4DQFA

Crystal structure of (g16a/l38a) hiv-1 protease in complex with drv
Total Genus 18
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
18
sequence length
99
structure length
97
Chain Sequence
PQITLWKRPLVTIRIAGQLKEALLDTGADDTVIEEAPGKWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQIIIEIAGHKAIGTVLVGPTPVNIIGRNLLTQIGATLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Hydrophobic core flexibility modulates enzyme activity in HIV-1 protease.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Aspartyl protease
molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
source organism Human immunodeficiency virus 1
total genus 18
structure length 97
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2012-02-15

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 4dqfA00
1LF2A 4Z22A 1IVPA 4LXKA 4RRNA 3APPA 4Y4EA 4YE3A 3OWNA 4RVXA 4K4RA 5P5XA 1FEJC 3O9IA 1EPRE 1FFFC 1TCWA 5P7IA 5P4MA 3UQPA 3HVPA 5KOQA 4J0YA 1GKTA 5P0PA 3DK1A 1CMSA 1HXWA 3OXXA 3QI1A 1TQFA 5P18A 5P4HA 2QHZA 5P5KA 2JYSA 5P4XA 1MTBA 4UPJA 4FCOA 1K6VA 3CICA 4QJ7A 3L59A 3OU1B 4YDFA 5P06A 3L5CA 4TRYA 3FNTA 4Y58A 5P8PA 4Y4TA 2QZLA 5P8EA 3TPLA 4WY6A 5APRE 2OHSA 1FFIC 1W6HA 2I4QA 1LYWA 4YA8A 3PSGA 4Q1WA 3VV7A 1C6ZA 5E5JA 5KQZA 3OQAA 2NXLA 2R5QA 2WF1A 1FMXA 2QMGA 4ACXA 3NU4A 5P71A 5HVPA 1XE5A 3LINA 3OXCA 4Y44A 3L5FA 5P6RA 5P3TA 1HPXA 2WJOA 5P08A 3OAGA 3ST5A 3HDKA 1U8GA 4FRSA 5P5RA 5P8MA 3VEUA 3EM4A 3VV6A 3DOXA 5KQXA 1YG9A 2NPHA 5OZNA 4EWOA 5P24A 3K5CA 4FAEA 3UCBA 5DQ1A 2G69A 5P13A 3LIXA 3IN4A 5P6ZA 5P8SA 5P1HA 1D4IA 4DJXA 5P4WA 1KJ4A 2QD6A 5P0ZA 5P4IA 4X7IA 1LF3A 4H3IA 5P5HA 3PI5A 5P33A 4LHHA 5P2YA 4Y3GA 3SO9A 3NU5A 6UPJA 4Y5KA 2NNPA 1HBVA 4AUCA 5P7XA 1BDLA 1AJXA 1G2KA 1FQ6A 1MRXA 2I4VA 4HE9A 3ZPTA 3QAAA 4TVGA 5P72A 2R38A 3TKGA 4RLDA 5P6EA 2Z4OA 5P50A 2OHTA 1B6MA 4MC6A 4NJTA 1FGCC 1NSOA 4R93A 3VYDA 5OZSA 3D91A 4QJAA 3BXRA 4RYGA 4APRE 1G6LA 2WEDA 4Y4AA 2IS0A 4YD4A 5P5VA 5P32A 5CONA 1FQ5A 4DV9A 1K1UA 3SA5A 3N4LA 3RVIA 5AH9A 3S85A 1ZSRA 4Y6MA 3O9BA 5P5BA 3INFA 5P43A 4I0EA 4LBTA 5P6TA 4S1GA 5P03A 1B11A 5P2CA 5P6NA 4Y4WA 1FMUA 3LHGA 8HVPA 3OGQA 2VA7A 1KJGA 1VIJA 1BXOA 1AZ5A 3MSLA 2PWRA 2JJJA 5C9BA 4I0IA 1A94A 4I0GA 5P2OA 3OY4A 1K2BA 2AIDA 2APRA 5HU1A 1WBMA 5AHCA 4Y5CA 2ZHTA 5HU0A 5HDVA 3HW1A 3NDXA 5P5QA 5OZGA 3RTHA 5P6HA 5P1YA 2ZJHA 2FNTA 5P5AA 4I0ZA 4R91A 3EMYA 3CYWA 4DJYA 2G1YA 3OHFA 3VFBA 4OD9A 1MT7A 2AZCA 5OZDA 2AZBA 3NXEA 1A8GA 3KF0A 2BPYA 2WECA 1MIQA 5C9FA 1D4SA 1WBKA 2AVQA 3QRVA 5P31A 3PM4A 5P8CA 5P1JA 1SGUA 5P1LA 3ER3E 3OTSA 3JVYA 5P82A 4BFDA 3UDJA 1AIDA 4EXGA 4DUSA 2QMDA 2WEBA 5OYRA 3BHEA 1M0BA 5OZJA 5HE4A 5IVQA 4X2LA 1EBKC 2I0DA 3URLA 5P7LA 5P7MA 4J55A 3K5FA 1EPNE 4J1HA 5P1WA 2WF3A 3SACA 5OZ3A 4JP9A 4QJ9A 5P8IA 5P3OA 4DI2A 2ZJMA 3IXKA 3B80A 3PMUA 3LZUA 3BGCA 2QAKA 1HTEA 5HDUA 1LYAA 3EKPA 2V13A 1APTE 5P0XA 4J1CA 6FIVA 4KUPA 3D1ZA 3OU1A 4PZXA 2AOEA 4Y37A 4I8ZA 4Z50A 4R92A 1RNEA 2I4WA 3OUDB 1MPPA 5P57A 5P0AA 4DQGA 4EPJA 5OZYA 2QZXA 3ZKXA 4Y3SA 5P30A 4DJUA 5P49A 4Q1XA 5P56A 5P3VA 5OZBA 4Y4XA 1DAZC 5P41A 2A4FA 4OC6B 3OU3A 1BIMA 1FF0C 1BWBA 5P10A 3L5BA 4Y4ZA 3SQFA 3URJA 5P7QA 4YOBA 4JPCA 4Y3TA 5OYWA 5P73A 2FIVA 1D4KA 1C6YA 5P1FA 2XYFA 3EKVA 4L6BA 2G26A 3LZSA 4FSEA 5P79A 3UPJA 5KR0A 1HIVA 2QNPA 5OZTA 5P4ZA 4YCYA 5P3HA 3FSMA 3O9GA 2ZJLA 3L58A 1EC3A 4L7GA 3ZMGA 3KT5A 5P4KA 3IGBA 5JG1A 2FLEA 1IIQA 1W5XA 1GNMA 2F3EA 7HVPA 4Y3AA 5DR0A 5P27A 3RTNA 5P2NA 2PH8A 4Q5MA 4GB2A 4Y3ZA 5OZ7A 3S56A 5P2TA 5P6OA 2PSUA 3KFSA 5P0BA 3UDQA 1EBYA 3MXEA 3IXOA 3IVHA 3ZKSA 4YCKA 5P8TA 4FS4A 4GZFA 2IDWA 1ZLFA 3Q6YA 3PEPA 5P66A 2QD7A 3S7LA 4H1EA 5P5GA 4TRWA 3UQUA 3PWMA 5PEPA 5OYQA 5BWYA 1MRWA 4OBJA 3ZKNA 5P0IA 4Y3XA 2P83A 3OXWA 2Q64A 1AXAA 2OAHA 3S7MA 4NKKA 4HDFA 3LPIA 2IEOA 5P20A 3SA9A 4R5NA 5DGWA 2HIZA 2VIYA 2IL2A 3S54A 4Y5LA 4EJLA 4H3FA 5P6DA 4CP7A 2PQZA 2BQVA 5OZUA 4NJVA 4Y3EA 5P65A 7UPJA 3S43B 1N49A 3RSXA 2G94A 5P2BA 2PC0A 5P5NA 1EPPE 4Y4BA 2R3WA 1C70A 3O9AA 5P4BA 5P37A 3O9FA 1MTRA 2F8GA 4AA9A 5P1ZA 2AOIA 4BFBA 3ZPSA 2ZHSA 5P5JA 4NJUA 4ZPFA 3B7VA 2FNSA 1BV7A 3MXDA 3LIZA 3AUPA 5P2UA 3K4VA 5P8FA 5DR3A 5P0FA 5P0TA 2FXEA 1IZDA 2R9BA 5P5ZA 5P53A 1IZIA 3PSYA 2J9JB 5OZ9A 2PK5A 1Z8CA 4GJAA 3TH9A 1HPSA 2ER0E 2G1RA 2VIZA 5P7SA 5P35A 5P0MA 5P63A 5P8KA 1LEEA 4D89A 3PBDA 4Y3RA 4Y53A 3GGUA 1YT9A 5P29A 5P54A 2Q54A 5ER1E 5P8RA 2V0ZC 4FLGA 5P7NA 4EP3A 4ZPEA 4B0QA 1W51A 2Q63A 5P2MA 3UDRA 3SA6A 1W6IA 5P25A 1BAIA 2BB9A 4Y51A 5P36A 1UH9A 3NXNA 3WB5A 3QBHA 2WF2A 2PMAA 1LYBA 2O4NA 5P01A 4MC9A 5P5DA 5P1RA 4Z4XA 5OZ2A 2AZ8A 5OZ1A 2WEAA 4L7JA 4ER4E 2ER7E 5P84A 4RROA 5P1DA 4Q1NA 2V11C 3Q70A 1CPIA 5P83A 1UH8A 4J5JA 5T4SA 3OUDA 5P64A 1W50A 5P4JA 4J0VA 4HDPA 4N00A 5P67A 1TSQA 1QBTA 1EBZA 5SY2A 2QU2A 5EZZA 5P5CA 5P0QA 3WZ8A 2G1OA 5P3CA 4Y3MA 3SA3A 1MEUA 2IKOA 5KQFA 1TZSA 5P7HA 5P1PA 3FNSA 3NUJA 1MSNA 5P0KA 4RCEA 4OC6A 1YTIA 3O9DA 4NPTA 1LZQA 4B77A 3HZCA 4ZSQA 3CKPA 2XFKA 3APRE 2AOJA 5OYXA 5P05A 2VNMA 5P2ZA 3INEA 5P8HA 5P7BA 4DQFA 5TOLA 4U7VA 2FMBA 1UH7A 2V00A 5DQCA 1RL8A 1WKRA 5OZKA 1MUIA 3INDA 2NNKA 5P2KA 4XX4A 4Y35A 5P2JA 3OGPA 1QBRA 2QI3A 3VF7A 5P8OA 3SA7A 2Q15A 3OQDA 5P0EA 5P68A 3R0YA 4J1IA 3KDCA 3AIDA 5P89A 5SZ9A 4Y4UA 5P8QA 3R2FA 4CMSA 1GVTA 2AODA 3HD8A 4YOAA 3EBZA 5KR2A 3LITA 3OK9A 4WY1A 4PZWA 3GGVA 1GVWA 3QVIA 1T6GA 2ZHUA 3HLOA 3D1YA 1XN3A 5P0GA 5P1NA 2FDEA 4DQHA 4OBKA 5P2EA 2OHQA 3L3AA 2ZJJA 1SMRA 2AOHA 1HIHA 4FRJA 5CLMA 5P6QA 5P4GA 5ISKA 2G22A 5P3IA 2QI1A 3GW5A 3S2OA 4XXSA 4Y4GA 4PHVA 5P5LA 3PWWA 2P3BB 4ER1E 2PWCA 5P4SA 5P6IA 4FGXA 3KA2A 4Y41A 2R5PA 5P4EA 2QNNA 3ZPUA 5P6VA 3U6AA 3SA8A 3PWRA 5P0WA 2QHYA 4Y3NA 1IZEA 5P3XA 4Y56A 5P69A 5P8VA 3VCMA 2OHRA 1J71A 2RMPA 2XFIA 3LIQA 4QJ2A 1FQXA 3OADA 4J0ZA 2AVSA 2O40A 3S43A 5P0RA 5P5YA 4FSLA 4COEA 3DV1A 1FG6C 2B60A 2BKSA 1YTHA 5DR7A 3VSWA 3OOTA 4RZ1A 3JW2A 3QPJA 4A4QA 3PCWA 2VS2A 1YM4A 3D3TA 3FKTA 3UFNA 5BRYA 5P55A 2AOFA 4CPXA 4KE1A 1CZIE 3SM1A 5OZIA 4J1FA 2Q11A 5SY3A 4FM8A 5P0JA 3NU6A 5OZPA 3I8WA 5P8GA 3CIBA 3O9EA 4Y4JA 1AVFA 5P1BA 2J9JA 5DPZA 3KYRA 3TLHA 2PSGA 5P2RA 4QGIA 3MWSA 5OZMA 2B7ZA 3VSXA 3BXSA 1HEGE 5P52A 3IVIA 3EKYA 1JLDA 5P1IA 3M9FA 5P5PA 2BPZA 3UF3A 4ZSPA 3ZKIA 3L5DA 1F34A 3CMSA 4K9HA 4XKXA 1Q9PA 5OZ4A 3KN0A 1LV1A 5P58A 3EL0A 3MSKA 3OQFA 3SKGA 3I6OA 1SDUA 1HVCA 5DQ2A 5P7CA 4CPUA 3RSVA 1ER8E 2OHKA 4RVJA 2IENA 3CKTA 5JFUA 3LIVA 2HB2A 4ER2E 5P8JA 4Y39A 5P46A 2UXZA 3U71A 1QBUA 5P7AA 3PHVA 4F76A 1GVVA 5OZOA 2WEZA 3EKWA 2HC0A 5P3KA 1HVRA 3F9QA 3VYEA 2FDDA 5P3UA 3OU4B 2QZKA 2AZ9A 4Y3PA 1W5WA 1RQ9A 5P7DA 2NTRA 4E43A 5P0SA 3EKQA 3H5BA 4FRIA 2VJ7A 3G70A 1IDAA 4Y5GA 2G1SA 5OZWA 4AMTA 4Y5AA 5P81A 3DUYA 4Y45A 5P3PA 4AZYA 4PYVA 4OBFA 2P3DA 1ODXA 1HSIA 5P6KA 3JVWA 4HEGA 3LPKA 4L1AB 1D4JA 4YCTA 3HVGA 3ZOVA 3DM6A 2RENA 3BVAA 4EJ8A 2A1EA 1TW7A 5F00A 3R4BA 4IVSA 5P02A 2V12C 1EAGA 3KFNA 3N3IA 1GVUA 4Y3WA 4Q1YA 1IDBA 5P7TA 4Y3JA 5P42A 5KR1A 2CEMA 3SA4A 5P3LA 2ZJNA 2QI5A 5P5IA 3UDHA 1EPOE 2WHHA 1XL5A 4XX3A 5ENKA 5OYUA 5FIVA 1IVQA 4WTUA 1HVLA 5P4YA 4Y3HA 5P4LA 1UPJA 2P3CA 5P5TA 4Y50A 2OHMA 3UQXA 4OBGA 2XFJA 1PPKE 4K4PA 2BPXA 4EHCA 3UDNA 5P6LA 1SIVA 5P3QA 3SLZA 4D85A 3QP0A 4I12A 4OBZB 3G6ZA 5P1KA 3NDUA 5P75A 5KQYA 5OZZA 1ZTZA 1PROA 2ZJIA 5P1EA 5AH8A 3HBOA 4IVTA 5P8UA 3A2OA 2QHCA 4HA5A 5P4DA 1IZHA 1HRNA 3MSJA 5I3WA 5P2IA 3EKTA 3L38A 3OQKA 4M8YA 4CKUA 1HEFE 1T6EX 2AQUA 2WKZA 4YBFA 2P3BA 2Q3KA 5AH6A 4HZTA 3SM2A 4DH6A 3K1WA 3T6IA 4NPUA 5HDXA 1BBSA 3NR6A 2BBBA 1QS8A 2Q55A 3FNUA 1PSOE 3IAWA 5P5SA 3EXOA 2RKGA 3Q5HA 2P3AA 5P28A 3Q3TA 5IS4A 1HVSA 2BKTA 2QI4A 2ZDZA 4A6BA 3GGXA 3PRSA 5AHBA 2F81A 5OZQA 1HWRA 2JJIA 2I0AA 3PI0A 5P1TA 5P2GA 2ZE1A 3UTLA 2B7FA 3PBZA 3OXVA 1HPVA 5P2VA 1GVXA 1HVHA 1Z1HA 2ASIA 1BDQA 2G21A 3QRSA 1G35A 3CIDA 5IVTA 3Q4BA 5P4OA 3R1GB 3TOHA 1B6PA 5P6YA 3D1XA 4LC7A 1SBGA 4Y36A 3KFRA 4MC1A 1RV7A 4PPHA 3VF5A 5P7PA 5I3VA 1AJVA 3T7QA 3EC0A 4L7HA 1PPME 3HAWA 3K5DA 4RCFA 5ENMA 1FG8C 3O9HA 5IVSA 5P2FA 3O9LB 3QS1A 1QRPE 4U7QA 3HAUA 2PSVA 2B42A 3QRMA 2H6SA 2CENA 3IXJA 2H6TA 2XYEA 1MERA 3EKXA 2OHPA 4DJQA 2PK6A 1M43A 3TOFA 5P85A 2NR6A 5HTZA 2ZHVA 1NPVA 5P23A 1HSGA 4FL8A 4ZEAA 4RVIA 3U7SA 2I4DA 4EJDA 2QMPA 2QI0A 5P0YA 2R43A 4DFGA 5OZRA 1D4YA 4Y38A 1W5VA 1XL2A 3VLAA 5COKA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1LF2 A;  4Z22 A;  1IVP A;  4LXK A;  4RRN A;  3APP A;  4Y4E A;  4YE3 A;  3OWN A;  4RVX A;  4K4R A;  5P5X A;  1FEJ C;  3O9I A;  1EPR E;  1FFF C;  1TCW A;  5P7I A;  5P4M A;  3UQP A;  3HVP A;  5KOQ A;  4J0Y A;  1GKT A;  5P0P A;  3DK1 A;  1CMS A;  1HXW A;  3OXX A;  3QI1 A;  1TQF A;  5P18 A;  5P4H A;  2QHZ A;  5P5K A;  2JYS A;  5P4X A;  1MTB A;  4UPJ A;  4FCO A;  1K6V A;  3CIC A;  4QJ7 A;  3L59 A;  3OU1 B;  4YDF A;  5P06 A;  3L5C A;  4TRY A;  3FNT A;  4Y58 A;  5P8P A;  4Y4T A;  2QZL A;  5P8E A;  3TPL A;  4WY6 A;  5APR E;  2OHS A;  1FFI C;  1W6H A;  2I4Q A;  1LYW A;  4YA8 A;  3PSG A;  4Q1W A;  3VV7 A;  1C6Z A;  5E5J A;  5KQZ A;  3OQA A;  2NXL A;  2R5Q A;  2WF1 A;  1FMX A;  2QMG A;  4ACX A;  3NU4 A;  5P71 A;  5HVP A;  1XE5 A;  3LIN A;  3OXC A;  4Y44 A;  3L5F A;  5P6R A;  5P3T A;  1HPX A;  2WJO A;  5P08 A;  3OAG A;  3ST5 A;  3HDK A;  1U8G A;  4FRS A;  5P5R A;  5P8M A;  3VEU A;  3EM4 A;  3VV6 A;  3DOX A;  5KQX A;  1YG9 A;  2NPH A;  5OZN A;  4EWO A;  5P24 A;  3K5C A;  4FAE A;  3UCB A;  5DQ1 A;  2G69 A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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