4DQFA

Crystal structure of (g16a/l38a) hiv-1 protease in complex with drv
Total Genus 18
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
18
sequence length
99
structure length
97
Chain Sequence
PQITLWKRPLVTIRIAGQLKEALLDTGADDTVIEEAPGKWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQIIIEIAGHKAIGTVLVGPTPVNIIGRNLLTQIGATLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Hydrophobic core flexibility modulates enzyme activity in HIV-1 protease.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Aspartyl protease
molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
source organism Human immunodeficiency virus 1
total genus 18
structure length 97
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2012-02-15

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 4dqfA00
4QLHA 2P83A 4Y3PA 4KB9A 2VIJA 2ZDZA 1MUIA 3VV7A 1PPLE 4OBKA 1HVIA 2BPXA 3QBHA 1BIMA 5COKA 4YCTA 2ZGAA 1HOSA 5T4SA 5P3RA 3S53A 3SACA 5P1JA 3ZKXA 2O4PA 1BDQA 5P23A 3NWQA 2B7ZA 5DR3A 3TKWA 1AXAA 1EC3A 3AIDA 1OHRA 5P14A 4Y5MA 5P57A 5KAOA 1D4JA 3PBZA 4L7GA 5P35A 2Q11A 1NPAA 4Y4AA 4JPEA 5I70A 4X2LA 1QDMA 4U7QA 5HTZA 3MWSA 5P5MA 1BVGA 4CPWA 4DJUA 3TL9A 5SY2A 2FDPA 3KA2A 4Y3MA 1FMXA 4D8CA 4B77A 2JJIA 5DR1A 1XE6A 3NLSA 1DIFA 5P6FA 5P0SA 4ER2E 3PI0A 3KFPA 3VEUA 5OZTA 1AIDA 3OK9A 2G69A 3SQFA 1PPKE 4LC7A 5JG1A 4M8XA 5P5CA 5P0OA 2VA7A 4U8WA 2AVMA 5P4NA 2NXLA 1KJHA 4CP7A 3KDBA 1ODWA 2IEOA 3IXOA 2F8GA 5JFUA 4H3FA 4Y43A 4J1IA 2B42A 1APWE 3QRSA 5P18A 3NWXA 5OZVA 5DQ5A 1G0VA 4TVGA 4EJKA 2BKTA 4COEA 4Y9WA 3OU4B 5P42A 5P4JA 4YA8A 3PLDA 4AMTA 4JECA 5P8EA 5P6NA 2G26A 2I0DA 4DJWA 5P53A 4BFDA 4DJYA 8HVPA 3OUAA 1FG8C 2BQVA 5P15A 3KFSA 4IVTA 4RVIA 2P3DA 2FIVA 2QI0A 4J55A 2WEBA 4GJBA 4RCFA 1B6PA 3QVCA 5P4UA 4FRJA 5HDZA 1GVVA 3I8WA 3KMXA 5P3MA 1XL5A 5P6MA 2VJ9A 3RVIA 5P8RA 3S56A 3UCBA 4Y6MA 5SZ9A 5P1HA 5P6ZA 5P8GA 4HDFA 5OZ1A 5P7WA 3OUDB 5OZHA 5HU0A 5P39A 3S8IA 1MTBA 5P0QA 2OHTA 4I0JA 3IA9A 4Y41A 5P4EA 3NDWA 3FX5A 1MPPA 5P8FA 4LHHA 1F34A 1MESA 4RGHA 5P8VA 2O40A 4B00A 3T7PA 4YOBA 4RLDA 3GGVA 2BJUA 3FV3A 2BBBA 1OD1A 5P6YA 2R5PA 1FFFC 3R1GB 5DPZA 5OZNA 2WKZA 1CPIA 1W51A 2Q63A 3OADB 5P2KA 3TPLA 3ZKNA 4H3IA 1LYBA 5P2EA 1EAGA 3GI4A 5HE7A 4YD5A 5P8QA 1GNOA 1TZSA 4HEGA 1FQ4A 1VIJA 3CYWA 5P3YA 5P77A 4ZLSA 2QMPA 4TRYA 1KJGA 1PSAA 1QBTA 3QVIA 3H0BA 3RSVA 4J1CA 3DK1A 4L1AA 1HBVA 1SBGA 3S2OA 4OBDA 5DR0A 1U8GA 4Y4ZA 2VJ7A 5P38A 2QI1A 5P37A 2FXEA 4DPFA 4Q5MA 5HDUA 2NNPA 4TRZA 2V10C 4OD9B 5P27A 2G94A 5P67A 4K4PA 5IS4A 1YM4A 3O9LA 3DUYA 5KQZA 1K6TA 4Y5GA 3CIDA 4QGIA 4K4QA 5FIVA 4CPUA 1C6ZA 3LIZA 3EKXA 3BVBA 2XFKA 3UQPA 2H6TA 4Y4EA 1KJ7A 3O9BA 4Z2ZA 3BXSA 3VF3A 2QI6A 1GNMA 1GVUA 4OC6B 3NUOA 3L59A 5OZQA 3O9CA 2UY0A 3Q3TA 5P4CA 1PSOE 3BGBA 2XYFA 4FGXA 4RRSA 5P0JA 5BS4A 4ZSRA 4J0TA 4FM6A 5P5TA 1B6JA 2A1EA 5P76A 1YG9A 1GVXA 3FKTA 4Y3WA 4ZSQA 3DOXA 2I4VA 5P0PA 1BV7A 1YTIA 2HPEA 1HIVA 4K4RA 5COOA 5P41A 1Q9PA 5KR2A 2PC0A 2NR6A 2VNNA 4LXMA 1LYAB 4Y47A 3ZOVA 3URJA 3FIVA 3IXKA 3NU4A 1EPOE 3EKPA 5P86A 5P40A 4Y3HA 5P56A 5P1XA 3L5EA 4I0HA 2H6SA 5OYQA 5OZ5A 5P8TA 2FS4A 3GI5A 3EL0A 4A6CA 3APRE 3LINA 1HXWA 4I1CA 5P4TA 2QNNA 3TOHA 2FDDA 3TPPA 3BVAA 2G22A 5OZDA 5IVTA 2NMYA 3S43B 1A8KA 3EM6A 4ZPEA 1AAQA 3OWNA 4HDPA 5SY3A 2V13A 1B11A 3QBFA 3ST5A 3FNSA 4I0FA 1HTGA 3HVPA 4X7IA 3K4VC 2G1YA 1ZSFA 3PCZA 3N4LA 2QD8A 3WZ7A 5P4YA 4KUPA 3R0YA 4Q1XA 4DFGA 3OU1A 5P0GA 5IVQA 1QRPE 5OZAA 3LHGA 2SAMA 4Y4DA 3INDA 4GJ8A 3NUJA 4M8YA 3S85A 2Q64A 5P7RA 4DJRA 5P7XA 4OBGA 1ENTE 1LEEA 2QD7A 2NTRA 4Y38A 1EC0A 1FEJC 2I0AA 2WEAA 1BVEA 5P4WA 2R8NA 3OU3A 1W50A 1XE5A 1HPOA 5P48A 4FRKA 5P7LA 2O4LA 1YTJA 2AOGA 5P7GA 2F3EA 3APPA 3JVWA 5P6GA 1A8GA 3PMUA 4I11A 2PWCA 2Q15A 3Q70A 5P4SA 4Y3RA 2QNPA 2R43A 3OGQA 5P4RA 5P43A 5DGUA 2OAHA 2PH6A 3CKRA 1C70A 5B18A 2QMDA 5P52A 3KYRA 2G1OA 5ENMA 5P59A 4B05A 2QI5A 5DQ4A 1LZQA 5P6UA 4Y37A 4EQJA 2AVVA 4GJ5A 4CPQA 2VIEA 5P20A 3ZPSA 5KOQA 2VA5A 1BWBA 2PK6A 3ZLQA 5P01A 2P8HA 3MSLA 4D85A 1ZBGA 1T7JA 3OOTA 3K5DA 1NSOA 5P2QA 2J9JB 5HVPA 5F01A 5P3NA 4J1EA 4FRSA 5P1EA 2I4DA 4LXAA 3IAWA 4Y4WA 2HB4A 5P29A 5P5ZA 3K1WA 5HE5A 3QROA 1AJVA 1E82E 1FB7A 5OZ7A 5P65A 4J17A 3UF3A 4DJXA 4OBZB 5P89A 3A2OA 1B6KA 5F00A 3EM3A 3NXEA 1T7KA 2XYEA 3OQDA 4Y35A 5P7MA 5CLMA 5P3GA 4OBFA 4HE9A 1GVWA 1EBYA 2Z4OA 1D4SA 1EPPE 5P72A 3PEPA 4Y3DA 5ISJA 4Y3XA 1SDUA 5I3YA 4Y5AA 4GMIA 5P75A 3VV6A 3INHA 5KQFA 3D3TA 3JVYA 5P5LA 3OTYA 2FNTA 2AOCA 5P2SA 5P5IA 4DQCA 5P6VA 2I4UA 2QHCA 2AVSA 3LZUA 5P51A 3QIHA 5P80A 3S54A 3QP0A 4Y50A 5P49A 5P13A 3ZKSA 3MXDA 4QJ7A 1RQ9A 2O4SA 5APRE 2WEDA 4J1FA 4XXSA 3UQXA 4Y5CA 3IVHA 4JOOA 1EPNE 5P62A 1FQXA 5P4HA 4NJSA 2OHLA 1A9MA 3DCKA 4Y3FA 1D4KA 1APTE 1B5FA 1BDLA 5P4QA 2QP8A 4R5NA 3SABA 5DGWA 4Y5LA 5P1TA 5P6PA 5P2WA 2Z54A 5OYXA 2IENA 3TPRA 3TH9A 4Y3ZA 3CKTA 5P3DA 1HVKA 5OYTA 1D4IA 4B1DA 4R92A 4A6BA 5CONA 3EKVA 3ZL7A 1TSUA 5P5UA 1E81E 4IVSA 2F81A 1BBSA 1HVHA 5P7FA 4J54A 5P4DA 3U6AA 2WECA 2FNSA 3D20A 3SKGA 5P5WA 5OZ8A 3PB5A 4A4QA 3MSKA 1YTHA 3UQRA 2QD6A 4YDFA 4JPCA 4J0VA 3OHFA 4YD7A 5P5OA 1LF2A 1HEGE 5P1SA 3INEA 5OYWA 2B60A 1W5VA 1HRNA 3TTPA 9HVPA 4PEPA 4AA9A 4AZYA 1FFIC 4Y58A 5OZGA 5EZXA 2AOEA 4ER4E 5P1KA 3VG1A 1IZDA 3PJ6A 2G27A 4D89A 4Z4XA 3EBZA 3ZKQA 1IZHA 5IVRA 4F76A 4DQHA 4K9HA 3EC0A 1FQ5A 4RRNA 5P54A 2ZHUA 5P03A 1T6EX 1LYWB 4NJTA 2G24A 4DQGA 2BPZA 4YOAA 3UQWA 4EPJA 4N00A 4ZSPA 1LV1A 2AVQA 5P2ZA 2WL0A 5P7VA 2ER6E 5P6IA 4Y57A 4B70A 5DR7A 5AHCA 5P0MA 1SGUA 3LIVA 3F9QA 1DW6C 1SMEA 4DH6A 2P3BB 1BDRA 4YBFA 3UPJA 1EPME 1UH7A 5OYVA 5P22A 3GGUA 4GJ6A 4DQEA 5HCOA 3UQUA 2G1NA 4CPXA 4CKUA 5P7OA 2ZJLA 4YHQA 3NU3A 1HTFA 3QPJA 4DQFA 5P2XA 5P02A 5P0RA 4HVPA 4U7VA 5ENKA 3WB4A 5AH9A 4YD6A 3N3IA 5P3FA 5P0AA 5P7HA 7HVPA 5I3XA 4YDGA 4LXKA 2ZHSA 1EPQE 1WBMA 2PWRA 4GJ9A 5P0WA 1MRXA 5SXNA 3LIXA 3WZ8A 5P1BA 1IVPA 2AZCA 5P7KA 3IN4A 3JW2A 4DQBA 5P2GA 1MRWA 5P2BA 2NPHA 5OZIA 3ZPTA 2UPJA 2ER0E 3KMYA 5OYZA 1IBQA 1FQ8A 4D83A 2R38A 1RL8A 3QI1A 3DCRA 2HB2A 2PH8A 7UPJA 4J0PA 3D1ZA 3PBDA 1F7AA 4Y5BA 3O99A 5OZKA 5P7CA 2QCIA 2I4QA 4FE6A 5P7YA 5P82A 3TPJA 3VCMA 1W5YA 1HVJA 2VIZA 3PGIA 2R9BA 2OHSA 5OZLA 5P7DA 3URLA 4Z22A 2WF3A 5P1MA 5P71A 5P2VA 1FKNA 3UDNA 5HDXA 2IS0A 4B0QA 5P1YA 5P0DA 5UPJA 2QMFA 3PVKA 1QS8A 4RYGA 4PZXA 3K5CA 5P66A 2ZJMA 5OZFA 5P8AA 2PSGA 3L5CA 2IL2A 4L6BA 3OAGA 3LZVA 3RTMA 1ZTZA 5P34A 3HW1A 4GIDA 1CMSA 3NDTA 5P47A 4Y5EA 1TCWA 3HAWA 2CEMA 4ZPFA 1AJXA 1HHPA 5P2OA 4TRWA 3PRSA 3VF5A 2JYSA 2ASIA 2ZJKA 2P3CA 3OGPA 5P6LA 3NU6A 4XX4A 5P4LA 5P5AA 4J1KA 4MC1A 4Y3EA 5TOLA 5P3LA 5P6XA 3BUFA 2QZWA 4Y36A 5P08A 5P2IA 1EPRE 5P11A 5P2JA 5P4IA 4Y48A 3EM4A 5P5BA 1FQ7A 3LNKA 2VS2A 2OF0A 1QBSA 3G70A 3ZKIA 1C6YA 3KDDA 5P1IA 1IIQA 3Q4BA 1MTRA 1PSNA 3CICA 3LIQA 2IDWA 5P4ZA 2BPWA 4EJDA 3NU5A 5OYSA 3ZKGA 6FIVA 2HAHA 5P5VA 5P2YA 4EXHA 5P05A 1IDAA 3HLOA 2AOJA 3L5DA 5AHAA 1HSIA 4NJUA 5P16A 5DQCA 2FGVA 5P10A 4Y4BA 1BV9A 2QNQA 5OZOA 3D91A 2OHNA 4QJ8A 4BELA 4I0EA 2Q54A 1M4HA 5P26A 5P5EA 3RTNA 4DJPA 4JP9A 5OZUA 3EL9A 4Y4XA 3R2FA 5P55A 1SDTA 5P0FA 2PMAA 3ECGA 3TKGA 3UFLA 1GVTA 1MIQA 2Q55A 5P2LA 5P8IA 1MERA 1MT8A 4L7HA 4I0ZA 4F75A 5P19A 5P6QA 5P07A 5P6EA 1FIVA 4DPIA 5OZRA 2B8VA 4Y53A 5P8MA 3ZMGA 3O9AA 5KR1A 3KF0A 3NXNA 5P0CA 5P1VA 1BWAA 2HS1A 3ZPUA 3RU1A 4Q1NA 1K2CA 5P8LA 1QBRA 4WTUA 3O9GA 3L38A 5DR4A 3UFNA 5P2MA 4XKXA 1KJFA 4ACUA 4J0YA 1OEXA 3OU4A 4I0GA 3WB5A 5P7PA 3BC4A 5P58A 5P0VA 5P7EA 4DI2A 3O9EA 4Y51A 5DR8A 5IVSA 1D4HA 3I2LA 5OZMA 1G6LA 3KFRA 3FNUA 2PYMA 3G72A 4ACXA 5P8SA 1HVSA 3VSWA 4ZEAA 3PM4A 4BFBA 4Y5KA 1GNNA 2QU2A 3D1XA 2WJOA 4I10A 2ZYEA 2AIDA 1Z8CA 4ZPGA 1NH0A 1ZAPA 2WF4A 5P8NA 5DQ2A 2PYNA 2G1SA 3K5FA 5P4BA 1SDVA 2PK5A 3RTHA 5P7IA 5OZJA 4YCYA 4Y3SA 5P8HA 5P04A 5C9FA 3VLBA 4Y5PA 2OHMA 5P46A 5P61A 3OHHA 3OUDA 3S7MA 5P3KA 1G35A 4Z50A 5P32A 1K6PA 5P3SA 3HD8A 4KE1A 5OZ0A 1EC1A 2PSVA 3SM1A 2QHYA 3EL4A 3KDCA 5P84A 4FLGA 2ZJNA 3OUCA 3UDKA 1M43A 5P5QA 2B7FA 5P3OA 5P4PA 4Y3AA 3K4VA 4OBJA 2XFJA 5P1AA 5P1ZA 1AM5A 4J0ZA 3OADA 5P0TA 1XS7D 5P4AA 1LYBB 1ZPAA 4YBIA 3WZ6A 3DV1A 5P1DA 2V0ZC 5P7UA 5P12A 1HVLA 2FDEA 4DVFA 3PWRA 2WEZA 2F3KA 5P0IA 1EBWA 5HU1A 4Y3LA 4MC6A 3UDMA 5P6RA 3VF7A 2IGYA 4L1AB 2WF2A 5P0UA 1C6XA 5P7BA 4FL8A 5OYYA 5P88A 1NPVA 3OUBA 3CYXA 4I0IA 2AOFA 3AUPA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 4QLH A;  2P83 A;  4Y3P A;  4KB9 A;  2VIJ A;  2ZDZ A;  1MUI A;  3VV7 A;  1PPL E;  4OBK A;  1HVI A;  2BPX A;  3QBH A;  1BIM A;  5COK A;  4YCT A;  2ZGA A;  1HOS A;  5T4S A;  5P3R A;  3S53 A;  3SAC A;  5P1J A;  3ZKX A;  2O4P A;  1BDQ A;  5P23 A;  3NWQ A;  2B7Z A;  5DR3 A;  3TKW A;  1AXA A;  1EC3 A;  3AID A;  1OHR A;  5P14 A;  4Y5M A;  5P57 A;  5KAO A;  1D4J A;  3PBZ A;  4L7G A;  5P35 A;  2Q11 A;  1NPA A;  4Y4A A;  4JPE A;  5I70 A;  4X2L A;  1QDM A;  4U7Q A;  5HTZ A;  3MWS A;  5P5M A;  1BVG A;  4CPW A;  4DJU A;  3TL9 A;  5SY2 A;  2FDP A;  3KA2 A;  4Y3M A;  1FMX A;  4D8C A;  4B77 A;  2JJI A;  5DR1 A;  1XE6 A;  3NLS A;  1DIF A;  5P6F A;  5P0S A;  4ER2 E;  3PI0 A;  3KFP A;  3VEU A;  5OZT A;  1AID A;  3OK9 A;  2G69 A;  3SQF A;  1PPK E;  4LC7 A;  5JG1 A;  4M8X A;  5P5C A;  5P0O A;  2VA7 A;  4U8W A;  2AVM A;  5P4N A;  2NXL A;  1KJH A;  4CP7 A;  3KDB A;  1ODW A;  2IEO A;  3IXO A;  2F8G A;  5JFU A;  4H3F A;  4Y43 A;  4J1I A;  2B42 A;  1APW E;  3QRS A;  5P18 A;  3NWX A;  5OZV A;  5DQ5 A;  1G0V A;  4TVG A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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