Y3FA 5OZIA 3UF3A 4F73A 3OU1B 1TZSA 8HVPA 4B00A 3I8WA 2WF0A 1BBSA 1HVCA 2G1YA 4J1IA 2PSUA 3QI1A 1QBTA 3LPIA 5P85A 2IKUA 2OHRA 2PWRA 4EP3A 5ER1E 1MT7A 3KM4A 4GYEA 1GVTA 1SDVA 4J1CA 5P52A 3K4VC 5P2NA 5HCTA 5HDXA 3EKQA 3OU1A 3ECGA 3FNSA 4DJYA 5P14A 5P48A 1XS7D 4OBDA 3OGQA 5DR7A 5P5PA 2H6SA 2P3BB 5P0IA 1K1TA 4EJDA 1XN3A 2F3KA 5HE4A 5P37A 4EJLA 1BVEA 6APRE 3G6ZA 2VIYA 2I1AA 5HU0A 5P6KA 5P3XA 3DJKA 3PLLA 3TKGA 3MSLA 5P33A 3OGPA 5OZ9A 2P3BA 2P3AA 2BB9A 3UPJA 1J71A 2O4NA 2QMGA 5P6WA 2BKTA 5P3OA 3BGBA 4RRNA 5P58A 4PHVA 3EL5A 4Y3LA 1FQ4A 4QJ8A 1LF4A 5P0SA 1LYWB 5P4GA 4TVGA 2WJOA 3N3IA 1YM2A 4QJ9A 5P4AA 5P7FA 3VSXA 5HU1A 1Z1RA 5P05A 1E80E 4Y4WA 3LPKA 3KDBA 4KE1A 5BRYA 1GNMA 4XKXA 1K6TA 3NDWA 5P0LA 4R8YA 1LYWA 5P2FA 4I10A 5P82A 3K5DA 5AH6A 4QJ7A 4Y3DA 2BQVA 2QI7A 4Y4JA 5P43A 3ZPSA 4S1GA 2UPJA 5P0FA 4ZLSA 2IL2A 5P6ZA 2Q3KA 5P32A 3UQXA 4ZIPA 3SA7A 5P3LA 5UPJA 5OZ3A 3OXVA 3SFCA 5P7EA 3DM6A 4B0QA 1JLDA 3IN4A 5HTZA 1ODWA 4Y3GA 3CIDA 4Y4XA 4WTUA 3O9LB 4Y35A 2R5PA 1FQ7A 3L5EA 4I0HA 1RNEA 3OADB 1RL8A 3NYGA 2Q5KA 3VG1A 5P72A 5OZ8A 5P10A 5P88A 4NPUA 2QD6A 3EC0A 2F3EA 4LXMA 1BWAA 4Y53A 5P2EA 5OZKA 1A8KA 5P5OA 3UDPA 5C9BA 1KJ4A 3O9LA 2FXDA 3D91A 4FRJA 1B6PA 1ZJ7A 5OZ2A 1E82E 4Y4UA 1EBYA 4FS4A 2PSVA 3OADA 4Y9WA 4Y39A 3OTYA 2O4SA 1BAIA 1IVQA 4Y5CA 4ER4E 5BWYA 3OQDA 1ER8E 2HB3A 3MSKA 2HC0A 1AJXA 1PSNA 1LF2A 5P18A 3ZKNA 2Q63A 5FIVA 3PSGA 4Y3NA 5HD0A 2QHYA 1YG9A 5P36A 1W5XA 1MUIA 1MRWA 2QI4A 2CEMA 3QRVA 1HSGA 5ER2E 2OHQA 5HCOA 3PBZA 3IVIA 4J1HA 4COEA 3TPJA 4AA9A 5P6QA 4CPTA 4K4QA 4HDFA 4LC7A 1TSUA 1NPAA 5P62A 3ZKMA 3L5BA 4DI2A 5P4OA 1FEJC 5P80A 3BUHA 1A8GA 5P2TA 4Z50A 5P4HA 5P6IA 2HS1A 4KB9A 1UH7A 4ER2E 1M4HA 4ACUA 2WEDA 5OYZA 1B11A 1F7AA 1BDQA 5P47A 5P7SA 1HTFA 2ER9E 5DR4A 3K4VA 2HS2A 5P5NA 3EM4A 2PYNA 1FF0C 4I11A 3KMYA 4NJVA 4B1CA 3TL9A 5JFPA 3PEPA 3JW2A 2JJIA 5COOA 1SMEA 3TTPA 3RSXA 3OXWA 1QBSA 2WEBA 5P03A 1W5VA 4B77A 4YD6A 4J0ZA 5EZXA 4J1EA 4Y36A 2ZHUA 5P42A 4Y4DA 4AA8A 5P1NA 1NPVA 2MIPA 4DQBA 5P8RA 3PWMA 1D4KA 1UH8A 5P13A 1DAZC 2J9KA 3RTHA 4D85A 3PRSA 5C9FA 4Y5NA 5P34A 5P6VA 1WKRA 5KQYA 1B5FB 3QN8A 3GI4A 3D3TA 5P0CA 5P2UA 3H5BA 3NSHA 3BUFA 2G1SA 1NPWA 2AZCA 4CPSA 5P5MA 5P3GA 5P56A 2VIZA 5P0AA 1MRXA 1YTIA 4YBFA 5P8VA 4PZWA 5P6FA 1B5FA 4BEKA 5P83A 4Y5KA 2AVMA 3S85A 1IDAA 2ZJJA 4DFGA 5P02A 2PYMA 1M0BA 4JPEA 4RYCA 4Y3HA 5JODA 4FCOA 3LIYA 5AH8A 2QK5A 3M9FA 2FGUA 2VJ9A 3ST5A 5HE7A 2QZLA 4JP9A 5BS4A 2OHPA 4RVJA 5P2HA 2B7FA 3APRE 1AJVA 3UHLA 3K5FA 4FIVA 1HIVA 3NWXA 1NH0A 4AZYA 5P2GA 3HDKA 2G1OA 3OUAA 5P1LA 2R38A 5P1GA 5I3VA 2XYEA 1KJHA 4APRE 1HHPA 4Y5MA 3Q70A 3VCMA 3L5FA 4D89A 4FLGA 3VFAA 3GGUA 2IGYA 3O9FA 1IZEA 4ZSQA 5P3YA 2P3DA 1PROA 4RCEA 3DOXA 4D88A 1HTRB 1HBVA 1ENTE 3OU4B 1TCXA 2AZ8A 5P4BA 4BFDA 4XX4A 1FFIC 3EL0A 3OQAA 2BPXA 4HVPA 4DV9A 2Q11A 2I4QA 3BVAA 5IVRA 4NKKA 3LPJA 3R0YA 1GKTA 4ZSMA 3I6OA 3TKWA 3OHHA 4R91A 4BFBA 3OU4A 3SLZA 1HXWA 2VA5A 2FS4A 3VF7A 2VNNA 3UDRA 1F34A 2R8NA 2PC0A 5P3RA 5P77A 2G26A 2V10C 2ER6E 5P5AA 1MT8A 4LHHA 2AQUA 4YD3A 3D1XA 5IE1A 2QMDA 1M43A 3CYXA 3L59A 2QHCA 5P70A 4OBHA 4HZTA 2PSGA 3EKVA 4Y43A 4ZPFA 3OQFA 4RVIA 4OD9B 5P2QA 5P73A 5P1AA 1KJGA 3T7XA 2RKGA 4J17A 5CONA 3UDMA 2QI0A 5AHCA 5P4ZA 5P76A 4WY1A 2NTRA 5P5ZA 5KQZA 1T7KA 1AM5A 1GVVA 5SXNA 3KF0A 4Y3XA 2UY0A 4OD9A 5DPZA 3BC4A 1EBWA 5DQ1A 1OHRA 3GI6A 5P2XA 5OZ1A 5DQ2A 5P7DA 2ASIA 1IDBA 2B8LA 4L7GA 5I3WA 4YCKA 5P8GA 1T7IA 4KE0A 3S2OA 3KA2A 2AIDA 3K5CA 2AOGA 4B78A 3G72A 3NR6A 3IVHA 1C6XA 2OHLA 5P4XA 3EXOA 2ZHSA 2Q54A 2QNPA 4GJCA 4CPWA 1SDUA 2QI1A 2B42A 1FKNA 5OZXA 5P0MA 3MWSA 5P7ZA 4EPJA 5P0YA 5P7XA 4CKUA 5OZNA 1HVJA 5P3WA 5P2SA 4D8CA 1MVPA 1EEDP 4RVXA 5P5FA 1MSMA 5P2AA 1UPJA 5P1EA 5P2OA 1FQ5A 4Y4AA 4GJ7A 5P31A 3TPRA 5P71A 2ZDZA 3HVPA 5P08A 5JG1A 5I70A 4HLAA 5P67A 3UDNA 3INFA 5P20A 5P6UA 5P4NA 1SBGA 4Y3MA 4GB2A 2ER0E 2O4LA 4CPXA 4Y4ZA 5P6CA 2G20A 2QMFA 4KUPA 4CPUA 5OYRA 2NPHA 3IGBA 2HAHA 3SA9A 3EL4A 3FSMA 4OBJA 5P6MA 4FSEA 3SAAA 5P8CA 4ZE6A 4J0PA 4Y6MA 4QJAA 5P16A 3LNKA 5P74A 2PK6A 4B05A 2O4KA 5P0ZA 3KMXA 5P6HA 3RVIA 4EP2A 3VF5A 4I8ZA 2IGXA 5P3VA 4NJTA 4YDGA 5P0DA 2VIEA 3WZ8A 1HPSA 3DK1A 2IDWA 5DGUA 5OZGA 3L5CA 3QVCA 1IBQA 3NU9A 1EPLE 5P0HA 5AGZA 5P12A 4A6CA 4IVSA 5P55A 4LAPA 5P66A 5P7LA 4ZSRA 1BV7A 1SDTA 1ZAPA 3RTNA 3Q6YA 4L7HA 2ZHTA 2V13A 3O9CA 2PH6A 1W51A 1EPRE 5P49A 4Z4XA 1HXBA 4J0TA 5IVSA 5P3QA 5OYUA 5P06A 5P44A 5P8IA 3OAGB 5OZLA 5P86A 5P6RA 5P2BA 5P5SA 1GVUA 4YD7A 2NNKA 3BVBA 3S7LA 5P4MA 4BELA 2I4VA 1YTJA 3OAGA 3SA6A 3WZ6A 2CENA 3QP0A 5OYSA 1EPQE 1AIDA 1BVGA 4AMTA 5P1DA 4QJ2A 1C6ZA 2QHZA 2OHUA 1MTRA 3Q3TA 3HBOA 5P0VA 4EWOA 5DR1A 3KFPA 3PWWA 4ZSPA 5P79A 2WHHA 5P0RA 5JFUA 2B8VA 5P4TA 1RQ9A 1QBRA 4GJ5A 5P59A 4J54A 1WBMA 2V0ZC 3UDYA 3SPKA 1D4LA 5EZZA 5P09A 5P2MA 2OHSA 5P7HA 3WSJA 1BILA 5P41A 1SP5A 3PSUA 3O9AA 5P1KA 5P1FA 4HA5A 5P8TA 2NMZA 1MTBA 5OYXA 2PMAA 1APWE 2IS0A 1ZSRA 2SAMA 4J5JA 3UDKA 5P8UA 5P4LA 4F74A 3B7VA 1LYAB 3EM6A 1QS8A 5P0TA 3HAWA 4LXKA 3EKWA 3NU5A 3SA3A 5OZVA 4Y3PA 3D1ZA 2ZHRA 3PHVA 1HVKA 3NU6A 4DPFA 4F75A 1T3RA 2AVQA 1LYAA 3CKRA 2BBBA 5P7KA 1IVPA 5OZ0A 5P01A 5DGWA 3UFLA 3ZL7A 2WF4A 3BRAA 1AZ5A 4TVHA 1W6HA 2QI5A 3OXXA 2Q64A 5TOLA 2F80A 5PEPA 4K9HA 4NJSA 2FNSA 2AODA 2ZJKA 5P69A 1SIVA 5P5XA 3IXOA 5E5KA 3TOGA 1EC3A 1LV1A 5P64A 1B6LA 2UXZA 4UPJA 3R4BA 2QI3A 5I3XA 5OZOA 5P61A 4Z2ZA 4RLDA 3VYFA 5P7AA 5P89A 5IVQA 4RRSA 5COPA 5P1OA 7UPJA 5P30A 4ZPGA 1T7JA 5P54A 5P2WA 5P0OA 1PPKE 1QBUA 4L7JA 2F81A 5OZTA 5OZZA 4RROA 1VIKA 2WKZA 5P8AA 1YTHA 4GJDA 4HDBA 3S53A 4LXAA 4JPCA 4Y3QA 4EXHA 4J1KA 1GVWA 5HDZA 4DQGA 5P3BA 3K5GA 4GMIA 5P3JA 4A4QA 2G94A 3TPLA 2WEZA 3INDA 2G1RA 2QNNA 1ZP8A 1PSOE 1PFZA 4Y58A 5C9DA 3PVKA 3S7MA 4Y3TA 2B60A 1FG8C 1YX9A 2G24A 5DR8A 1IZIA 1SGUA 2FXEA 4EJKA 5P1VA 3UQRA 3WB4A 3HD8A 2G69A 5P0KA 5P8EA 4RCFA 4DJVA 4Q1XA 2ZYEA 1NSOA 5P4YA 5AH9A 2P4JA 1SMRA 2QI6A 5P23A 4DJUA 1A9MA 3JVWA 2A1EA 1ZPKA 5P1JA 2ZJMA 5P8HA 5OZMA 5P2RA 5P7JA 5P4UA 1TCWA 3RU1A 5OYVA 4H3FA 5P81A 3T7PA 3KDCA 1PSAA 2NR6A 5P1PA 5P07A 5F01A 3L38A 1D4JA 3VF3A 3IXJA 4PZXA 4M8XA 1LZQA 5P6TA 2HPFA 1TQFA 5P2YA 1HVRA 4EXGA 3OQKA 5P4JA 4PEPA 1HTEA 1RV7A 3ZPUA 5OYWA 5OZJA 5P8LA 2Z54A 1DP5A 1W6IA 3QRMA 1XL5A 2FNTA 3GI5A 3ER5E 1G2KA 2VA6A 4DJWA 4PYVA 2APRA 5P6SA 5P6GA 3IA9A 3AIDA 4DQCA 4I0JA 3ER3E 1APUE 5P1RA 3TOHA 2HIZA 5OZ7A 1DPJA 4IVTA 3VV7A 1VIJA 3Q4BA 3QAAA 2OHMA 4DVFA 5P7GA 5P7NA 5P7RA 1IIQA 1K6CA 5P1YA 4YDFA 3T7QA 4Y5GA 3QROA 3SM2A 5P4CA 4Y3JA 5P2JA 2VA7A 3BXSA 1BV9A 2PWCA 5KR1A 4Y48A 2Z4OA 1HSIA 5OZHA 3UQUA 5P6OA 2BPVA 3SM1A 5P51A 5P78A 4B1DA 3KDDA 3PCWA 1K6VA 2NMYA 4I0GA 5P5LA 2PK5A 4Y5LA 1HEGE 5P8DA 5OZWA 6UPJA 5P7QA 4R95A 4XXSA 2AOHA 4U7VA 2AOFA 3LINA 1SGZA 1QDMA 1DIFA 3EKXA 1HVSA 4DJOA 1UH9A 3SA5A 4H1EA 3I25A 1FQ8A 1MERA 5P50A 1E81E 2RSPA 3LIQA 5P7MA 3HVGA 5ENMA 4ZPEA 5P6XA 3LZVA 1MSNA 5AH7A 1MPPA 3KFRA 5DR3A 2V16C 1C6YA 3AUPA 4Y3YA 3QBFA 1LF3A 3BUGA 2FDEA 5P6AA 5P1IA 4FAFA 9HVPA 5P8FA 5P46A 5P5VA 2OHKA 2QCIA 5P3KA 5COKA 3BHEA 5P0QA 2AOIA 5P5RA 4Y56A 1T6GA 1G6LA 2PH8A 3LHGA 5J25A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 5P3N A;  4QJ6 A;  3UDJ A;  3R2F A;  1FQ6 A;  5P1W A;  3PI0 A;  3UQW A;  1HWR A;  3C9X A;  3Q5H A;  4GID A;  5P0U A;  1EPP E;  3T6I A;  5P3I A;  2ZJH A;  5OZ5 A;  3FIV A;  5OZQ A;  4L1A A;  4HEG A;  1CZI E;  5P1Z A;  3SA4 A;  5P5J A;  2XFI A;  4Y5P A;  1APT E;  4L6B A;  5P11 A;  3EM3 A;  4FSL A;  5ISJ A;  3INH A;  4Y3W A;  3O9G A;  3ZKQ A;  4Y45 A;  3K1W A;  2OF0 A;  5P0W A;  5OYY A;  4FM7 A;  3RTM A;  5DQC A;  4Y3A A;  5P6D A;  1PPM E;  3PBD A;  5P8S A;  5OZA A;  2QD7 A;  4DJP A;  3O99 A;  3GI0 A;  4Y3F A;  5OZI A;  3UF3 A;  4F73 A;  3OU1 B;  1TZS A;  8HVP A;  4B00 A;  3I8W A;  2WF0 A;  1BBS A;  1HVC A;  2G1Y A;  4J1I A;  2PSU A;  3QI1 A;  1QBT A;  3LPI A;  5P85 A;  2IKU A;  2OHR A;  2PWR A;  4EP3 A;  5ER1 E;  1MT7 A;  3KM4 A;  4GYE A;  1GVT A;  1SDV A;  4J1C A;  5P52 A;  3K4V C;  5P2N A;  5HCT A;  5HDX A;  3EKQ A;  3OU1 A;  3ECG A;  3FNS A;  4DJY A;  5P14 A;  5P48 A;  1XS7 D;  4OBD A;  3OGQ A;  5DR7 A;  5P5P A;  2H6S A;  2P3B B;  5P0I A;  1K1T A;  4EJD A;  1XN3 A;  2F3K A;  5HE4 A;  5P37 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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